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BIBLIOTHÈQUE DE L'UNIVERSITÉ LAVAL BIBLIOTHÈQUE DE L'UNIVERSITÉ LAVAL 1 MED-2232 Épidémiologie et lecture critique 2 Par les bibliothécaires-conseils Emmanuelle Paquette-Raynard M.S.I, Marie-Claude Laferrière M.S.I. Janvier-février 2018 Recherche d’articles scientifiques dans PubMed et Cochrane

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BIBLIOTHÈQUE DE L'UNIVERSITÉ LAVALBIBLIOTHÈQUE DE L'UNIVERSITÉ LAVAL 1

MED-2232 Épidémiologie et lecture critique 2

Par les bibliothécaires-conseils

Emmanuelle Paquette-Raynard M.S.I,

Marie-Claude Laferrière M.S.I.

Janvier-février 2018

Recherche d’articles scientifiques dans PubMed et

Cochrane

BIBLIOTHÈQUE DE L'UNIVERSITÉ LAVALBIBLIOTHÈQUE DE L'UNIVERSITÉ LAVAL 2

Objectifs de l’atelier

Compétences travaillées:

• Apprendre à faire une recherche structurée dans les bases de données bibliographiques.

• Apprendre à utiliser correctement la syntaxe et à exploiter au maximum les thésaurus à l’intérieur des

bases de données PubMed et Cochrane.

Objectifs spécifiques:

• À la fin de cet atelier, l’étudiant sera en mesure de :

» Explorer les ressources de la Bibliothèque de l’Université Laval.

» Établir sa stratégie de recherche.

» Effectuer des recherches dans les bases de données PubMed (MEDLINE) et Cochrane.

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Plan de la présentation

• Espace Web en médecine

• Rappel: Accès aux ressources électroniques en médecine.

• Apprendre à faire une recherche bibliographique structurée.

• PubMed: structure, thésaurus, syntaxe et principales fonctionnalités.

• Cochrane: structure, thésaurus, syntaxe et principales fonctionnalités.

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Explorer par discipline : Médecine

Vous trouverez les ressources propres à votre discipline telles que:

• Les bases de données spécialisées pour retrouver des articles en médecine;

• Les ensembles de livres électroniques;

• Les ressources cliniques;

• Les atlas, dictionnaires et encyclopédies par spécialités;

• Guide d’installation des applications mobiles

http://bibl.ulaval.ca/web/medecine

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Accès à distance aux ressources électroniques

IDUL

NIP

Modalités et conditions d'accès

• Une fois la session activée, vous pouvez consulter toutes les ressources électroniques désirées.

• Vous devrez donc vous déconnecter à la fin de votre session de travail en cliquant sur dans le coin gauche du navigateur.

• La session expire à la fermeture du navigateur Web ou après 60 minutes d'inactivité.

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Interroger une base de données

•Vocabulaire libre (mots-clés)

•Vocabulaire contrôlé (thésaurus ou sujet)

L’interrogation d’une base de données se fait à l’aide de deux types de

méthodes:

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Vocabulaire

libre (mots-clés)

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La recherche en vocabulaire libre (mots-clés)Généralités

Utilisation de ses propres mots afin de repérer des documents sur un sujet d’intérêt.

Le choix et l’orthographe du mot ont une incidence majeure sur les résultats de recherche.

Les champs à privilégier dans la recherche:• PubMed: [Title/Abstract] • Cochrane: [Title, Abstract, keywords]

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Recherche en vocabulaire libre (mots-clés)

Vos termes de recherche

Les termes utilisés par l’auteur

Olysio

Les articles qui parlent d’Olysio

directement

Pas nécessairement ceux qui parlent de Simeprevir

ou de Galexos

?

Exemple : Je m'intéresse aux traitements de l’hépatite C chronique chez l’adulte

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La recherche en vocabulaire libre (mots-clés)Utilisation de variantes orthographiques et de synonymes pour chacun des

concepts afin de maximiser le repérage.

