publications02_24

7/25/2019 publications02_24

1/50

Introduction du logiciel libre de statistiques :R et R commander

(La version 05/09/2011)


2/50

Prambule

Le but du prsent document de fournir un point de dpart pour des dbutants

intresss R et surtout le package R commander.

R est un systme danalyse statistique et graphique cre par Ross Ihaka et Robert

Gentleman. R est distribu librement sous les termes de la GNU General Public

Licence; son dveloppent et sa distribution assurs par plusieurs statisticiens

rassembls dans le R Development CoreTeam. R est disponible pour WINDOWS,

Macihtosh et UNIX partir du site internet du Comprehensive R Archive Network

(CRAN). Cependant R est assez compliqu pour des dbutants dutilisateurs du

logiciel statistiques. Pour surmonter ce problmes, le package R commander

(Rcmdr) a t dvelopp par Pr. John FOX de luniversit de McMaster au Canada.

Ce manuel prsente des principales utilisations de R commander en utilisant des

donnes de lenqute de lvaluation du Projet de renforcement du Programme de

Prvention du VIH /JICA et Programme National du sida(PNLS) du ministre de la

Sant Publique Madagascar. Si vous intressez ce manuel et des donnes

dexercice et des suggestions, vous adressez au bureau du Projet.

Je vous souhaite un renforcement de capacit de lanalyse en statistiques de PNLS

et des intresss de ce manuel.

Toshiharu OKAYASU


3/50

Tables des matires

Menu de statistiques R Commander (version 1.7.0) ................................................ 4

Installation de R.................................................................................................................. 5

Installation du package R commander Rmdr) et dmarrage........................................ 8

Donnes dans les packages................................................................................................. 9

Importation des donnes................................................................................................... 11

Convertir des variables numriques en facteurs............................................................. 14

Recoder des variables........................................................................................................ 15

Dcouper une variable numrique en classe.................................................................... 17

Les tableaux croiss la main.......................................................................................... 18

Les tableaux croiss en double entre.............................................................................. 19

Tables de contingences avec tableau plusieurs entres................................................ 20

Fusionner des jeux de donnes......................................................................................... 21

Nom des cas....................................................................................................................... 23

Exporter le jeu de donnes actif....................................................................................... 26

Distribution de frquence................................................................................................. 27

Utilisation de Fentre de Script....................................................................................... 28Eliminer les cas contenant des valeurs manquants........................................................ 29

Graphe en camembert....................................................................................................... 31

Graphe en Nuage de points.............................................................................................. 32

Graphe en 3D .................................................................................................................... 33

Test de corrlation............................................................................................................. 34

Test de normalit de Shapiro Wilk................................................................................... 36Test F de deux variances................................................................................................... 38

Test de Welch..................................................................................................................... 39

Test de Wilcoxon bivari Test non paramtrique pour comparer deux moyennes

40


5/50

Installation de R

Tlchargez R2-13.1-win.exe

(www.r-project.org/)

Double-cliquez sur R-2.13.1-win.exe

Cliquez sur Suivant.

Cliquez sur OK.

Slectionnez la langue

dinstallation.


6/50


Slectionnez toutes les

options et Cliquez sur

Suivant.

Slectionnez sur Non et

cliquez sur Suivant.


7/50

Note : Quand R se dmarre, il peut vous demander les packages manquants. Vous

allez tlchargez ou vous allez copier et coller des packages manquants dans le

fichier de library.

Quand licne de R est sur votre bureau de lordinateur, cliquez droite etslectionnez la proprit.

Cliquez sur Suivant etattendez la finition

dinstallation.



8/50

Installation du package R

commander (Rmdr) et dmarrage

Double cliquez sur licne de R sur votre bureau de lordinateur.

Si la connexion internet est disponible, vous pouvez tlcharger un package de

Rcommander.

Packages >Installer le s) package s)

Slectionnezle pays plus

proche, en cas

de

Madagascar,

Afrique de

Sud estrecommand. Slectionnez

Rcmdr et

Cliquez sur

OK


9/50

R Commander sera apparu.

Donnes dans les packages

Quand vous installez R et Rcmdr, certaines donnes de packages aussi ont t

installes en mme temps. Pour voir et utiliser ces donnes, cliquez sur ;

Donnes > Donnes dans les packages > Liste des jeux des donnes dans les

packages

Quand vous mettez le curseur

au coin de la fentre R

Commander, vous changez la

taille de fentre.

