Comment lancer une « batch » en boucle pour tous vos sujets

La fonction dans SPM qui permet de lancer des « batch » en boucle est « Run Batch Jobs ».

Étape No.1 :

-Vous devez créer votre « batch » de prétraitement générique, c’est-à-dire sans spécifier les volumes pour un sujet spécifique. Vous devez entrer tous les bons paramètres pour chacune des étapes (Realignment, Slice Timing, Coregistration, Segmentation, Normalise, Smooth), et vous devez choisir les « Dependency » entre vos différentes étapes. Donc si vous connaissez bien votre prétraitement, les seules informations que vous devez laisser vides sont la spécification de la « Session » dans l’étape du « Realignment » où vous entrez vos volumes fonctionnels bruts; ainsi que la « Source Image » dans l’étape « Coregister : Estimate » où vous entrez votre image anatomique brute.

Étape No.2 : (voir Figure 1)

-Ouvrez le « Batch editor »

-Cliquez sur « BasicIO », et choisissez « Run Batch Jobs » en bas de la liste

-Dans « Job File(s), allez chercher votre « batch » de prétraitement générique (créé à l’étape 1)

-Dans « Save Generated Batch Jobs », choisissez « Save » pour enregistrer chacune des « batchs » que vous allez lancer. Une façon de faire un contrôle qualité du prétraitement qui a été fait et des paramètres qui ont été sélectionnés.

-Dans « Batch Filename Stub », entrez un nom pour la 1re « batch » qui va être lancée

-Dans « Batch Directory », choisissez dans quel dossier vous voulez enregistrer chacune des « batch »

-Dans « Missing Inputs », je choisis « Don’t run any jobs if missing inputs » pour que Matlab arrête de « process » les « batchs » s’il manque de l’information

-Enfin, cliquez sur « RUN » et « New : Job Inputs »

-Dans « Job Inputs », choisissez « New NIfTI Images » 2 fois pour nos images fonctionnelles et notre image structurelle

-Donc, dans le 1er « NIfTI Images », allez chercher vos données fonctionnelles brutes que vous spécifiez normalement pour l’étape de « Realignment »

-Donc, dans le 2e « NIfTI Images », allez chercher votre image structurelle brute que vous spécifiez normalement pour l’étape de « Coregistration »

Étape No.3 :

-Répliquez le « Run Batch Jobs » le nombre de fois que vous avez de sujets

-Changez les « NIfTI Images » pour chacun des « Run Batch Jobs » subséquents

-Changez le « Batch Filename Stub » pour chacun des « Run Batch Jobs » subséquents

-Enregistrez cette boucle de « batch » dans vos dossiers et LANCEZ !!

Figure 1.