Synonymes d’obésité:

Body weight, body weights, body-weight, overweight, over weight, over eat, over eating, obesities, obese, visceral obesity, morbid obesity, morbid obesities, abdominal obesity, body fat, fat load, body mass index, quetelet index, BMI, etc.

Synonymes d’enfants: Child, children, childhood, pediatric, pediatrics, etc.

Exemple: Je cherche des articles qui portent sur l’obésité chez les enfants.

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Dictionnaires en ligne

Portail Terminologique de Santé du CiSMeF (CHU de Rouen)

Traduit le MeSH de Medline

Grand dictionnaire terminologique (Office québécois de la langue française)

Termium Plus (Gouvernement du Canada)

Repérer un maximum de synonymes et de variantes orthographiques.

Disponibles : Dictionnaire et ressources sélectionnés > Sélection de dictionnaires et autres ressources > Dictionnaires, grammaires et encyclopédies en ligne

Disponible : Explorer par discipline > médecine > Atlas, dictionnaires et encyclopédies

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Exercice – Portail Terminologique de Santé

(CISMef)

Utilisez le Portail Terminologique de Santé (CISMeF) - HeTOP

Trouvez cinq synonymes anglophones pour la maladie Diabète de type 1.

Autoimmune diabetes

Brittle diabetes mellitus

Insulin dependent diabetes mellitus

Juvenile-onset diabetes / Juvenile onset diabetes

Sudden-onset diabetes mellitus

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Les symbolesPour gagner du temps et de la précision

Troncature : placée à la fin d’un terme, elle permet de repérer toutes les terminaisons

possibles de ce terme.

Child* permet de repérer child, children, childhood.

Guillemets: entourent une phrase, une expression ou une série de mots. Ils permettent de repérer

une série de mots placée dans un ordre précis d’apparition.

"Heart arrest" ou "Cardiac arrest" permet de repêcher ces mots ensemble et écrits de cette exacte façon.

$ * ? | +

*""

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Chercher le vocabulaire libre dans PubMed

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Exercice – Recherche vocabulaire libre

Utilisez la recherche simple ou Advanced de PubMed.

Combien trouvez-vous d’articles sur le diabète insulino-dépendant (Type 1)?

diabetes type 1 > 69 152 résultats

type 1 diabetes > 75 628 résultats

"type 1 diabetes" > 30 445 résultats

diabetes mellitus type 1 > 69 235 résultats

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Vocabulaire

contrôlé (thésaurus ou sujet)

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Recherche en vocabulaire contrôlé (thésaurus ou sujet)

Généralités

Méthode de recherche faite à partir de termes normalisés.

Termes prédéfinis utilisés par les indexeurs d’une base de données pour décrire le contenu des articles scientifiques qu’ils indexent.

Pour utiliser cette méthode, on doit d’abord valider notre terme dans le dictionnaire de la base de données, appelé « thésaurus ».

• Termes normalisés classés et reliés entre eux, du terme le plus général au terme le plus spécifique

Le champ à privilégier dans la recherche pour PubMed et Cochrane: • [MeSH] (Medical Subject Headings).• Ex. PubMed: "diabetes mellitus, type 1"[Mesh]

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Recherche en vocabulaire contrôlé (thésaurus ou sujet)

Avantage: supprime l'ambiguïté du langage naturel (synonymes / variantes

orthographiques)

Brain neoplasms

Brain tumors

Brain cancers

Intracranialneoplasms

Permet de regrouper et de repérer tous les

documents sur un sujet donné

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MeSHAccès au thésaurus de PubMed

Exemple: Je cherche des articles qui parlent de l’adhésion du patient à un régime sans sel.

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Fiche d’un MeSH 1/2

Définition du MeSH

Subdivisions

Synonymes et variantes orthographiques rejetés

Transformation du MeSH en concept majeur

Empêcher l’explosion automatique du terme

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Fiche d’un MeSH 2/2

Arbre sémantique 1

Arbre sémantique 2

Concepts plus spécifiques

Concepts plus généraux

Concepts plus spécifiques

Concepts plus généraux

Suggestions

Ancienne appellation

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Recherche d’articles à partir du MeSH

Sélectionner les options voulues et cliquer sur «Add to search builder». Puis cliquer sur « Search PubMed » pour lancer la recherche.