Messages seront affichs avec

chaque lopration.


10/50

Donnes > Donnes dans les packages > Lire des jeux des donnes dans les

packages

Slectionnez le package etdonnes.

Mettez le nom de jeu de

donnes


11/50

Importation des donnes

R Commander peut lire des donnes un ficher text(.csv), le presse-papier,

SPSS(.sav), donnes minitab, Excel , Access, dBase.


12/50

Mettez le nom dun jeu de donnes : Par exemple< DRSP_AaG> et cliquez sur OK.

Chercherez vos donnes dans votre ordinateur.

Si vos donnes dAccess qui a plusieurs tableaux, vous devez slectionner un

tableau et cliquez sur OK.

Slectionnez le type de ficher

(Access, Excel) et cliquezsur Ouvrir


13/50

Si vous voulez voir le jeu des donnes, cliquez sur Visualiser.

Rsums des donnes du jeu des donnes

Pour voir des donnes entiers, cliquez sur ;

Statistiques >Rsums >Jeu de donnes actif

R vous demande la continuit, cliquez sur OK.

Dans la fentre de sortie, un rsum sera affich.-Pour des donnes numriques/quantitatives, Min (Minimum), 1st Qu. (PremierQuantile), Median (Mdian), Mean (Moyenne) ,3rd Qu. (Troisime Quantile) , Max

Quand vous cliquez le triangleen bas droite, vous allez voirdautres variables.Note : R va lire des donnesnon entre automatiquementcomme NA ou case vide.


14/50

Note : Certaines donnes sont traites comme numriques au lieu de donnescatgoriques, il faut changer le type de donnes comme Facteurs (donnescatgoriques). Par exemple, le type de ltude, nous voudrions savoir combien pour2008 et combien pour 2011 mais pas Mdian, ni Moyennne. Il faut les changer pourles donnes en facteurs.

Convertir des variables numriques en facteurs

R a deux types de variables ; variables numriques et facteurs.

Note : pour faire le tableau crois, il faut des variables en facteurs pour des donnes

traites.

Donnes > Grer les variables dans le jeu de donnes actif >Convertir des variables

numriques en facteurs

Pour la case de variables, slectionnez sur TYPEETUDE,


15/50

Vous vrifiez le changement avec la fonction de Rsums des donnes du jeu desdonnes

Exercices : vous allez changer le type de donnes pour des dautre donnes.

Recoder des variables

Quand nous voudrions compter le nombre par catgorie avec des donnesnumrique, il faut recoder des variables. Par exemple, on a besoin le nombre desattributions par catgorie au lieu de Moyenne et Mdian.

Donnes > Grer les variables dans le jeu de donnes actif >Recoder des variables

Ecrivez les noms de niveau. Etcliquez sur OK.Note : ici, nous avons crit lesnombres, mais ils vont les traitercomme facteur (catgorie)


16/50

Pour la vrification de recodage, vous cliquez sur Visualiser.

Pour la vrification de changement , cliquez sur ;Statistiques >Rsums >Jeu de donnes actif

Slectionnez une ou desvariables. Ex.ATTRIBUTIONSEt mettez le nouveau nom.Ex.Attribution_categorie.Entrez les directives derecodage. Pour des donnes enfacteurs, il faut ajouter .Et cliquez sur OK.

Donnes recodes seront

apparues la fin de votre

tableau actif.


17/50

Dcouper une variable numrique en classe

Statistiques >Donne>Dcoder une variable numrique en classe

Slectionnez Variables dcouper. Ex. A2 POPTOTALE.Et mettez le nom de la nouvellevariable. Ex. POP11enClasse.Fixez le nombre de classe. Ex.3.Cliquez sur OK.

Mettez des noms des classes,

Cliquez sur OK.

Si vous glissez ce buton, vous

pouvez changer le nombre de

classes.


18/50

Les tableaux croiss la main

Statistiques >Tables de contingence>Remplir et analyser un tableau double

entre

Mettez des noms de variables

dans les case de 1, 2 et deschiffres dans les cases vides.Note : cette fonction est commeSTATCALC dEpi info.

