ministère de l’Éducation national, de l’enseignement supérieur et … · 2017-01-17 ·...

Ministère de l’Éducation National, de l’Enseignement Supérieur et de la RechercheMinistère de l’Écologie, du Développement Durable et de l’Énergie

MUSÉUM NATIONAL D'HISTOIRE NATURELLEDirection de l'Enseignement, de la Pédagogie et des Formations

ED 227 - Sujets soumis au concours pour l'obtention d'un contrat doctoral

Liste des sujets

UMR 7206 Eco-anthropologie et ethnobiologie/UMR 7204 CESCO, Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation............................................................................................................................. 5

Formes et pratiques d’engagement dans la production de données naturalistes. Étude ethnologique des dispositifs d’observation des lépidoptères..........................................................................5

UMR 9191 Evolution, Génomes, Comportement et Écologie.................................................................8

Mécanismes évolutifs et physiologiques d'adaptations à l'hôte chez un Hyménoptère parasitoïde................................................................................................................................................................................................... 8

UMR 7207 CR2P Centre de recherche sur les paléoenvironnements et la paléobiodiversité.11

Phylogenie des anoures: contribution de la tomographie..............................................................................11

Les Erymida (Crustacea, Decapoda) : un groupe eteint ?................................................................................ 13

Origine et premières dichotomies des Périssodactyles (Mammalia, Laurasiatheria): apport des faunes de l'Eocène inférieur du bassin de Paris................................................................................................. 15

Place des glyptodontes dans la phylogenie des Xenarthres : nouvelle approche de l'anatomie cranienne et prise en compte de l'integration morphologique....................................................................18

Ettudes anatomiques et phylogenetiques des structures endocraniennes des stegocephales (tetrapodes anciens)...................................................................................................................................................... 20

UMR 7204 CESCO, Centre d’Écologie et des Sciences de la Conservation.......................................22

Qualité et dynamique de la flore dans les rues des villes................................................................................ 22

Dynamique des communautés et pressions anthropiques : quels liens ? Le cas des communautés d’oiseaux hivernants des zones humides du bassin méditerranéen..........................................................27

UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution..................................................................................... 30

Héritabilité épigénétique de la flexibilité phénotypique chez un primate hétérotherme, le Microcèbe murin.............................................................................................................................................................. 30

Étude morpho-fonctionnelle de la nageoire pectorale du coelacanthe actuel Latimeria chalumnae; Inférences sur les modalités de la terrestrialisation des sarcoptérygiens......................32

UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique...................................................................34

Dynamique environnementale et transition paléoanthropologique et culturelle dans le sud de la péninsule ibérique au cours des derniers 65 000 ans...................................................................................... 34

Evolution du crâne et de ses structures internes au sein du genre Homo...............................................37

Approche techno-culturelle de la fracturation des os chez les Néandertaliens (Ardèche, MIS 4-3) :individualisme ou poids des traditions ?............................................................................................................... 39

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Analyse de la dynamique des peuplements humains et de leur relation avec leur environnement animal au Paléolithique moyen et supérieur en France septentrionale et en Belgique. Apports desSystèmes d’Information Géographique.................................................................................................................. 42

UMR 7205 Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB)............................................45

Biodiversité et histoire évolutive des Pycnogonides (Arthropoda, Pycnogonida)...............................45

Communication et hybridation chez les Iguanes des Antilles.......................................................................47

Diversité et radiations évolutives dans le genre d'hépatiques riccia (ricciaceae, marchantiidae) : approches phylogénétiques et intégratives.......................................................................................................... 49

Synthèse d'ARNs en conditions pre-biotiques. Origines de la vie et évolution biologique...............51

Histoire d’une convergence évolutive : évolution des défenses chimiques au sein d’une communauté de papillons mimétiques.................................................................................................................. 53

Origine de l'endémisme en milieu insulaire : le modèle des Campanules de l’archipel du Cap Vert................................................................................................................................................................................................. 55

Des ailes, pour quoi faire ? Evolution des formes et des fonctions des ailes chez les Insectes Orthoptères........................................................................................................................................................................ 57

Influence de la structure sociale sur la morphologie chez les mâles de Limnonectes (Dicroglossidae, Amphibiens).................................................................................................................................... 59

Répétabilité du processus de spéciation chez des papillons néotropicaux.............................................61

UMR 7245 Molécules de communication et Adaptation des Microorganismes (MCAM)..........64

Réponse des communautés phytoplanctoniques aux changements de pressions anthropiques: intégrer la complexité des écosystèmes par des approches fonctionnelles............................................64

Caractérisation de la signalisation par les oxylipines dans la communication chimique entre l’endophyte Paraconiothyrium variabile et des phytopathogènes fongiques d’intérêt agronomique..................................................................................................................................................................... 69

Couches S des bactéries et archées : diversité et rôle dans la biominéralisation et la survie en conditions extrêmes....................................................................................................................................................... 71

UMR 7590 Institut de Minéralogie de Physique des Matériaux et de Cosmochimie..................74

Minéralogie et composition isotopique des phases d'altération des premières roches du systèmesolaire : de l'eau en phase vapeur à proximité du Soleil jeune ?.................................................................74

UMR 8197 Institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure (IBENS).........................................76

Effets des interactions interspecifiques sur la diversification......................................................................76

Analyse et prédiction des patterns spatio-temporels de dengue en Asie du sud-est..........................78

UMI 3614 Biologie évolutive et Ecologie des Algues.............................................................................80

Étude de l'interaction hôte-epiphyte chez les algues brunes: Effet de la flore bactérienne sur la spécifité de l'intéraction et sur l'évolution de l'isolement reproducteur et la spéciation chez les Ectocarpales...................................................................................................................................................................... 80

UMR 7221 Evolution des Régulations Endocriniennes........................................................................82

Effets des xénobiotiques sur la signalisation thyroïdienne lors de la neurogenèse............................82

UMR 208 PALOC, patrimoines locaux et gouvernance.........................................................................84

Les relations homme-faune sauvage protégée. Le cas du Phoque gris sur le littoral français.........84

UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieux Marins AD2M............................................................87

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Relation entre la métabolisme lipidique des cyanobactéries marines et le gradient latitudinal de température (METALIC)............................................................................................................................................... 87

Interactions durables et contrôle des blooms et successions de diatomées en Manche Occidentale................................................................................................................................................................................................. 89

UMR 7196 Structure et Instabilité des Génomes.................................................................................... 92

Modifications ciblées des marques épigénétiques des répétitions centromériques : effets sur la stabilité du génome, la transcription et l'organisation de la chromatine.................................................92

Régulations épigénétiques des télomères au cours du vieillissement.......................................................95

UMR 7206 Eco-anthropologie et ethnobiologie...................................................................................... 97

Formes et pratiques d’engagement dans la production de données naturalistes. Etude ethnologique des dispositifs d’observation des lépidoptères.......................................................................97

Co-cultures, éco-cultures ? Contribution de l'agrobiodiversité à l'alimentation rurale, par l’approche comparative des cultures associées « maïs-haricot » dans l’Occident mexicain (Jalisco)et dans le Sud-ouest français.................................................................................................................................... 100

UMR 7208 BOREA, Biologie des Organismes et des Ecosystèmes Aquatiques...........................105

