modalités d’imageriesmiv.u-strasbg.fr/collet/yvesmely2012.pdf · 1 = indice de réfraction de...
TRANSCRIPT
Modalités d’Imageries en Microscopie
optique
Yves MELY UMR 7213 CNRS, Laboratoire de Biophotonique et Pharmacologie
ILLKIRCH, France ([email protected])
Illkirch, Octobre 12, 2011
Atomes Microscopie à effet tunnel,
“field ion microscope” FIM
Niveau
atomique
Molécules Microscopie à effet tunnel,
à champ proche AFM
Niveau
moléculaire
Ultrastructure
cellulaire, virus,
macromolécules
Microscope électronique Morphologie
sub-
microscopique
Cellules isolées Microscope photonique
contraste de phase,
confocal
Cytologie
tissus Microscope photonique Histologie
Organes, petits
organismes
Oeil loupe Anatomie
Tissu Observation But
Quelle microscopie pour quoi faire?
1mm
100µ
10µ
1µ
0,1µ
10nm
1nm
1A
Taille
Diffraction : Sin = /d
L’image
d’un point
Résolution :
dm = 0,61 / sin
Résolution
Diffraction: image d’un point par une
lentille (objectif) est un disque d’Airy.
Distance minimale dm entre 2 points pour qu’ils apparaissent séparés
= Rayon du disque d’Airy. Objectif d’ ON =1,4 et =500 nm: dm =
216 nm (en xy). dm quand et ON
Sources de lumière
acquisition d ’images photos classiques ou photos numériques
lampe halogène-tungstène
condenseur et sa tourelle
platine orientable
Objectifs sur le revolver
oculaires
Eléments d’un microscope droit
Le microscope inversé
Lampe halogène condenseur platine lampe à épifluorescence objectifs blocs filtres pour fluo
Sortie caméra Oculaires
Les objectifs
Objectifs
Les rayons convergent en un seul point = focale de la lentille
Objectifs : constitués de lentilles convergentes
Equation des opticiens: 1/f’ = (n-1)(1/R1 + 1/R2)
f
n = indice de réfraction de la lentille
1 = indice de réfraction de l’air
R1 et R2 = rayons de courbure
des faces de la lentille
OAOAOFf
1
'
1
'
11Relation de conjugaison:
Ouverture Numérique d’un objectif
Cône de
lumière
ON = capacité de l’objectif à récupérer
la lumière émanant de l’objet
ON = n sin
Lamelle
objet
lame
n = indice de réfraction du milieu (l ’air
ici) entre le front de l ’objectif et la lamelle
Les objectifs à sec
S ’il y a forte réfraction, peu de rayons traversent l ’objectif
1 2
3
4
5
si n diminue……….
……… l ’angle de réfraction augmente
ni sini = nr sinr
Objectif : n= 1,55
Air : nair 1,0003
Lamelle nverre 1,55
objet
lame
Les objectifs à immersion
S’il y a faible réfraction, l’objectif capture plus
de rayons lumineux
ON max = (1,52) = 1,4
Intérêt des objectifs à immersion, de grande ON
1 2 3 4 5 Objectif : n= 1,55
huile : nhuile 1,52
Lamelle : nverre 1,55
objet
lame
Distance de travail du front de l ’objectif à la surface de lamelle quand l’objet est dans le plan focal.
a
Lamelle objet lame
WD en mm).
Caractéristiques des objectifs Distance de travail
Grandissement, ouverture numérique et distance de travail
Lamelle objet lame
7°
x10
20°
x20
60°
x63
WD diminue quand le grandissement augmente.
Caractéristiques des objectifs
Les aberrations chromatiques des lentilles
Lentille standard bleu > vert > rouge => séparation des ondes
Aberrations sphériques
Lumière mono-chromatique
l’image d’un point source n’est pas un point, mais une tâche = « cercle de moindre confusion ».
1 2 3
Aberrations optiques
Objectif plan apochromate
Correction des aberrations
chromatiques et sphériques :
tout le champ est net
les 3 couleurs focalisent au même point
Les différents types d ’observation en microscopie optique
Observation en fond clair
Observation en fond noir
Observation en contraste de phase
Observation en lumière polarisée
Observation en DIC (contraste
interférentiel différentiel)
Tissu contrasté, coloré ou non
structures fines et/ou réfléchissant la
lumière
Tissu peu contrasté, très peu coloré ou
non (coupes fines)
Tissu à propriétés biréfringentes
Cellules vivantes ou fixées non
colorées
structures ou produits autofluorescents
ou marqués par des sondes
fluorescentes
En lumière transmise
En épifluorescence
Le trajet optique en lumière transmise
observateur
oculaires
tube optique
objectif
platine-objet
diaphragme d’ouverture
condenseur
diaphragme de champ
lentille collectrice
source de lumière
Microscopie en fond clair
Pour qu'un objet puisse être visualisé → transparent à la lumière visible échantillons très fins.
