sbim - 06/06/2014 grenoble 21-22 décembre 2004 6ème séminaire synthèse technologique sims@rein...

SBIM - 11/04/23

Grenoble 21-22 décembre 2004

6ème Séminaire synthèse technologique

SIMS@REIN & GENNERESIMS@REIN & GENNERE

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SIMS-REINSIMS-REIN

Ben Saïd M, Richard JB, Le Mignot L, Taupin P, Dufour E, Mugnier C,

X Ferreira, JP NeckerToubiana* L, Jais JP, Landais P.

EA222, hôpital Necker Université Paris 5& *U444 INSERM

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SIMS-REINSIMS-REIN1. Montée en charge2. Réseau humain3. Architecture du SI4. Aspects techniques5. Aspects fonctionnels 6. Contrôle de qualité7. Nouvelles fonctionnalités8. Évolution9. Communications

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SIMS-REINSIMS-REIN

Décembre 2004

Montée en charge

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SIMS-REIN Novembre 2004 6 régions + la Pédiatrie

Limousin Languedoc RoussillonChampagne ArdenneCentreProvence Alpes-Côte-d’AzurPédiatrieIle-de-France

jan. 2002juin 2002jan. 2003jan. 2004jan. 2004jan. 2004

nov. 2004

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SIMS-REIN décembre 2004

Avril 2001e-bordereau

Déc 2000Client-léger

21 jan 2002 Limousin – SIMS-REIN

Juin 2002 Languedoc

Limousin Languedoc RoussillonChampagne ArdenneCentrePACAPédiatrieIle-de-France

9080 patients

2284

385

22

3022

COS23 Nov 2004

COSOct 2003

Jan 2003Champagne Ardenne

Jan 2004Centre – PACA – Pédiatrie - IDF

8858

Grenoble21 déc 2004

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9080 dossiers de patients dialysés

7576 dossiers de patients vivants

État Décembre 2004

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État déc. 2004 : 7576 patients vivants

• Limousin• Languedoc Roussillon• Champagne Ardenne• Centre • Provence Alpes Côte d’Azur• Pédiatrie• Ile de France• greffés• hors région

3531406

69712333039

6177

63476

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SIMS-REIN : Outil - Flux & trajectoires des patients en IRTT

Total des transferts

d’une unité de dialyse vers la dialyse:dans une même région (1654)

dans une autre région (111)

vers la transplantation

de la transplantation vers la dialyse

2404

1756

628

20

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SIMS-REIN : Recueil des informations longitudinales - recueil du suivi annuel

• Limousin

• Languedoc Roussillon

• Champagne Ardenne

215/240 - 2003195/294 - 2004

800/955 - 2003674/1202 - 2004

360/412 - 2004

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Démarrage d’une nouvelle région (1)

• Identification des acteurs :

- Médecin régional, - médecin de santé publique , - attaché de recherche Clinique

• Identification des structures de soins de la région et des utilisateurs (profils)

• Dossier des préconisations SIMS et accompagnement des utilisateurs et des ARCs

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Démarrage d’une nouvelle région (2)Intégration dans SIMS-REIN

des données existantes

• Enquête CNAM-DHOS 2003

• Bases locales - patients incidents à partir de juin 2003

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Intégration dans SIMS-REINdes données de

l’enquête CNAM-DHOS 2003

• Gestion des données nominatives absentes de la base de l’enquête CNAM-DHOS 2003

• Gestion des données incomplètes, des doublons, du codage médical

• Gestion de l’affectation des patients dans les unités de soins

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État nov. 2004 : intégration dans SIMS-REIN

des données de l’enquête CNAM

3800 dossiers de patient : - 1200 région CENTRE, 2600 en PACA

- Complément et contrôle de qualité des données par les ARCs

- Restent près de 1000 dossiers à vérifier dont plus de 900 en PACA

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État 20 déc 2004. : intégration dans SIMS-REIN

des données de l’enquête CNAM

3800 dossiers de patient :

Restent 6 dossiers à vérifier en PACA

Contrôle de qualité des données de 2 à 5 mois après l’intégration des données de la région PACA et la région Centre dans SIMS-REIN

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Démarrage d’une nouvelle région (3)

Montée en charge en 2005 :

• Ile de France (2 ARCs +/- 1 ARC)• Midi- Pyrénées (1 ARC)• Basse Normandie (1 ARC)• Bourgogne (?)• Pays de Loire (?)

