outils de gestion bibliographique

Décembre 2009 URFIST - SCD U.Rennes 1 1

Outils de gestion bibliographiques

Maîtrise de l'information scientifique en doctorat


PLAN

1/ Introduction : les logiciels de bibliographie personnelle

2/ Deux exemples de plateformes de partage de références / de signets : CiteUlike et Connotea

3/ Gérer ses références avec Zotero


1/ Utilité de la gestion automatisée des références bibliographiques

• Pouvoir importer automatiquement des lots de références résultant de recherches sur des bases de données ou de recherches de pages web

• Pouvoir exploiter facilement de gros corpus de références structurés en base de données

• Pouvoir récupérer des références lors de l’écriture d’un texte et pour établir sa bibliographie

• Pouvoir formater automatiquement des références selon les normes d’écriture et conventions en vigueur

• Faire une saisie unique des données et adapter ensuite en fonction du produit souhaité


1/ Quels outils ?

• Un grand nombre de produits

• Développement permanent de nouveaux logiciels

• Evolution et multiplication des fonctions

• Des outils multi-plateformes ou non


1/ Quels outils ?

Typologies des Logiciels de gestion de références :

– Libres ou propriétaires– Gratuits ou commerciaux– En ligne ou à installer en local– Outils individuels ou de partage– Outils à forte intégration web ou outils à

orientation plus bibliographique– Outils professionnels ou plus basiques


1/ Quels outils ?

Quelques grands logiciels professionnels (commerciaux) :

– EndNote– EndNote Web (en ligne)– Reference Manager

– RefWorks

édités par Thomson Reuters http://www.thomsonreuters.com/

Logiciel en lignehttp://www.refworks.com

http://www.thomsonreuters.com/

http://www.refworks.com/

http://www.refworks.com/


1. Quels outils ?

Outils gratuits (références et / ou signets web)

En ligne BibMe

Bibsonomy

CiteUlike

Connotea

HotReference

WizFolio (version de base)

Zotero (version 2)

En local Bibus

JabRef

Zotero

Quelques logiciels de bibliographie personnelle

http://www.bibme.org/

http://www.bibsonomy.org/

http://fr.citeulike.org/

http://www.connotea.org/

http://www.hotreference.com/login.php

https://home.wizfolio.com/

http://www.zotero.org/

http://bibus-biblio.sourceforge.net/

http://jabref.sourceforge.net/



2. Plateformes de partage

• CiteUlike


2. Plateformes de partage :

CiteUlike

– http://www.citeulike.org/

– créé en 2004 + développements ultérieurs– Gestion de références en ligne gratuite (sur

inscription)– Sauvegarde, recherche, et partage de références

d’articles / STM– Fils RSS pour mettre en place une veille sur un

thème ou un tag + Watchlist– Accès possible aux 13 507 revues auxquelles

CiteUlike est abonné– Export vers Zotero

http://www.citeulike.org/





CiteUlike

– 3 modes d’intégration des références :• Intégration automatisée par bookmarklet à intégrer dans le

navigateur• Intégration automatisée à partir d’une liste de sommaires dans

CiteUlike• Intégration manuelle

– Sources diverses :• Sites d’éditeurs commerciaux (ex: Elsevier, Springer)• Agrégateurs (ex: Ingenta, JSTOR)• Archives ouvertes (ex: ArXiv)• Librairies (ex: Amazon)

– Edition des références dans diverses normes :• Harvard, Nature, Elsevier…



CiteUlike

Copier l’URL de la page web



CiteUlike

Saisir les données dans chacun des champs :

-Champs obligatoires

- champs optionnels

Aide sur la manière de remplir les champs


Le bouton « Post to CiteUlike » ajoute la référence à la bibliothèque personnelle


CiteUlike



CiteUlike

Notice de la référence à ajouter

La notice peut être :

- enrichie (tags, notes, fichier attaché…)

