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Mise en oeuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône

Méditerranée

(RhoMéO)

Rapport final :

Synthèse de la phase test en région Franche-Comté

2011-2012

Réalisation : Thérèse Beaufils, Luc Bettinelli, Olivier Billant, Nathalie Dewynter, Perrine Jacquot, Laetitia Leray, Samuel Maas

Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté p 2 Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)

Sommaire Préambule p5

Introduction p6

1. Axe A, Suivis de zones humides et tests d’indicateurs du bon état p6

1.1 Présentation et objectifs p6

1.2 Organisation retenue en Franche-Comté et méthodologie générale p7

1.2.1 Définition de la zone humide et contours de référence p7

1.2.2 Typologie des zones humides p8

1.2.3 Choix des sites et méthode d’échantillonnage p8

1.2.4 Groupes de travail retenus en Franche-Comté p12

1.2.5 Protocoles testés en Franche-Comté p12

1.2.6 Méthodologie de présentation et d’interprétation des résultats p13

1.3 Hydrologie p14

1.3.1 Protocole de suivi p14

1.3.2 Echantillonnage p15

1.3.3 Résultats p17

a) Résultats bruts p17

b) Comparaison des résultats obtenus avec chacun des protocoles p20

1.3.4 Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs p20

a) Robustesse et fiabilité scientifique p20

b) Opérationnalité p21

c) Interprétabilité p22

1.3.5 Conclusions et perspectives p23

1.4 Pédologie p24

1.4.1 Protocole de suivi p24


1.4.3 Résultats p26 a) Types de résultats obtenus p26 b) Caractère humide des sols au regard de la loi sur l’eau p26

c) Profils de sols obtenus selon la typologie des sites p26

1.4.4 Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs p31 a) Robustesse et fiabilité scientifique p31

b) Opérationnalité p31 c) Interprétabilité p32

1.5 Flore et végétation p35

1.5.1 Protocoles de suivi p35

a) Protocole par transects défini en Rhône-Alpes et testé en Franche-Comté p35

b) Autres protocoles testés en Franche-Comté p38




a) Robustesse p52



1.5.5 Conclusion sur la pertinence des indicateurs flore p58


1.6 Odonates p60





b) Calcul des indicateurs p64


a) Robustesse / représentativité de l’échantillonnage p67



1.7 Rhopalocères p70







a) Robustesse / représentativité p75



1.8 Amphibiens p78






c) Comparaison des sites : pression d’échantillonnage p84


a) Taux de détectabilité p85



1.9 Avifaune p89

1.9.1 Préambule, concepts, contextes p89

1.9.2 Méthodologie : présentation des dispositifs de suivis existants p93

1.9.3 Méthode : le protocole testé, STOC EPS forcé Zones Humides p94

1.9.4 Méthodologie : le calcul du LPI p98


a) Liste d’espèces de zones humides et sous-indicateurs p101

b) Le test méthodologique STOC EPS forcé Zones Humides p102

c) Le calcul du LPI : application de la méthode pour la Franche-Comté p105


a) Opérationnalité p110

b) Conclusion sur le groupe avifaune p113

1.10 Conclusions sur la pertinence des indicateurs p114


2. Axe B, Tests de suivi de l’ensemble des zones humides du bassin et choix des méthodes les plus efficientes en télédétection p118


2.2 Méthodologie p118

2.2.1 Partenariats p118

2.2.2 Acquisition des données p119

2.2.3 Protocoles de traitement des données p120

a) Prétraitement des données acquises p120

b) Délimitation des parcelles agricoles p120

c) Classification des images SPOT 5 par arbre de décision p121

2.3 Résultats obtenus p122

2.3.1 Délimitation des parcelles agricoles et comparaison avec les RPG p122

2.3.2 Cartographie de l’occupation du sol et repérage des zones humides p124

2.3.3 Comparaison avec l’inventaire de zones humides de Franche-Comté p125

2.3.4 Etude des pressions agricoles dans et autour des sites-tests RhoMéO p128

2.4 Efficience des méthodes en télédétection p129

3. Axe C, Définition et choix des outils de mutualisation des informations de l’évolution

du bon état des masses d’eau p130


3.2 Outils mis en place pour les autres régions p130

3.3 Réflexion sur le lien entre RhoMéO et les autres outils régionaux p132

4. Mode d’organisation p133

4.1 Organigramme p133

4.1.1 Organisation au niveau bassin p133

4.1.2 Organisation au niveau régional p134

4.2 Comités et réunions p135

4.2.1 Au niveau bassin p135

a) Groupes thématiques (faune et flore) p135

b) Groupe analyse des données p135

c) Comité technique de bassin p136

d) Comité de pilotage du bassin p136

e) Séminaire des 3 et 4 décembre 2013 p136

4.2.2 Au niveau régional p137

5. Perspectives et prochaines échéances p138 5.1 Séminaire de clôture de la phase test, septembre 2013 p138

5.2 Poursuite des réflexions en 2013 p138

Bibliographie p139


P r é a m b u l e

Les zones humides ont une importance primordiale du fait des fonctions écologiques (patrimoine naturel exceptionnel), hydrologiques (régulation du débit des cours d’eau, épuration des eaux), économiques ou encore sociales et culturelles qu’elles remplissent. Leur préservation est une priorité de la DCE (Directive cadre sur l’eau) au niveau européen, du SDAGE (Schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux), de la stratégie nationale sur la biodiversité et du Grenelle de l’environnement en France, ainsi que des 9

ème

et 10ème programmes de l’Agence de l’eau Rhône-Méditerranée et Corse.

L’obligation de résultats, concernant le maintien d’un bon état écologique des zones humides, constitue une exigence forte de la DCE. Pour une grosse partie des zones humides, les directives « Habitat » et « Oiseaux », transposées dans le droit français, poussent également vers une obligation de résultats sur un état de conservation favorable. Les échéances pour réaliser un bilan de cet état de conservation sont aujourd’hui très proches.

Malgré un contexte de développement de nombreux outils de gestion de l’information sur le patrimoine naturel et l’eau (BDD Eau, SINP, CARMEN, BDD/SIG Conservatoires botaniques nationaux, BDD/SIG Parc naturels, BDD/SIG des Conservatoires d’espaces naturels), le besoin d’outils permettant l’évaluation de l’état des milieux naturels et plus spécifiquement des zones humides était loin d’être comblé. Au sein du bassin Rhône-Méditerranée et Corse, différents acteurs avaient donc engagé, mais de façon non coordonnée, des démarches pour réfléchir à des méthodes de suivis des zones humides répondant à la question du bon état.

C’est à partir de ce constat, et sous l’impulsion de l’Agence de l’eau, qu’à partir de 2009 est né en Rhône-Alpes le projet RhoMéO, avec pour objectif de développer les méthodologies nécessaires à la construction d’un « Observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditerranée » (méthodologies cohérentes de travail et outils de traitement de l’information compatibles). Coordonné par le Conservatoire d’espaces naturels de Rhône-Alpes, le programme s’est construit autour de l’association de gestionnaires et de chercheurs, et a fédéré les efforts des conservatoires d’espaces naturels départementaux, du Conservatoire botanique national alpin et de différentes structures gestionnaires locales.

Après sa phase de mise en route rhônalpine, le projet a été consolidé par un déploiement sur l’ensemble du Bassin Rhône Méditerranée, avec un élargissement à partir de 2010 en Languedoc-Roussillon et Provence Alpes Côtes d’Azur (avec notamment la participation des deux Conservatoires d’espaces naturels et de la Tour du Valat), puis depuis 2011 une participation des acteurs bourguignons (Conservatoire d’espaces naturels de Bourgogne et Conservatoire botanique national du bassin parisien) et franc-comtois.


I n t r o d u c t i o n

En Franche-Comté, c’est donc à partir de fin 2010 qu’a débuté le montage de projet pour rejoindre la dynamique RhoMéO, participer à la réflexion à l’échelle du bassin et tester à l’échelle régionale les différents protocoles.

Le projet est porté par le Plateau du patrimoine naturel de la Maison de l’environnement de Franche-Comté (PPNMEFC), structure associative regroupant le Conservatoire d’espaces naturels de Franche-Comté (CEN FC), la Ligue pour la protection des oiseaux de Franche-Comté (LPO FC), le Conservatoire botanique national de Franche-Comté - Observatoire régional des invertébrés (CBNFC-ORI), la Commission de protection des eaux, du patrimoine, de l’environnement, du sous-sol et des chiroptères de Franche-Comté (CPEPESC) et l’Office pour les insectes et leur environnement de Franche-Comté (OPIE FC).

La maîtrise d’œuvre et la coordination générale du projet a été confiée au CEN FC, et trois autres structures participent activement au programme en Franche-Comté : le CBNFC-ORI, la LPO-FC ainsi que la Réserve naturelle nationale du Lac de Remoray.

Des actions ont été programmées sur deux années (2011-2012), grâce à des financements de l’Agence de l’eau Rhône Méditerranée et Corse et de l’Union européenne, par l’intermédiaire des fonds FEDER.

Comme sur l’ensemble du bassin, le programme est décliné autour de trois axes.

- le suivi de zones humides et le test d’indicateurs de bon état (axe A);

L’idée était de structurer et tester des protocoles de suivi de l’évolution du bon état des zones humides sur des bases déclinables à l’ensemble des gestionnaires des zones humides et pouvant, si possible, également servir à l’évaluation d’autres politiques.

La coordination globale de l’axe a été assurée par le CEN FC, qui a animé également un groupe de travail pédologie et hydrologie et a mis en œuvre les différents protocoles sur son réseau de sites (ainsi que pour la pédologie sur les autres sites, sauf la RN de Remoray).

La LPO FC a coordonné les groupes de travail concernant la faune vertébrée (amphibiens et avifaune) et a mis en œuvre le protocole avifaune, ainsi que le protocole amphibiens hors des sites du CEN FC et de la RN de Remoray.

Le CBNFC-ORI a animé les groupes de travail concernant la flore, la végétation et les invertébrés (odonates et rhopalocères) et a mis en œuvre pour ces groupes les protocoles hors des sites du CEN FC et de la RN de Remoray.

La RN de Remoray a mis en œuvre sur son territoire les différents protocoles déclinables à cette échelle.

- le test d’un suivi à petite échelle des zones humides du bassin et le choix des méthodes les plus efficientes en télédétection (axe B) ;

Cet axe a été coordonné par le CEN FC, avec un lien fort avec les partenaires bourguignons et l’ensemble du bassin.

- la définition et le choix des outils de mutualisation des informations de l’évolution du bon état des masses d’eau (axe C).

Cet axe a été coordonné par le CEN FC, en lien étroit avec l’échelle du bassin.


1 . A x e A : s u i v i s d e z o n e s h u m i d e s e t t e s ts d ’ i n d i c a t e u r s d u b o n é ta t

1.1 Présentation et objectifs

Cet axe a pour objectif de «structurer et de valider des protocoles de suivi de l’évolution de l’état des zones humides sur des bases biologiques déclinables à l’ensemble des gestionnaires des zones humides et pouvant également servir à l’évaluation d’autres politiques sur le bassin Rhône-Méditerranée».

Avant le début de mise en œuvre du programme en Franche-Comté, des réflexions ont été engagées en Rhône-Alpes et dans les deux régions du Sud :

- pour choisir différents angles d’approche descriptive des zones humides, au travers d’objets d’études abiotiques (hydrologie et pédologie) ou biotiques (végétation et groupes taxonomiques), traités par différents groupes de travail,

- pour définir des protocoles de suivis précis issus d’une étude de l’état de l’art et d’adaptations de méthodes préexistantes à la problématique de RhoMéO,

- avec l’objectif de faire ressortir in fine des indicateurs, calculés à partir des données récoltées par les protocoles testés, en lien avec des fonctions exercées par les zones humides ou des pressions s’exerçant sur ces milieux, et donc reflétant leur état de conservation.

En Franche-Comté, il a été choisi de partir sur un large socle commun (groupes de travail et protocoles) avec la région Rhône-Alpes, ceci dans un souci d’opérationnalité, mais aussi pour augmenter l’échantillonnage du test des protocoles, pour les confronter à un autre contexte régional et pour enrichir la réflexion sur la définition et le choix des indicateurs après la phase de terrain.

Toutefois, les opérateurs franc-comtois ont souhaité également explorer d’autres pistes, en proposant de mettre en place un nouveau groupe de travail (avifaune) et de tester trois autres protocoles dont la pertinence et l’opérationnalité leur semblaient adaptées à l’objectif fixé (végétation).

Au final, le choix des protocoles retenus ou rejetés se fait en fonction de plusieurs critères: leur validité scientifique, leur opérationnalité et leur intérêt en termes de possibilité d’interpréter les résultats obtenus et de définir des indicateurs répondant à la problématique du programme. Ce travail est actuellement encore en cours de réalisation sur l’ensemble du bassin versant.

1.2 Organisation retenue en Franche-Comté et méthodologie générale

1.2.1 Définition de la zone humide et contours de référence

Dès le départ du programme, il s’est avéré nécessaire de s’accorder de façon commune sur la définition d’une zone humide, afin notamment de définir les limites des objets géographiques étudiés.

Celle qui a été retenue est la définition réglementaire du code de l’environnement, utilisée par l’Agence de l’Eau. Voici ci-dessous l’extrait de l’article L-211-1 du code de l’environnement :

Il s’agit de « terrains exploités ou non, habituellement inondés ou gorgés d’eau douce, salée ou saumâtre, de façon temporaire ou permanente ; la végétation, quand elle existe, y est dominée par les plantes hygrophiles pendant au moins une partie de l’année ».

Ces zones humides se différencient notamment des « masses d’eau » recensées, constituées par les milieux aquatiques tels que le lit des rivières ou les grands lacs et plans d’eau, même si ces masses d’eau sont elles-mêmes le plus souvent en connexion étroite (géographique et fonctionnelle) avec des zones humides.

La localisation des zones humides franc-comtoises se base sur les inventaires réalisés par la DREAL pour les zones humides de plus d’un hectare (DIREN FC et MISE FC, 2003), qui ont l’avantage d’avoir été réalisés sur l’ensemble du territoire régional, entièrement inclus dans le territoire d’agrément de l’Agence de l’eau Rhône – Méditerranée et Corse. La relativement petite échelle de précision de l’inventaire a engendré un certain nombre de lacunes ou d’imprécisions dans la définition des contours ; cependant, le choix a été fait de partir sur le postulat de départ qu’une zone humide correspondait à un polygone cohérent de la cartographie DREAL.


Toutefois, dans certains cas, des aménagements ont été proposés sur la base :

- des apports d’autres inventaires s’intéressant à des zones humides de surface inférieure à l’hectare, comme l’inventaire des mares du PRAM (Programme régional d’action en faveur des mares, piloté par le CEN Franche-Comté et l’ONF) et l’inventaire des zones humides jurassiennes réalisé par la Fédération des chasseurs du Jura (FDC du Jura, 2009) ;

- des limites réelles constatées sur le terrain pour les sites retenus pour le test des protocoles, avec une modification des contours a posteriori.

1.2.2 Typologie des zones humides

Les zones humides constituent un objet d’étude complexe et varié, qui ne peut pas être appréhendé de façon « monolithique ». Le projet RhoMéO ayant pour objectif de chercher à tester les protocoles sur une large gamme de situations différentes et de milieux différents, le choix d’une typologie adaptée s’est avéré nécessaire. Cette étape a une importance forte à la fois en amont, dans l’établissement de la stratégie d’échantillonnage et en aval, pour la construction d’indicateurs tenant compte des réalités du fonctionnement des zones humides et avec, dans de nombreux cas, un domaine d’application limité.

Pour le choix des sites francs-comtois, et en lien avec l’inventaire de référence choisi, la typologie retenue a été celle des catégories d’habitats de l’inventaire de la DREAL FC (Annexe 1). L’inconvénient de cette méthode est que les types retenus ne caractérisent pas les zones humides dans leur entièreté, une même zone humide associant fréquemment plusieurs de ces grandes catégories d’habitats. Cette typologie a néanmoins permis de cibler une palette diversifiée de zones humides qui étaient représentatives du territoire régional.

Dans les réflexions menées à l’échelle du bassin, les différents partenaires ont utilisé comme point de départ la typologie SDAGE du tronc commun national de l’inventaire des zones humides de juin 2004 de Franche-Comté (Annexe 2). Une correspondance a donc été effectuée pour les sites retenus en Franche-Comté (voir plus loin).

Cependant, les types SDAGE ne sont pas apparus assez précis pour rendre compte de la diversité de fonctionnement des zones humides inventoriées.

Il a donc fallu établir collectivement une nouvelle typologie afin de :

- permettre l’analyse et la validation du domaine d’application des indicateurs,

- alimenter la méthodologie pour la mise en place d’un réseau de surveillance. Ce réseau devra en effet pouvoir se baser sur une stratégie d’échantillonnage fidèle aux caractéristiques du bassin.

Il a donc été proposé de travailler sur une typologie adaptée à partir de la typologie existante et de déterminer des « sous-types SDAGE » représentatifs. Ces sous-types sont en cours de définition sur la base des différents paramètres influençant le fonctionnement des zones humides : géomorphologie, pédologie et hydrologie et flore.

En Franche-Comté et dans les autres régions, le travail d’attribution des sous-types SDAGE reste à réaliser. Dans l’analyse et dans la suite du présent rapport, la typologie SDAGE sera donc utilisée. Elle sera complétée par diverses typologies existantes concernant les différents éléments constitutifs de chacune des zones humides : outre la typologie DREAL, on peut notamment évoquer la typologie des habitats odonatologiques définie par la SFO (Annexe 3).

1.2.3 Choix des sites et méthode d’échantillonnage

Principes de base retenus pour la constitution de la liste de sites

Cette réflexion, engagée dès 2010, s’est basée sur les principes suivants :

- l’objectif n’était pas de constituer un échantillon représentatif de sites destinés à constituer un panel de référence dans l’optique d’un suivi sur le long terme au sein d’un futur Observatoire des zones humides du bassin RMC. Ce travail aurait nécessité une phase de réflexion approfondie au préalable, qui plus est à l’échelle du bassin plutôt qu’à l’échelle régionale ;


- la répétition de situations comparables et la sélection aléatoire des zones humides testées dans l’optique d’une exploitation statistique, en tout cas au niveau d’agrégation régional, n’a pas constitué une priorité compte tenu des moyens et du temps disponibles ;

- au contraire, il a été recherché le test de protocoles sur une vaste gamme de situations, en recherchant une variabilité importante sur le plan géographique, sur les types d’habitats présents, sur la taille des sites et dans une moindre mesure sur l’état de conservation supposé ;

- les sites pour lesquels il existait un jeu important de données au préalable, à l’exemple des sites gérés bien connus par leurs gestionnaires, ont été privilégiés à la fois pour gagner en opérationnalité et pour faciliter la comparaison entre les résultats des protocoles testés et les connaissances acquises en dehors du programme.

Critères géographiques

Lors de la réunion pour le montage du projet le 14 septembre 2010, la décision a été prise par les partenaires présents de ne pas sélectionner les sites sur l’ensemble du territoire franc-comtois, mais de se focaliser sur un certain nombre de sous-territoires cohérents au niveau hydrographique. Cette option n’a pas été retenue par ailleurs par les autres régions participant au programme RhoMéO. L’idée en Franche-Comté a été d’anticiper, avec une approche multiscalaire, une réflexion ultérieure concernant l’échantillonnage au sein du bassin pour le suivi du bon état des zones humides. Par ailleurs, cela a permis de tester des protocoles concernant l’avifaune à une échelle plus adaptée que celle du site (voir chapitre avifaune).

Les périmètres pour ces sous-territoires (appelés secteurs par la suite) ont été retenus sur la base des sous-secteurs hydrographiques de la base de données Carthage. Quatre secteurs ont été choisis :

- Vallée de l’Ognon,

- Haut-Doubs et Drugeon,

- Haute-vallée de l’Ain,

- Bresse.

Critères de typologie d’habitats

Le test des protocoles sur des sites représentant des types variés de zones humides, en partant des habitats décrits dans les inventaires de la DREAL, a donc été privilégié (voir aussi plus haut § typologie).

La correspondance avec la typologie SDAGE a été réalisée a posteriori. La figure 1 ci-dessous représente la répartition des sites retenus en fonction de cette typologie. On retrouve donc 5 types SDAGE différents, avec une proportion plus importante de marais et tourbières, qui reflète d’ailleurs l’importance de la responsabilité de la Franche-Comté pour la conservation de ces milieux.

Figure 1 : Typologie des sites franc-comtois selon la typologie SDAGE

Remarque : l’un des sites choisis, correspondant à un réseau de mares, sort un peu du cadre défini. Il semblait cependant important de prendre en compte ces petites zones humides souvent oubliées, et dont l’étude peut être plus cohérente à l’échelle du réseau qu’à l’échelle d’un unique point d’eau. Les deux situations sont testées en Franche-Comté : une mare (et ces ceintures humides) a été choisie dans le

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Zones humides ponctuelles

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secteur de la haute vallée de l’Ain, un réseau de mares a été choisi en vallée de l’Ognon. Pour ce « site », le périmètre global retenu regroupe à la fois les mares et la matrice paysagère dans laquelle elles s’intègrent, et ne constitue donc pas sensu stricto une zone humide. Le site n’a donc pas de contour défini par l’inventaire des zones humides de la DREAL, mais est désigné sur la base des travaux menés dans le cadre du Programme régional d’action en faveur des mares (Vauthier.R, 2011).

Critères de taille de sites

Les sites choisis en Franche-Comté sont de taille très variable, avec deux valeurs extrêmes :

- la vallée du Drugeon, qui avec plus de 4200 ha constitue le plus vaste site testé sur l’ensemble des régions ;

- la mare d’Esserval-Tartre, qui est l’un des plus petits avec moins d’un demi-hectare concerné.

Si l’on fait abstraction de ces cas particuliers et du réseau de mares, la surface moyenne des sites testés en Franche-Comté est de 72 hectares, avec un écart-type encore important, avoisinant les 100 hectares.

Critères de niveau de connaissance, d’état de conservation et d’opportunité

La liste de sites retenus s’est appuyée pour une large part sur le réseau des sites gérés par le CEN FC (8 sites en propriété ou convention, 1 autre site d’intervention), et pour une moindre part, par les autres partenaires impliqués dans le projet RhoMéO en Franche-Comté : Réserve naturelle nationale du Lac de Remoray et LPO FC (qui assiste la commune de Pagney dans la gestion de la gravière présente sur son territoire). Ce choix a facilité la mise en œuvre et l’interprétation des protocoles en :

- allégeant les démarches préalables auprès des acteurs locaux (les partenaires locaux sont informés dans le cadre des échanges annuels déjà établis avec les gestionnaires) ;

- garantissant l’existence d’inventaires préalables, sauf exception, pour l’ensemble des groupes biologiques étudiés.

Pour la désignation des autres sites, les bases de données régionales – en particulier celles du CBNFC-ORI (également propriétés de la SBFC et de l’OPIE-FC) – ont été consultées pour dégager d’autres zones humides avec un bon ou relativement bon niveau de connaissance préalable. Enfin, un dernier site, le marais de la Noye Viney à Magny-Vernois, a été ajouté afin de tester les protocoles sur un site considéré comme en mauvais état de conservation.

Liste finale des sites retenus

Le travail réalisé en tenant compte des différents critères commentés précédemment a abouti à une liste de 17 sites sur lesquels les protocoles ont été testés, à l’intérieur des 4 secteurs de la vallée de l’Ognon, du Haut-Doubs et du Drugeon, de la haute-vallée de l’Ain et de la Bresse jurassienne (cf Tableau 1).

Sept premiers sites ont été désignés pour une mise en œuvre des protocoles à partir de 2011. La pré-liste de 10 sites pour 2012 devait être affinée suite à une phase d’information locale ; elle n’a finalement pas nécessité de modifications.

Pour les sites non gérés par les structures impliquées dans RhoMéO :

- les gestionnaires, quand ils existaient, ou les structures animatrices à l’intérieur du périmètre Natura 2000 ou au sein du réseau des espaces naturels sensibles des départements, ont été informés par courrier de la démarche engagée (avec poursuite des échanges lors d’une rencontre ou par téléphone lorsque ces derniers le souhaitaient) : communauté de communes Frasne Drugeon, Conseil général du Doubs, Communauté de communes de Bresse-Revermont et CPIE de la Bresse du Jura ;

- les maires de l’ensemble des communes concernées ont été également informés par courrier, avec renvoi vers le site internet de RhoMéO pour de plus amples précisions ;

- compte tenu de la complexité des parcellaires, les propriétaires privés n’ont été informés que dans le cas de l’Etang Bailly, en considérant la nature particulière de ce type de zones humides.


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1 x Grande Pile Saint-Germain 35,7 x x x x x x x

2 x Mou de Pleure Chaînée-des-Coupis 8,7 x x x x x

3 x Lac de Remoray Remoray-Boujeons, Labergement-Sainte-Marie 299,9 x x x x x x x x x x

4 x Vallée du Drugeon

Bannans, Bief-du-Fourg, Bonnevaux,

Bouverans, Bulle, Chaffois, Dompierre-les-

Tilleuls, Frasne, Les Granges-Narboz,

Houtaud, Mignovillard, La Rivière-Drugeon,

Sainte-Colombe, Vaux-et-Chantegrue

4226,6 x x x x x x x x

5 x L’Entrecôtes Foncine-le-Haut 15,2 x x x x x x x x x x

6 x Mare aux demoiselles Esserval-Tartre 0,43 x x x

7 x Ilay, Grand et Petit Maclu Chatelneuf, Le Frasnois, La Chaux du Dombief 46,4 x x x x x x x

8 x Tourbière de Sennepey Saint-Barthélémy 6,7 x x x x x x x

9 x Marais de la Noye Viney Magny-Vernois 12,6 x x x

10 x Réseau de mares d’Emagny Emagny, Moncley, Chevigney-sur-l'Ognon x x x

11 x Le Grand Roué Jallerange 145,3 x x x

12 x Gravière de Pagney Pagney 29,4 x x x x x

13 x Etang Bailly Champrougier 5,7 x x x x

14 x Vallée de la BrenneRye, Vers-sous-Sellières, Le Villey, La

Chassagne, La Charme, Chaumergy305,1 x x x

15 x Etang au Curé Bersaillin 3,8 x x x x

16 x Lac de Malpas Malpas 44,7 x x x x x x x x

17 x Pré Vieux, La Seigne Censeau, Esserval-Tartre 48,3 x x x x x x x

Nu

mé

ro

Secteur

Gestion et périmètres d'animationTypologieDésignation, localisation et surfaceTypologie SDAGEHabitats DREAL

Nom du site Communes

Su

rfa

ce

(h

a)

rése

au

PR

AM

(a

nim

ati

on

CE

N)

Natura 2000Gestionnaire

EN

S d

u C

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né

ral

du

Do

ub

s

Tableau 1 : Récapitulatif des sites tests RhoMéO en Franche-Comté


1.2.4 Groupes de travail retenus en Franche-Comté

Au cours des années précédant l’engagement de la région Franche-Comté au sein du programme RhoMéO, les régions Rhône-Alpes (dès 2009) puis PACA et Languedoc-Roussillon (2010) ont engagé des réflexions associant gestionnaires, naturalistes et scientifiques pour définir des objets d’étude (groupes taxonomiques ou domaines d’investigation pour les paramètres physico-chimiques) permettant in fine de définir des indicateurs d’état de conservation des zones humides.

En Rhône-Alpes, les objets d’étude retenus puis débattus au sein de groupes de travail distincts ont été la pédologie et l’hydrologie, la flore et les habitats, les amphibiens, les odonates et les rhopalocères. Ils ont été proposés en raison de leur valeur scientifique avérée (connaissances scientifiques et naturalistes) et de la bonne connaissance et bonne pratique qu’en avaient les gestionnaires dans la région (meilleure potentialité opérationnelle). De plus, ils permettaient de décrire le fonctionnement des zones humides à différents niveaux :

- par les caractéristiques physiques avec l’étude de la nature du sol et des flux hydriques,

- par les caractéristiques biologiques via l’analyse de la végétation, support du développement et du cycle de vie de nombreux êtres vivants, et via l’analyse des peuplements pour la flore et la faune.

En Franche-Comté, le choix a été fait d’apporter une contribution régionale pour l’ensemble de ces groupes, en se basant sur le même socle de réflexion que les régions Rhône-Alpes et Bourgogne et en participant autant que possible aux échanges à l’échelle du bassin. L’animation des groupes a été partagée entre le CEN FC (pédologie et hydrologie), le CBNFC-ORI (flore et végétation, odonates et rhopalocères) et la LPO Franche-Comté (amphibiens). La LPO Franche-Comté a également proposé de lancer un nouveau champ de réflexion axé sur l’avifaune, et d’animer un nouveau groupe de travail en associant les autres régions intéressées.

1.2.5 Protocoles testés en Franche-Comté

Comme pour les groupes de travail, la Franche-Comté s’est basée pour le choix des protocoles testés sur un large socle commun avec les régions Rhône-Alpes et Bourgogne. Les protocoles retenus par les groupes de travail rhônalpins, sur la base d’une recherche bibliographique sur les méthodologies existantes et d’échanges d’experts pour une adaptation aux objectifs de RhoMéO (« robustesse », opérationnalité et « interprétabilité »), ont ainsi tous été testés dans le contexte franc-comtois. Cela a concerné aussi bien l’hydrologie, la pédologie, la flore et la végétation, les odonates, les rhopalocères et les amphibiens.

Pour le nouveau groupe de travail, l’avifaune, la LPO Franche-Comté a elle-même défini le protocole à tester, en s’appuyant au maximum sur des dispositifs nationaux déjà existants et en consultant leurs responsables scientifiques (voir le chapitre consacré à l’avifaune).

La Franche-Comté a en outre été à l’origine d’autres apports originaux, concernant la flore et la végétation. Le CBNFC-ORI, comme d’ailleurs en parallèle le CBN du bassin parisien en Bourgogne, a choisi de tester outre le protocole rhônalpin deux autres protocoles axés sur les habitats :

- un travail sur la base de données surfaciques, avec la cartographie ou le renouvellement de cartographies existantes des groupements végétaux ;

- une approche par transects phytocénotiques.

Tous les protocoles n’ont cependant pas été systématiquement testés sur l’ensemble des sites pour des raisons de dimensionnement financier du projet mais aussi parce que certains sites ne répondaient pas aux caractéristiques du domaine de pertinence des protocoles (cas des sites forestiers pour les rhopalocères ou encore des sites sans milieux de reproduction favorables pour les amphibiens ou les odonates).

Le tableau 2 récapitule les protocoles testés sur l’ensemble des sites par les différentes structures.


Sites

Protocole

Rhone-Alpes

amphibiens

Protocole

Rhone-Alpes

odonates

Protocole

Rhone-Alpes

papillons

Protocole

Rhone-Alpes

flore

Protocole

CBNFC

cartographie

Protocole suivi

phytocénotique

Protocole

Rhone-Alpes

pédologie

Suivi

piézomètres

1 Grande Pile CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC

2 Mou de Pleure CEN FC CEN FC

3 Lac de Remoray RN Remoray RN Remoray RN Remoray RN Remoray RN Remoray

4 Vallée du Drugeon LPO FC CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CEN FC

5 L'Entrecôtes CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC

6 Mare aux demoiselles CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC

7 Ilay, Grand et Petit Maclu CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC

8 Tourbière de Sennepey CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC

9 Marais de la Noye Viney LPO FC CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CEN FC

10 Réseau de mares d'Emagny CEN FC / LPO CEN FC CEN FC CEN FC

11 Grand Roué LPO FC CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CEN FC

12 Gravière de Pagney LPO FC CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CEN FC

13 Etang Bailly CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CEN FC

14 Vallée de la Brenne LPO FC CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CEN FC

15 Etang au Curé CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC

16 Lac de Malpas LPO FC CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CBNFC-ORI CEN FC

17 Prés Vieux, la Seigne CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC CEN FC Tableau 2 : Répartition des tests de protocoles par structure et par site

1.2.6 Méthodologie de présentation et d’interprétation des résultats

Dans la suite du rapport, concernant l’axe A , seront présentés successivement chacun des groupes de travail retenus en Franche-Comté, en adoptant la même démarche générale : description des protocoles et des indicateurs

1 définis à partir des données recueillies par les protocoles (en s’appuyant sur les documents

produits au niveau du bassin lorsqu’ils existent), stratégie d’échantillonnage (sites testés, échantillonnage à l’intérieur des sites), présentation des résultats et - quand cela est possible à ce stade - calcul des indicateurs sur les sites tests franc-comtois, et enfin analyse et retour d’expérience sur la qualité des protocoles au regard des attendus du programme RhoMéO.

Mode de présentation des résultats

La localisation précise des transects sur les sites, ainsi que, lorsque cela était possible, les résultats bruts des protocoles générés par la base de données Access construite en Rhône-Alpes pour le programme RhoMéO (cf axe C), sont présentés dans un volume d’annexes séparés. Les éléments de synthèse, et notamment les indicateurs calculés, sont en revanche proposés dans le corps du document.

Analyses de la « robustesse » des protocoles

Les trois grands critères retenus pour juger de la qualité des protocoles testés ont été définis au cours des échanges menés à l’échelle du bassin : ce sont la « robustesse » des protocoles, leur caractère opérationnel (au regard des compétences nécessaires, du temps de travail et des coûts) et leur capacité à pouvoir fournir des indicateurs pour l’interprétation des résultats.

Pour le premier de ces critères, le terme « robustesse » nous semble à prendre avec prudence. L’échantillonnage de la phase test de RhoMéO n’a pas été conçu pour tester ce paramètre statistique multiforme

2, qui évalue la fiabilité et la validité des données issues d’un protocole au regard de leur

sensibilité à différents biais (présence de point aberrants, sensibilité à des faibles variations de données, sensibilité au changement d’opérateur, sensibilité vis-à-vis d’hypothèses de départ peu vérifiées, sensibilité aux conditions météorologiques…).

C’est en réalité plutôt l’efficacité, pour les protocoles basés sur des relevés de taxons végétaux ou animaux (voire de syntaxons), qui est testée ici. Cela correspond à la capacité de ces protocoles à détecter une proportion importante des taxons présents sur les sites et donc de donner une image fidèle de la réalité. Les listes de taxons connus sur les sites faisant l’objet d’un bon niveau de connaissance préalable sont utilisées comme élément de référence, et les calculs suivants sont réalisés autant que possible :

1 La description des indicateurs a parfois été faite dans la partie « interprétabilité ».

2 http://www.aiaccess.net/French/Glossaires/GlosMod/f_gm_robustesse.htm

http://www.aiaccess.net/French/Glossaires/GlosMod/f_gm_robustesse.htm


- proportion de taxons contactés (nouveaux taxons inclues ou exclues) par rapport aux espèces connues initialement ;

- nombre de taxons nouveaux détectés par RhoMéO.

Analyses du caractère opérationnel des protocoles

Au-delà de l’efficacité des protocoles, l’un des attendus majeurs du programme « RhoMéO » est une évaluation de leur « efficience », c'est-à-dire une évaluation de leur efficacité au regard de l’effort et du coût nécessaire à leur mise en œuvre.

Une grande attention est donc portée au caractère opérationnel des protocoles testés :

- en termes de temps nécessaire (nombre de passages, nombre de points de suivi réalisables en un passage, lien avec la complexité de l’information recueillie et l’accessibilité des zones échantillonnées),

- en termes de compétences requises (un protocole est plus opérationnel s’il ne nécessite pas systématiquement l’intervention de spécialistes pour sa mise en œuvre),

- in fine, en termes de coût nécessaire, notamment dans l’optique d’un suivi de l’état de conservation des zones humides sur le long terme et à l’échelle du bassin.

Cette analyse se fait à partir des retours des différents opérateurs sur la compréhension et la facilité de mise en œuvre des protocoles, lors des discussions en groupes de travail ou par le biais de quest ionnaires envoyés et dépouillés par les animateurs de chacun des groupes. Il s’appuie à la fois sur le niveau régional et sur les retours à l’échelle du bassin.

Analyses de « l’interprétabilité » des protocoles

Les protocoles testés, même s’ils sont très opérationnels et donnent une image très fidèle de la réalité de terrain, n’ont d’intérêt dans le cadre de RhoMéO que s’ils peuvent être interprétés et s’ils peuvent renseigner sur l’état de conservation des zones humides. Les données récoltées, que ce soit des relevés de taxons ou des données contextuelles, doivent donc pouvoir servir de base à la construction d’indicateurs pertinents, en lien avec les fonctions exercées par les zones humides ou les pressions auxquelles elles sont soumises.

Pour chaque protocole, un travail de construction de grilles d’interprétation (définition d’indicateurs et description de leur mode de calcul) a donc été mené à l’échelle du bassin. Il est passé fin mars 2013 par la validation d’un groupe d’experts (groupe « analyse des données »), qui a retenu ou écarté les différents indicateurs proposés sur la base des éléments fournis par les différents responsables de groupes.

Concernant ce critère d’« interprétabilité » des protocoles, le bilan franc-comtois s’appuie donc essentiellement sur les analyses produites à l’échelle du bassin, étant entendu que la participation régionale a été plus importante sur les protocoles originaux proposés par la région (avifaune et transects phytocénotiques en particulier).

1.3 Hydrologie

1.3.1 Protocole de suivi

La présentation du protocole hydrologie est basée sur le protocole défini en région Rhône-Alpes par un groupe de travail coordonné par Jérôme Porteret (Porteret J, 2010). L’objectif du suivi hydrologique n’est pas l’étude du fonctionnement de la zone humide pour lui-même, mais l’observation de l’état hydrique des horizons supérieurs du sol, déterminant l’hygroph ilie de la végétation de surface. Il s’agit donc de mesurer les variations de la nappe à proximité de la surface et non dans les formations pédologiques moins superficielles et profondes. Afin de mesurer le niveau de la nappe, il a été décidé de mettre en place un suivi par relevé de piézomètres automatiques et manuels. Ces deux types de suivis ont été comparés afin de connaître celui qui est le plus pertinent.


Matériel

Pour les deux types de suivis (manuel et automatique), des tubes en PVC, perforés sur toute leur longueur (tous les 10 centimètres environ), permettent d’observer le niveau d’eau dans le sol. Pour les piézomètres destinés aux relevés manuels du niveau de la nappe, un diamètre de 5 centimètres est suffisant ; pour les piézomètres automatiques, le diamètre est adapté à la taille de la sonde. Les tubes sont recouverts d’un géotextile, pour empêcher le matériel du sol de rentrer dans le tube. Les tubes dépassent du sol pour faciliter leur repérage au milieu de la végétation. Les principaux dispositifs de mesures automatiques existant à l’heure actuelle sont les codeurs à flotteur et les sondes de pressions installées à l’intérieur des tubes piézométriques décrits précédemment. Dans le cadre de RhoMéO, le choix s’est porté, comme en Rhône-Alpes, sur la mise en place de sondes à enregistrement automatique de la gamme Orpheus vendus par la Société OTT France. Ces sondes sont composées de deux parties, l’une qui mesure les variations du niveau de la nappe et l’autre qui enregistre et stocke les données. De plus, un câble à port magnétique est nécessaire pour l’export des données entre la sonde et l’ordinateur utilisé pour leur traitement. Le prix total de ce matériel s’élève à 1350 €, pour une sonde, un câble et un couvercle de protection. Bien sûr, l’investissement dans une deuxième sonde ne nécessite pas à nouveau l’achat d’un câble (soit une économie de 280 €).

Types de relevés

Relevés manuels

Les relevés manuels consistent à faire glisser une tige de bois sèche à l’intérieur du piézomètre et à mesurer la distance entre le sommet du piézomètre et la nappe (marquée par le niveau de la tige de bois qui est mouillée au sortir du piézomètre). La profondeur de la nappe est calculée par la différence entre cette mesure et la hauteur de la partie hors du sol du piézomètre. La question de la régularité et de la fréquence des relevés est souvent posée. Le risque de mesurer un niveau de nappe non représentatif de la situation hydrologique moyenne augmente avec l’espacement de la fréquence de relevés. La régularité des relevés n’est pas indispensable au cours de l’année, l’adaptation de la fréquence des mesures aux conditions climatiques donnant des résultats plus proches des variations réelles de la nappe.

Relevés automatiques

Les dispositifs de relevés automatiques permettent de suivre à des pas de temps plus fins l’évolution de la nappe et d’obtenir des données quasi-continues de la dynamique piézométrique (une mesure par heure). Les sondes enregistrent des mesures de pression de la colonne d’eau et un logiciel permet de calculer sur cette base les fluctuations de la nappe.

1.3.2 Echantillonnage

Sites choisis pour le test des protocoles :

Le choix des sites s’est porté sur deux zones tourbeuses : le Sennepey (Saint Barthélemy, 70) et les Prés Vieux et la Seigne (Esserval-Tartre et Censeau, 39). Au vu du prix d’achat des sondes automatiques et des contraintes de temps de suivi, il a été décidé de ne pas retenir plus de sites. Ces deux sites ont été choisis pour deux raisons, la présence de conservateurs bénévoles volontaires pour relever les données et l’existence d’un réseau de piézomètres manuels déjà en partie en place.


Figure 2: Localisation des deux sites pour le protocole hydrologie.

Echantillonnage au sein des sites :

La localisation des piézomètres sur chacun des sites est présente en annexe 4.

Sur chacun des deux sites, un piézomètre équipé d’une sonde automatique a été ajouté en périphérie de la zone d’étude au réseau de piézomètres manuels déjà existant. Afin de connaître l’efficacité d’un suivi par rapport à l’autre, nous avons ajouté à proximité des piézomètres automatiques, un piézomètre manuel. Le nombre total de piézomètres est indiqué au sein du tableau 3. Du fait de la situation marginale des piézomètres automatiques, les variations sont en principe plus importantes qu’au cœur des zones humides, qui sont censées rester en eau sur une plus longue période. Cependant, il est à noter une différence de situation pour les deux piézomètres automatiques. Celui du Sennepey est plus longtemps en eau, car la topographie du site est plus plane, que celui des Prés Vieux / la Seigne (différence topographique plus importante entre la périphérie et le centre de la tourbière).

Nombre de piézomètres

automatiques Nombre de piézomètres

manuels

Tourbière du Sennepey 1 6

Zone humide Pré Vieux / la Seigne

1 3

Tableau 3 : Nombre de piézomètres par site


1.3.3 Résultats

a) Résultats bruts

Avant de présenter les résultats, signalons que les piézomètres automatiques enregistrent des données à partir du moment où les piles sont installées. Les sondes ayant été installées dans les piézomètres au mois de février, les valeurs précédentes à cette date ne sont pas à prendre en compte. De plus, les sondes automatiques ont été installées lors de périodes de gel. De ce fait, la mesure du niveau d’eau est à prendre réellement en considération est :

- pour Saint-Barthélemy, à parti du 14 mars 2012 à 10h00, - pour Les Prés Vieux / La Seigne à partir du 19 mars 2012 à 12h00.

Site du Sennepey à Saint-Barthélemy :

Relevés manuels

P1 P2 P3 P3' P4 P5

Date

08/12/11 -18 -19 5 -2 -15 -2

14/03/12 -15 -16 8 -1 -17 -4

30/05/12 -7,5 -14,5 9 -2 -11,5 -1

22/06/12 -8 -13,5 10,5 1 -11 -1

25/07/12 -3 -13,5 12,5 1 -8 0

30/08/12 4 non mesurée non mesurée non mesurée non mesurée 11

04/09/12 5 -6 22,5 15 1 11

07/11/12 -14 -21 3 -4,5 -17,5 -7,5

Piézomètre

Variation du niveau de la nappe (cm)

Tableau 4 : Résultats des relevés manuels à Saint-Barthélemy

Depuis la mise en place des relevés manuels, le 8 décembre 2011, 8 relevés manuels ont été effectués. La plupart des relevés ont eu lieu à des intervalles relativement réguliers, à l’exception des deux premiers qui correspondent, suite à la mise en place du protocole, à une période hivernale non propice à des relevés de terrain.

-25

-20

-15

-10

-5

0

5

10

15

20

25

déc-

11

janv

-12

févr

-12

mar

s-12

avr-1

2

mai

-12

juin

-12

juil-

12

août

-12

sept

-12

oct-1

2

nov-

12

Dates d'observations

Niv

eau

de

la n

app

e (c

m)

P1

P2

P3

P3'

P4

P5

Figure 3 : Représentation graphique des variations du niveau d’eau au niveau des piézomètres manuels

(en ordonnée, distance surface du sol /nappe en centimètres; une mesure négative correspond à une période d’inondation)



Les résultats des relevés automatiques représentent 5715 relevés.

Figure 4 : Courbe des profondeurs de nappe dessinée à partir des mesures des relevés automatiques

(en ordonnée, distance surface du sol /nappe en mètres; une mesure négative correspond à une période d’inondation)

Site des Prés Vieux et de la Seigne à Esserval-Tartre et Censeau :

Relevés manuels

Piézomètre

P8 P9 P10

Date Variation du niveau de la nappe (cm)

23/11/11 2 50 9

19/03/12 -10 9 6

08/08/12 47 7

21/09/12 38 -3

Tableau 5 : Résultats des relevés manuels à Censeau / Esserval-Tartre

Depuis la mise en place du protocole RhoMéO sur le site de la zone humide des Prés Vieux et de la Seigne, quatre campagnes d’inventaire des piézomètres manuels ont eu lieu. La régularité des relevés (réalisés bénévolement) a été plus aléatoire que sur le site du Sennepey à Saint-Barthélemy. On constate qu’elle a dépendu fortement des saisons, puisqu’il n’y a eu qu’un relevé en période hivernale, le 23 novembre 2011. De plus, l’effort d’échantillonnage a été moins important que sur le site du Sennepey.