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SIMS-REINSIMS-REIN

Décembre 2004

le réseau humain

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Les néphrologues et SIMS-REIN

170 codes d’accès à l’applicationpour 337 unités de soins

Le réseau n’a pu se développer qu’avec la contribution de l’ensemble des acteurs

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Les médecins coordinateurs

J-C. Aldigier

F. de Cornelissen

H. Maheut

S. Baudin, F. Von Ey

P. Brunet, R. Sambuc

MH. Saïd, P. Niaudet

G. Bobrie

Limousin

Languedoc Roussillon

Champagne Ardenne

Centre

PACA

Pédiatrie

Ile-de-France

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Les Attachés de Recherche Cliniqueet SIMS REIN

Florence Glaudet Françoise Lebeau

Y Duny

Marie-Dominique Lorenzi

Claudette Berquez

Anne-Claire Durand

Pierre Taupin Patricia Chaignot

Limousin


Champagne Ardenne

Centre

PACA

Ile-de-France

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A. Vergnenègre

J-P. Daurès

F. Vitry

J-M. Halimi

J-C. Delaroziere

P. Landais

P. Landais

Limousin


Champagne Ardenne

Centre

PACA

Pédiatrie

Ile-de-France

Structures d’Appui Épidémiologique

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SIMS-REINSIMS-REIN

Décembre 2004

Aspects techniques et fonctionnels

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SIMS-REINSIMS-REIN

Décembre 2004

Serveur d’identité

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clientsuniverselsclients

universelsdonnéesdonnées

Base d’évènementsBase d’évènements

Base d’identitéBase d’identité

Datamart REINDatamart REIN

SIMS : une architecture n-tierSIMS : une architecture n-tier

serveur web dynamique serveur web dynamique

Fonctions métiersInterface Web

JSP

Servlets

Serveurs d’évènements

alimentation

Serveurs d’identités

intégrateur

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Dossier CNIL(Annexes n° 5, 7, 8, 12, 13 & 14)

Mise en œuvre de l’application « Système d’Information Multi-

Sources du Réseau Epidémiologie et Information en Néphrologie »

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Architecture du SI

interface

gestion des droits

création

modification

lecture

reconnais-

sance

identité

algorithme

comparaison

BDD

apprentissage

synchro

batch

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Serveur d’identité

Données médicales

N° Patient

Données médicales

N° Patient

Etat civil

Client

Interface web

Découplage identité et données médicales

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Création d’une base d’identifiantdédoublonnage à la source

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SIMS-REINSIMS-REIN

Décembre 2004

notes techniques et fonctionnelles

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SIMS-REINSIMS-REIN

aspects techniques et fonctionnels : 1. Environnement 2. Transactions3. Exports4. Transferts

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Environnement : migration

1.4

4.0

5.0

Java

Mysql

Tomcat

XML, logging, assertions

robustesse, performances, transactions

performances, gestion mémoire

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Migration à venir

5.0

4.1

5.5

Java

Mysql

Tomcat

metadata, templates, ...

- requêtes imbriquées, - procédures stockées, - contraintes d’intégrité, -fonctionnalités OpenGIS

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Au niveau de l’application :

Encapsulation des traitements dans une servlet générique

=> gestion des connections, erreurs et rollbacks, systématisée

Transactions (1)

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connexion

affichage résultat

traitement erreur

Écriture

Filtre

récupérationexception

Transactions (2)

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Transactions (3)

Au niveau des données :

moteur MyIsam -> InnoDB , compatible ACID

- Atomicity

- Consistency

- Isolation

- Durability

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Exports (1)

Évolution des exports• les exports sont structurés pour faciliter leur utilisation :

- analyse épidémiologique et demande de soins- analyse de l’offre de soins

- analyse annuelle- analyse longitudinale

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Exports (2)

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SIMS-REINSIMS-REIN

Décembre 2004

Transferts

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SIMS-REINSIMS-REIN1. Typologie des problèmes

• transferts et reconstitution des trajectoires

• dates

2. aspects fonctionnels : • mise à jour annuelle

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Transfert vers la greffe (1)

Création des unités de greffe :

- les transferts de greffe se feront dorénavant dans les unités de greffes - et non plus vers l’administrateur SIMS REIN

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Unité de greffe – écriture non autorisée(1)

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Unité de greffe – écriture non autorisée(2)

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Transfert vers la greffe (4)

• Administrateur SIMS-REIN• CHU Reims• CHU La Conception - Marseille• CHU Nice• CHU Tours• CHU Montpellier• Ile de France• Autres

44852453417111015

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Autres transferts

Le retour à domicile et le départ définitif vers un autre pays restent déclarés à l’administrateur SIMS REIN

