méthode générale et mise en œuvre du programme carnet...

Document de travail

Méthode générale et mise en œuvre du

programme CarNET B

Direction de la Recherche, de l’Expertise et de la Valorisation

Service du Patrimoine Naturel

Direction Déléguée au Développement Durable, à la Conservation de la Nature et à l’Expertise

ROBERT Solène1, GOURDAIN Philippe2, PONCET Laurent3

Version 4

Novembre 2012

Le Service du Patrimoine Naturel (SPN)

Inventorier - Gérer - Analyser - Diffuser

Au sein de la direction de la recherche, de l’expertise et de la valorisation (DIREV), le Service du Patrimoine Naturel développe la mission d'expertise confiée au Muséum national d'Histoire naturelle pour la connaissance et la conservation de la nature. Il a vocation à couvrir l'ensemble de la thématique biodiversité (faune/flore/habitat) et géodiversité au niveau français (terrestre, marine, métropolitaine et ultra-marine). Il est chargé de la mutualisation et de l'optimisation de la collecte, de la synthèse et la diffusion d'informations sur le patrimoine naturel.

Placé à l'interface entre la recherche scientifique et les décideurs, il travaille de façon partenariale avec l'ensemble des acteurs de la biodiversité afin de pouvoir répondre à sa mission de coordination scientifique de l’Inventaire national du Patrimoine naturel (code de l'environnement : L411-5).

Un objectif : contribuer à la conservation de la Nature en mettant les meilleures connaissances à disposition et en développant l'expertise.

En savoir plus : http://www.mnhn.fr/spn/

Directeur : Jean-Philippe SIBLET Adjoint au directeur en charge des programmes de connaissance : Laurent PONCET Adjoint au directeur en charge des programmes de conservation : Julien TOUROULT

Porté par le SPN, cet inventaire est l'aboutissement d'une démarche qui associe scientifiques, collectivités territoriales, naturalistes et associations de protection de la nature en vue d'établir une synthèse sur le patrimoine naturel en France. Les données fournies par les partenaires sont organisées, gérées, validées et diffusées par le MNHN. Ce système est un dispositif clé du SINP et de l'Observatoire National de la Biodiversité.

Afin de gérer cette importante source d'informations, le Muséum a construit une base de données permettant d'unifier les données à l’aide de référentiels taxonomiques, géographiques et administratifs. Il est ainsi possible d'accéder à des listes d'espèces par commune, par espace protégé ou par maille de 10x10 km. Grâce à ces systèmes de référence, il est possible de produire des synthèses quelle que soit la source d'information.

Ce système d'information permet de mutualiser au niveau national ce qui était jusqu'à présent éparpillé à la fois en métropole comme en outre-mer et aussi bien pour la partie terrestre que pour la partie marine. C’est une contribution majeure pour la connaissance, l'expertise et l'élaboration de stratégies de conservation efficaces du patrimoine naturel.

En savoir plus : http://inpn.mnhn.fr

http://www.mnhn.fr/spn/http://inpn.mnhn.fr/accueil/index

1 Service du Patrimoine Naturel, Muséum National d’Histoire Naturelle, 36 rue Geoffroy Saint-

Hilaire, CP 41, 75005 PARIS : (33)1 71 21 46 37

2 Service du Patrimoine Naturel, Muséum National d’Histoire Naturelle, 4 Avenue du Petit

Château, 91800 Brunoy, France. Téléphone: (33)1 60 47 92 11, e-mail: [email protected]

3 Service du Patrimoine Naturel, Muséum National d’Histoire Naturelle, 36 rue Geoffroy Saint-

Hilaire, CP 41, 75005 PARIS : (33)1 40 79 35 52

Document soumis à relecture par les membres du comité de pilotage CarNET B

mailto:[email protected]

A] Méthode générale du programme CarNET B ................................................................................................ 6

B] Mise en œuvre du programme CarNET B ....................................................................................................... 9

1. Etablissement des listes de référence régionales .................................................................................. 9

a. Objectifs .............................................................................................................................................................. 9

b. Constitution .................................................................................................................................................... 10

2. Réalisation des inventaires........................................................................................................................... 11

3. Détails des informations à transmettre ................................................................................................... 12

a. Informations fondamentales ................................................................................................................... 13

i. Où ? ............................................................................................................................................................... 13

ii. Quand ? ........................................................................................................................................................ 14

iii. Qui ? ......................................................................................................................................................... 14

iv. Quoi ?............................................................................................................................................................ 15

v. Statut biologique (uniquement pour la faune) ........................................................................... 15

vi. Indicateur de spontanéité (pour la flore) ..................................................................................... 16

vii. Observation douteuse (taxonomie) ............................................................................................ 16

viii. Statut d’observation .......................................................................................................................... 16

ix. Niveau de connaissance ....................................................................................................................... 17

b. Informations complémentaires ............................................................................................................. 19

i. Habitat d’espèce/ Substrat.................................................................................................................. 19

ii. Nombre de contacts / Indices / Abondance / Sexes / Stades de vie / Etat…................. 19

c. Formats standards de données .............................................................................................................. 21

i. Récapitulatif des formats standards de données brutes ........................................................ 21

ii. Récapitulatif des formats standards de données dégradées (Maille 10x10Km L93) . 24

iii. Récapitulatif des formats standards pour la restitution du niveau de connaissance 25

4. Mise en œuvre de la remontée des données ......................................................................................... 25

a. ORGANISATION GENERALE DES FLUX DE DONNEES ................................................................. 25

i. DONNEES FAUNE .................................................................................................................................... 25

ii. DONNEES FLORE .................................................................................................................................... 26

a. MISE EN OEUVRE DES FLUX DE DONNEES ...................................................................................... 26

II. Présentation de l’outil CardObs ............................................................................................................. 27

b. Aide à la saisie / import ............................................................................................................................ 30

i. Saisie ou import sur CardObs ............................................................................................................ 30

iii. Aide au transfert de données ........................................................................................................ 32

iv. VERIFICATION A EFFECTUER ET ERREURS COURANTES A EVITER ............................... 33

5. Méthodologie pour la restriction géographique des données à la maille ................................. 33

a. A partir de données par point ................................................................................................................ 34

b. A partir de données par commune, par polygone « libre » ou par tronçon ......................... 35

6. Mise en œuvre de la phase de validation/correction ........................................................................ 39

7. Restitution des enjeux de biodiversité remarquable......................................................................... 39

8. Diffusion et mise à disposition des données ......................................................................................... 39

A] METHODE GENERALE DU PROGRAMME CARNET B

CarNET B est un programme qui comporte deux objectifs. Le premier vise en une amélioration de la connaissance de la biodiversité soumise à réglementation et par extension à la biodiversité en générale. Le second vise à disposer d’une information synthétique pouvant être prise en compte, le plus en amont possible, dans les études relatives à la réalisation d’infrastructures de transport. Mis en place à ce jour sur deux régions test (Centre et Lorraine), CarNET B se veut déployé, à terme, sur l’ensemble du territoire métropolitain (Corse exclue). La réponse aux objectifs du programme sera effectuée en faisant appel à l’ensemble de la connaissance disponible (mutualisation de l’existant et inventaires complémentaires) à laquelle s’ajoutera une couche d’expertise (dires d’expert, traitements statistiques et modélisation,…). Centralisateur, le programme s’appuiera sur l’ensemble des acteurs identifiés comme porteurs de connaissance et sera en interaction avec les programmes publics en place. Les données recueillies dans CarNET B viendront enrichir les inventaires en cours en intégrant la base de l’INPN. De cette mutualisation seront issues les couches de synthèse pour le programme sur un maillage 10x10Km dans la projection nationale RGF Lambert 93 pour les espèces ayant des niveaux de priorité « Carnet B » 1 et 2. Un suivi de l’évolution des connaissances sera mis en place au fur et à mesure du déroulement du programme via l’identification des lacunes de connaissance, taxonomiques et géographiques, que le programme tend à combler. Des indicateurs de suivi seront donc générés tout au long de la procédure, afin de rendre compte des avancés d’une part, et des perspectives futures (orientation des inventaires à mettre en œuvre pour améliorer la connaissance) d’autre part, et ce, pour chacune des régions concernées. Ce suivi est intimement dépendant de l’élaboration de listes de référence pour les espèces des niveaux de priorité 1 et 2. Issue du regroupement des informations disponibles au niveau national, ces listes ont vocation à être soumises à l’expertise régionale et, ainsi, à évoluer au cours du programme. Des espèces pourront ainsi être retirées de la liste, ou au contraire, ajoutées, selon les résultats découlant des prospections et les évolutions règlementaires. Les données recueillies dans le cadre de CarNET B sont de plusieurs types : existantes (bibliographie, terrain, collection) et issues des inventaires de terrain complémentaires ; concernent les données d’espèces (faune et flore) ainsi que les données d’habitats. En raison de l’évolution temporelle et spatiale des espèces, seules les données récentes (postérieures à 2000) seront utilisées pour répondre aux objectifs du programme. Cependant, les données « anciennes » pourront être adjointes à ces données « récentes » pour confirmer une observation ou une disparition. Le programme n’impose pas d’outil spécifique pour la remontée des données afin de respecter la variabilité des outils préexistants. Tous modes de restitution seront admis, sous réserve que les données transmises respectent un format standard et fournissent les informations qualifiées de fondamentales dans le cadre du programme pour répondre de manière optimale aux objectifs. Ce format évolue à terme vers le standard de données du SINP. Outre le recueil de données d’observation de présence, le programme se veut également producteur de connaissance sur l’absence. Il vise ainsi à la qualification de celle-ci, via l’attribution d’un niveau de connaissance, sur l’ensemble des mailles du territoire concerné et pour chacune des espèces et habitats présentes dans la liste de référence établie (niveaux de priorité 1 et 2). L’attribution du « niveau de connaissance » devra être issue d’une démarche construite, basée sur une méthodologie de bancarisation et de qualification des différentes méthodes recensées. Le programme devra œuvrer, en association avec l’ensemble des