-20

-10

0

10

20

30

40

50

60

no

v-1

1

dé

c-1

1

janv-1

2

févr

-12

mars

-12

avr-

12

mai-1

2

juin

-12

juil-

12

ao

ût-

12

sept-

12

P8

P9

P10

Figure 5 : Représentation graphique des variations du niveau d’eau au niveau des piézomètres manuels

(en ordonnée, distance surface du sol /nappe en centimètres; une mesure négative correspond à une période d’inondation)


Figure 6 : Courbe des profondeurs de nappe dessinée à partir des mesures des relevés automatiques

(en ordonnée, distance surface du sol /nappe en mètres; une mesure négative correspond à une période d’inondation)

Les résultats des relevés automatiques ont été pris entre le 9 décembre 2011 et le 29 octobre 2012. En raison d’un relevé toutes les heures, nous avons 7803 données. Comme il a été dit en début de paragraphe, nous obtenons en réalité 5378 relevés en immersion totale, à partir du 19 mars 2012 à 12h00.


b) Comparaison des résultats obtenus avec chacun des protocoles

Site du Sennepey à Saint Barthélemy :

Tout d’abord, de manière générale, la comparaison des piézomètres manuels entre eux révèle une corrélation des résultats. On observe en effet le même schéma de variation du niveau d’eau sur l’ensemble des piézomètres. Cela s’explique notamment par une topographie et un substrat très homogène entre les différents piézomètres. La comparaison du piézomètre équipé d’une sonde automatique et des piézomètres manuels montre également une corrélation étroite entre ces deux types de mesures. Il y a effectivement une période de basses eaux vers le mois de septembre / octobre, et de hautes eaux autour du mois d’avril. Si l’on compare le relevé automatique avec le piézomètre manuel associé (P5), ont constaté dans un premier temps que les fluctuations de la nappe sont similaires avec les deux modes de suivi, sans perte d’information majeure. Cependant, les évènements hydriques plus ponctuels ne sont pas détectés avec la méthode du relevé manuel.

Site des Prés Vieux et de la Seigne à Esserval-Tartre et Censeau :

Il est plus délicat de tirer des conclusions sur ce site : - du fait du positionnement des trois piézomètres dans des situations topographiques et des substrats

très différents ; - du fait de la trop faible pression d’échantillonnage manuel, qui ne permet ni de détecter les

événements hydriques mis en évidence par la sonde automatique, ni de faire ressortir de grandes tendances, ni même d’exclure les erreurs de mesure.

Les variations observées sur les différents piézomètres manuels ne semblent pas corrélées. De même, la comparaison du piézomètre automatique et son piézomètre manuel associé (P8) ne montre aucune corrélation évidente. Cela aurait même tendance à montrer une différence de résultat, puisque le 19 mars 2012, le site était en submersion selon les relevés manuels. Signalons que seulement deux mesures ont pu être faites avec le piézomètre P8.

1.3.4 Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs

a) Robustesse et fiabilité scientifique

Comparaison entre les données obtenues et les données connues :

Il n’est pas possible de comparer les données obtenues par ces protocoles avec des jeux de données hydrologiques antérieurs, indisponibles ou très incomplets. On peut cependant, avec toutes les précautions nécessaires à prendre pour une interprétation de ce type, analyser les résultats obtenus au regard de la connaissance à dire d’expert de l’état de conservation des sites sur le plan hydrologique. D’après nos connaissances des sites (en tant que gestionnaires), la tourbière du Sennepey est considérée comme étant en bon état de conservation d’un point de vue hydrologique. On observe effectivement une fluctuation de la nappe qui peut être considérée comme normale pour ce type de milieu (niveau d’eau élevé toute l’année, faible amplitude hydrique annuelle mais régime saisonnier avec niveau d’eau le plus bas en été). En ce qui concerne la zone humide des Prés Vieux et de la Seigne, on considère que l’état de conservation global de la tourbière de la Seigne est dans l’ensemble mauvais, tandis que la tourbière des Prés Vieux est dans un état actuellement moyen, malgré des actions de rebouchage de drains datant de 2010. Nous observons une variation de la nappe importante sur la sonde automatique, les fluctuations correspondant ainsi à des variations hydriques ponctuelles (événements pluvieux).

Cela peut s’expliquer par une dégradation du fonctionnement hydrique du site, mais aussi par la position de la sonde au sein du site, sur un point plus haut que le centre de la tourbière. Il est indiqué dans la pré-fiche


« indicateur de submersion » que la sonde doit être placée au centre de la zone humide, et au vu de nos observations personnelles, le centre du site est régulièrement saturé en eau. Au vu de la faible pression d’échantillonnage, les résultats des piézomètres manuels dispersés sur le site sont quant à eux difficilement interprétables.

Comparaison de la fiabilité scientifique des deux méthodes testées :

Au vu des échanges qui ont eu lieu lors des journées de travail RhoMéO sur l’axe hydrologie, on peut supposer que la robustesse est globalement très bonne, même en ce qui concerne les relevés manuels, puisqu’il s’agit de mesures objectives et quantitatives. Il peut toutefois exister un biais lié à l’opérateur, dans la précision de l’observation ou du fait du risque d’erreur lors des calculs, et donc une qualité de mesures plus aléatoire malgré la standardisation du protocole. En ce qui concerne les relevés automatiques, la robustesse peut être supposée de 100% et aucun biais ne peut être considéré dans ce protocole. En effet, la mesure d’un niveau d’eau s’effectue quotidiennement et de façon automatique. Les mesures sont donc fiables et précises, sauf accident électronique (non constaté en Franche-Comté) Dans l’ensemble, les résultats des deux suivis montrent clairement une corrélation entre des périodes de hautes eaux et de basses eaux. Cela montre la fiabilité des deux méthodes de suivi, à partir du moment où l’échantillonnage des relevés manuels est suffisamment important, pour dégager de grandes tendances. Cependant, seuls les relevés automatiques sont à même de détecter l’ensemble des événements hydriques annuels, dont la connaissance peut s’avérer parfois importante pour expliquer le fonctionnement d’une zone humide et les variations de populations des espèces qui lui sont inféodées.

b) Opérationnalité

Lors des réunions de groupe de travail RhoMéO sur l’axe hydrologie, quelques problèmes au niveau du bassin versant ont été signalés pour les relevés automatiques, mais de manière ponctuelle :

- plusieurs cas de réinitialisation des sondes ou de pannes rapides des piles,

- dépôt d’argiles fines sur les sondes (ce qui peut être corrigé avec une protection en géotextile),

- casse des piézomètres (par des humains, du bétail ou des sangliers), ce qui entraîne une interruption dans les séries de données enregistrées.

Les relevés manuels sont quant à eux plus aléatoires, car leur réalisation par des professionnels, dont le siège est souvent éloigné des sites, serait très coûteux. Il s’avère fréquemment difficile de motiver sur le long terme un bénévole, surtout lorsque l’accessibilité au site est difficile. La fréquence et le nombre des relevés manuels a donc tendance à varier fortement. Enfin, une comparaison du coût global entre les méthodes tend à montrer que malgré l’investissement important pour l’achat de piézomètres automatiques, ce prix est rapidement amorti :

- pour un piézomètre automatique, seule une demi-journée salariée pour l’installation de la sonde et une demi-journée pour le relevé de l’information sont nécessaires. Le total du coût du matériel et du coût salarié, pour un coût journalier de 470 €, est de 1680 € pour un piézomètre automatique ;

- les relevés manuels peuvent être rapidement coûteux en temps. La formation d’un bénévole et l’animation régulière du bénévolat demandent un minimum d’un jour de travail salarié. Si les relevés doivent être en partie effectués avec des déplacements de salariés (en considérant qu’une campagne de relevés prend une demi-journée), et même si dans les faits des économies d’échelle dans les déplacements sont recherchés (couplage avec d’autres opérations quand e lles sont programmées), le coût des relevés manuels dépasse celui des relevés automatiques à partir de 6 campagnes réalisées.

Par ailleurs, les sondes automatiques peuvent être utilisées au cours de plusieurs campagnes de mesures et donc être réutilisées sur d’autres sites (amortissement du matériel). Les relevés manuels peuvent cependant s’avérer intéressants dans des situations où il est important d’avoir plusieurs piézomètres sur un même site, ce qui fait considérablement augmenter le coût du matériel automatique.


c) Interprétabilité

Indicateurs retenus :

La réflexion menée à l’échelle du bassin pour le groupe hydrologie a permis de retenir deux indicateurs considérés comme valides :

- la dynamique de la nappe, - la durée de submersion.

L’indicateur de dynamique de la nappe (ou distribution piézométrique) permet de connaître la variation hydrique de la zone humide étudiée et donc la variation de l’état de saturation en eau. Il s’agit d’un indicateur de processus applicable à la totalité de la zone hum ide. Le type d’analyse est quant à lui automatisé. Le mode de représentation de cet indicateur se fait par la méthode de la « boite à moustache » (boxplot).

La durée de submersion va renseigner sur la qualité de la zone humide et de son régime hydrique. Il s’agit d’un indicateur de processus applicable à la totalité de la zone humide. Le type d’analyse est automatisé. La méthode de calcul se réalise via le nombre de valeurs "horaires" pour lesquels la profondeur de nappe est inférieure à la surface du sol. Ce nombre de valeurs correspond au nombre d'heures avec submersion.

Calcul des indicateurs sur le jeu de données franc-comtois :

- Dynamique de la nappe

La dynamique de la nappe est représentée par un système de boxplot qui permet d’analyser quantitativement les jeux de données récupérés sur les sites des Prés Vieux et de Saint Barthélémy.

Les boxplots ont été créées à partir du logiciel de traitement statistique « R-Development Core Team ».

Figures 7 et 8 : Analyse quantitative de la dynamique de la nappe

Sur la moitié des mesures effectuées sur le site des Près Vieux, la nappe se situait à une profondeur comprise entre 8,8 cm et 21,5 cm. Sur le deuxième site, la nappe variait principalement entre – 7 cm (inondation) et 15,3 cm.

- Nombre de jours de submersion

La durée de submersion à Saint-Barthélemy est de 3543 heures, soit 147 jours et 15 heures, ce qui correspond à 62 % du temps d’enregistrement sur ce site où l’eau est fréquemment affleurante, même en dehors de la période hivernale.


Aucun jour de submersion n’a eu lieu au niveau du piézomètre automatique de la zone humide des Prés Vieux et de la Seigne.

Analyse comparée des indicateurs :

Les indicateurs dynamique de la nappe et nombre de jours de submersion renseignent sur une évolution dans le temps et ne permettent pas de comparer des sites entre eux (dépendance de la géologie, de l’influence des bassins versants, du fonctionnement hydrologique propre aux sites…). Le positionnement topographique des piézomètres automatiques au sein des sites a également une influence qui va dans le sens d’une impossibilité de comparer les indicateurs obtenus sur deux sites différents.

1.3.5 Conclusions et perspectives :

Le travail sur l’hydrologie génère des mesures immédiates de la nappe d’eau pour un site. Il s’agit d’une réponse immédiate à diverses perturbations d’un milieu, contrairement à d’autres groupes étudiés. Cependant, il n’est pas toujours évident de corréler une variation du niveau de la nappe avec un facteur précis de perturbation. La problématique de la période d’étude hydrologique doit être définie. Selon les types d’habitats, il n’est pas utile de réaliser l’étude sur une année complète (par exemple pour les mares temporaires). De plus certaines périodes sont plus intéressantes à mesurer pour l’interprétation finale (c’est le cas de certains habitats comme les moliniaies et bas marais, où une étude pendant les trois d’été est plus riche en information sur l’hydrologique). Les deux indicateurs, dynamique de la nappe et nombre de jours de submersion, apparaissent fiables, du fait qu’ils sont issus de mesures, et donc de valeurs absolues. Cependant, un certain nombre de questions sont posées. La comparaison entre les sites semble difficile, voire impossible à réaliser. L’interprétabilité peut également être limitée par la position du piézomètre automatique au sein même du site.


1.4 Pédologie

1.4.1 Protocole de suivi

La présentation du protocole pédologie est basée sur le protocole réalisé en région Rhône-Alpes par un groupe d’experts sous la coordination de Jérôme Porteret (Porteret J, 2010). Principes généraux :

Les relevés pédologiques permettent de décrire l’hydromorphie du sol, soit une saturation des pores du sol en eau sur une période plus ou moins longue. Trois cas de figure différents existent (Figure 9) :

- s’il s’agit d’un sol minéral rédoxique : la saturation en eau du sol est temporaire et la nappe se situe en profondeur. Ce phénomène se manifeste par des traces abondantes couleur rouille ;

- s’il s’agit d’un sol réductique : à proximité de la surface, la saturation du sol est quasi-permanente. Le sol est alors de coloration gris-bleuté ;

- s’il s’agit d’un histosol (tourbe) : la présence d’eau est permanente, ce qui empêche la dégradation partielle ou totale de la matière organique morte, et provoque donc une accumulation de cette der-nière (tourbe).

Figure 9 : Cas de figure rencontrés lors de l’application du protocole

Principe de l’échantillonnage sur site :

Le protocole pédologique est associé au protocole flore dans un souci d’analyse et de cohérence entre l’étude du sol et la végétation. De ce fait un maximum de relevés pédologiques a été couplé avec les relevés de végétation (même si certains sondages ont été réalisés en dehors de ces relevés). Il n’est cependant pas nécessaire de réaliser un sondage sur chaque relevé flore, car les variations pédologiques sont moins importantes que les variations floristiques. Les relevés pédologiques situés en bordure de zone humide sont généralement plus représentatifs d’une éventuelle fluctuation du niveau de la nappe et sont donc privilégiés. En revanche, on évite systématiquement de positionner le point de relevé sur des secteurs déstructurés comme les places à charbon en forêt, les ornières de tracteur, les chemins et autre sentiers.


Description du protocole (fiche terrain présente en annexe 5) : Le principe de l’observation pédologique est de se caler sur la législation en cours, portant sur la définition de zone humide au sens de la loi (article L-211-1 du code de l’environnement paru en 2006). Ainsi, les relevés sont réalisés pour la partie supérieure du sol sur les 50 premiers centimètres. L’observation pédologique est réalisée soit à la tarière, soit par le biais de fosses pédologiques (méthode non utilisée en Franche-Comté). Chaque relevé pédologique est associé à un sondage à la barre afin d’évaluer la profondeur du sol. Pour chaque relevé, un ensemble de paramètres est mesuré et inscrit sur une fiche de terrain nommé « flore / pédologie ». Le protocole doit être applicable par des non-spécialistes de cette science d’où la nécessité de multiplier les critères de description du sol pour permettre au moment de l’analyse d’écarter des descriptions incohérentes. Le contexte du sondage est précisé car la météorologie influe sur des critères comme la couleur ou l’humidité. Limite, structure, texture, oxydo-réduction ou taille des racines sont autant de critères fondamentaux pour une description pédologique. Plasticité, compacité, adhésivité sont ceux qui vont aider à la description faite par le non-spécialiste.

1.4.2 Echantillonnage L’ensemble des 17 sites franc-comtois a été prospecté depuis septembre 2011. 93 relevés pédologiques ont été effectués à l’aide d’une tarière gouge ou Edelman. La localisation des relevés pédologiques est présentée en annexe 6.

Sites Nombre de

relevés pédologiques

Nombre de relevés flore

Densité de relevés pédologiques / flore

Grande Pile 7 12 0,6

Mou de Pleure 2 4 0,5

Réserve naturelle du Lac de Remoray 4 10 0,4

Vallée du Drugeon 13 48 0,3

L’Entrecôtes 6 10 0,6

Mare aux demoiselles 1 5 0,2

Ilay, Grand et Petit Maclu 7 11 0,6

Tourbière de Sennepey 4 9 0,4

Marais de la Noye Viney 3 8 0,4

Réseau de mares d'Emagny 12 11 1,1

Grand Roué 5 24 0,2

Gravière de Pagney 4 29 0,1

Etang Bailly 3 10 0,3

Vallée de la Brenne 5 59 0,1

Etang au Curé 4 8 0,5

Lac de Malpas 6 44 0,1

Prés Vieux, la Seigne 7 11 0,6

Total 93 313 0,3

Tableau 6 : Comparaison du nombre de relevés pédologiques et du nombre de relevés floristiques par site

Le tableau 6 montre le nombre de relevés pédologiques effectués sur les sites de Franche-Comté. Ce tableau est associé au nombre de relevés floristiques sur ces mêmes sites, du fait du rapprochement entre les protocoles pédologie et flore. En moyenne, un relevé pédologique est effectué pour trois relevés floristiques. Ce rapport n’est pas systématique pour chaque site. En réalité le nombre de relevés pédologiques dépend plus de la situation du site (surface, topographie).


1.4.3 Résultats

a) Types de résultats obtenus

Chaque relevé a été saisi sur la base de données RhoMéO, ce qui permet l’export d’un tableau brut issu des données saisies, ainsi qu’une analyse automatisée

3 permettant de caractériser les différents horizons

pédologiques et de les individualiser au sein des catégories suivantes : organique, tourbe assainie / labourée, tourbe fibrique, tourbe mesique, tourbe saprique, tuf, organo-minéral, gley oxydé, gley réduit, sableux alluvial, non hydromorphe.

Les informations récoltées via la fiche de terrain permettent également d’apporter des indications par relevé pédologique sur le type de saturation, la profondeur, la présence d’hydromorphie, la cohérence, la déstructuration, l’assèchement et la pression (voir aussi § sur l’interprétabilité).

b) Caractère humide des sols au regard de la loi sur l’eau

L’ensemble des profils pédologiques réalisés est considéré, au vu de la loi sur les zones humides, comme étant caractéristiques de zone humide (avec des marqueurs d’humidité dans les 50 premiers centimètres), à l’exception de 3 relevés, situés dans la réserve naturelle du lac de Remoray et sur le lac d’Ilay, Grand et Petit Maclu. Ces résultats semblent très aberrants sur ces sites tourbeux et peuvent correspondre à des erreurs de détermination ou de saisie ou à des imperfections dans la méthode d’analyse automatique.

c) Profils de sols obtenus selon la typologie des sites

Chaque relevé pédologique doit être considéré séparément comme étant une image de la qualité du sol, de sa genèse, de son fonctionnement, et de « l’histoire » d’un site. De plus, la diversité des habitats ne permet pas de comparer tous les sites entre eux. La description des sites sera donc réalisée en prenant en compte la typologie SDAGE.

Type d'horizon

1 horizon O (organique)

2 horizon Ha/LH - tourbe "assainie" / labourée

3 horizon Hf- tourbe fibrique

4 horizon Hm - tourbe mesique

5 horizon Hs - tourbe saprique

6 horizon K - tuf

7 Organo-minéral

8 horizon G - gley réduit

9 horizon g - gley oxidé

10 horizon S - sableux alluvial

11 Autres horizons - Non hydromorphe

Figure 10 : Légende générale des tableaux 7 à 11

3 réalisée par le coordinateur en Rhône-Alpes, J. Porteret.


Bordures de cours d’eau et plaine alluviales :

Site Numéro de relevé

pédologique

Horizon

1 2 3 4 5 6 7

Vallée de la Brenne

0914pedo001_001 11 9 9

0914pedo002_001 11 11 9

0914pedo003_001 11 9

0914pedo004_001 10 11 9

0914pedo005_001 11 9 9

Grand Roué

0911pedo001_001 11 11

0911pedo002_001 11 9 9

0911pedo003_001 11 11 11 9

0911pedo004_001 11 9

0911pedo005_001 11 9

Tableau 7 : Résultats obtenus sur les habitats de type bordures de cours d’eau et plaine alluviale

Globalement, on remarque la similitude des horizons supérieurs principalement non hydromorphes. Et la présence systématique d’un ou plusieurs horizons de type « gley oxydé ». Cela reflète la battance de la nappe (période d’assèchement), d’où des traces couleur rouille sur les horizons inférieurs. L’horizon supérieur du relevé n°4 de la Vallée de Brenne, indique que la nappe est encore plus profonde et influence moins la surface du sol.

Régions d’étangs :


pédologique

Horizon

1 2 3 4 5 6 7

Gravière de Pagney

0912pedo002_001 11 9

0912pedo003_001 11

0912pedo004_001 10 9

0912pedo005_001 9 9 9

Etang Bailly

0913pedo001_001 10 9 9

0913pedo002_001 5 9 9

0913pedo003_001 1 11 9 9

Etang au Curé

00915edo001_001 9

0915pedo002_001 2 9 9

0915pedo003_001 11 9 9

0915pedo004_001 8 9

Tableau 8 : Résultats obtenus sur les habitats de type étangs

Dans la comparaison des trois sites, il est intéressant de noter la présence dans les horizons inférieurs d’un gley oxydé, donc d’une battance de la nappe. Si on s’intéresse de plus près aux horizons supérieurs, on remarque une diversité de ceux-ci. Cela est dû à la particularité de chaque site :

- la gravière de Pagney a pour particularité d’être un grand site composé en son centre d’un plan


d’eau (issu de l’extraction de gravier), le reste du site est largement dominé par de la pâture et de la prairie, généralement inondée durant l’hiver ;

- l’étang Bailly est à l’inverse un site dont la délimitation est quasi restreinte au milieu humide « étang ». Ce dernier s’inscrit dans un contexte forestier sableux ;

- l’étang au Curé est en réalité composé de deux mares (l’une de très petite taille, l’autre plus importante), d’un étang de pêche et d’une prairie humide.

La diversité de ces sites offre plusieurs stratégies de prélèvement. Nous avons systématiquement privilégié des relevés en périphérie, mais aussi un échantillonnage représentatif du site. L’analyse du premier horizon du sol montre cette diversité :

- horizon supérieur non hydromorphe : extrémité de site non influencée en surface par la zone humide, - horizon supérieur sableux alluvial : contexte géologique particulier du site, - horizon supérieur organique ou tourbeux : prélèvement au sein même de la zone humide, - horizon de gley réduit : prélèvement sur une couche imperméable.

Petits plans d'eau et bordures de plans d'eau : Il est intéressant de souligner un biais concernant la typologie SDAGE. Les trois sites contiennent effectivement des plans d’eau de grande importance (lac), mais la périphérie des sites est composée majoritairement de complexe tourbeux de type bas marais, haut marais et lande. L’ensemble des relevés pédologiques a été réalisé en partie dans ces habitats, comme l’atteste la présence importante d’horizon tourbeux.


pédologique

Horizon

1 2 3 4 5 6 7

Réserve naturelle du Lac de Re-

moray

0903pedo001_001 11 11 11

0903pedo002_001 11

0903pedo003_001 4 11

0903pedo004_001 4 4

Ilay, Grand et Petit Ma-

clu

0907pedo001_001 11 11

0907pedo002_001 4 8

0907pedo003_001 3 4

0907pedo004_001 4 11 11

0907pedo005_001 3 4 4 5

0907pedo006_001 4 4

0907pedo007_001 1 5

Lac de Mal-pas

0916pedo001_001 4 4

0916pedo002_001 3 4 4

0916pedo004_001 1 2 2

0916pedo005_001

0916pedo006_001 1 2

0916pedo007_001 2 7 2

Tableau 9 : Résultats obtenus sur les habitats de type petits plans d’eau et bordures de plans d’eau

Dans l’ensemble, tous les relevés pédologiques montrent la présence importante d’horizons tourbeux. Notons certaines particularité de la réserve naturelle de Remoray et le lac d’Ilay, Grand et Patit Maclu qui ressemblent plus à des erreurs, puisque l’ensemble ces profils topographiques ont été réalisés en contexte tourbeux. Enfin, un relevé sur le Lac de Malpas ne présente pas d’horizon, car le matériel trop liquide n’a pas pu être extrait avec les tarières.


Marais et landes humides de plaine et plateaux : En ce qui concerne les sites inscrits dans la typologie SDAGE « marais et landes humides de plaine et de plateaux », il s’avère plus difficile de réussir à faire ressortir une tendance générale, du fait du nombre important de sites (7 sites et 54 relevés) et donc de leur variabilité. Comme il a été dit précédemment, la démarche sur le terrain a été d’échantillonner des secteurs variés afin de rendre compte de la diversité des sites ; de ce fait, il est possible de trouver certaines caractéristiques de sites en fonction des relevés pédologiques :

- l’ensemble des relevés présentent soit un profil tourbeux, de gley oxydé ou de gley réduit. Ces profils peuvent être en mélange sur le même horizon ;

- le site de la Noye Viney présente une particularité géologique de dépôt de sable, mais avec une fluctuation de la nappe (présence de taches de rouille) ;

- le site du Drugeon indique un horizon inférieur soit non hydromorphe soit de gley oxydé. Cela s’explique pour ce site par la particularité géologique de la vallée façonnée par les glaciers avec un dépôt de moraine ;

- le site du Mou de Pleure indique une zone avec à la fois dépôt de sable et influence de la nappe et zone tourbeuse. On peut en déduire la présence en profondeur d’une couche imperméable au niveau de la zone tourbeuse.

Dans l’ensemble, plus de la moitié des sites ont un horizon de surface organique, et certains horizons inférieurs sont également tourbeux (ce qui est également le cas pour les sites précédents du type SDAGE « petits plans d'eau et bordures de plans d'eau »).


pédologique

Horizon

1 2 3 4 5 6 7

Marais de la Noye Viney

0909pedo001_001 10 9

0904pedo004_001 11 9 9 10

0904pedo010_001 11 9

Site N2000 Drugeon

0901pedo001_002 7 3 11

0901pedo001_004 4

0901pedo005_001 4

0901pedo007_001 7 3 11

0905pedo001_002 11 9 8

0905pedo002_001 11 9 8

0902pedo002_001 10 9 9

0917pedo003_001 4

0917pedo004_001 11 9 9

0908pedo002_001 7 4 4

0908pedo003_001 11 9 8 9

0909pedo002_001 10 10 9

0909pedo003_001 1 7 11

0904pedo001_001 4 11 5

0904pedo002_001 4 4 4

0904pedo003_001 1 11 9

0904pedo005_001 1 11 9

0904pedo006_001 1 11 11

0904pedo007_001 4 4

0904pedo008_001 1 11 11

0904pedo009_001 1 11 11

0904pedo011_001 9 9 9

0904pedo012_001 3 4 11


0904pedo013_001 1 10

Grande Pile 0901pedo001_001 4 5

0901pedo001_003 3 5

0901pedo001_005 1 11 11

0901pedo001_006 1 3 4

0901pedo001_007 1 3 4

0901pedo002_001 1 3 4

0901pedo003_001 1 3 4

L’Entrecôtes 0901pedo004_001 1 11 11

0901pedo006_001 3 5

0901pedo008_001 8 9

0905pedo001_001 4 4

0905pedo001_003 1 2 11

0905pedo001_004 3 4

0905pedo001_005 1 11 11

Mou de Pleure

0905pedo001_006 2 2 11

0905pedo003_001 1 2 11

Prés Vieux, la Seigne

0905pedo004_001 3 4

0905pedo005_001 1 11 11

0905pedo006_001 2 2 11

0902pedo001_001 4 4 4

0917pedo001_001 4 4

0917pedo002_001 7 9 11

0917pedo005_001 1 11

Tourbière de Sennepey

0917pedo006_001 4 5

0917pedo007_001 4 4

0908pedo001_001 5 7 7

0908pedo004_001 5 5 11

Tableau 10 : Résultats obtenus sur les habitats de type marais et landes humides de plaines et de plateaux

Zones humides ponctuelles :


pédologique

Horizon

1 2 3 4 5 6 7

Réseau de mares

d'Emagny

0910pedo001_001 11 9 9 11

0910pedo002_001 11 9

0910pedo003_001 11 11 8

0910pedo004_001 11 11 9

0910pedo005_001 11 9 9

0910pedo006_001 11 9 8

0910pedo007_001 11 9

0910pedo008_001 11 9

0910pedo009_001 11 9 8

0910pedo010_001 11 9

0910pedo011_001 9 9

0910pedo012_001 11 9 8

Mare au village 0906pedo001_001 3 9

Tableau 11 : Résultats obtenus sur les habitats de type zones humides ponctuelles


Le réseau de mares d’Emagny est en réalité un ensemble de mares situé dans un contexte agricole. Ces mares sont reliées entre elles par divers corridors écologiques, mais ne font pas partie d’une zone humide à part entière. Cela n’enlève en rien le fait que les mares sélectionnées pour effectuer le suivi pédologique (sondage réalisé en bordure des 11 mares sur les 54 que comporte le site) sont homogènes sur le plan pédologique. En ce qui concerne la mare au village, à l’exception de l’horizon de surface qui est tourbeux, l’horizon inférieur présente la même caractéristique que les relevés du réseau de mares. Point de vue général Au-delà de la typologie proposée dans le cadre du SDAGE, il est intéressant d’observer que plus les sites sont grands, plus il est difficile de faire ressortir une tendance globale au sein d’un site. Si l’on désire comparer plusieurs sites, il serait intéressant de définir de manière plus précise la typologie SDAGE. Il est délicat d’essayer de faire ressortir une tendance par SDAGE. L’exemple des sites « zones humides ponctuelles » et « bordures de cours d’eau et plaine alluviales » sont très similaire d’un point de vue pédologique, mais très différents du point de vue du fonctionnement de l’écosystème.


a) Robustesse et fiabilité scientifique

On ne dispose pas de jeux de données pédologiques antérieures à celui recueilli dans le cadre du protocole RhoMéO, même sur les sites gérés, et il n’est donc pas possible de comparer les résultats obtenus avec des données connues. L’évaluation de la sensibilité du protocole à l’effet opérateur est également difficile, puisque il n’y a pas eu de répétition du protocole sur un même site par plusieurs opérateurs (sauf sur la RN du lac de Remoray, un seul salarié du CEN FC a réalisé l’ensemble des relevés pédologiques en Franche-Comté). Un exercice de test du protocole sur un même site par plusieurs opérateurs a en revanche été réalisé en Bourgogne (Ardouin et al, 2013). Il en ressort que les résultats sont globalement homogènes quel que soit l’opérateur, ce qui est un indice positif de robustesse du protocole. En revanche, malgré les précautions prises dans la conception du protocole pour conforter les analyses par l’utilisation de critères redondants dans la fiche de terrain, il semble que la fiabilité de la caractérisation automatique des horizons reste à améliorer. Elle semble en particulier très sensible à des erreurs de renseignement de certains critères pas forcément faciles à appréhender. C’est notamment le cas sur certains sites tourbeux où l’analyse fait ressortir l’ensemble des horizons comme non hydromorphes.

b) Opérationnalité Le protocole avait pour objectif d’être applicable par un grand nombre, de l’amateur à l’observateur confirmé. Globalement, il est en effet facilement réalisable par des non-spécialistes. En effet, la fiche de terrain est adaptée : chaque critère est explicité, le nombre de choix est limité. Cependant, certaines situations peuvent poser des questionnements sur les éléments de réponse à noter sur la fiche de terrain :

- présence de taches d’oxydation et de réduction dans le même horizon, - possibilité de réaliser un boudin avec un sol tourbeux grâce au réseau racinaire important (alors que

la tourbe est pauvre en argile), - évaluation de la densité d’éléments grossiers à la tarière non représentative, - déstructuration des horizons du sol si le relevé est effectué à la tarière Edelman, - impossibilité de réaliser un relevé dans une tourbière, sur une zone régulièrement engorgée en eau,

avec une tarière à gouge, - restriction des choix de réponses pour le critère texture.



Indicateurs retenus :

La mise en place de ce protocole a permis de dégager deux types d’indicateurs : - la cohérence stratigraphique de l’accumulation tourbeuse, - la déstructuration des sols.

Cohérence stratigraphique de l’accumulation tourbeuse

La cohérence stratigraphique de l’accumulation de tourbe permet d’évaluer la dynamique du milieu (stabilité ou non). Cet indicateur de processus s’applique uniquement aux milieux tourbeux. Le principe est une analyse des caractéristiques de la succession des horizons tourbeux à partir du descripteur "Indice de Von Post". Ce dernier permet de décrire le degré de décomposition de la matière organique d’un sol, par extraction du jus issu de l’horizon du sol. Plus le jus est noir, plus la tourbe est dite saprique, c'est-à-dire que la décomposition de la matière organique du sol est importante. Ainsi, deux alternatives sont possibles :

- soit les horizons de surface surmontent des horizons plus décomposés (donc il y a stabilité des conditions de production et d'accumulation de la matière organique) ;

- soit les horizons de surface présentent des faciès plus décomposés que les horizons sous-jacents, ce qui traduit des modifications historiques des conditions d'accumulation de la matière organique (hypothèse de modification du fonctionnement hydrologique).

Le calcul de cet indicateur est automatisé via les informations saisies sur notre base de données. Les résultats des différents points de relevés sont moyennés par site. Déstructuration des sols

La déstructuration des sols permet d’évaluer la pression agricole des sols par mise en culture. Il s’agit d’un indicateur de pression. Le type d’analyse est automatisé et réalisé par les caractéristiques des horizons traduisant une déstructuration du sol par labour ou apport de matériaux. Ainsi, deux cas de déstructuration sont possibles :

- soit les horizons de surface présentent des faciès spécifiques de déstructuration (compacité, texture, structure) ;

- soit les horizons de surface présentent des faciès d'apport exogène de matériaux.

Par la suite les résultats des différents points de relevés sont moyennés par site.

Calcul des indicateurs sur le jeu de données franc-comtois :


Sur les 17 sites d’études, 10 sont des sites tourbeux, pour lesquels l’indice de cohérence stratigraphique de l’accumulation tourbeuse peut s’appliquer. Cela correspond à 68 relevés pédologiques, 13 sont cohérents et 55 ne le sont pas.


pédologique

Horizon

Co

hér

ence

1 2 3 4

Grande Pile

0904pedo001_001 4 11 5 non

0904pedo002_001 4 4 4 non

0904pedo003_001 1 11 9 non

0904pedo005_001 1 11 9 non

0904pedo006_001 1 11 11 non

0904pedo007_001 4 4 non


0904pedo008_001 1 11 11 non

0904pedo009_001 1 11 11 non

0904pedo011_001 9 9 9 non

0904pedo012_001 3 4 11 non

0904pedo013_001 1 10 non

0901pedo001_001 4 5 non

0901pedo001_003 3 5 non

0901pedo001_005 1 11 11 non

Ilay, Grand et Petit Maclu

0907pedo001_001 11 11 non

0907pedo002_001 4 8 non

0907pedo003_001 3 4 non

0907pedo004_001 4 11 11 non

0907pedo005_001 3 4 4 5 non

0907pedo006_001 4 4 non

0907pedo007_001 1 5 non

L’Entrecôtes

0901pedo001_006 1 3 4 non

0901pedo001_007 1 3 4 non

0901pedo002_001 1 3 4 non

0901pedo003_001 1 3 4 non

0901pedo004_001 1 11 11 non

0901pedo006_001 3 5 non

0901pedo008_001 8 9 non

0905pedo001_001 4 4 non

0905pedo001_003 1 2 11 non

0905pedo001_004 3 4 non

0905pedo001_005 1 11 11 non

Lac de Mal-pas

0916pedo005_001 oui

0916pedo001_001 4 4 non

0916pedo002_001 3 4 4 non

0916pedo004_001 1 2 2 non

0916pedo006_001 1 2 non

0916pedo007_001 2 7 2 non


0909pedo001_001 10 9 oui

0904pedo004_001 11 9 9 10 oui

0904pedo010_001 11 9 oui

Mou de Pleure

0905pedo001_006 2 2 11 non

0905pedo003_001 1 2 11 non

Prés Vieux, la Seigne

0905pedo004_001 3 4 non

0905pedo005_001 1 11 11 non

0905pedo006_001 2 2 11 non

0902pedo001_001 4 4 4 non

0917pedo001_001 4 4 non

0917pedo002_001 7 9 11 non

0917pedo005_001 1 11 non

Réserve naturelle du Lac de Re-

moray

0903pedo002_001 11 oui

0903pedo001_001 11 11 11 non

0903pedo003_001 4 11 non

0903pedo004_001 4 4 non

Site N2000 Drugeon

0901pedo001_002 7 3 11 oui

0901pedo001_004 4 oui

0901pedo005_001 4 oui

0901pedo007_001 7 3 11 oui

0905pedo001_002 11 9 8 oui

0905pedo002_001 11 9 8 oui

0902pedo002_001 10 9 9 oui


0917pedo003_001 4 oui

0917pedo004_001 11 9 9 oui

0908pedo002_001 7 4 4 oui

0908pedo003_001 11 9 8 9 oui

0909pedo002_001 10 10 9 non

0909pedo003_001 1 7 11 non

Tourbière de Senne-

pey

0917pedo006_001 4 5 non

0917pedo007_001 4 4 non

0908pedo001_001 5 7 7 non

0908pedo004_001 5 5 11 non

Tableau 12 : Cohérence stratigraphique des profils de sols

Déstructuration des sols

Sur 105 relevés pédologiques, 103 ne sont pas considérés déstructurés, et seulement deux le sont. Il s’agit du relevé 1pedo014 de la Grande Pile et le relevé 8pedo003 de Saint-Barthélemy.

Limites des indicateurs obtenus :


Ce premier indicateur doit renseigner pour des sols tourbeux sur l’existence ou non de diverses perturbations entrainant une minéralisation des horizons de surface, comme un tassement par une activité pastorale ou un assèchement suite à un drainage ou à une exploitation ancienne de la tourbe. Sur la majorité des sites tourbeux testés, les résultats montrent une absence de cohérence stratigraphique de l’accumulation de tourbe. Ce résultat n’est pas inattendu, parce que la grande majorité des tourbières franc-comtoises a effectivement été affectée par l’exploitation ancienne de la tourbe ou le pastoralisme et n’est pas en très bon état de conservation. Cependant, si l’on regarde dans le détail les résultats obtenus, on se rend compte que les résultats peuvent être surprenants. L’indice obtenu par l’analyse automatisée est notamment dépendant de la manière d’appréhender l’indice de Von Post. Ce dernier ne peut être systématiquement renseigné (sol non saturé en eau, volume de matériel peu important, sol non tourbeux…). Malgré tout, la routine mise en place pour effectuer l’analyse de cet indicateur semble prendre l’absence d’information en compte et donner des parfois des résultats possiblement erronés. Si l’on prend l’exemple du relevé n°3 du site de Saint Barthélemy, où le critère Von Post n’a pas été renseigné, l’indice de cohérence stratigraphique de l’accumulation de tourbe indique par défaut un sol cohérent.

Déstructuration des sols

Compte tenu du choix des sites pour les tests RhoMéO, le fait d’obtenir un indice négatif pour la déstructuration des sols parait cohérent. En effet, les sites sont dans l’ensemble très peu impactés par l’agriculture. Il s’avère cependant que les résultats des deux relevés pédologiques déstructurés semblent aberrants. Si l’on prend l’exemple du site de Saint Barthélemy, le relevé n° 2 a un horizon 1 avec une structure massive, et l’horizon 2, une structure fibrique. La superposition de ces structures est interprétée comme une déstructuration du profil, mais le secteur concerné n’a jamais connu de perturbation du sol par action mécanique ou par un apport de matériaux. Au contraire, le relevé n°3 effectué en contexte cultivé sur le site de la Vallée de la Brenne ne ressort pas comme étant déstructuré. Pourtant les informations recueillies montrent un tassement du sol (compacité moyenne et profondeur du relevé de 30 centimètres).


1.5 Flore et végétation

1.5.1 Protocoles de suivi

En Franche-Comté, les investigations portant sur la flore et les habitats des zones humides désignées ont

fait l’objet de la mise en place de trois protocoles :

- premier protocole, nommé « protocole des transects phytosociologiques » (désigné dans la suite du

rapport par « protocole Rhône-Alpes »), mis au point par Gilles PACHE (Conservatoire Botanique

National alpin)4 et Jérôme PORTERET (Conservatoire du Patrimoine Naturel de la Savoie) ;

- deuxième protocole, nommé « protocole de cartographie des habitats des zones humides »,

s’établissant selon une méthodologie développée par le Conservatoire botanique national de

Franche-Comté - Observatoire Régional des Invertébrés ;

- troisième protocole, nommé « protocole des transects phytocénotiques », mis au point par le

CBNFC-ORI et adapté au cas particulier du projet RhoMéO.

Le protocole dit « protocole Rhône-Alpes » a été testé sur l’ensemble des sites, par le Conservatoire des

espaces naturels de Franche-Comté et la Réserve Naturelle de Remoray (RN Remoray) sur les sites gérés

et par le CBNFC-ORI sur les sites non gérés. Les deux autres protocoles ont été principalement testés par le

CBNFC-ORI (sur sept sites), et le CEN FC (deux sites).

Remarque : Respect des protocoles

Lors de la prise en main du programme, les paramètres « temps à passer sur le terrain » et « protocoles » étaient déjà établis. Ce programme visant à comparer des protocoles d’études afin de les mettre en pratique ensuite pour le suivi des zones humides, il nous a semblé judicieux d’en rester à ce qui était proposé, c’est-à-dire à respecter les durées de chaque mission sur le terrain. Par exemple, une journée est prévue sur un site pour mettre en place le protocole des transects phytocénotiques. Lors de la mission sur le terrain, au bout de cette journée, seule la moitié du site prospecté par ce protocole est réalisée : on en reste là, mais on prend en compte ce laps de temps correspondant à la part de l’étude réalisée. Dans le cas contraire, le temps imparti est largement suffisant pour mettre en place le même protocole sur un autre site ; on note la durée réellement utilisée pour cette action.

a) Protocole par transects défini en Rhône-Alpes et testé en Franche-Comté

Dans un premier temps a été testé le protocole proposé par la région Rhône-Alpes (PACHE, 2010). Même si

la région franc-comtoise a proposé de tester d’autres protocoles, le fait de pouvoir comparer les résultats

acquis sur les zones humides de Franche-Comté avec celles de l’ensemble du bassin versant Rhône-

Méditerranée semble pour le moins judicieux.

Le dispositif consiste à la mise en place de plusieurs transects répartis régulièrement de façon

perpendiculaire à la ligne de plus grande longueur de la zone humide. Le nombre de transects ainsi

prospectés permet d’avoir une vue de l’ensemble des communautés végétales présentes dans la zone

humide. Le long de ces transects (figure 11), la méthode utilisée pour noter les différentes espèces est celle

préconisée par les phytosociologues sigmatistes, sur une surface homogène tant au niveau de la

physionomie de la végétation que du relief. Elle a été retenue car elle permet d’obtenir simultanément des

données en termes de flore et d’habitat. Le nombre de transects est généralement de 1 à 3 par site,

traversant le maximum d’habitats repérables à l’aide d’une photographie aérienne ou d’une carte de la

végétation ; le nombre de placettes est fonction de la taille de la zone humide. On peut ainsi considérer une

densité allant de 0,07 point à l’hectare (pour des zones humides dont la surface excède 200 hectares) à 3

points par hectare (pour les petites zones humides, de l’ordre d’un hectare).

Le cheminement le long de chacun de ces transects permet de noter, en différents points équidistants les

uns des autres, les données relatives au protocole, figurant sur le bordereau d’observation commun à la

flore et à la pédologie (cf. bordereau RhoMéO, en annexe 7) et en particulier les espèces végétales.

Chaque point correspond en réalité à une placette, positionnée selon ses coordonnées géographiques

relevées à l’aide d’un GPS ou d’un pointage sur carte ; les méthodes de repérage par marquage physique

4 Conservatoire Botanique National alpin : dénommé ensuite dans le rapport par CBNA.


ou magnétique ont été abandonnées en Franche-Comté. Par contre, deux autres méthodes ont été retenues

pour positionner les placettes :

- soit chaque placette a fait l’objet d’un pointage initial, puis le transect a été suivi en suivant un

azimut ; la position des placettes a alors été mesurée à l’aide d’un topofil ;

- soit le positionnement des transects comme celui des placettes à renseigner ont été inclus dans un

GPS nomade (marque Trimble) ; la progression et le repérage sur le terrain se lisent donc

automatiquement sur l’écran.

Chaque placette représente un quadrat de surface différente selon la physionomie et la structure de la

végétation présente. Quatre tailles de quadrat sont utilisées (détails dans le tableau 13) :

- un carré de deux mètres de côté (S = 4 m2) pour les communautés végétales herbacées aquatiques

et terrestres rases ;

- un carré de quatre mètres de côté (S = 16 m2) pour les communautés végétales herbacées de taille

moyenne et haute ;

- un carré de sept mètres de côté (S = 49 m2) pour les végétations de landes ou de fourrés ;

- un carré de quinze mètres de côté (S = 225 m2) pour les boisements.

Figure 11 : Organisation des relevés le long d’un transect dans le cadre des transects phytosociologiques

Les données relatives au protocole sont classées en différentes catégories :

- données générales (identifiant du site, numéro du relevé, surface du relevé, date de l’observation,

observateur, remarques diverses) ;

- données géographiques (altitude, coordonnées X et Y) ;

- données topographiques (type de relief et exposition quand il s’agit de versant) ;

- structure de la végétation avec, pour chaque strate, l’indication du recouvrement de la couverture

végétale en pourcentage et la hauteur moyenne en mètres ;

- la physionomie de la végétation en 17 catégories (tableau 13)5 ;

- une description rapide du milieu ;

- enfin la liste des espèces présentes sur la placette auxquelles on attribue, pour chacune d’entre

elles, la mention de son appartenance à une strate ainsi qu’un coefficient d’abondance-dominance.