Echantillons biologiques difficiles à observer car les différents constituants de la cellule absorbent la lumière de manière à peu près égale → images peu contrastées.
Microscopie en fond clair, car source lumineuse pour éclairer l'objet.
On utilise des colorants qui se fixent +/- sélectivement à certaines structures permettant ainsi de les visualiser.
Pour cellules vivantes, techniques de coloration fortement perturbantes.
Microscope à contraste de phase Ne nécessite pas de colorants et s’applique aux cellules vivantes.
Légères d'indice de réfraction ou d'épaisseur entre différentes zones de l'objet ou entre l'objet et le milieu qui le baigne sont converties en intensité lumineuse.
Lumière retardée dans milieux d'indice de réfraction élevé → une partie des ondes lumineuses qui traversent l'objet est réfractée et déphasée par rapport à la partie qui n'a pas traversé l'objet.
Déphasage proportionnel à la différence d'indice de réfraction et à l'épaisseur de l'objet traversé.
Lumière incidente traverse diaphragme annulaire et focalisée en anneau circulaire sur l'objet.
Lumière qui ne traverse pas l'objet reste intacte et est focalisée par l'objectif sur l'anneau gris épais de la plaque de phase qui absorbe une partie du faisceau et change sa phase.
Quand objet réfracte ou diffracte la lumière modification de la phase et déviation des ondes lumineuses vers région mince de la plaque de phase.
Ces ondes interfèrent avec faisceau d'ondes non réfractées. Image finale constituée de différents degrés de brillance ou d'extinction en fonction de l'indice de réfraction de chaque point de l'objet.
Microscope àcontrastede phase
Images beaucoup plus contrastées qu’en fond clair.
Microscope àcontrastede phase
DIC permet de percevoir des différences de structure fine dans les cellules.
Microscopie à contraste interférentiel différentiel (DIC)
Microscopie de fluorescence
acquisition
d ’images photos
classiques
ou
photos
numériques
lampe halogène-
tungstène
condenseur
et sa tourelle
platine orientable
Objectifs sur
le revolver
oculaires lampe à épifluorescence
lampe HBO
filtre
an
tica
loriq
ue
filtre
in
fra
-ro
ug
e
dia
ph
rag
me
de
ch
am
p
filt
re d
’excit
ati
on
miroir dichroïque
filtre d ’émission
objectif
échantillon
oculaires
Trajet optique en épifluorescence
Trajet optique dans un microscope inversé
Filtres à l’émission
1. Short pass
2. Long pass
3. Narrow pass
4. Band pass
3
1 2
4
% transmission
On sélectionne la zone spectrale d’observation avec des filtres
Fluorescence directe :
- présente dans les cellules vivantes => auto-fluorescence.
Ex : chlorophylle,
composants des parois,
vitamines, résines.
- les fluorochromes peuvent se lier spécifiquement à des
macromolécules in vivo.
Ex : Dioc6 pour le réticulum,
Dapi pour l’ADN,
mitotracker pour les mitochondries.
phalloïdine pour la F-actine
Microscopie de fluorescence
- ADN :
iodure de propidium, YOYO, Syto16,
chromomycine A3, mithramycine; DAPI,
Hoechst, DRAQ5, TOTO3
- mitochondrie : sensible au potentiel membranaire
Rhodamine 123, DiOC6(3), DiOC7(3),
JC-1, MitoTracker Red CMXRos (post-
fixation possible)
- membranes :
FM1-43, FM4-64, fusions-GFP, divers
anticorps de surface
- Viabilité : FDA, exclusion d’iodure de
propidium,… morphologie, avec DIC
- réticulum endoplasmique:
(non spécifique) DiOC6(5), GFP-taggée
- appareil de Golgi : GFP-taggée,
anticorps, NBD-C6-ceramide (pas pour
végétaux)
- dépendance envers le pH :
carboxy-SNARF-1, BCECF
- dépendance envers le calcium : Fluo-3 ou -4 (± FF), FuraRed,
CalciGreen, Indo-1, Cameleon
- divers :
Acridine Orange, Neutral Red, Lucifer
Yellow, chlorophylle,
Principaux fluorochromes
Fluorescence directe :
Microscopie de fluorescence
Mitotracker: marquage des mitochondries.
LysoSensor: marquage des lysosomes.
Microscopie de fluorescence
aFluorescence indirecte :
• Les fluorochromes peuvent être couplés à des marqueurs
spécifiques des macromolécules d’intérêt.