- partagée ou non



CiteUlike

Les références de la bibliothèque

Gestion des références de la bibliothèque :

- Non lues

- Recherche dans la bibliothèque

- Auteurs / Tags de la bibliothèque

- Import / Export de références

-…



CiteUlike

formats d’export :

PDF, RTF, RIS, bibTeX, Formatted Text, Delicious

Liste de veille et flux RSS



CiteUlike

Choix du format de fichier

Choix d’un style



Connotea

• Connotea



Connotea

– http://www.connotea.org/

– Lancé en 2004 par la revue Nature (Nature Publishing Group)

– Service en ligne gratuit– Création, gestion, partage de sa bibliographie de

références en ligne gratuit / accès à l’ensemble des références partagées dans Connotea

– + Partage de signets dans le monde académique– Annotation / Tags– Extraction automatique de références bibliographiques– Abonnement RSS aux listes des autres utilisateurs ou tags

spécifiques– Export possible






Connotea

– Installation des boutons Connotea dans la barre personnelle navigateur

• « My Library »• « Add to Connotea »• « Connotea Comments »

– Intégration de signets en cours de navigation• Page courante + clic sur Add Connotea



Connotea

– Intégration de signets en cours de navigation

Page web courante

Cliquer sur « Add to Connotea »



Connotea

– Utilisation de la toolbox pour gérer sa bibliothèque

Boîte à outils Connotea



Connotea

– Toolbox• Ajouter manuellement un bookmark / une référence• Créer un groupe (public ou privé) et accéder aux signets du

groupe• Ajouter une note pour un tag• Renommer un tag• Utiliser les bookmarklets• Importer des signets / des références depuis un fichier local• Exporter la collection de signets / de références• Paramètres du compte• Paramètre avancés• Rapporter un problème



Connotea

– Edition d’un bookmark / d’une référence

Partage du bookmark de la référence



Connotea

– Mutualisation des signets• Option de partage des signets• Recherche dans les signets et les tags de la communauté

– Fenêtre de recherche– Par sélection dans la liste des signets, des tags, des

utilisateurs Connotea• Copie et ajout d’un signet public à sa bibliothèque• Possibilité de s’abonner aux listes d’autres utilisateurs ou à

des tags spécifiques par fils RSS• Possibilité d’exporter une liste aussi bien que sa bibliothèque



Connotea

– Mutualisation des signets

• Possibilité de s’abonner aux listes d’autres utilisateurs ou à des tags spécifiques par fils RSS

• Possibilité d’exporter une liste aussi bien que sa bibliothèque


3. Gérer ses références avec Zotero

- Présentation générale de Zotero

- Comment installer Zotero ?- L’interface de travail - Importer des références- Créer et manipuler des références- Classer, organiser, gérer ses références- Choisir un style et produire une bibliographie- Utiliser zotero en travaillant sur un traitement de

texte- Exporter ses références- Synchroniser ses références : zotero en ligne



• Fiche d’identité

• Site de référence : http://www.zotero.org

– Téléchargement de la version 1.0.10 • version locale la plus récente,

stabilisée– Version 2.0 beta

• synchronisation et accès aux références en ligne via un serveur

– Une extension (plugin) de Firefox • À partir de la version 2 de

Firefox

– Open source : logiciel libre et gratuit

– Lancé en octobre 2006

– Par le Centre for History and New Media) de l’Université George Mason (USA)

– Soutenu par divers organismes, dont la Andrew W. Mellon Foundation

Un outil de gestion de références et de signets




• Quelques ressources :– Le site de Zotero, http://www.zotero.org– Le blog francophone de Zotero, http://zotero.hypotheses.org – Manuel Zotero (Hospices Civils de Lyon),

http://portaildoc.chu-lyon.fr/hcldoc/uploads/media/manuel_Zotero.pdf

– Fiche Zotero / ECLORE, http://www.projet-plume.org/ressource/eclore

– FAQ Zotero / URFIST de Nice, http://wiki-urfist.unice.fr/wiki_urfist/index.php/ZOTERO_un_Logiciel_de_bibliographie_2.0