5 Les remarques accompagnant chaque catégorie sont consultables dans le document rédigé par J. PORTERET et G. PACHE le 9 avril 010 « Note de cadrage – Protocoles – 2010 ».


Type de structure Abréviation

utilise Physionomie détaillée

Taille de la

placette en

m2 et

dimensions

Végétation herbacée

aquatique et terrestre

rase

AL Végétation herbacée pionnière des alluvions 4

(2 x 2)

AQ Végétation aquatique 4

(2 x 2)

EC Végétation amphibie de bordure des eaux courantes 4

(2 x 2)

EX Végétation pionnière des grèves exondées, à annuelles ou vivaces 4

(2 x 2)

FO Végétation fontinale 4

(2 x 2)

RB Communautés de petits hélophytes non graminoïdes 4

(2 x 2)

Végétation herbacée

moyenne et haute

BM Bas-marais et marais de transition 16

(4 x 4)

HM Formations à sphaignes et Cypéracées de petite taille 16

(4 x 4)

GH Communautés des grands hélophytes (Phragmites, Phalaris, Typha…) 16

(4 x 4)

MC Communautés dominées par des Cypéracées de grande taille 16

(4 x 4)

PH Prairies humides à dominante de graminées 16

(4 x 4)

MG Formations denses et hautes dominées par des Dicotylédones à feuilles

larges (mégaphorbiaies) ou co-dominées par des graminées

16

(4 x 4)

CN Combes à neige de l’étage alpin (rarement à des altitudes inférieures) 16

(4 x 4)

Végétation de landes ou

de fourrés

LA Landes à Ericacées de colonisation des tourbières 49

(7 x 7)

FU Formations arbustives des sols engorgés ou de bordure des eaux courantes 49

(7 x 7)

Boisements BFH, BCH Tous les types de boisements humides 225

(15 x 15)

Tableau 13 : Taille des placettes préconisée en fonction de la physionomie des habitats

Remarque :

En fait, le protocole « Rhône-Alpes » a été testé dans la région franc-comtoise selon les dispositions décrites par le CBNA et le CPNS pour un certain nombre de sites. Mais dans le cas de sites non connus au préalable par les observateurs, il a été légèrement modifié. Sur ces sites, principalement testés par le CBNFC-ORI, les transects ont été systématiquement positionnés de façon équidistante, sans tenir compte de la composition en habitats du site (figure 12). Le nombre de transects y est toujours supérieur à trois (sauf pour la vallée du Drugeon), ce nombre dépendant essentiellement du nombre de points à prospecter. Ensuite, le long de ces transects, les placettes ont été positionnées comme prévu dans le protocole « Rhône-Alpes » :

- relevés floristiques toujours du même côté du transect ;

- un seul passage annuel ;

- nombre de points corrélé à la taille du site


Figure 12 : Localisation des transects du protocole avec placettes phytosociologiques (exemple : vallée de la Brenne).

b) Autres protocoles testés en Franche-Comté

Les deux autres protocoles testés en Franche-Comté sont :

- la cartographie des habitats des zones humides ;

- les transects phytocénotiques.

La proposition de ces deux protocoles avait pour but, non seulement de collecter des données floristiques

selon une autre méthode, mais surtout de suivre l’évolution des milieux dans le temps : richesse spécifique,

état de conservation, surface et fragmentation de chaque habitat.

Protocole de cartographie des habitats des zones humides

Le protocole de cartographie des habitats a été réalisé selon deux méthodes différentes :

- soit la réalisation d’une cartographie nouvelle ;

- soit la mise à niveau d’une cartographie déjà réalisée préalablement (étude datant de deux à quatre

ans).

Pour l’un comme pour l’autre cas, le protocole mis en place reprend les principes de la cartographie des

habitats, énoncés et décrits dans le guide « Inventaire et cartographie des habitats naturels et semi-naturels

en Franche-Comté - Définition d’un cahier des charges » (GUYONNEAU, 2008)6. Ces principes posent, entre

autres, un cadre méthodologique concernant les niveaux d’échelle d’étude des habitats naturels et les

référentiels utilisés en termes de typologie.

Dans le cadre de la réalisation de nouvelles cartes, le site de la vallée de la Brenne bénéficiait déjà de

quelques données en termes d’habitats. En effet, une typologie réalisée dans le cadre d’une étude globale

sur la Bresse du Nord en 2006 (GUINCHARD, 2006) renseigne aussi bien les habitats des milieux ouverts que

6 Ce document est consultable et téléchargeable sur le site du Conservatoire botanique national de Franche-Comté – Observatoire régional des Invertébrés (www.cbnfc.org).


des milieux forestiers. Les clés de détermination figurant dans ce rapport d’étude ont grandement facilité la

démarche de reconnaissance des habitats de ce site.

Pour ce qui est de la gravière de Pagney, des lacs d’Ilay, du Petit et du Grand Maclu ainsi que du lac de

Malpas, les cartographies avaient été réalisées auparavant et bénéficiaient donc déjà de bonnes références

en matière d’habitats.

Les compléments sur les habitats non mentionnés dans les documents mis à disposition ont été réalisés sur

la base du « synopsis des groupements végétaux de Franche-Comté », édité en 2011.

* Réalisation de nouvelles cartes

Quatre nouvelles cartes ont été réalisées dans le cadre du projet RhoMéO. C’est le cas, par exemple, de la

vallée de la Brenne, portant sur environ 300 hectares (figure 13).

La méthodologie appliquée dans ce cadre a été largement développée dans le cahier des charges établi en

2008 par le CBNFC-ORI. Elle nécessite des investigations de terrain sur l’ensemble du site pour caractériser,

délimiter et évaluer la typicité floristique de chaque habitat contacté. Ces prospections ont lieu au moment

optimal du développement de la végétation.

La prospection est établie par rapport à un pré-échantillonnage réalisé à l’aide de documents

cartographiques (cartes topographiques, géologiques...) et d’orthophotographies. Chaque polygone, dessiné

sur la carte et numéroté avec le plus de précision possible, représente un habitat, voire une mosaïque de

deux ou trois habitats dans le cas où certains d’entre eux ont une surface trop réduite pour être reporté

individuellement sur la carte. Pour chaque polygone, outre un numéro, les paramètres suivants sont

collectés :

- le nom de l’habitat (ou des habitats en mosaïque) qui compose le polygone ;

- les pratiques de gestion sur le polygone ;

- les atteintes subies par l’habitat ;

- une évaluation de sa typicité floristique à l’aide de trois niveaux : bon, moyen et mauvais ;

- le code Corine biotopes pour chaque habitat et le code Natura 2000 en sus pour les habitats

d’intérêt communautaire.

Figure 13 : Cartographie des habitats (exemple : vallée de la Brenne)

Lors de la réalisation de la carte, nécessitant un passage pendant la saison de végétation, chaque habitat

fait l’objet d’un relevé phytosociologique, réalisé selon la méthode sigmatiste au rang de l’association ou

d’une unité de même rang (groupement). La taille de la surface minimale prise en compte pour la réalisation

d’un relevé dans des conditions homogènes est la même que celle préconisée dans le protocole « Rhône-

Alpes » (tableau 13). Les relevés sont ensuite rangés dans des tableaux phytosociologiques, joints à ce


rapport.

L’ensemble des données recueillies sur le terrain est ensuite numérisé, géoréférencé et structuré. Le cahier

des charges précédemment cité indique quelles sont les tables attributaires servant de base à cette

numérisation. Toutes les informations concernant les habitats sont incluses dans une seule table de données,

avec un objet par ligne.

* Mise à niveau d’anciennes cartes

Trois sites bénéficiaient d’une carte plus ou moins ancienne. Le protocole mis en œuvre ici a été de réajuster

cette carte, voire de la corriger le cas échéant, dans l’objectif d’évaluer des évolutions surfaciques de

chaque habitat. Si des corrections sont nécessaires, à tout point de vue, les paramètres pris en compte dans

l’établissement de nouvelles cartes (cf. paragraphe précédent) sont également à collecter.

Le site de la gravière de Pagney a fait l’objet d’une telle méthodologie, par exemple. La carte ancienne en

main, l’observateur parcourt le site et reconnaît les différents polygones d’habitats :

- dans le cas où il n’y a pas de modification avec le (ou les) polygone(s) porté(s) sur la carte depuis sa

réalisation, l’observateur laisse les choses en l’état ;

- dans le cas où un habitat a disparu, un nouvel habitat est apparu ou encore l’habitat noté

préalablement a subi une extension ou une régression, l’observateur adaptera les limites de ce (ou

ces) polygone(s) avec ceux qui sont portés sur la carte : suppression du (ou des) polygone(s)

concerné(s) lorsque l’habitat a disparu, création d’un ou plusieurs nouveaux polygones dans le cas

de l’apparition d’un nouvel habitat, correction des polygones de l’habitat qui a régressé ou augmenté

en surface ;

- si l’habitat reconnu sur le terrain lors de ces investigations n’est pas le même que sur la carte, la

correction s’effectuera sur place (que ce soit pour son contour ou l’information qu’il contient) et un

relevé phytosociologique permettra de lever les doutes quant à sa véracité.

Dans le cas de la mention de nouveaux habitats, quelques précautions d’usage sont à prendre en compte.

Les cartographies ont souvent, comme support, un fond orthophotographique. Il est probable que, pour ces

cartographies anciennes, les fonds photographiques utilisés à l’époque pour leur ébauche ne soient pas les

mêmes que ceux disponibles aujourd’hui. Il est donc important de tenir compte de ces modifications du

support lors de la révision de la cartographie. Pour autant, lors de cet exercice, on ne fait pas une nouvelle

cartographie, mais bien une révision de l’existant.

Les cartes anciennes (avant 2011) n’ont pas bénéficié de l’utilisation du « Synopsis des groupements

végétaux de Franche-Comté » (Ferrez et al, 2011). Les « erreurs » de certaines dénominations d’habitats ne

seront peut-être dues qu’à des effets de synonymie ou de modification de nomenclature.

Protocole des transects phytocénotiques

Les principes de base de ce protocole ont été décrits en 2008 par M. VUILLEMENOT, T. FERNEZ T. et G. BAILLY

(CBNFC-ORI)7 puis reconfigurés pour le projet RhoMéO. L’objectif de ce protocole est d’appréhender les

changements au sein de la végétation des zones humides (diversité des habitats naturels ou semi-naturels)

et de mettre en évidence les variations de leur organisation au niveau paysager (évolution spatiale en

termes de surface et de continuité). La méthode proposée est basée sur un échantillonnage systématique

du site par transects. Ces derniers sont parcourus intégralement et la distance de chaque syntaxon, identifié

au niveau de l’association ou de l’alliance, est renseignée. Ce type d’échantillonnage permet des

extrapolations surfaciques aussi bien au niveau de chacun des habitats identifiés le long du transect que de

la zone humide, voire de l’ensemble du bassin versant.

La démarche repose tout d’abord sur le positionnement des transects (figure 14). Ne connaissant pas les

sites sur lesquels ce protocole a été testé, les transects ont été disposés de la même manière que pour le

7 VUILLEMENOT M., FERNEZ T. & BAILLY G., 2008. Amélioration de la connaissance et évaluation des habitats ; guide méthodologique. Conservatoire botanique national de Franche-Comté / Union européenne, DIREN de Franche-Comté, Conseil général du Jura et Conseil général de Haute-Saône, version 1.0 (décembre 2008). 17 p. + annexes.


protocole « Rhône-Alpes ». Ils sont ainsi placés à égale distance les uns des autres, perpendiculairement à

la ligne médiane qui correspond à la plus grande longueur du site. Selon la taille du site, le nombre de

transects a varié de 1 à 17.

Le cheminement sur le terrain est réalisé ensuite le long de chaque transect, préalablement installé sur un

GPS de type nomade. À chaque changement de végétation, le segment correspondant est signalé par un

pointage par GPS :

- au début du changement de végétation ;

- à la fin de cette végétation.

Les habitats dont la longueur de segment est inférieure à un mètre ne sont pas pointés par GPS. Les me-

sures peuvent se faire également à l’aide d’un topofil.

Figure 14 : Positionnement des transects dans le cadre du

protocole des transects phytocénotiques (exemple : Lac de

Malpas)

Figure 15 : Schématisation de l’échantillonnage pratiqué lors de l’inventaire par transects phytocénotiques (exemple : Lac de Malpas)


La donnée correspondante est donc une longueur de segment, correspondant à un syntaxon, identifié au

niveau de l’alliance ou de l’association (cf. figure 15). À ce propos, un relevé phytosociologique (selon la

méthode sigmatiste) est réalisé pour chaque habitat différent. Ce relevé permet soit des comparaisons avec

d’autres relevés afin d’affiner la désignation de l’habitat, soit la réalisation de calculs automatiques sur les

paramètres écologiques de type Landolt (humidité, trophie...). Le choix de la période d’intervention (une fois

par an) est important afin de se donner les moyens de collecter un maximum d’informations. La

documentation utilisée pour reconnaître et désigner les syntaxons est la même que pour le protocole de

cartographie (cf. paragraphe précédent).

Chaque segment est ainsi qualifié par (figure 16) :

- l’appartenance phytosociologique du syntaxon contacté ;

- une longueur propre ;

- la pratique de gestion qui lui est appliquée ;

- les atteintes qu’il subit (éventuellement) ;

- sa typicité floristique (comme les descripteurs utilisés pour les cartographies d’habitats) ;

- le code Corine biotopes pour chaque habitat et le code Natura 2000 en sus pour les habitats

d’intérêt communautaire.

Figure 16 : Observations réalisées sur chacun des segments relevés sur le transect phytocénotique de la figure 15

Remarque :

Lors des investigations de terrain concernant les protocoles phytocénotique et cartographique, les habitats ont été désignés au rang phytosociologique d’association, plus rarement d’alliance. Mais les réflexions qui ont suivi ces premières étapes de test nous ont amené à préconiser plutôt l’utilisation du rang d’alliance pour la désignation des habitats, la précision du niveau « association » n’apportant pas, dans la majorité des cas, d’informations supplémentaires quant à l’objectif fixé.

Préalablement à la phase d’analyse, l’ensemble des données peut être intégré soit dans un tableur de type

Excel, soit dans une base de données syntaxonomique (Syntaxa par exemple, base de données

syntaxonomiques du CBNFC-ORI). Dans le premier cas, les analyses permettront de réaliser des calculs

automatiques d’indicateurs. Dans le deuxième cas, les données permettent de faire des comparaisons avec

l’ensemble des relevés de la base et de dégager des relevés de référence, mais aussi de réaliser des


calculs sur les paramètres de Landolt, par exemple. Ces données peuvent faire l’objet d’une comparaison

lors d’une prochaine occurrence du suivi, notamment pour mesurer l’évolution de la richesse

syntaxonomique et de la diversité des habitats, mais aussi de calculer la fragmentation de tel ou tel habitat, à

l’échelle d’une zone humide ou à l’échelle, plus large, du bassin versant, par exemple.


Le projet RhoMéO en Franche-Comté s’est intéressé à dix-sept sites répartis sur 4 secteurs régionaux. Les

trois types de protocoles proposés n’ont par contre pas été testés partout. Le tableau 14 fait état de

l’échantillonnage réalisé.

Numéro

du site Nom du site

Protocole des

transects

phytosociologiques

Protocole

cartographie des

habitats -

Nouvelle carte

Protocole

cartographie des

habitats -

Mise à niveau d’une

ancienne carte

Protocole des

transects

phytocénotiques

1 Grande Pile X

2 Mou de Pleure X

3 Lac de Remoray X

4 Vallée du Drugeon X

5 L’Entrecôtes X

6 Mare aux Demoiselles X

7 Ilay, Grand et Petit Maclu X X

8 Tourbière du Sennepey X

9 Marais de la Noye Viney X X X

10 Réseau des mares d’Emagny X

11 Grand Roué X X X

12 Gravière de Pagney X X X

13 Etang Bailly X X X

14 Vallée de la Brenne X X X

15 Etang au Curé X

16 Lac de Malpas X X X

17 Prés Vieux et la Seigne X X

Tableau 14 : Types de protocoles testés par sites

Le protocole des transects phytosociologiques (dit « protocole Rhône-Alpes ») a été testé sur l’ensemble

des sites franc-comtois. 71 transects au total (tableau 15) ont été disposés dans l’ensemble des sites, selon

deux types de configuration :

- le site était connu préalablement au projet RhoMéO par les observateurs : les transects ont été

disposés en fonction du plus grand nombre d’habitats présents ; les placettes ont ensuite été

disposées le long de chaque transect, en fonction des habitats contactés8

- le site était inconnu des opérateurs avant le projet RhoMéO : les transects ont été disposés à

équidistance les uns des autres, perpendiculairement à une ligne médiane représentant la plus

grande longueur du site ; les placettes ont été disposées à équidistance les unes des autres, en

nombre variable pour chaque transect.

Le tableau 15 synthétise les éléments du protocole « Rhône-Alpes » mis en place pour la région franc-

comtoise.

8 Dans un ou deux cas de sites déjà connus, la première interprétation du protocole a été un peu confuse, ce qui fait que les placettes n’ont pas été positionnées de façon systématique et équidistante le long du transect (dont l’emplacement a été choisi au préalable), mais positionnées en fonction de chaque habitat détecté.


Numéro

du site Nom du site

Surface

(ha)

Nombre de

transects

Nombre de

placettes

1 Grande Pile 35,74 2 12

2 Mou de Pleure 8,67 1 4

3 Lac de Remoray 300,11 3 10

4 Vallée du Drugeon 4230,02 2 48

5 L’Entrecôtes 15,23 2 10

6 Mare aux Demoiselles 0,43 1 5

7 Ilay, Grand et Petit Maclu 46,42 2 11

8 Tourbière du Sennepey 6,75 2 9

9 Marais de la Noye Viney 12,6 2 8

10 Réseau des mares d’Emagny / 1 11

11 Grand Roué 145,49 6 24

12 Gravière de Pagney 29,44 7 29

13 Etang Bailly 5,68 5 10

14 Vallée de la Brenne 305,43 17 59

15 Etang au Curé 3,83 4 8

16 Lac de Malpas 44,77 11 44

17 Prés Vieux et la Seigne 48,35 3 11

Tableau 15: Surface des sites, nombre de transects et nombre de placettes du protocole « Rhône-Alpes » (en italique,

sites non connus au préalable par les observateurs)

Le protocole de cartographie des habitats n’a été testé que sur sept sites :

- pour la réalisation de nouvelles cartes : Marais de la Noye Viney, Étang Bailly, Grand Roué, vallée

de la Brenne ;

- pour la révision de cartes déjà existantes : gravière de Pagney, lac de Malpas, lacs d’Ilay, du Grand

et du Petit Maclu.

Le protocole des transects phytocénotiques a été réalisé sur sept sites : Marais de la Noye Viney, Étang

Bailly, Grand Roué, vallée de la Brenne, gravière de Pagney, lac de Malpas et Prés Vieux et la Seigne.

Le protocole a repris, dans six des sites, les transects mis en place pour tester le protocole « Rhône-Alpes ».

Seulement, au lieu de relever les plantes dans des placettes, chaque transect a été parcouru en notant, à

chaque changement d’habitat (syntaxon), la longueur du segment correspondant et le nom de l’habitat. Sur

le site des Prés Vieux et la Seigne, le positionnement des transects phytocénotiques a été établi en fonction

du plus grand nombre d’habitats différents et connus au préalable

Ce protocole a été testé dans des conditions particulières notamment en fonction du paramètre « temps ».

En effet, l’interprétation du cahier des charges laissait à penser qu’un seul jour était dévolu à ce test. Aussi,

les investigations sur les sites retenus n’ont duré qu’une seule journée.

L’ensemble des zones humides est classé selon une typologie établie par les SDAGE. Dans le cadre du

projet RhoMéO, le groupe « flore-habitats », représenté par Jérôme Porteret, a initié également une

typologie propre aux zones humides du bassin versant Rhône-Méditerranée en février 2013. Les

correspondances entre ces typologies et les types de zones humides prospectées en Franche-Comté sont

les suivantes (tableau 16) :


Numéro

du site Nom du site Typologie SDAGE

Typologie

« J. Portert » Habitats DREAL

1 Grande Pile 10 10.1 et 10.2 Boisements tourbeux, hauts-marais

2 Mou de Pleure 10 10.1 et 10.2 Forêts humides, boisements tourbeux

3 Lac de Remoray 9 9.2 Bas-marais, hauts-marais, prairies humides

4 Vallée du Drugeon 10 10.1 et 10.2 Bas-marais, prairies humides, hauts-marais…

5 L’Entrecôtes 10 10.1 et 10.2 Boisements tourbeux, bas-marais, hauts-marais…

6 Mare aux Demoiselles 11 11.2 Végétation aquatique, végétation rivulaire

7 Ilay, Grand et Petit Maclu 9 9.2 Bas-marais, prairies humides, hauts-marais…

8 Tourbière du Sennepey 10 10.1 et 10.2 Bas-marais, forêts humides, hauts-marais…

9 Marais de la Noye Viney 10 10.1 et 10.2 Forêts humides, mégaphorbiaies

10 Réseau des mares d’Emagny 11 11.2 Réseau de mares

11 Grand Roué 6 6 Prairies humides

12 Gravière de Pagney 6 6 Végétation rivulaire, prairies humides…

13 Etang Bailly 8 8 Végétation aquatique, végétation rivulaire

14 Vallée de la Brenne 6 6 Prairies humides

15 Etang au Curé 8 8 Végétation aquatique, végétation rivulaire

16 Lac de Malpas 9 9.2 Bas-marais, végétation rivulaire, boisements tourbeux

17 Prés Vieux et la Seigne 10 10.1 et 10.2 Hauts-marais, prairies humides, boisements tourbeux

Tableau 16 : Correspondances entre les typologies SDAGE et « J. Porteret » et les types de zones humides du projet

RhoMéO en Franche-Comté

Typologie SDAGE Typologie « J.Porteret »

6 : Plaines alluviales 6 : Plaines alluviales [inondables]

8 : Régions d’étangs 8 : Etang

9 : Petits plans d’eau et bordures de plans d’eau 9.1 : Zone humide en contexte acide

10 : Marais et landes humides de plaines et plateaux 10.1 : Tourbière de plaine

11 : Zones humides ponctuelles 10.2 : Prairies humides 11.2 : Mares permanentes

1.5.3 Résultats

a) Résultats bruts

Le tableau 17 établit une synthèse des différents protocoles testés et des données collectées : nombre et

types.

Type de protocole testé Nombre de

passage

Sites

testés Nombre de relevés

Nombre d’espèces

contactées Nombre d’habitats contactés

Protocole des placettes

phytosociologiques 1 17 313 placettes 485 espèces /

Protocole des cartographies

d’habitats (nouvelles cartes) 1 4

17 relevés (Brenne)

2 relevés (Etang Bailly) /

37 (Brenne)

14 (Etang Bailly)

20 (Grand Roué)

12 (Noye Viney)

Protocole des cartographies

d’habitats (révision cartes) 1 3

4 relevés (Pagney)

15 relevés (Lacs d’Ilay,

Grand et Petit Maclu)

/

34 (Malpas)

18 (Pagney)

17 (Lacs d’Ilay, Grand et Petit

Maclu)

Protocole des transects

phytocénotiques 1 7

3 relevés (Pagney)

19 relevés (Prés Vieux

et la Seigne)

/

16 (Brenne)

23 (Pagney)

12 (Grand Roué)

7 (Noye Viney)

8 (Etang Bailly)

5 (Prés Vieux et la Seigne)

6 (Malpas)

Tableau 17 : Données collectées selon le type de protocole


Protocole des placettes phytosociologiques (protocole « Rhône-Alpes »)

Au total, sur l’ensemble des sites, ce protocole, qui a porté sur 71 transects, a permis de renseigner 313

placettes et de récolter 5 380 observations, correspondant à 485 espèces différentes. La liste des espèces

contactées est située en annexe de ce rapport (cf. annexe 8, liste 1). Par contre, l’ensemble des

observations obtenues lors du test de ce protocole est fourni sur support informatique (CD annexé à ce

rapport), un tableau étant évidemment trop important pour le glisser sous format papier.

Même si le nombre d’observations est élevé, ces résultats sont à mesurer avec précaution. En effet, les sites

choisis pour tester ce protocole sont assez hétérogènes et ce à plusieurs niveaux :

- surface allant de moins d’un hectare à 4 230 hectares ;

- situation géographique variable ; certains sites sont localisés à l’étage planitiaire (environ 190 mètres

d’altitude), d’autres à l’étage montagnard (930 mètres d’altitude) ;

- nombre de transects par site également assez varié : de 1 transect par site à 17 transects par site ; - choix du positionnement des transects, soit d’après la connaissance du terrain, en choisissant

l’endroit coupant le maximum d’habitats, soit localisé de façon systématique.

Protocole de cartographie des habitats

Quatre sites ont bénéficié d’une cartographie complète, au final, et trois sites ont fait l’objet d’une révision, ce qui donne un total de sept cartes. Pour des raisons de commodité de lecture, seule une des cartes est fournie ici (figure 17). Les autres cartes sont fournies sous format MapInfo, sur un CD annexé au présent rapport.

La méthode d’élaboration de nouvelles cartes a permis de créer 243 polygones, correspondant à 59 habitats (dont 37 pour la vallée de la Brenne, 20 pour le Grand Roué, 14 pour l’Etang Bailly et 12 pour le Marais de la Noye Viney ; tableau 18). La méthode qui consistait à réviser d’anciennes cartes a permis de contacter 60 habitats (dont 34 à Malpas, 18 à Pagney et 17 sur le site des lacs d’Ilay, du Grand et du Petit Maclu ; tableau 19). Une partie du site de la gravière de Pagney n’avait pas été cartographié en 2009. Trois nouveaux habitats ont été reconnus durant le test de ce protocole, dont deux habitats humides et un potentiellement humide. Les habitats mentionnés ont été reconnus à l’échelle de l’association le plus souvent, parfois à l’échelle de l’alliance. Mais pour des raisons de commodités ensuite, lors des calculs réalisés dans le paragraphe 1.5.4, nous avons retenu, pour chaque habitat, sa correspondance à l’échelle de l’alliance. C’est ce nombre qui est indiqué.

Durant ce test de cartographie, valable aussi bien pour les nouvelles cartes que pour la révision d’anciennes cartes, plusieurs relevés phytosociologiques ont été réalisés selon la méthode sigmatiste. Ils permettent, dans un premier temps, d’asseoir avec une plus grande certitude tel ou tel groupement phytosociologique, dans un deuxième temps, de calculer les paramètres écologiques de Landolt, notamment en ce qui concerne l’humidité et la trophie.

Dix-neuf relevés phytosociologiques ont été réalisés lors de cet exercice sur les sites de l’Etang Bailly (deux relevés) et de la vallée de la Brenne (dix-sept relevés). Ils s’ajoutent aux dix-huit relevés élaborés lors des révisions d’anciennes cartes et sont rangés dans des tableaux phytosociologiques figurant en annexes 9, 10,11 et 12 de ce rapport (quinze relevés pour le site des lacs d’Ilay, du Grand et du Petit Maclu et trois relevés pour le site de la gravière de Pagney).


Figure 17 : Carte des habitats du site de la gravière de Pagney (ancienne carte réévaluée)


Habitats Code

Corine biotopes

Code Natura 2000

Habitat "humide"

Intérêt patrimonial

Alignements d'arbres, haies, petits bois, parcs 84 0

Alnion glutinosae 44.91 H 0

Athyrio filicis-feminae - Alnetum glutinosae 44.91 H r

Bromion racemosi 37.21 H r

Bordure de haies 84.2 0

Caricetum acutiformis 53.2122 H 0

Caricetum vesicariae 53.2142 H 0

Carici brizoidis - Quercetum roboris 41.24 9160-3 h pp c

Carici remotae - Fraxinetum excelsioris 44.311 91E0-8* H p

Clairières forestières 31.87 0

Colchico autumnalis - Festucetum pratensis 38.22 6510-4 h pp c

Communautés à grandes laîches 53.2 H 0

Communautés à reine des prés et communautés associées 37.1 6430 H c

Cultures 82 0

Eaux courantes 24.1 3260 H 0

Eaux douces stagnantes 22.1 3130 H c

Eleocharitetum palustris 53.14A H 0

Equisetetum fluviatilis 53.147 H 0

Filipendulion ulmariae 37.1 6430 H c

Filipendulo ulmariae - Alnetum glutinosae 44.332 91E0-11* H p

Fossés et petits canaux 89.22 H 0

Frangulo alni - Salicetum auritae 44.92 H 0

Frangulo alni - Salicetum cinereae 44.921 H 0

Fruticées à Prunus spinosa et Rubus fruticosus 31.811 h pp 0

Glycerietum fluitantis 53.14 H r

Glycerio fluitantis - Sparganion neglecti 53.14 H 0

Heracleo sphondylii - Brometum mollis 38.22 6510-7 h pp c

Hordeo secalini - Lolietum perennis 37.21 H r

Terrains en friche 87.1 h pp 0

Junco acutiflori - Cynosuretum cristati 37.24 H 0

Junco inflexi - Menthetum longifoliae 37.24 H 0

Leersietum oryzoidis 53.14 H r

Ligustro vulgaris - Prunetum spinosae 31.81 0

Lolio perennis - Cynosuretum cristati 38.111 h pp 0

Nymphoidetum peltatae 22.4313 A r

Oenantho fistulosae - Caricetum vulpinae 37.21 H r

Petits bois, bosquets 84.3 0

Phalaridetum arundinaceae 53.16 H 0

Phragmitetum communis 53.11 H 0

Plantations 83.3 0

Plantations d'arbres feuillus 83.32 0

Plantations de conifères 83.31 0

Plantations de peupliers 83.321 H 0

Prairies améliorées 81 0

Primulo elatiori - Quercetum roboris 41.24 9160-2 h pp c

Salicetum albae 44.13 91E0-1* H p

Salicetum triandro-viminalis 44.12 H 0

Sambucetum ebuli 37.72 0

Scirpetum lacustris 53.12 H 0

Senecioni aquatici - Brometum racemosi 37.21 H r

Senecioni aquatici - Brometum racemosi scorzoneretosum humilis 37.21 H r

Sparganietum erecti 53.143 H 0

Stellario holosteae - Quercetum roboris 41.24 9160-3 h pp c

Trapetum natantis 22.4312 A r

Typhetum latifoliae 53.13 H 0

Urtico dioicae - Convolvuletum sepium 37.71 (6430-4) H c

Vergers 83.15 0

Villes, villages et sites industriels 86 0 Zones rudérales 87.2 0

Tableau 18 : Liste des habitats contactés lors de la réalisation de nouvelles cartographies (sites de la vallée de la

Brenne, Etang Bailly, Grand Roué, Marais de la Noye Viney)


Habitats Code Corine

biotopes Code Natura

2000 Habitat

"humide" Intérêt pa-trimonial

Aconito napelli - Filipenduletum ulmariae 37.1 6430-2 H c Aconito napelli - Filipenduletum ulmariae polemonietosum caeruleae 37.1 6430-2 H c

Alchemillo monticolae - Brometum mollis 38.3 6520-4 c

Alchemillo monticolae - Cynosuretum cristati 38. h pp 0

Alnion incanae 84.2 91E0* H p

Antherico ramosi - Brometum erecti 34.322B 6210-24 c

Boisement dominé par l'aulne 44.9 H 0

Boisement dominé par le frêne 44.3 H 0

Bordures de haies 84.2 0

Caricetum appropinquatae 53.217 H 0

Caricetum davallianae 54.23 7230-1 H c

Caricetum elatae 53.2151 H 0

Caricetum gracilis 53.2121 H 0

Caricetum heleonastae 54.56 7140-1 H c

Caricetum paniculatae 53.216 H 0

Caricetum rostratae 53.2141 H 0

Caricetum vesicariae 53.2142 H 0

Caricion fuscae 54.42 H r

Dauco carotae - Melilotion albi 87.1 0

Dépôts nus d'alluvions fluviatiles limoneuses 24.51 H 0

Drepanoclado revolventis - Caricetum chordorrhizae 54.55 7140-1 H c

Eaux douces 22 H 0

Equisetetum fluviatilis 53.147 H 0

Eriophoro gracilis - Caricetum lasiosarpae 54.511 7140-1 H c

Frangulo alni - Salicetum cinereae 44.921 H 0

Galets ou vasières non végétalisés 22.2 H 0

Glycerio fluitantis - Sparganion neglecti 53.14 H 0

Groupement à Scirpus sylvaticus 37.1 6430 H c

Hordelymo europae - Fagetum sylvaticae 41.131 9130-9 c

Hordeo secalini - Lolietum perennis 37.21 H r

Leersietum oryzoidis 53.14 H r

Ligustro vulgaris - Prunetum spinosae 31.81 0

Lolio perennis - Cynosuretum cristati 38.111 h pp 0

Menyanthetum trifoliatae 54.59 H 0

Myriophylletum spicati 22.422 3150-1 A c

Myriophyllo verticillati - Nupharetum lutei 22.4311 A r

Oenantho fistulosae - Caricetum vulpinae 37.21 H r

Petits bois, bosquets 84.3 0

Phragmitetum communis 53.11 H 0

Potametum natantis 22.4314 A 0

Ronciers 31.831 0

Rumici crispi - Alopecuretum geniculati 37.24 H 0

Salicetum pentandro-cinereae 44.923 H 0

Salicion albae 44.13 91E0-1* H p

Scirpetum lacustris 53.12 H 0

Scorpidio scorpidioidis - Utricularietum minoris 22.45 3160-1 A c

Scorpidio scorpidioidis - Caricetum limosae 54.541 7140-1 H c

Senecioni aquatici - Brometum racemosi 37.21 H r

Sieglingio decumbentis - Brachypodietum pinnati 34.322 6210-17 c

Sphagnetum magellanici trichophoretosum cespitosi 51.11 7110-1* H p

Sphagnetum magellanici typicum 51.11 7110-1* H p

Sphagno cuspidati - Scheuchzerietum palustris 54.6 7110-1* H p

Sphagno girgensohnii - Piceetum abietis 42.213 9410-6 H c

Sphagno warnstorfii - Caricetum dioicae (+ creux inondés) 54.5 7140-1 H c

Trollio europeaei - Cirsietum rivularis 37.212 H 0


Trollio europeaei - Molinietum caeruleae 37.311 6410-3 H c Trollio europeaei - Molinietum caeruleae swertiosum per-ennis 37.311 6410-3 H c

Typhetum latifoliae 53.13 H 0

Vaccinio uliginosi - Pinetum rotundatae 44.A3 91D0-3* H p

Zones rudérales 87.2 0

A : groupement aquatique (ne rentrant pas dans le concept de zone humide au titre de la loi sur l'eau)

H : groupement humide

h pp : groupement présentant une tolérance large vis-à-vis du facteur hydrique pouvant ou non correspondre au concept de zone humide

r : groupement considéré comme déterminant pour la définition des ZNIEFF en Franche-Comté

Tableau 19 : Liste des habitats contactés lors de la révision des anciennes cartographies (sites du lac de Malpas, de la

gravière de Pagney et des Lacs d’Ilay, du Grand et du Petit Maclu)


Sept sites ont été prospectés pour tester ce protocole. Sur le site de la vallée de la Brenne, qui compte 300

hectares, seulement cinq transects ont pu être réalisés lors de cette épreuve-test. Les résultats de

l’ensemble des investigations sont portés dans les tableaux 20 à 25. Durant ce test, quelques relevés

phytosociologiques ont été réalisés. Ils sont joints aux tableaux déjà présentés pour le protocole de

cartographie.

Même si les syntaxons ont été décrits au rang de l’association dans certains cas, leur transcription dans les

tableaux suivants a été réalisée au rang de l’alliance.

Syntaxons Longueur totale des

segments Nombre de con-

tacts

Alnion incanae 2 1

Arrhenatherion elatioris 1086 14

Bordures de haies 2 2

Bromion racemosi 1033 17

Chemin 11,5 4

Convolvulion sepium 21 8

Culture 366,5 4

Fossé 4 2

Fossé / Magnocaricion elatae 24 10

Fossé / Phragmition communis 4 2

Magnocaricion elatae 32 3

Oenanthion fistulosae 31,5 1

Phragmition communis 3,5 1

Salicion albae 2 1

Salici cinereae - Rhamnion catharticae 2 1

Zones rudérales 6 2

Total 2631 73

Tableau 20 : Résultats des transects phytocénotiques (site de la vallée de la Brenne)


segments Nombre de

contacts

Alnion glutinosae 25 1

Fraxino excelsioris - Quercion roboris 47 3

Glycerio fluitantis - Sparganion neglecti 1,5 1


Nymphaeion albae 445 5

Oenanthion aquaticae 3 2

Phragmition communis 3 2

Salicion cinereae 7 3

Total 549,5 26

Tableau 21 : Résultats des transects phytocénotiques (site de l’Etang Bailly)



segments Nombre de contacts



Chemin 4 1

Crataego monogynae - Prunetea spinosae 4 1

Culture 75 1

Cynosurion cristati 1364 5

Lemnion minoris 2 1


Plantation de peupliers 230 1

Route 8 2

Salicion albae 14 1


Total 2287 20

Tableau 22 : Résultats des transects phytocénotiques (site du Grand Roué)



Athyrio-Alnetum 247 3

Filipendulion 38 2

Frangulo-Salicetum 30 1

Glycerietum fluitantis 2 1

Phragmitetum australis 69 2

Plantation de peupliers 33 1

Voie ferrée 6 1

Total 425 11

Tableau 23 : Résultats des transects phytocénotiques (site du Marais de la Noye Vinay)



Bordures de haies 92 13


Bromion racemosi / Magnocaricion elatae 100 2

Chemin 15 3

Convolvulion sepium 78 4

Cynosurion cristati 515 3

Dauco carotae - Melilotion albi 61 5

Dauco carotae - Melilotion albi / Ronciers 2 1

Fossé 4 2

Glycerio fluitantis - Sparganion neglecti 13 2

Glycerio fluitantis - Sparganion neglecti / Convolvulion sepi-um

3 1


Magnocaricion elatae / Bromion racemosi 15 1

Magnocaricion elatae / Potentillion anserinae 8 1

Petits bois, bosquets 5 1


Phragmition communis / Salicion albae 3 1

Plan d'eau 865 4

Potentillion anserinae 65 2

Potentillion anserinae / Glycerio fluitantis - Sparganion ne-glecti

65 1

Ronciers 10 3

Salicion albae 20 6

Zones rudérales 15 1

Total 2684 70

Tableau 24 : Résultats des transects phytocénotiques (site de la gravière de Pagney)





Betulion pubsecentis 57 2

Calthion palustris 103 1


Sphagnion magellanici 380 10

Total 702 17

Tableau 25 : Résultats des transects phytocénotiques (site de Prés Vieux et la Seigne)


L’ensemble des données récoltées, que ce soit avec l’un ou l’autre des protocoles testés, permet de réaliser

un certain nombre d’analyses, soit au niveau floristique, soit au niveau des habitats. Ces analyses

permettent également de tester et de comparer entre eux des paramètres comme la robustesse,

l’opérationnalité ou l’interprétabilité de chacun de ces protocoles.

a) Robustesse

Il est délicat de parler ici de « robustesse » des protocoles, puisque les investigations liées au projet

RhoMéO n’ont porté que sur un seul passage. Mais l’analyse des résultats selon les types de protocoles

appliqués sur les sites francs-comtois permet d’évaluer quelque peu ces différents protocoles.

Comparaison de la diversité spécifique connue (listes d’espèces) et obtenue par site (tableau 26)

Seuls les sites gérés par le CEN FC ou la RNN du lac de Remoray peuvent participer à ce type d’analyse

(leur nom est indiqué en police standard dans le tableau 26). En effet, ils bénéficient d’un plan de gestion et

d’un ensemble de données connues préalablement au projet RhoMéO. La comparaison des résultats

obtenus dans le cadre de ce projet par rapport aux listes de taxons déjà connus préalablement à RhoMéO

permet de discuter sur la pertinence des indicateurs floristiques.

Nom du site Taxons connus

d’après RhoMéO

Taxons connus

d’après les inventaires

des sites en gestion

(uniquement taxons

vasculaires)

Pourcentage du

cortège botanique

détecté d’après

RhoMéO par rapport

au cortège connu

Grande Pile 20 54 37 %

Mou de Pleure 24 282 8,5 %

Lac de Remoray 65 190 34 %

L’Entrecôtes 50 114 44 %

Mare aux Demoiselles 9 22 41 %

Ilay, Grand et Petit Maclu 55 310 18 %

Tourbière du Sennepey 54 85 63 %

Réseau des mares d’Emagny 56 137 41 %

Etang au Curé 53 155 34 %

Prés Vieux et la Seigne 76 83 88 %

Tableau 26 : Comparaison de la diversité spécifique floristique connue à celle obtenue par RhoMéO (sites gérés par le

CEN FC)

Au vu de ce tableau, les résultats sont très variables. Le nombre des taxons contactés dans le cadre du

projet RhoMéO par rapport au nombre de taxons connus au préalable varie de 8,5 % (Mou de Pleure) à


88 % (Prés Vieux et la Seigne) avec une tendance s’établissant autour d’une valeur moyenne de 35 %.

Globalement, ces résultats sont bien inférieurs à ceux avancés par le CBN alpin qui sont d’environ 65 % (G.

PACHE, 2010). Seuls deux sites sont en cohérence avec ces résultats annoncés : la Tourbière du Sennepey

et les Prés Vieux et la Seigne. Cependant, quelques éléments de réponse peuvent sans doute être donnés

et notamment le fait que certains des sites sont sous-échantillonnés.

Pour les sites ne bénéficiant pas d’un plan de gestion (tableau 27), nous avons tout de même essayé de

réaliser une analyse similaire. En effet, la plupart de ces sites a fait l’objet d’inventaires floristiques dans le

cadre des missions menées par le CBNFC-ORI ou des bureaux d’études lors de cartographies et typologies,

les données récoltées étant saisies dans la base de données du CBNFC-ORI, Taxa, et localisées dans un

système géographique. Pour des raisons évidentes, un biais est à prendre en compte : les limites des sites

prospectés dans le cadre du projet RhoMéO ne correspondent pas véritablement avec les surfaces

correspondant aux inventaires floristiques extraits de Taxa, même si on a essayé de s’en rapprocher le plus

possible en s’aidant de la géolocalisation des données. Cependant il est possible de tenter une première

approche.

Nom du site Taxons connus

d’après RhoMéO

Taxons connus d’après

les données issues de

Taxa (uniquement taxons

vasculaires)

Pourcentage du

cortège botanique

détecté d’après

RhoMéO par rapport

au cortège connu

Vallée du Drugeon 243 (limites très différentes) /

Marais de la Noye Vinay 45 / /

Grand Roué 79 141 56 %

Gravière de Pagney 120 143 84 %

Etang Bailly 23 88 26 %

Vallée de la Brenne 193 69 279 %

Lac de Malpas 206 254 81 %

Tableau 27 : Comparaison de la diversité spécifique floristique connue à celle obtenue par RhoMéO (sites non gérés)

Au vu de ces résultats, deux sites sont écartés d’office :

- le bassin du Drugeon qui compte un très grand nombre de données mais où les limites de ce qui a été

prospecté précédemment sont très difficiles à définir avec certitude et sont loin de correspondre avec les

limites du site dans le cadre du projet RhoMéO ;

- le site du marais de la Noye Vinay qui ne compte aucune donnée dans la base Taxa.

Par rapport à la méthode préconisée par le CBNA sur les sites gérés par le CEN FC, on constate des

résultats plus importants en moyenne (chiffres variant de 56 % à 84 %, sauf pour l’Etang Bailly (26 %). Ceci

s’explique sans doute par le fait que ces sites, mal connus au préalable, ont bénéficié d’un bon

échantillonnage lors des tests de protocole du projet RhoMéO.

Sur l’ensemble des résultats, on peut se poser plusieurs questions quant à la pertinence des résultats :

- choix du positionnement des transects (positionnement choisi dans le cadre des sites gérés par le CEN

FC, positionnement statistique dans le cadre des sites non connus au préalable et prospectés par le

CBNFC-ORI) ;

- comparaison sur des listes de taxons, mais sans prise en compte au préalable du nombre de passages

et des périodes auxquelles ont eu lieu les investigations ;

- prospections systématiques sur des placettes équidistantes mais sur des sites très différents les uns

des autres aussi bien en termes de surface, d’altitude, de relief, de diversité des habitats et en types

d’habitats (plaines alluviales souvent plus anthropisées que les tourbières, par exemple).


Comparaison de la diversité des habitats (listes de syntaxons) et obtenue par site (tableau 28)

Ce type de calculs n’a été réalisé que sur les sites où l’on pouvait disposer en même temps d’une

cartographie d’habitats et des résultats du test de protocole phytocénotique. Pour des raisons de

commodités, lors des calculs réalisés ici, nous avons retenu, pour chaque habitat, sa correspondance à

l’échelle de l’alliance. C’est ce nombre qui est indiqué dans la colonne « Habitats connus par cartographie »,

légèrement différent donc de ce qui est porté comme résultats dans le tableau 17.

Nom du site Habitats connus par

cartographie

Habitats contactés

par le protocole

phytocénotique

Pourcentage du

nombre d’habitats

détectés par rapport

au nombre connu

Marais de la Noye Vinay 12 7 58 %

Grand Roué 19 12 63 %

Gravière de Pagney 27 23 85 %

Etang Bailly 9 8 89 %

Vallée de la Brenne 26 22 85 %

Lac de Malpas 21 17 81 %

Prés Vieux et la Seigne 6 5 83 %

Tableau 28 : Comparaison de la diversité des habitats connue à celle obtenue par RhoMéO

Remarque :

Compte tenu du temps imparti, ce protocole n’a été testé que sur cinq transects pour le site de la vallée de la

Brenne. Pour établir le calcul présenté dans le tableau 29, nous n’avons pris en compte que le nombre

d’habitats reconnus par la méthode cartographique correspondant à cette portion du site.