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Exercice – Recherche avec les MeSH

Combien trouvez-vous d’articles sur la prévention de l’anorexie mentale?

"Anorexia Nervosa/prevention and control"[Mesh]

= 107 résultats

Utilisez la recherche MeSH et les subdivisions

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Structure d’une notice

Titre et Résumé [TIAB]

Type de publication[PT]

MeSH[MeSH]

Terme suivant la barre oblique : subdivision

PMID : Numéro unique de l’article dans PubMed [PMID]

MeSH suivi d’un astérisque : sujet

majeur

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Les opérateurs booléensPour lier les différents concepts

Télé-médecine

Personnel santé

JeunesVaccinationImmunisation

ET/AND OU/OR SAUF/NOT

Limite la recherche à l’intersection des

concepts

Unit les différents synonymes

Exclut un ou plusieurs concepts non souhaités

Précise la recherche, mais ATTENTION

Adultes

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Pour combiner des recherches, vous devez utiliser l’historique de recherche qui se trouve dans Advanced.

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Combiner des recherches – Historique

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Combiner des MeSH

Vous pouvez également utiliser les opérateurs booléens du Builder dans le MeSH Databasepour combiner uniquement des MeSH.

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Combiner des MeSH

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Exercice – Recherche avec opérateurs booléens

Combien trouvez-vous d’articles dont le sujet majeur est l’effet des changements climatiques sur les maladies infectieuses?

"Climate Change"[Majr] AND "Communicable Diseases"[Majr]

= 92 résultats

Utilisez la recherche MeSH et les opérateurs booléens

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Stratégie de recherche systématique

Concept 1 ("Antiprotozoal Agents"[Mesh] OR antiprotozoal[TIAB] OR schizonticides[TIAB])

Concept 2 ("Toxoplasmosis"[Mesh] OR toxoplasm*[TIAB] )

Concept 3 ("Hematopoietic Stem Cell Transplantation"[Mesh] ORHematopoietic Stem Cell Transplantation[TIAB])

Advanced > History #1 AND #2 AND #3

vocabulaire contrôlé + Vocabulaire libre = Requête systématique

Question de recherche : Je cherche des articles sur l’utilisation d’antiprotozoaires pour traiter la

toxoplasmose dans le contexte de la transplantation de cellules souches hématopoïétiques.

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Stratégie de recherche systématique - PubMed

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Quelques fonctionnalités dans

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PubMed

• Interface gratuite pour tous

• Contenu

• Medline

+

• Livres de NCBI

• Articles et manuscrits de PubMed

Central, qui ne sont pas inclus dans

Medline

MedlineOvid

EBSCO

Web of Knowledge

PubMed

PubMed vs Medline

Contenu

Interfaces de recherche

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Les filtres de recherche (limites)À partir de la fenêtre des résultats

• Pour raffiner rapidement les

résultats de recherche (Langue,

âge, date de publication, etc.)

• Plusieurs filtres sont des termes

issus du vocabulaire contrôlé

(MeSH).

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Exercice – Recherche avec les filtres de

recherche

Combien trouvez-vous d’articles en français sur le métabolisme

du cancer du cerveau?

"Brain Neoplasms/metabolism"[Mesh]

Filters : French

= 176 résultats

Utilisez la recherche MeSH et les filtres

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Les filtres cliniques (Clinical Queries)À partir de la page d’accueil

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Les filtres cliniques (Clinical Queries)

• Étiologie

• Pronostic

• Diagnostique

• Thérapeutique

• « Clinical prediction guides »

Permettent de répondre rapidement aux questions cliniques

Exemple: Je cherche des articles dont le sujet est l’étiologie de l’obésité pédiatrique.

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Les filtres cliniques (Clinical Queries)

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Critères de sensibilité et spécificité :• Narrow / specific search : recherche étroite, seuls

les articles les plus pertinents sont retenus.OU• Broad / sensitive search: recherche plus large, les

articles pertinents et articles connexes.