Impact des stress environnementaux (lumière et température) sur la mise en place des systèmesdopaminergiques et sérotoninergiques de la seiche, Sepia officinalis....................................................105

Adaptations sensorielles chez les crevettes hydrothermales profondes : Comparaison des facultés sensorielles de la crevette hydrothermale Mirocaris fortunata et de l’espèce côtière Palaemon elegans......................................................................................................................................................... 108

Diadromie, dispersion et histoire évolutive du complexe Caridina nilotica/weberi dans les systèmes insulaires de l’Indo-Pacifique.............................................................................................................. 111

UMR 7209 Archéozoologie, archéobotanique: sociétés, pratiques, environnements (AASPE).............................................................................................................................................................................. 114

Enregistrement isotopique haute résolution des pratiques d'élevage et de la mobilité des hommes et des troupeaux en Mongolie............................................................................................................... 114

UMR 7618 Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris iEES-Paris.........117

Étude de l’influence du parasitisme sur la structure et la stabilité des réseaux trophiques par uneapproche éco-évolutive.............................................................................................................................................. 117

Dynamique de l'azote dans une savane tropicale : du compartiment microbien des sols au bassin versant.............................................................................................................................................................................. 120

Effets de la température sur les trajectoires de développement, la variabilité interindividuelle et la communication chimique chez la noctuelle du coton...............................................................................123

Consequences de la pollution environnementale sur l'evolution des traits d'histoire de vie : l'exemple de la Daphnie............................................................................................................................................. 126

Colonisation naturelle et succession des communautés microbiennes à l’échelle d’écosystèmes aquatiques artificiels et impacts des perturbations anthropiques...........................................................128

UMR 8227, Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins...........................................131

Rôle de la réponse systémique des macroalgues brunes lors des interactions trophiques avec les herbivores........................................................................................................................................................................ 131

UPR 2147 Dynamique de l'Evolution Humaine.................................................................................... 133

Besoins énergétiques et mobilité des Néandertaliens. Approche croisée anatomo-fonctionnelle etarchéologique................................................................................................................................................................. 133

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USR 3224 Centre de recherche sur la Conservation des Collections.............................................136

Caractérisation de marqueurs chimiques de plantes par séparation chromatographique bidimensionnelle couplée à la spectrométrie de masse - Applications aux méthodes de fabrication des papiers asiatiques anciens......................................................................................................... 136

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UMR 7206 Eco-anthropologie et ethnobiologie/UMR 7204 CESCO, Centred'Ecologie et des Sciences de la Conservation

Formes et pratiques d’engagement dans la production de données naturalistes. Étudeethnologique des dispositifs d’observation des lépidoptères.

Directeur de thèse HDR : Romain Julliard (direction temporaire, la codirectrice s’étant engagée àpasser son HDR dans les 3 ans). Courriel : [email protected] - [email protected] Unité du directeur de thèse: UMR 7204 CESCO (MNHN/UPMC/CNRS). Equipe : Bases écologiques de la Conservation (BEC), responsable : E. Porcher (l’équipe derattachement de la thèse est celle de la co-encadrante). Doctorants en cours d’encadrement:Léa Lugassy (3eme année ; financement DIM Astrea) ; co-encadrement 50% avec Colin Fontaine.Martin Jeanmongin (2eme année ; ½ financement ED 227 ½ financement MEDDE) ; co-encadrement 50% avec Emmanuelle Porcher.Kevin Barré (1ere année ; financement DIM Astrea) ; co-encadrement 50% avec ChristianKerbiriou.Nicolas Dubost (1ere année ; financement LABEX BCDIV) ; co-encadrement 10% avec Isabelle LeViol et Pierre-Yves Henry. Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : Élise Demeulenaere, UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie (MNHN/CNRS/Paris 7), équipeanthropologie et politique de la nature. Pas de doctorants en cours d’encadrement. Sujet : La thèse se propose d’examiner les pratiques et les formes d’engagement des acteurs impliquésdans des dispositifs d’observation des papillons, à travers le prisme des données naturalistes.L’étude ambitionne donc de suivre et d’analyser le cheminement de ces dernières, de leurproduction à leur utilisation finale. Cette démarche permettra d’explorer les dimensions multiplesnourrissant l’engagement naturaliste : (i) la dimension sensible, à travers l’usage des sens dansl’observation des papillons ; (ii) la dimension sociale, les organisations collectives étant le supportet le terreau de l’activité de connaissance et de l’implication bénévole ; (iii) la dimension technique,par la médiation d’outils d’objectivation et de quantification (carte de répartition, indicateurd’abondance…), et de leurs instruments (photographie, forum internet, base de données) dans laconnaissance des lépidoptères ; (iv) et la dimension politique, prolongement nécessaire d’unengagement intense. Ces réflexions interrogeront in fine les ajustements que les dispositifsd’observation de la biodiversité autorisent entre milieux institutionnels et bénévoles, aux traditionset cultures naturalistes différentes. L’enquête fera appel à des méthodes ethnographiques ets’ancrera dans le champ de l’anthropologie de l’environnement. Les terrains d’étude envisagéss’articulent autour du milieu associatif amateur de papillons, et des laboratoires et services duMNHN impliqués dans l’étude des lépidoptères. Contexte national et international :Depuis les années 2000, les données naturalistes sont devenues un instrument central dans lespolitiques de gestion de la biodiversité ainsi que dans la recherche en écologie. En France, la

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mailto:[email protected]


création du Système d’Information sur la Nature et les Paysages et le lancement des observatoiresVigie-Nature, ainsi que l’élaboration de nombreux atlas départementaux, attestent de ce nouveaumouvement fondé sur la collaboration entre réseaux professionnels et associatifs. Deux pratiquesd’inventaire coexistent parmi ces dispositifs : la cartographie d’espèces, et le suivi de l’abondancedes populations. Le caractère novateur de la recherche réside dans la comparaison de ces deuxpratiques, chacune ayant son processus propre de fabrication des données. En outre, leslépidoptéristes sont un groupe de naturalistes représentant un contingent conséquent, diversifié, ethistorique des amateurs de nature : leur étude pourra avoir une valeur d’exemplification dufonctionnement des milieux naturalistes. Résultats attendus, stratégie de publication :La littérature en sciences sociales signale un manque de travaux sur la représentation desnaturalistes amateurs et appelle à une sophistication des analyses concernant leur implication dansl’observation de la biodiversité (Charvolin et al., 2007). La question de l’articulation entreperception de la nature, engagement dans son observation, et production de données naturalistesse place dans cette perspective, et permettra un accès à la publication dans des revues telles que :Ethnologie Française (Manceron, 2015) ; Natures Sciences Sociétés (Alphandéry et Fortier, 2011) ; laRevue d’Anthropologie des Connaissances (Heaton et Millerand, 2013 ; Morgan, 2009) ; Social Studiesof Science (Bowker, 2000 ; Ellis, 2011 ; Lorimer, 2008). Possibilités de réorientation :Les dispositifs étudiés se situant en France (atlas de Sarthe, du Loiret, STERF en Ile-de-France), et lecontact avec les groupes naturalistes ayant déjà été établi, il n’y aura pas de difficultés d’accèsnécessitant une réorientation du sujet. Faisabilité en trois ans, échéancier :La première année sera consacrée à une recherche bibliographique approfondie combinée à uneexploration des terrains d’étude. Cela devra permettre la consolidation de la problématique etamener le doctorant à formuler une architecture théorique du sujet précisant le cadreméthodologique et conceptuel choisi. La seconde année sera utilisée pour la collecte de donnéesethnographiques et leur première analyse, avec pour principe une immersion importante au seindes groupes sociaux étudiés. Enfin, la dernière année sera tournée vers la synthèse des matériauxde recherche et la rédaction de la thèse. Les chercheurs ayant travaillé sur les questions de cedoctorat sont identifiés et seront sollicités pour participer au comité de thèse. Publications :DESCHAMPS Suzie, Élise DEMEULENAERE, accepté, « L'Observatoire Agricole de la Biodiversité.