programmes d’inventaire existants, vers une standardisation des méthodes de terrain par groupe taxonomique (matériel et technique employés) et des méthodes d’échantillonnages (protocole de collecte). La qualification des méthodes sera effectuée via l’identification des paramètres impactant (finalité, échelle de réponse, …). L’attribution du niveau de connaissance sera donc dépendante de la qualification générique des méthodes à laquelle s’ajouteront les critères spécifiques au programme et aux objectifs recherchés. Le tout étant porté par un avis d’expert. A terme, la bibliothèque des méthodes se voudra être un outil d’aide à l’attribution du niveau de connaissance. L’étape de validation et de correction des données collectées sera effective sur la couche de synthèse (maillage national 10x10Km) et sera réalisée par l’ensemble des experts régionaux et nationaux identifiés dans le cadre de CarNET B. La synthèse de l’ensemble des éléments centralisés (espèces, espaces, expertise,…), étape ultime et majeure du programme, consistera notamment en la mise en exergue des hots-spots de biodiversité pour traduire les enjeux territorialisés de biodiversité remarquable associée à la caractérisation de la connaissance territoriale et spécifique. Un groupe de travail se réunira à cet escient et s’attachera à définir les différents moyens de mise en œuvre.

FIGURE 1 SCHEMA ORGANISATIONNEL GENERAL DU PROGRAMME CARNET B

B] MISE EN ŒUVRE DU PROGRAMME CARNET B

1. ETABLISSEMENT DES LISTES DE REFERENCE REGIONALES

Ces listes se limitent aux niveaux de priorité 1 et 2 définis dans le cadre du programme CarNET B. Elles concernent donc les espèces protégées (directives Habitats Faune Flore et Oiseaux, conventions de Berne et Bonn, …), les espèces des listes rouges internationales, européennes et nationales pour les statuts de menace CR/EN/VU et DD et les espèces des listes régionales pour les statuts de menace CR et EN. Les espèces introduites ne sont pas prises en compte dans l’élaboration de ces listes.

NIVEAU APPELATION DESCRIPTION

1 Espèces « Obligatoires ».

Espèces protégées et/ou soumis à règlementation (listes de protection nationales et régionales, espèces des directives européennes de protection de la biodiversité : Directive 92/43/CEE dite « Habitats Faune Flore », Directive 79/409/CEE dite « Oiseaux », Convention Berne, Convention de Bonn). Espèces particulièrement menacées (catégories CR et EN) des Listes Rouges nationales, européennes et internationales.

2 Espèces « Recommandées »

Espèces de catégorie CR et EN des Listes rouges régionales, puis VU ou DD des Listes Rouges nationales, européennes et internationales mais n’étant concernées par aucune mesure réglementaire et/ou de protection. Les champignons de la liste proposée à l’UE pour la directive Habitats, Faune, Flore (15 espèces) pourront y être incorporés.

3 Espèces « Proposées »

Espèces déterminantes ZNIEFF, TVB et SCAP qui ne figurent pas dans les deux niveaux précédents et qui ne seront étudiées uniquement dans la mesure où les niveaux 1 et 2 ont été finalisés. Espèces reconnues endémiques ou sub-endémiques de France métropolitaine ou d’un niveau géographique inférieur du territoire métropolitain dans la mesure où elles ne comportent pas les caractéristiques propres à leur intégration à un niveau de priorité supérieur. Espèces de catégorie VU et DD des Listes rouges régionales.

4 Espèces « Complémentaires »

Espèces inventoriées dans le cadre des études menées pour CARNET B mais ne rentrant pas dans l’une des catégories précédentes. Cette catégorie permet de prendre en compte toutes les espèces (biodiversité ordinaire essentiellement) qui auront été recensées dans le cadre du programme du fait des méthodologies employées sur le terrain.

FIGURE 1 RECAPITULATIF DES NIVEAUX DE PRIORITE CARNET B

A. OBJECTIFS

La création de ces listes répond à un triple objectif. Dans un premier temps, ces listes servent à orienter les prospections sur les espèces cibles du programme. Dans cette optique, ces listes sont donc mises à disposition des différents partenaires du programme.

Dans un second temps, elles permettent de générer des indices de suivis (nombre d’espèces de niveaux 1 et 2 inventoriées au cours de l’avancée du programme,…). En outre, elles permettent de définir des zones d’absence supposée, à l’échelle départementale, issue de l’expertise du réseau partenaire.

B. CONSTITUTION

Les listes sont établies, pour chacune des régions, à partir des espèces rattachées aux textes règlementaires (liste disponible en annexe 1). Elles sont ensuite complétées avec les espèces des statuts CR, EN, VU et DD des listes rouges internationales, européennes et nationales. Les espèces des statuts CR et EN des listes régionales viennent à leur tour grossir les listes préétablies. Le Service du Patrimoine Naturel développe, à partir des données contenu dans l’Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN), une synthèse de présence départementale qu’il convient ensuite d’utiliser pour adapter la liste aux réalités territoriales. Les listes résultant du croisement de l’ensemble des connaissances sur les espèces de la région sont soumises à dire d’expert (au niveau national puis au niveau régional) et auront vocation à évoluer au fur et à mesure de l’amélioration des connaissances au cours du programme. Pour chacune des espèces de la liste, un statut de potentialité de présence régionale (et décliné au niveau départemental) est proposé selon cinq classes : A : Absence certaine de l’espèce dans la région/dans le département (dire d’expert) B : Absence probable de l’espèce dans la région (dire d’expert) C : Présence probable de l’espèce dans la région (dire d’expert) D : Présence certaine de l’espèce dans la région (dire d’expert et présence de l’espèce au sein de la synthèse départementale INPN) 0 : Absence d’information Les organismes partenaires sont appelés à apporter leur expertise pour les groupes taxonomiques qui les concernent en renseignant le statut de potentialité de présence. La liste de référence sera fournie au format Excel à l’ensemble des organismes via leur correspondant DREAL. Les listes de référence pourront être remaniées en fonction des évolutions réglementaires et de l’actualisation des listes rouges considérées.

FIGURE 2 ELABORATION DES LISTES DE REFERENCE CARNET B (NIVEAU 1 ET 2)

2. REALISATION DES INVENTAIRES

Plusieurs guides sont proposés à la lecture pour la réalisation des inventaires. Ces guides sont disponibles en ligne sur le site du SPN : http://www.mnhn.fr/spn/ rubrique « Rapports ».

Rapport général de cadrage d’un inventaire national d’espèce(s)

Touroult J., Haffner P., Poncet L., Gargominy O., Noël P., Dupont P. & Siblet J.-P. 2012. Inventaires nationaux d’espèces : définitions, concepts, organisation et points clés. Rapport méthodologique – version 1. Rapport SPN 2012-XX, 25 p.

Guide méthodologique CarNET B pour la Faune

Gourdain P., Poncet L., Haffner P., Siblet J-P., Olivereau F. et

Hesse S., 2011. Cartographie Nationale des Enjeux

Territorialisés de Biodiversité remarquable (CARNET B) -

Inventaires de la biodiversité remarquable (volet 1. Faune) sur

deux régions pilotes : La Lorraine et la région Centre. V.1.0.

213 p.

Guide méthodologique CarNET B pour la Flore

Gourdain P., Cordier J., Vernier F. et Poncet L., 2011. Cartographie Nationale des Enjeux Territorialisés de la Biodiversité remarquable (CARNET B). - Volet 2 - Méthodologie Flore pour le programme CARNET B. 97 p.

Guide méthodologique CarNET B pour les Habitats

[en cours]

Gourdain P., Cordier J., Vernier F. et Poncet L., 2011. Cartographie Nationale des Enjeux Territorialisés de la Biodiversité remarquable (CARNET B). Volet 3. Méthodologie habitats naturels pour le programme CARNET B. x p.

http://www.mnhn.fr/spn/

3. DETAILS DES INFORMATIONS A TRANSMETTRE

Les dates des données d’inventaires mobilisées doivent être postérieures ou égales au

1 er janvier 2000. L’échelle de restitution des données à privilégier est le point, permettant ainsi

l’élaboration de synthèses selon de multiples échelles ainsi qu’une utilisation transversale dans le cadre d’autres programmes publics.