– Supports pédagogiques• Perrine Helly,

http://www.slideshare.net/phelly/zotero-formation-de-formateurs

• François Magnan, http://www.urfist.cict.fr/IMG/ppt_zotero.ppt


http://zotero.hypotheses.org/



http://www.projet-plume.org/ressource/eclore

http://wiki-urfist.unice.fr/wiki_urfist/index.php/ZOTERO_un_Logiciel_de_bibliographie_2.0

http://wiki-urfist.unice.fr/wiki_urfist/index.php/ZOTERO_un_Logiciel_de_bibliographie_2.0



http://www.urfist.cict.fr/IMG/ppt_zotero.ppt



• Que peut-on faire avec Zotero ?

Etc.

Bibliographie

1__________2__________3__________4__________5__________

Article avec citations et bibliographie

Pages web


3.Gérer ses références avec Zotero

• Que peut-on faire avec Zotero ?

• Constituer sa base personnelle de références en saisissant ou important les données

• Annoter ses références• Trier, classer ses références et organiser sa base• Rechercher des références précises dans sa base• Gérer le texte intégral• Produire automatiquement sa bibliographie dans un style

donné• Récupérer des références pour intégrer des citations et sa

bibliographie en rédigeant sur un traitement de texte• Exporter ses références



• Que peut-on faire avec Zotero en ligne ?

• Accéder à sa base de références où qu’on soit

• Créer des groupes• Diffuser et partager sa base de références• Suivre d’autres personnes sur Zotero serveur

(Zotero People)


3. Gérer ses références avec Zotero. Installer Zotero

• 3 possibilités :– A partir de la page http://www.zotero.org– À partir de la page https://addons.mozilla.org/fr/firefox/ – Sous Firefox, à partir du menu Outils > Modules

complémentaires

• À utiliser avec Mozilla Firefox, version 2 ou 3 (pour zotero 2.0)

• Citation pendant la rédaction :– Installation complémentaire du module d’interfaçage avec le

traitement de texte (Word et Open Office)

• Après l’installation de Zotero : redémarrer Firefox– Icône Zotero en bas à droite de l’écran (réduire ou développer) +

Menu Outils > Zotero


https://addons.mozilla.org/fr/firefox/


3. Gérer ses références avec Zotero. Installer Zotero

• Activation / désactivation de Zotero

– Menu « Outils > Modules complémentaires » de Firefox


3. Gérer ses références avec Zotero. Premières références

• Récupération de références

– Ex : requête « téléphonie mobile » sur ScienceDirect ou sur le SUDOC, (http://www.sudoc.abes.fr/)

Récupération d’un lot de références




Références récupérées dans Zotero


3. Gérer ses références avec Zotero. L’interface

• L’interface de Zotero : en 3 panneaux

– La bibliothèque et ses collections

– La liste des références d’une collection donnée

– Le détail de la référence sélectionnée

– + la barre d’action et le panneau des marqueurs



Bibliothèque et ses

collections

Liste des signets / références

Une référence

Panneau des

marqueurs



La barre d’outils



La barre d’outils

– Créer une nouvelle collection (ou une sous-collection)

– Montrer / cacher le sélecteur de marqueurs

– Actions : Importer, exporter une bibliothèque, créer une chronologie, gérer les préférences …

– Nouvel élément : créer un type de document et faire le lien vers le fichier de texte intégral

– Créer un nouvel élément à partir de la page courante = à partir de la page ouverte dans le navigateur en utilisant les métadonnées du site; une capture d’écran est liée à la notice



– Enregistrer le lien vers la page courante = juste le lien vers le site sans donnée bibliographique

– Capturer la page courante = ajouter une capture d’écran (page du site enregistrée sur l’ordinateur personnel)