Ex : anticorps pour des peptides et protéines.
ge des anticorps
Marquage des cellules
Les Ac ne rentrent pas dans la cellule: fixation et perméabilisation
Protéines fluorescentes Travail sur cellules vivantes: protéines de la famille des GFP (Green Fluorescent Proteins). Protéine de méduse. Chromophore formé de 3 acides aminés modifiés post-traductionnellement.
Par biologie moléculaire, on peut coupler le gène de la GFP au gène de n’importe quelle protéine pour faire exprimer à la cellule une protéine chimère fluorescente dont on pourra suivre la localisation, le trafic intracellulaire, les interactions…. Possibilité de marquages multiples.
Marquages multiples en épifluorescence
Cellules épithéliales de rein d’opposum
Fluorescéine ou Cy2 ou Alexa 488
rhodamine ou texas red ou Cy3 ou Alexa 568
Cy5 ou Alexa 633
Mettre le schéma de l’appareil, donner les résultats sur cellules fixées avec les Antigènes, puis parler des cellules vivantes avec les GFP.
Limite importante: mélange d'images provenant de différents niveaux de l'objet.
Solution: microscopie confocale.
Marquages multiples en épifluorescence
Microscopie confocale
Mettre le schéma de l’appareil, donner les résultats sur cellules fixées avec les Antigènes, puis parler des cellules vivantes avec les GFP.
Excitation: faisceau laser
et système de balayage.
Coupes optiques de l’objet. Balayages successifs des différents plans focaux.
L’image confocale est reconstruite point par point. Résolution peu améliorée
mais détails mieux perçus.
Trou confocal (pinhole) rejette
la lumière en dehors du plan
focal. Pinhole conjugué avec
le plan focal défini par le laser
et le scanner.
Microscopie confocale
Mettre le schéma de l’appareil, donner les résultats sur cellules fixées avec les Antigènes, puis parler des cellules vivantes avec les GFP.
Champ large
confocal
Moelle
humaine
Fibres
musculaires
de lapin
Pollen
Microscopie confocale
Mettre le schéma de l’appareil, donner les résultats sur cellules fixées avec les Antigènes, puis parler des cellules vivantes avec les GFP.
Coupes en Z à travers
un grain de pollen tous
les 3 µm. On peut
reconstruire l’image du
volume entier.
- Longueurs d’onde d’excitation limitées avec les sources laser habituelles.
Difficulté d’exciter dans l’UV. - Photoblanchiement et phototoxicité importante du fait des faisceaux
lasers intenses nécessaires pour générer une fluorescence exploitable.
- Coût élevé de la technique.
Microscopie multiphotonique
1-ph
2-ph
Excitation 2 photons: laser femtoseconde
Microscopie multiphotonique
photoblanchiement
phototoxicité
sensibilité
profondeur
Gde séparation entre
excitation et émission
Excitation simultanée
de plusieurs sondes
Résolution similaire
Microscopie multiphotonique
Images of acid fucsin stained monkey kidney at a depth of 60 µm by confocal (left) and multiphoton microscopy (right). The confocal image shows a significant increase in
local background resulting in a lower contrast image. However, the multiphoton image maintains contrast even at significant depths within a light scattering
sample.(Biophysical J., 1998,75:2015)
DAPI (DNA), PATMAN (membranes) et TMR (mitochondies)
- Contrast: autofluorescence, light diffusion, overexpression
- Labeling: size, effect on protein structure and function, photobleaching
- Fluorescence intensity = relative measurement instrumentation and concentration dependent
A B
Limites de la microscopie de fluorescence
- Résolution
Fluorescence lifetime imaging Microscopy(FLIM)
Mesure des temps de vie des fluorophores pour chaque pixel de l’image
du microscope.
Source: laser
Sample
Detector
Filter
t
t
Decay curve
t (ps)
Lifetime
Fluorescence lifetimes are absolute parameters, independent of instrumentation and concentration.
FRET
Transfer of Energy
YFP CFP
X Y ( Donor )
( Acceptor )
Mesures de FRET par FLIM
FRET si les sondes sont à moins de 10 nm preuve directe d’une interaction.
En microscopie confocale, colocalisation de deux protéines marquées ne
prouve pas leur interaction: résolution > 200 nm
Superposition Ov GFP-Protein A -Protein B-TRed Superposition
( Donor ) CFP
2 ns
( Donor ) CFP YFP ( Acceptor ) + 2 ns
CFP YFP FRET
7 aa
1.3 ns
FRET intramoléculaire
CFP YFP Lower
FRET
17 aa
1.7 ns
Vpr forms multimers at nuclear membrane.