En cas d’impossibilité de fournir ce niveau de précision, un rendu surfacique (polygone,

commune) pourra être envisagé. Lorsque la donnée brute ne peut être transmise, une restitution des données

géographiquement dégradées à la maille 10x10Lambert93 (Données Elémentaires d’Echange) pourra être réalisée. Cependant, cette dégradation devra suivre une méthodologie de standardisée (se référer, ci-après, à la partie 5).

Un des points majeurs de la méthodologie consiste à collecter des données harmonisées

selon un protocole et un format de données standardisé. C’est pourquoi il est nécessaire de réaliser la saisie et/ou la mise en forme des données en suivant les recommandations fournies et en utilisant les variables associées présentées dans ce document.

Les informations à transmettre doivent répondre à une standardisation afin d’être

aisément exploitables. La transmission de certaines informations nécessite ainsi l’utilisation de codages. Ceux-ci

sont présentés, au sein du présent document pour chaque renseignement lorsqu’il y a lieu. Toute difficulté, concernant la saisie ou encore les données à fournir en elles-mêmes,

pourra, si besoin, être signalée au référent régional et/ou national et au SPN-MNHN. Certaines données sont absolument nécessaires pour répondre aux objectifs de CARNET

B et sont ici qualifiées de fondamentales. De leur renseignement va donc directement dépendre la synthèse finale. D’autres données, qualifiées de complémentaires, mais non moins importantes, ne participeront pas nécessairement à l’élaboration de la synthèse mais apporteront une caractérisation des données et une richesse non négligeable à celles-ci tout en permettant une utilisation inter-programme.

Si le partenaire souhaite transmettre d’autres informations complémentaires jugées utiles à la qualification de la donnée et que celui-ci utilise des codages, la signification de ces derniers sera indiquée lors de la transmission du jeu de données.

A. INFORMATIONS FONDAMENTALES

Les informations fondamentales pour répondre aux objectifs du programme sont de deux types : -Données relatives aux observations des espèces -Données relatives à la connaissance (couple maille/espèce)

Données relatives aux observations d’espèces

Informations Brutes Synthèse

Echelle géographique

Cas A :

Point

Cas B :

Commune

Cas C :

Polygone « libre » / Lignes

A éviter dans la mesure du possible

Cas D : Dégradation

géographique à la

Maille 10x10km

nationale L93 DDE

Où

Coordonnées X/Y +

Code INSEE +

Nom de la commune +

Projection utilisée +

Imprécision (en mètre)

Code INSEE +

Nom de la commune

Couche « polygone » ou couche « tronçons » avec un code identifiant pour

chaque polygone/ tronçon tracé

+ Projection utilisée

Code SIG (CD_SIG) de la

maille

Quand Date minimum et date maximum de l’observation

Qui

Nom et Prénom de l’observateur +

Organisme d’appartenance +

Source (terrain, collection, bibliographie) Quoi Code du taxon (CD_NOM) selon le référentiel Taxref

Statut biologique ou Statut d’indigénat

Statut biologique / Indicateur de spontanéité (confère liste des statuts ci-après)

Doute taxonomique OUI/NON

Statut d’observation O/NO O /

D/NO/NOD* *Cf partie 5

Données relatives à la connaissance (couple maille/espèce)

Information Synthèse maille 10x10Km L93 Niveau de

connaissance 1/2/3/4/5

I. OU ?

Cas A : La localisation du relevé sera aussi précise que possible. Le recensement d’espèce sera alors accompagné d’un pointage. Les coordonnées X et Y des points seront transmises en indiquant le système de coordonnées utilisé (RGF Lambert 93, Lambert 2 étendu, WGS84,…).

Chaque pointage sera accompagné d’une précision en mètre (dépendante de la précision du GPS ou du fond cartographique utilisé pour situer le point).

Dans une optique de validation des données, chaque point devra être accompagné de la

localisation communale (code INSEE + Nom de la commune). Les codes INSEE sont accessibles sur le site de l’Institut national de la statistique et des

études économiques au lien suivant : http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/

Si la saisie des données est réalisée via l’outil proposé par le SPN (CardObs), la commune associée est automatiquement indiquée. Il est alors demandé aux organismes de s’assurer de la validité de la commune proposée avant d’enregistrer la station saisie.

Cas B : Sera indiqué le code INSEE de la commune ainsi que le nom de la commune. Les codes INSEE sont accessibles sur le site de l’Institut national de la statistique et des

études économiques au lien suivant : http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/

Cas C : La couche géographique des objets tracés doit être fournie en plus de la table attributaire contenant les autres données fondamentales.

Afin de lier la table attributaire à la couche géographique, un identifiant unique sera impérativement attribué à chaque objet « polygone ».

Cas D : Indiquer le code SIG (CD_SIG) de la maille considérée (maillage 10x10km, Lambert 93 national, en téléchargement libre sur le site de l’INPN (rubrique téléchargement > informations géographiques)/ ex : 10kmL93W-27N676).

II. QUAND ?

Cas A, B, C et D : Les dates d’inventaires (minimum et maximum) seront systématiquement renseignées. La date minimum est la date de première observation sur le site. La date maximum est la date de dernière observation sur le site. Cela permet de saisir une période d’observation lorsque cela est nécessaire. Sinon, date min=date max. Cas particulier :

Si : Jour inconnu dans le mois

de mars

Jour et mois inconnus dans l’année 2010

Date minimum 01/03/2010 01/01/2010

Date maximum 31/03/2010 31/12/2010

Rappelons que les données utilisées pour répondre aux objectifs du programme seront celles postérieures au 01/01/2000. III. QUI ?

Cas A (avec utilisation de CardObs) : Le code identifiant fourni pour l’utilisation de CardObs est spécifique à une association et

permet ainsi d’identifier le fournisseur des données. L’association devra indiquer lors de sa demande d’identifiant et mot de passe, les informations nécessaires à la création du compte (nom, adresse mail, téléphone, nom du contact référent,…).

http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/

La source de la donnée (s’il s’agit d’une donnée d’inventaire de terrain / d’une donnée bibliographique / d’une donnée de collection) doit également être précisée lors de la saisie en ligne ou de l’import des données. Un emplacement spécifique est dédié au renseignement de cette information sur l’outil en ligne.

Cas A (sans utilisation de CardObs), B, C et D : Devront être indiqués pour chaque donnée, le nom et prénom du/des observateurs ainsi que l’organisme auxquels ils appartiennent si celui-ci est différent de l’organisme ayant transféré le jeu de données. La source de la donnée (s’il s’agit d’une donnée d’inventaire de terrain / d’une donnée bibliographique / d’une donnée de collection) doit également être précisée. IV. QUOI ?

Cas A, B, C et D : Le code du taxon (CD_NOM) doit impérativement être renseigné en se référant au

référentiel Taxref disponible en téléchargement libre au lien suivant : http://inpn.mnhn.fr/ rubrique téléchargement (référentiels espèces)

Les taxons supérieurs au niveau spécifique ne pourront être utilisés pour l’élaboration des résultats synthétiques Carnet B.

Si des manques venaient à être constatés au sein du référentiel national, la démarche

consistera à en avertir le référent du programme qui centralisera et transfèrera les demandes aux gestionnaires du référentiel. Afin d’être effectives dans les meilleurs délais, les propositions d’ajout ou de modification devront être argumentées et couplées, dans la mesure du possible à une référence bibliographique justifiant la présence de l’espèce sur le territoire national.

V. STATUT BIOLOGIQUE (UNIQUEMENT POUR LA FAUNE)

Cas A, B, C et D :

Le statut biologique de l’espèce sera indiqué dans une optique finale de restitution synthétique à la maille, et ce, quelle que soit l’échelle géographique de transmission de la données.

Le statut biologique de l’espèce est en effet indispensable pour définir de l’enjeu que représente la maille pour l’espèce. La transmission de cette information est obligatoire pour les espèces de niveau de priorité 1 et 2 et facultative pour les autres niveaux.

En raison de certaines spécificités taxonomiques, les statuts sont déclinés par « grand groupe taxonomique ». Certaines valeurs ne sont en effet pas pertinentes pour un certain nombre de groupes (soit car la qualification est trop complexe, soit car le statut coule de sens).

Exemple de données de coléoptère : si l’individu est erratique, le code 08 sera attribué, sinon, le champ sera laissé vide. L’espèce est nécessairement reproductrice et sédentaire dans un rayon de 300 mètres environ (les codes 01et 09 seront attribués par défaut lors de la réception des données au niveau national), les préciser est ainsi inutile et chronophage pour les différents organismes.

Les cellules colorées en jaune au sein du tableau (disponible en annexe 2), correspondent ainsi aux valeurs attribuées par défaut pour le groupe considéré.

Les cellules marquées d’un X sont celles pour lesquelles le code en question n’est pas pertinent à utiliser pour le groupe considéré.

Les groupes pour lesquels l’ensemble de la colonne est marquée en X sont ceux pour lesquels l’attribution d’un statut biologique n’est pas demandé.

Plusieurs statuts peuvent être rencontrés sur un même lieu, d’autant que l’on raisonne en terme d’espèce et non pas de population.

On inscrira dans ce cas les différents statuts à la suite en utilisant un séparateur « / » sans espace. (Exemple : 01/02/06)

L’ensemble des statuts biologiques pour les espèces transmises seront compilés à la maille pour l’élaboration de la synthèse.

