Module S2M8 TP de Microbiologie

TP n°4 : La famille des ENTEROBACTERIACEAE

Famille des ENTEROBACTERIACEAE

Définition :

- Bacille Gram -

- Oxydase négative

- Immobile ou mobile par une ciliature péritriche

- Culture sur les milieux ordinaires

- Type respiratoire aéro-anaérobie facultatif

- Fermentation du glucose avec ou sans gaz

- Réduction des nitrates en nitrites

Morphologie des ENTEROBACTERIACEAE

Macroscopie des ENTEROBACTERIACEAE

Colonies de Type S Colonies de Type R Colonies de Type M

Swarming

Colonies pigmentées

Les principaux antigènes des ENTEROBACTERIACEAE

Ag O

Ag Vi

Ag H

Agglutination floconneuseAgglutination granulaire

Classification des ENTEROBACTERIACEAE par groupe

ENTEROBACTERIACEAE

Généralement

H2S +

Groupe I

Salmonella

Citrobacter

Généralement

Indole +

Groupe II

Escherichia

Shigella

Généralement

VP +

Groupe III

Klebsiella

Enterobacter

Serratia

TDA +

Groupe IV

Proteus

Providencia

Morganella

Généralement

Urée +

Groupe V

Yersinia

Mécanisme d’action des EHEC

FixationProduction de toxines

Destruction des

microvillosités

DIARRHEE

sanglante

Syndrome

Hémolytique

Urémique

Passage dans le sang

Orientation vers la famille des ENTEROBACTERIACEAE

Bacille

Gram -

Oxydase -

Oxydase +

ENTEROBACTERIACEAE

Type respiratoire

Aérobie strictePSEUDOMONADACEAE

Type respiratoire

Aéro-anaérobie VIBRIONACEAE

Tableau d’identification des ENTEROBACTERIACEAE

Genre Espèce

Mo

bil

ité à

37

°C

Mo

bil

ité à

22

°C

La

cto

se

Ga

z e

n

glu

co

se

H2S

ON

PG

Urée

Ind

ole

TD

A

LD

C

OD

C

AD

H

Ma

nn

ito

l

RM

VP

Cit

ra

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Sim

mo

ns

Gél

ati

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se

Ad

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ito

l

Ara

bin

ose

Du

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Mel

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Ra

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ose

Rh

am

no

se

Sa

cch

arose

So

rb

ito

l

Th

réa

lose

Xy

lose

Citrobacter amalonaticus + + d + - + [+] + - - + [+] + + - [+] - - + - - - + [-] + + +

Citrobacter diversus + + d + - + d + - - + d + + - + - + + d - - + d + + +

Citrobacter freundii + + d + [+] + d - - - [-] d + + - + - - + d d d + d + + +

Edwarsiella tarda + + - + + - - + - + + - - + - - - - - - - - - - - - -

Enterobacter aerogenes + + + + - + - - - + + - + - + + - + + - + + + + + + +

Enterobacter agglomerans [+] + d [-] - + [-] [-] - - - - + d d d - - + [-] d d [+] [+] d + +

Enterobacter cloacae + + + + - + d - - - + + + - + + - [-] + [-] + + + + + + +

Escherichia coli + + + + - + - + - + d [-] + + - - - - + d [+] d [+] d + + +

Escherichia coli "inactive" - - [-] - - d - [+] - d [-] - + + - - - - [+] d d [-] d [-] [+] + d

Hafnia alvei - + - + - + - - - + + - + d [+] - - - + - - - + - - + +

Klebsiella oxytoca - - + + - + + + - + - - + [-] + + - + + d + + + + + + +

Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae - - d d - [+] - - - d - - + + - d - + + - + + d [-] d + +

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae - - + + - + + - - + - - + [-] + + - + + d + + + + + + +

Klebsiella pneumoniae subsp. rhinoscléromatis - - - - - - - - - - - - + + - - - + + - + + + [+] + + +

Morganella morganii + + - + - - + + + - + - - + - - - - - - - - - - - - -

Proteus mirabilis + + - + + - + - + - + - - + d d + - - - - - - [-] - + +

Proteus vulgaris + + - [+] + - + + + - - - - + - [-] + - - - - - - + - d +

Providencia alcalifaciens + + - [+] - - - + + - - - - + - + - + - - - - - [-] - - -

Providencia rettgeri + + - - - - + + + - - - + + - + - + - - - - d [-] - - -

Providencia stuartii [+] [+] - - - - d + + - - - - + - + - - - - - - - d - + -

Salmonella bongori + + - [+] + + - - - + + + + + - + - - + + [+] - + - + + +

Salmonella choleraesuis subsp. arizonae + + [-] + + d - - - + + d + + - + - - + - + - + - + + +

Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis + + - + + - - - - + + d + + - + - - + + + - + - + + +

Salmonella choleraesuis subsp. diarizonae + + [+] + + + - - - + + d + + - + - - + - + - + - + + +

Salmonella choleraesuis subsp. houtanae + + - + + - - - - + + d + + - + - - + - + - + - + + +

Salmonella choleraesuis subsp. indica + + [-] + + d - - - + + d + + - [+] - - + d [+] - + - - + +

Salmonella choleraesuis subsp. salamae + + - + + [-] - - - + + + + + - + - - + + - - + - + + +

Serratia fonticola + + + [+] - + [-] - - + + - + + - + - + + + + + [+] [-] + + [+]

Serratia liquefaciens + + - [+] - + - - - + + - + + + + + - + - [+] [+] [-] + + + +

Serratia marcescens + + - d - + [-] - - + + - + [-] + + + d - - - - - + + + -

Serratia odorifera biogroupe 1 + + d - - + - d - + + - + + d + + d + - + + + + + + +

Serratia odorifera biogroupe 2 + + + [-] - + - d - + - - + d + + + d + - + - + - + + +

Shigella dysenteriae - - - - - - - d - - - - - + - - - - d - d d - - d [+] -

Shigella flexneri et boydii - - - - - - - d - - - - + + - - - - d - d d - - d [+] -

Shigella sonnei - - - - - + - - - - + - + + - - - - + - [-] - [+] - - + -

Yersinia enterocolitica - + - - - + [+] d - - + - + + - - - - + - - - - + + + d

Yersinia pestis - - - - - d - - - - - - + [+] - - - - + - [-] - - - d + +

Yersinia pseudotuberculosis - + - - - d + - - - - - + + - - - - d - d [-] d - - + +

Bacille Gram –Culture sur milieu ordinaire

Aéro-anaérobie Oxydase –

Réduction des nitrates en nitritesFermentation du glucose

Mobilité à 37 °C -

Lactose -

Shigella dysenteriae

Shigella boydii ou flexnerii

Xylose -

Yersinia pestis

Klebsiella pneumoniae subsp ozanae

Xylose +

Saccharose -

Saccharose + Klebsiella pneumoniae subsp rhinoscléromatis

ODC -

ODC + Shigella sonnei

Urée -

Urée +ODC - Yersinia pseudotuberculosis

ODC + Yersinia enterocolitica

Gaz en glucose -

Gaz en glucose + Hafnia alvei

Indole -

Klebsiella oxytocaIndole +

Lactose +

VP - Klebsiella pneumoniae subsp ozanae

VP + Klebsiella pneumoniae subsp pneumoniae

LDC -

VP -

VP +

Indole - Citrobacter freundii

Indole +Adonitol - Citrobacter amalonaticus

Adonitol + Citrobacter diversus

ADH - Enterobacter agglomerans

ADH + Enterobacter cloacae

VP -

Enterobacter aerogenesVP +

Indole - Serratia fonticola

Indole + Escherichia coliGélatinase -

Rhamnose - Serratia liquéfaciens

Rhamnose + Serratia odorifera 1

Xylose +

Xylose - Serratia marcecensGélatinase +

LDC +

H2S -

Mélibiose - Salmonella choleraesuis subsp salamae

Mélibiose + Salmonella choleraesuis subsp choleraesuisDulcitol +

Dulcitol - Salmonella choleraesuis subsp houtanae

ONPG -

Dulcitol - Salmonella choleraesuis subsp arizonae

Dulcitol + Salmonella bongori

Lactose +

Lactose -

Salmonella choleraesuis subsp diarizonae

ONPG +

Sorbitol +

Sorbitol - Salmonella choleraesuis subsp indica

Indole -

Indole + Edwarsiella tarda

H2S +

TDA -

ODC - Serratia odorifera 2

ODC +

Thréalose - Providencia alcalifaciens

Thréalose + Providencia stuartii

Mannitol +

Mannitol -

Providencia rettgeri

ODC -

ODC + Morganella morganii

H2S -

Indole - Proteus mirabilis

Indole + Proteus vulgarisH2S +

TDA +

Mobilité à 37 °C +

Mannitol -

Mannitol +

Raffinose -

Raffinose +

Milieux d’isolement des ENTEROBACTERIACEAE (1/5)