La comparaison de la diversité des habitats entre un protocole de cartographie et un protocole par transects

phytocénotiques est intéressante. On voit en effet que dans la plupart des cas, plus de 80 % des habitats

reconnus lors des investigations cartographiques sur l’ensemble d’un site sont contactés lors du protocole

par transects. Ce résultat est d’autant plus intéressant que les transects n’ont pas été positionnés par choix

car les sites n’étaient pas connus à l’avance (hormis pour le site des Prés Vieux et la Seigne), mais posés de

façon systématique à équidistance l’un de l’autre.

Si l’on veut comparer maintenant le protocole de type Rhône-Alpes (transects avec placettes

phytosociologiques) avec le protocole des transects phytocénotiques, on s’aperçoit que ce dernier est assez

pertinent. En effet, en règle générale, plus de 80 % des syntaxons connus sur le site sont contactés lors de

l’application de ce protocole, un peu moins (58 à 63 %) dans les sites très anthropisés, alors que la méthode

des placettes phytosociologiques ne détecte en moyenne que 35 à 40 % des taxons connus au préalable.

Une petite enquête auprès des différents observateurs par le biais d’un questionnaire permet de se faire une

idée de l’appropriation ou non de tel ou tel protocole. Les résultats sont portés dans le tableau 30 et serviront

de conclusion quant à la robustesse de chacune des méthodes.


Type de protocole Avis sur la « robustesse » des protocoles

+ -

Protocole « Rhône-Alpes »

Biais observateur plus limité que pour les

autres protocoles mais seulement si la

localisation des points est sure (utilisation

d'un outil de terrain adapté (type pocket

PC)

Localisation des points, notamment

au départ, pas toujours évidente à

remettre en place pour d’autres

observateurs

Bien adapté à une grande diversité

d'opérateurs

Cartographie des habitats

Méthode reproductible plus aisément si

typologie existante

Bonne connaissance des habitats

obligatoire avant prospection,

notamment pour l'identification des

habitats et leurs limites

Mise à niveau d’une cartographie

existante

Connaissance des habitats au préalable

par le biais de l’ancienne carte : biais

observateur moins important que dans le

cas de la réalisation de nouvelles cartes


obligatoire avant prospection, no-

tamment pour l'identification des

habitats et leurs limites

Inadapté à un suivi de grands sites

(surface maximale à évaluer)

Inadapté aux habitats tourbeux struc-

turés par les Bryophytes, sauf si

accroissement du temps imparti pour

l'exercice


phytocénotiques

Objets cartographiques aisément

réévaluables avec un outil de terrain

adapté (pocket PC)


obligatoire avant prospection

Bien adapté aux grands sites homogènes

ou peu hétérogènes

Qualité augmentée si typologie existante

Tableau 29 : Bilan de l’évaluation de la robustesse des protocoles testés en Franche-Comté


Afin de juger de l’opérationnalité des protocoles dans le cadre de la création d’un observatoire des zones

humides, il paraît judicieux de les analyser et de les comparer entre eux, tant d’un point de vue temps

nécessaire à la mise en place de la méthode, à la collecte de données et à leur saisie qu’aux compétences

requises par exemple.

Le tableau suivant fait état des différents avis des observateurs quant au caractère opérationnel des protocoles testés.


Type de protocole Avis sur l’opérationnalité des protocoles

- +

Problème dans le choix de l'emplacement du

transect : côté trop protocolaire arrivant à des

situations aberrantes

Rapide, pratique et relativement aisé à

mettre en œuvre

Relevés fragmentaires ou hétérogènes

(positionnement du relevé imposé)

Indépendance des phases d'interprétation

phytosociologique

Problème important de bonne représentation

de l'ensemble des habitats présents

(seulement une fraction des habitats

contactés)

Placettes régulières avec taille standard

selon les milieux

Problème de pression d'échantillonnage Support terrain bien conçu, clair et complet


Côté frustrant si l'on a réalisé une

cartographie des habitats auparavant

Chronophage sur les grands sites

hétérogènes, surtout s'il n'y a pas de

typologie existante

Pression d'échantillonnage la meilleure,

exhaustive ou presque sur le plan spatial

(ensemble des habitats présents sur le site

contactés à priori)

Faibles variations inter-annuelles Convient bien à des petits sites hétérogènes

et riches d'un point de vue écologique

Polygones aisément révisables


Permet de définir de véritables individus

d'association (1 seul relevé par syntaxon

nécessaire)

Pas possible partout Permet de définir de véritables individus

d'association (1 seul relevé par syntaxon

nécessaire)

Encore assez chronophage, surtout dans le

cas où évolution de la typologie

Faibles variations inter-annuelles

Polygones aisément révisables

Mise à niveau d'une

cartographie existante

Ensemble des habitats présents sur le site

contactés

Possibilité d’adopter un suivi à un pas de

temps assez long (2 à 5 ans)


Problème de bonne représentation de

l'ensemble des habitats présents (seulement

une fraction des habitats contactés pour

l'ensemble du site)

Rapide

Tableau 30 : Bilan de l’évaluation de l’opérationnalité des protocoles testés en Franche-Comté



L’interprétabilité des protocoles a également fait l’objet d’une petite analyse dont les conclusions sont reportées dans le tableau 31.

Type de protocole Avis sur l’interprétabilité des protocoles

+ -


Possibilité de dégager des indicateurs

de trophie et d’humidité (…) grâce aux

valeurs de Landolt


Possibilité de référence à la notion

d’habitats et à leur statut (Corine

biotopes, ZNIEFF, N2000)

Possibilité de réaliser une clé de

détermination des syntaxons de zones

humides au niveau de l’alliance

Actuellement, pas de référentiel

unique sur les syntaxons des zones

humides du bassin versant Rhône-

Méditerranée

Mise à niveau d’une cartographie

existante







Beaucoup de phases liées à

l'interprétation de l'opérateur et donc

à ses compétences : si beaucoup

d'observateurs se succèdent, c'est

l'interprétation de l'observateur

précédent qui est évaluée et non une

liste floristique ou un relevé

phytosociologique objectif


phytocénotiques

Possibilité de dégager des indicateurs

de trophie et d’humidité (…) grâce aux

valeurs de Landolt

Actuellement pas de référentiel

unique sur les syntaxons des zones

humides du bassin versant Rhône-

Méditerranée







Evaluation de la notion de

fragmentation des habitats et de leur

évolution (pointage des segments

d’habitats à chaque changement et

non à distance fixée par avance)

Tableau 31 : Bilan de l’évaluation de l’interprétabilité des protocoles testés en Franche-Comté


1.5.5 Conclusions sur la pertinence des indicateurs

Si peu de sites ont bénéficié de l’ensemble des protocoles en région Franche-Comté, la méthode proposée

par le CBNA a tout de même été testée sur les dix-sept sites. Un grand nombre d’observations a été récolté,

mais nous n’avons pas eu les moyens techniques pour en tirer toutes les conclusions et notamment la

comparaison des sites franc-comtois entre eux et la comparaison des sites franc-comtois avec un échantillon

de sites d’autres régions. La perspective de finaliser cette étape nous paraissant très intéressante, les

analyses seront complétées en 2013.

La Bourgogne et la Franche-Comté ont utilisé d’autres paramètres que floristiques pour tester des méthodes

permettant le suivi des zones humides dans le cadre du projet RhoMéO : les communautés végétales,

désignées ici sous le terme de syntaxons. Les motivations de ce choix comme les résultats dans les deux

régions sont en cohérence, même si le positionnement des transects n’a pas été tout à fait le même. Ainsi, il

a été constaté pour ce protocole :

- une mise en place relativement simple ;

- l’appropriation du protocole par un ensemble assez large de chargés de mission ;

- un référentiel commun déjà existant et simple à amender selon les besoins pour les zones humides

sur l’ensemble du bassin versant.

L’utilisation des communautés végétales pour suivre l’évolution des habitats, que ce soit dans le projet

RhoMéO ou ailleurs, présente plusieurs avantages :

- elles sont intégratrices de nombreux facteurs environnementaux : édaphiques, anthropiques, clima-

tiques, dynamiques ;

- il n’existe que peu de variations stochastiques dues à la non-observation de certaines espèces ou à

la période de réalisation ;

- elles sont bien connues par les nombreuses données phytosociologiques acquises en Europe de-

puis presque 100 ans ;

- leur rattachement est possible à d’autres référentiels (Corine Biotope, Cahiers d’Habitats, référen-

tiels régionaux).

L’ensemble de ces données peut être intégré soit à une base de données syntaxonomique, soit dans un tableur de type Excel.

Dans le premier cas, les relevés, réalisés lors de la phase de terrain que ce soit avec la méthode cartogra-phique ou la méthode des transects phytocénotiques, peuvent être comparés avec les relevés de la base de données et intégrés comme relevés de référence.

L’automatisation de la base permet la réalisation de calculs sur les paramètres de Landolt, humidité et tro-phie par exemple.

Mais d’autres calculs peuvent être réalisés afin de suivre, dans le temps, l’évolution des zones humides :

- évolution de la richesse syntaxonomique et de la diversité des habitats,

- évolution des surfaces d’habitats (en ce qui concerne le protocole de cartographie), mais également

avec la possibilité de calculer le même type d’information pour le protocole phytocénotiques en utili-

sant un rapport longueur des segments / surface du site,

- évolution de la fragmentation de tel ou tel habitat, à l’échelle d’une zone humide ou à l’échelle, plus

large, du bassin versant, par exemple.


Indicateurs Résultats attendus

Nombre de syntaxons (patrimoniaux) Pourcentage d’habitats patrimoniaux détectés par transects ou cartographies

-> Evolution de la richesse phytocénotique

-> Evolution des indicateurs d’humidité et de trophie par calculs automatiques sur les relevés phytosociologiques de référence

Longueurs / Surfaces Pourcentage d’habitats détectés pondérés par longueurs / surfaces

-> Evolution spatiale des phytocénoses

Indicateurs écologiques par habitat -> Evaluation du degré d’humidité, de trophie de la zone humide

Nombre de taches (méthode des transects phytocénotiques)

-> Evolution de la fragmentation

Tableau 32 : Résultats attendus lors de la mise en place des protocoles cartographiques et des transects

phytocénotiques

La mise en place de deux types de protocoles concernant les habitats permet de dresser un premier

bilan synthétisé dans le tableau suivant :

Protocole des transects phytocénotiques Protocole de cartographie

Mise en œuvre rapide Temps de travail assez long

Meilleure reproductibilité Biais observateur pouvant être important notamment dans le dessin des polygones et la numérisation des données

Vision partielle de la fragmentation des habitats et de la continuité écologique

Vision réelle de la fragmentation des habitats et de la continuité écologique

Bonne connaissance au préalable des habitats ou application d’une typologie réalisée antérieurement

Possibilité d’interpréter les paramètres humidité et trophie à partir des relevés de référence

Tableau 33 : Comparaison avantages et inconvénients des deux méthodes : transects phytocénotiques / cartographie

des habitats

Pour les raisons évoquées ci-dessus, le protocole des transects phytocénotiques paraît assez judicieux dans

le cadre de suivi des zones humides. Les analyses de ce protocole seront poursuivies en 2013, notamment

avec la mise en place d’une automatisation des calculs.


1.6 Odonates


Le protocole retenu pour l’inventaire des Odonates est celui défini en Rhône-Alpes par Bernard Pont et un groupe d’experts. Il est basé sur un échantillonnage des différents types d’habitats odonatologiques au sein d’une zone humide, avec trois passages au cours d’une année. Ces passages sont répartis de manière à contacter le maximum d’espèces, la phénologie a donc été prise en compte.

Ce protocole a été choisi car il a servi de référence à l’ensemble des régions tests au sein du bassin. En cas de modification du protocole initial, l’analyse des résultats à l’échelle du bassin n’aurait pas été possible car les données n’auraient pas été comparables. L’utilisation du protocole établi en Rhône-Alpes offre également la possibilité de tester des situations particulières au nord du bassin.

Les éléments qui vont suivre sont donc issus du protocole de Pont B. et Mathieu M. (2011), complétés par différents commentaires.

Description du protocole (Pont B. et Mathieu M., 2011)

L’évaluation proposée dans le protocole Odonates RhoMéO s’appuie sur la comparaison, à l’échelle d’une zone humide, du peuplement odonatologique observé au peuplement attendu. L’écart entre ces deux états constitue une estimation de l’altération de la zone humide. L’analyse de l’écologie des taxons manquants permet de formuler des hypothèses quant aux facteurs expliquant cette altération. Des approches de ce type sont proposées par Schmidt (1985), Chovannec et al. (2001, 2004, 2005), Oertli et al. (2005), Indermuhele et al. (2008).

Plan d’échantillonnage :

Pour décrire la richesse totale de la zone humide, il est nécessaire d’échantillonner tous les types d’habitats disponibles pour les Odonates. Il convient donc d’avoir au préalable une connaissance suffisante de la zone humide et des habitats présents. Une cartographie des surfaces en eau est réalisée à l’aide de cartes topographiques, de photographies aériennes et d’une visite préalable du site. Le plan d’échantillonnage s’appuie sur la liste des habitats odonatologiques produite par la SFO (cf Annexe 3). Il est important de souligner que cette notion d'habitat odonatologique ne se superpose pas à la notion d'habitat au sens de la végétation ou de la phytosociologie. Au sein de chaque habitat odonatologique, au moins 3 points de suivi sont mis en place, idéalement 6 et au maximum 10. Dans le cas d'habitats odonatologiques présentant des nuances significatives (cas des annexes hydrauliques fluviales notamment) on s’attache à répartir les points de suivi de manière à échantillonner ces différentes nuances. Pour les habitats fragmentés, on veille à échantillonner les différents « patchs » présents. Lorsque le nombre de pièces d'eau sur une zone humide ne permet pas de réaliser au moins 6 points de suivi (sur un ou plusieurs habitats odonatologiques), le volet Odonates du protocole RhoMéO n'est en théorie pas appliqué. Remarque :

Il a existé deux cas de figure différents pour les sites tests Odonates en Franche-Comté :

Sites gérés par le CEN FC et par la RN de Remoray :

Ces sites ont déjà fait l’objet de prospections au cours des années précédant la phase test. Les habitats odonatologiques étaient donc globalement connus des personnes en charge de l’inventaire, leur permettant ainsi d’orienter leur choix quant à la localisation des relevés.


Sites prospectés par le CBNFC-ORI :

Hormis la vallée du Drugeon et le Lac de Malpas, ces sites n’avaient pas été prospectés par l’ORI avant la phase test. Le choix de la localisation des transects s’est donc fait à l’aide des photographies aériennes et au cours du premier passage. De fait, il est probable que certains habitats odonatologiques n’aient pas été échantillonnés.

Surface d’observation :

Le choix de la surface d’observation est laissé au libre choix des opérateurs, en fonction de la configuration du site et des conditions de déplacement. Il peut s’agir de :

transects de 25 m de long et 5 m de large (2,5 m de part et d’autre de l'interface terre/eau). Deux transects peuvent être en continuité ou proches de quelques dizaines de mètres de manière à optimiser le travail de terrain

points autour desquels on prospecte un rayon de 5-10 mètres, permettant la détermination à vue. Par sécurité, deux points d’observation sont espacés d’au moins 25 m.

Il est important que l’habitat soit homogène au sein de chaque point de suivi. Les points de suivi sont localisés à l’aide d’un GPS (coordonnées du barycentre) afin de réaliser les relevés au même endroit au cours d’une saison ainsi que les années suivantes (si le milieu est stable). Les points de suivi sont également décrits de manière précise à l’aide d’une fiche standardisée (cf. Annexe 13).

Conditions de réalisation d’un relevé :

Pour les points, le relevé dure au moins 6 minutes et chaque nouvelle espèce détectée est notée par tranche de 2 minutes. Si la dernière tranche de 2 minutes a permis de détecter au moins une espèce nouvelle, une tranche supplémentaire de 2 minutes d'observation est ajoutée. Si cette période n'apporte aucune espèce nouvelle, le relevé est stoppé, sinon une nouvelle période de 2 minutes est ajoutée, et ainsi de suite. Le temps total d’observation est noté. Le temps passé à la capture et à la détermination d’individus est décompté du temps d’observation. Les relevés sont réalisés entre 10 h et 16 h (possibilité de pousser plus tard en juin / juillet par temps chaud et lorsque les jours sont les plus longs), période optimale d’activité des imagos. Les conditions météorologiques doivent être « bonnes » le jour du relevé ainsi que la veille de celui-ci.

Remarque :

Les conditions de réalisation de relevé n’étaient pas favorables au cours du deuxième passage au marais de la Noye Viney. Un épisode pluvieux et nuageux de plusieurs jours n’a pas permis de réaliser le relevé dans des conditions favorables (16°C environ). Sinon, les conditions étaient remplies que ce soit pour le jour du relevé ou la veille. Calendrier d’intervention :

Dans le protocole de 2011, il était recommandé d’effectuer 4 passages sur les sites de plaine et 3 sur les sites montagnards. En Franche-Comté, nous avons effectué 3 passages, que ce soit en plaine ou à l’étage montagnard. Ces passages ont été réalisés début juin, début juillet et début août dans la majeure partie des cas. Néanmoins, certains passages ont été décalés par rapport aux périodes initialement prévues (dernier passage début septembre par exemple).

Paramètres à récolter :

Les observateurs ont noté les imagos et recherché des exuvies mais pas systématiquement. Les paramètres notés sont indiqués dans le protocole de Pont et Mathieu (2011), il s’agit de l’espèce, son effectif, son sexe et éventuellement le comportement reproducteur (défense territoriale, tandem, accouplement, ponte, émer-gence, exuvie).


Indicateurs retenus, méthode de calcul (Pont B., 2013) :

L’indicateur retenu pour les Odonates est le pourcentage d’espèces sténoèces sur un habitat odonatologique donné (d’après la typologie RhoMéO).

La liste d'espèces attendues est construite à partir d'un modèle (validé sur l'ensemble du bassin à l'exception de l'extrémité sud-ouest de Languedoc-Roussillon) pour chaque zone humide en sélectionnant les habitats odonatologiques identifiés et la situation géographique. Chaque espèce se voit donc attribuer un degré de sténoécie en fonction des habitats odonatologiques et du domaine biogéographique (continental pour la Franche-Comté). Quatre niveaux ont été définis, les deux premiers représentant les espèces sténoèces. La comparaison de la liste d’espèces attendues avec la liste des espèces observées permet de calculer le pourcentage d'espèces sténoèces présentes sur le site.


Les figures de localisation des transects et points de suivis sont données en annexe 14.

En Franche-Comté, 15 Sites ont été retenus pour tester le protocole Odonates. Ces sites regroupent des habitats diversifiés (mares, gouilles, étangs, rivières, ruisseaux…) ; les surfaces varient de moins d’un hectare (Mare au village) à plus de 4000 (Site N2000 Drugeon).

N° site Nom du site Surface Structure chargée de

l’inventaire

1 Grande Pile 36 ha CEN FC

3 RNN du Lac de Remoray 300 ha RNN Lac de Remoray

4 Site N2000 Drugeon 4000 ha CBNFC ORI

6 Mare au village < 1ha CEN FC

7 Ilay, Grand et Petit Maclu 46 ha CEN FC

8 Tourbière de Sennepey 7 ha CEN FC

9 Marais de la Noye Viney 12 ha CBNFC ORI

10 Réseau de mares d'Emagny Non calculé CEN FC

11 Grand Roué 150 ha CBNFC ORI

12 Gravière de Pagney 29 ha CBNFC ORI

13 Etang Bailly 6 ha CBNFC ORI

14 Vallée de la Brenne 300 ha CBNFC ORI

15 Etang au Curé 2 ha CEN FC

16 Lac de Malpas 45 ha CBNFC ORI

17 Prés Vieux, la Seigne 51 ha CEN FC

Tableau 34 : Sites où les odonates ont été étudiés

Nombre de passages et phénologie : pertinence des suivis réalisés

Pour chaque site, trois passages ont été réalisés. Le passage le plus précoce a été effectué le 30 mai sur le site de la Grande Pile, le plus tardif le 8 septembre sur la vallée du Drugeon.


N° site Nom du site Nombre de transects

Nombre de relevés

Premier relevé Dernier relevé

1 Grande Pile 9 27 30-mai-11 11-août-11

3 Réserve naturelle du Lac de Remoray 4 12 12-juin-11 17-août-11

4 Site N2000 Drugeon 21 63 17-juin-11 08-sept-11

6 Mare au village 3 9 21-juin-11 17-août-11

7 Ilay, Grand et Petit Maclu 7 21 27-juin-11 04-août-11

8 Tourbière de Sennepey 6 18 22-juin-12 04-sept-12

9 Marais de la Noye Viney 5 15 05-juin-12 02-août-12

10 Réseau de mares d'Emagny 12 36 08-juin-12 21-août-12

11 Grand Roué 3 9 01-juin-12 02-août-12

12 Gravière de Pagney 6 18 04-juin-12 02-août-12

13 Etang Bailly 6 18 14-juin-12 01-août-12

14 Vallée de la Brenne 8 24 31-mai-12 01-août-12

15 Etang au Curé 6 18 05-juin-12 20-août-12

16 Lac de Malpas 7 21 14-juin-12 03-août-12

17 Prés Vieux, la Seigne 11 33 15-juin-12 17-août-12

Tableau35 : Nombre et dates de passages sur chaque site

Analyse en lien avec les typologies de zones humides et d’habitats odonatologiques

Sur les 15 sites retenus en Franche-Comté, un tiers sont des marais de plaine et plateau d’après la typologie SDAGE. Cet habitat est le mieux représenté dans l’échantillon de sites franc-comtois. Les sites prospectés regroupent 5 types d’habitats SDAGE différents. L’échantillon aurait pu être complété avec des sites correspondant au type SDAGE 7 : zones humides de bas-fond en tête de bassin versant. Le site du Lac de Lamoura, par exemple, regroupe de nombreux habitats correspondant au type SDAGE 7. Le choix des sites a été fait à partir de secteurs figés (sans le site de Lamoura par exemple), il n’était donc pas possible d’intégrer de sites où l’habitat type SDAGE 7 était suffisamment représenté.

Aucun des sites prospectés ne contient le type d’habitat SDAGE 13 (zones humides artificielles) d’après la couche SIG zones humides fournies par la DREAL FC.

L’échantillon de sites aurait pu donc être davantage diversifié en intégrant des sites correspondant aux types SDAGE évoqués précédemment (Figure 17).

Figure 17 : Typologie des sites échantillonnés en Franche-Comté


L’analyse précédente a été faite à l’échelle des sites. L’habitat odonatologique a été identifié sur chacun destransects réalisés dans le cadre du test du protocole Odonates. Voyons donc maintenant la proportion des différents habitats odonatologiques RhoMéO au sein de l’échantillon régional. De nombreux transects regroupent plusieurs types d’habitats différents, multipliant ainsi les différents cas de figure. C’est pourquoi des regroupements par grands types d’habitats ont été effectués pour obtenir davantage de lisibilité.

Figure 18 : Habitats échantillonnés en Franche-Comté

Une analyse rapide des résultats permet de constater que près du quart des relevés ont été réalisés sur des mares et un peu moins du tiers sur des milieux tourbeux. Les fossés de drainage sont aussi bien représentés que l’ensemble des autres milieux lotiques (rivières à eaux calmes, à eaux vives et ruisselets). Ce constat s’explique en partie par le fait que les opérateurs ne disposaient pas suffisamment de temps pour prospecter convenablement les milieux lotiques de taille importante.

1.6.3 Résultats

a) Résultats bruts

Cf CD en annexe.

b) Calcul des indicateurs

La liste des indicateurs est issue de la liste produite par Cyril Deliry et correspond au domaine continental. Nous ne sommes actuellement pas en mesure d’ajuster les différents degrés de sténoécie au cas de la Franche-Comté. En effet, les connaissances ne sont pas suffisantes pour la majorité des espèces pour juger de leur affinité avec les habitats odonatologiques définis dans le protocole RhoMéO. En résumé, il serait souhaitable d’ajuster la liste produite par Cyril Deliry au contexte franc-comtois de manière à affiner les listes d’espèces attendues par habitat odonatologique.

L’indicateur « pourcentage d’espèces sténoèces » a tout de même été calculé sur quelques transects, il correspond au pourcentage d’espèces observées par rapport aux espèces attendues. La liste d’espèces attendues est obtenue à partir du tableau constitué par C. Deliry en sélectionnant les espèces des catégories 1 « habitats principaux » et 2 « affinité forte ».


Pour l’Etang Bailly, un seul habitat a été échantillonné : « Etangs «naturels» fermés (annexes comprises) - Absence de queues tourbeuses et ceinture d’hélophyte haute ». L’ensemble des observations ont donc été regroupées pour constituer la liste d’espèces observées.

Espèces attendues Espèces observées

Aeshna cyanea Aeshna cyanea

Anax imperator Anax imperator

Chalcolestes viridis

Ceriagrion tenellum

Coenagrion puella Coenagrion puella

Coenagrion pulchellum

Cordulia aenea

Enallagma cyathigerum

Erythromma najas Erythromma najas

Gomphus pulchellus

Ischnura elegans Ischnura elegans

Leucorrhinia caudalis

Leucorrhinia pectoralis

Libellula depressa

Libellula quadrimaculata Libellula quadrimaculata

Platycnemis pennipes

Pyrrhosoma nymphula

Sympecma fusca

Sympetrum sanguineum Sympetrum sanguineum

Sympetrum striolatum

Tableau 36 : Comparaison des résultats entre ceux attendus et ceux obtenus

Sur ce site, 43,75% des espèces attendues ont été observées. Notons dans les espèces attendues, la leucorrhine à large queue considérée en danger critique d’extinction dans notre région. Les chances de contacter cette espèce sont donc très faibles. L’habitat « Mares ouvertes - Mares avec présence de végétation aquatique » a été échantillonné sur 7 sites différents, le nombre de réplicas allant de 1 à 3 (cf Tableau 37).

N° site Site Nombre de réplicats

% espèces attendues / espèces observées

6 Mare au village 3 43

7 Ilay, Grand et Petit Maclu 2 57

10 Réseau de mares d'Emagny 3 50

11 Grand Roué 1 29

15 Etang au Curé 1 43

16 Lac de Malpas 1 21

17 Prés Vieux, la Seigne 2 29

Tableau 37 : Calcul de l’indicateur

Les pourcentages d’espèces « sténoèces » obtenus sont relativement faibles. Ces résultats sont en partie dus au faible nombre de réplicas sur les sites n° 11, 16 ou 17 (cf Tableau 37)


Espèces observées sur la totalité des transects « Mares avec présence de végétation aquatique »

Espèces attendues

Aeshna cyanea (Müller, 1764)

Anax imperator Leach, 1815 Anax imperator

Calopteryx splendens (Harris, 1782)

Ceriagrion tenellum (de Villers, 1789)

Coenagrion hastulatum (Charpentier, 1825)

Coenagrion puella (Linnaeus, 1758) Coenagrion puella

Coenagrion pulchellum (Vander Linden, 1825) Coenagrion pulchellum

Coenagrion scitulum

Cordulia aenea (Linnaeus, 1758)


Erythromma viridulum (Charpentier, 1840)

Ischnura elegans (Vander Linden, 1820) Ischnura elegans

Ischnura pumilio (Charpentier, 1825)

Lestes sponsa (Hansemann, 1823)

Lestes viridis (Vander Linden, 1825)

Leucorrhinia dubia (Vander Linden, 1825)

Libellula depressa Linnaeus, 1758 Libellula depressa

Libellula quadrimaculata Linnaeus, 1758 Libellula quadrimaculata

Orthetrum brunneum (Fonscolombe, 1837)

Orthetrum coerulescens (Fabricius, 1798)

Platycnemis pennipes (Pallas, 1771) Platycnemis pennipes

Pyrrhosoma nymphula (Sulzer, 1776) Pyrrhosoma nymphula

Somatochlora flavomaculata (Vander Linden, 1825)

Somatochlora metallica (Vander Linden, 1825)

Sympecma fusca

Sympetrum danae (Sulzer, 1776)

Sympetrum sanguineum (Müller, 1764) Sympetrum sanguineum

Sympetrum striolatum (Charpentier, 1840) Sympetrum striolatum

Sympetrum vulgatum (Linnaeus, 1758) Sympetrum vulgatum

Tableau 38 : Espèces contactées

A noter que trois espèces attendues n’ont jamais été contactées, Coenagrion scitulum, Enallagma cyathigerum et Sympecma fusca. Cette dernière espèce, bien que commune, passe souvent inaperçue. L’agrion mignon (Coenagrion scitulum) est actuellement en danger critique d’extinction en Franche-Comté, l’absence de donnée pour cette espèce est donc logique. L’agrion porte-coupe est commun en Franche-Comté mais toutefois limité par l’altitude. De plus, il est plutôt lié aux étangs en plaine. Le pourcentage d’espèces sténoèces a également été calculé sur l’habitat « Tourbière acide de plaine » échantillonné dans deux sites RhoMéO (cf tableau 39).

Quatre espèces attendues sur ce type d’habitat n’ont pas été observées. Ceci s’explique en partie par le fait que Leucorrhinia rubicunda n’a jamais été observée en Franche-Comté. Quant à Nehalennia speciosa, elle n’est connue que sur une station située en altitude.

Le pourcentage d’espèces sténoèces obtenu à la Grande Pile est plus élevé qu’à la Tourbière de Sennepey. Toutefois les résultats obtenus ne permettent pas de conclure que l’état de conservation des habitats odonatologiques est meilleur sur la Grande Pile. Le nombre de réplicats, notamment, est différent sur les deux sites.


N°site Site Nombre de

réplicats % espèces attendues /

espèces observées

1 Grande Pile 6 56

8 Tourbière du Sennepey 2 33

Tableau 39 : Calcul de l’indicateur sur l’habitat « tourbière acide de plaine »

Espèces attendues Espèces observés

Aeshna cyanea x

Ceriagrion tenellum x

Cordulia aenea x


Ischnura pumilio

Lestes dryas x

Leucorrhinia rubicunda

Libellula quadrimaculata x

Nehalennia speciosa

Tableau 40 : Espèces observées par rapport aux espèces attendues


a) Robustesse / représentativité de l’échantillonnage

Comparaison des listes d’espèces connues et obtenues par site

N° Site Richesse

spécifique Espèces connues

Espèces

RhoMéO

Espèces nouvelles

RhoMéO

Espèces connues

non contactées

% du cortège connu

odonatologique détecté avec

RhoMéO

1 Grande Pile 39 39 21 0 18 53,85

3 RN du Lac de Remoray

48 47 24 1 22 49

4 Vallée du Drugeon 54 54 18 0 36

33 sur tout le site

60 sur zones prospectées

6 Mare aux demoiselles 13 9 9 4 4 55,56

7 Ilay, Grand et Petit Maclu

37 35 25 2 12 65,71

8 Tourbière de Sennepey

23 20 19 3 4 80

9 Marais de la Noye Viney

11 0 11 11 0

10 Réseau de mares d'Emagny

21 16 15 5 6 62,5

11 Grand Roué 9 2 7 6 1

12 Gravière de Pagney 27 20 19 7 8 60

13 Etang Bailly 16 7 15 9 1 86

14 Vallée de la Brenne 20 8 20 13 1 87,5

15 Etang au Curé 22 16 17 6 5 68,75

16 Lac de Malpas 17 10 15 7 2 60

17 Prés Vieux, la Seigne 23 18 13 5 10 44,44

Tableau 41 : Comparaison des listes d’espèces connues et attendues par site


La représentativité de l’échantillonnage du protocole Odonates a été évaluée en calculant le pourcentage du cortège odonatologique connu détecté grâce au protocole RhoMéO. Ce calcul n’a été fait que sur les sites pour lesquels le peuplement était préalablement au moins pour partie connu. Les pourcentages calculés varient de 44,44 à 87,5 %. Cet écart est dû en partie à une forte hétérogénéité au niveau de la connaissance des sites avant les passages RhoMéO. En effet, certains des sites font l’objet de suivis réguliers car ils sont gérés par le CEN FC ou encore la RNN de Remoray. Ces derniers font l’objet de prospections odonatologiques régulières, la connaissance du cortège odonatologique y est donc élevée. Ceci explique donc la faible représentativité de l’échantillonnage sur cette zone (environ 44%). Bien que le niveau de connaissance soit élevé, le protocole a permis de découvrir une nouvelle espèce pour la réserve naturelle de Remoray, l’agrion de Mercure. De nouvelles espèces ont d’ailleurs été identifiées sur la quasi-totalité des sites, à l’exception de la Grande Pile. La représentativité moyenne sur l’ensemble des sites est d’environ 60 %.


Un questionnaire a été envoyé aux personnes chargées de tester le protocole Odonates pour recueillir leurs commentaires qui sont reportés ci-dessous.

Description des protocoles :

Globalement, la description du protocole était claire pour l’ensemble des opérateurs. Néanmoins, certains ont été gênés par le manque de précision pour la description de l’habitat. Les explications concernant le choix entre transect et point étaient jugées insuffisantes, de même que celles pour le traitement des exuvies. L’absence de la Franche-Comté aux réunions de calage de groupes préalables a été ressentie.

Phase de préparation de terrain :

Les sites n’étaient pas toujours connus des opérateurs chargés de réaliser le test du protocole Odonates. La phase de préparation de terrain a donc été plus chronophage pour les personnes n’ayant aucune connaissance des sites attribués (un tiers des sites dans ce cas de figure).

Mais globalement, les opérateurs ont rencontré peu de difficultés pendant la phase de préparation de terrain. Néanmoins, la sélection des 6 relevés minimum a posé problème sur certains sites. Cette phase reste tout de même relativement souple en pré-pointant les zones à prospecter et en les adaptant ensuite sur le terrain si nécessaire. L’exploitation des plans de gestion a permis de pallier le fait que certains opérateurs ne connaissaient pas les sites attribués.

Phase de terrain :

Les conditions météorologiques de ces deux dernières années ont particulièrement gêné les prospections. Ainsi, les opérateurs ont été contraints de décaler la période de passage ou de réaliser le relevé dans des conditions peu favorables (opérateurs ayant un planning de terrain chargé).

Pour la vallée du Drugeon, la taille du site a contraint l’opérateur à regrouper les relevés en raison du manque de temps pour couvrir la totalité de la surface. En effet, le nombre de relevés a été privilégié par rapport à leur répartition. La petite taille de certains sites (Mare aux Demoiselles) ou la pauvreté en matière d’habitats odonatologiques (le Grand Roué) n’ont pas permis de réaliser les 6 relevés requis. Un des opérateurs a également rencontré des difficultés au niveau de la représentativité des habitats, les zones de mares et de ruisseaux étaient notamment réduites. Sur le site des lacs d’Ilay, du Grand et du Petit Maclu, les zones prospectées ont donc été relativement concentrées sur quelques secteurs et proches les unes des autres. Certains transects ont été a posteriori jugés peu pertinents par l’opérateur en raison du manque d’eau permanente.

Il était ainsi souvent compliqué d’atteindre le nombre de réplicas requis par habitats odonatologiques. Dans le cas où on respecte le protocole et le nombre de réplicas demandés (3), on risque de surévaluer des habitats peu représentés à l’échelle du site et de réaliser des transects peu pertinents.


En outre, par souci d’opérationnalité, certains opérateurs ont choisi de regrouper les passages Rhopalocères et Odonates, engendrant de fait un décalage par rapport à la période prédéfinie. La description des habitats odonatologiques a également posé problème. L’estimation des pourcentages dans la fiche « paramètres du milieu » n’était pas toujours facile. De plus, elle trop dépendante de l’observateur. Enfin, le temps de capture pour vérifier certaines espèces peut faire considérablement varier le temps consacré à un relevé (même si ce temps est décompté de la durée totale). Temps imparti :

Globalement, il était suffisant pour l’ensemble des sites. Par contre, le temps était insuffisant sur le site de la Vallée du Drugeon. En effet, un site de plus de 4000 ha aurait nécessité plus de 3 jours de terrain pour le test du protocole Odonates.

Nombre de passages :

Les trois passages permettent d’avoir une bonne idée du peuplement odonatologique présent sur les sites. Néanmoins, le dernier passage plus tardif (fin août, début septembre) permettrait de contacter davantage d’espèces. Bilan :

Globalement, le protocole Odonates donne un bon aperçu du peuplement grâce aux trois passages réalisés. Néanmoins, il aurait sans doute fallu réaliser le troisième passage plus tardivement (fin août ?) pour contacter davantage d’espèces. De plus, ce protocole est opérationnel dans l’ensemble et a donc été facilement mis en place par les opérateurs. Certains ont souligné l’avantage apporté par la distinction entre point et transect en fonction de l’habitat prospecté. D’autres au contraire regrettent le manque de clarté des explications permettant de choisir l’une ou l’autre des méthodes d’échantillonnage.

L’application du protocole n’était pas évidente sur certains sites en raison d’un manque d’habitats odonatologiques (Grand Roué) et de la taille du site (Mare aux demoiselles trop petite, vallée du Drugeon trop grand).

Tester ce protocole sur des sites peu ou pas connus ne permet pas d’évaluer convenablement son efficacité pour contacter les espèces présentes.

c) Interprétabilité (Pont P., 2013)

L'indicateur (% espèces sténoèces au rendez-vous) permet à lui seul d'estimer l'évolution entre deux périodes. Par contre la caractérisation de l'état d'une zone humide nécessite des seuils qui restent à préciser à partir des données disponibles dans la base entrepôt. Lors des évaluations à N + 5 ou N + 10, la liste des habitats odonatologiques de l'année N et donc la liste de référence initiale est reprise. La méthode de construction de la liste de référence peut poser question dans le cas de zones humides très altérées où certains habitats odonatologiques normalement présents ont été détruits. Dans de tels cas, l'état d'altération de la zone humide peut être sous-évalué. Ce cas semble néanmoins peu fréquent au vu des zones humides tests. Au-delà de l'indicateur brut, l'analyse de la liste des espèces sténoèces manquantes et du degré d'intégrité par habitat odonatologique permet de formuler des hypothèses sur les processus altérés. Des indicateurs complémentaires basés sur des guildes d'espèces (anisoptères des cours d'eau et dynamique alluviale, espèces liées à une mise en eau temporaire, espèces liées à des exsurgences) peuvent être proposés.


1.7 Rhopalocères


Le protocole retenu pour l’inventaire des Rhopalocères en Franche-Comté est celui défini en Rhône-Alpes par Philippe Freydier et un groupe d’experts. Il est basé sur un échantillonnage des différents grands types de zones humides ouvertes. Trois passages sont effectués au cours d’une année, ils sont répartis de manière à contacter les espèces caractéristiques des zones humides. La phénologie de ces espèces a donc été prise en compte.

Ce protocole a été choisi car il a servi de référence à l’ensemble des régions tests au sein du bassin. En cas de modification du protocole initial, l’analyse des résultats à l’échelle du bassin n’aurait pas été possible car les données n’auraient pas été comparables.

Description du protocole (Freydier P., 2011)

Les objectifs du protocole sont les suivants :

- approcher au mieux possible le cortège des Rhopalocères présents ;

- évaluer l'état de conservation de ces populations ;

- employer une méthode simple à mettre en place, facilement reproductible, si possible accessible à des non-spécialistes.

Domaine d’application du protocole :

Trois grandes catégories d'habitats de zones humides selon la nature de leurs cortèges en Rhopalocères spécifiques et sténoéciques sont distinguées :

- les forêts alluviales et humides ;

- les bas marais et tourbières ;

- les prairies humides de basse altitude. Remarque :

En Franche-Comté, seuls les bas-marais et tourbières et les prairies humides de basses altitudes ont été prospectées. Espèces cibles :

Initialement, seuls les taxons spécifiques des trois types de milieux évoqués précédemment devaient être recherchés. Finalement, il a été décidé de relever l’ensemble des espèces contactées pour éviter les erreurs de détermination d’une part et pour acquérir d’éventuelles informations concernant la dégradation des milieux d’autre part. Conception de l’échantillonnage :

Pour des raisons de temps, il a été décidé de ne pas rendre proportionnel le nombre de points de relevés avec la taille des sites. L'unité de base de la surface à échantillonner a été validée à 6 ha. Le nombre de passage est calculé en fonction des pics de vols des espèces potentielles par type de milieux. Un passage en été pour les tourbières de montagne, quatre au maximum pour les complexes alluviaux de plaine, type Chautagne ou Lavours où sont présents les trois types d'habitats. Remarque : En Franche-Comté, trois passages ont été réalisés sur l’ensemble des sites. Le premier passage a été effectué fin mai, le deuxième fin juin et fin juillet pour le dernier. Sur la base de la carte de la "végétation", les carrés élémentaires à échantillonner ont une surface d'environ six hectares (250 m x 250 m). Ces carrés sont matérialisés par la projection d'une grille sur l'ortho photo (grille produite par l'axe A). Chaque carré a un identifiant, formé par le numéro de site RhoMéO et le numéro de carré pour le site. C'est cet identifiant qui est saisi dans la base de données.


Le nombre de carrés à échantillonner par site est indiqué dans le tableau ci-dessous. Toutefois une certaine souplesse est possible, en ce sens que le prélèvement de données correspondant à une fiche peut s'effectuer sur plusieurs carrés contigus. Le calibrage du suivi se fait par le temps consacré à l'échantillonnage et non par la surface. Il doit être compris dans une fourchette allant de 20 à 40 minutes (temps de captures et détermination compris). Plutôt que le tirage aléatoire d'un certain nombre de carrés à prospecter, il a été jugé préférable de répartir de façon homogène les carrés pour obtenir une meilleure représentativité du site, tant du point de vue géographique que de la diversité des habitats. Remarque : La méthode des carrés n’a été utilisée en Franche-Comté que pour le site du Drugeon. En effet, ce site faisant plus de 4000 hectares, la délimitation de carrés à habitat homogène était aisée. Sur les autres sites à taille plus réduite, la tâche était plus complexe. C’est pourquoi, les opérateurs ont réalisés des transects dans des habitats homogènes. Recueil des données :

Le point de relevé est matérialisé par un certain nombre de carrés qui sont prospectés pour partie ou en totalité lors de la fourchette de temps de 20 à 40 minutes. L'utilisation d'un GPS devient quasi obligatoire pour noter les heures et les points de début et de fin du relevé. Le plafond est fixé arbitrairement à une journée de suivi par passage, par site et pour les milieux ouverts. La période effective pour le suivi des Rhopalocères est de 10 h 30 à 16 h 30, soit 5 h effectives ce qui limite à un maximum de 8 points de relevé par jour pour un site.

Surface de milieux ouverts du site RhoMéO

Nombre de points de relevés à

réaliser

Fourchette du nombre de carrés

(250x250) à échantillonner

Fourchette de temps

d’échantillonnage en min

Nombre de carrés (250 x 250m)

théoriquement possible

0 à 5 ha 1 1 20-40 1

6 à 12 ha 2 2 40-80 2

13 à 24 ha 3 3-4 60-120 4

25 à 48 ha 4 4-6 80-160 8

49 à 96 ha 5 5-8 100-200 16

97 à 192 ha 6 6-10 120-240 32

193 à 400 ha 7 7-12 140-280 64

400 ha et plus 8 8-14 160-320 -

Tableau 42 : Adaptation du protocole à la surface du site

Remarque : Seulement 8 points de relevés ont été réalisés sur le site du Drugeon (plus de 4000 ha) car l’opérateur n’avait que 3 jours pour effectuer les 3 passages Rhopalocères. Paramètres relevés :

Les conditions météorologiques, très influentes sur l’activité des Rhopalocères, sont notées au cours de chacun des relevés. L’ensemble des espèces contactées est donc noté, ainsi que leurs effectifs et la présence éventuelle de chenilles, de pontes et de chrysalides. La présence de la plante-hôte est également renseignée le cas échéant. Le grand type d’habitat et les usages constatés sur le site sont également relevés (cf annexe 15fiche de terrain Rhopalocères). Indicateurs retenus :

Présence d'espèces sténoèces de Rhopalocères de zones humides ouvertes.



Le protocole a été testé en Franche-Comté sur 13 sites.

N° site Nom du site Surface Structure chargée de l’inventaire

1 Grande Pile 36 ha CEN FC

3 Lac de Remoray 300 ha RNN Lac de Remoray

4 Site N2000 Drugeon 4000 ha CBNFC ORI

5 Les Entrecôtes 15 ha CEN FC

7 Ilay, Grand et Petit Maclu 46 ha CEN FC

8 Tourbière de Sennepey 7 ha CEN FC

9 Marais de la Noye Viney 12 ha CBNFC ORI

11 Grand Roué 150 ha CBNFC ORI

12 Gravière de Pagney 29 ha CBNFC ORI

14 Vallée de la Brenne 300 ha CBNFC ORI

15 Etang au Curé 2 ha CEN FC

16 Lac de Malpas 45 ha CBNFC ORI

17 Prés Vieux, la Seigne 51 ha CEN FC

Tableau 43: Répartition du protocole par structure et par site

Les figures de localisation des transects sont présentes en annexe 16. Nombre de transects réalisés Pour chaque site, 3 passages ont été réalisés. Les passages les plus précoces ont été effectués le 24 mai sur le site L’Entrecôtes et le site Natura 2000 Drugeon, le plus tardif le 17 août sur le site des Prés Vieux et de la Seigne.