Vers un ancrage mésologique des pratiques agricoles », à paraître en 2015 dans un numérothématique d'Etudes Rurales, "Histoire et actualité des inventaires naturalistes" coordonné parIsabelle Arpin, Florian Charvolin, Agnès Fortier.

DEMEULENAERE Élise, 2013, « Les semences entre critique et expérience : les ressorts pratiquesd’une contestation paysanne », Revue d’Etudes en Agriculture et Environnement, 94 (4) : 421-441.

DEMEULENAERE Élise, Christophe BONNEUIL, 2011, « Des semences en partage. Constructionsociale et identitaire d’un collectif ’paysan’ autour de pratiques semencières alternatives »,Techniques & Culture, 57 (2) : 202-221.SHWARTZ Assaf, Hélène CHEVAL, Laurent SIMON, Romain JULLIARD, 2013, « Virtual GardenComputer Program for use in Exploring the Elements of Biodiversity People Want in Cities »,Conservation Biology, 27 : 876-886.DEGUINES Nicolas, Romain JULLIARD, Mathieu DE FLORES, Colin FONTAINE, 2012, « Thewhereabouts of flower visitors : contrasting land-use preferences revealed by a country-widesurvey based on citizen science », PLoSONE, 7 (9) : e45822.

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DEVICTOR Vincent, Chris VAN SWAYY, Tom BRERETON, Lluís BROTONS, Dan CHAMBERLAIN,Janne HELIOLA, Sergi HERRANDO, Romain JULLIARD, Mikko KUUSSAARI, Ake LINDSTROM, JiriREIF, David B. ROY, Oliver SCHWEIGER, Josef SETTELE, Constanti STEFANESCU, Arco VANSTRIEN, Chris VAN TURNHOUT, Zdenek VERMOUZEK, Michiel WALLIS DE VRIES, Irma WYNHOFFand Frédéric JIGUET, 2012, « Differences in the climatic debts of birds and butterflies at acontinental scale », Nature Climate Change, 2 : 121-124.

Profil du candidat recherché :Le candidat doit avoir une formation en ethnologie/anthropologie, et avoir une solide expériencede terrain. Des compétences en écologie et en biologie seront appréciées ainsi qu’une bonnemaîtrise de l’anglais.

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UMR 9191 Evolution, Génomes, Comportement et Écologie

Mécanismes évolutifs et physiologiques d'adaptations à l'hôte chez un Hyménoptèreparasitoïde

Directeur de thèse HDR : Bruno LE RU

Courriel : [email protected]

Unité du directeur de thèse de recherche : Lab. Evolution, Génomes, Compoprtement et Ecologie(fusion LEGS-BEI), UMR CNRS (9191)-IRD (247)-P11

Equipe: équipe d'accueil pour l'ED 227 - Description et fonctionnement des communautésd'insectes tropicaux ; au sein du pôle Evolution et Ecologie, dir. L. Kaiser

Doctorants en cours d’encadrement: Franck Ndjomatchoua, Univ. Yaoundé, nov 2013-oct 2016

Co-directeur(s) HDR : Laure KAISER-ARNAULD, UMR EGCE, pas de doctorant en coursd'encadrement

Paul-André CALATAYUD, UMR EGCE, pôle Evo-Eco, CR IRD travaillant à icipe, Nairobi Kenya;doctorants en cours d'encadrement : - 2012-2015 Gladys Bichanga, Université de Nairobi - 2012-2015 co-encadrement de Christophe Petit, Université Paris XI (direction M. Harry, ED Sciences duVégétal)

Co-encadrant(s) sans HDR : Florence MOUGEL, UMR EGCE, pôle Evo-Eco, Co-encadrementd'Axelle Marchand, oct. 2012-oct 2015 (direction M. Harry, ED Sciences du Végétal)

Sujet :

La diversification des insectes parasitoïdes témoigne de leur co-évolution avec leurs insectes hôtes.L’Hyménoptère africain Cotesia sesamiae, parasitoïde de chenilles foreuses de plantes herbacées,présente des populations adaptées à différentes espèces hôtes, comme les noctuelles Busseola fuscaet Sesamia nonagrioides. Ces spécialisations sont liées à une différenciation des systèmes dereconnaissance sensorielle de l’hôte et de virulence. Parmi les populations spécialisées sur S.nonagrioides, toutes n’ont pas le même succès reproducteur sur une population hôte européennecolonisant le maïs. L’objectif de la thèse est de rechercher les mécanismes de ces adaptations. Lecandidat identifiera les gènes impliqués, par recherche de QTL. Les individus recombinants issus decroisements entre populations de C. sesamiae seront phénotypés (taux d’acceptation de l’hôte et dedéveloppement, nombre et sex-ratio des descendants) et génotypés sur plusieurs milliers demarqueurs (technologie RADseq). Les gènes présents dans les QTL seront identifiés grâce auxgénomes séquencés de C. sesamiae et de C. congregata (en cours d’annotation). En parallèle, lecandidat étudiera une fonction impliquée dans la spécificité parasitaire, par une approchephysiologique. Selon l’avancement actuel des travaux en cours dans l’équipe, l’accent sera mis soitsur les mécanismes de la reconnaissance sensorielle de l’hôte, soit sur les mécanismes desuppression/atténuation de la réaction immunitaire de l’hôte

Contexte national et international:

National : ce sujet s’insère dans le programme de recherche «Adaptation in Biological Control»(porteur : L. Kaiser; ANR 2013-2016). Les partenariats mis en place contribuent à la faisabilité dusujet de thèse : à l’IRBI (Univ. Tours), séquençage et annotation des génomes de C. congregata et C.sesamiae ; première analyse du polymorphisme des marqueurs RAD chez C. sesamiae ; évolutiondes gènes de virulence ; à IEES-Versailles, annotation des gènes de chimioréception chez C.congregata.

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La plateforme Imagif est en charge du génotypage RAD ; la plateforme protéomique du Mouloncommence l’identification de composés de chenilles impliqués dans la reconnaissance de l'hôte parle parasitoïde.

International : ces travaux s’inscrivent dans la suite d’une longue collaboration avec l’icipe àNairobi, d’où l’expertise de l’équipe sur la phylogéographie, l’écologie, la physiologie de C. sesamiae,ainsi que la possibilité de réaliser des collectes et de multiplier les souches étudiées.

Résultats attendus, stratégie de publication:

- Identification de QTL et de gènes candidats impliqués dans la différenciation adaptative sur lelong terme de C. sesamiae à la noctuelle Busseola fusca, ravageur africain du maïs et du sorgho.Traits: comportement, virulence. 1 publi en premier auteur.