Donnes en classes serontapparues la fin de tableau.

Vous pouvez changer nombre

de lignes et de colonnes en

glissant les buttons.


19/50

Les tableaux croiss en double entre

Statistiques >Tables de contingence>Tableau double entre

Slectionnez une variable enligne. Ex. PROFESSION.Slectionnez une variable encolonne. Ex. POP11en classe.Cliquez sur OK.

Une case de Frquence

Escompt sera moins de 5, vous

couchez sur Test exact de

Ficher.


20/50

Tables de contingences avec tableau plusieurs entres

Statistiques >Tables de contingence>Tableau plusieurs entres

-Slectionnez une variable enligne. Ex. PROFFESSION.

-Slectionnez une variable encolonne Ex. G11Collaboration.-Slectionnez une ou plusieursvariables de contrles. Ex.POPenclasse.NOTE : variables de contrlevont stratifier le tableau 2x2par chaque variable en facteur.


21/50

Fusionner des jeux de donnes

Tous dabord, il faut insrer le jeu de donnes que vous voulez ajouter.

Donnez >Importation des donnes >depuis Excel, Acess ou dBase

Mettez le nom dun jeu de donnes : Par exemple< DRSP_HaN> et cliquez sur OK.


22/50

Donnes > Fusionner des jeux de donnes

Pour la vrification de la fusion des donnes, cliquez sur Visualiser.

-Mettez le nom du tableau dedonnes fusionnes.-Slectionnez le premier jeu etle second jeu-Slectionnez la Fusion descolonnes.-Cliquez sur OK.


23/50

Nom des casDonnes > Jeu de donnes actif > Nom des cas

Note : Quand vous avez fait la de saisie des donnes avec plusieurs tableaux (Access

etc), vous devez utiliser le mme code (ID) pour chaque donnes de tableaux

diffrents. Cependant R va importer des ordres des donnes diffrents que vous

avez fixs avec Access, car la fusion des jeux de donnes fait avec le nom de cas

(row.names), pas le champ commun.Pour que deux ou plusieurs tableaux se fusionner correctement, il faut utiliser la

fonction de .


24/50


25/50

Note pour 1ertableau, ID sera affich comme row.names.


26/50

Exporter le jeu de donnes actif

R peut exporter le jeu de donnes actif en tant que le fiche texte (.txt)Donnes > Donnes de jeu actif > Exporter le jeu de donnes actif

Cliquez sur OK sil y a pas dechangement.

Vous allez indiquer un endroitde sauvegarder des donnes.


27/50

Distribution de frquence

Statistiques > Rsum >Distribution de frquence

Vous peuvez compter des nombres et pourcentage de donnes en facteur et test

dajustement de Chi-Carre.

Slectionnez une ou plusieurs variables.

Si vous voulez faire un Testdajustement au Chi-deux,slectionnez une variable etcochez la case de Testdajustement.

Vous allez dfinir lesprobabilits dhypothse. Pardfaut R peut calculer desprobabilits en fonction de typede donnes.


28/50

Utilisation de Fentre de Script

Si vous connaissez certains script de R comme sum( ) qui signe le total ou la somme,

vous allez directement crire des script directement dans la Utilisation de Fentre

de Script.

sum(nom de jeu de donnes

actif et ajouter $ et ensuite

nom de variable)

Ex.sum(DRSP_AaG$A31ACSB1

PUBF)

Cliquez Soumettre.

Note : si vos variables

contient NA, R ne peut pas

calculer le la somme.

df=Degrs de

Libert


29/50

Eliminer les cas contenant des valeurs manquants

Donnes > Jeu de donnes actif > Eliminer les cas contenant des valeurs

manquants

Dcochez la case de Inclure tout

si vos variables.Slectionnez une variable etmettez le nom du nouveautableau.Quand vous cliquez sur OK, lenouveau tableau sera apparu entant que le jeu de donnes actif.


30/50


31/50

Graphe en camembertGraphe >Graphe en camembert

Slectionnez une variable et cliquez

sur OK.