N° site Nom du site Nombre de transects

Nombre de relevés

Premier relevé Dernier relevé

1 Grande Pile 2 6 30-juin-11 11-août-11

3 Réserve naturelle du Lac de Remoray

3 9 25-mai-12 31-juil-11

4 Site N2000 Drugeon 8 24 24-mai-11 29-juil-11

5 L’Entrecôtes 2 6 24-mai-11 11-août-11

7 Ilay, Grand et Petit Maclu 3 9 03-juin-11 04-août-11

8 Tourbière de Sennepey 2 6 30-mai-12 25-juil-12

9 Marais de la Noye Viney 4 12 05-juin-12 02-août-12

11 Grand Roué 4 12 01-juin-12 02-août-12

12 Gravière de Pagney 4 12 01-juin-12 02-août-12

14 Vallée de la Brenne 4 12 31-mai-12 01-août-12

15 Etang au Curé 1 3 05-juin-12 25-juil-12

16 Lac de Malpas 6 18 30-mai-12 03-août-12

17 Prés Vieux, la Seigne 6 18 15-juin-12 17-août-12

Tableau 44: Détails des relevés effectués par site


Analyse en lien avec les typologies de zones humides et de grands types d’habitats de rhopalocères

Sur les 13 sites constituant l’échantillon test du protocole Rhoméo Rhopalocères, près de la moitié sont des marais humides de plaines et plateaux (type 10 d’après la typologie SDAGE). Le reste correspond à des bordures de plans d’eau pour 23 %, des plaines alluviales pour 16% et des régions d’étangs pour les 15% restants. Ces résultats ont été obtenus en considérant les habitats à l’échelle des sites.

46%

23%

16%

15%

Habitats échantillonnés en FC (type SDAGE)

Marais et landes humides de plaines etplateaux (type 10)

Petits plans d'eau et bordures de plans d'eau(type 9)

Plaines alluviales (type 6)

Régions d'étangs (type 8)

Figure 19 : Types d’habitats échantillonnés en Franche-Comté selon la typologie SDAGE

L’habitat de chaque relevé rhopalocérique a été défini par les différents opérateurs selon la typologie proposée dans la fiche de terrain. 23% de relevés concernent des bas-marais à grands carex, sachant que certains de ces transects n’ont pas été réalisés dans des bas-marais homogènes, mais en mosaïque avec d’autres habitats. Les bas-marais à petits carex ne représentent que 6 % de l’ensemble des relevés. La prairie humide est l’habitat le plus fortement échantillonné, ce qui correspond à 38% des transects réalisés. Les fruticées humides n’ont pas été échantillonnées comme habitat à part entière, mais comme habitat en mosaïque avec des prairies humides notamment.

Figure 20 : Habitats échantillonnés en Franche-Comté selon la typologie RhoMéO


1.7.3 Résultats

a) Résultats bruts

Tableaux des relevés et d’espèces et de plantes hôtes par sites disponibles sur le CD annexe.


Liste d’espèces régionale pour le calcul des indicateurs La liste d’espèces pour la région est encore en cours de rédaction. Des discussions entre les différents opérateurs ont permis de faire une proposition de liste d’espèces caractéristiques des zones humides en Franche-Comté.

Taxons Nom vernaculaire Plante-hôte

Apatura ilia Petit mars Populus tremula, Populus nigra

Apatura iris Grand mars Salix caprea, Salix aurita

Araschnia levana Carte géographique Urtica dioica

Aphantopus hyperantus Tristan Brachypodium sp. Festuca rubra

Boloria aquilonaris Nacré de la canneberge Vaccinium oxycoccos

Boloria titania Nacré porphyrin Polygonum bistorta

Brenthis ino Nacré de la sanguisorbe Filipendula ulmaria

Carterocephalus palaemon Echiquier Molinia sp , Brachypodium sp.

Coenonympha hero Mélibée Molinia caerulea

Coenonympha tullia Fadet des tourbières Carex rostrata, Eriophorum sp.

Colias palaeno Solitaire Vaccinium uliginosum,

Erebia oeme Moiré des luzules Molinia caerulea, Poa sp., Carex flacca, Carex ferruginea

Euphydryas aurinia Damier de la succise Succisa pratensis

Limenitis camilla Petit sylvain

Limenitis populi Grand sylvain Populus tremula,

Lycaena dispar Cuivré des marais Rumex sp

Lycaena helle Cuivré de la bistorte Polygonum bistorta

Lycaena hippothoe Cuivré ecarlate Rumex acetosella…

Maculinea alcon alcon Azuré des mouillères Gentiana pneumonanthe

Maculinea nausithous Azuré des paluds Sanguisorba officinalis

Melitaea diamina Mélithé noiratre Valeriana dioica

Tableau 45 : Liste de référence des espèces en zones humides de Franche-Comté

Les espèces ajoutées par rapport à la liste de Rhône-Alpes sont en rouge, les espèces pressenties pour être supprimées sont en bleu. Cette liste est amenée à évoluer car elle dépendra des listes fournies par le MNHN prochainement. La Franche-Comté s’est également interrogée sur une éventuelle liste d’espèces compagnes, mais le sujet sera débattu en 2013 (P. Freydier, com. pers.).

Calcul des indicateurs A ce stade, il n’est pas encore possible de calculer l’indicateur (encore en cours de construction).



a) Robustesse / représentativité

Comparaison des listes d’espèces connues et obtenues par site

N° Nom du site Richesse

spécifique

Nombre d’espèces connues

Nombre d’espèces contactées RhoMéO

Nombre d’espèces nouvelles

avec RhoMéO

Nb espèces connues non

contactée avec RhoMéO

Pourcentage du cortège

rhopalocérique détecté avec RhoMéO par rapport au cortège

connu

1 Grande Pile 41 39 15 2 26 33

3 Lac de Remoray 64 64 26 0 38 41

4 Site N2000 Drugeon

58 58 19 0 39 33

5 Les Entrecôtes 25 20 11 5 14 30

7 Ilay, Grand et Petit Maclu

34 24 23 10 11 50

8 Tourbière de Sennepey

34 33 11 1 23 30

9 Marais de la Noye Viney

9 / 9 / / /

11 Grand Roué 23 12 12 11 11 8

12 Gravière de Pagney

25 10 23 15 2 80

14 Vallée de la Brenne

24 24 20 0 4 83

15 Etang au Curé 22 14 14 8 8 43

16 Lac de Malpas 28 9 27 19 1 89

17 Prés Vieux, La Seigne

30 29 23 1 7 76

Tableau 46 : comparaison des listes d’espèces connues et obtenues par site

La représentativité de l’échantillonnage Rhopalocères a été évaluée en calculant le pourcentage du cortège rhopalocérique connu détecté grâce au protocole RhoMéO. Ce calcul n’a été fait que sur les sites pour lesquels le peuplement était au moins en partie préalablement connu (tous sauf le Marais de la Noye Viney). Les pourcentages calculés varient de 8 à 89 %. Cet écart est dû en partie à une forte hétérogénéité de la connaissance des sites avant les passages RhoMéO. En effet, certains des sites font l’objet de suivis réguliers car ils sont gérés par le CEN FC ou encore la RNN de Remoray. Ces derniers font l’objet de prospections régulières, la connaissance du cortège rhopalocérique y est donc élevée. Ceci explique donc la faible représentativité de l’échantillonnage sur cette zone (environ 40,62%). La meilleure représentativité est obtenue sur le Lac de Malpas, elle s’explique en partie par le fait que seulement 9 espèces étaient connues sur ce site. Sur le site de la vallée de la Brenne 20 espèces des 24 connues ont été contactées. Les 4 relevés ont été réalisés dans des prairies humides, ces quatre réplicats ont ainsi contribué à obtenir une bonne représentativité sur la vallée de la Brenne. Bonne représentativité obtenue également pour le site de Pagney, qui s’explique par la taille réduite du site et des habitats favorables aux Rhopalocères. Les transects réalisés sur ce site couvrent la quasi-totalité des surfaces favorables aux papillons, permettant ainsi de contacter 80% des espèces déjà observées sur la Gravière de Pagney.


La représentativité est très faible sur le site du Grand Roué. Ce site n’était pas très bien connu et offre peu d’habitats humides en bon état de conservation. Ce site constitué de prairies dégradées et de cultures est donc peu favorable aux Rhopalocères et offre donc un cortège réduit et non caractéristique des zones humides. Le protocole Rhopalocères a permis de recenser de nombreuses espèces nouvelles. Les trois passages imposés et le fait de prospecter des milieux non prospectés d’habitude permettent de contacter davantage d’espèces. Par exemple, deux espèces à enjeux, le damier de la succise et la bacchante ont été découvertes sur le site Ilay, Grand et Petit Maclu grâce à ce protocole. Globalement la représentativité est très hétérogène sur l’ensemble des sites. A noter que les conditions climatiques des deux années de tests ont grandement gêné les prospections, impactant logiquement la représentativité obtenue grâce au protocole RhoMéO. En outre, la liste d’espèces connues sur un site ne concerne pas forcément le périmètre défini pour le test du protocole RhoMéO. Le nombre d’espèces connues est donc peut-être parfois surévalué par rapport à la potentialité du périmètre défini pour RhoMéO, d’où une faible représentativité pour les sites dans ce cas.


Un questionnaire a été envoyé aux personnes chargées de tester le protocole Rhopalocères pour recueillir leurs commentaires qui sont reportés ci-dessous. Description des protocoles :

Globalement, la description des protocoles était claire pour l’ensemble des opérateurs. Néanmoins, certains ont trouvés la fiche peu fonctionnelle. La typologie des habitats manquait de clarté ce qui a gêné les opérateurs pour définir le type d’habitat traversé au cours des différents transects. Préparation de la phase de terrain :

Certains opérateurs ne connaissaient pas les sites qu’ils devaient prospecter et ne disposaient d’aucune cartographie d’habitat. Dans ce cas, la phase de préparation a été plus compliquée et le choix des transects s’est parfois fait directement sur le terrain. Un des opérateurs ne connaissant pas un des sites s’est appuyé sur le plan de gestion. Le protocole initial requiert la définition de carrés à prospecter de 250 m de côté. Ce travail a été fait en amont seulement pour le site du Drugeon en raison de sa taille importante (plus de 4000 ha). En effet, ce grand site comprend des grands ensembles d’habitats homogènes (tourbières, bas-marais, prairies humides…). Nous sommes bien loin de ce constat sur les autres sites. Philippe Freydier a été interrogé concernant l’utilisation de ces carrés ou non pour l’analyse des résultats. Dans l’attente de sa réponse, aucune démarche de calage de carrés à partir des transects cartographiés n’a été entamée. Phase de terrain :

Les conditions météorologiques doivent être particulièrement clémentes pour observer les Rhopalocères (vent faible, température supérieure à 18°C, ciel faiblement nuageux..). Malheureusement, les saisons de terrain des années 2011 et 2012 ont été marquées par de longues périodes aux conditions météorologiques défavorables. Globalement, les résultats obtenus sont insatisfaisants et certainement en deçà des potentialités des sites (notamment pour le site du Drugeon ou la RN de Remoray). Les passages Rhopalocères et Odonates ont été regroupés sur certains sites par soucis de gain de temps (emploi du temps chargé en période de terrain). De ce fait, les passages Rhopalocères ont été décalés par rapport aux périodes prévues initialement (fin mai, fin juin et fin juillet). Certains sites semblaient peu adaptés aux prospections rhopalocériques. Le site de la Grande Pile, par exemple, est très fermé et peu attractif pour les papillons. L’intérêt rhopalocérique de ce site est surtout en marge, en dehors de la zone humide. En effet, le transect témoin réalisé sur le pourtour de la zone humide a permis de contacter 15 espèces alors qu’il n’y avait aucune espèce sur le transect en zone humide. La difficulté d’avoir des transects homogènes a été également évoquée par les opérateurs. En effet, de nombreux transects traversent différents habitats en mosaïque : bas-marais à petits carex, prairie humide et fruticée humide par exemple.


Enfin, la taille des transects est fortement liée à l’abondance de papillons observés. En effet, moins on observe de papillons, plus on progresse vite sur le transect, constat d’autant plus vrai lorsque l’opérateur passe du temps à déterminer certains individus. Temps imparti :

Attention de bien prendre en compte le temps nécessaire à la capture et à la détermination pour définir le nombre de transects réalisables sur une journée. Globalement, le temps était suffisant, à l’exception du site de la vallée du Drugeon pour lesquels les transects ont été regroupés à l’est du site. Ceci a permis de limiter des déplacements chronophages sur un site de cette taille. Du coup, les carrés prospectés ne donnent pas une image globale du site mais d’une partie seulement. Nombre de passages :

Certains opérateurs estiment que les 3 passages étaient suffisants, d’autres non. Cette variable est dépendante du site suivi et des habitats présents. Le nombre de passages devra être en fonction des espèces présentes et de leur phénologie. Par exemple dans le cas d’une tourbière, deux passages calés sur les périodes de vol des espèces caractéristiques (nacré de la canneberge, du solitaire, du fadet des tourbières, cuivré de la bistorte…) sont suffisants. Bilan :

Un des opérateurs trouve le protocole difficile à appréhender. Néanmoins, il trouve l’approche des plantes hôtes intéressantes. Mais attention à prévoir du temps supplémentaires pour la reconnaissance de ces plantes dans le cas où on n’a pas ou peu de connaissances sur le site. Certains regrettent le manque d’opérationnalité du protocole (prospections pas assez ciblées et très peu de contacts avec les papillons au final). Le lien entre les cortèges rencontrés et le fonctionnement de la zone humide n’est pas toujours évident. De plus, le cortège observé est très dépendant des dates de passage. Il y a eu beaucoup d’interrogations sur la nécessité de caler des carrés homogène au cours des discussions. Pourquoi ne pas utiliser la méthode des transects avec une distance prédéfinie ? Ceci s’explique en grande partie par la difficulté de prospecter des zones homogènes suffisamment étendues. La non prise en compte des mosaïques d’habitats ou des habitats en transition (marais de transition) dans le protocole a également été soulignée.

c) Interprétabilité (Freydier, P, 2013) L'interprétation des résultats obtenus grâce au protocole RhoMéO Rhopalocère se fait à l’échelle du site. L’axiome de départ fait correspondre le bon état de conservation des populations de papillons avec le bon état de conservation des zones humides, il est considéré comme acquis et sa démonstration n'est pas du ressort de Rhoméo. L’analyse des résultats se fera en comparant un cortège attendu (travail en cours de réalisation par Pascal Dupont du MNHN) et le cortège observé. Cette comparaison doit renseigner sur l'état de conservation des habitats de zones humides. L’absence et/ou la présence de certaines espèces permettront de mettre en évidence les atteintes et les pressions pesant sur les sites suivis. En effet, l'absence d'espèces communes de zones humides sera considérée comme indicateur de mauvais état. L'absence d'espèces rares de zones humides devra également être interprétée comme indicateur de mauvais état mais au cas par cas. A contrario, la présence d'espèces non attendues, précoces et de milieux xériques sera interprétée comme signe de dégradation. A noter que ceci peut être contesté dans des situations de sites en mosaïque avec des pelouses et à certaines périodes de l’année. La gestion peut également influencer la présence d’espèces liées aux milieux xériques, qui cherchent à se nourrir dans les zones humides non fauchées ou à se désaltérer. La "note" finale sera calculée en cumulant les notes de l’ensemble des relevés effectués sur le site. A ce stade, cette dernière étape n’a pu être effectuée pour les résultats obtenus en Franche-Comté car les outils d’analyses sont encore en cours de réalisation.


1.8 Amphibiens


Motivations pour le choix de ce protocole

La recherche de l’ensemble des espèces d’amphibiens d’un site, tant pour le suivi que pour l’inventaire, s’appuie sur plusieurs méthodes, puisqu’il n’existe pas à l’heure actuelle de méthode unique de dénombrement permettant de couvrir l’ensemble des espèces d’amphibiens. Certaines de ces méthodes visent à rechercher les adultes, soit dans l’eau, soit sur terre, à l’aide de lampes, d’épuisettes ou au chant, d’autres à travailler sur les larves. La plupart de ces techniques sont utilisables et sont généralement utilisées de manière combinée par les herpétologues. Le protocole RhoMéO a été construit en Rhône-Alpes en 2010 par Jean-Luc Grossi en concertation avec un groupe d’experts sur la base de travaux scientifiques. Il s’inspire des protocoles de suivis expérimentés dans divers réseaux (Dejean T et al, 2007, Morère JJ, 2008), avec comme attendus une facilité d’application et une bonne reproductibilité dans le temps.

Description du protocole

Plan d’échantillonnage :

Le plan d’échantillonnage s’appuie sur une typologie simplifiée sur la base de la liste des habitats odonatologiques produite par la Société française d’odonatologie. Pour chaque site test RhoMéO, il s’agit de réaliser un échantillonnage proportionnel à la taille du site et à la variabilité des milieux présents. Alors que les petits sites sont visités dans leur totalité, un échantillonnage des différents milieux est défini pour les grands sites. Chaque point d’échantillonnage fait l’objet de trois épisodes de prospection annuels, répartis dans le temps de manière à couvrir toutes les espèces :

- le premier passage, qui vise à contacter les espèces précoces (Bufo bufo, Rana temporaria, Salamandra salamandra…), consiste en une prospection nocturne à vue de la berge, sans troubleau ;

- le deuxième passage doit permettre de contacter les espèces intermédiaires (tritons, Bufo calamita, Hyla arborea…) via une écoute nocturne de dix minutes et le « torching

9 » le long des

berges ;

- le troisième passage, destiné à la détection des larves d’urodèles et espèces plus tardives (complexe des grenouilles vertes), consiste en une prospection diurne à l’aide d’un troubleau.

Eléments à relever :

Tout point d’échantillonnage est décrit avant la mise en œuvre du protocole de manière à relever un certain nombre d’éléments abiotiques et biotiques utiles pour l’interprétation des données récoltées (cf Annexe 18). Pour chaque passage, un relevé systématique des éléments suivants est effectué :

- espèces présentes,

- stades de développement,

- données semi-quantitatives d’abondance par stade de développement,

- éléments du contexte stationnel susceptibles d’influer sur la richesse et la diversité spécifique : températures, profondeur du milieu aquatique, surface en eau…

9 Prospection à vue à l’aide d’une lampe torche.


Tableau synthétique du protocole amphibiens :

Passages Période Espèces Méthodes Précisions sur la

méthode Technique de

comptage

1er

passage

Fin février à fin mars (repérage diurne + passage nocturne)

- Grenouilles agile et rousse - Crapaud commun - Tritons - Salamandre

Prospection à vue. Utilisation de l’épuisette en cas de difficulté d’identification.

Comptage : l’information sur l’abondance doit toujours être collectée.

2ème

passage Mi-avril à mi-mai (nocturne)

- Tritons (pic) - Crapaud calamite - Alyte accoucheur - Rainette verte - Grenouilles « vertes » - Sonneur à ventre jaune

Ecoute des chants des anoures (10mn) Phares de la berge vers le centre pour les anoures et urodèles (lampe torche ou frontale)

Ecoutes de 10 minutes. Si petit site, un point d’écoute sauf si habitat élémentaire grand Si grand site, 500m de distance entre points d’écoute. 50 mètres torching avec pose de 5 minutes à mi-parcours / habitat élémentaire

Comptage par espèce et par sexe

3ème

passage Mi- juin (diurne)

- Grenouilles « vertes » - Têtards et larves d’urodèles - Imagos de sonneur à ventre jaune

Troubleau ou épuisette de pisciculture (10 coups maximum de 5 à 20 minutes en fonction de la surface / habitat élémentaire) ; loupe à main. développement. Noter le linéaire parcouru

Coups d’épuisette : vers l’avant 1 m sous l’eau dans les secteurs favorables aux larves ; 2 m entre chaque coup. Noter effort par temps passé.

Comptage (classes d’abondance) par espèce et stade de

Tableau 47 : Tableau synthétique concernant l’application terrain du protocole, communiqué pour la préparation de la phase terrain en Franche-Comté

Précautions particulières

Afin de limiter les risques de dissémination du pathogène Batrachochytrium dendrobatidis, la mise en œuvre du protocole amphibiens de RhoMéO en Franche-Comté a été accompagnée de l’application du protocole d’hygiène recommandé par les scientifiques

10.

Indicateurs proposés et retenus, méthode de calcul

Au premier trimestre 2013, trois indicateurs ont été présentés dans un premier temps et discutés lors de la réunion thématique faune du 22 Février 2013. Les 3 indicateurs ont ensuite fait l’objet d’une description sous forme de pré-fiches soumises à validation par le groupe analyse de données :

Amphibiens des milieux pionniers

Il s’agit d’un indicateur de pression permettant de réaliser une évaluation de la dynamique du milieu, dont le domaine d’application correspond à certains types de zones humides. Il se base sur une comparaison de la présence / absence de cinq espèces dites pionnières sur l’ensemble du bassin (trois en région Franche-

10

http://lashf.fr/Dossiers/2013/janvier/Protocole_hygiene_terrain.pdf


Comté) et de la distribution de ces espèces sur la base de cartes de synthèse. Cet indice intègre une série de pressions qui s’exercent sur les milieux hébergeant les espèces et révèle également les processus biologiques en cours sur les systèmes alluviaux et/ou pionniers échantillonnés.

La méthode de calcul de la valeur indicatrice construite dans le cadre de RhoMéO intègre plusieurs outils d’analyse (liste d’espèces, cartes de synthèse mailles 5 km x 5 km) qui restent à compléter et à adapter à la mi-avril 2013. De même, un travail sur l’établissement de seuils reste à réaliser.

Pourcentage d’espèces à statuts

Cet indicateur de pression est adapté à l’échelle bassin RMC. Il s’agit d’un indicateur de patrimonialité du site qui vise des espèces menacées ou en mauvais état de conservation et intègre toute une série de pressions qui s’exercent sur les milieux hébergeant les espèces. La méthode de calcul construite dans le cadre de RhoMéO implique l’utilisation d’outils d’analyse (référentiel, liste d’espèces…) qui dépendent d’autres projets. Le calcul correspond au total des contacts d’espèces appartenant aux listes de référence / total des contacts. L’indicateur varie de 0 à 1.

Proportion d’espèces sténoèces du site

La proportion d’espèces sténoèces est un indicateur de processus adapté à l’échelle bassin RMC. Il correspond à une comparaison de la présence des espèces sténoèces (9 au total sur l’ensemble du bassin) par rapport à l’ensemble des espèces échantillonnées sur le site. La méthode de calcul de la valeur indicatrice construite dans le cadre de RhoMéO intègre des outils d’analyse (liste d’espèces sténoèces) qui restent à compléter et à adapter à la mi-avril 2013. De même, un travail sur l’établissement de seuils reste à réaliser. Le principe du calcul est le suivant : % d’espèces sténoèces / espèces totales détectées. Cette valeur est pondérée par le nombre de cortèges et donc d’espèces sténoèces attendues.

Les trois indicateurs amphibiens ont été discutés lors de la réunion du groupe de travail analyse de données du 29 mars 2013 sur la base de leurs pré-fiches et sur une présentation d’un diaporama soulignant les états d’avancement et les principales questions d’analyses

11 :

- Indicateurs d’emblée écartés : étant donné la faible probabilité de détection des espèces rares, à

forte patrimonialité, il existe un risque de sous-estimation de la véritable patrimonialité du site RhoMéO. C’est pour cette raison que le pourcentage d’espèces à statuts n’a pas été retenu en tant qu’indicateur. La grande majorité des espèces à basse valence écologique, dépendantes d’une gamme réduite d’habitats sont aujourd’hui des espèces à statuts. L’indice de sténoécie peut donc être écarté pour les mêmes raisons que pour l’indice du pourcentage d’espèces à statuts.

- Indicateur retenu : Il ressort de cette réunion que l’indicateur le plus pertinent pour le groupe am-phibiens est l’indicateur des espèces des milieux pionniers.

- Etat d’avancement de l’indicateur retenu :

o Une adaptation des listes de référence attendues au travers des atlas régionaux disponibles doit encore être réalisée.

o Le calcul de l’indice ne doit pas être exprimé en pourcentage en raison d’un risque de surestimation inhérent au faible nombre d’espèces d’amphibiens concernées. Le nombre brut pourrait suffire.

o Pour évaluer le fonctionnement de l’indicateur, les données doivent encore être traitées.

11

http://rhomeo.espacesnaturels.fr/synthesedebassin/groupeadd

http://rhomeo.espacesnaturels.fr/synthesedebassin/groupeadd


- Compléments au calcul de l’indicateur retenu :

o Selon le groupe de travail analyse de données, l’approche espèce ne suffirait pas à elle-seule à montrer l’évolution du site. La prise en compte d’un facteur supplémentaire doit être étudiée : l’apparition ou la disparition d’un habitat entre deux passages doit être prise en compte.

o Une réflexion doit encore être menée autour de la prise en compte de l’évolution de l’aire de répartition de certaines espèces avec le changement climatique dans l’indicateur.


Sites retenus en Franche-Comté

Nom du site Opérateur Surface (ha) Nombre de points d’échantillonnage

Nombre de relevés

Grande Pile CEN FC 35,7 5 15

Lac de Remoray RNN Remoray 300 14 42

Vallée du Drugeon LPO FC 4226,6 14 41

L’entrecôtes CEN FC 15,2 4 12

Mare aux demoiselles CEN FC 0,43 1 3

Ilay, Grand et Petit Maclu CEN FC 46,4 8 24

Tourbière de Sennepey CEN FC 6,7 5 15

Marais de la Noye Viney LPO FC 12,6 4 12

Réseau de mares d’Emagny CEN FC / 5 15

Le Grand Roué LPO FC 145,3 9 27

Gravière de Pagney LPO FC 29,4 3 9

Vallée de la Brenne LPO FC 155 6 18

Etang au Curé CEN FC 3,8 5 15

Lac de Malpas LPO FC 44,7 6 18

Le Pré Vieux et la Seigne CEN FC 48,3 2 6

Total 3 structures opératrices

5070,12 ha 91 points 272 relevés

Tableau 48 : Caractéristiques des relevés par site

Le protocole amphibiens-RhoMéO a été testé par 3 structures opératrices sur 15 des 17 sites retenus en Franche-Comté. Le nombre de passages étant fixé à 3 par site, ce sont donc 45 visites de terrain et 272 relevés qui ont été effectués.

Figures de localisation des transects et points de suivis

Se référer aux cartes en annexe 17.

Analyse en lien avec typologie ZH RhoMéO et typologie habitats amphibiens

L’application du protocole amphibiens de RhoMéO a été réalisée en majorité sur des marais et landes humides de plaines et plateaux (fig 21). Le second type de zone humide le plus prospecté dans ce cadre correspond aux petits plans d’eau et bordures de plan d’eau. Au sein de ces zones humides, 16 types d’habitats amphibiens ont été échantillonnés (fig 22). Les mares figurent parmi les habitats les plus prospectés puisqu’elles représentent 26% des habitats visités, les mares prairiales étant un des habitats les plus souvent échantillonnés sur les sites choisis. Les ruisselets/ruisseaux arrivent à égalité avec un échantillonnage à 15%. Par regroupement des deux types d’habitats « étangs en milieu fermé » et « étangs en milieu ouvert », les étangs s’élèvent à la troisième place des habitats les plus échantillonnés (14%). Les tourbières représentent quant à elle 10% des habitats amphibiens échantillonnés.


Figure 21 : Proportion des habitats humides (typologie SDAGE) prospectés dans le cadre de l’application du protocole amphibiens de RhoMéO

Figure 22 : Proportion des habitats amphibiens (typologie RhoMéO) prospectés dans le cadre de l’application du protocole amphibiens de RhoMéO


1.8.3 Résultats

a) Résultats bruts

Se référer aux données brutes présentes en annexe sur le CD.


Calcul de l’indicateur des espèces des milieux pionniers (cf annexe 19):

En Franche-Comté, 3 espèces composent ce cortège : l’alyte accoucheur, le crapaud calamite et le sonneur à ventre jaune. La méthode de calcul de cet indicateur n’étant pas encore complètement établie à la date de rédaction de la synthèse de la phase test de RhoMéO en Franche-Comté, le calcul de l’indicateur des espèces des milieux pionniers n’est pas réalisable.

Calcul du pourcentage d’espèces à statuts :

Le calcul du pourcentage d’espèces à statuts détectées sur les sites RhoMéO franc-comtois permet d’illustrer le risque de sous-estimation de la véritable patrimonialité du site.

Tableau 49 : Calcul du pourcentage d’espèces à statuts détectées sur les sites RhoMéO de Franche-Comté

Site Existence d’une étude spécifique

Nombre d’espèces

initialement connues

Nombre d’espèces contactées

RhoMéO

Nombre d’espèces totales sur

le site

Nombre d’espèces à

statut régional


Nombre d’espèces à

statut régional

détectées RhoMéO

Pourcentage d’espèces à

statut régional

Grande Pile

Non mais observations amphibiens notées depuis 2012

3 2 3 0 0 0%

Réserve naturelle du Lac de Remoray

Non 5 4 5 0 0 0%

Vallée du Drugeon Non 8 5 8 2 0 0%

L’Entrecôtes Non 5 7 7 0 2 28,57%

Mare aux demoiselles

Oui 1 5 5 0 1 20%


Non, un seul inventaire amphibiens

8 4 8 2 0 0%

Tourbière du Sennepey

Non 2 4 4 0 0 0%


Non 0 1 1 0 0 0%

Réseau de mares d'Emagny

Oui 8 5 9 3 0 0%

Grand Roué Non 1 3 3 0 0 0%

Gravière de Pagney Non 3 2 3 1 0 0%

Vallée de la Brenne Non 0 4 4 0 1 25%

Etang au Curé Oui 4 4 5 0 0 0%

Lac de Malpas Non 1 4 4 0 0 0%

Le Pré Vieux et la Seigne


2 5 5 0 0 0%


c) Comparaison des sites : pression d’échantillonnage

Tableau 50 : Analyse de la pression d’échantillonnage

Site Dpt Surface (ha) Nombre

de milieux

Nombre de

relevés

Effort d’échantillonnage (relevés par milieux)

Densité (relevés par

ha)

Grande Pile 70 35,7 2 15 7,5 0,42

Réserve naturelle du Lac de Remoray 25 299,9 10 42 4,2 0,14

Vallée du Drugeon 25 4226,6 8 41 5,13 0,01

L’Entrecôtes 39 15,21 3 12 4 0,79

Mare aux demoiselles 39 0,43 1 3 3 6,98

Ilay, Grand et Petit Maclu 39 46,4 7 24 3,43 0,52

Tourbière du Sennepey 70 6,74 2 15 7,5 2,23

Marais de la Noye Viney 70 12,6 2 12 6 0,95

Réseau de mares d'Emagny 25 / 2 15 7,5 /

Grand Roué 25 145,3 3 27 9 0,19

Gravière de Pagney 39 29,4 2 9 4,5 0,31

Vallée de la Brenne 39 155,1 3 18 6 0,12

Etang au Curé 39 3,8 4 15 3,75 3,95

Lac de Malpas 25 44,7 4 18 4,5 0,4

Le Pré Vieux et la Seigne 39 48,3 1 6 6 0,12



a) Taux de détectabilité

Tableau 51 : Comparaison par site des listes d’espèces connues et des listes d’espèces obtenues

Il s’agit d’une comparaison entre le peuplement mesuré par l’application du protocole sur les sites RhoMéO et le peuplement des sites connus avant ce programme. Sur 3 régions tests cela correspond à un taux de détectabilité de 78,6% (82.7%)

REGION Nombre de sites Taux de

détectabilité Taux (avec espèces

nouvelles)

FRANCHE-COMTE 15 81% (50 à 100%) 84%

RHONE-ALPES 11 81% (60 à 100%) 86%

BOURGOGNE 5 74% (33 à 100%) 78%

Tableau 52 : Calcul du taux de détectabilité des espèces et comparaison avec les autres régions du bassin

Site Existence d’une étude spécifique

Nombre d’espèces


Nombre d’espèces


contactées en 2012

Nombre d’espèces contactées

RhoMéO

Nombre d’espèces

totales sur le site

Pourcentage d’espèces connues

détectées par RhoMéO

Pourcentage d’espèces

détectées par RhoMéO

(incluant les espèces

nouvelles)

Grande Pile

Non mais observations amphibiens notées depuis 2012

3 2 2 3

66,67 66,67

Réserve naturelle du Lac de Remoray

Non 5 4 4 5 80 80

Vallée du Drugeon Non 8 5 5 8 62,5 62,5

L’Entrecôtes Non 5 5 7 7 100 100

Mare d'Esserval-Tartre

Oui 1 1 5 5 100 100



8 4 4 8 50 50

Tourbière de Sennepey

Non 2 2 4 4 100 100


Non 0 0 1 1 / 100

Réseau de mares d'Emagny

Oui 8 4 5 9 50 55,56

Grand Roué Non 1 1 3 3 100 100

Gravière de Pagney Non 3 2 2 3 66,67 66,67

Vallée de la Brenne Non 0 0 4 4 / 100

Etang au Curé Oui 4 3 4 5 75 80

Lac de Malpas Non 1 1 4 4 100 100

Tourbière de Censeau et Esserval-Tartre


2 2 5 5 100 100



Opérationnalité du protocole (phase terrain et saisie) :

Afin de pouvoir évaluer l’opérationnalité du protocole RhoMéO, une enquête présentée sous forme d’un questionnaire papier a été menée auprès des 5 techniciens en charge de l’application du protocole amphibiens en Franche-Comté. Le questionnaire (cf annexe 20) a permis de recueillir les avis, commentaires et réflexions sur le protocole, la préparation de la phase terrain, la phase terrain et la saisie des données.

Synthèse des réponses par item :

Items Questions Synthèse des réponses

Préparation de la phase terrain

Connaissance du site ?

Sur les 15 sites prospectés dans le cadre du protocole amphibiens de RhoMéO seuls 6 étaient déjà connus. Quatre techniciens sur les 5 connaissaient déjà au moins un des sites qu’ils devaient prospecter.

Clarté et détail des informations fournies par le protocole pour réaliser la phase terrain?

Les informations fournies ne semblent pas claires pour réaliser la mission de terrain pour la majorité des personnes. Une partie des personnes aurait eu besoin d’une aide (synthèse du protocole ou guide d’utilisation de la fiche).

La majorité trouve le protocole suffisamment détaillé.

Difficultés et retours sur le temps imparti pour la préparation de la phase terrain.

Globalement il apparaît que la préparation de la phase terrain est facilitée lorsque les sites sont déjà connus de l’opérateur et de petite taille.

La majorité trouve que le temps imparti pour la préparation des documents de terrain est suffisant.

Mission sur le terrain

Difficultés de la phase terrain

Difficultés de la réalisation de la phase terrain liées : aux aléas météorologiques, au temps imparti insuffisant sur les sites de grande taille, à la possibilité d'accéder aux zones (sites dangereux en période nocturne ou sensibles).

La majorité a éprouvé des difficultés dans la description du point d’eau (origine et fuite du point d’eau, couleur de l’eau, pente…).

Nombre et dates de passages

Nombre de passages jugé suffisant à l’unanimité.

Dates de passages adaptées en Franche-Comté, à moduler en altitude.

Matériel Liste de matériel jugée suffisante. Proposition d’ajout du thermomètre et de précisions quant à l’utilisation du type de matériel selon les situations.

Déclenchement fin d’échantillonnage

Les critères de déclenchement de fin d’échantillonnage ont globalement été respectés excepté le temps d’écoute adapté aux contraintes terrain (météo, mesure du temps).

Commentaires sur le protocole

Bon compromis en alliant 3 méthodes, peu de matériel mais liste d'éléments à relever à simplifier (stades larvaires, descrip-tion point d'eau, heures d’observation et températures…). Si forte pluie la veille, le torching semble peu pertinent.

Saisie de données

Temps de saisie Le temps de saisie doit être réévalué : accorder une attention à la saisie SIG des points de relevé ainsi qu’à l’installation du logiciel et à la diffusion du tutoriel aux agents.

Difficultés de saisie

Nécessité d’une explication de l’utilisation du logiciel préalable à l’utilisation ; la plupart des techniciens remontent le besoin d’alléger la saisie de certains éléments relevés. Revoir ergonomie du logiciel (saisie répétée) ?

Tableau 53 (1/2) : Analyse des réponses obtenues via le questionnaire


Items Questions Synthèse des réponses

Réflexion générale

Avis sur l’intégration du groupe amphibiens dans la liste des indicateurs

Les avis sont partagés :

- Utile, Incontournable/indispensable

- Difficile à dire ou dubitatif

- Bon indicateur adapté à une échelle plus large.

Reproductibilité Aisée pour la majorité. Une personne a répondu qu’elle est facile si on prend uniquement en compte les adultes.

Commentaires et pistes d’amélioration

Réécriture du protocole pour plus de clarté et version allégée des critères à relever. Inventaire larvaire fastidieux pouvant entrainer une mortalité, à remplacer.

A retenir : demande de dérogation espèces à effectuer, attention à certains sites dangereux à prospecter seul de nuit, attention aux sites sensibles notamment pour l’avifaune.

Tableau 53 (2/2) : Analyse des réponses obtenues via le questionnaire

En résumé, même si les avis sont partagés quant à la pertinence de l’intégration du groupe amphibiens dans la liste des indicateurs, le protocole amphibiens de RhoMéO est bien perçu à l’unanimité par les techniciens, qui estiment qu’il s’agit d’un bon compromis qui allie trois méthodes, nécessite peu de matériel, est assez facile à mettre en œuvre et nécessite un niveau de compétence peu élevé (excepté pour le stade larvaire). A noter cependant qu’un certain nombre d’éléments peuvent encore être adaptés en vue d’une meilleure opérationnalité :

- pour alléger la phase de préparation du terrain : clarifier la description du protocole ;

- sur le terrain : alléger la fiche de relevé de terrain, le temps d’application du protocole doit être proportionnel à la taille du site, préciser ou adapter les critères de déclenchement de la fin de l’échantillonnage ;

- dans la saisie de données : lors la première année d’utilisation du logiciel, le temps d’installation et de formation sur le logiciel doit être pris en compte. Il faut intégrer le temps de saisie du SIG. L’ergonomie relative à la saisie des données amphibiens mériterait également une adaptation.

Opérationnalité de la méthode d’analyse (analyse de données) :

Comme indiqué dans la description des indicateurs amphibiens retenus, l’indicateur des espèces des milieux pionniers est le plus pertinent pour le groupe amphibiens. A la fin du premier trimestre 2013, la méthode de calcul de cet indice n’est pas encore établie.


La méthode de calcul de l’indicateur retenu n’étant pas encore clairement établie à la mi-avril 2013, il est difficile de se prononcer quant à l’interprétabilité du protocole amphibiens. Nous pouvons toutefois évoquer les réflexions déjà menées à l’échelle bassin (groupe analyse de données) et à l’échelle régionale (commentaire des structures opératrices) pour exposer les apports et limites de l’indice amphibiens dans l’optique de RhoMéO. Au niveau du bassin, les arbitrages du groupe analyse de données ont conduit à conserver un indicateur sur les trois proposés en février 2013. Les données amphibiens collectées nécessitent une analyse selon le modèle et la méthode de calcul retenus afin de pouvoir se prononcer sur les possibilités d’interprétation offertes par l’indice « espèces de milieux pionniers » pour caractériser l’état de conservation des zones humides. Au niveau régional, l’apport d’un indice amphibien en tant qu’indicateur de changements d’états des zones humides reste discutable.


En effet, alors que certaines structures opératrices considèrent l’intégration du groupe amphibien dans la liste des indicateurs comme étant utile et incontournable, d’autres restent dubitatifs sur ce point. Même si les amphibiens semblent d’emblée constituer un groupe taxonomique pertinent de par leur dépendance à l’eau et leur sensibilité aux changements locaux, les fortes variations observées d’une année à l’autre sur les sites connus, la faible occupation de certains types de zones humides par les amphibiens (ex : tourbières), le faible nombre d’espèces… sont des sujets relevés. Ceci laisse entendre que cet indicateur ne semble pas complètement adapté à l’échelle d’une zone humide aux yeux des structures opératrices en Franche-Comté. D’autre part, jusqu'au mois de février 2013, un projet d’indicateur amphibien complexe avait été proposé. Il correspondait à une cotation du site, qui prenait en compte le peuplement amphibien et le contexte paysager. Une grille d’évaluation avait été élaborée en tenant compte d’une série d’éléments paysagers, d’éléments réglementaires, etc… pour lesquels une note était attribuée puis pondérée. L’addition de cette série de notations permettait de définir une note globale par site. Bien que cette note indicateur-amphibien ne soit plus d’actualité, il est intéressant de noter qu’elle avait alors amené un certain nombre de réflexions en région, la première étant que l’application de la méthode semblait trop compliquée. La multitude et le choix des critères inclus dans la note amphibiens avaient également soulevé un certain nombre de questions. Rappelons que le remplissage de la fiche de relevés de terrain était apparu comme étant fastidieux pour l’ensemble des techniciens. Un certain nombre de critères semblent en effet soit peu explicites (ex : point de fuite de l’eau), soit inutiles (ex : température, couleur de l’eau…) mais, le relevé d’éléments paysagers, d’effectifs et d’éléments de pression détectables sur site (ex : poissons, pollution/destruction d’habitats…) n’est pas discuté. Aussi, la non-intégration de critères estimés comme étant pertinents dans la méthode de calcul interroge-t-elle encore les structures opératrices.


1.9 Avifaune

1.9.1 Préambule, concepts, contextes

Le but est ici de situer le contexte, expliquer la terminologie et ce qui est entendu sous le terme « Observatoire » ; situer l’avifaune dans la problématique zones humides, dans le programme RhoMéO et au sein des observatoires existants, en présentant des exemples, sans prétendre à l’exhaustivité.

• Préambule

Lorsque la Franche-Comté a rejoint la démarche RhoMéO au cours de l’année 2011, le Plateau Patrimoine Naturel de la Maison de l’Environnement de Franche-Comté (PPNMEFC) a souhaité intégrer les oiseaux à la réflexion, en confiant à la LPO Franche-Comté le soin de mener la réflexion sur ce groupe taxonomique et éventuellement de monter et animer un groupe de travail dédié. Le groupe de travail n’a pu voir le jour, faute de financement dédié sur ce groupe pour les autres régions, qui ont toutes été contactées. La fédération régionale des associations ornithologiques bourguignonnes (Etude et Protection des Oiseaux en Bourgogne, EPOB) s’est montrée intéressée pour participer au programme mais n’a pu obtenir les financements nécessaires. La région Rhône-Alpes en pleine structuration de la coordination LPO en région, n’a pu être associée aux réflexions au groupe avifaune (si ce n’est bien sur le CEN RA). Le Muséum National d’Histoire Naturel (MNHN) et la Tour du Valat (TdV) ont participé activement aux réflexions et notamment, pour la TdV, à l’organisation de journées communes de travail en 2012 et 2013, ce afin de faire bénéficier à la LPO Franche-Comté de leurs expertises et de leurs connaissances dans le domaine.

L’objectif de RhoMéO est de mettre en œuvre un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin. Les milieux humides abritent de nombreuses espèces (amphibiens, odonates, gastéropodes, etc.) aux amplitudes écologiques variées et au caractère souvent patrimonial. Elles exploitent différents types de milieux humides au cours de leur cycle biologique et de leur mobilité. Un bon état de conservation de ces milieux est dépendant d’un bon fonctionnement de l’écosystème : régime hydrique, successions écologiques et régime de perturbation, chaine trophique, exploitation/gestion de ces espaces Ce fonctionnement rend possible la présence d’espèces, l’analyse du peuplement et de son évolution nous renseigne sur la qualité et le bon état du milieu. Au sein de cette biodiversité, les oiseaux occupent l’ensemble des milieux humides du bassin. Certaines espèces y sont strictement inféodées, d’autres sont plus ou moins dépendantes des milieux humides. Les oiseaux, peuvent ainsi présenter un caractère bio-indicateur intégrateur intéressant car malgré leur mobilité forte dans les intersaisons, pendant les périodes d’hivernage ou de reproduction, leur mobilité reste relativement faible. Selon les exigences et caractéristiques des espèces quant à la typologie de milieu fréquenté en période de reproduction, toutes les espèces apportent des informations sur la qualité

des milieux.

Les réflexions menées dans ce sens sur le groupe avifaune se portent uniquement sur une approche à l’échelle du bassin Rhône Méditerranée et en complémentarité d’autres réflexions portées sur des groupes taxonomiques différents au sein de l’axe A. Le projet se base en priorité sur la valorisation des connaissances existantes issues de dispositifs de suivis identifiés et appliqués au niveau national (donc à l’ensemble des régions du bassin), puis à l’élaboration d’un protocole de suivi des oiseaux communs adapté aux zones humides. Après les avoir présentés, il s’agira de mettre en perspective ces suivis pour évaluer la faisabilité de la mise en place d’un indicateur avifaune. Le calcul de cet indicateur « oiseaux des zones humides » sera réalisé pour la Franche-Comté et discuté pour son application à l’échelle du bassin Rhône

Méditerranée.

• Concepts

Afin d’avoir une idée plus précise des concepts d’observatoires et des indicateurs éventuels retenus pour l’avifaune, une recherche bibliographique a été effectuée. Il nous apparait nécessaire d’identifier l’état de l’existant et de s’appuyer sur des travaux et recherches, pour certains déjà appliqués. Il est donc présenté ici un résumé des principales instructions retenues.