VI. INDICATEUR DE SPONTANEITE (POUR LA FLORE)

Cas A, B, C et D : Pour la Flore, l’indicateur de spontanéité sera renseigné en sera renseigné en utilisant les codes définis par le standard national de données floristiques de la Fédération des Conservatoires Botaniques Nationaux (FCBN) :

W Pour « Wild » pour les populations spontanées (regroupant donc tous les cas de spontanéité) Q Pour les populations cultivées

DD Pour les données nativement non informées sur ce point 0 Pour les informations manquantes pour cet attribut dans l’export

VII. OBSERVATION DOUTEUSE (TAXONOMIE)

Cas A, B, C, D : Il est demandé d’indiquer lorsque la détermination de l’espèce est douteuse (OUI ou

NON). Lorsque la saisie a lieu sur CardObs, une case à cocher est dédiée à cette information. Par défaut, la valeur du champ est « NON ».

VIII. STATUT D’OBSERVATION

Cas A, B, C : Par défaut, le statut d’observation sera considéré en « O » (observé). La possibilité de faire remonter des informations sur la « non observation » d’une espèce

recherchée est permise par la mention « NO » (Non Observé). Cela permet de faire remonter la couverture géographique des inventaires et pourra par

ailleurs fournir des informations sur l’effort de prospection et, ainsi, aider à la détermination du niveau de connaissance.

Une attention toute particulière devra être portée lors du renseignement de ce champ pour ne pas induire d’erreur entre une donnée d’observation et une donnée de non-observation.

Cas D : Lors d’une restitution dégradée à la maille 10x10km, le statut d’observation doit être fourni en respectant une méthode d’agglomération standardisée (se référer à la partie 5).

Il s’agit là encore, de connaitre, pour chacune des espèces et pour chacune des mailles concernées, si l’espèce a été observée ou non.

Le renseignement du statut d’observation sera effectué en utilisant les codes suivants :

O : Espèce observée sur des stations précises ou sur des mailles dans lesquelles la surface du polygone tracé est supérieure à la borne 1 (100% par défaut) pour sa surface totale.

NO : Pas de donnée d’observation de l’espèce sur la maille ou sur la station.

D : Doute : espèce observée sur des mailles dans lesquelles la surface du polygone par rapport à sa surface totale est comprise entre les bornes 1 et 2 (par défaut entre 100 et 20%).

NOD : Espèce observée sur des mailles dans lesquelles la surface du polygone tracé par rapport à sa surface totale est inférieure à la borne 2 (par défaut 20%).

La position des curseurs peut être modulée par les partenaires en région suivant le/les groupes taxonomiques concernés. Le cas échéant, une note explicative sur le choix des pourcentages retenus sera transmise au SPN. Pour plus d’informations, se référer à la partie 6.

IX. NIVEAU DE CONNAISSANCE

Cas A, B, C et D :

Le programme CarNET B se veut producteur de connaissance sur l’absence. Il vise ainsi à la qualification de celle-ci sur l’ensemble des mailles du territoire concerné et pour chacune des espèces présentes dans la liste de référence préalablement établie.

L’organisme devra donc estimer, pour l’heure à dire d’expert, le niveau de connaissance de chaque espèce de niveaux 1 et 2 sur chacune des mailles où l’espèce n’a pas été observée (ou de manière incertaine : problème de détermination, agglomération des données entrainant des imprécisions,… ) (Statut d’observation D, NO ou NOD).

Le niveau de connaissance de la maille tiendra notamment compte des méthodes de

terrain et d’échantillonnage employées, du temps humains ou nombre de personnes mobilisées sur la maille, du nombre de sites prospectés sur la maille (par exemple le pourcentage des habitats favorables à l’espèce et prospectés), de la répartition des sites prospectés sur la maille,

du nombre d’individus observés, de la qualité des données recueillies, de la répartition des espèces aux alentours … Celui-ci tiendra évidemment compte du niveau de difficulté à recenser la dite espèce en fonction de sa biologie, sa phénologie, etc.

A terme, une bibliothèque des méthodes et de leur qualification respective permettra de fournir une aide et standardisera l’attribution de celui-ci.

En l’attente de la constitution de cette base de référence, un document synthétique

sera rédigé et transmis par chacun des participants. A minima, celui-ci devra renseigner sur les méthodes de terrain utilisées, sur le protocole d’échantillonnage employé et sur les critères d’attribution du niveau de connaissance utilisés par l’organisme dans le cadre du programme. Le niveau de connaissance sera renseigné en utilisant les codes suivants :

1 Très bon 2 Bon 3 Moyen 4 Insuffisant 5 Nul

1. Très bon. Très bonne connaissance de l’espèce sur la maille. Pas de doute quant à son absence. Dire d’expert. Prospection : Très précise et régulière sur une maille donnée, ayant pris en compte la totalité des habitats potentiellement favorables à l’espèce. Bonne connaissance de la répartition, des effectifs de l’espèce cible et de son écologie. Méthodes d’inventaires bien maîtrisées (technique et emploi du matériel, prise en compte de la phénologie, etc.).

2. Bon. Bonne connaissance de l’espèce sur la maille. Peu de doute quant à son absence. Dire d’expert. Prospection : La majorité des habitats favorables à l’espèce ont été prospectés en période favorable. Les méthodes de détection de l’espèce sont bien maitrisées. La biologie et l’écologie de l’espèce permettent de conclure que sa présence est très peu probable dans la maille prospectée compte-tenu des éléments naturels (paysagés, fonctionnels) observés sur le terrain.

3. Moyen. Connaissance moyenne de l’espèce sur la maille. Un doute persiste quant à son absence. Dire d’expert. Prospections : Visites partielles des sites favorables à l’espèce. Biologie et écologie pas toujours très bien connues. Méthodes de prospections n’assurant pas une détection optimale. Faible détectabilité de l’espèce. Ensemble de la saison d’inventaire non couverte. Caractéristiques météorologiques peu propices lors de la réalisation des inventaires.

4. Insuffisant. Connaissance insuffisante pour déterminer l’absence de l’espèce. Dire d’expert. Prospections : Ponctuelles ne répondant pas à un plan d’échantillonnage systématique dans une maille donnée pour une espèce cible. Méthodes d’inventaires partielles, s’étant basée sur une seule technique d’échantillonnage quand plusieurs méthodes sont jugées nécessaires (exemple des insectes saproxylophages). Prospections en conditions peu favorables à l’espèce cible (conditions météorologiques, prise en compte insuffisante de la phénologie). Manque de

connaissances conséquent vis-à-vis de l’écologie de l’espèce, ne permettant pas une prospection fine des milieux qui lui sont favorables. Cette qualification est également adaptée dans le cas d’utilisation d’un jeu de données issu d’un autre programme couvant une zone pour laquelle nous n’avons pas de maitrise quant à la pression d’inventaire.

5. Nul. Méconnaissance de l’espèce sur la maille. Absence non caractérisée. Dire d’expert. Pas de prospection spécifique pour l’espèce considérée dans la maille. Par défaut, le niveau de connaissance sera attribué en NR (Non Renseigné).

B. INFORMATIONS COMPLEMENTAIRES

Sont ici indiquées les propositions de données facultatives pouvant être fournies pour préciser la donnée lorsque cela est jugé utile par l’observateur.

I. HABITAT D’ESPECE/ SUBSTRAT

L’habitat de l’espèce pourra être fourni si l’expert le souhaite et juge cette information importante. Il est alors recommandé d’utiliser le référentiel Corine Biotope avec un niveau de précision à deux décimales. En cas d’utilisation d’un autre référentiel, ce dernier sera précisé lors de la transmission du jeu de données. Pour les mollusques, le type de substrat pourra être précisé en utilisant les codes suivants :

A Calcaire

B Non calcaire

II. NOMBRE DE CONTACTS / INDICES / ABONDANCE / SEXES / STADES DE VIE /

ETAT…

Pour chaque espèce de Faune ou de flore considérée, pourront être notés de manière

facultative d’autres critères liés à l’observation de l’espèce. Pourront donc par exemple être renseignés pour les espèces pour lesquelles un comptage est possible, le nombre de contact et le type de comptage utilisé. Pour chaque espèce recensée, pourra être fournie une estimation de l’abondance. Pourra être noté le type d’indices ou traces observés, le sexe, le stade de vie ou encore l’état (mort ou vivant) des individus rencontrés pour la Faune. Pourra être indiquée pour la Flore, la dynamique de la population de l’espèce ou encore sa phénologie… Lorsque plusieurs réponses existent pour une information, utiliser le séparateur « / » sans espace.

1 Très abondant

2 Abondant

3 Peu abondant

4 Rare

5 Ne sait pas

Codes à utiliser pour la détermination de l’abondance de l’espèce

1 Individu 2 Couple 3 Hampe florale 4 Tige 5 Touffes 6 Comptages indirects (pelotes de rejection, traces, exuvies, …) 7 Autres (pontes, etc.).

Codes à utiliser pour spécifier le type de comptage utilisé.