- QTL et gènes candidats impliqués dans l'adaptation à un nouvel hôte pour C. sesamiae: unepopulation européenne de S. nonagrioides originaire du maïs. Traits: taille, sex-ratio et survie de ladescendance. 1 publi en premier auteur.

- Mécanisme physiologique (sensoriel ou de virulence selon l'option retenue) impliqué dans une deces adaptations (1 publi en co-auteur)

- Contribution à un article en cours sur le succès parasitaire de plusieurs populations de C. sesamiaesur S. nonagrioides.

Possibilité de réorientation :

Le sujet incluant deux grandes approches, et deux options pour l'approche physiologique, il serapossible de favoriser l'une ou l'autre approche ou option selon les difficultés techniquesrencontrées, ou l'intérêt des résultats acquis.

Faisabilité en trois ans, échéancier) :

- Les croisements sont en cours. Le phénotypage des recombinants en F2 sera fait avant le début dela thèse. Le phénotypage des recombinants en F8 sera fait par le doctorant fin 2015.

- Génotypage des recombinants par RADseq (plateforme Imagif) : programmé au 1er trimestre2016

- Analyse bioinformatique : vérification, polymorphisme, groupes de liaison & carte génétique ;identification des QTL ; annotation par analogie. 1 an à 18 mois.

- En parallèle, étude d'un mécanisme d’adaptation à l’hôte, en fonction de l’avancement de l’équipe :mécanisme chimiosensoriel, ou de virulence. Une analyse fonctionnelle de l’implication de gènescandidats par mesure (par qPCR) ou extinction (par RNAsi) de leur expression est envisageabledans l’équipe.

Publications :

Kaiser L., Le Ru B., Kaoula F, Paillusson C., Capdevielle-Dulac C., Obonyo J., Herniou E., Jancek S., Branca A., Calatayud P.A., Silvain J.F., Dupas S. Evolution of host range in the African cerealstemborer parasitoid Cotesia sesamiae. Accepté dans Evol. Applic.

Jancek S., Bézier A., Gayral P., Paillusson C., Kaiser L., Dupas S., Le Ru B.-P., Barbe V., Periquet G.,Drezen J.-M. Herniou E. 2013. Adaptive selection on bracovirus genomes drives the specialization ofCotesia parasitoid wasps. PLoS ONE, 8 (5), 11pp.

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Mougel F, M Solignac, D Vautrin, E Baudry, J Ogden, A Tchapla, H Schweitz, H Gilbert (2012)Quantitative traits loci (QTL) involved in body colour, wing morphometry, cuticular hydrocarbonsand venom components in honeybee. Apidologie 43 (2): 162-181.

Branca, A., B. Le Ru, F. Vavre, J.-F. Silvain and S. Dupas 2011. Intraspecific specialization of thegeneralist parasitoid Cotesia sesamiae revealed by polyDNAvirus polymorphism and associatedwith different Wolbachia infections. Molecular Ecology 20: 959-971.

Obonoyo, M., Schultess, F., Le Ru, B., Van Den Berg, J. & Silvain, J.-F. & Calatayud, P.-A. 2010Importance of contact chemical cues in host recognition and acceptance by the braconid larvalendoparasitoids Cotesia sesamiae and Cotesia flavipes. Biological Control 54: 270

Profil du candidat recherché :

Diplomé d’un master en biologie. Ayant reçu un enseignement en génétique des populations,génétique quantitative, biologie des organismes, biologie moléculaire, bio-statistiques et bio-informatique.

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UMR 7207 CR2P Centre de recherche sur les paléoenvironnements et lapaléobiodiversité

Phylogenie des anoures: contribution de la tomographie

Directeur de these HDR : Michel Laurin


Unite du directeur de these de recherche : CR2P, UMR 7207

Equipe : Phylogenie et diversification des metazoaires, Michel Laurin

Doctorants en cours d’encadrement : Malcolm Sanders, 1ere annee, co-encadrement avec D. Merleet N. Puillandre

Co-directeur(s) HDR: Jean-Claude Rage, CR2P, equipe Phylogenie et diversification desmetazoaires

Sujet :

Les anoures, dont plus de 6375 especes sont reconnues, forment une composante importante desfaunes continentales de vertebres. La phylogenie et la chronologie de leur diversification sontdebattues; le taxon Anura (groupe apical) daterait d'environ 250 Ma selon les etudes moleculaires,alors que les premiers fossiles de ce groupe datent de moins de 170 Ma. Outre les lacunes duregistre fossile, cette discordance pourrait refleter des erreurs taxonomiques concernant lesfossiles. La these visera a corriger ces deux problemes en collectant de nouvelles donneesanatomiques (en partie par microtomographie) sur des anoures mesozoiques et cenozoiques, puisen les incorporant a une matrice pour analyse phylogenetique. Apres ajout de donneesstratigraphiques, de nouvelles methodes de datation paleontologiques en developpement(disponibles d'ici quelques mois), fondees sur des modeles de naissance et de mort, fourniront denouvelles estimations des ages de divers clades d’anoures. Les nouvelles donnees anatomiques,dont certaines sur l'oreille, proviendront surtout de la tomographie de Triadobatrachus, de fossilesdu Cretace et de Palaeobatrachidae (tous disponibles dans nos collections). L’analyse du claderecent des Neobatrachia est moins pertinente, mais quelques donnees anatomiquessupplementaires seront recueillies en tomographiant les deux «momies» des phosphorites duQuercy qui restent a etudier, puisque l’etude recente de Thaumastosaurus a donne de bonsresultats.

Contexte national et international :

Nous sommes bien positionnes dans le developpement de methodes de datations paleontologiques(une specialite du directeur de these), grace a des collaborateurs

mathematiciens Marseillais. Des competiteurs potentiels existent (ex. Tanja Stadler, a Zurich), maisn'ont pas acces aux riches bases de donnees paleontologiques qu'une equipe telle que la notre peutcompiler (Stadler travaille donc avec des phylogenies virales). Parmi les paleontologues, d’autrescollegues travaillent sur des modeles de naissance et de mort, mais a l’aide de methodes plussimples et utilisant moins d’information phylogenetique et stratigraphique que la notre.

Nos collections paleontologiques sont parmi les meilleures pour ce projet, puisque nous possedonsle type de Triadobatrachus et de d'autres anoures mesozoiques ainsi que paleogenes. Le co-encadrant (J-C Rage) est un leader sur les anoures fossiles.

Resultats attendus, strategie de publication :

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Les resultats clarifieront la position de divers anoures anciens, particulieremnet Eodiscoglossus, lespaleobatrachides, des pipoides presumes du Cretace d’Israel, ainsi que de deux autres momiesd’anoures du Paleogene. La tomographie des specimens pertinents ameliorera notre connaissancede l’anatomie de ces taxons et fournira probablement des donnees paleobiologiques (capacite ausaut, mode de vie terrestre, aquatique, ou arboricole, capacite auditive, par exemple). Ce domaineetant tres ouvert et largement nouveau, la possibilite de publications est grande. 3 ou 4 articles (aumoins) dans des revues indexees de bon niveau peuvent etre faits pendant la these ; les encadrantsy veilleront.