– Nouvelle note indépendante = ajoute une note indépendante d’un élément, ajoutée comme référence

– Recherche avancée = recherche dans la base

– Passage en mode plein écran



Les Préférencess :

Actions > Préférences dans la barre d’outils


3. Gérer ses références avec Zotero. Créer et manipuler des références

Une référence complète : onglet info


3. Gérer ses références avec Zotero . Créer et manipuler des références

La référence

– Onglet Info = les différents éléments de la référence• Localiser : résolveur de lien• Afficher … : la capture d’écran, le fichier, la page

– Onglet Notes = possibilité d’ajouter une note liée à la référence bibliographique

– Onglet Fichiers joints = possibilité de joindre un ou plusieurs fichiers à l’élément

– Onglets Marqueurs = possibilité d’apposer des tags (mots clés libres) sur une référence

– Onglet Connexe = possibilité de faire un lien entre deux éléments (référence, notes)



La référence

– Bouton « Afficher » / Onglet Info• Afficher, Afficher le fichier, Afficher la page ou la capture

d’écran• Pour visualiser la page web ou le fichier attaché à la

notice (URL ou fichier joint)

– Bouton « Localiser » / Onglet Info• Pour lancer le résolveur de lien OpenURL à partir des

données bibliographiques de l’élément• Voir les préférences générales de Zotero pour le

paramétrage du serveur de résolution



• Les types de référence– Menu

déroulant– 34 types de

références



• Ensemble de champs pour chaque type de référence



• Entrée manuelle de nouveaux éléments et modification des éléments importés

• Modification des éléments



• Modifier une référence

Modification d’un champ

Ajout de données supplémentaires



• Créer une nouvelle référence


3. Gérer ses références avec Zotero. Importer des références

Sites « Zotero compatibles » :

• voir http://www.zotero.org/translators • ex : ScienceDirect, Google Scholar et Books, PubMed,

Amazon, Revues.org, Citeseer, Bases Ebsco Host, SUDOC …

• Plateformes de partage de références comme CiteUlike• Icone dans la barre d’adresse

– Sites partiellement compatibles (ex : HAL)

– Récupération sur les sites compatibles• de références multiples (en cliquant sur le dossier

jaune dans barre d’adresse)

• référence par référence (en cliquant sur l’icône de document)Source des images :

Maire - AgroParisTech-Engref, Montpellier

http://www.zotero.org/translators



• Import d’un ensemble de références

• Import de références individualisées

• Alimenter la base en choisissant diverses sources



• Références de pages web

– Création d’un élément à partir de la page web courante (métadonnées)

– Capture d’écran– Lien vers page

courante

• Choisir la collection adéquate



Importer des fichiers de références depuis d’autres logiciels

– Ex : formats RIS, bibteX

– Utiliser le menu Actions > Import, après avoir fait une procédure d’export de fichier sous l’autre outil bibliographique


3. Gérer ses références avec Zotero. Classer, organiser, gérer ses références

• Ma bibliothèque

Contient toutes les références



• Gestion des collections de la bibliothèque – Créer une collection /

des sous-collections – Nouvelle sous-

collection– Renommer la collection– Supprimer la collection– Exporter la collection– Classer les références

Clic droit

C’est la collection sélectionnée qui reçoit les références importées Déplacement d’éléments par glisser-

déposer dans une collection



• Gestion de la base personnelle

– Modification de références– Gestion du texte intégral– Recherche dans la base– Tri des notices– Ajout de notes de lecture– Ajout de tags (marqueurs)– Export de la bibliothèque de références– Lien de deux notices



Enrichir ses références : annoter ses collections de références

Ajouter un tag

Afficher les tags et rechercher

par tag



• Créer une note indépendante

• Créer une note liée à un élément



• Onglet Fichier joint

– Lien vers un fichier : lien vers fichier stocké en local (Mes documents, bureau)