1 Aube 2 Matin 3 Midi 4 Après-midi 5 Crépuscule 6 Nuit

Codes à utiliser pour la détermination du moment de la journée.

M Mâle(s) F Femelle(s)

MF Mâle(s) et femelle(s) I Indéterminé

Codes à utiliser pour la détermination du sexe pour la Faune.

A Adulte / Imago J Juvénile L Larve C Chenille

CHR Chrysalide EM Émergence OE Œufs AL Alevins

Codes à utiliser pour la détermination du stade de vie pour la Faune.

V Vivant M Mort

Codes à utiliser pour la détermination de l’état.

1 Mues 2 Empreintes 3 Fèces 4 Nids 5 Pelotes de réjection 6 Exuvies 7 Bruit 8 Guano 9 Détection ultrasonore

10 Reste de repas (castor, campagnol amphibie, etc.) 11 Chant / cris 12 Observation directe 13 Autres

Signification des codes à utiliser pour la détermination des indices détectés pour la Faune.

C. FORMATS STANDARDS DE DONNEES

I. RECAPITULATIF DES FORMATS STANDARDS DE DONNEES BRUTES

Cas A : Transmission de données à l’échelle du point

Table ‘Données’

ID_ORGA Texte Identifiant unique de la donnée pour l’organisme (permet de gérer la traçabilité des données)

X Numérique Coordonnée X exprimée dans le système cité

Y Numérique Coordonnée Y exprimée dans le système cité

SYSTEME_COO Texte Système de coordonnées utilisé (WGS84, L93,…)

INSEE_COM Texte Code INSEE identifiant de la commune

COM Texte Nom de la commune

IMPRECISION Numérique Imprécision en mètre du GPS utilisé

CD_NOM Numérique Code du taxon selon Taxref

NOM_CITE_ESPECE Texte Nom latin de l’espèce

DOUTE Texte OUI/NON (doute taxonomique)

STATUT_BIOLOGIQUE Texte Code de 01 à 06 séparés si plusieurs par « / »

INDICATEUR_SPONTANEITE Texte Codes (W, DD, 0,…) séparés si plusieurs par « / »

STATUT_OBSERVATION Texte O/NO

SOURCE Texte TERRAIN/BIBLIOGRAPHIE/COLLECTION

NOM_OBSERVATEUR Texte Nom de l’Observateur

PRENOM_OBSERVATEUR Texte Prénom de l’Observateur

DATE_MIN Date jj/mm/aaaa

Date de début de période de l’observation sur le site

DATE_MAX Date jj/mm/aaaa

Date de fin de période de l’observation sur le site

…informations facultatives… … …

Table ‘Organismes’

NOM_ORGANISME Texte Nom de l’organisme ayant transmis le jeu de données

ADRESSE Texte Adresse de l’organisme (n° + voie)

COMPLEMENT_ADRESSE Texte Complément sur l’adresse

CP Texte Code postal de l’organisme

COMMUNE Texte Commune de l’organisme

MAIL Texte Adresse e-mail de l’organisme

VERSION_REFERENTIEL Texte Version du référentiel taxonomique utilisé

NOM_REFERENT Texte Nom du référent pour les données

PRENOM_REFERENT Texte Prénom du référent pour les données

MAIL_REFERENT Texte Adresse mail du référent

TEL_REFERENT Texte Téléphone du référent

Cas B : Transmission de données à l’échelle de la commune



INSEE_COM Texte Code INSEE identifiant de la commune

COM Texte Nom de la commune

IMPRECISION Numérique Imprécision en mètre du GPS utilisé














…informations facultatives… … …












Cas C : Transmission de données à l’échelle de polygones ou transects



CD_OBJET_GEOGRAPHIQUE Texte Identifiant de l’objet géographique (lien avec la couche cartographique)














… … …












II. RECAPITULATIF DES FORMATS STANDARDS DE DONNEES DEGRADEES (MAILLE

10X10KM L93)

Cas D : Transmission de données élémentaires d’échange (DDE)

A transférer avec la couchée géographique associée


ID_ORGA Texte Identifiant unique de la donnée pour l’organisme (permet une traçabilité)

CD_SIG Texte Code de la maille 10x10Km L93





INDICATEUR_SPONTANEITE

Texte Codes (W, DD, 0,…) séparés si plusieurs par « / »

STATUT_OBSERVATION Texte O/D/NOD/NO




DATE_MIN Date jj/mm/aaaa Date de début de période de l’observation sur le site

DATE_MAX Date jj/mm/aaaa Date de fin de période de l’observation sur le site

… … …












En sus des données d’observation transmises, le programme CarNET B nécessite le renseignement du niveau de connaissance par maille 10x10Km et par espèce).

III. RECAPITULATIF DES FORMATS STANDARDS POUR LA RESTITUTION DU NIVEAU

DE CONNAISSANCE

Table ‘NIVEAU-CONNAISSANCE’

CD_SIG Texte Code de la maille 10x10Km L93



NIV_CONNAISSANCE Numérique Code de 1 à 5 (à fournir par maille pour tous les statuts d’observation sauf Observé non douteux « O »)

4. MISE EN ŒUVRE DE LA REMONTEE DES DONNEES

A. ORGANISATION GENERALE DES FLUX DE DONNEES

I. DONNEES FAUNE

Les différents organismes partenaires réalisent les inventaires, mutualisent les données disponibles et les transfèrent, selon le présent format de données, à leur référent (Dreal) qui centralise l’ensemble des jeux fournis avant de les faire parvenir au SPN. Le SPN centralise l’ensemble des données transmises par les différentes régions, en contrôle la forme et le contenu (présence des informations fondamentales) et intègre les données dans l’INPN (selon les droits définis dans la charte INPN). Il réalise ensuite la synthèse des données pour la listes de référence des espèces de niveau 1 et 2 à l’échelle de la maille 10x10km L93, qu’il transfert ensuite au référent régional. L’organisme référent régional transfert les fichiers synthétisés aux différents partenaires. Les organismes partenaires peuvent alors contrôler la synthèse établie, proposer d’éventuelles corrections. Ils renseignent alors, pour le(les) groupe(s) ou espèce(s) et pour la zone d’étude dont ils ont la charge, le niveau de connaissance à l’échelle de la maille/espèce. Ils transfèrent les résultats à leur référent régional qui, une fois l’ensemble des fichiers collectés, transfert l’ensemble des résultats au SPN.

Le SPN centralise l’ensemble des données, effectue les modifications s’il y a lieu et peut ainsi réaliser les synthèses en réponse aux objectifs du programme et selon les modalités définies par le groupe de travail « GT Synthèses ».

II. DONNEES FLORE

A définir avec le réseau des CBN, la FCBN et le réseau partenaire traitant des données flore.

A. MISE EN OEUVRE DES FLUX DE DONNEES

L’ensemble des informations nécessaires pour répondre aux objectifs du programme CARNET B peuvent être transmis, suivant le présent format standard de données :

Soit par export de système d’information existant, via le standard de données

définis dans le présent document. Le cas échéant, les associations pourront être

contactées pour des informations complémentaires ou pour des corrections.

Soit par saisie ou import dans un outil informatique mis à disposition (CardObs).

Ce dernier correspond à de la transmission de données brutes (point ou

commune).

Pour accéder et utiliser CardObs :

Un identifiant et un mot de passe doivent au préalable être demandés au MNHN par chaque utilisateur. Pour obtenir l’accès à CardObs, chaque organisme doit fournir pour la création de son compte, les informations suivantes (contact: [email protected]):

- Nom de l’organisme

- Adresse complète de l’organisme

- Civilité (Madame, Monsieur ou Mademoiselle)

- Nom du référent

- Prénom du référent

- Numéro de téléphone du référent

- Une adresse e-mail valide à laquelle sera transmis le lien d’activation du compte

Une fois la saisie ou l’import des données réalisé, les associations alertent leur référent en DREAL et le SPN-MNHN. Le signalement doit être effectué uniquement lorsque le travail est terminé pour l’année. Une fois ce signalement effectué, les données contenues dans CardObs ne doivent plus être modifiées et de nouvelles données pour l’année ne doivent plus être ajoutées.

Dans le cas d'une saisie des données directement au niveau régional, l’ensemble des données regroupées en région sera ensuite transmis au SPN-MNHN selon les standards définis dans ce document.

Dans l’attente de la création d’un outil à cet escient, la restitution du niveau de

connaissance se fera via fichier cartographique ou fichier Excel.

II. PRESENTATION DE L’OUTIL CARDOBS

CardObs est un outil disponible depuis 2007 sur internet via un accès sécurisé et a été

développé pour mettre à disposition du réseau de partenaires du MNHN un outil de saisie de données naturalistes afin de gérer les données pouvant contribuer à l’inventaire national du patrimoine naturel (INPN). CardObs est destiné à collecter des données sur la faune, la flore et la fonge de France métropolitaine et d’outre-mer.

Fondamentalement, CardObs est destiné à la saisie des quatre informations de base

(quoi, où, quand et par qui). Toutefois, l’outil permet à l’utilisateur de définir de nouveaux champs de saisie (en fixant le nom et le type) en fonction de ses besoins). Actuellement, vingt champs maximum peuvent être ajoutés par l’utilisateur (dix au niveau des stations et dix au niveau des relevés). Le module cartographique permet de localiser les données collectées sur le terrain. Seuls les points peuvent être saisis. Pas de définition de transect ou de zonage possible.