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Exercice – Recherche avec les « Clinical Queries »

Combien trouvez-vous d’articles sur le pronostic des vétérans des forces armées qui souffrent du trouble de stress post-traumatique?

(filtre narrow/ recherche spécifique)

Post traumatic stress disorder veterans / Prognosis / Narrow

= 297 résultats

Ptsd veterans / Prognosis / Narrow

= 344 résultats

Utilisez les PubMed Clinical Queries.

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Obtenir le texte de l’article

Le bouton permet d’accéder aux

abonnements de la bibliothèque.

BIBLIOTHÈQUE DE L'UNIVERSITÉ LAVALBIBLIOTHÈQUE DE L'UNIVERSITÉ LAVAL 42

Single Citation MatcherRetrouver un article scientifique à partir des éléments bibliographiques que

nous avons sous la main (titre, revue, auteur(s), etc.).

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Compte NCBI

• Gratuit!

• Sauvegarder vos recherches et des articles.

• Recevoir des alertes par courriel mentionnant les

nouveaux articles publiés sur votre sujet, de façon

quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle.

• Personnaliser l’interface de PubMed.

Principaux avantages:

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Présentation de Cochrane

Base de données Contenu Article

Cochrane Database of Systematic Reviews Les revues systématiques produites par un groupe Cochrane. 10 002

Cochrane Central Register of Controlled Trials Les études cliniques à la base des revues systématiques. 1 090 489

Database of Abstracts of Reviews of Effects*N’est plus mis à jour depuis avril 2015

Les revues systématiques autres que Cochrane (DARE). 36 795

The Cochrane Methodology Register* *Remis en question, rien depuis juillet 2012

Les recherches sur les méthodologies employées pour les études contrôlées.

15 764

Health Technology Assessment Database*Dernière mise à jour en octobre 2016

Les études sur l’évaluation de la technologie médicale. 16 559

The NHS Economic Evaluation Database*N’est plus mis à jour depuis avril 2015

Les études sur le coût/bénéfices des interventions cliniques. 15 015

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Recherche

Simple

Avancée

Exemple: Je cherche des articles sur l’obésité chez les enfants.

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Structure d’une notice

Résumé :ab

Vocabulaire contrôlé :kw

Titre :ti

Tableaux :tb

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MeSHAccès au thésaurus de Cochrane

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MeSH

Sélectionner les options voulues et cliquer sur «Add to search Manager».

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Recherche complexe

L’historique de recherche ne se fait pas automatiquement. Vous devez cliquer sur «Add to searchManager» à chacune des recherches que vous voulez combiner.

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Exercice – Recherche Cochrane

Trouvez un Cochrane Review.

Est-ce que les vaccins sont efficaces pour prévenir la grippe (influenza) chez les enfants

en santé?

« Les vaccins contre la grippe sont efficaces pour la prévention des cas de grippe chez les enfants âgés

de plus de deux ans, mais on dispose de très peu de preuves pour les enfants âgés de moins de deux

ans ».

Référence: Vaccines for preventing influenza in healthy children, August 2012

Est-ce que la sertraline est un traitement efficace pour les patientes vivant une dépression post-

partum, comparée à un placebo?

“Women with PMD [postpartum depression] are more likely to have a remission of their depression with sertraline treatment, a finding that is more

pronounced in women who have onset of depression within 4 weeks of childbirth.”

Référence: Hantsoo L, Ward-O'Brien D, Czarkowski KA, GueorguievaR, Price LH et Epperson CN. 2014. A randomized, placebo-controlled,

double-blind trial of sertraline for postpartum depression. Psychopharmacology 231(5), 939-48.

Trouvez un Trial.

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Merci

Emmanuelle Paquette Raynard, [email protected]

Marie-Claude Laferrière, [email protected]

Questions ?

Bibliothécaires-conseil Service de clavardage

Offert aux heures d'ouverture du service d'aide à la recherche.