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SIMS-REINSIMS-REIN

Décembre 2004

nouveaux bordereaux

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Nouveaux bordereaux

Évolution vers le bordereau 2005

- préconisations du Guide du REIN - modifications mineures dans SIMS REIN :

- numéro EfG- qualification des comorbidités- modalités des lieux de traitement- voie d’abord vasculaire

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SIMS-REINSIMS-REIN

Décembre 2004

Sécurité

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Composants de la sécuritéComposants de la sécurité

• Intégrité du système– Contre les attaques extérieures– Contre les pannes logicielles ou

matérielles• Gestion des accès

– Authentification– Autorisation– Accounting (Journalisation)

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Organisation du systèmeOrganisation du système

Internet

Pare-feu

Zone Mandataire(Proxy)

Zone Production

Zone Client

Zone Développement

DétectionD’intrusion

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Principe généralPrincipe général

• La zone production ne communique pas directement avec les autres zones

• Elle n’est accessible que via le mandataire (proxy)

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Rôle du pare-feuRôle du pare-feu

• Routage et filtrage des flux entre les différents segments au niveau des adresses IP et des protocoles (ports)– Protocoles http (port 80) et https (port 443)

autorisés en flux entrant sur la zone proxy, interdits vers les autres zones

• Translation des adresses locales (adressage privé) en adresses publiques légales sur Internet

• Accounting des règles de filtrage

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Rôle du mandataire inverse(reverse proxy)

Rôle du mandataire inverse(reverse proxy)

• Réécriture des URL publiques en URL privées– http://simsrein.necker.fr/index.html ->

http://192.168.2.2/sims/public/index.html• Filtrage au niveau applicatif (filtrage des URL)

– http://simsrein.necker.fr/cgi/test.cgi• Accounting du proxy (Apache mod_proxy)• Gestion de SSL (mod_SSL)

Sens unique

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Détection d’intrusionDétection d’intrusion

• Carte réseau dédiée sans adresse IP pour l’analyse du trafic

• Recherche de signatures d’attaques (SNORT)

• Accounting

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Pannes logicielles et matériellesPannes logicielles et matérielles

• Configuration RAID des serveurs• Serveur de sauvegarde dédié dans la zone

production

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Gestion des accèsGestion des accès

• Utilisation du protocole SSL-TLS– Authentification– Cryptage

• Approche mini-PKI– Certificats serveur– Certificats clients -> distribution des

certificats clients ?

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SIMS-REINSIMS-REIN

Décembre 2004

Contrôle de qualité

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• Procédures mises en place avecles ARC

contrôle de l’exhaustivité et de la qualité des données

SIMS-REIN : Contrôle de qualité

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universels serveur web dynamique serveur web dynamiquedonnéesdonnées

Contrôle exhaustivité et qualitéContrôle exhaustivité et qualité


consolidation


Vérification d’identité


Saisie

brouillon

validation

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Contrôle Exhaustivité : Limousin (1)Contrôle Exhaustivité : Limousin (1)

Centre Lourd Association

PMSI

Code de Dialyse Z491

Listing secrétariat

Patients traités hors région

Contact avec les centres de dialyses

Complément de la base

SIMS REIN

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Monitoring du suivi : Limousin (2)Monitoring du suivi : Limousin (2)

SUIVI ANNUELSUIVI MENSUEL

Listing de chaque centre Listing de la base SIMS REIN

Patients de SIMS REIN absents du listing

des unités

Patients absentsde SIMS REIN

Identification de la sortie de liste

Nouveaux patients

TRANSFERT

GREFFE DECES

Edition du listing

A l’aide de l’outil Mise à Jour dans SIMS REIN

Identification du médecin référentet envoi des fiches

Préparation de la fiche

SAISIE SIMS REIN

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Contrôle Qualité : Languedoc Roussillon (1)

contrôle exhaustif : à partir de la liste SIMS REINvérification exhaustive des 10 items de base

contrôle par sondage:Tirage au sort dans la liste SIMS REINPrise en compte de la taille des échantillons.

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Données SIMS REINcomparées aux données des dossiers

patients

Variables quantitatives:

- Coefficient de correlation intra-classe (ICC).