CardObs permet de saisir plusieurs observations pour un même lieu. Un point d’observation peut être dupliqué (avec ou sans les taxons observés).

Les référentiels taxonomiques utilisés sont ceux diffusés par le MNHN (TAXREF) et recommandés dans le cadre du SINP. En termes de localisation géographique, l’utilisateur, outre la commune, dispose de quatre possibilités pour géolocaliser ses observations. Il peut avoir recours au fond Google Map, au fond Géo Portail, à des coordonnées GPS ou bien à des coordonnées saisies à la main après lecture sur carte. Trois systèmes de projection sont simultanément utilisés : coordonnées géographiques WGS84, Lambert II étendu, UTM WGS84. Les échanges de données sont basés sur des fichiers au format TXT, CSV ou KML. CardObs possède également un module d’export permettant à l’utilisateur de récupérer toutes les données qu’il a préalablement saisies.

B. AIDE A LA SAISIE / IMPORT

I. SAISIE OU IMPORT SUR CARDOBS

La notice d’utilisation de l’outil sera transmise à chaque demande de création de compte CardObs. Principe général CardObs :

-une table des stations (informations sur le lieu et sur la date du passage) -une table des relevés (informations sur les espèces identifiées sur la station)

Pour la saisie comme pour l’import, il faudra commencer par la localisation (station) avant de caractériser les observations (relevés) sur celle-ci. L’outil offre la possibilité d’ajouter des types d’informations à transmettre et de les faire figurer directement sur l’interface. Il est ainsi possible d’ajouter 10 champs sur l’onglet station et 10 autres sur l’onglet relevé (Paramétrer votre compte> …). Pour l’import de champs supplémentaires, il faudra paramétrer le compte CardObs (ajout des champs (Field1,…)) afin de préparer l’importation et nommer les champs des tables en conséquences (Field1, Field2,…). Pour répondre aux objectifs du programme CarNET B, les informations suivantes doivent obligatoirement être transmises (confère partie 4.1) :

-Localisation -Date -Nom de l’espèce (nomenclature binomiale) ou CD_NOM selon le référentiel Taxref -Source (observateur + type de source) -Statut biologique ou d’indigénat (-Doute)

Dans le cas contraire, l’organisme sera recontacté afin d’obtenir les compléments d’information nécessaires à la prise en considération de la donnée transmise dans le cadre du programme. L’importation des données se fait en deux tables : la première contient les renseignements relatifs à la station (localisation, dates, …) tandis que la seconde contient les relevés associés aux stations (espèces observées, effectifs,...).

Importer des stations à partir d'un fichier d'extension .txt ou .csv

Indiquer tout d’abord via le site: Le système de projection utilisé

Le format de date utilisé

Le fichier doit contenir sur la première ligne le nom des colonnes, libellé comme suit : nom_station : n° personnel attribué à la station (où, quand, qui)

nom_localite : n° personnel attribué à la localité (où)

X : coordonnée X exprimée dans le système de projection sélectionné ci-dessus (par

exemple longitude exprimée en degrés décimaux)

Y : coordonnée Y exprimée dans le système de projection sélectionné ci-dessus (par

exemple latitude exprimée en degrés décimaux)

insee : code insee de la commune (information disponible sur le site de l'inpn). Attention,

cette donnée ne sera utilisée que si latitude et longitude sont nulles. Sinon, le code insee de la

commune est calculé à partir du Système d'Information Géographique des communes (outre-

mer compris)

date : selon le format de la date préalablement choisi

date_fin : dans le même format que le champ précédent

altitude : exprimée en m (nombre entier)

precision_pt : précision du point exprimée en m (nombre entier)

recolteur

organisme

situation

habitat

exposition : N, NE, E, SE, S, SW, W, NW, - ou vide

bibliographie

remarques

vos champs personnels ajoutés via l'outil "Personnaliser vos tables", libellés field1,

field2, field3, ... field10 ("field"+[index]). Il faut bien entendu respecter l'intégrité de ces champs

compte-tenu de leur format. Pour les champs Oui/Non, il faut mettre true/false.

Les colonnes doivent être séparées par des points-virgules (";"). Exemple : nom_station;Y;X;date;altitude;recolteur 001;48.5166043488675;-3.427734375;01/01/2006;0;… 002;43.9611906389202;6.943359375;01/01/2007;… 003;48.8357974624309;2.373046875;01/01/2008;50;... L'ordre des colonnes n'importe pas, pas plus que la casse de leur nom (majuscules/minuscules). Attention : si vous souhaitez par la suite importer des relevés d'espèces sur ces stations, le champ "nom_station" est indispensable car la référence à la station se fera par ce champ, qui devra donc être unique (sans doublons).

http://inpn.mnhn.fr/inpn/fr/download/Ref_communes.htm#_blank

Importer des relevés à partir d'un fichier d'extension .txt ou .csv

Le fichier doit contenir sur la première ligne le nom des colonnes, libellé comme suit : nom_station : n° personnel attribué à la station. Ce champ ne doit pas être nul car

sinon le relevé ne peut pas être attribué à une station précédemment importée ou

saisie.

cd_nom : code inpn du taxon, disponible par la correspondance entre votre nom d'espèce

et le référentiel taxonomique TAXREF de l'INPN en téléchargement sur le site. Ce champ est

obligatoire même s'il n'est pas renseigné. Il est cependant TRES FORTEMENT conseillé de le

renseigner, puisqu'il permet d'avoir accès aux outils (cartographies, etc.) et de valider la donnée

éventuellement

nom_espece : nom de l'espèce considérée

remarques

determinateur

bibliographie : Référence bibliographique

sourceinstitutionid : nom (texte) de l'institution où le spécimen / lot est déposé

collectionid : nom de la collection, au sein de l'institution nommée ci-dessus, où le

spécimen / lot est déposé

unitid : identifiant du spécimen / lot au sein de la collection ci-dessus

IndividualCount : effectif (nombre entier)

cf : "true" si l'identification est douteuse, "false" si l'identification est correcte (par

défaut, la valeur false est attribuée)

vos champs personnels ajoutés via l'outil "Personnaliser vos tables", libellés field1,

field2, field3, ... field10 ("field"+[index]). Il faut bien entendu respecter l'intégrité de ces champs

compte-tenu de leur format. Pour les champs Oui/Non, il faut mettre true/false.

Les colonnes doivent être séparées par des points-virgules (";"). Exemple : nom_station;cd_nom;nom_espece;remarques;determinateur Source de Saint-Laurent;162727;Moitessieria rolandiana;Id_Echantillon=113;O. Gargominy Parlatge;200249;Heraultiella exilis;; Parlatge village;200249;Heraultiella exilis;Id_Echantillon=115;toi L'ordre des colonnes n'importe pas, pas plus que la casse de leur nom (majuscules/minuscules). Les champs nom_station et cd_nom sont obligatoires. III. AIDE AU TRANSFERT DE DONNEES

Ce système est accepté sous réserve que les fichiers transférés respectent les formats de données définies dans le document et contiennent l’ensemble des informations obligatoires demandées pour Carnet B. Dans le cas contraire, l’organisme sera recontacté afin d’obtenir les compléments d’information nécessaires à la prise en considération de la donnée transmise dans le cadre du programme. NB : Une adaptation de l’organisation proposée peut parfois être envisagée (vous pouvez contacter le SPN-MNHN pour proposer un fichier de transfert différent). Exemples d’extractions acceptées :

http://inpn.mnhn.fr/inpn/fr/download/TAXREF.htm#_blank

- Issues d’une base de données personnelle ou régionale

- Issues de fichiers Excel

- Issues de fichiers géographiques

Il se peut qu’un jeu de données soit composé de plusieurs types de données (points+ communes+ mailles). Dans ce cas, l’ensemble des champs nécessaires aux restitutions de ces différents types seront intégrés dans les tables (notamment dans la table données). En complément des données d’observation transmises, sera fourni un tableau pour les espèces concernées par l’inventaire en question comprenant le niveau de connaissance par maille (de 1 à 5). IV. VERIFICATION A EFFECTUER ET ERREURS COURANTES A EVITER

Afin de limiter tout risque d’erreur ou de blocage lors des contrôles et ainsi, optimiser les échanges de données, il est demandé aux organismes de procéder, avant chaque envoi, aux vérifications suivantes : Vérifier :

La présence d’un identifiant sur chaque donnée de jeu et leur unicité, L’absence de doublon au sein du jeu, La présence d’une information de localisation, La présence d’un CD_NOM (identifiant Taxref), L’uniformité des formats de date utilisés, La présence de l’ensemble des informations fondamentales en général, La concordance entre les stations renseignées et la zone d’étude (commune,

département ou région). L’ensemble des données de l’organisme doit être transmis dans la mesure du possible, au sein d’un unique jeu (il n’est pas nécessaire de séparer les fichiers par groupe taxonomique ou par source). Le système de coordonnées utilisé sera, dans la mesure du possible, le même pour l’ensemble du jeu. En cas d’utilisation de codes spécifiques à l’organisme pour les informations facultatives, la signification des codages sera transmise parallèlement au jeu. Les intitulés des champs (colonnes) doivent être explicites. Ne pas indiquer au sein des champs commentaires des informations majeures (exemple : espèce non observée ; un champ est dédié pour cette information) En cas de transmission de fichiers au format tableur :

ne pas fusionner de cellules ne pas transférer de tableau croisé faire attention en cas d’utilisation de « copier-déroulé » vers le bas (incrémentation

automatique de 1)

5. METHODOLOGIE POUR LA RESTRICTION GEOGRAPHIQUE DES

DONNEES A LA MAILLE

Cette étape peut être réalisée au niveau local, régional ou national à partir des données brutes. Les fichiers transmis contiendront les données élémentaires d’échange (DEE) telles qu’elles sont définies dans le cadre du SINP. Le processus de restriction doit être effectif de uniquement pour la localisation de la donnée et non pas pour les paramètres associés. Il s’agit donc de transmettre les données élémentaires (DEE) d’observation mais, le cas échéant, dégradées de manière géographique. Ainsi, une donnée fournie à la maille devra comporter l’ensemble des informations de date, de sources, de statuts biologiques, etc associées.