La définition la plus appropriée d’un observatoire est celle décrite comme un « organisme de veille et de surveillance, groupe chargé d’observer des faits politiques, économiques, sociaux ». Les observatoires peuvent être différents malgré leur relation commune avec la biodiversité. On distingue ainsi deux grands


groupes d’observatoire, ceux pour l’Environnement (OE), à vaste champ d’application (déchets, pollution de l’air, transports, énergie, etc.) et ceux de biodiversité (OB), centrés sur cet unique thème. Généralement les OE intègrent les OB. On distingue ensuite au sein de ces observatoires leur classement typologique selon deux catégories, soit « recherche » soit « opérationnel ». Les observatoires de recherche ont une vocation scientifique et une double mission, à savoir d’une part acquérir et mettre à disposition des données pour la recherche et d’autre part mettre en place des protocoles expérimentaux à long terme. Les observatoires opérationnels de l’Environnement (OOE) ont un rôle d’interprétation et d’exploitation des données collectées, en les transformant en indicateur(s) pertinent(s). Pour les Observatoires de Biodiversité, il n’existe pas de structure de « recherche ». On peut ainsi penser que seules les structures de type « opérationnel » existent, ce qui n’est pas le cas. On dira ainsi qu’un OB qui collecte des données sans fournir des indicateurs est un OB fonctionnel, et que ceux qui collectent ou centralisent et qui utilisent des indicateurs sont des OB opérationnels (OOB). Deux points sont nécessaires à l’établissement d’observatoire opérationnel :

- la contenance d’un observatoire : il doit contenir une approche intégratrice des habitats et/ou des espèces, avec prise en compte de la biodiversité ordinaire et du suivi des espèces patrimoniales ;

- la production d’un observatoire : il doit fournir une combinaison de plusieurs niveaux d’informations, du détaillé au synthétique, et à plusieurs échelles (locale, macro-locale, grands milieux).

Le projet RhoMéO rentre donc dans le type « opérationnel » et teste de façon novatrice de nombreux groupes taxonomiques dans la thématique de l’Axe A, avec production d’indicateurs d’état et de suivis des zones humides. L’avifaune trouve ainsi pleinement sa place aussi bien sur la contenance que la production qu’un observatoire doit établir.

• Les observatoires opérationnels : quelques exemples

Au-delà de la terminologie, les observatoires opérationnels sont identifiables selon leur champ d’application (diversité génétique, spécifique, écosystémique), selon leur base de données (données ou métadonnées existantes ou à mettre en place) et leur type de valorisation (synthèse, rapport et indicateur). Voici quelques exemples d’observatoires opérationnels en France, actifs ou en devenir :

SIBA : Office des DOnnées NATuralistes d’Alsace (actif)

C’est un observatoire régional de biodiversité, initié en 1995. En 2005, ODONAT a engagé le projet SIBA, Suivi des Indicateurs de la Biodiversité en Alsace. La structure est une fédération d’associations (LPO Alsace, BUFO, GEPMA et Groupe Tétras Vosges). Cet observatoire de biodiversité se base sur 23 indicateurs faunistiques, limité au champ d’application de la biodiversité spécifique, menacée et ordinaire. Les indicateurs se divisent entre plusieurs taxons : 5 indicateurs pour les mammifères, 11 pour les oiseaux (dont 6 issus du suivi des oiseaux communs (STOC) ; 2 indicateurs sur des espèces de zones humides : le Courlis cendré et la Sterne pierregarin) et 7 pour les reptiles et amphibiens, pour un suivi annuel concernant plus de 170 espèces. La structure ODONAT coordonne, synthétise et analyse les données issues des protocoles obtenues par les bénévoles et les salariés des associations fédérées. Annuellement un intégrateur de ces 23 indicateurs, l’indice global de biodiversité faunistique, est calculé et publié. Initialement fixé à 100 en 2005, il est en 2010 égal à 93,3. Son calcul est obtenu en faisant la somme des valeurs de chacun des indicateurs, multipliée par 100 et divisée par la somme du nombre d’indicateurs.

Plus d’infos : http://www.odonat-alsace.org/indicateurs_biodiversite.php

Observatoire de la biodiversité du Nord Pas-de-Calais (actif)

Cet observatoire est né en 2010 et a pour mission de dresser annuellement l’état des lieux de la biodiversité régionale en analysant et interprétant les informations collectées par le Réseau d’Acteurs de l’Informations Naturalistes (RAIN), déclinaison régionale du SINP. Ces bilans se veulent à disposition du grand public et des décideurs publics et privés, livrés de façon simple et accessible à tous. L’observatoire s’appuie sur 3 types d’indicateurs : d’état (les différents taxons), de pression (notamment anthropique) et de réponses (financiers). L’observatoire collecte ainsi 59 indicateurs, dont 26 recommandés par la Stratégie Nationale pour la Biodiversité. Cela a conduit ainsi en 2010 à la publication d’un état initial de ces indicateurs, regroupés dans une brochure qui détaille les 59 fiches de chacun des indicateurs. On peut noter que pour l’avifaune, cela concerne 2 indicateurs, l’évolution de l’abondance des oiseaux communs (STOC) et le suivi hivernal des oiseaux d’eaux (comptage Wetlands International). L’observatoire étant récent, aucun indice global n’a pour l’instant été publié.

Plus d’infos : http://www.observatoire-biodiversite-npdc.fr/indicateurs.html


Observatoire régional de la biodiversité Languedoc Roussillon (en attente)

L’étude de préfiguration de cet observatoire est terminée depuis décembre 2010, mais le projet est actuellement en attente. Les 5 rapports issus des différentes réflexions autour du montage de l’observatoire sont accessibles en ligne et sont de précieux alliés dans toutes réflexions sur cette thématique. On pourra retenir de la part de l’auteur l’intérêt notoire de la méthode de construction collective d’un observatoire (inspirée de la méthode Co-Obs) et la proposition d’un indice global de biodiversité régionale (IRV), inspiré de l’Indice Planète Vivante (LPI), pour la tendance des vertébrés. En ce qui concerne l’avifaune, il est préconisé que les données soient issues de suivis nationaux (STOC et Wetlands International) ainsi que de suivis régionaux, locaux ou micro-locaux.

Plus d’infos : http://orblr.fr/wakka.php?wiki=AccueiL

Observatoire des Zones Humides Méditerranéennes (actif)

Cet observatoire est né de l’initiative de la Tour du Valat en 2004 lors d’une réunion du comité MedWet (pour Mediterranean Wetlands). La Tour du Valat a ensuite été mandatée en 2008 par les 27 pays membres du comité pour initier le montage et l’opérationnalité de l’Observatoire des Zones Humides Méditerranéennes (OZHM). Cet observatoire est aujourd’hui opérationnel. Il est constitué de quatre principales thématiques, subdivisées en 17 indicateurs, dont la première concerne l’« intégrité de la biodiversité et de l’écosystème ». Au sein de cette thématique, qui a pour but de déterminer la santé des écosystèmes « zones humides » en mettant l'accent sur ses deux composantes essentielles (l'eau et les êtres vivants), six indicateurs sont actuellement suivis, dont 3 intégrant l’avifaune. L’outil de mesure retenu est l’Indice Planète Vivante (Living Planet Index ou LPI en anglais), qui est devenu un indicateur synthétique international qui mesure le résultat de facteurs de menaces sur les populations de vertébrés. Le LPI reflète l’évolution de l’état de santé de la biodiversité au cours du temps, en se basant sur les variations démographiques de populations d'espèces de mammifères, d’oiseaux, de reptiles, d’amphibiens et de poissons.

Plus d’infos : http://www.medwetlands-obs.org/fr/content/ozhm

Figure 23 : Une illustration (parmi d’autres) de l'emboitement d'échelles entre locales et internationales et de la

nécessité de s’appuyer sur des observatoires et des dispositifs existants, cohérents entre échelles.

• Le choix de l’indicateur

Au regard de la bibliographie réalisée sur les observatoires et les indices de tendance spécifique (STI), notre choix s’est porté vers l’indice planète vivante (Living Planet Index, LPI) utilisé par le WWF depuis 1998 à l’échelle mondiale et adopté par la Convention sur la Diversité Biologique (CDB) pour mesurer l’évolution de la biodiversité, en se basant sur les variations démographiques des populations d’espèces. Cet indice se place à un niveau taxonomique supérieur, puisqu’il permet de rassembler plusieurs STI (oiseau, amphibien, poisson, etc.) afin de produire un indicateur unique. Dans cette perspective, il nous a paru judicieux de ne pas cantonner nos réflexions de choix d’indicateur à l’avifaune, afin de permettre une éventuelle intégration d’autres groupes taxonomiques à l’avenir. Le LPI est défini par ses auteurs comme un « indicateur pragmatique, adapté à l'exploitation de données existantes, hétérogènes et dispersées », évitant ainsi la mise en place de suivis spécifiques, plus précis et standardisés mais aussi plus couteux dans leur application. De plus, le LPI permet un recul sur du long terme, puisque valorisant les données existantes. Un


autre avantage est la facile désagrégation du LPI en plusieurs sous-indicateurs. Par exemple, au niveau mondial : il est désagrégé en espèces marines, terrestres et d’eau douce (Figure 24) ; au niveau de l’OZHM : il est désagrégé au niveau géographique (par pays, par sites), par groupe d’espèces ou par type de dispositifs de suivis (Figure 25).

Figure 24 : LPI et désagrégation : (a) l'indicateur au niveau mondial et (b) les sous indicateurs "Eau douce" des zones tempérées et tropicales (WWF/ZSL, 2012).

Figure 25 : LPI et désagrégation : l'indicateur sur les zones humides méditerranéennes (OZHM, 2012).

Cet indicateur a l’avantage d’être déclinable à plusieurs échelles, d’une entité conséquente (exemple de l’utilisation du LPI en Camargue) au niveau mondial (exemple pour le WWF), en passant par l’échelle nationale, régionale, départementale ou comme pour notre projet, d’un bassin versant. Enfin, deux avantages conséquents peuvent être tirés de l’utilisation du LPI, le premier c’est d’être reproductible (la méthode est facilement utilisable et disponible) et le second, d’être comparable. Si l’utilisation d’un tel outil était généralisée, d’une part la remontée d’informations à des échelles supérieures en serait facilitée et d’autre part les comparaisons entre observatoires seraient permises. La réflexion engagée sur l’avifaune se

(a)

(b)


porte donc vers l’utilisation du LPI, choix de l’outil qui a été pensé a priori et qui doit se nourrir de données, donc de dispositifs d’acquisition de données.

1.9.2 Méthodologie : présentation des dispositifs de suivis existants

Suite à la consultation des différents observatoires, des préconisations effectuées lors d’études de préfiguration ou d’observatoires actifs, ainsi qu’à la connaissance des dispositifs de suivis existants et appliqués sur une couverture quasi exhaustive du territoire national pour l’avifaune, nous présenterons dans cette partie les dispositifs de suivis retenu pour l’établissement d’un indicateur avifaune à l’échelle du bassin Rhône Méditerranée.

L’objectif premier d’un observatoire, tel qu’il a été défini §1.9.1, est de savoir si la biodiversité augmente ou diminue sur une surface donnée. On peut ajouter ici que pour l’avifaune, nous nous orientons vers une évaluation de la fonction biodiversité des zones humides afin de rendre compte de leur état de conservation. Pour avoir une valeur générale, l’indicateur avifaune doit refléter la tendance des espèces d’oiseaux communs et remarquables, tout en sachant qu’il sera impossible d’obtenir une mesure spécifique exhaustive. Les dispositifs de suivis doivent ainsi être suffisamment représentatifs de l’avifaune, et plus particulièrement de l’avifaune des zones humides pour le projet RhoMéO. Au niveau national, différents dispositifs de suivis d’espèces ou groupe d’espèces existent et sont relayés par des coordinateurs locaux qui déclinent en région ces suivis. Le fait que ces suivis soient nationaux permet ainsi d’obtenir une source d’information homogène lorsque l’on dépasse les échelles régionales. Les suivis propres à chaque région ne seront donc pas cités ou évalués, puisque le but est que chaque région du bassin puisse avoir accès à cette information homogène à l’échelle du bassin. Les principaux dispositifs de suivis existants sont établis dans le Tableau 54 : 4 sont axés sur des groupes particuliers d’espèces d’oiseaux d’eau nicheurs, 1 concerne les oiseaux d’eau hivernants et le dernier concerne les oiseaux communs nicheurs.

Suivi Fréquence Depuis Coordination

Oiseaux d’eaux nicheurs

ENRM 1 an 1994 LPO

Oiseaux marins 10 ans 1970 GISOM

Anatidés et

Limicoles 10 ans 1984 LPO / ONCFS

Hérons arboricoles 7 ans 1974 CNRS Rennes / MNHN

Oiseaux d’eaux hivernants

Wetlands International

1 an 1967 LPO

Oiseaux communs nicheurs

STOC 1 an 1989 MNHN

Tableau 54 : Liste des dispositifs existant concernant les oiseaux de zones humides en France.

Le détail de ces dispositifs de suivi est établi en annexe 21. Si les quatre suivis pour les oiseaux d’eaux nicheurs et le suivi des oiseaux d’eaux hivernants sont exploitables en l’état, il nous semble nécessaire de détailler le suivi sur les oiseaux communs nicheurs, car une adaptation méthodologique doit être envisagée afin de répondre à la problématique des zones humides.

STOC : programme de Suivi Temporel des Oiseaux Communs nicheurs

Ce dispositif existe depuis 23 ans (protocole initié en 1989). Le programme STOC est coordonné par le Centre de Recherche sur la Biologie des Populations d’Oiseaux (CRBPO), affilié au MNHN. Il concerne toutes les espèces nicheuses d’oiseaux communs. Le programme STOC par échantillonnage ponctuel simple (EPS) a été relancé en 2001 auprès des ornithologues. Il fait aujourd’hui référence et sert d’indicateur de biodiversité au niveau National : 1 indice global et 4 indicateurs (espèces généralistes, espèces spécialistes de milieux forestiers, agricoles et du bâti) sont construit sur base des espèces inventoriées et suivies par la méthode (Figure 26). Le réseau se structure ainsi : un coordinateur national s’appuie sur des


coordinateurs locaux, eux-mêmes s’appuyant sur des bénévoles et des salariés de structures environnementales. Les données sont analysées en local et en régional. En local, cela se fait généralement sous forme de rapport (e.g . cliquez sur le lien) alors qu’au niveau national la restitution s’effectue sur le portail internet « Vigie Nature », qui regroupe tous les dispositifs de suivi de biodiversité du MNHN. On y trouve ainsi pour les oiseaux, les résultats spécifiques via des fiches espèces et les indicateurs obtenus par le programme STOC.

Plus d’info : page internet du programme STOC sur le portail Vigie Nature :

http://vigienature.mnhn.fr/page/le-suivi-temporel-des-oiseaux-communs-stoc

Figure 26 : Evolution des indicateurs Oiseaux issus du programme STOC (MNHN, 2011).

1.9.3 Méthode : le protocole testé, STOC EPS forcé Zones Humides

Cette partie méthodologique a été publiée dans le cadre d’une note spécifique disponible sur le site RhoMéO (http://rhomeo.espaces-naturels.fr/sites/default/files/2011_Rhomeo_Note%20STOC%20ZH_v3.0.pdf).

Elle est reprise dans les grandes lignes dans les paragraphes suivants.

STOC EPS et Zones Humides ?

Des tendances fortes ont pu être mises en évidence avec la méthode reconnue et largement utilisée du STOC EPS. Cette méthode permet de plus le calcul d’indicateur pour le cortège d’oiseaux communs spécialistes des zones humides mais « il reste que les habitats suivis n’incluent que peu de petites zones humides » (Jiguet, comm pers) induisant ainsi une difficulté à établir des tendances significatives ou suffisamment représentatives pour ce groupe d’espèces. Dans le cadre du STOC Capture, il a été mis en place une méthodologie particulière avec un protocole spécifique aux roselières, le STOC Rozo, qui sort de l’échantillonnage par points d’écoute avec un matériel et des connaissances mobilisant des ressources spécifiques. En Rhône-Alpes, une méthodologie sur base de points d’écoutes propre aux roselières existe (STOC sites roselières). Cette méthode liée à un type de milieu ne nous semblant pas représentative des zones humides dans leur hétérogénéité, il nous a paru nécessaire d’évaluer une méthodologie plus largement adaptée à tous types de milieux des zones humides (prairies alluviales, marais, tourbières, ruisseau, plans d’eau, gravières, roselières, forêts humides). Dans l’optique d’évaluer la possibilité d’obtenir un indicateur spécifique pour l’avifaune commune des milieux humides, une adaptation méthodologique a été testée pour l’obtention de carrés STOC EPS en zones humides. Cette méthode, qui a pour but d’être reproductible sur l’ensemble du bassin Rhône-Méditerranée, a été testée en Franche-Comté en 2011 et 2012.

Sélection des carrés et méthodologie

La méthodologie, réalisée dans le cadre de ce STOC EPS forcé Zones Humides mis en place en 2011, est basée et adaptée de la méthodologie STOC EPS. Un maillage national de carré 2x2 km a été réalisé par le MNHN-CRBPO. La méthode STOC EPS consiste à placer sur un carré 10 points d’écoute, sur lesquels le

http://rhomeo.espaces-naturels.fr/sites/default/files/2011_Rhomeo_Note%20STOC%20ZH_v3.0.pdf


dénombrement des oiseaux vus ou entendus s’effectue pendant 5 minutes pour chaque point et ce, dans les premières heures suivant le lever du soleil. Deux passages sont alors réalisés en période de reproduction afin d’échantillonner les nicheurs précoces et tardifs. Ils doivent être effectués de part et d’autre du 8 mai (jusqu’au 15 mai pour les carrés en altitude), avec un intervalle entre les passages de 4 semaines. Plusieurs paramètres doivent être relevés lors de la réalisation du comptage : il s’agit de la date, de l’heure de passage sur chaque point, des conditions météorologiques et de l’habitat suivant la nomenclature STOC-EPS. La distance des contacts est également notée lorsque cela est possible selon 3 catégories : moins de 25 mètres, entre 25 et 100 mètres et plus de 100 mètres. Les oiseaux en vol direct sont également comptabilisés. Par vol direct, est entendu tous les oiseaux de passage tels qu’un groupe de martinets ou d’hirondelles. Les alouettes chantant en vol ou les rapaces en action de chasse doivent être comptabilisés dans la catégorie de distance correspondante. La saisie des données s’effectue sous un logiciel spécial, FEPS, spécialement élaboré pour ce dispositif, téléchargeable en ligne à ce lien : http://www.saxrub.fr/index_download.php

Les deux principales adaptations méthodologiques réalisées pour les besoins de l’étude RhoMéO résident dans la sélection des carrés et la disposition des points d’écoute. En effet, les carrés à échantillonner doivent se trouver en zone humide et la surface en zone humide doit être suffisamment importante pour pouvoir établir les 10 points d’écoute qui couvriront les différents habitats humides du carré (étang, prairie, roselières, etc.). La première étape est donc la sélection des carrés humides d’une région. Cette étape fait appel aux outils de système d’information géographique (SIG). Une cartographie des milieux à composantes humides de France métropolitaine est disponible en ligne auprès du Ministère de l’Ecologie, du Développement Durable, des Transports et du Logement (Figure 27).

Figure 27 : Milieux à composante humide en France métropolitaine (CGDD (SOeS/ONZH) – MNHN, version 2, mai

2009).

Comme il est précisé, cette cartographie n’est pas un « inventaire exhaustif des zones humides ». Elle synthétise les informations disponibles à 3 niveaux, l’inventaire des ZNIEFF (type I et II à caractère humide), l’occupation des sols selon CORINE Land Cover (2006) et les SIC comprenant les habitats humides. Cette information s’avère donc partielle pour ce qui est des zones humides, puisque (1) majoritairement représentative des sites gérés en milieux humides ainsi que (2) sous-échantillonnée pour ce qui est des zones humides inférieures à 25 ha ou à 100 m de large. De fait, sont exclues les ripisylves et les cours d’eau ainsi que les prairies humides non différenciées des autres prairies dans CORINE Land Cover. Afin de limiter ce biais, nous nous sommes tournés vers l’Etat, via la DREAL, pour l’obtention de couches cartographiques des zones humides régionales, dont la cartographie plus précise pallie les manques précédemment énoncés. La fusion des 2 informations (nationale et régionale) conduit à l’obtention d’une couche cartographique plus complète sur la région Franche-Comté. La seconde étape consiste à croiser cette couche cartographique de zones humides avec la grille de carrés STOC. Partant du principe que pour les passereaux on estime entre 300 et 400 mètres la distance minimale entre deux points d’écoute et sachant que la probabilité de détection des espèces peut varier selon une distance de 50 à 200 mètres (fonction des espèces, du milieu, etc.), nous avons évalués arbitrairement pour les besoins méthodologiques à 450 mètres la distance minimale entre 2 points. La surface de détection nécessaire à un point d’écoute, est donc 0,16 km2 par point, soit 1,6 km2 pour dix points. Pour un carré STOC de 2x2 km (soit 4 km2), cela revient à dire que 40% de la surface d’un carré STOC sont nécessaire à la réalisation de 10 points d’écoute en zone humide. Les requêtes cartographiques nous conduisent ainsi à l’obtention de ces carrés dont la surface est suffisante pour réaliser l’inventaire. La figure 28 reprend de façon cartographique les étapes de cette méthodologie de sélection des carrés STOC EPS forcé Zones Humides.


Figure 28 : Illustration cartographique des étapes de sélection des carrés STOC EPS forcé Zones Humides pour la

région Franche-Comté.

Carte nationale des zones humides

Source : CGDD (SOeS/ONZH) – MNHN,

version 2, mai 2009.

Carte régionale des zones humides

Source : DREAL Franche-Comté.

Carte régionale cumulée des zones

humides

Source : LPO FC.

Carte régionale des carrés STOC

Source : MNHN

Carte régionale des carrés STOC ayant au

moins 40% de surface en zone humide

Source : LPO FC.

FUSION DES COUCHES

REQUETE AVEC

JOINTURE

GEOGRAPHIQUE


Les 10 stations d’écoute doivent ensuite être placées sur un carré de façon à ce qu’elles soient (Figure 29 et Annexe 20):

- distantes d’au moins 300 mètres les unes des autres ;

- disposées en zone humide cartographiée ;

- choisies sur critères de cartes topographiques couplés à des photos satellites et/ou un repérage préalable des milieux humides du secteur ;

- représentatives de tous les types d’habitat de zones humides présents, qu’il s’agisse de systèmes d’eaux littorales, sublittorales ou continentales ;

- vu la sensibilité des espèces de ces milieux en période de reproduction, les points doivent – dans la mesure du possible – être réalisée sur des voies d’accès (chemins de randonnées, chemins agricoles, routes forestières, digues d’étang, etc.) à proximité directe d’un milieu visé et ce, afin de minimiser l’impact du dérangement sur les espèces. Il est donc conseillé de s’aider d’images satellites afin d’identifier plus aisément les chemins d’accès possible.

Figure 29 : Exemple de carrés STOC EPS forcé Zones Humides et ses points d'écoute : rivière, ruisseau, anciennes gravières en lit mineur, prairie alluviale, réseau de marre et roselière sont représentés.

Test d’application de la méthode en 2011 et 2012

Dans le cadre de RhoMéO, un test d’application eut lieu en Franche-Comté en 2011 et 2012 sur 6 carrés, en établissant 2 carrés par sous-secteurs hydrographiques. Un des premiers constats sur la méthodologie nous montre que le seuil des 40% met en avant la particularité régionale d’héberger de nombreux sites de zones humides, mais de petites tailles. Les carrés illustrés sur la carte (Figure 30) se trouvent donc logiquement dans les zones humides les plus importantes de la région, concernées pour la plupart par des mesures de protection (Natura 2000, ZPS, etc.). Un tirage aléatoire des carrés favorables par sous-secteur fut réalisé à l’aide du logiciel « R-Development Core Team » :

- 2 dans la vallée de l’Ognon, le premier (le plus au nord) se situe en partie amont de la p laine alluviale de l’Ognon dans un secteur comportant de nombreuses gravières en exploitation et le deuxième (le plus à l’ouest, illustré en Figure 5) se situe en partie aval à proximité de la zone de captage des eaux d’un village proche de la rivière, dont le lit mineur a été exploité par le passé ;

- 2 en Bresse Jurassienne, situés en zone Natura 2000, dans un complexe d’étangs, de prairies et bois humides ;

- 2 dans le Bassin du Drugeon, situés en zone Natura 2000, constituée d’une mosaïque de milieux différents, des pelouses sèches aux tourbières, en passant par de nombreux milieux humides (bas marais, marais de transition, tourbière bombée, prairies humides d’altitude, eaux stagnantes ou courantes, etc.).


Figure 30 : Localisation des carrés STOC EPS forcé Zones Humides retenus pour le test de terrain en Franche-Comté.

Dispositif Espèce suivie (n~20) Espèce non suivie* (n~10)

STOC ZH Bergeronnette des ruisseaux, Bouscarle de Cetti, Bruant des roseaux, Cisticole des joncs, Canard colvert, Foulque ma-croule, Gallinule poule-d'eau, Gorge-bleue à miroir, Grèbe castagneux, Grèbe huppé, Locustelle tachetée, Lusciniole à moustaches, Martin-pêcheur d'Europe, Panure à moustaches, Phragmite des joncs, Pic cendré, Pipit farlouse, Pouillot fitis, Rousserolle effarvatte, Rousserolle turdoide, Rousserolle verderolle, Tarier des prés

Busard des roseaux, Cincle plongeur, Faucon hobereau, Grèbe à cou noir, Locustelle luscinioïde, Marouette ponc-tuée, Milan noir, Hirondelle de rivage, Râle d'eau, Roselin cramoisi

* espèce nécessitant un dispositif de suivi spécifique

Tableau 55 : Liste des espèces de zones humides potentielles visées par le STOC forcé Zones Humides (nomenclature issue de la Commission de l'Avifaune de France (CAF, 2011).

1.9.4 Méthodologie : le calcul du LPI

L’objectif est ici de présenter les grands traits méthodologiques du calcul du LPI en développant notamment les définitions de population et de séries temporelles entendues par la méthode ; il s’agira également de parler de la façon de mettre en forme les données et de ce qu’il faut savoir pour une utilisation éventuelle de cet outil.

Vallée de l’Ognon

Etang de la Bresse Jurassienne

Bassin du Drugeon


Le LPI est un indice permettant, de manière synthétique, de suivre l’évolution de la biodiversité au cours du temps et permettant de valoriser la plupart des données de suivis existants. Son calcul est basé sur des comptages ou des estimations d’effectifs d’une population sur un site donné. Il est donc le reflet des variations d’abondance des populations concernées, en sachant qu’une espèce peut être constituée de plusieurs populations (Figure 31). Pour chacune des populations, une tendance est calculée. Les différentes tendances sont agrégées et moyennées pour former le LPI, qui démarre à une année fixée (e.g. au niveau mondial le WWF a choisi 1970) et prend ainsi la valeur 1 pour cette année de référence. Une lecture graphique permet ensuite une interprétation simple : plus de 1, les populations ont augmenté, entre 0 et 1 elles ont diminué. Il ne faut bien sûr pas se contenter de cette approche globale de l’indicateur, qui peut masquer des évolutions négatives pour une population entre deux populations en forte augmentation. La capacité de l’indice d’être désagrégeable aisément permet donc de pallier cette tendance moyenne.

Figure 31 : Schéma conceptuel pour le LPI du WWF au niveau mondial (WWF/ZSL, 2012)

Populations et séries temporelles

Cet indicateur a donc pour caractéristique de reposer sur une compilation de séries temporelles, sur la base d’effectifs populationnels. Une population peut être entendue sous plusieurs échelles : en effet, une espèce peut être composée de plusieurs populations mais également d’une population unique. Tout dépend ainsi de l’échelle considérée et du niveau retenu d’agrégation des données. La précision des données de comptages d’effectifs sur un site donné peut varier d’une réserve naturelle à une région, un pays ou une aire biogéographique. Plus la population retenue est à une échelle fine, plus la précision du LPI sera grande. En revanche la principale limite réside dans le degré de précision des données historiques des comptages et dans leurs accès. Ce niveau d’accessibilité détermine ainsi la quantité de travail à fournir pour la phase de recherche, de compilation et de mise en forme des données.

Pour réaliser le calcul, le LPI se base sur des séries temporelles. Une série temporelle est donc l’effectif d’une population à plusieurs dates données, qui doit être représentée par au moins deux mesures sur l’intervalle de temps considéré. Le principe de calcul de l’indice est schématisé dans la figure 32. Les tendances spécifiques sont calculées selon deux méthodes. La première est une méthode de proche en proche (« chain method ») consistant en une interpolation des données manquantes par un modèle log-linéaire. La seconde est basée sur les modèles additifs généralisés (« GAM ») consistant à ajuster une courbe de lissage aux données pour les séries temporelles possédant au moins 6 années d’effectifs. Dans les deux cas, les tendances interannuelles sont calculées à partir des valeurs interpolées, avec ou sans lissage selon les méthodes (log-linéaire ou GAM). Le logarithme de la différence entre l’effectif de l’année (n) et l’année (n-1) est calculé pour chaque série temporelle pour chaque année. On obtient ainsi une tendance moyenne par espèce. Cet indice de tendance est donc obtenu pour chacune des espèces et l’agrégation consiste enfin à faire une moyenne de tous les indices obtenus. Des intervalles de confiance sont obtenus par « bootstrap ». Plus de détails mathématiques sont disponibles auprès des auteurs de la méthode de calcul ou de leurs publications (voir notamment : Loh et al., 2005 ; McRae et al., 2007).


Figure 32 : Principe général de calcul des indicateurs de tendance spécifique.

Mode de calcul et mise en forme des données

Le calcul de l’indice est réalisé à l’aide d’un script disponible gratuitement auprès des développeurs de la méthode. Ce script fonctionne sous le logiciel de traitement statistique « R-Development Core Team », libre d’accès. Les chercheurs de l’institut zoologique de Londres à l’origine de l’indice (Dr B. Collen, J. Loh et L. McRae) assurent le suivi et la mise à jour du script servant au calcul du LPI. Le traitement de calcul fait appel aux séries temporelles, disposées dans un tableur en format texte (« .txt »). Les séries doivent être renseignées selon un type de format bien établi (Tableau 56) : 4 colonnes, espèces, identifiant de la population, année et valeur d’effectif. Un fichier de métadonnées est cependant nécessaire afin de discriminer a priori les données de populations utilisées pour l’indicateur global ou pour les sous-indicateurs désagrégés (en fonction de leur localisation, statut liste rouge, du degré de spécialisation ou du type de dispositifs de comptages par exemple).

Binomial ID year popvalue

Larus_ridibundus 454444 1994 15107




















Tableau 56 : Mise en forme des données en format texte pour le calcul du LPI : ici une représentation pour la Mouette rieuse pour deux populations distinctes, soit 2 séries temporelles.

Notez ainsi le même nom d'espèce, mais un identifiant différent pour chacune des 2 populations.


1.9.5 Résultats

a) Liste d’espèces de zones humides et sous-indicateurs

Un travail réalisé en partenariat avec la Tour du Valat (Centre de recherche pour la conservation des zones humides méditerranéennes) a permis d’établir une liste d’espèces de zones humides et de discrim iner ces espèces en fonction de leur statut national (nicheuse ou hivernante, communes rares ou occasionnelles). La liste ayant servie comme base de travail est issue de la Commission de l’Avifaune de France, qui référence toutes les espèces observées sur le territoire national.

Sur les 581 espèces observées en France, 287 (49.4%) sont inféodées aux zones humides. Parmi ces dernières, certaines sont non nicheuses, de passages, rares et accidentelles, certaines nicheuses mais échappées de captivité ou considérées comme allochtones. Elles ont ainsi été écartées de la liste de référence. Les espèces retenues pour l’intégration à un observatoire sont au nombre de 129 : elles concernent les espèces nicheuses sur le territoire national (rares ou communes) et les espèces hivernantes d’anatidés et foulques. Le tableau listant ces espèces retenues est disposé en annexe 23. Il nous permet de constater que certaines sont communes aux deux statuts nicheurs et hivernants. Concernant les espèces nicheuses, 81 espèces sur 117 sont suivies par les dispositifs nationaux énoncés précédemment. Ce sont ainsi 36 espèces qui ne sont pas suivies, que l’on peut diviser en 18 nicheuses mais ne possédant pas de suivi adapté, et 18 non nicheuses sur le territoire du bassin versant Rhône Méditerranée. Concernant les espèces hivernantes, 29 espèces sur 31 sont suivies par le comptage des oiseaux d’eaux hivernants, puisque les 2 espèces de Bernache cravant n’hivernent pas sur le bassin versant.

Sur la base de cette liste d’espèces sur lesquelles des dispositifs de suivi sont appliqués, il a été attribué aux espèces leur caractère généraliste ou spécialiste, et dans les cas où cela a été possible, attribué un type d’habitat pour les spécialistes. L’indice global permet l’analyse des tendances des populations d’oiseaux qui peut être un indicateur direct de l’organisation de l’espace. On sait que plus la surface d’habitat favorable est grande, plus le peuplement est diversifié et quantitativement plus important (Théorie des iles extrapolables aux fragments d’habitats favorables isolés). Or les milieux humides sont souvent fragmentés à l’échelle du bassin, leur réduction est constante. Ainsi pour certaines espèces fragiles ou sensibles aux processus métapopulationnels, la destruction de fragments d’habitats favorables conduit au déclin des populations et à la possible extinction d’espèce. Les oiseaux sont il est vrai soumis à des aléas de mortalité hors bassin RMC lors des migrations et de l’hivernage. Il n’en est pas moins que le lieu de reproduction peut assurer la survie d’une espèce si les milieux sont suffisamment favorables et le succès de reproduction suffisamment important. Mesurer l’évolution de l’ensemble des populations permet de connaitre le sens et la tendance du peuplement des oiseaux de zones humides, mais peut aussi aboutir à déterminer les principales menaces qui pèsent sur certaines espèces, donc sur les types de milieux. Ainsi du LPI avifaune, peut-on réaliser des sous-indicateurs basés sur certaines espèces considérées spécialistes de type d’habitat, pouvant ainsi être une mesure indirecte soit d’un mode de pression ou de gestion, soit d’une dynamique écologique absente :

- sous-indicateur « banalisation des milieux » : cet indicateur d’état se base sur la confrontation de

l’évolution des espèces généralistes et des espèces spécialistes des zones humides. Les espèces généralistes sont indicatrices de la fragmentation des habitats, de l’homogénéité de typologie d’habitat et des processus d’eutrophisation. Les espèces spécialistes sont quant à elles indicatrices de l’hétérogénéité des milieux et de la qualité des habitats dont elles sont spécialistes ;

- sous-indicateur « pression agricole » : cet indicateur se base sur 5 espèces considérées

spécialistes des milieux alluviaux et particulièrement des prairies humides : Râle des genêts, Vanneau huppé, Pipit farlouse, Tarier des prés, Courlis cendré. Les tendances d’évolution de ce peuplement permettront de renseigner la pression du mode d’exploitation agricole qu’il est fait sur ce type de milieu ;

- sous-indicateur « dynamique naturelle » : pour cet indicateur de milieu minéral (sables, galets et dunes), 16 espèces nicheuses en sont spécialistes : Flamant rose, Huîtrier pie, Avocette élégante, Glaréole à collier, Petit Gravelot, Grand Gravelot, Gravelot à collier interrompu, Chevalier guignette, Goéland railleur, Sterne naine, Sterne hansel, Sterne caugek, Sterne pierregarin, Sterne de Dougall, Martin-pêcheur d'Europe, Hirondelle de rivage. Ces 16 espèces sont liées à la dynamique des milieux humides. Elles nichent sur des milieux pionniers dépourvus de végétation, milieux issus de la dynamique des fleuves (banc de sables ou de graviers) ou de la dynamique de l’ensemble laguno-marin (dunes et ilots de sable). Elles sont donc indicatrices d’une dynamique de perturbations et de successions écologiques équilibrée ;


- sous-indicateur « interface terre-eau » : pour cet indicateur de milieu de type marais, roselières et ceintures d’hélophytes, 25 espèces nicheuses en sont spécialistes : Canard chipeau, Sarcelle d'été, Nette rousse, Fuligule milouin, Fuligule nyroca, Fuligule morillon, Grèbe castagneux, Grèbe à cou noir, Butor étoilé, Busard des roseaux, Marouette ponctuée, Marouette poussin, Marouette de Baillon, Talève sultane, Bécassine des marais, Guifette moustac, Guifette noire, Gorgebleue à miroir, Locustelle luscinioïde, Lusciniole à moustaches, Phragmite des joncs, Rousserolle verderolle, Rousserolle effarvatte, Rousserolle turdoïde, Panure à moustaches, Bruant des roseaux. Ces espèces sont liées à la présence de végétation rivulaire à tendance hygrophile (phragmitaie, typhaie, cariçaie). Ces espèces sont ainsi liées à la présence de formations végétales sur sols hydromorphes présentant une grande importance écologique dans le rôle d’effet-lisières.

Ainsi à l’échelle du bassin 4 sous-indicateurs peuvent être pris en compte pour orienter les principales mesures de gestion favorables au peuplement d’oiseaux et donc à la faune associée : 1 sous-indicateur « banalisation des milieux » et 3 sous-indicateurs d’évolution d’espèces nicheuses spécialistes selon leur habitat (« pression agricole », « dynamique naturelle » et « interface terre-eau »). Le fait de pouvoir désagréger l’indicateur global par région administrative peut également permettre de préciser, voire hiérarchiser, les principales régions où sont soulevés les problèmes.

b) Le test méthodologique STOC EPS forcé Zones Humides

Richesse spécifique moyenne

Six carrés STOC EPS forcé Zones Humides ont été prospectés en Franche-Comté à raison de 2 passages par an en 2011 et en 2012. Les prospections ont été réalisées du 04 mai au 09 juin pour l'année 2011 et du 24 avril au 15 juin pour 2012. Au bout de ces 2 années de suivi, ce sont 4 247 individus (somme des maximums par point par espèce, carré et année) qui ont été contactées pour 120 espèces. En 2011, 104 espèces ont été observées avec un total de 2 050 individus. L'année 2012 a été plus favorable avec l'observation de 2 197 individus pour 110 espèces. Parmi les 120 espèces, 4 d'entre elles ne sont pas nicheuses en Franche-Comté, il s'agit du Crabier chevelu (Ardeola ralloides), du Chevalier culblanc (Tringa ochropus), du Chevalier aboyeur (Tringa nebularia) et de la Grande Aigrette (Casmerodius albus). Toutes ces espèces, bien que n'étant pas reproductrices en région, seront intégrées à l'analyse car elles sont toutes liées aux zones humides. Par équivalence, les espèces non nicheuses non inféodées aux zones humides seront également gardées dans les analyses. Sur ces 120 espèces, 42 sont inféodées aux zones humides, qu’elles en soient généralistes ou spécialistes. La comparaison avec le réseau STOC EPS classique, considéré ici comme témoin, s'est faite uniquement en ne prenant que les 2 passages. Les passages précoces du réseau témoin ont été enlevés de l'analyse dans le but d'éviter un biais d'échantillonnage. Les observations d'espèces indéterminées ont également été supprimées. Ce sont respectivement 41 et 36 carrés STOC qui ont été suivis en 2011 et en 2012 au sein du réseau témoin régional. Parmi eux, 31 carrés sur 46 carrés sont communs entre les deux années. En termes de richesse, 129 espèces ont été contactées, dont 35 espèces inféodées aux zones humides (respectivement 120 et 42 espèces pour le réseau STOC EPS forcé Zones Humides). Parmi ces 35 espèces, la Bernache nonnette est une espèce échappée de captivité. Elle ne sera donc pas prise en compte dans le cadre de l’analyse faire sur la richesse spécifique moyenne. Le graphique présenté en figurer établit les principaux résultats pour la comparaison des 2 réseaux STOC EPS sur la richesse spécifique.


Figure 33 : Résultats comparatifs entre STOC EPS témoin et STOC EPS forcé Zones Humides quant à la richesse

spécifique, (a) pour les espèces de zones humides et (b) pour toutes espèces.

Les résultats montrent ainsi que la méthode testée en Franche-Comté permet d’obtenir une richesse spécifique plus élevée que dans le réseau témoin, résultats valables aussi bien sur la richesse spécifique totale que pour la richesse en oiseaux d’eaux. Cette méthode adaptée aux zones humides permet de contacter en moyenne 15,17 ±3,85 espèces de zones humides contre 3,13 ±3,58 dans le réseau témoin (différence significative, p=0,03125).

Abondances et fréquences des espèces contactées en 2011 et en 2012

Le Tableau 57 présente les abondances et fréquences de contact pour 15 espèces communes d’oiseaux de zones humides. Pour la totalité des espèces de zones humides, se référer à l’Annexe 21.

Sur les 42 espèces inféodées aux zones humides et contactées durant les 2 années de suivis du projet RhoMéO, 5 d'entre elles (Nette rousse, Crabier chevelu, Blongios nain, Locustelle luscinoïde, Sarcelle d’hiver) n'ont jamais été observées en 10 années de STOC Régional. Ces espèces sont des nicheurs très rares ou des espèces accidentelles en Franche-Comté et ne peuvent en conséquent être considérées comme communes. Uniquement sur la période 2011-2012, ce sont 15 espèces d’oiseaux d’eau qui n’ont pas été observées dans le cadre du réseau témoin par rapport à la méthode adaptée aux zones humides. Il s'agit notamment du Grèbe huppé, de l'Hirondelle de rivage et du Héron pourpré. Inversement, 8 espèces de zones humides ont été contactées en 2011 ou 2012 lors des prospections STOC témoin mais pas sur les carrés STOC forcé ZH. Ce sont dans l'ensemble des espèces rares ou accidentelles excepté le Cincle plongeur, espèce localisée sur les rivières de tête de bassin. Ce fait est à pondérer car seulement 6 carrés sont prospectés au sein du réseau STOC forcé ZH contre 46 pour le STOC témoin.


Nom français Nom scientifique

2011 STOC Rhomeo 2012 STOC

Rhomeo STOC Rhomeo

2011-2012 Résultats STOC-EPS FC 2011 (41 carrés)

Résultats STOC-EPS FC 2012 (36 carrés)

Résultats STOC-EPS FC 2011-2012 (46

carrés)

Résultats STOC-EPS FC 2002-2012 (78

carrés)

Nmax Fréquence

(%) Nmax

Fréquence (%)

Nmax Fréquence

(%) Nmax

Fréquence (%)

Nmax Fréquence

(%) Nmax

Fréquence (%)

Nmax Fréquence

(%)

Foulque macroule Fulica atra 68 83,3 80 83,3 148 83,3 20 12,2 21 16,7 41 15,2 251 19,2

Canard colvert Anas platyrhynchos

58 100,0 63 100,0 121 100,0 49 29,3 47 38,9 96 37,0 605 46,2

Pouillot fitis Phylloscopus trochilus

52 83,3 41 50,0 93 83,3 99 65,9 79 63,9 178 73,9 919 85,9

Grèbe huppé Podiceps cristatus 44 50,0 29 50,0 73 50,0 - - - - - - 25 6,4

Cygne tuberculé Cygnus olor 41 83,3 31 100,0 72 100,0 7 4,9 10 11,1 17 13,0 82 12,8

Fuligule milouin Aythya ferina 21 50,0 38 50,0 59 50,0 9 4,9 1 2,8 10 4,3 19 2,6

Rousserolle effarvate

Acrocephalus scirpaceus

29 66,7 22 66,7 51 66,7 14 17,1 6 11,1 20 15,2 122 26,9

Héron cendré Ardea cinerea 25 100,0 22 100,0 47 100,0 40 41,5 28 36,1 68 50,0 378 69,2

Bruant des roseaux Emberiza schoeniclus

15 66,7 22 66,7 37 66,7 10 4,9 12 5,6 22 6,5 130 10,3

Pipit farlouse Anthus pratensis 14 33,3 21 33,3 35 33,3 16 2,4 9 2,8 25 2,2 174 10,3

Courlis cendré Numenius arquata 15 66,7 17 66,7 32 83,3 14 7,3 9 2,8 23 6,5 127 5,1

Locustelle tachetée Locustella naevia 16 83,3 12 66,7 28 83,3 10 2,4 7 5,6 17 4,3 79 20,5

Milan noir Milvus migrans 13 83,3 15 83,3 28 83,3 28 34,1 17 30,6 45 45,7 270 62,8

Rousserolle verderolle

Acrocephalus palustris

15 33,3 13 33,3 28 33,3 13 4,9 10 5,6 23 6,5 136 12,8

Tarier des prés Saxicola rubetra 15 33,3 13 33,3 28 50,0 17 14,6 9 16,7 26 19,6 178 29,5

Tableau 57 : Illustration comparative pour 15 espèces de Zones Humides contactées sur les 2 années de test méthodologique.


En ce qui concerne les espèces communes de zones humides, les contacts réalisés dans le cadre du test méthodologique permettent une fréquence plus élevée que dans le réseau témoin. De la même façon, le nombre d’individus contactés sur la période 2011-2012 sur 6 carrés peuvent être comparés aux effectifs obtenus pour la même période sur 46 carrés du réseau témoin : seul les effectifs du Pouillot fitis sont inférieurs dans le STOC forcé ZH. Les effectifs pour les autres espèces communes sont soit bien au-dessus (Foulque macroule, Cygne tuberculé, Grèbe huppé, Rousserolle effarvatte) soit légèrement supérieur (Canard colvert, Bruant des roseaux, Pipit farlouse, Locustelle tachetée, Rousserolle verderolle, Tarier des prés) dans le STOC forcé ZH.