Milieu Indicateur de réaction SucreVirage de

l'indicateurInhibiteurs

Détection de la

production d'H2S

Sérotypage

possible

+ : Jaune

- : Violet

+ : Rouge Cristal violet

- : Incolore Sels biliaires

Eosine + : Violet Eosine

Bleu de méthylène - : Gris Bleu de méthylène

+ : Rouge Citrate

- : Incolore Désoxycholate

+ : Rouge Cristal violet

- : Incolore Sels biliaires

Lactose + : Rouge Citrate

Saccharose - : Incolore Désoxycholate

Lactose

Saccharose

Salicine

+ : Rouge Citrate

- : Incolore Sels biliaires

BCP BCP Lactose Non Non Oui

LactoseRouge neutre

Non

Mac Conkey Non Possible

EMB Lactose Non Oui

DCLS

Non

Rouge neutre LactoseVRBL Non Non

Desoxycholate

lactoseRouge neutre Lactose

+ : Saumon

- : Vert

Rouge neutre Non Non

SS

Possible

Oui Non

Oui

Rouge neutre Lactose

HektoenFuschine acide

BBTSels biliaires

Milieux d’isolement des ENTEROBACTERIACEAE (2/5)

Milieu BCP

Souche lactose +

Milieu Mac Conkey

Souche lactose +

Milieu Mac Conkey

Souche lactose -

Milieux d’isolement des ENTEROBACTERIACEAE (3/5)

Escherichia coli sur EMB

Milieux d’isolement des ENTEROBACTERIACEAE (4/5)

Milieu Désoxycholate

Souche lactose +

Milieu Désoxycholate

Souche lactose -

Milieux d’isolement des ENTEROBACTERIACEAE (5/5)

Milieu Hektoen

Souche sucre + et H2S –

Milieu Hektoen

Souche Sucre – et H2S +

Milieux d’isolement des ENTEROBACTERIACEAE (6/5)

Milieu SS

Souche lactose +

Milieu SS

Souche lactose -

Milieu SS

Souche H2S -

Galerie API 20 E (1/4)

1. Répartir environ 5 ml d’eau

distillée dans les alvéoles d’une

boite d’incubation

2. Sortir dans la zone de stérilité

une galerie du sachet stérile

Galerie API 20 E (2/4)

3. Placer la galerie dans le fond de

la boite d’incubation

4. Remplir chaque tube de la

dilution bactérienne en inclinant

la galerie à 45 ° pour éviter la

formation de bulles

Galerie API 20 E (3/4)

5. Compléter les cupules des tests

encadrés par de la suspension

bactérienne et celles des tests

soulignés par de l’huile stérile.

6. Fermer la galerie et mettre à

incuber 24 heures à 37 °C.

Tableau de lecture de la galerie API 20E

Négatif Positif

ONPGOrtho-nitro-phényl-

galactoside-galactosidase Incolore Jaune (1)

ADH Arginine Arginie dihydrolase Jaune Rouge / Orangé

LDC Lysine Lysine décarboxylase Jaune Orangé

ODC Ornithine Ornithine décarboxylase Jaune Rouge / Orangé (2)

CIT Citrate de sodium (3) Utilisation du citrate Vert pâle / Jaune Bleu vert / Vert (4)

H2S Thiosulfate de sodium Production d'H2S Incolore / Gris Dépôt noir

URE Urée Uréase Jaune Rouge / Orangé

Jaune Marron foncé

Jaune Anneau rouge

Incolore Rosé / Rouge

GEL Gélatine de Kohn Gélatinase Non-diffusion Diffusion du pigment noir

GLU Glucose Fermentation / Oxydation (5) Bleu / Bleu-vert Jaune

MAN Mannitol Fermentation / Oxydation (5) Bleu / Bleu-vert Jaune

INO Inositol Fermentation / Oxydation (5) Bleu / Bleu-vert Jaune

SOR Sorbitol Fermentation / Oxydation (5) Bleu / Bleu-vert Jaune

RHA Rhamnose Fermentation / Oxydation (5) Bleu / Bleu-vert Jaune

SAC Saccharose Fermentation / Oxydation (5) Bleu / Bleu-vert Jaune

MEL Melibiose Fermentation / Oxydation (5) Bleu / Bleu-vert Jaune

AMY Amygdaline Fermentation / Oxydation (5) Bleu / Bleu-vert Jaune

ARA Arabinose Fermentation / Oxydation (5) Bleu / Bleu-vert Jaune

OX Sur papier filtre Cytochrome oxydase Incolore Violet

Jaune Rouge

Rouge Gris / Jaune

MOB Etat Frais Mobilité Immobile Mobile

MAC Mac Conkey Culture Absence Présence

Fermentation sous huile Vert Jaune

Oxydation à l'air Vert Jaune

Tube GLUNO3 - NO2

Hugh et LeifsonOF

NIT 1 + NIT 2 / 2-3 minutes

Zn

Production NO2

Production NO3

VP 1 + VP 2 / 10 minutesVP Pyruvate de sodium Production d'acétoïne

Kovacs / 2 minutesIND Tryptophane Production d'indole

Perchlorure de fer / ImmédiatTDA Tryptophane Tryptophane désaminase

RésultatsTests Substrats Réaction / Enzymes

5 2 1 5 7 7 3 5

+ +-

Code n°: 5 215 773 (55)