Possibilite de reorientation :

Les seuls problemes potentiels concernent l’obtention de nouvelles donnees par tomographie. Si lemateriel envisage s’avere insuffisant, on trouvera aisement d’autres echantillons, au besoin detaxons plus recents (cenozoiques).

Faisabilite en trois ans, echeancier :

1ere annee: Tomographie de divers fossiles: Eodiscoglossus, paleobatrachides, de pipoides cretacesd’Israel. Triadobatrachus a recemment ete tomographie. 2eme annee : Visite de collections etredaction des premiers articles. Codage de la matrice de donnees pour determiner des affinites etde la phylogenie des pipoides, des palaeobatrachides (collaboration possible) et de la radiation desanoures du Mesozoique. 3eme annee : Collecte des donnees stratigraphiques detaillees (age dechaque niveau fossilifere pour l’ensemble des fossiles de chaque taxon), analyses phylogenetiques.Calibration temporelle a l’aide de la nouvelle methode de datation. Redaction des derniers articleset de la these. Les fossiles sont en grande partie au MNHN.

Publications :

Michel Laurin Marjanovic D, Laurin M. 2014. An updated palaeontological timetree oflissamphibians, with comments on the anatomy of Jurassic crown-group salamanders (Urodela).Historical Biology. 26: 535–550.

Laloy F, Rage J-C, Evans SE, Boistel R, Lenoir N, Laurin M. 2013. A re-interpretation of the Eoceneanuran Thaumastosaurus based on microCT examination of a ‘mummified’ specimen. PLoS ONE 8:1–11.

2

Didier G, Royer-Carenzi M, Laurin M. 2012. The reconstructed evolutionary process with the fossilrecord. Journal of Theoretical Biology 315: 26–37.

Jean-Claude Rage Vullo R, Rage J-C, Neraudeau D. 2011. Anuran and squamate remains from theCenomanian (Late Cretaceous) of Charentes, western France. Journal of Vertebrate Paleontology 31:279– 291. Rage J-C, Dutheil DB. 2008. Amphibians and squamates from the Cretaceous(Cenomanian) of Morocco: a preliminary study, with description of a new genus of pipid frog.Palaeontographica. Abteilung A. Palaeozoologie-Stratigraphie 285: 1–22. Rage J-C, Rocek Z. 2007. Anew species of Thaumastosaurus (Amphibia: Anura) from the Eocene of Europe. Journal ofVertebrate Paleontology 27: 329–336.

Profil du candidat recherche :

Le doctorant aura de bonnes connaissances en osteologie (pour l’etude des specimens et codage dematrices de caracteres) et des notions de systematique. Il saura utiliser des logiciels d’analysephylogenetique (PAUP ou TNT) et d’imagerie.

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Les Erymida (Crustacea, Decapoda) : un groupe eteint ?

Directeur de these HDR : Sylvain Charbonnier


Unite du directeur de these de recherche : UMR 7207 CR2P MNHN-CNRS-UPMC ; directrice :Sylvie Crasquin

Equipe : Equipe PACE, Paleoecosystemes : analyse, comprehension, evolution ; directrice : SylviaGardin

Doctorants en cours d’encadrement : Ninon Robin, 3eme annee, co-direction 50% avec Gilles Petit.

Sujet :

Les Erymida sont un groupe de crustaces typiques du Mesozoique. Consideres comme eteintsjusqu’a aujourd’hui, les Erymida regroupent des formes de « homards ». Depuis 1840, environ 150especes ont ete decrites et de nombreux problemes se sont accumules : nomenclature, synonymies,destruction des specimens types. De plus, depuis les annees 1980, on considere que les Erymidapresentent une morphologie constante et tres conservative au cours du temps. Ainsi, la plupart desauteurs ont decrit de nouvelles especes sans reviser les especes deja decrites. Lorsque que destentatives de revision ont ete proposees, elles ont souvent donne lieu a des mises en synonymiedrastiques. L’accumulation de travaux taxinomiques sans reflexion a conduit au « problemeerymidien » : la conception du groupe est a revoir en profondeur. Enfin, certains auteurs ontsuggere que les « reef lobsters » de la famille actuelle des Enoplometopidae (Astacida) seraient desproches parents des Erymida. Pour tester cette hypothese, une etude generale s’impose. Elle serasuivie d’un travail phylogenetique alliant materiel fossile et actuel. Les objectifs de la these sont (1)de reviser la systematique des Erymida, (2) de retracer l’histoire evolutive du groupe depuisl’apparition des premiers membres jusqu’a leur supposee extinction ; (3) d’analyser lapaleoecologie des especes et de reconstituer leurs milieux de vie et (4) de comprendre l’histoire dela colonisation par les Erymida de niches ecologiques variees.


A l’heure actuelle, les crustaces fossiles ne sont plus etudies que par quelques specialistes a traversle monde. Le Museum est une des dernieres institutions europeennes a developper des recherchessur les crustaces mesozoiques avec les Musees de Milan et de Stuttgart. La these proposee constituedont une opportunite interessante d’investir un champ de recherche quasiment vierge d’autant plusque les Erymida n’ont jamais fait l’objet de travaux modernes. Le sujet conduira a travailler surplusieurs celebres gisements a conservation exceptionnelle : Lagerstatten des Vosges, d’Osteno, deLa Voulte, de Solhofen et de Canjuers. L’excellente preservation des fossiles permettra d’acceder ades details anatomiques inedits comme les dispositifs visuels, les organes internes ou encore lescontenus stomacaux. Grace a certains specimens preserves en volume, il sera egalement possible dedevelopper une recherche innovante basee sur l’imagerie 3D via les techniques d’acquisition CT-Scan.


La revision systematique des Erymida qui s’appuiera sur les collections des institutionseuropeennes permettra d’envisager rapidement un article faisant le point sur ce groupe. PlusieursErymida non decrits seront mis a la disposition de l’etudiant afin de donner plus de consistance ases premiers resultats. Le traitement d’un ou de deux specimens par imagerie CT-Scan permettra deproposer des resultats anatomiques inedits (yeux, contenus stomacaux, appendices) et publiablesdans un second article. Les aspects evolutifs, paleoecologiques et paleoenvironnementaux –

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developpes en fin de these– seront synthetises dans un troisieme article. L’etudiant devrait ainsipouvoir produire au moins 2 articles scientifiques.


Les Erymida constituant un groupe fossile tres vaste, la necessite d’une reorientation ne devrait passe poser. En l’absence de resultats, un travail sur d’autres crustaces fossiles tres communs commeles Penaeoidea pourrait etre aisement envisage.


Sept. 2015–Juillet 2016 : revision systematique des Erymida et description des nouvelles especes.Visite des collections (Lyon, Londres, Milan, Berlin) et reperage des specimens types. Debut deredaction du 1er article, soumis vers octobre 2016. Sept. 2016–Juillet 2017 : Analysesphylogenetiques. Acquisition des images CT-Scan et traitement numerique. Debut de redaction du2e article et soumission vers octobre 2017. Sept. 2017–Mai 2018 : Analyses paleoecologiques etcomparaisons paleoenvironnementales. Reconstitution de l’histoire evolutive. Hypotheses sur lesrelations avec des Enoplometopidae actuels. Redaction du 3e article si le temps le permet. Juin2018–Aout 2018 : synthese des resultats et redaction du memoire. Soutenance sept. 2018

Publications :

Charbonnier, S., Garassino, A., Schweigert, G., Audo, D. & Fernandez, S. 2014. New look at the lobsterEryma greppini, Oppel, 1861 (Crustacea, Decapoda, Erymidae) from the Middle Jurassic of Franceand Switzerland. Neues Jahrbuch fur Geologie und Palaontologie, Abhandlungen 272 (3): 331-339.