Variables qualitatives:

- Coefficient Kappa de Cohen

- Classification sur l’échelle de Landis et Koch

- Test de Mac Némar

Contrôle Qualité : Languedoc Roussillon (2)

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Outils de monitoring . listes de requêtes ciblées, . module d’extractions de données, . suivi des mises à jour annuelles

SIMS-REIN : Contrôle de qualité

Rubrique Infos/outils

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Etat suivi « brouillon » ou « validé »

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Etat suivi « consolidé » - unité de dialyse

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Etat suivi « consolidé » - région

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État suivi « exporté » au data warehouse

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2005 : deux objectifs ciblés

• Stabiliser la cohorte

• Compléter la montée en charge

… et préparer le futur

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SIMS-REINSIMS-REIN

Décembre 2004

Évolutions du SIMS

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SIMS – Évolutions

3/ finaliser le SIGNe : Système d’Information Géographique

1/ développer les outils de reporting

2/ stabiliser l’entrepôt de données

4/ développer la modélisation spatio-temporelle

SBIM - 11/04/23 serveur web dynamique serveur web dynamique

Interface Web Fonctions métiers


universelsdonnéesdonnées




Le reportingLe reporting

VUESDWHOutils

tableaux

de

bord

SIG

Analysesstatistiques

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Être identifiable, être identifié

Créer un site SIMS commun

Mise à disposition des informations

JP Jais, M Ben Saïd, L Le Mignot, X Ferreira, JP Necker

IdentifiabilitéIdentifiabilité

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Standardiser et automatiser la présentation des grands axes d’analyse

Standardiser et automatiser la présentation des grands axes d’analyse

[17-44]11,4%

[45-54]9,8%

[55-64]15,4%

[65-74]26,0%

[75+]37,4%

Pourcentages de cas Taux / 106Pourcentages de cas Taux / 106

55,5117,7

258,2

371,9

552,6

0

200

400

600

17-44ans

45-54ans

55-64ans

65-74ans

75 + ans

Incidence selon l’âge

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adapter l’approche spatio-temporelle aux besoins d'évaluation et de décision

simulations et scénarios d’optimisation du couple demande/offre de soins

Programme de recherche

L. Toubiana, J.-B. Richard, P. Landais

Développer le SIGNeProgramme STIC SANTE INSERM-CNRS

Développer le SIGNeProgramme STIC SANTE INSERM-CNRS

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Extraction des données courantes

Entrepôt de

données

Nouvelle

requête

Nouvelle

requête

SIGNe Interface

AlimenteAlimente

Mise à jourMise à jour

Production de données -SIMS

Extraction des données courantesExtraction des données courantes

Entrepôt de

données

Nouvelle

requête

Nouvelle

requête

SIGNe Interface

AlimenteAlimenteAlimenteAlimente

Mise à jourMise à jour

Production de données -SIMS

Le Système d’Information GéographiqueSIGNe

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Le Système d’Information GéographiqueSIGNe

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SIGNe : développer la modélisationspatio-temporelle

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SIMS-REINSIMS-REIN

Décembre 2004

contractualiser

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adapter l’approche SIMS aux besoins d'évaluation et de décision en matière d’IRT pour la Chine, ville de Shanghai

généricité du modèle SIMS appliqué à une autre affection chronique : la polyarthrite rhumatoïde

Programme GENNERE

Michel Simonet, Didier Guillon, Paul Landais

Faire fructifier les partenariats GENNERE

Faire fructifier les partenariats GENNERE

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GENNERE septembre 2004

Contrat Europe – ASIE 2002- 2005

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SIMS-REINSIMS-REIN

Décembre 2004

Communiquer

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communiquercommuniquer

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"l’évaluation des besoins de prise en charge des insuffisants rénaux chroniques au stade terminal : étude de faisabilité de différents scénarios de recueil d’informations pour

répondre aux besoins prioritaires de l’Administration de la Santé, des cliniciens et des chercheurs". B. Stengel, P. Landais

Rapport DGS INSERM 1997

SBIM - 11/04/23

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Néphrologie JOURNAL DE LA SOCIÉTÉ DE NÉPHROLOGIE Vol. 20 N° 1 1999

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B. Kouchner : Insuffisance rénale chronique : vers une politique de santé publique

J. Chanard : L’insuffisance rénale terminale en France La situation de l’insuffisance rénale chronique en France

P. Landais : Épidémiologie de la demande de soins

P. Landais : Offre de soins et prévention

2 février 2002 / 31 / n°4 - pp165-185

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Comptes rendus Biologies Académie Sciences 2002ISSN : 1631-06912002 - Volume 325 - Numéro 4 - pp: 515-528

SIMS@REIN : un système d'information multi-sources pour l'insuffisance rénale terminale

Paul Landais, Ana Simonet, Didier Guillon, Christian Jacquelinet, Mohamed Ben Saïd, Claude Mugnier, Michel Simonet.