32/50

Graphe en Nuage de pointsGraphe > Nuage de points

Ligne des moindres carres

Courbe de lissage

Montre ltendue


33/50

Graphe en 3DGraphe >Graphe en 3D> Nuage de points en 3D

Moindre carre linaire


34/50

Test de corrlationStatistique >Rsum > Test de corrlation

Note. Cette exercice est cvec les donnes de table SDSP_AaG de SDSP final.(Access)

En cliquant Ctrl, vous devez slectionner deux variables.

Pour le Type de corrlation, si votre variables sont comme la distribution normale,

vous utilisez Coefficient de Person, si non coeffcient de Sepearman. Taux de Kendall

est moins utilis par rapport de deux mthodes.

Pour Hypothse alternative, vous slectionnez Bilatral.


35/50

points.

Vrifiez sur la ligne des

r Coeficient de corr

0,2 r 0,2 corrlation trs faible

0,4 r 0,2 0,2 0,4corrlation faible

0, 7 r 0,4 0,4 0,7 correlationmoyennement forte

1,0 r 0,7 0,7 1,0corrlation forte


36/50

Test de normalit de Shapiro WilkStatistiques > Rsum > Test de Normalit de Sapiro Wilk

Comme la value de P >0,05(P=0,8718), on ne peut pas dire que cette variable ne suit

pas la distribution normale Si bien que vous utiliser le test paramtrique.

On va vrifier cette distribution avec une graphe


37/50

Le graphe est comme la

distribution normale.


38/50

Test F de deux variancesAvant que deux comparer deux moyennes, vous devez vrifier que variables cibles

suivent la distribution normale (Test de normalit de Sapio Wilk )et les variances

sont gales ou pas (Test F de deux variances) . Nous voudrions comparer les

moyens de temps en tant que le responsable VIH par profession au niveaux de

DRSP.


39/50

Comme le rsultat de F test de Variance, on prend une hypothse alternative, il faut faire le test de Welch.

Test de Welch

Test de Welch est inclus dans t-test indpendant.

Statistiques > Moyennes > T Test indpendant

Nous avons fait le test de

variance (test F de deux

variance) et rsultat est que

variances ne sont pas gales.

Vous cliquez sur NON.

Attention !

Par dfaut, variance gales :

NON.

Quand vous cliquez sur OUI,

R va calculer T Test

indpendant :


40/50

Test de Wilcoxon bivari (Test non paramtrique pour comparer deux

moyennes (Mdians)

Nous voudrions comparer la moyenne de deux groupes de FS (2008 et 2011) pour la

ralisation de dpistage du VIH en 2011.

Cette variable ne se

ressemble avec la distribution


41/50

Le rsultat de test de Sapiro Wilk est

P


42/50

Note : Le test non paramtrique ne montre pas la moyenne mais le mdian car les

variables ne suit pas la distribution normale.


43/50

R commander Personnalis

Vous pouvez personnaliser R commander en modifiant le fichier MyProgramme.R

et le fichier Rcmdr-menus. Si vous ne connaissez pas des programmations ou

Rcmdr, il vaux mieux consulter cette partie quelquun qui connaisse R commander

et/ou programmation. Si vous avez des fichiers de MyProgramme.R et

Rcmdr-menus qui ont dj personnalis, vous les copiez et coller dans le dossier

avec Rpertoire : MyDocement>R>win-library>2.13>Rcmdr>etc ou Programmefiles>R>library>2.13>Rcmdr>etc.

Si vous ouvrerez Rcmdr-meus, le contenu va sapparaitre comme ci-dessous ;

Si vous modifiez Rcmdr-menus, menus peuvent tre chang.


44/50

Avec notre atelier du 29 aout au 2 septembre 2011, nous avons ajout les fonctions

de Somme des donnes,(Statistiques >Ajouter >Sommes des

Donnes) ,Histogramme Stratifi(Graphes >Ajouter > Histogramme Stratifie) ,

Histogramme Stratifi 2(Graphes >Ajouter > Histogramme Stratifie2), Diagramme

de transition individuelle(Graphes >Ajouter >Diagramme de transition

individuelle), Rgression de Cox(Statistiques >Ajustement de Modles >Rgression

de Cox) dans R commander.


45/50

45

ANNEXE : Test statistique de base et R commander


46/50

46

Type de donnes


47/50

47

Schma de test statistique 1


48/50

48

Schma de test statistique 2


49/50

49

Distribution T


50/50

50

Distribution Chi-carre

publications02_24

Documents