La dégradation des données au maillage Lambert 93 national (10x10km – 2011) à partir des données précises doit être faite selon une méthode standardisée pour garantir la comparabilité des données entre les différentes régions et partenaires.

A. A PARTIR DE DONNEES PAR POINT

De manière optimale, l’ensemble des données élémentaires contenues dans la maille devra être transmis. Cela signifie que le fichier transmis contiendra autant d’enregistrements que le fichier brut. Seule l’information précise de localisation dans la maille sera supprimée.

En cas d’impossibilité à fournir ce niveau de restitution, il est possible de transmettre les

données élémentaires pour la maille pour la donnée la plus récente et la donnée la plus ancienne, bien que cela limitera les possibilités d’analyse ultérieures.

B. A PARTIR DE DONNEES PAR COMMUNE, PAR POLYGONE « LIBRE » OU PAR

TRONÇON

Par définition, les communes sont des polygones avec une géographie définie et identifiable grâce à leur code INSEE. Nous entendons, par polygones « libres », les zones pour lesquelles l’identification ne peut se faire qu’en présence de la couche géographique des objets (ex : zones de prospection, ZNIEFF). Qu’ils soient « libres » ou non, l’agglomération des polygones va suivre la même logique. L’agrégation des lignes (ou tronçons), va suivre la même logique que celle utilisée dans le cas des polygones. La méthode d’agrégation des polygones/lignes est directement liée à la méthodologie d’inventaire.

Cas méthode d’inventaire 1: Les polygones ou tronçons sont tracés pour une espèce ainsi, on peut considérer que l’espèce est indubitablement présente sur toute la surface du polygone dessiné et sur toute la longueur de la ligne.

Cas méthode d’inventaire 2 : Le polygone ou tronçon tracé indique une zone de prospection où se situe une liste d’espèces. Dans ce cas, on ne peut pas affirmer la présence d’une espèce de la liste sur la totalité de la surface du polygone ou sur toute la longueur de la ligne.

Lorsque la méthode employée n’est pas connue, l’agglomération se fera en suivant la méthode requise pour le cas 2. Ce choix relève de la volonté de ne pas induire d’interprétation erronée. C'est-à-dire qu’il semble préférable, en cas d’incertitude, de déclarer la présence de l’espèce douteuse (puis éventuellement pas la suite, de trancher à dire d’expert entre présent et absent), plutôt que d’indiquer une présence par erreur.

Plusieurs situations géographiques sont possibles :

Cas A : Une maille ne contient aucun polygone /tronçon.

Cas B :

Le pourcentage de la surface du polygone ou de la longueur du tronçon contenu dans la maille est supérieur ou égal à la borne 1 (par défaut 100%)*.

Cas C:

Pourcentage de la surface du polygone ou longueur du tronçon contenu dans la maille compris entre les bornes 1 et 2 (par défaut entre 20 et 100%)*.

Cas D :

Pourcentage de la surface du polygone ou de la longueur du tronçon contenu dans la maille inférieur à la borne 2 (par défaut 20%)*

*Les bornes sont proposées à titre indicatif, la position des curseurs peut en effet être modulée par les partenaires en région suivant le/les groupes taxonomiques concernés et la méthodologie employée (tout particulièrement valable pour les espèces de Faune).

Cas méthode inventaire 1

Les polygones ou tronçons sont tracés par espèce, ainsi, on peut considérer que l’espèce est indubitablement présente sur toute la surface du polygone dessiné, on ne tiendra donc pas compte des pourcentages de surface.

Cas méthode d’inventaire 2

Le polygone ou le tronçon tracé indique une zone de prospection où se trouve une liste d’espèce. Dans ce cas, on ne peut pas affirmer la présence d’une espèce de la liste sur la totalité de la surface du polygone. Nous considérons ici que le doute quant à l’observation de l’espèce sur une maille se pose dès lors que la surface du polygone sur la maille est inférieure à 100% (c’est la borne 1). La balance entre les statuts d’observation « O » et « NOD » ne peut être réalisée que par un avis d’expert fournit par les partenaires régionaux. Ceux-ci sont donc invités à adapter la position des curseurs suivant le/les groupes taxonomiques concernés, la méthodologie employée et leur connaissance du terrain. Le cas échéant, le partenaire signalera les pourcentages retenus dans le rapport transmis. Cas A Cas B Cas C Cas D Statut d’observation

Devra être indiqué le statut « NO »

Devra être indiqué le statut « O »

Devra être indiqué le statut « D »

Devra être indiqué le statut « NOD »

L’agrégation des données à la maille à partir de polygones ou tronçons dessinés selon la seconde méthode induit des biais liés à l’interprétation des surfaces. Les partenaires régionaux ont alors la charge de réduire ces biais en adaptant les bornes aux taxons concernés et à la méthodologie de terrain employée. L’opérateur de l’agrégation est responsable des données qu’il agrège et doit en vérifier la cohérence. Dans la mesure du possible, il est donc recommandé d’éviter l’agrégation à la maille à partir de polygones au profit d’une agrégation à partir de points.

Dans le cas d’une agrégation à partir de données communales, le MNHN-SPN met à disposition la table de croisement commune/Maille 10x10km Lambert 93 indiquant les pourcentages de chaque commune dans le maillage. Vous pouvez contacter le SPN pour obtenir cette table (contact : [email protected]). De manière optimale, l’ensemble des enregistrements contenus dans la maille seront transmis avec le statut d’observation correspondant aux pourcentages définis.

En cas d’impossibilité à fournir ce rendu, l’enregistrement le plus sûr de la maille en termes de statut d’observation sera transmis.

mailto:[email protected]

6. MISE EN ŒUVRE DE LA PHASE DE VALIDATION/CORRECTION

Dans le cadre de CarNET B, la phase de validation a lieu sur la couche de synthèse nationale maillée (10x10Km L93). Un outil en ligne permettra, à terme, de visualiser les données de répartition de chacune des espèces et permettra aux différents partenaires de proposer leurs corrections (commentées) et de renseigner le niveau de connaissance par maille et par espèce.

7. RESTITUTION DES ENJEUX DE BIODIVERSITE REMARQUABLE

Avec l'ajout des informations relatives aux habitats naturels et semi-naturels, le SPN-MNHN pourra réaliser une représentation cartographique intégrant l'ensemble des données espèces (Faune, Flore et Habitats) et espaces (aires protégées, espaces remarquables,…) suivant des traitements rigoureux (modélisation, traitements statistiques, sémiologie...) traduisant les enjeux territorialisés de biodiversité remarquable. Le SPN s’appuiera sur les laboratoires de recherche du MNHN pour réaliser ce travail et le présenter aux membres du CoPil qui seront associés à la définition de cette étape et des croisements, traitements et descripteurs précis qui seront réalisés pour la représentation cartographique des enjeux territorialisés de biodiversité remarquable. Un groupe de travail (GT) sera constitué à cet escient et s’attachera à définir les différents moyens de mise en œuvre. Un document présentant les possibilités de restitution synthétiques a été produit pour initier les travaux du GT : Gourdain P., Robert S., Poncet L. et Da-Costa H., 2012. Synthèse des données faune, flore, habitats CarNET-B – Eléments de bibliographie et perspectives cartographiques. 22 p.

8. DIFFUSION ET MISE A DISPOSITION DES DONNEES

Les droits de diffusion et d’utilisation des données publiques transmises par les partenaires seront soumis à l’acceptation de la charte INPN par chacune des DREAL et partenaires. Les données relative à la flore, relèvent quant à elles, des conditions déterminées dans le cadre de la convention établie entre le MNHN et la FCBN et les réseaux des CBN et le réseau des partenaire traitant des données flore. Les données élémentaires transmises dans le cadre de CarNET B seront librement affichés sur l’INPN et donc consultables par le public aux niveaux de synthèse géographique suivants : présence communale, présence par mailles 10 x 10 km, présence départementale sauf restrictions relatives à la sensibilité des espèces indiquées dans la charte INPN. Si les données transmises dans le cadre de CarNET B ne peuvent être diffusées sur l’INPN, un point écrit devra être formalisé entre le partenaire, le ministère/DREAL et le MNHN. Cette formalisation devra être organisée par les DREAL.