Vpr oligomerisation
(Fritz et al, Retrovirology, 08)
Vpr-eGFP E = 1- tDA/tD
1.6 1.8 2.0 2.2 2.4 2.6 2.8 3.00
10
20
30
40Vpr-GFP + mCherry-Vpr
pix
els
va
lue
s
Lifetime T (ns)
1.6 1.8 2.0 2.2 2.4 2.6 2.8 3.00
10
20
30
40
50
Vpr-GFP-
Vpr-eGFP + Vpr-mCherry
23%
L23F
1st helix
Q44
2nd helix
L67A
3rd helix Q3R
N-terminal
R90K
C-terminal
W54G
Outside helix
N
C
Q3
W54
R90
L23 L67
Q44
Roques et al, 1997, Schuler et al 1999 , Morellet, N., et al., 2003
Aminoacids in the helices are
involved in the formation of the
oligomers
Vpr oligomerisation
FLIM in leaves: tubule formation in plamodesmata
In leaves, MP subunits of Grapevine
Fanleaf Virus (GFLV) interact in the
tubules and the base of the tubules
interact with the PD protein Pdlp1 .
3ns
1ns
+
Tubule base: 1.82ns
Pdlp1:RFP GFP:2B
(Amari et al, Plos microbiol, 2010)
Plasmodesmata are pores for intercellular communication between cells in plants. They allow the passage of viruses, which employ movement proteins (MPs)
Combinaison FLIM/multiphoton Mesure du pH dans le Stratum Corneum (SC)
Combinaison FLIM/multiphoton
Combinaison FLIM/multiphoton
Combinaison FLIM/multiphoton
Combinaison FLIM/multiphoton
Combinaison FLIM/multiphoton
Microscopie TIRF (Total internal reflexion microscopy)
Si > c, réflexion interne totale. Néanmoins faible quantité de lumière traverse l’interface créant un champ E qui se propage dans une région limitée proche (100 nm) de l’interface (onde évanescente).
Excitation of fluorophores in the bulk of the specimen is avoided, a much higher signal-to-noise ratio is achieved compared to conventional widefield epifluorescence illumination: detection of single-molecule fluorescence.
Single particle tracking : TIRF microscopy
TIRF microscopy
Gag-eGFP 10 s
50 ms/frame
Gag-eGFP
Résultats: les différentes trajectoires observées
Representative motions
Motion out of plane
Motion in plane
Low amplitude High amplitude Directed motion
500 nm 500 nm 500 nm
500 nm
Single particle tracking : TIRF microscopy
- « Spot Tracker 2D » ImageJ: x and y coordinates as a function of t
15 µm
0 10 s
0,8 0,4
1,2
0,3
0,6
0,9
0 X
Y
Pixel
Pix
el
<R2> = f (t);
B
C
D
Temps (s)
Dépla
cem
ent quadra
tique m
oye
n (
µm
2)
10-6
A
[A-B]: D= 2,21 x 10-5 µm2/s
[C-D]: D= 7,41 x 10-4 µm2/s
X
Y
0
2
4
2 4
[A-B]: D= 2,46 x 10-5 µm2/s
[C-D]: D= 4,01 x 10-3 µm2/s
Kinetic motions of the Viral like particles
Gag-eGFP
195 fluorescent complexes
High resolution fluorescence microscopy
Dye with controlled emission
[O2]
[MEO]
+
+
STORM(stochastic optical reconstruction microscopy ) Collection of isolated events in the sample: Fluorophore with controlled
emission
Analysis of all series of events to localize each fluorophore with nanometric precision: Reconstruction of the image
0
40
80
120
160
200
240
280
05
1015
2025
510
1520
25
Ph
oto
ns
X DataY axis
Prism-type TIR 0.2 sec integration
Z-Data from Columns 1-21
center
width Position of the centre =
width/√N = 250 nm / √104 = 2.5
nm
STORM(stochastic optical reconstruction microscopy ) Collection of isolated events in the sample: Fluorophore with controlled
emission
Analysis of all series of events to localize each fluorophore with nanometric precision: Reconstruction of the image
center
width Mitochondries et microtubules
Limites: technique lente
Cryo-prepared thin section from a COS-7 cell expressing the lysosomal transmembrane protein CD63 tagged with the PA-FP Kaede. In an obliquely cut region (D), the distribution of CD63
within the membrane plane can be discerned.
TIRF PALM
Mitochondria in a cryo-prepared thin section from a COS-7 cell expressing dEosFP-tagged cytochrome-C oxidase import sequence. Betzig et al, Science 313, 2006
PALM application (photoactivable FPs)
TEM PALM/TEM
STED (Stimulated emission depletion)
1
2
3
4
S0
S1 Absorption
Fluorescence
t≈ns
Depletion
t≈100ps
Stimulated
I IS
r
)1(2sI
INA
r
Is r
Stephan Hell, Göttingen
Synaptic vesicles
Resolution ~ 20-60 nm Acquisition time: <1 min
Difficulties: two pulsed lasers synchronised, cost
STED