++

5

Lecture de la galerie API 20E

Se référer au catalogue pour identifier la souche à l’aide du code

Classification de Kauffman et WhiteAg O Ag H (phase 1) Ag H (phase 2) Ag O Ag H (phase 1) Ag H (phase 2)

Groupe O : 1, 2 (A) (0,23 %) Groupe O : 9 (D) (19 %)

Paratyphi A (37) 1, 2, 12 a - Panama (8) 1, 9, 12 l, v 1, 5

Dublin (5) 1, 9, 12, [Vi] g, p -

Groupe O : 4 (B) (51,8 %) Entéritidis (2) 1, 9, 12 g, m -

Typhimurium (1) 1, 4, [5], 12 i 1, 2 Typhi (9) 9, 12, [Vi] d -

Saintpaul (6) 1, 4, 12, 27 e,h 1, 2 Gallunarum (38) 1, 9, 12 - -

Heidelberg (14) 1, 4, [5], 12 r 1, 2

Brandeburg 1, 4, 12 l, v e, n, z15 Groupe O : 3, 10 - 1, 3, 15 - 3, 19

Bredeney (12) 1, 4, 12, 27 l,v 1, 7 (E1 - E2 - E3) (6,2 %)

Agona (10) 1, 4, 12 f, g, s - Senftenberg (15) 1, 3, 19 g, s, t -

Derby (13) 1, 4, [5], 12 f, g - London (21) 3, 10 l, v 1, 6

Paratyphi B (17) 1, 4, [5], 12 b 1, 2 Anatum (18) 3, 10 e, h 1, 6

Schwartzengrund (25) 1, 4, 12, 27 d 1, 7 Give (33) 3, 10 l, v 1, 7

Wien (31) 1, 4, 12, 27 b l, w Muester (46) 3, 10 e, h 1, 5

Coeln (27) 4, [5], 12 y 1, 2 Melagridis (45) 3, 10 e, h l, w

Duisburg (49) 1, 4, 12, 27 d e, n, z15 Uganda 3, 10 l, z13 1, 5

Abortusovis (40) 4, 12 c 1, 6 Lexington 3, 10 z10 1, 5

Stanley (42) 1, 4, [5], 12, 27 d 1, 2 Orion (43) 3, 10 y 1, 5

Reading 1, 4, [5], 12 e,h 1, 5

Sandiego 4, [5], 12 e,h e, n, z15 Groupe O : 13, 22 - 13, 23

(G1 - G2) (1,2 %)

Groupe O : 6, 7 - 6, 8 - 8 Kedougou (30) 1, 13, 23 i l, w

(C1 - C2 - C3) (20,3 %) Worthington 1, 13, 23 z l, w

Infantis (7) 6, 7 r 1, 5 Ibadan (39) 13, 22 b 1, 5

Bovismobificans (4) 6, 8 r 1, 5 Havana (41) 1, 13, 23 f, g, s -

Hadar (23) 6, 8 z, 10 e, n, x

Newport (16) 6, 8 e, h 1, 2

Virchow (3) 6, 7 r 1, 2

Thompson (29) 6, 7 k 1, 5

Montévidéo (19) 6, 7 g, m, s -

Manhattan (27) 6, 8 d 1, 5

Goldcoast (11) 6, 8 r l, w

Braenderup (20) 6, 7 e, h e, n, z15

Livingstone (22) 6, 7, 14 d l, w

Mbandaka (28) 6, 7 z, 10 e, n, z15

Kottbus (35) 6, 8 e, h 1, 5

Ohio (32) 6, 7, 14 b l, w

Muenchen (34) 6, 8 d 1, 2

Biockley (26) 6, 8 k 1, 5

Tennessee 6, 7, 14 z29 -

Isangi 6, 7 d 1, 5

Litchfield (44) 6, 8 l, v 1, 2

Rissen (51) 6, 7, 14 f, g -

Kentucky 8, 20 i z6

Emek 8, 20 g, m, s -

Orianenburg 6, 7 m, t -

Sérotypage des Salmonella

Identification biochimique du genre Salmonella

Autoagglutination

en eau distillée +

Refaire un isolement

et recommencer le

sérotypage

Autoagglutination

en eau distillée –

Agglutination

en OMA +Agglutination

en OMA –

Agglutination

en OMB +

La souche appartient

au groupe B, D, E, A ou L

La souche appartient

au groupe C, G, F ou H

Identifier les Ag O puis H en phase 1 et 2

Agglutination

en OMB –

Agglutination

en Vi +

Eliminer Vi par

traitement thermique

puis recommencer le

sérotypage

Agglutination

en Vi –

Envoyer la souche

au CNRSS