Audo, D., Charbonnier, S., Schweigert, G. & Saint Martin, J.-P. 2014. New eryonid crustaceans fromthe Late Jurassic Lagerstatten of Cerin (France), Canjuers (France), Wattendorf (Germany) andZandt (Germany). Journal of Systematic Palaeontology 12 (4): 459-479.

Charbonnier, S., Audo, D., Barriel, Garassino, A., Schweigert, G. & Simpson, M. (sous presse).Phylogeny of fossil and extant glypheid and litogastrid lobsters (Crustacea, Decapoda) as revealedby morphological characters. Cladistics. DOI: 10.1111/cla.12088


Le candidat aura des connaissances suffisantes sur la systematique des crustaces fossiles et l'echelledes temps geologiques, le sujet concernant tout le Mesozoique. Il s'impliquera dans le processusd’acquisition et de traitement de l’imagerie 3D.

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Origine et premières dichotomies des Périssodactyles (Mammalia, Laurasiatheria): apport desfaunes de l'Eocène inférieur du bassin de Paris

Directeur de thèse : Valery Zeitoun


Intitulé de l’équipe d’accueil : Equipe 1: Paléoécosystèmes : analyse, compréhension, évolution(PACE)

Equipe 2: Phylogénie et diversification des métazoaires

Unité de recherche : UMR 7207, Centre de recherche sur la paléobiodiversité

Nom du directeur de l’unité de recherche : S. Crasquin

Département : Histoire de la Terre

Codirecteurs: Grégoire Métais, Emmanuel Gheerbrant

Courriel : [email protected] , [email protected]

Coencadrant non HDR : Grégoire Métais

Unité de recherche : UMR 7207, Centre de recherche sur la paléobiodiversité

Département : Histoire de la Terre

Sujet :

Les mammifères Perissodactyla de l'Eocène inférieur du bassin de Paris dans leur contexteeuropéen: origine et diversification, phylogénie, adaptation et paléoécologie, paléobiogéographie.Etude du matériel inédit des collections MNHN de plusieurs faunes de l’Yprésien (MP7-10), etrévision des taxons décrits. Les principaux axes d’étude sont : anatomie comparée et systématiqueet phylogénie ; anatomie fonctionnelle et paléoécologie ; implications paléobiogéographique etbiostratigraphique.

Le matériel fossile consiste surtout en restes dentaires et post-craniens, et quelques spécimenscrâniens qui se prêteront à une étude d'anatomie fine (dont anatomie endocranienne) à l’aide del’outil tomographique du MNHN. Le matériel inédit provient des sites MP7-10 de Le Quesnoy,Condé-en-Brie, Prémontré, St Agnan, Grauves.

Questions liées au sujet :

- Origine et évolution des premiers périssodactyles en Europe, émergence des grands clades.

- Paléobiologie: principales adaptations et spécialisations dentaires et locomotrices dans leurcontexte paléoécologique et paléoenvironnemental.

- Phylogénie intra-ordinale : radiation initiale des Perissodactyla ; phylogénie supra-ordinale ausein des Laurasiatheria (contribution des caractères crâniens, mal connus chez les taxons basaux),objet d’un vif débat actuel entre phylogénies morphologiques (ex. groupe souche ?) et moléculaires.

- Paléobiogéographie : aires d’endémisme et dispersions autour de la limite Paléocène/Eocène.


Plusieurs équipes (dont phylogénéticiens moléculaires) dans le monde travaillent sur les questionsabordées par ce sujet, qui touche notamment 1) à la phylogénie des ordres modernes demammifères, 2) aux premières dichotomies chez les périssodactyles et à leur calibration

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temporelle, 3) au problème du PETM (événements fauniques et paléoenvironnementaux de lalimite Paléocène/Eocene) et notamment des dispersions à la limite Paléocène/Eocène. La place desPerissodactyla et leurs premières dichotomies sont centrales dans ces questions, et en particulierleurs premiers représentants et le matériel fossile du bassin de Paris à l'étude dans cette thèse.

Résultats attendus, stratégie de publication :

Le matériel inédit des coll. MNHN à l'étude se prêtera à la publication de plusieurs articles, dansplusieurs domaines, à la fois spécialisés (taxonomie; anatomie fonctionelle et adaptation) et à largeimplications (phylogénie inter-ordinale, événements (ex. dispersions) et paléoenvironnements dela limite PE). La première publication portera sur le matériel de Le Quesnoy (MP7, l'une des plusanciennes faunes à périssodactyles d'Europe) qui aura déjà fait l'objet d'un stage M2, et pourradonc être soumise dès la première année de la thèse.

Les résultats obtenus au cours du travail feront en outre l'objet de présentation en congrès par ledoctorant.


Pas de risques particuliers, matériel disponible (riche matériel des collections MNHN), prêt àl'étude

Faisabilité en trois ans, échéancier :

Sujet bien défini réalisable dans les délais, matériel MNHN d’étude et de comparaison disponible,moyens techniques d'étude autonomes existant au Muséum. Le sujet est appuyé par la compétenceet l'expertise systématique et phylogénétique (et complémentaire) des encadrants et par les richescollections du bassin de Paris du MNHN.

Année 1 - Anatomie comparée du matériel, systématique et phylogénie ; 1 article sur lespérissodactyles inédits du Quesnoy-MP7, sujet M2 2015

Années 2-3 - Etude fonctionnelle, phylogénétique, et implications paléoécologiques etpaléogéographiques (au moins 1 article)

Publications :

GHEERBRANT, E. 2009. Paleocene emergence of elephant relatives and the rapid radiation ofAfrican ungulates. Proceedings of the National Academy of Sciences 106:10717-10721.

GHEERBRANT, E., B. BOUYA, and M. AMAGHZAZ. 2012. Dental and cranial anatomy of Eritheriumazzouzorum from the Paleocene of Morocco, earliest known proboscidean mammal.Palaeontographica, A 297:151-183.

GHEERBRANT, E., M. AMAGHZAZ, B. BOUYA, F. GOUSSARD, and C. LETENNEUR. 2014. Ocepeia(middle Paleocene of Morocco): the oldest skull of an afrotherian mammal. PLOS One 9:1-30 (DOI:10.1371/journal.pone.0089739)

METAIS, G., Welcomme, J.-L., Ducrocq, S., 2009. Lophiomerycid ruminants from the Oligocene of theBugti Hills (Balochistan, Pakistan). J. Vert. Paleont. 29, 1-12.

METAIS, G., Gheerbrant, E., Sen, S., 2011. Re-interpretation of the genus Parabunodon (Ypresian,Turkey): implications for the evolution and distribution of pleuraspidotheriid mammals, In:Lehmann, T., Schaal, S.F.K. (Eds.), The world at the time of Messel: puzzles in Palaeobiology,Palaeoenvironments, and the history of early primates. 22nd International SenckenbergConference. Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung, Frankfurt am Main, pp. 116-117.