ANNEXES

Annexe 1

Liste des textes règlementaires considérés pour l’élaboration des listes de référence Carnet B

Annexe 2

Codages et définitions des statuts biologiques

Annexe 3

Charte INPN V1.1

Annexe 1

CENTRE LORRAINE FAUNE FLORE

CD_PROTECTION ARTICLE INTITULE

OUI OUI FAU NMO2 Article 2 Liste des mollusques protégés sur l'ensemble du territoire français métropolitain



OUI FLO RV24 Article 1 Liste des espèces végétales protégées en région Centre

OUI OUI FLO NVM Article 1er Liste des espèces végétales marines protégées en France métropolitaine

OUI OUI FAU OC4 Article 4 Protection et commercialisation de certaines espèces d'oiseaux sur le territoire français national

OUI OUI FAU OC3 Article 3 Protection et commercialisation de certaines espèces d'oiseaux sur le territoire français national

OUI OUI FAU NP1 Article 1 Liste des espèces de poissons protégées sur l'ensemble du territoire français national

OUI OUI FLO NV2 Article 2 Liste des espèces végétales protégées sur l'ensemble du territoire français métropolitain

OUI OUI FLO NV1 Article 1 Liste des espèces végétales protégées sur l'ensemble du territoire français métropolitain

OUI FLO DV57 Article 4 Liste des espèces végétales protégées en région Lorraine



OUI FLO RV41 Article 1 Liste des espèces végétales protégées en région Lorraine

OUI OUI FAU NI3 Article 3 Liste des insectes protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection

OUI OUI FAU NI2 Article 2 Liste des insectes protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection

OUI OUI FAU NM2 Article 2 Liste des mammifères terrestres protégés sur l'ensemble du territoire français et les modalités de leur protection

OUI OUI FAU NA Protection de l’espèce Acipenser sturio (esturgeon)

OUI OUI FAU NAR6 Article 6 Listes des amphibiens et des reptiles protégés sur l'ensemble du territoire français et les modalités de leur protection





OUI OUI FAU IBOEU Accord EUROBATS

[1994]

Convention sur la conservation des espèces migratrices appartenant à la faune sauvage (CMS - Convention de Bonn)

OUI OUI FAU IBOC Protocole d’accord Slender-

Billed Curlew [1994]


OUI OUI FAU IBOAW Protocole d’accord Aquatic warbler [2003]


OUI OUI FAU IBOAE Accord AEWA [1999]


OUI OUI FAU IBO1 Annexe I Convention sur la conservation des espèces migratrices appartenant à la faune sauvage (CMS - Convention de Bonn)

OUI OUI FAU CDO1 Annexe I Directive 79/409/CEE (Directive européenne dite Directive Oiseaux)

OUI OUI FAU NEC1 Article 1 Protection des écrevisses autochtones sur le territoire français métropolitain

OUI OUI FAU IBE2 Annexe II Convention relative à la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l'Europe (Convention de Berne)

OUI OUI FAU IBE3 Annexe III Convention relative à la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l'Europe (Convention de Berne)

OUI OUI FAU/FLO IBE1 Annexe I Convention relative à la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l'Europe (Convention de Berne)

OUI OUI FAU IBO2 Annexe II Convention sur la conservation des espèces migratrices appartenant à la faune sauvage (CMS - Convention de Bonn)

OUI OUI FAU/FLO CDH2 Annexe II Directive 92/43/CEE (Directive européenne dite Directive Habitats-Faune-Flore)

OUI OUI FAU/FLO CDH4 Annexe IV Directive 92/43/CEE (Directive européenne dite Directive Habitats-Faune-Flore)

OUI OUI FAU NEC2 Article 2 Protection des écrevisses autochtones sur le territoire français métropolitain

OUI OUI FAU PGR Production des spécimens de grenouille rousse

OUI OUI FAU NM Article 1er Liste des espèces de vertébrés protégées menacées d'extinction en France et dont l'aire de répartition

excède le territoire d'un département OUI OUI FLO PV1 Article 1er Liste des espèces végétales sauvages pouvant faire l'objet d'une réglementation préfectorale

permanente ou temporaire

Annexe 2

Codes Signification des codes

01Espèce pour laquelle la station spécifiée

(peu importe l'échelle géographique) présente un site de reproduction.

02Espèce pour laquelle la station spécifiée

présente un site d'hibernation/hivernage.

03Espèce pour laquelle la station présente un site de halte/transistion.

C'est-à-dire que l'espèce est présente de manière ponctuelle sur le site.

04 Code spécifique aux chiroptères: Espèces pour laquelle la station présente une zone de swarming.

05 Espèce pour laquelle la station sprécifiée constitue ou contient un site de chasse ou d'alimentation.

06 Espèce pour laquelle la station ne contient/constitue pas un site de reproduction.

07Espèce observée en vol. Le site n'est pas un site d'importance pour l'espèce

(ex: passage de grues en vol)

08 Espèce observée sur la station de manière erratique.

09 Espèce sédentaire sur la station considérée.

10 L'observateur ne peut définir le rôle du site pour l'espèce.

NR Non renseigné

Codes Lépidoptères Orthoptères Odonates ColéoptèresAutres

ordres

d'insectes

01 Reproduction Reproduction Reproduction X X

02 X X X X X

03 Halte migratoire (site de) X X X X

04 X X X X X

05 X X Chasse-Alimentation X X

06 Pas de reproduction Pas de reproduction Pas de reproduction X X

07 X X X X X

08 Individu erratique X Individu erratique Individu erratique X

09 Sédentaire Sédentaire Sédentaire X X

10 Ne sait pas Ne sait pas Ne sait pas X X

NR X X X X X

Insectes

Codes Chiroptères Autres mammifères

01 Site de reproduction En reproduction

02 Hibernation X

03 Site de transition / de passage avec stationnement De passage sur le site considéré

04 Swarming X

05 Chasse-Alimentation X

06 Pas de reproduction Pas de reproduction

07 Passage en vol X

08 Individu erratique X

09 Sédentaire Sédentaire

10 Ne sait pas Ne sait pas

NR X X

Mammifères

Codes Crustacés Lamproies Mollusques Oiseaux

01 X Site de reproduction X Nicheur probable ou certain

02 X X X Hivernage

03 X Site de transition (espèce anadrome/catadrome) X Halte migratoire (site de)

04 X X X X

05 X X X Chasse - alimentation

06 X Pas de reproduction X Non nicheur - pas de reproduction

07 X X X Passage en vol

08 X X X Individu erratique

09 X X X Sédentaire

10 X Ne sait pas X Ne sait pas

NR X X X X

Codes Poissons Amphibiens Reptiles Araignées

01 Site de reproduction Reproduction Reproduction X

02 X X X X

03 Site de transition (espèce anadrome/catadrome) X X X

04 X X X X

05 X X X X

06 Pas de reproduction Pas de reproduction Pas de reproduction X

07 X X X X

08 X X X X

09 Sédentaire Sédentaire Sédentaire X

10 Ne sait pas Ne sait pas Ne sait pas X

NR X X X X

Annexe 3

Charte d’utilisation des données naturalistes dans le cadre de l’Inventaire National du Patrimoine Naturel V1.1

L’Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN) est un programme de synthèse de la connaissance. Ce programme national a été élaboré pour centraliser, gérer et diffuser des informations de référence métropolitaines et ultra-marines, sur les espèces, les habitats naturels, les espaces protégées et le patrimoine géologique, terrestre et marin. L’INPN via son site web (inpn.mnhn.fr) diffuse les répartitions des espèces selon plusieurs niveaux de synthèse : maillage 10 x 10 km (grille nationale ou européenne), secteur marin1, département, commune et espace protégé. Ce programme est placé sous la responsabilité scientifique du Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN) (article L 411.5 du code de l’environnement). Pour mener à bien ses missions de synthèse de répartition, de conduite d’inventaires nationaux et d’évaluation de l’état de conservation de la biodiversité, le Service du Patrimoine Naturel (SPN), gestionnaire de l’INPN, doit s’appuyer sur des jeux de données constitués par les personnes physiques et morales produisant de la connaissance.

Cette charte a vocation à définir les engagements entre : xxxxx et le Service du Patrimoine Naturel du MNHN.

Elle s’inscrit dans le cadre du Système d’Information sur la Nature et les Paysages (SINP). Elle n’a pas vocation à s’y substituer, mais peut toutefois être signée par des structures n’ayant pas adhéré au protocole du SINP.

Pour toute donnée transmise, le SPN bancarise le jeu de données, ce qui apporte la garantie d’une copie pérenne et donc d’une sauvegarde (sauvegarde multi site sécurisé). I. Portée Cet engagement vaut pour :

Uniquement le/les jeux de données précis désignés ci-après

Le/les jeux de données précis désignés ci-après et leurs mises à jour ultérieures

Tout échange de donnée

méthode générale et mise en œuvre du programme carnet...

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