– Stocker une copie du fichier : lien plus pérenne (stockage dans un sous-répertoire du dossier système de zotero

– Enregistrer le lien vers la page courante : l’URL de la page

– Capturer la page courante : page figée



Recherche dans la bibliothèque de références

Fenêtre de recherche avancée,

accessible par la barre

d’outils

Possibilité d’enregistre

r la recherche



• Créer une chronologie– Menu Actions


3. Gérer ses références avec Zotero. Exporter la bibliothèque

• Menu Actions > Exporter la bibliothèque

• Formats d’export :– Zotero RDF, MODS, RIS,

Refer / BibiX, Unqualified Dublin Core RDF, Wikipedia Citation Templates, BibTeX


3. Gérer ses références avec Zotero. Produire une bibliographie

• Création d’une bibliographie– À partir d’une collection donnée– Formatage dans un style donné (styles par

défaut + page Repository pour les styles : http://www.zotero.org/styles )

• Passerelle avec les traitements de texte

– Avec Word et Open Office– Choix d’un style – Insertion de citations– Création d’une bibliographie

http://www.zotero.org/styles





Générer automatiquement une bibliographie

En utilisant le menu contextuelà partir de la collection souhaitée



Formater sa bibliographie– Utilisation des styles fournis par Zotero

Enregistrement en format RTF ou HTML

Voir dans les préférences le style par défaut



Styles Zotero

– 18 choix de styles par défaut dans l’interface– Voir aussi http://www.zotero.org/styles

• Possibilité d’installer d’autres styles• Aperçu du style en positionnant la souris sur le lien

– Pas d’interface graphique de modification ou de création de style

– Création de style avec le langage CSL• Le générateur CSL de Zotero :

chrome://zotero/content/tools/csledit.xul • Utilisation possible aussi de Simple Style Generator

http://www.somwhere.org/csl/ • Projet de styles francophones de Zotero : https://

www.zotero.org/trac/ticket/1216




http://www.somwhere.org/csl/

https://www.zotero.org/trac/ticket/1216





3. Gérer ses références avec Zotero. Produire un rapport


3. Gérer ses références avec Zotero. Utiliser Zotero dans Word ou Open Office

• Plugin spécifique pour installer la barre d’outils Zotero dans le traitement de texte– Lié aux versions du système

d’exploitation et du traitement de texte

– Installation dans word• Si word en français,

procéder à l’installation manuelle (dans le dossier de démarrage de Word)


3. Gérer ses références avec Zotero. Utiliser Zotero dans Word ou Open Office

• Citer dans un traitement de texte depuis Zotero

Barre d’outils Zotero dans

Word

Editer une

référence

Insérer une référence

Créer la bibliographie

Editer la bibliograph

ie

Choisir / Modifier le style

Rafraîchir l’affichage

des références


3. Gérer ses références avec Zotero. Utiliser Zotero en ligne

Version 2.0

– Création d’un compte sur le serveur Zotero• Accès à My Library• Groupes• Zotero People

– Possibilité de synchroniser ses références

– Partage des références



• Version 2.0



• Nouvelles fonctions collaboratives : Zotero 2.0 (version 2.0b7.6)

Transition vers des fonctionnalités en ligne

– Synchronisation de la bibliothèque / serveur Zotero

– Sauvegarde et consultation en ligne via le site web et compte utilisateur zotero

– Synchronisation des documents attachés avec un serveur WebDav



– Création de groupes privés ou publics / interaction avec les bibliothèques propres à des groupes définis

– Réseaux de personnes

– Suivi de bibliothèques publiques par flux RSS• Ex :

http://www.zotero.org/groups/non-collaborative_research/items



outils de gestion bibliographique

Education

traitement de texte

manipuler des rfrences

rcupration de rfrences

exporter ses rfrences

grer ses rfrences

plateformes de partage

la barre doutils

mutualisation des signets