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A Multi-Source Information System for End-Stage Renal disease

D. Guillon & P. Landais for the SIMS-REIN WG

E R A - E D T A R e g i s t r y meeting

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A dynamic Web application within an n-tier architecture: a Multi-Source Information System for end-stage renal disease.

Ben Said M, Simonet A, Guillon D, Jacquelinet C, Gaspoz F, Dufour E, Mugnier C, Jais JP, Simonet M, Landais P.

Stud Health Technol Inform.

2003;95:95-100.

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Systèmes d'information de santé (Ingénierie des systèmes d'information-RSTIsérie ISI Vol.8 N° 1/2003)

Un entrepôt de données pour l’aide à la décision sanitaire en néphrologie

A. Simonet, M. Simonet, F. Gaspoz, M.Ben Saïd, D. Guillon, C. Jacquelinet, C. Mugnier, J-P. Jais, P. Landais

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Ontology and Geographical Information System for End-Stage Renal Disease: the SIGNeMichel Simonet, Laurent Toubiana, Ana Simonet, Mohamed Ben Saïd, Paul Landais.

Workshop on fundamental issues on geographic and spatial ontologies,

COSIT’03 Conference on Spatial Information Theory

Ittingen, Switzerland 23 sept. 2003.

SBIM - 11/04/23

Avoiding doubles in distributed nominative medical databases: optimization of the needleman and wunsch algorithm.

Mugnier C, Ben Said M, Le Mignot L, Jais J, Le Bihan C, Landais P.

Medinfo. 2004;2004(CD)PMID: 15360591 [PubMed - in process]

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GIS INTEGRATION IN NEPHROLOGY: A SIGNEJ. Richard, L. Toubiana, M. Ben Said, L. Mignot, JP. Jais, C. Mugnier, P. Landais.

RELIABILITY OF PATIENT IDENTIFICATION IN A MULTISOURCE WEB DATABASEL. Le Mignot, C. Mugnier, M. Said, JP. Jais, J. Richard, C. Le Bihan, P. Landais.

MULTI-SOURCES INFORMATION SYSTEM AND EPIDEMIOLOGICAL FOLLOW UP OF CHRONIC DISEASEM. Ben Said, C. Mugnier, L. Le Mignot, J. Richard, JP. Jais, P. Landais.

Journal of Epidemiology & Community HealthVol 58 Supplement 1

August 2004

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Réseau Epidémiologie et Information en Néphrologie (REIN). Résultats du contrôle de qualité du réseau REIN en Languedoc-RoussillonDuny Y., Landais P., Ben Saïd M., De Cornelissen, F. Marty L., Daurès J.P.

Contrôle d’exhaustivité et de qualité de l’enquête Épidémiologique REIN dans une des régions de l’étude : le LimousinGlaudet F., Aldigier J.C., Lebeau F., Preux P.M., Vergnenegre A.

Volume 52 No Hors-série 1

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Projet SIGNe : Intégration d’un système d’information géographique pour la néphrologieRichard J.B., Toubiana L., Ben Said M., Le Mignot L., Jais J.P., Mugnier C., Landais P.

Dédoublonnage d’identité dans des bases web-dynamiquesmulti-sourcesLe Mignot L., Mugnier C., Ben Said M., Jais J.P., Richard JB., Le Bihan C., Landais P.

Système d’information multi-source et suivi épidémiologiquedes maladies chroniquesBen Saïd M., Mugnier C., Le Mignot L., Richard J.B., Jais J.P., Landais P.

Volume 52 No Hors-série 1

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Genericity of an Epidemiological Network for Nephrology and Rheumatology

A Simonet, M Simonet, CG Bassolet, S Ferriol, C. Gueydan, R Patriarche, HJ Yu, P Hao, Y Liu, W Zhang, N Chen, M Forêt, P Gaudin, M. Ben Saïd, D Guillon,

P Landais.

IDEAS'04-DH Beijing Sept, 1-3 2004Workshop On Medical Information Systems

The Digital Hospital

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GENNERE: a Generic Epidemiological Network for Nephrology and Rheumatology

A Simonet, M Simonet, CG Bassolet, S Ferriol, C Gueydan, R Patriarche, H Yu, P Hao, Y Liu, W Zhang, N Chen, M Forêt, P Gaudin, G De Moor, G Thienpont,

M Ben Saïd, P Landais, D Guillon.

SHANGHAI 8-12 novembre 2004

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Geographical Information System

For End‑Stage Renal Disease: SIGNe,

an Aid to Public Health Decision making.

Toubiana L, Richard JB, Landais P.

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