Comme l’on pouvait le pressentir, ces résultats mettent en évidence que malgré un nombre d’échantillon réduit, la méthodologie du suivi temporel des oiseaux communs adaptée et forcée pour les zones humides obtient une richesse spécifique, une fréquence de contact et des effectifs plus importants d’oiseaux communs de zones humides, que dans un nombre 7 fois plus élevé de carré STOC selon la méthode classique, pour la région Franche-Comté.

c) Le calcul du LPI : application de la méthode pour la Franche-Comté

L’objectif est ici de tester la faisabilité de l’établissement d’un LPI global en Franche-Comté pour les oiseaux de zones humides, ainsi que les 4 sous-indicateurs proposés (1 sous-indicateur « évolution des espèces généralistes vs spécialistes » et 3 sous-indicateur d’évolution d’espèces nicheuses spécialistes selon leur habitat, « prairie humide », « milieu minéral » et « roselières et ceintures d’hélophytes »). Cette étude de faisabilité devra permettre de déduire la possibilité d’étendre à l’échelle du bassin versant cette méthode de calcul pour l’obtention d’un indicateur et de ses sous-indicateurs associés à l’échelle du bassin pour les oiseaux de zones humides.

L’établissement des séries temporelles pour les populations se base sur les dispositifs de suivis nationaux énoncés dans le § 1.9.2 auxquels sont ajoutés les résultats 2011 et 2012 du test méthodologique du STOC forcé ZH. Les séries temporelles sont obtenues pour les espèces listées dans l’Annexe 23, tout en sachant que ces espèces ne se reproduisent pas toutes sur le territoire régional. Le terme de population est ici entendu au niveau régional, considérant la mise en perspective à une échelle de bassin. Dans le cadre d’un observatoire régional, une population entendue au niveau départemental ou d’un site aurait été plus précise. L’objectif n’étant pas ici de tester la précision du LPI mais la faisabilité d’appliquer le schéma conceptuel d’introduire des résultats de suivis nationaux dans un observatoire de biodiversité à l’échelle d’un bassin, la population régionale nous semble adaptée.

Au regard des différents suivis, à leur première date de mise en place et à leur structuration méthodologique au niveau des réseaux locaux de suivis, notamment pour les oiseaux nicheurs, l’année 1990 est préférée à 1970 pour l’année de référence et l’établissement des graphiques, bien que certaines données implémentées concernent des années antérieures à 1990 (elles servent ainsi à l’établissement de meilleurs modèles). Pour les oiseaux hivernants, les comptages existent depuis 1967, y compris en Franche-Comté, mais la structuration du réseau de comptage et des entités comptées est effective depuis le début des années 1990, appuyant ainsi ce choix pour l’année de référence.

La liste des espèces pour chaque indicateur est établie en Annexe 24.

LPI Global : évolution de l'abondance des oiseaux d'eau en Franche-Comté

Pour l’établissement graphique de cette évolution, le LPI est obtenu grâce à la contribution de 59 espèces (37 nicheuses et 22 hivernantes) présentes en région.


Figure 34 : Indice LPI des zones humides Franc-Comtoises pour les oiseaux d’eaux (LPI Global), hivernants (LPI hivernant) et nicheuses (LPI nicheur).

La tendance pour les populations d’oiseaux d’eaux en Franche-Comté est à la hausse, autant pour les populations hivernantes que pour les populations nicheuses. De nombreuses espèces de zones humides ont colonisé récemment la région qui n’est pas connue pour ses vastes zones humides. La Franche-Comté est avant tout constituée de zones humides de petite surface, mais est parcourue de plusieurs vallées alluviales. Ces vallées ont été propices à l’établissement d’espèces telles le Harle bièvre qui, en provenance de Suisse est passé d’un cas de reproduction certaine en 1990 à plus 100 couples en 2010. Dans une proportion moins importante, l’Aigrette garzette s’est installée récemment dans la vallée du Doubs en 2 localités. D’autres secteurs humides, plus vaste, telle la Vallée du Drugeon et les Etangs de Bresse Jurassienne, ont vu l’apparition de nouvelles espèces nicheuses (Sarcelle d’hiver, Goéland leucophée) alors que les populations d’espèces patrimoniales reculent progressivement. La population régionale de Cigogne blanche a elle aussi, sous l’influence de l’augmentation de la population Alsacienne voisine, considérablement augmenté. L’apparition de 11 espèces nouvellement nicheuses dans la région depuis l’année 1990 contribue ainsi à une évolution positive de la tendance des oiseaux d’eaux de la région. La même tendance est observée dans une moindre mesure pour les oiseaux d’eaux hivernants.

Cela ne veut pas pour autant dire que l’état de conservation des zones humides s’améliore dans la région. Le LPI global pour les oiseaux d’eaux en Franche-Comté est ainsi tiré vers le haut par les espèces nicheuses. Toutefois cette augmentation n’est pas le reflet de la qualité des zones humides et peut cacher des disparités entre familles ou espèces. Il apparait ainsi nécessaire de ne pas se contenter de cet indice global mais de le subdiviser en sous indicateurs.


Sous-indicateur 1 « banalisation des milieux »: évolution des espèces nicheuses généralistes vs spécialistes en Franche-Comté

Pour l’établissement graphique de cette évolution, le LPI est obtenu grâce à la contribution de 12 espèces généralistes et de 25 espèces spécialistes présentes en région.

Figure 35 : Indice LPI « banalisation des milieux » des zones humides Franc-Comtoises pour les oiseaux d’eaux

nicheurs généralistes et spécialistes.

On peut constater ici une certaine similarité dans la forme de la courbe pour les oiseaux d’eaux nicheurs généralistes et la courbe du LPI global du graphique du paragraphe précédent. Cette similarité nous permet de dire que le LPI global est tiré (fortement) vers le haut par l’augmentation des espèces généralistes. L’indice pour ces espèces est passé de 1 en 1990 à plus de 90 en 2012, soit une augmentation moyenne des effectifs de 900%. Ce qui est flagrant également, c’est que 12 espèces généralistes ont plus d’influence sur le LPI global que les 25 espèces spécialistes, bien qu’en terme de poids statistique, chaque population soit identique. Ces 25 espèces nicheuses spécialistes des zones humides ont quant à elle une évolution en légère augmentation.

Ce sous-indicateur permet de conforter ce qui a déjà été constaté dans l’utilisation du LPI pour les oiseaux d’eaux pour la Camargue ou l’Observatoire des Zones Humides Méditerranéennes, à savoir que le LPI oiseaux d’eaux trouve son origine dans une augmentation très forte d’une minorité d’oiseaux généralistes, plutôt que dans un état de conservation plus favorable qu’auparavant. Les espèces généralistes exploitent de multiples habitats humides et trouvent ainsi dans leur opportunisme une adaptation importante à la transformation ou à la dégradation des zones humides qu’ils fréquentent. La tendance de ces espèces est plus imputable à la fragmentation des habitats, à l’homogénéisation des milieux ou à l’eutrophisation qu’à une amélioration de la qualité des zones humides.


Sous-indicateur 2 « pression agricole » : évolution des espèces nicheuses spécialistes de milieux alluviaux et systèmes prairiaux, en Franche-Comté

Pour l’établissement graphique de cette évolution, le LPI est obtenu grâce à la contribution de 5 espèces spécialistes présentes en région.

Figure 36 : Indice LPI « pression agricole » des zones humides Franc-Comtoises.

En Franche-Comté, la tendance pour les 5 espèces nicheuses spécialistes de milieu prairial est très parlante, avec une baisse moyenne de 60% des effectifs entre 1990 et 2012. Cette baisse alarmante, connue en région mais aussi sur certaines espèces au niveau national comme le Râle des genêts, peut ainsi engendrer des réactions auprès des décideurs. L’outil LPI appliqué à ce type de sous-indicateur est d’un grande aide pour discriminer les priorités d’actions sur les milieux qui touchent le plus l’évolution de l’avifaune. Les milieux prairiaux sont menacés par le drainage, qui assèche les prairies humides, et par les pratiques agricoles qui ne sont pas en adéquation avec la biologie des espèces. Les fauches précoces ont ainsi un impact sur les populations liées à ce type de milieu, détruisant les nichées en période de nidification.

Dans une logique d’observatoire de biodiversité, on voit ici tous le sens et l’importance de ne pas traiter un indicateur global seul mais de l’associer à des sous-indicateurs. A l’inverse dans une approche axée sur la qualité des milieux humides, il nous apparait important de pouvoir extraire des indicateurs spécifiques via un groupe d’espèces indicatrices, comme ici pour cet indicateur de pression agricole.


Sous-indicateur 3 « dynamique naturelle » : évolution des espèces nicheuses spécialistes de milieu pionnier ou minéral en Franche-Comté

Pour l’établissement graphique de cette évolution, le LPI est obtenu grâce à la contribution de 3 espèces spécialistes présentes en région.

Figure 37 : Indice LPI « dynamique naturelle » des zones humides Franc-Comtoises.

Pour ce sous-indicateur de milieu minéral, seules 3 espèces sur 16 possibles contribuent à l’établissement graphique pour la région. C’est en partie dû au fait que les principales espèces spécialistes du milieu sont présentes en zones littorales méditerranéennes pour le bassin. L’Hirondelle de rivage aurait pu être intégrée pour la région, mais le premier inventaire régional (dans le cadre de l’enquête nationale) a été mené en 2012 seulement. Si cette enquête nationale était reconduite à une cyclicité de 5 ou 10 ans, le dispositif de suivi pourrait ensuite être intégré aux indicateurs proposés dans la présente étude.

La tendance pour les espèces du milieu minéral apparait en diminution. En Camargue, cette tendance a été confirmée également pour les espèces laguno-marines, majoritairement nicheuse en milieu minéral pionnier et intégré dans le sous-indicateur proposé. Pour ces espèces, comme pour les 3 espèces de Franche-Comté, le milieu minéral doit être sujet à des dynamiques de renouvellement des milieux pionniers pour être maintenu à cet état minéral. La dynamique alluviale, en lit mineur, dans les estuaires ou dans les salins doit permettre ce renouvellement et la formation d’ilots de galets et graviers dépourvu de végétation. L’endiguement des fleuves et des salins stabilise les milieux en bloquant cette dynamique. L’évolution de cette communauté d’oiseaux peut donc être un bon indicateur de la présence ou du manque de dynamique alluviale ou laguno-marine. Le sous-indicateur peut ainsi être calculé à partir des données disponibles pour toutes ou partie des 16 espèces spécialistes présentes sur le bassin.


Sous-indicateur 4 « interface terre-eau » : évolution des espèces nicheuses spécialistes de marais, roselières et ceintures d’hélophytes en Franche-Comté

Pour l’établissement graphique de cette évolution, le LPI est obtenu grâce à la contribution de 9 espèces

spécialistes de marais, roselières et ceintures d’hélophytes présentes en région.

Figure 38 : Indice LPI « interface terre-eau » des zones humides Franc-Comtoises.

Pour les milieux liés à l’interface terre-eau, l’évolution positive est due à la progression en région de 2 espèces d’anatidés apparues récemment. La région étant très peu pourvue en marais, roselières et ceintures d’hélophytes, la tendance établie ici peut présager du fait que cet indicateur à l’échelle du bassin sera plus robuste que dans notre région, car intégrant plus d’espèces présentes dans cet écotone, qui présente des surfaces plus importantes dans d’autres régions du bassin.

Ces milieux sont en régression, du fait du drainage, de la pression agricole, de l’artificialisation des berges, de la pisciculture intensive ou d’une mauvaise gestion. Ils jouent pourtant un rôle important pour la biodiversité dans les effets-lisières, qui sont des cœurs d’habitat privilégié par de nombreuses espèces patrimoniales, et ont un rôle épurateur notoire des eaux.


La méthodologie proposée ici pour réaliser un observatoire avifaune des zones humides à l’échelle du bassin Rhône Méditerranée nous semble pertinente dans la mesure où (1) elle se base sur des dispositifs de suivis existants et appliqués par les territoires du bassin versant, (2) elle utilise un outil de calcul reconnu par le monde scientifique et appliqué dans le cadre d’autres observatoires et (3) elle est applicable en région Franche-Comté, région peu pourvue en zones humides. Evidemment cette méthode possède des limites et ne peut être considérée sans failles.

a) Opérationnalité

Acquisition des données de suivis

Pour ce qui concerne les dispositifs existants, il est bien sûr nécessaire de rappeler que les données acquises lors de ces suivis le sont dans des cadres salariés (associations, organismes d’état, fédérations


régionales ou départementales, centre de recherche, etc.) mais également et majoritairement bénévoles, par l’action d’un public passionné et connaisseur. Ce public met ses connaissances au profit des sciences participatives. C’est donc à la fois une force et une faiblesse de ces dispositifs. Force, car c’est un déploiement exceptionnel sur un territoire qu’il est impensable de pouvoir quantifier, tant en termes d’heures que d’équivalence financière. Ces efforts sont renforcés par des coordinations salariées (nationales ou locales) qu’il est donc nécessaire de maintenir par la voie de subventions ou d’aides financières apportées aux structures porteuses des différents dispositifs à toutes échelles. Faiblesse, car sans ces financements, l’on peut penser que certains dispositifs seraient mis à mal. Faiblesse, car l’épuisement bénévole est une réalité, d’autant plus dans l’environnement où les sciences participatives ont tendance à s’inscrire partout et sur tous les taxons. Il n’en est pas moins que l’avifaune reste un des taxons les mieux pourvus en connaissances, avec un recul pouvant aller jusqu’à 1967 pour le suivi le plus ancien. Peu de taxons peuvent ainsi prétendre à obtenir des données quantitatives sur un pas de temps aussi long. Dans une logique d’efficience, il paraitrait donc inapproprié de ne pas s’appuyer sur ces dispositifs de suivis et de ne pas faire en sorte de les utiliser au mieux sur toutes les échelles administratives possibles.

L’outil LPI

Pour ce qui concerne l’outil de calcul, le LPI, cet indicateur très agrégé permet de prendre en compte des données de multiples espèces à partir de suivi hétérogènes, inégaux dans le temps et même dans leur fiabilité. Ses capacités de désagrégation selon les données disponibles ont également séduit des organismes qui l’ont ainsi utilisé comme indicateur d’observatoires existants (Camargue et Observatoire des Zones Humides Méditerranéennes) ou préconisé pour l’application d’observatoire régional (Languedoc-Roussillon). Cet outil conçu pour être utilisé au niveau mondial est par ailleurs utilisé comme indicateur de la Convention sur la Diversité Biologique. Il a fait l’objet de nombreuses publications scientifiques et son utilisation libre de droit est applicable par tous, aisément. Il possède des contraintes et des biais (voir paragraphe suivant) mais nous apparait aujourd’hui comme un outil adapté aux observatoires de biodiversité.

Le protocole STOC EPS forcé ZH

L’adaptation méthodologique réalisée et testée en Franche-Comté pour l’obtention d’un dispositif de suivi adapté aux oiseaux communs de zones humides s’avère efficace et applicable. Une validation extérieure est cependant nécessaire. Aucune région n’ayant pu appliquer la méthodologie, notamment sur l’obtention des carrés en zones humides, il nous est ici difficile d’extrapoler au-delà des frontières régionales. Pour la Franche-Comté, la méthode nous permet de dire cependant que de nombreuses zones humides de petites tailles sont exclues de fait. Aucun élément ne nous permet également de dire combien de carrés STOC EPS forcé zones humides sont nécessaires par région pour que l’ensemble des données soit suffisantes pour évaluer une tendance statistiquement viable.

Les indicateurs proposés

L’indicateur LPI global pour l’évolution des oiseaux de zones humides a été proposé, accompagné de 4 sous-indicateurs. Les listes d’espèces pour ces 4 sous-indicateurs sont validées mais peuvent être sujettes à controverse ou à amélioration. De la même façon, d’autres sous-indicateurs peuvent être réalisables et envisageables à l’avenir. Cela mérite cependant du travail et de la consultation d’experts pour validation. On peut penser par exemple à intégrer un sous-indicateur « espèces menacées » car il est difficile, surtout pour les zones humides, de ne pas envisager un bon état écologique des zones humides sans qu’elles puissent préserver les espèces patrimoniales. Une autre possibilité à envisager est l’intégration d’un indicateur changement climatique. En effet dans un contexte global de changement du climat, certaines espèces s’adaptent en étendant leur aire de répartition vers le nord (e.g. Cisticole des joncs) ou en modifiant leurs aires d’hivernages (e.g. Cigogne blanche) et s’épargnant ainsi un long voyage. Une étude des différentes espèces pouvant être indicatrices de ces changements doit pouvoir être envisagées.

L’application en Franche-Comté

Le test d’opérationnalité pour un schéma théorique d’application du LPI basé sur les données des dispositifs nationaux existants pour l’avifaune a été réalisé en Franche-Comté. Il prouve ainsi que c’est réalisable et applicable aux autres régions du bassin versant afin d’obtenir un indicateur global de bassin et les sous-indicateurs proposés. Quelques contraintes et biais peuvent être formulés quant à l’utilisation du LPI. Les


données doivent être de qualité, dont les principaux critères sont les suivants :

- des séries temporelles longues ;

- quantité de lacunes dans les séries (données non interpolées) ;

- nombre de séries temporelles (d’espèces suivies) à agréger ;

- pérennité des suivis et homogénéité dans le temps.

Dans le cadre du test réalisé, l’application des dispositifs existants permet d’obtenir des données annuelles pour le suivi des ENRM, 5 données entre 1970 et 2012 pour le suivi des Oiseaux marins, 2 pour les anatidés entre 1983 et 2012, 2 pour les limicoles entre 1996 et 2012, 4 entre 1989 et 2012 pour les Hérons arboricoles et des données annuelles pour les Oiseaux d’eaux hivernants (aucune hors Franche-Comté pour les oiseaux communes issus du STOC forcé ZH). Ainsi le nombre d’espèces suivies (81 à l’échelle du bassin) est suffisant, les suivis sont pérennes, mais les séries temporelles longues, sans ou quasi sans lacunes dans les séries, n’existent que pour les espèces nicheuses rares et menacées et le comptage oiseaux d’eaux hivernants. Le suivi des anatidés et des limicoles nicheurs apparaissent ainsi comme des biais de la méthode puisqu’ils induisent avec leur 2 points de suivis une incertitude importante, ou en tout cas une variabilité non négligeable. L’avantage en revanche, c’est que les populations mesurées dans le cadre de ces dispositifs de suivis peuvent être considérées comme proche de l’exhaustivité sur un territoire donné. Les données sont ainsi représentatives de l’ensemble de la population du territoire. Autre point soulevé par cette notion de représentativité, c’est le poids donné aux espèces. En effet, la méthode de calcul du LPI donne le même poids à toutes les espèces. Le problème majeur qui peut en résulter concerne la surreprésentation d’une espèce par rapport à d’autres. Il faut donc bien prendre en compte les changements de l’indicateur dans l’interprétation et la lecture du LPI.

L’application à l’échelle du bassin Rhône Méditerranée

Si le test en Franche-Comté s’est fait dans le cadre de cette présente étude, l’obtention des données secondaires sur les autres territoires du bassin versant est dans la poursuite du présent projet. En effet, plusieurs régions se trouvent sur le périmètre du bassin versant (Figure 39) et il existe des structures régionales coordinatrices, que sont l’EPOB en Bourgogne, la LPO coordination Rhône-Alpes, la LPO PACA et Meridionalis en Languedoc-Roussillon. Ces interlocuteurs multiples seront ainsi associés afin : (1) d’établir une convention sur l’utilisation des données qu’ils possèdent et (2) d’évaluer le cout nécessaire à la compilation des données brutes en données secondaires pour les faire parvenir à un coordinateur qui réalisera la mise en forme et le calcul des indicateurs proposés pour l’échelle du bassin. Cette évaluation, heures et budgets, nécessaire à cette mise en place fera l’objet des objectifs 2013 de la LPO Franche-Comté.

Figure 39 : Le réseau d’acteurs ornithologiques sur le territoire du bassin Rhône Méditerranée.


b) Conclusion sur le groupe avifaune

Les tests méthodologiques proposés dans le cadre de l’établissement d’indicateurs avifaune à l’échelle du bassin Rhône Méditerranée sont prometteurs. Nous avons obtenus un indicateur applicable sur la Franche-Comté et reflétant l’état des zones humides régionales, grâce au caractère bio-indicateur et intégrateur de l’avifaune. La force du test réside en (1) la mobilisation de données et de dispositifs de suivis existants et (2) l’application à une échelle du bassin. La faisabilité de cet indicateur à long terme repose sur l’amélioration de certains dispositifs, l’ajout d’autres et leurs pérennisations.

La prochaine phase est la réalisation de l’indicateur LPI et de ses sous-indicateurs associés, à l’échelle Rhône Méditerranée, en collaboration avec le réseau d’acteurs ornithologiques. Cette production permettra d’améliorer la méthode proposée telle qu’elle est définie dans ce rapport et que l’on peut résumer par le schéma suivant :

Figure 40 : Schéma montrant l’intérêt de la production d’un indicateur LPI RhoMéO


1.10 Conclusions sur la pertinence des indicateurs

Conclusions au niveau régional

Le tableau 58 ci-dessous synthétise les éléments de conclusion concernant la fiabilité scientifique, la robustesse et, pour les protocoles basés sur des listes d’espèces, la représentativité du peuplement obtenu par rapport au peuplement préalablement connu.

Groupes Protocoles Nombre de sites testés

Robustesse / fiabilité scientifique

% du peuplement connu contacté

Commentaire

Hydrologie

piézomètres manuels

2 sites / Basé sur des mesures objectives, mais possibles biais de mesure

piézomètres automatiques

2 sites / Mesures automatisées non biaisées

Pédologie Protocole

"rhônalpin" 17 sites /

Protocole simple diminuant les risques d'effet opérateur, mais analyses automatisées à améliorer

Flore Habitats

Protocole "rhônalpin"

17 sites (18) - 50 - (88)12

Représentativité hétérogène, dépendant de la pression d'échantillonnage et du niveau de connaissances préalable. Faible biais observateur si bonne localisation des points, mais problème de pression d'échantillonnage et de représentation de l'ensemble des habitats.

Mise à jour de cartographie

existante 3 sites non calculé

Peu de variations stochastiques dues à la non-observation de certaines espèces ou à la période de réalisation. Pas de biais d'échantillonnage (exhaustif), mais biais opérateur pouvant être important (surtout si habitats non connus au préalable, donc surtout cartographie nouvelle).

Cartographie nouvelle

4 sites non calculé

Transect phytocénotique

7 sites non calculé

Peu de variations stochastiques dues à la non-observation de certaines espèces ou à la période de réalisation. Vision plus fragmentaire de la diversité des habitats que la cartographie, mais meilleure reproductibilité.

Odonates Protocole

"rhônalpin" 14 sites (45) - 60 - (87) Bon aperçu du peuplement globalement

Rhopalocères Protocole

"rhônalpin" 13 sites (8) - 50 - (89) Représentativité hétérogène.

Amphibiens Protocole

"rhônalpin" 14 sites (50) - 81 - (100) Globalement, bonne détectabilité grâce aux trois méthodes

Avifaune

STOC forcé zones humides

3 secteurs

/ Adaptation du protocole STOC reconnu au niveau national

LPI échelle région

/ Se base sur un échantillonnage très important quoique dépendant de l'engagement bénévole.

Tableau 58 : Bilan sur la robustesse des protocoles testés

Le tableau 59 ci-dessous synthétise cette fois-ci les éléments de conclusion :

- concernant l’opérationnalité des protocoles (facilité de mise en œuvre, coût et compétences nécessaires) ;

12

Valeur moyenne et valeurs extrêmes (certaines valeurs extrêmes influençant trop fortement la moyenne n’ont pas été prises en compte)


- concernant également l’impact environnemental des suivis réalisés 13

: consommation d’énergie à travers le nombre de passages nécessaires ; impact sur la faune, la flore et les habitats par destruction lors de prélèvements (de toute façon forcément très ponctuels et localisés), dérangement (fréquentation d’habitats d’espèces sensibles en période de nidification par exemple) ou encore piétinement des habitats fragiles.


Opérationnalité Impact potentiel sur

l'environnement

Commentaire Nombre

de passages

Commentaire

Hydrologie


2 sites Très dépendant de la disponibilité de bénévoles ou coûteux

> 5

Nécessite plus de passages que pour les sondes automatiques, y compris en période potentiellement sensible.


2 sites Coût d'investissement important mais amortissement rapide

2 Installation et relevé possible hors périodes sensibles.

Pédologie Protocole

"rhônalpin" 17 sites

Globalement facilement réalisable par des non-spécialistes. Pratique car non saisonnier.

1 Impact sur les sols négligeable (tarière). Possible hors période sensible.

Flore Habitats

Protocole "rhônalpin"

17 sites

Rapide, pratique et relativement aisé à mettre en œuvre. Support terrain bien conçu, clair et complet. Indépendant des phases d'interprétation phytosociologique.

1

Impact limité au transect, à peu près négligeable si les périodes sensibles sont évitées (ce qui est le plus souvent possible avec la végétation) et si on utilise un GPS nomade plutôt que le topofil (besoin d'ouvrir le chemin dans ce cas dans les zones enfrichées).


existante 3 sites

Demande des compétences assez importantes et n'est réalisable que sur certains sites. Relativement chronophage

1 Impact restant très faible (passage possible en dehors des périodes sensibles…). Nécessité de visiter l'ensemble du site, mais à l'inverse pas de positionnement obligé de placettes le long d'un transect et donc possibilité d'éviter des zones ponctuelles trop sensibles au piétinement.


4 sites

Demande des compétences assez importantes. Très chronophage sur les grands sites, mais convient bien à des petits sites hétérogènes et riches d'un point de vue écologique

1

Transect phytocénotique

7 sites

Beaucoup de phases liées à l'interprétation de l'opérateur et donc à ses compétences. Mais beaucoup moins coûteux en temps que la cartographie. Actuellement, pas de référentiel unique sur les syntaxons des zones humides du bassin versant RM

1 Comme protocole rhônalpin.

13

Conformément aux engagements pris dans le cadre des financements par l’Union européenne par l’intermédiaire des fonds Feder.


Odonates Protocole


Globalement opéationnel, mais quelques éléments à clarifier(description de l'habitat…)

3

Impact faible globalement : pas de prélèvement en dehors des exuvies (sauf capture et relâcher possible), possibilité le plus souvent d'éviter les zones sensibles. Néanmoins, passage en période de nidification nécessaire (exemple du dérangement fortuit de la sarcelle d'hiver sur un site).

Rhopalocères Protocole


Globalement trop dépendant des dates de passage et peu de contacts avec les espèces

3

Passage en période de nidification pouvant être nécessaire (milieux alluviaux…), moins localisé que pour les odonates. Pas de prélèvement (seulement capture et relâcher)

Amphibiens Protocole


Globalement opérationnel, mais des éléments à adapter (allégement des critères relevés…)

3

Le protocole prévoit d'éviter la perturbation des habitats larvaires, mais c'est parfois difficile (utilisation du troubleau, identification des larves). Globalement hors périodes sensibles (sauf passage pour larves).

Avifaune


3 secteurs

Opérationnel en Franche-Comté, besoin de test sur d'autres régions

2

Basé sur des écoutes, possibles depuis chemins et accès, ce qui permet d'éviter de pénétrer dans les zones sensibles.


Se base sur des dispositifs existants, c'est un avantage mais suppose l'accessibilité aux données.

/ Pas de terrain supplémentaire, valorise les données existantes.

Tableau 59 : Bilan sur l’opérationnalité des protocoles testés

Enfin, le tableau 60 (page suivante) synthétise les éléments de conclusion concernant l’interprétabilité des protocoles, à ce stade de la réflexion qui reste à approfondir, la démarche n’étant pas encore aboutie.

Conclusions au niveau du bassin

Le choix des protocoles et des indicateurs les plus pertinents sera effectué au niveau du bassin au cours de la tranche 2013.

Il s’appuiera notamment sur :

- les conclusions de la phase de test concernant l’opérationnalité des protocoles ;

- un important travail d’analyse des données, afin de mettre en avant les indicateurs les plus intégrateurs, de définir les limites de leur domaine d’application et leur lien avec des fonctions des zones humides ou des pressions auxquelles elles sont soumises, ou encore d’éviter la sélection d’indicateurs trop redondants.

Au final, quelques indicateurs pourraient intégrer le tableau de bord du SDAGE, qui reste lacunaire pour la composante zones humides du domaine d’intervention de l’Agence de l’eau RMC. Les autres indicateurs devraient être compilés au sein d’une « boîte à outils » laissée à destination notamment des gestionnaires d’espaces naturels et des animateurs territoriaux dans le domaine de l’environnement.



Interprétabilité nombre

d'indicateurs préretenus

(bassin)

nombre d'indicateurs calculés (ré-

gion)

Commentaire

Hydrologie


2 sites

2 2 Indicateurs fiables, mais questions sur l'effet du positionnement de la sonde ou encore de la période de relevés


2 sites

Pédologie Protocole "rhô-

nalpin" 17 sites 2 2

Peu d'indicateurs retenus et résultats peu concluants sur le jeu de données franc-comtois

Flore Habitats

Protocole "rhô-nalpin"

17 sites 10 0

Possibilité de dégager des nombreux indi-cateurs sur la base des espèces relevées, en particulier grâce aux valeurs de Landolt (humidité, trophie…).


existante 3 sites 0 0

Faible variabilité interannuelle, mais possi-bilité d'accéder aux surfaces "réelles" d'habitats humides de divers types et à leur état de conservation (critère assez subjectif cependant). Risque : évaluer l'interprétation de l'observateur et non une liste floristique ou un relevé phytoso-ciologique objectif.


4 sites 0 0

Transect phyto-cénotique

7 sites 1 1

(2 sous-indicateurs)

Possibilité de référence à la notion d’habitats et à leur statut, ainsi qu'à leur fragmentation, voire via les relevés de référence aux paramètres issus des valeurs de Landolt (humidité, trophie…). Permet seulement la comparaison dans le temps.

Odonates Protocole "rhô-


L'indicateur (% espèces sténoèces au ren-dez-vous) permet une estimation intéres-sante de l'évolution et la formulation d'hy-pothèses sur les processus altérés (pour l'état, seuils restant à préciser). Résultats partiels en Franche-Comté, car adaptation au contexte régional non aboutie.

Rhopalocères Protocole "rhô-


Interprétabilité sur la base des espèces des zones humides au rendez-vous restant à finaliser pour tester sa pertinence, y com-pris sur le jeu de données régional.

Amphibiens Protocole "rhô-


Peu d'indicateurs retenus et difficulté glo-balement à construire l'interprétation : faible nombre d'espèces, nombreux para-mètres entrant en compte à différentes échelles.

Avifaune


3 sec-teurs

0 0 Fait partie des éléments intégrés au LPI.


1 1

(différentes composantes)

Indicateur global pouvant être décomposé en de nombreux indicateurs. Puissant, mais non adapté à l'échelle des sites et nécessi-té d'une analyse des tendances par ses composantes.

Tableau 60 : Bilan sur l’interprétabilité des protocoles testés


2 . A x e B , Te s ts d e s u i v i d e l ’ e n s e m b l e d e s z o n e s h u m i d e s d u b a s s i n e t c h o i x d e s m é t h o d e s l e s p l u s e f f i c i e n t e s e n t é l é d é t e c t i o n


Contrairement à l’axe A , qui s’attache à étudier la pertinence des protocoles à grande échelle, l’axe B a pour objectif de développer et d’appliquer des méthodes permettant la détection spatio-temporelle et les suivis quantitatifs et qualitatifs des zones humides à une échelle plus petite (dalle de 60km x 60km).

Les objectifs et la méthodologie de cet axe sont communs à l’ensemble des régions malgré des disparités existantes dans le spectre des zones humides présentes au sud et au nord.

A l’échelle du bassin, il s’agissait donc de suivre le suivi des quatre indicateurs spatiaux suivants :

- la surface en zones humides,

- les superficies inondées (permanentes, temporaires…) au sein de ces zones humides,

- leur fragmentation,

- les superficies de zones humides artificialisées, urbanisées ou converties en agriculture.

La méthodologie appliquée ici est issue en grande partie du travail du groupe rhônalpin qui a pu bénéficier de l’aide de l’équipe de PACA qui possédait des compétences en télédétection (Tour du Valat et Maison de la télédétection de Montpellier). Il s’agissait tout d’abord de tester la fiabilité des outils de télédétection (et d’autres sources de données) pour un futur suivi imaginé « en routine » et dans un second temps d’évaluer sur la base de tests et de résultats concrets l’intérêt de maintenir ou non les quatre indicateurs.

En Franche-Comté, malgré un manque de compétences en interne qui limitait le champ des interventions possibles, l’équipe s’est engagée à suivre activement la réflexion à l’échelle du bassin en participant notamment à toutes les réunions organisées. De plus, afin de tester les méthodes d’analyses développées par les autres régions dans un contexte géographique et hydrographique différent, la Franche-Comté s’est engagée à acquérir des images satellites SPOT sur une partie de son territoire afin de les exploiter.

Il est à noter que sur cet axe la Bourgogne a travaillé de façon très rapprochée avec la Franche-Comté.

2.2 Méthodologie

2.2.1 Partenariats

Comme cela est précisé précédemment, la Franche-Comté a donc eu comme objet d’étude l’acquisition d’images satellitales SPOT, en cohérence avec le travail du bassin qui était de tester des méthodes d’analyses en routine sur différents objets d’études. Cependant, un des inconvénients de cet axe de travail est qu’il exige des compétences spécifiques en analyses de données issues de la télédétection. Des partenariats locaux ont donc dû être recherchés. Cette recherche a été menée de façon commune avec la Bourgogne. Le premier partenaire potentiel consulté a été le laboratoire Théma de l’université de Franche-Comté, qui étudie la géographie via des analyses quantitatives et modélisatrices. Cependant, le laboratoire n’a pas souhaité donner suite, car il considérait que RhoMéO était trop éloigné de sa thématique de recherche (et qu’il était notamment difficile de proposer un stage sur ce sujet à un étudiant du master Information spatiale et aménagement). Un rapprochement avec AgroSup Dijon a été ensuite entrepris. Malheureusement, pour des raisons essentiellement budgétaires, les discussions n’ont finalement pas abouti. Suite à l’échec de cette phase de recherche de partenariats, des solutions en régie ont été envisagées.

Le CEN Bourgogne a alors lancé un recrutement en interne sur un poste en temps plein, afin de travailler sur :

- le test de l’approche CORINE Land Cover sur les périmètres de zones humides identifiées par les inventaires,

- le repérage des milieux tourbeux par télédétection sur le secteur du Drugeon,

- la recherche des signatures spectrales des zones humides de la vallée de la Saône.


La recherche d’un salarié n’a finalement pas abouti. La Franche-Comté a alors eu l’opportunité de conventionner, sous le statut de stagiaire, la personne qui avait déjà réalisé les analyses en télédétection en région PACA, Anis Guelmami. Ce dernier a ainsi effectué l’ensemble des analyses des secteurs franc-comtois et bourguignons durant l’été 2012 (août et septembre 2012). Enfin, la Franche-Comté a participé à l’ensemble des réunions de bassin afin de participer et de suivre l’évolution de la réflexion. Voici les réunions auxquelles elle a participé :

- 15/09/2011 : état d’avancement dans chaque région, planification du travail pour 2012

- 18/01/2012 : état d’avancement dans chaque région, réflexion sur la typologie du sol pour le calcul des indicateurs axe B, liens avec les initiatives nationales, point sur le rapport commun final axe B

- 11/05/2012 : point sur l’état d’avancement des travaux dans chaque région, échanges et réflexions techniques sur les éléments de méthodologie, point en vue du séminaire 2012

- 27/06/2012 : point sur l’état d’avancement régional, présentation des résultats obtenus par la stagiaire au CEN Rhône-Alpes

2.2.2 Acquisition des données

Afin d’obtenir l’accès aux supports de l’étude, une convention dans le cadre d’un projet de recherche a été signée entre l’entreprise SPOT Images et le CEN Franche-Comté. Ainsi les données satellitales utilisées sont des images SPOT 5 datant de l’année 2011, avec pour un même secteur des images programmées à chacune des saisons de l’année (entre mars et novembre). Le secteur d’étude choisi correspond à deux secteurs hydrographiques étudiés dans l’axe A : la vallée du Drugeon dans le Haut-Doubs et la Haute vallée de l’Ain, comme le montre la figure 39 ci-dessous.

Figure 39 : Secteur de Franche-Comté sélectionné pour la réalisation de l’axe B

En plus des images satellites, une autre source de données a été utilisée afin de maximiser le repérage des zones humides : le Modèle numérique de terrain (MNT) de l’IGN. Enfin une troisième source de données a été utilisée. Il s’agit du Registre Parcellaire Graphique agricole (RPG). Celui-ci a servi à délimiter l’ensemble des sites agricoles de chaque département et :

- dans un premier temps, de les comparer aux cartes d’occupation du sol obtenues après traitement ;

- dans un second temps, de mesurer les pressions agricoles sur les zones humides tests de RhoMéO axe B.


2.2.3 Protocoles de traitement des données (GUELMAMI.A, 2011-2012)

a) Prétraitement des données acquises

Un prétraitement des données a été requis afin de pouvoir en extraire les informations nécessaires à la cartographie et au calcul des surfaces en zones humides. En effet, ce prétraitement a permis de corriger les informations contenues dans les données acquises afin d'en extraire l'essentiel pour le travail à accomplir.

Prétraitement des images SPOT 5

Les images SPOT 5 utilisées (4 au total) ont été acquises par le Conservatoire d’espaces naturels de Franche-Comté et concernent des clichés pris entre mars et novembre 2011. Ces images ont une résolution spatiale de 10 mètres en mode multi-spectral. Elles possèdent 4 canaux : le Proche Infrarouge (PIR), le rouge (R), le vert (V), et le Moyen Infrarouge (MIR).

Avant tout traitement, des corrections géométriques d’image doivent être effectuées afin d’avoir une série d’interprétation ayant toutes la même projection et permettant ainsi la superposition d’images. En effet, ces opérations ont pour but de compenser les déformations issues de la prise de vue satellitale, du relief et de la rotondité de la Terre. Les images utilisées ont donc subi une ortho-rectification et un système de coordonnées leur a été attribué dans un système de projection géographique : le Lambert Conformal Conic RGF 1993.

Une fois les images corrigées, l’indice de végétation NDVI, ou Normalized Difference Vegetation Index, est calculé pour chaque image grâce au logiciel de télédétection ENVI 4.7. Cet indice est défini comme le rapport normalisé de la différence entre la réflectance PIR (B1) et la réflectance acquise dans la bande spectrale R (B2) du capteur. Le NDVI est l’indice de végétation le plus communément utilisé pour estimer la quantité de végétation présente sur la surface et suivre son évolution temporelle.

Un autre raster a été calculé afin de faciliter l’analyse radiométrique des images et de différencier certaines classes d’occupation du sol; il s’agit de la texture des images. Celle-ci peut être définie comme l’ensemble des relations en niveau de teintes entre des points élémentaires voisins dans une image (pixel). Cela contribue à mieux définir les caractéristiques visuelles de l’image : forme répétitive ou pas, périodicité d’une teinte… Ce raster permet notamment de distinguer les taches urbaines des sols nus, qui sont difficilement différenciables par une analyse d’image en mono-date.

Prétraitement du MNT

Un modèle numérique de terrain (MNT) est une représentation 3D de la surface d’un terrain, créée à partir de données d’altitude. Contrairement au Modèle Numérique d’Elévation (MNE) le MNT ne prend pas en compte les objets couvrant sa surface, comme les plantes et les bâtiments.

Pour le secteur étudié, le MNT utilisé est celui de l’IGN à 25 mètres fourni par la Maison de la Télédétection de Montpellier. Un premier travail est nécessaire afin de créer une mosaïque régionale des MNT département pour ensuite la découpée avec les contours administratifs de la région.

Son utilisation a permis dans un premier temps de délimiter les zones de faibles pentes (1%, 2%, 3%, 5% et 10%) afin de mieux localiser certaines zones humides difficilement repérables sur les images satellites. Pour cela l’application Spatial Analyst sur ArcGIS a été utilisée avec l’outil permettant le calcul des pentes se trouvant dans le module Surface Analysis. Cela permettra plus tard, d’éliminer les erreurs de classification, notamment celles dues aux confusions entre classes d’occupation du sol telles que les sols nus des plaines alluviales et les autres sols nus. Dans un second temps, le MNT a permis de définir le tracé des cours d’eau grâce à l’outil calculant les lignes d’accumulation des flux, à partir du raster de direction des flux, présent dans Spatial Analyst. Cela peut s’avérer utile notamment pour le repérage de certaines zones humides se trouvant en bordure des bras des cours d’eau et qui sont très difficilement détectables via une analyse radiométrique des images satellites même en multi-dates.


b) Délimitation des parcelles agricoles

Tout d’abord une analyse sur la végétation a été effectuée afin de séparer la végétation naturelle de celle correspondant à l’agriculture. Celle-ci ne peut se faire que sur les sites ayant une couverture temporelle pluri-saisonnière, comme c’est le cas ici.

Une première classification, non supervisée, du type K-Mean sera appliquée sur les deux bandes spectrales de SPOT 5 (à savoir R et V) pour les mois de Mars et de Juillet. Cela a permis de distinguer la végétation naturelle de l’agricole. Par la suite un seuillage sur les valeurs NDVI supérieur à 0 a été effectué pour toutes les dates. Les rasters résultant de ces seuillages ont ensuite été reclassés en deux classes : 0 pour les pixels où il n’y a pas de végétation et 1 pour le reste des pixels végétalisés.

Enfin grâce à la Calculatrice Raster, ces images reclassées ont été additionnées une à une pour donner une carte annuelle de taux de recouvrement végétal de la zone d’étude (figure 40). Cette opération a permis de séparer les pixels qui ont été couverts de végétation au moins une fois sur les 4 images de ceux qui ne l’ont jamais été, et de pouvoir ainsi appliquer un masque de « pixels sans végétation » à la carte de végétation naturelle / agricole élaborée lors de la première étape.

Figure 40 : Niveau annuel de végétation selon l'analyse sur les valeurs des NDVI comprises entre 0 et 1 (0 sans végétation aucune, 4 couvert de végétation toute l'année).

c) Classification des images SPOT 5 par arbre de décision

D’une manière générale, l’arbre de décision est un outil d’aide à la décision qui représente la situation plus ou moins complexe à laquelle il faut faire face. Il prend la forme d’un graphique sur lequel à l’extrémité de chaque branche des différents résultats possibles en fonction des décisions prises à chaque étape apparaissent. En télédétection cette méthode appartient au groupe des classifications dites supervisées.

Un arbre de décision est composé d’une racine qui est le point de départ de l’arbre, des nœuds et des branches qui relient : la racine avec les nœuds, les nœuds entre eux et les nœuds avec les feuilles. En télédétection les nœuds non terminaux représentent les attributs avec les seuils de séparabilité tandis que les classes de pixels obtenues après traitement jouent le rôle des feuilles ou nœuds terminaux. Chacun représente une classe (ou une composante d’une classe) d’occupation du sol.

Pour le site franc-comtois, le paramétrage de l’arbre de décision prend en compte l’ensemble des bandes spectrales de toutes les images ainsi que leur NDVI. Il contient donc 20 paramètres : (4B + NDVI) x 4 dates = 20 paramètres (figure 41). Finalement la construction de l’arbre est basée, non seulement sur du multi-spectral, mais aussi sur du multi-dates afin de délimiter des classes d’objet de la manière la plus précise possible en fonction de l’évolution saisonnière des réponses radiométriques (activité végétale, teneur en eau…).


Figure 41: Arbre de décision pour l'analyse de la zone d'étude en Franche Comté.

Mars Juillet Septembre Novembre b1 = PIR b6 = PIR b11 = PIR b16 = PIR b2 = R b7 = R b12 = R b17 = R b3 = V b8 = V b13 = V b18 = V b4 = MIR b9 = MIR b14 = MIR b19 = MIR b5 = NDVI b10 = NDVI b15 = NDVI b20 = NDVI

2.3 Résultats obtenus (GUELMAMI.A, 2011-2012)

2.3.1 Délimitation des parcelles agricoles et comparaison avec les RPG

L’analyse des canaux 2 et 3 des images de mars et de juillet a permis de délimiter l’ensemble des parcelles agricoles présentes sur le site d’étude (figure 42).

Figure 42 : Cartographie de la végétation naturelle et agricole dans la zone d'étude.

La comparaison des résultats de délimitation des zones agricoles par satellite avec celles du Registre Parcellaire Graphique (RPG) démontre que ces dernières ont été relativement bien délimitées par analyse des images SPOT en multi-dates (figure 43). En effet, si le tout est rapporté à une surface totale correspondant à la zone d’étude (soit 241 001 ha), alors 44,5% de la superficie est culture via l’analyse satellite contre 41,1% selon le RPG (tableau 61).


% agricole (S5) % agricole (RPG) % agricole RPG non

S5 % agricole S5 non

RPG

44.5 40.1 11 10

Tableau 61 : Comparaison entre les % agricoles au sein de la zone d’étude franche comtoise entre les images S5et le RPG.

Figure 43 : Comparaison des surfaces agricoles repérée par satellite avec celles du RPG (Registre Parcellaire Agricole, 2001).