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Smith, T., Quesnel, F., De Plöeg, G., De Franceschi, D., METAIS, G., De Bast, E., Solé, F., Folie, A., Boura,A., Claude, J., Dupuis, C., Gagnaison, C., Iakovleva, A.I., Martin, J., Maubert, F., Prieur, J., Roche, E.,Storme, J.-Y., Thomas, R., Tong, H., Yans, J., Buffetaut, E., 2014. First Clarkforkian Equivalent LandMammal Age in the Latest Paleocene Basal Sparnacian Facies of Europe: Fauna, Flora,Paleoenvironment and (Bio)stratigraphy. PlosOne 9, 1-19.

Pierret A., ZEITOUN V., Forestier H. 2012. Doubts upon the status of Tam Pa Ling fossil. PNAS,doi/10.1073/pnas.1216774109

Forestier H., ZEITOUN V., Winayalai C., Métais C. 2013. The open-air site of Huai Hin (NorthwesternThailand): chronological perspectives for the Hoabinhian. Palevol 12, 45-55..

ZEITOUN V., Forestier H., Rasse M., Auetrakulvit P., Kim J., Tiamtinkrit C. 2013. The Ban Don Munartifacts, a chronological reappraisal of Human occupation in Lampang province (NorthernThailand). Journal of Human Evolution 65, 10-20.


Paléontologue, anatomiste (anatomie dentaire et postcranienne), phylogénie (analyse cladistique),connaissance élémentaire de la phylogénie des mammifères

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Place des glyptodontes dans la phylogenie des Xenarthres : nouvelle approche de l'anatomiecranienne et prise en compte de l'integration morphologique

Directeur de these : Christian de Muizon Courriel : [email protected]

Intitule de l’equipe d’accueil: CR2P, equipe 2 "Phylogenie et diversification des metazoaires"

Unite de recherche : UMR 7207, Centre de recherche sur la paleobiodiversite

Nom du directeur de l’unite de recherche : Sylvie Crasquin Departement : Histoire de la Terre

Coencadrant(s) eventuel(s) non HDR : Guillaume Billet Unite de recherche : UMR 7207, Centrede recherche sur la paleobiodiversite Departement : Histoire de la Terre

Sujet :

Les glyptodontes sont un groupe emblematique de tatous eteints dont la position phylogenetique ausein des Cingulata (groupe des tatous) fait depuis longtemps l'objet de debats entre anatomistes.Une etude en cours d'un mitogenome d'un des derniers representants des glyptodontes suggere unpositionnement inedit comme groupe frere des tatous nains et tatous tolypeutines actuels (Articleen cours de soumission dont G. Billet est co-auteur). Afin d'explorer plus en profondeur leshypotheses issues de la morphologie et d'evaluer la possibilite de congruences avec les donneesmoleculaires, il est necessaire d'etudier en detail l'anatomie du basicrane et ses structures internesjusqu'ici largement laissees de cote. Ainsi, le telescopage de la region auditive fortement exprimechez les glyptodontes, aussi present chez les tatous nains, est un caractere intriguant au regard desdonnees moleculaires. En complement, le sujet se propose de developper des analyses cladistiquesinnovantes sur les cingules avec une prise en compte du probleme de l'integration morphologique(les fortes correlations pouvant exister entre traits dans une meme region anatomique). Pour cela,les analyses cladistiques inclueront des traits continus (issus de morphometrie geometrique)regroupes au sein de differents modules anatomiques analyses separement. Cette methodeoriginale visera une meilleure independance des donnees et permettra d'explorer des voiesprometteuses de reconstruction phylogenetiques.


Ce sujet se situe au cœur d'une problematique tres actuelle, les conflits existants entre phylogeniesmoleculaires et morphologiques, la recherche de la congruence et l'analyse des points de discordeentre ces deux approches afin de progresser vers des hypotheses plus robustes avec plus de pouvoirexplicatif. Le cas des glyptodontes, qui concerne un groupe de mammiferes tout a faitemblematiques, est un cas typique de ces conflits. En cherchant a faire progresser les analysesmorphologiques sur ce groupe aussi bien au niveau des donnees que des methodes et approchesutilisees, le sujet formera un anatomiste capable de conduire des etudes d'anatomie fine destructures complexes tout en utilisant en parallele une approche morphometrique innovante etextremement puissante; il instaurera ainsi un dialogue sur de nouvelles bases avec les donneesmoleculaires. il s'agit la de competences nouvelles au sein d'un riche reseau de xenarthrologues,mais qui manque encore d'interdisciplinarite.


Un minimum de quatre publications dans des revues internationales de rang A est attendu sur cesujet, puisqu'il implique la description de cranes de glyptodontes tres bien preserves du MNHN avecfocus sur leur basicrane et anatomie interne inconnue (ex: oreille interne, os turbinaux), laredescription des plus anciens cranes de glyptodontes et pampatheres de collections nord-americaines, une etude anatomique et fonctionnelle centree sur le probleme du telescopagebasicranien chez les glyptodontes et tatous nains (incluant approche morphometrie geometrique),

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et une etude finale phylogenetique comprenant des analyses cladistiques fondees sur les donneesmorphologiques recoltees : traits discrets et continus (separes par modules).


Le gros du materiel d'etude est en acces direct puisque preserve dans les collections du MNHN, et lereste est accessible dans des collections nord-americaines. Possibilite de reorientation sur desetudes de modularite du crane des tatous si besoin.


La 1ere annee sera consacree a la description de l'anatomie cranienne et intracranienne desglyptodontes du MNHN (analyses CT-scan). La 2nde annee sera marquee a la fois par l'ajout d'uneapproche de morphometrie geometrique sur l'ensemble des specimens disponibles (glyptodontesMNHN, et tatous actuels tous deja scannes par G.Billet) et par la definition de caracteres discrets apartir des observations faites. La fin de 2nde annee sera occupee par une mission pour collecter lesdonnees sur les specimens nord- americains. Outre la redaction du document (these par articles), la3eme annee verra la conduite d'analyses cladistiques sur les caracteres discrets et sur les traitscontinus recoltes par l'analyse morphometrique.

Publications :

Delsuc F, Hautier L, Gibb GC, Kuch M, Billet G, MacPhee RDE, Fernicola JC, Vizcaino S, Poinar H(ordre des auteurs non definitif). En cours (soumission prevue en fevrier 2015). AncientMitogenomics Uncovers the Phylogenetic Affinities of Emblematic Glyptodonts. Current Biology.

Billet G, Hautier L, Lebrun R. Sous presse (accepte). Morphological diversity of the bony labyrinth(inner ear) in extant xenarthrans and its relation to phylogeny. Journal of Mammalogy. Billet G.,Hautier L., Muizon C. de, Valentin X. 2011. Oldest cingulate skulls provide congruence betweenmorphological and molecular scenarios of armadillo evolution. Proceedings of the Royal Society B,278: 2791-2797.

Profil du candidat recherche : Le candidat doit avoir au prealable une solide connaissance del'anatomie cranienne des mammiferes, une formation solide dans le domaine des analysesphylogenetiques, ainsi qu'avoir suivi des enseignements en statistiques et morphometrie.