De plus, les surfaces cultivées selon le RPG et non repérées par satellite ne représentent que 11% du total RPG et inversement, celles appartenant à la classe agricole selon l’analyse satellite et qui ne le sont pas dans le RPG ne représentent que 10% de la superficie agricole télédétectée (tableau 61).

En conclusion, si la totalité des surfaces agricoles sans distinction aucune entre les différents types de cultures (intensive, extensive, prairie temporaire…) est prise en compte, l’analyse des images SPOT 5 en multi-dates permet de repérer ces surfaces avec une précision de l’ordre de 89% voire 90% pour la totalité de la zone étudiée. Cela dans l’hypothèse que la source de données de validation (RPG) soit considérée comme étant une vérité terrain concernant l’agriculture.

Cette première cartographie en 3 « superclassses » (agricole total, végétation naturelle et sans végétation) permettra lors des prochaines étapes, d’atténuer les erreurs de classification dues aux confusions entre les différentes classes d’occupation en appliquant des masques sur tel ou tel groupement d’objets thématique afin de cartographier avec une plus grande précision d’autres groupements d’objets (masque végétation naturelle et végétation agricole pour cartographier les masses d’eau, les surfaces artificialisées et les sols nus par exemple).

2.3.2 Cartographie de l’occupation du sol en Franche-Comté et repérage des zones humides

L’analyse multi-spectrale et multi-dates des images SPOT 5 a permis d’obtenir une cartographie d’occupation du sol avec 10 classes d’objets thématiques (figure 44). Parmi ces classes, 2 appartiennent à des zones humides : les masses d’eau et les marais.


Figure 44 : Cartographie de l’occupation du sol à partir d’imagerie S5 du site d’étude en Franche Comté.

L’analyse en multi-dates, notamment grâce aux bandes MIR, offre la possibilité de distinguer les secteurs inondés en permence de ceux qui ne le sont qu’une partie de l’année.

Cependant, cette cartographie reste encore incomplète à ce stade car elle ne permet pas de délimiter les autres classes importantes de zones humides telles que les cours d’eau ou encore les prairies humides.

Dans un second temps l’utilisation des lignes d’accumulation de flux, obtenues grâce au MNT, viennent compléter la carte précédente en y ajoutant la classe « cours d’eau ». Cela ramène le nombre de classes de zones humides à 3. Elles vont être utilisées à leur tour, afin de repérer et de délimiter les autres classes de zones humides non détectables à ce stade de l’analyse.

En effet, l’ensemble des polygones correspondants aux prairies et qui sont intersectés par les 3 classes de zones humides identifiées précédemment et se trouvant dans une limite de pente de 3% seront considérés comme des prairies humides. De même d’autres classes de zones humides seront extraites suivant une méthode similaire : les sols nus de plaine à partir des sols nus, les ripisylves et les forêts humides à partir des 3 classes de forêts et efin les prairies humides temporaires à partir des prairies temporaires (figure 45).


Figure 45 : Cartographie de l’occupation du sol du site d’étude en Franche Comté incluant l’ensemble des classes zones

humides.

2.3.3 Comparaison avec l’inventaire de zones humides de Franche-Comté

Tout d’abord l’ensemble des polygones appartenant à des zones humides au sein du secteur d’étude ont été extraits afin de calculer leur surface totale, ce qui correspond à un des indicateurs clés de RhoMéO axe B (figure 46).

Ensuite cette carte de zones humides repérées par satellite a été comparée à celles de l’inventaire effectué par la DREAL FC (figure 47) afin de calculer deux types d’erreurs :

- Erreur A : zones humides repérées par satellite et non inventoriées

- Erreur B : zones humides inventoriées et non repérées par satellite

Figure 46 : Cartographie de l’ensemble des zones humides dans le secteur d’étude de Franche Comté


Figure 47 : Zones humides inventories par la DREAL FC au sein du secteur étudié.

Selon les tableaux 62 et 63, il existerait environ 12 169 ha de zones humides au sein du secteur étudié repérées par satellite. C’est environ 4 500ha de plus que celles inventoriées par la DREAL FC (~ 7 641ha). Cette différence peut s’expliquer par le fait que les cours d’eau ainsi que leurs plaines n’ont pas été pris en compte dans l’inventaire régional. En effet, sur un total de 5,05% de surface totale en zones humides télédétectées présentes sur le site d’étude, environ 2,05% sont des cours d’eau et des sols nus de plaine. Autrement dit, si ces deux classes sont retirées des zones humides repérées par satellite et qu’une comparaison avec celles de l’inventaire est effectuée on aboutit à des taux dont l’ordre de grandeur est équivalent : 3% (soit 7 237ha) pour les images SPOT 5 contre 3,17% (soit 7 641 ha) pour l’inventaire.

Type ZH Surf (ha) % dans zone

d'étude

cours d'eau 1 648 0,68

masses d'eau 1 397 0,58

marais 623 0,26

sol nu de plaine 3 284 1,36

ripisylve/forêts humides 2 049 0,85

prairie humide 2 202 0,91

prairie humide temporaire 966 0,40

Total 12 169 5,05

Tableau 62 : Surfaces des zones humides repérées par satellite et leurs % au sein du secteur d’étude en

Franche-Comté.


Type ZH Surf (ha) % dans zone

d’étude

Bas-marais et groupements associés 1 366 0,57

Boisement tourbeux 538 0,22

Carrière en eau 132 0,05

Culture et prairie artificielle en zone humide 49 0,02

Eau stagnante et végétation aquatique 194 0,08

Formation humide à hautes herbes 725 0,30

Forêt humide de bois dur 16 0,01

Forêt humide de bois tendre 389 0,16

Masse d’eau 1 043 0,43

Plantation en zone humide 146 0,06

Prairie humide fauchée ou pâturée 1 900 0,79

Tourbière et groupements associés 552 0,23

Végétation des rives d’eau courante ou stagnante

593 0,25

Total 7 641 3,17

Tableau 63: Surfaces des zones humides inventoriées et leurs % au sein du secteur d’étude en Franche Comté.

En conclusion, la méthodologie adoptée, dans ce cas de figure permet d’obtenir des chiffres assez proches de ceux de l’inventaire régional pour une même surface d’étude. En effet, si on regroupait les classes de zones humides, dans un cas comme dans l’autre, au sein de « supers groupes » en fonction de la similitude de leurs habitats, les taux ne seraient certes pas identiques mais très proches les uns des autres (Tableau 64).

Groupement masses d’eau et marais

(incluent les tourbières)

Groupement boisement et forêt

humides et ripisylve

Groupement prairies humides

Total

Image S5 0,84 0,85 1,31 3,00

Inventaire DREAL 1 0,64 1,17 3,17

Tableau 64 : Comparaison des surfaces en zones humides par type d’habitats identiques entre l’analyse des images S5 et l’inventaire de la DREAL Franche Comté

Le calcul des erreurs A et B permet d’évaluer le taux de « bonne détection » des zones humides grâce à la méthode adoptée lors de l’étude. Il permet donc d’estimer la fiabilité de cette approche afin de cartographier et de mesurer la surface totale en zones humides bien repérées par les images SPOT 5.

Dans ce premier cas de figure, en Franche-Comté, l’erreur A se situe autour de 35,5% (tableau 65), soit un taux de bon repérage de 64,5%. Cela reste relativement faible compte tenu de la haute résolution spatiale des images SPOT 5 utilisée (5 mètres) ainsi que du fait d’avoir pu analyser des données en multi-dates. Cependant, les résultats du calcul de l’erreur A sont à relativiser car comme il a été souligné plus haut, les cours d’eau et leurs plaines alluviales n’ont pas été pris en compte par l’inventaire zones humides de la DREAL FC ce qui explique, en partie, la surestimation de la surface totale en zones humides obtenue par satellite. L’autre cause de cette différence viendrait probablement d’une légère surestimation des surfaces en prairies et en forêts humides (tableau 64).

Concernant l’erreur B, le taux est beaucoup moins élevé, de l’ordre de 7,4%, soit 92,6% des zones humides de l’inventaire ont été bien repérées par l’analyse des images satellites. Autrement dit, même s’il y a une surestimation des zones humides télédétectées, la grande majorité de celles-ci sont repérées au sein de l’inventaire.


ZH S5 (ha) ZH Invent. (ha) ZH S5 - ZH Invent. % erreur A % erreur B

12 169 7 641 4 528 35,5 7,4

Tableau 65 : Estimation des erreurs A et B pour le site d’étude en Franche Comté.

2.3.4 Etude des pressions agricoles dans et autour des sites-tests RhoMéO

Afin de mesurer les pressions qui pèsent sur les zones humides, une approche par site-test a été privilégiée au lieu d’une approche exhaustive couvrant l’ensemble des zones humides.

Dans le cadre du projet RhoMéO, les pressions mesurées sont celles liées à l’agriculture et à l’urbanisation, en se basant sur certaines sources de données externes telles que le RPG du Ministère de l’Agriculture et la BD-Topo de l’IGN, ou encore l’analyse des images satellites. Durant ce présent travail, une seule source de pression a pu être évaluée : l’agriculture. La BD-Topo ainsi que la couverture satellitale (images SPOT 5) n’étant pas disponibles pour l’ensemble des sites tests.

Cependant, afin d’estimer les pressions agricoles « réelles » pesant sur les zones humides, seules les classes de RPG correspondant à l’agriculture intensive ont été utilisées lors de l’évaluation. Autrement dit, les classes correspondant à des prairies permanentes ou temporaires, des landes et estives ou encore à des cultures dites diverses ont été supprimées du RPG lors de l’analyse dont les résultats sont présentés dans les graphiques de la figure 48.

Figure 48 : Histogrammes des % de surface agricole (en ordre décroissant) à l'intérieur des sites-tests RhoMéO de Bourgogne et de Franche-Comté (en rouge) ainsi que dans un buffer de 100m autour de chaque site (en vert).


Afin d’interpréter les résultats précédents et d’estimer le niveau de pression agricole sur chacun des sites tests, les seuils utilisés sont ceux déjà mis au point dans l’axe A du projet RhoMéO. Autrement dit, afin de caractériser l’état d’une zone humide par rapport aux pressions agricoles qu’elle subit en ne prenant en compte que le périmètre de celle-ci, les valeurs seuils seront de : 0% (bon état) et supérieur à 0% (dégradée). De même si la zone humide est prise en compte avec un buffer de 100m autour, les seuils seront de : 0% (bon état), 0 à 10% (moyen) et supérieur à 10% (dégradée).

Avec 16 sites tests en Franche-Comté et si seul le périmètre des zones humides sont pris en compte 88 ha de la surface totale en zones humides sont impactés par une agriculture intensive.

Cependant, cet impact n’est pas le même pour l’ensemble des sites car il varie très fortement passant de 33 % pour le site le plus occupé par des terrains agricoles à 0% agricole dans la majorité des zones humides de Franche-Comté. Finalement en conservant les seuils préalablement établis on obtient : 12 sites en bon état et 4 sont dégradés.

De même si le buffer de 100 mètres autour de chaque site test est pris encompte dans l’analyse des pressions agricoles ainsi que les seuils définis par l’axe A, les résultats seront comme suit : 10 sites en bon état, un moyennement impacté et 5 dégradés.

Dans l’ensemble le niveau de pression agricole sur les zones humides tests reste assez moyen (figure 48). Cependant, les conclusions de cette analyse sont à relativiser car les critères pris en compte lors de cette analyse (seuils de dégradation et buffer de 100 mètres) restent critiquables (inclure plus de niveaux intermédiaires entre « bon état » et « état dégradé » par exemple ou prendre en compte l’ensemble du plus proche bassin versant de la zone humide et non pas seulement un buffer autour de celle-ci). De plus, la source de données utilisée (RPG 2010) n’est pas la vérité terrain absolue mais une interprétation de la réalité, basée sur les déclarations des agriculteurs, avec tout ce que ça peut entrainer comme biais.

2.4 Efficience des méthodes en télédétection

Pour cet axe deux indicateurs ont été étudiés : la surface en zones humides et les pressions en agriculture intensive.

Pour le premier le repérage des zones humides par télédétection est plutôt bon car la surface finale obtenue est proche de celle de l’inventaire effectué par la DREAL FC. L’analyse en multi-dates améliore sans aucun doute ces résultats. En effet, elle permet de mieux distinguer la végétation naturelle de la végétation agricole grâce à une visualisation aux différentes saisons.

Cependant il faut noter que la méthode employée est coûteuse ; le prix des images SPOT 5 est élevé et le traitement des données nécessite un certain temps de travail de la part d’un ingénieur…Elle demande des compétences spécifiques.

Pour le deuxième des limites existent quant à l’utilisation du RPG comme vérité terrain. En effet, cet outil ne semble pas être exhaustif (seul 80% du territoire agricole est déclaré) même si ce biais ne semble pas être systématique. De plus l’interprétation de la catégorie « autres et divers » peut poser question car elle peut varier d’une personne à l’autre. De même les choix techniques faits (par exemple le buffer de 100m) sont discutables…

Ainsi les résultats obtenus permettent d’avoir une idée d’ensemble représentative de la surface et des pressions sur les zones humides sans pour autant aller dans le détail. Il faut noter aussi que la méthodologie employée nécessite des compétences assez pointues en télédétection.


3 . A x e C , D é f i n i t i o n e t c h o i x d e s o u t i l s d e m u t u a l i s a t i o n d e s i n f o r m a t i o n s d e l ’ é v o l u t i o n d u b o n é ta t d e s m a s s e s d ’ e a u


Cet axe vise à proposer un outil de centralisation des suivis du bon état des zones humides réalisés dans le cadre de RhoMéO et à assurer le lien entre la démarche employée et les outils existants. Les outils de centralisation de l’information concernant les zones humides sont multiples. Au-delà de la base de données MEDWET développée par l’Agence de l’Eau, le réseau des gestionnaires concernés par ce programme dispose à son échelle d’outils très diversifiés. Cette diversité peut aisément être illustrée avec le cas franc-comtois. En effet, les partenaires régionaux du programme utilisent des outils bien différents :

- le CBNFC-ORI saisit ses données sous Taxa, une base de données développée en interne14

sous le logiciel 4D ;

- la LPO FC utilise « Obsnatu la Base », une base de données en ligne de type Visionature. La struc-ture est aussi amenée à utiliser des outils conçus pour les transferts vers les bases nationales lors-qu’elle effectue des protocoles développés au niveau français. C’est le cas par exemple du protocole STOC pour l’avifaune où elle utilise alors l’outil FEPS ;

- la réserve naturelle du lac de Remoray emploie l’outil SERENA pour rentrer l’ensemble de ses don-nées naturalistes ;

- le CEN FC utilise pour ses données naturalistes les outils de ses partenaires régionaux, à savoir Taxa et Obsnatu la base.

De plus, la demande croissante d’évaluation et de transparence des données environnementales a conduit les donneurs d’ordre à développer des outils de centralisation et de porter à connaissance. Les besoins d’approche croisée et de synthèse à plusieurs échelles entrainent maintenant la nécessité à la fois de modalités de structuration commune de l’information et de passerelles entre ces outils. A l’échelle du bassin, cet axe vise donc à proposer un outil capable de renseigner et d’exploiter l’ensemble des indicateurs qui auront été testés et choisis grâce à la mutualisation des données du programme. Quatre objectifs structurent cet axe C :

- faire la synthèse des bases de données utilisées par les différents partenaires du programme ; - déterminer les besoins de chaque gestionnaire concerné et répondre à ces besoins ; - définir les outils à mettre en place pour une structuration de l’information permettant un rapportage à

différentes échelles (site, territoire, département, région, bassin) ; - assurer la cohérence et la complémentarité de ces outils avec d’autres outils de rapportage (ex :

pôles régionaux, Sigogne). Au niveau régional, les objectifs de l’axe C ont été principalement :

- de définir les outils de saisie utilisés (pour les observations d’espèces et pour les données contex-tuelles en lien avec les protocoles) et les processus d’échanges entre les bases utilisées en région et la base « entrepôt » pour l’ensemble des données produites à l’échelle du bassin ;

- de réfléchir à la cohérence et la complémentarité des données stockées avec d’autres outils déve-loppés en région, tels que la plate-forme régionale Sigogne.

3.2 Outils mis en place pour les autres régions

Engagé dans le programme RhoMéO avant la participation franc-comtoise, le CEN Rhône-Alpes a développé une base de données créée sous le logiciel Access afin d’être le support de l’agrégation et de la mobilisation des données produites dans le cadre du programme. Les objectifs de la base ont été :

- de permettre la saisie des données naturalistes et des données contextuelles en lien avec les proto-coles de terrain développés par chaque groupe en Rhône-Alpes ;

- de mettre en place des requêtes spécifiques sur l’analyse des résultats obtenus ;

14

Copropriété de la Société botanique de Franche-Comté et, pour le volet entomologique, de l’OPIE Franche-Comté.


- de prévoir au maximum la possibilité de ponts avec les bases « maison » des différents partenaires impliqués (dans le contexte rhônalpin, les principales bases concernées étaient celle du CBN alpin et les bases SERENA des gestionnaires partenaires).

Compte tenu de l’évolution progressive des protocoles testés (aller-retour entre les tests de terrain et les groupes de travail), la base a évolué au cours du temps. Cela a d’ailleurs été une source importante de complexité pour l’axe C, qui a demandé à l’échelle du bassin un temps de travail beaucoup plus important qu’il avait été prévu initialement. La Franche-Comté s’étant engagée dans le test d’un large socle de protocoles commun avec la région Rhône-Alpes, elle a choisi, par un souci d’opérationnalité et afin de faciliter à terme la constitution de la base entrepôt finale à l’échelle du bassin, de privilégier l’utilisation de l’outil Access développé par le CEN Rhône-Alpes. Cela a été permis grâce à la mise à disposition gracieuse de la base par ce dernier, ainsi que grâce à leur soutien technique (pour l’installation de la base, son adaptation au contexte franc-comtois, la résolution de problèmes, la réalisation des requêtes et calculs automatisés et les processus d’échange avec les autres outils utilisés en Franche-Comté). Outre la base Access RhoMéO, d’autres outils ont été utilisés en Franche-Comté :

- pour les protocoles nouveaux, non testés en Rhône-Alpes et pour lesquels l’outil RhoMéO n’était donc pas adapté ;

- pour l’intégration des données naturalistes dans les bases régionales, concernant les protocoles communs.

Pour les données d’insectes, ainsi que pour une partie des données d’amphibiens, les observations ont fait l’objet d’une double-saisie sous l’outil RhoMéO (privilégié) et sous les bases régionales (Taxa et Obsnatu la Base). Pour les données botaniques au contraire, la saisie des observations n’a été réalisée que sous l’outil Taxa et l’export dans l’outil RhoMéO a été réalisé a posteriori. On notera que le travail préalable aux échanges entre Taxa et la base RhoMéO (adaptation des formats…) s’est avéré lourd et coûteux en temps (sans doute plus que dans le cas des doubles-saisies).

Figure 49 : Interface d’accueil de la base de données RhoMéO


3.3 Réflexion sur le lien entre RhoMéO et les autres outils régionaux (Sigogne, BDD régionale)

En Franche-Comté, des outils de connaissance de la biodiversité et des milieux naturels ont été mis en place ou sont en devenir. Mis en ligne fin 2012, Sigogne est un outil web développé par le PPNMEFC, principalement destiné à donner une synthèse des enjeux biodiversité sous format cartographique sur n’importe quelle partie du territoire, pour la flore, les habitats naturels et la faune. Les informations collectées sont destinées à tous les acteurs du territoire régional depuis le grand public, les acteurs associatifs du débat public, jusqu’aux acteurs publics en charge des politiques publiques et des instructions de dossiers. Le lien entre RhoMéO et Sigogne peut être envisagé à deux titres :

- les données naturalistes issues de RhoMéO peuvent venir alimenter la base de données Sigogne,

dans la mesure où les informations collectées par les opérateurs de terrain sont valides ;

- Sigogne a pour objectif de devenir à terme un observatoire de la biodiversité en Franche-Comté. Les

réflexions qui ont eu lieu et qui vont se poursuivre sur les indicateurs de suivi des zones humides

pourraient être utilisées dans le cadre de l’évolution de cet outil régional.

Un autre programme régional porté par le CEN FC est actuellement en cours. Il s’agit du programme d’animation régionale en faveur des zones humides qui a entre autre pour missions de développer des actions de préservation et de restauration des zones humides et d’assurer le suivi de l’inventaire régional des zones humides de moins de un hectare. La structuration de la démarche, débutée en avril 2012, reste à préciser. Cependant, il pourrait être envisagé d’utiliser les indicateurs et méthodologies retenues dans le programme pour la réalisation de diagnostics techniques sur des zones humides données et leur suivi à moyen terme.


4 . M o d e d ’ o r g a n i s a t i o n

4.1 Organigramme

4.1.1 Organisation au niveau bassin

L’organisation au niveau du bassin a évolué au cours des deux années de la phase test. Avant juin 2012, en absence de coordination de bassin, elle reposait sur l’organisation établie au sein de la région Rhône-Alpes (cf figure 50).

Figure 50 : Organisation au niveau bassin avant Juin 2012

Les réflexions techniques, ouvertes aux autres régions (notamment aux responsables d’axes des autres régions) ont eu lieu au sein de groupes de travail thématiques. L’ensemble des éléments discutés au sein de ces groupes ont ensuite été validés au sein du comité de pilotage de Rhône-Alpes, dans lequel les autres régions étaient invitées afin de favoriser la concertation collective. Courant 2012, l’obtention de financements pour l’embauche d’un coordinateur de bassin et les avancées du programme ont conduit à une réorganisation du fonctionnement (cf figure 51). Dans ce nouveau fonctionnement, le coordinateur de bassin est chargé de piloter l’ensemble du programme et de renforcer le lien avec l’Agence de l’Eau et les autres financeurs. Deux comités de bassin ont ainsi été créés :

- un comité de pilotage composé des organismes financiers et politiques en charge de donner les grandes orientations et de valider les décisions du comité technique ;

- un comité technique, constitué notamment des coordinateurs régionaux, chargé de proposer des conclusions concernant les éléments méthodologiques.

Le travail spécifique à chaque axe de travail a été réparti au sein de groupes différents :

- groupes thématiques faune et flore, auxquels les référents des groupes régionaux participent, pour réfléchir au choix des indicateurs et leur pertinence,

- groupe axe B, pour définir un protocole de suivi des zones humides à petite échelle et rédiger le rapport final sur la base des travaux réalisés dans chaque région,


- groupe axe C, pour agréger l’ensemble des données récoltées à l’échelle du bassin. Puis en 2013, face à la nécessité de sélectionner des indicateurs pertinents et valables sur le plan scientifique au niveau du bassin, le groupe analyse de données, constitué en majorité d’experts scientifiques , a été créé afin de définir des seuils par indicateur et de travailler à une typologie des zones humides plus adaptée et plus précise que la typologie SDAGE initialement utilisée.

Figure 51 : Organisation 2012 au niveau bassin

4.1.2 Organisation au niveau régional

En Franche-Comté, le programme est porté par le Plateau du patrimoine naturel de la maison de l’environnement de Franche-Comté. La maîtrise d’œuvre a été confiée au CEN FC. Si le directeur du CEN FC est chargé du suivi financier et participe aux comités de pilotage de bassin, la plus grande partie du travail de coordination (suivi administratif et financier, relais des informations du bassin à la région et vice versa, coordination de l’équipe franc-comtoise) est confiée au coordinateur régional (également responsable des axes B et C), assisté du responsable de l’axe A. La répartition des référents de groupe pour l’axe A s’est faite naturellement en fonction des compétences et spécialités de chaque structure. Ces référents, ainsi que le responsable d’axe, sont amenés à participer et suivre les réflexions à l’échelle du bassin et sur le plan régional. Ils sont notamment en contact régulier avec les responsables de groupes régionaux de Rhône-Alpes afin d’échanger avec eux sur l’approche méthodologique employée. Le travail de terrain, auquel l’ensemble des référents de groupe a pris également une part importante, est réalisé par différents chargés d’études ou salariés des structures du PPNMEFC et de la Réserve naturelle du Lac de Remoray. Ces derniers participent également à la réflexion à l’échelle régionale sur l’opérationnalité ou la fiabilité des protocoles.


Figure 52 : Organisation 2011, 2012 et 2013 avec au niveau régional

4.2 Comités et réunions

4.2.1 Au niveau bassin

a) Groupes thématiques (faune et flore)

Ces groupes ont été animés de façon différente au début du programme et à la fin. Durant la première période (2010 à avril 2012) il s’agissait de groupes régionaux de rhônalpins même s’il était privilégié d’associer les responsables des autres régions dans un souci de cohérence à l’échelle bassin. Avec l’arrivée d’un coordinateur de bassin, des responsables ont été nommés pour animer ces groupes à l’échelle du bassin.

Pour autant, ces groupes ont pour objectif de proposer des méthodes d’interprétation et d’analyses des données en fonction des résultats obtenus et de réfléchir aux croisements entre indicateurs de pressions et d’état.

Il est à noter aussi qu’au départ, il était souhaité que la Franche-Comté travaille étroitement avec la Bourgogne pour pallier à un manque de cohérence dans les démarches effectuées. Ce lien fort entre les deux régions a été conservé uniquement sur l’axe B car sur les autres axes le lien pouvait s’établir directement au niveau du bassin.

b) Groupe analyse des données

Ce groupe n’a été constitué qu’en 2013 pour avoir une vision des données sur le bassin et permettre de comparer plusieurs indicateurs sur les sites RhoMéO. Il est composé en majorité d’experts scientifiques, de statisticiens, des responsables de groupes thématiques et des membres des conseils scientifiques des conservatoires d’espaces naturels.


Ses objectifs sont les suivants :

- Validation de la valeur statistique des seuils par indicateur

- Comparaison des indicateurs

- Proposition d’une typologie des zones humides du bassin

- Proposition d’une stratégie d’échantillonnage dans la perspective d’un réseau de surveillance

En 2013 ce groupe s’est réuni à 2 reprises :

- Le 19/02/2013 : réflexion sur la typologie

- Le 29/03/2013 : présentation des pré-fiches indicateurs et amendement pour une rédaction finale de

ces fiches

c) Comité technique de bassin

Cette réunion rassemble tous les coordinateurs régionaux, ainsi que les responsables bassin de chaque groupe thématique et le référent à l’AERMC afin d’échanger sur les points techniques du programme. Il se réunit tous les deux mois afin de préparer les séminaires et d’établir les documents de cadrage tels que les fiches indicateurs, une typologie adaptée au bassin. Un travail en amont est souvent nécessaire afin de préparer ces réunions. Des échanges ont donc lieu régulièrement entre les coordinateurs régionaux et le coordinateur de bassin, responsable de l’avancée du programme.

Enfin l’AERMC est présente lorsque l’ordre du jour évoque des questions d’orientation et de financement.

Sur 2012-2013 :

- 19/09/2013 : cadrage des deux séminaires, état de saisie et exploitation des données par région

- 15/10/2013 : financements 2013, liens RhoMéO et autres dispositifs, structuration des résultats

- 15/11/2013 : point sur les présentations effectuées lors du séminaire, derniers réglages

- 15/01/2013 : annulé

- 15/03/2013 : format des fiches indicateurs finales, typologie, perspectives du programme dans les

autres bassins versants

d) Comité de pilotage du bassin

Les directeurs des structures de chaque région sont présents à ce comité afin de prendre les décisions majeures inhérentes au programme. Il se réunit tous les 4 mois pour valider le travail effectué en comité technique. A titre d’exemple cette instance est chargée de réaliser le débriefing des séminaires de valider leur contenu et de définir les orientations pour les années à venir.

En 2012-2013 :

- 23/03/2012 : définition des objectifs du séminaire, planning et organisation

- 16/05/2012 : premiers résultats, perspectives d’utilisation de ces résultats

- 18/10/2012 : discussion sur les contenus des présentations du séminaire et la répartition des inter-

ventions, calendrier…

- 22/01/2013 : typologie, contenus des fiches indicateurs, point communication

e) Séminaire des 3 et 4 décembre 2013

Ce premier séminaire réservé aux partenaires du programme, avait pour objectif de discuter les résultats à l’échelle du bassin et d’échanger avec les participants sur les suites à donner pour 2013 et dont les


aboutissements seront présentées au cours du séminaire de septembre.

Organisé à Lyon, ce premier séminaire a permis de présenter les premiers résultats obtenus et d’obtenir des remarques constructives sur le travail réalisé. La table ronde de clôture, qui a réuni le ministère de l’environnement, l’ONEMA, la DREAL RA, le CEN Savoie, MEDDE et l’AERMC a donné aux membres du programme une ligne de conduite pour 2013 ; RhoMéO doit ainsi servir à mettre en place un réseau d’outils et d’acteurs permettant de répondre à des objectifs de suivis des zones humides.

4.2.2 Au niveau régional

Des réunions de type « comités de pilotage régional » ont été organisées périodiquement en Franche-Comté. Celles-ci ont réuni les personnes impliquées dans le programme au sein de la région et ont été destinées à évoquer des points techniques sur une thématique précise :

- Le 14/09/2010 : réunion préliminaire pour évoquer le montage financier, le choix des groupes de tra-

vail et des protocoles testés en Franche-Comté, les grandes orientations dans l’échantillonnage et la

liste des sites ;

- Le 17/10/2011 : état d’avancement du projet en termes administratif et scientifique, réflexion sur les

sites tests pour l’année 2012 ;

- Le 23/01/2012 : choix du type de fonctionnement de l’axe C en Franche-Comté, établissement d’un

organigramme des responsabilités, liens éventuels avec d’autres projets régionaux (Sigogne…) ;

- Le 06/09/2012 : point sur l’état d’avancement du terrain et de la saisie des données flore, premier re-

tour d’expérience sur les protocoles testés en Franche-Comté.

- Le 10/09/2012 : point sur l’état d’avancement, réflexion sur l’échantillonnage, présentation des pro-

duits attendus au niveau du bassin et au niveau régional.

D’autre part, des réunions plus techniques entre partenaires ont été réalisées de façon ponctuelle.


5 . P e r s p e c t i v e s e t p r o c h a i n e s é c h é a n c e s

5.1 Séminaire de clôture de la phase test, septembre 2013

Ce séminaire de 2013 clôturera la phase test du programme. Il s’agira de réaliser une restitution finale et de proposer un scenario de mise en œuvre de RhoMéO auprès de tous les acteurs des zones humides présents sur le territoire français (200 à 250 personnes sont ainsi attendues).

Il s’agira de transmettre la méthodologie et les techniques employées aux autres gestionnaires, d’échanger avec les autres agences de l’eau et le niveau national sur la contribution des résultats de RhoMéO et de s’accorder sur un scenario de mise en œuvre sur les différents bassins.

Cette session finale aura lieu à Lyon le 25 ou 26 septembre 2013.

5.2 Poursuite des réflexions en 2013

Durant cette période, il s’agira de participer à la réalisation des livrables attendus à l’échelle du bassin. Cette dernière période de travail devra donc s’appuyer sur des réflexions collectives et favoriser les échanges entre les partenaires du programme.

Les livrables attendus pour le séminaire de septembre sont les suivants :

- Les fiches indicateurs. Cela implique d’établir des critères pour sélectionner les indicateurs. Il faudra

également établir des seuils (valeur à partir desquelles une interprétation de l’état de la zone humide

sera possible) et rédiger chaque fiche sous un format de mise en page commun.

- La base de données qui doit à terme compiler l’ensemble des données sui ont été récoltées. Cet ou-

til doit pouvoir être exploité sur la base d’une série de requêtes permettant d’extraire les données en

fonction d’une certaine demande.

- Proposition d’une typologie. Celle-ci est nécessaire pour effectuer le seuillage et réfléchir à la perti-

nence de l’échantillonnage à l’échelle du bassin.

- Indicateurs de bassin. Il s’agit de proposer 4 à 5 indicateurs pouvant s’appliquer à l’échelle du bassin.

- Séminaire 2013

Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté p 139 Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditerranée (RhoMéO)

B i b l i o g r a p h i e

ARDOUIN A. et al, 2013, Bilan RhoMéO 2011-2012 Bourgogne, 44p BARDAT J. et al, 2004, Prodrome des végétations de France, Patrimoines Naturels (publications sccientifiques du Muséum, Paris), 61 : 1-171 BLONDEL J., FERRY C., et FROCHOT B., 1970, La méthode des indices ponctuels d’abondance (IPA) ou des relevés d’avifaune par “station d’écoute”, Alauda vol 38 : p55-71 BRIMONT F., et al, 2008, Les Oiseaux, reflets de la qualité des zones humides, Les cahiers techniques d’Espaces Naturels Régionaux Nord Pas de Calais, 37p BOTTIN A. et GENTY C., 2012, Résultats de l’enquête nationale à dire d’experts sur les zones humides, état 2010 et évolution entre 2000 et 2010, Commissariat Général au Développement Durable, Service de l’Observation et des Statistiques, Etudes & Documents n°70, 96p BUCKLAND S.T., et al, 2005, Monitoring change in biodiversity through composite indices, Philosophical Transactions of the Royal Society of London B, p243-254 CADIOU B., 2011, Cinquième recensement national des oiseaux marins nicheurs en France métropolitaine 2009-2011, Groupement d’Intérêts Scientifiques des Oiseaux Marins, 62p

CAF, 2011, Liste officielle des oiseaux COUVET D., JIGUET F., JULLIARD R. et LEVREL H., 2008, Indicateurs et Observatoires de Biodiversité, Biosystema 25 – Linnaeus, Systématique et biodiversité, p83-90 CHOVANEC A. et al, 2001, Ecological integrity of river floodplains systems-assessment by dragonfly survey, Regul. Riv. Res. Mgmt 17, p493-507 CHOVANEC A. et al, 2004, Lateral connectivityof fragmented large river system: assessment on a macroscale by dragonfly surveys, Aquatic Conserv: Mar. Freshw. Ecosyst. 14, p163-178 CHOVANEC A. et al, 2005, The floodplain index – a new approach for assessing the ecological status of river/floodplain-systems according to the EU water frame work directive, Large rivers 15, p169-185 DECEUNINCK B., et al, 2013, Dénombrements d’anatidés et de foulques hivernants en France – mi-janvier 2012, Rapport WI / LPO / DNP DEJEAN T. et al, 2007, « Proposition d’un protcole d’hygiène pour réduire les risques de dissemination d’agents d’infections et parasitaires chez les amphibiens lors d’interventions sur le terrain », Bulletin de la Société Herpétologique de France 122, p40-48 DIREN et MISE Franche-Comté, 2003, Inventaire des zones humides de Franche-Comté DUPUIS V., 2012, Les oiseaux nicheurs rares et menacés en France en 2011, Ornithos vol 97 (19-5) Fédération départementale des chasseurs du Jura, 2009, Inventaire des zones humides jurassiennes de moins de un hectare, Agence de l’Eau Rhône Méditerranée et Corse et Direction départementale des territoires du Jura FERREZ Y., 2006, Définition d’une stratégie de lutte contre les espèces invasives de Franche-Comté – Proposition d’une liste hiérarchisée. Conservatoire botanique de Franche-Comté, DIREN Franche-Comté, Union européenne, 71p et annexes FERREZ Y., 2011, Synopsis des groupements végétaux de Franche-Comté, Les Nouvelles Archives de la Flore jurassienne et du nord-est de la France, n° spécial 1, 282p


FREYDIER P., 2011, Groupe Rhopalocères, définition du protocole modifié 2011, Conservatoire d’espaces naturels de Rhône-Alpes, 6p FREYDIER P., 2013, Pré-fiche indicateur Rhopalocères, Conservatoire d’espaces naturels de Rhône-Alpes, 3p GALEWSKI T. et al, 2008, Vers un observatoire des zones humides Méditerranéennes – Evolution de la biodiversité de 1970 à nos jours, MedWet et Tour du Valat, 36p GREGORY R.D., et al, 2003, Using birds as indicators of biodiversity, Ornis Hungarica 12-13, p11-24 GROSSI J.L., 2010, Mise en place du protocole amphibiens, Conservatoire d’espaces naturels d’Isère, 17p GUELMAMI A., 2012, Rhoméo axe B/Nord : cartographie des zones humides dans les régions Bourgogne et Franche-Comté et calcul des indicateurs de surface et de pression, Tour du Valat, 26p GUINCHARD P. & M., 2006, Typologie et cartographie des habitats naturels des milieux aquatiques et herbacés du site Natura 2000 « Bresse du Nord », Conservatoire botanique de Franche-Comté, DIREN Franche-Comté, Union Européenne, 73p et annexes

GUINCHARD P. & M., 2006, Typologie des groupements végétaux des milieux arborés du site Natura 2000 « Bresse du Nord », Conservatoire botanique de Franche-Comté, DIREN Franche-Comté, Union Européenne, 38p et annexes

GUINCHARD P. & M., 2009, Plan de gestion de la gravière de Pagney (39) - Cartographie des habitats et des plantes patrimoniales et orientations de gestion des ceintures végétales, Ligue pour la Protection des Oiseaux, antenne Franche-Comté, 26p et annexes GUYONNEAU J., 2008, Inventaire et cartographie des habitats naturels et semi-naturels en Franche-Comté – Définition d’un cahier des charges, Conservatoire botanique national de Franche-Comté, 32p INDERMUEHLE N. et al, 2008, IBEM : Indice de biodiversité des étangs et mares. Manuel d’utilisation, Ecole d’ingénieurs HES de Lullier, 33p ISSA N., et al, 2012, Anatidés et Limicoles en France, Plaquette LPO – ONCFS, 19p JIGUET F. & MOUSSUS J-P., 2011, Suivi Temporel des Oiseaux Communs – Vingt ans de programme STOC, bilan pour la France en 2009, Ornithos, vol 18-1, p11-19 JIGUET F. & JULLIARD R., 2002, Un suivi intégré des populations d’oiseaux communs en France, Alauda vol 70, p137-147 JIGUET F. & JULLIARD R., 2003, Suivi Temporel des Oiseaux Communs, bilan 2002 du programme STOC pour la France, MNHN-CRBPO, 11p JULLIARD R, 2007, Le programme de Suivi Temporel des Oiseaux Communs en roselière : le STOC-ROZO, Falco, vol 38, p45-50 LEGAY P., 2010, Suivi Temporel des Oiseaux Communs par points d’écoute (EPS) – Bilan du programme pour la Franche-Comte en 2008 et 2009, LPO Franche-Comté, DREAL Franche-Comté et Union Européenne, 18p LOH, J., et al, 2005, The Living Planet Index: using species population time series to track trends in biodi-versity, Philosophical Transactions of the Royal Society B 360, 289–295

MAAS S., 2013, Bilan 2012 du comptage Wetlands International en Franche-Comté, LPO Franche-Comté, DREAL Franche-Comté, Conseil Régional & Union européenne, 34p


MAAS S., 2011, Note méthodologique sur le test STOC EPS Zones Humides dans le cadre de RhoMéO, LPO Franche-Comté, CREN FC, PPNMEFC, FEDER et Agence de l’eau RMC, 11p MARION L., 2009, Recensement National des Hérons coloniaux de France en 2007, Ministère de l’Ecologie et du Développement Durable et de l’Aménagement du Territoire, SESLG CNRS Université de Rennes 1 & MNHN, 79p MATHIEU M. & PONT B., 2011, Protocole odonates, Réserve naturelle de l’île de la Platière MC RAE, L., et al, 2008, The Living Planet Index - Guidance for National and Regional Use, UNEP-WCMC, Cambridge, UK MIQUET A. & FAVRE E., 2007, Les roselières des fleuves et des lacs, Cahier technique du Conservatoire d’Espaces Naturels de Rhône-Alpes, 20p MORERE J.J., 2008, Observatoire national de la batrachofaune française : priorités, méthodologie, procédures, organisation, recherches et actions, MNHN, 35p Observatoire des Zones Humides Méditerranéennes, 2012, 2012– Les zones humides méditerranéennes : enjeux et perspectives, Rapport technique, Tour du Valat, France, 128p Observatoire des Zones Humides Méditerranéennes, 2012, 2012 – Etat et tendances des Espèces des zones humides méditerranéennes, Dossier thématique n°1, Tour du Valat, France, 52p Observatoire de la biodiversité du Nord - Pas-de-Calais, 2011, Analyse des indicateurs 2010, Contexte Méthode et Interprétation, 148p ODONAT (Coord.), 2011, Suivi des Indicateurs de la Biodiversité en Alsace, Rapport annuel 2011, Région Alsace, Département du Bas Rhin et Département du Haut-Rhin, 146p OERTLI B. et al, 2005, PLOCH: a standardized method for sampling and assessing the biodiversity in ponds, Vol 15 (6), p665-680 PACHE G. & PORTERET J., 2010, Méthodes et protocoles pour l’évaluation écologique des zones humides utilisant la flore et la végétation – Etude bibliographique et propositions, Pogramme RhoMéO, Agence de l’Eau Rhône-Méditerranée et Corse, 44p PAULJ-P., 2011, Liste rouge des vertébrés terrestres de Franche-Comté, LPO Franche-Comté, Union Européenne, Conseil Régional de Franche-Comté & DREAL, 210p (disponible en ligne : http://files.biolovision.net/franche-comte.lpo.fr/userfiles/publications/monographies_liste_rouge_2.pdf) PONT B., 2012, Indices odonates, Réserve naturelle de l’île de la Platière POPY S., 2009, Définition des enjeux relatifs à la biodiversité en Languedoc-Roussillon, Cemagref, Montpellier, 21p POPY S., 2009, Projet d’Observatoire Régional de la Biodiversité en Languedoc-Roussillon : synthèse sur les observatoires existants, Cemagref, Montpellier, 62p POPY S., 2010, Bases de réflexion pour la constitution d'un jeu d'indicateurs, Etude de préfiguration d'un Observatoire Régional de la Biodiversité pour le Languedoc-Roussillon, Cemagref, Montpellier, 379p POPY S., 2010, Prémaquette et conclusions, Etude de préfiguration d'un Observatoire Régional de la Biodiversité pour le Languedoc-Roussillon, Cemagref, Montpellier, 218p PORTERET J., 2010, Méthodologie et protocoles de suivi des indicateurs hydrologiques RhoMéO, AVENIR, 30p PORTERET J. & PACHE G., 2010, Note de cadrage - Protocoles, Programme RhoMéO, Agence de l’Eau Rhône - Méditerranée - Corse, Union Européenne, 9 p

http://files.biolovision.net/franche-comte.lpo.fr/userfiles/publications/monographies_liste_rouge_2.pdf


ROLLAND C., 2009, Programme STOC en Rhône-Alpes – Suivi Temporel des Oiseaux Communs, CORA Faune Sauvage & Région Rhône-Alpes, 35p SCHMIDT E., 1985, Habitat inventarization, characterization and bioindication by “a representative spectrum of odonata species”, Odonatologica 14, p127-133 TEMPLE S. A. and WIENS J.A., 1989, Bird populations and environmental changes: can birds be bio-indicators?, American birds, vol 43 (2) VAUTHIER R., 2011, Bilan d’activité du programme régional d’action en faveur des mares de Franche-Comté, CEN FC et ONF VUILLEMENOT M., FERNEZ T. & BAILLY G., 2008, Amélioration de la connaissance et évaluation des habitats ; guide méthodologique. Conservatoire botanique national de Franche-Comté, Union européenne, DIREN de Franche-Comté, Conseil général du Jura et Conseil général de Haute-Saône, version 1.0 (décembre 2008), 17p et annexes WWF, 2012, Living Planet Report 2012, WWF International, Gland, Switzerland, 160p XIMENES M.C., FOUQUE C. et BARNAUD G., 2007, Etat 2000 et évolution 1990-2000 des zones humides d’importance majeure (Document technique IFEN-ONCFS-MNHN-FNC), Orléans, Ifen, 136p + annexes (Disponible en ligne : http://www.ifen.fr, rubrique "Territoire"›"Zones humides"›"En savoir plus")

Sites à consulter :

- Convention sur la Diversité Biologique : Plus d’infos : http://www.cbd.int/

- Milieux à composante humide : http://www.statistiques.developpement-durable.gouv.fr/lessentiel/article/265/1136/milieux-composante-humide.html

- Observatoire de la biodiversité du Nord Pas-de-Calais Plus d’infos : http://www.observatoire-biodiversite-npdc.fr/indicateurs.html

- Observatoire régional de la biodiversité Languedoc Roussillon Plus d’infos : http://orblr.fr/wakka.php?wiki=AccueiL

- Observatoire des Zones Humides Méditerranéennes Plus d’infos : http://www.medwetlands-obs.org/fr/content/ozhm

- Portail Vigie nature (MNHN) : Plus d’infos : http://vigienature.mnhn.fr/page/le-suivi-temporel-des-oiseaux-communs-stoc

- R Development Core Team (2011).R : A language and Environment for Statistical Computing. [url : http://www.R-project.org]

- SIBA : Office des DOnnées NATuralistes d’Alsace Plus d’infos : http://www.odonat-alsace.org/indicateurs_biodiversite.php

http://www.cbd.int/

http://www.statistiques.developpement-durable.gouv.fr/lessentiel/article/265/1136/milieux-composante-humide.html

http://www.statistiques.developpement-durable.gouv.fr/lessentiel/article/265/1136/milieux-composante-humide.html

http://www.observatoire-biodiversite-npdc.fr/indicateurs.html

http://orblr.fr/wakka.php?wiki=AccueiL

http://www.medwetlands-obs.org/fr/content/ozhm

http://vigienature.mnhn.fr/page/le-suivi-temporel-des-oiseaux-communs-stoc

http://www.r-project.org/

http://www.odonat-alsace.org/indicateurs_biodiversite.php