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Études anatomiques et phylogenetiques des structures endocraniennes des stegocephales(tetrapodes anciens).

Directeur de these : Pr. Gael Clement, HDR, Pr. MNHN. Co-directeur de these : Dr. J-SebastienSteyer, HDR en cours (soutenance en septembre 2015), CR1 CNRS. Unite : CR2P, UMR 7207,Sorbonne Universites, CNRS-MNHN-UPMC Paris 6 – EPHE. Equipe 3 « 2F : Formes et Fonctions" ».

Doctorant(s) en cours d’encadrement : 0 pour J.S. Steyer; 0 pour G. Clement.

Sujet :

L’evolution des stegocephales demeure problematique : trois hypotheses phylogenetiques secontredisent ; la premiere stipule que les lissamphibiens derivent de temnospondyles, la seconde delepospondyles, enfin la troisieme suggere que les « lissamphibiens » s’enracinent dans les deuxgroupes. Ce debat est d’autant plus persistant qu’aucune phylogenie ne prend en compte decaracteres endocraniens d’une maniere significative. Or il a ete demontre depuis plusieurs anneesque ces caracteres sont porteurs d’information phylogenetique.

L’endocrane des stegocephales demeure aujourd’hui peu etudie : citons les seuls travaux utilisant latomographie RX de Robinson et al. (2005) et de Witzmann et al. (2011) sur les temnospondylesDendrerpeton et Gerrothorax. Ce sujet de these a pour but de combler cette importante lacune parl’etude detaillee par tomographie RX des structures endocraniennes de materiel diversifie etexceptionnellement bien preserve. Ceci permettra, en plus d’apporter des informations nouvellessur l’anatomie interne des taxons etudies, de resoudre enfin cette problematique phylogenetiquemajeure.

Le materiel en question est disponible pour etude ; il s’agit de conservations exceptionnelles decranes de temnospondyles (Stanocephalosaurus, Eocyclotosaurus), lepospondyles (Diplocaulus) etd’un nouveau genre de chroniosuchien. Chaque groupe etudie fera l’objet d’un chapitre de la these.Un quatrieme chapitre consistera en une phylogenie incorporant les nouvelles donnees.


Cette etude inedite est enfin possible grace a une collection maintenant regroupee de materielexceptionnellement bien conserve. Jusqu’a maintenant, les rares etudes des structures internes ducrane des stegocephales se sont concentrees sur quelques taxons isoles. Ici, le materiel est conserveen 3D et directement disponible : il s’agit, sur une dizaine de specimens preselectionnes, d’analyserquatre specimens les mieux conserves des collections MNHN (Eocyclotosaurus, Trias marocain;Diplocaulus, Permien marocain) et externes en depot au MNHN (Stanocephalosaurus, Trias algerien;nouveau chroniosuchien, Trias du Laos). Ces dernieres collections permettront aussi a l’etudiantd’entretenir des collaborations internationales. La communaute nationale et internationale œuvredepuis des decennies pour resoudre le conflit phylogenetique concernant les stegocephales. Cetteincongruence est une des 1

enigmes majeures affectant les tetrapodes fossiles. Cette etude peut resoudre le probleme.


Cette these d’articles s’organise en quatre chapitres : les trois premiers chapitres traiteront de ladescription anatomique detaillee des structures internes du crane (cavite cerebrale, oreille interne,canaux nerveux et vasculaires, etc.) des temnospondyles, du lepospondyle et du chroniosuchien(respectivement). Le quatrieme chapitre incorporera les donnees dans un cadre phylogenetique(les donnees sur les lissamphibiens actuels seront tirees de la litterature). Chaque chapitre feral’objet d’une publication. Les encadrants etant plus familiarises avec les sarcopterygiens tetrapodes

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de type temnospondyles, certains chapitres pourront etre co-signes avec des specialistes nationauxet/ou internationaux travaillant sur les autres groupes.


Les specimens envisages pour cette etude sont tous a Paris (collection MNHN et externes mais endepot pour etude au MNHN). Il en est de meme pour l’outil analytique qui est le CT-scan du plateautechnique AST-RX du MNHN. Les deux premieres annees seront consacrees a l’acquisition desdonnees, la modelisation des structures internes d’interet et la preparation d’articles. La troisiemeannee sera consacree a l’analyse phylogenetique et a la redaction du manuscrit de these(l’introduction, les transitions, la discussion et perspectives seront redigees en francais tandis queles chapitres seront des manuscrits d’articles en anglais).


Le candidat devra montrer une bonne connaissance en anatomie comparee des vertebres. Uneconnaissance de l’anatomie des stegocephales sera appreciee. Une experience dans lesmodelisations 3D (utilisation de logiciels de segmentation) est fortement requise.

Publications :

- Pour G. Clement :

Clement, G., Lebedev, O. 2014. Revision of the early tetrapod Obruchevichthys Vorobyeva, 1977 fromthe Frasnian (Upper Devonian) of the North-western East European Platform. Special Volume forthe International Obruchev Symposium Palaeozoic Early Vertebrates. Paleontological Journal48(10): 1082-1091.

Clement, G. & Geffard-Kuriyama, D. 2010. 3D & imagerie en sciences paleontologiques etpaleoanthropologiques. Imaging and 3D in Palaeontology and Palaeoanthropology. Comptes-RendusPalevol 9: 255-470.

Vecoli, M., Clement, G., Meyer-Berthaud. 2010. The Terrestrialization Process: Modelling ComplexInteractions at the Biosphere–Geosphere Interface. Geological Society, London, Special Publications339: 1-187.

- Pour J.S. Steyer

Sidor, C.A., O’Keefe, F.R., Damiani, R., Steyer, J.S., Smith, R.M.H., Larsson, H.C.E., Sereno, P.C., Ide, O.,Maga, A. 2005. Permian tetrapods from the Sahara show climate- controlled endemism in Pangaea.Nature 434: 886-889.

Sidor C., Vilhena D.A., Angielczyk K.D., Huttenlocker A.K., Nesbitt S.J., Peecook B.R., Steyer J.S., SmithR.M.H., Tsuji L.A. 2013. Provincialization of terrestrial faunas following the end-Permian massextinction. Proceedings of the National Academy of Sciences 110(20): 8128-8133.

Steyer, J.S., Boulay, M., Lorrain, S. 2010. 3D external restorations of stegocephalian skulls usingZbrush: the renaissance of fossil amphibians. In Clement, G. & Geffard- Kuriyama, D. (eds) Imagingand 3D in Palaeontology and Palaeoanthropology. Compte Rendus PalEvol 9: 463-470.

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UMR 7204 CESCO, Centre d’Écologie et des Sciences de la Conservation

Qualité et dynamique de la flore dans les rues des villes

Directeur de thèse HDR : Nathalie MACHON


Unité du directeur de thèse de recherche: CESCO, UMR 7204

Equipe (intitulé, directeur) : SES Anne-Caroline Prévot

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) :

2012- : Marwa Daoud : La définition des Unités Evolutivement Significatives (50%) avec SophieNadot UPS

2014- : Nelida Padilla : Etude génétique des populations de plantes rares (50%) Cotutelle avecl'Université de Salamanca (Espagne)

Sujet :

Dans le cadre de travaux sur la trame verte urbaine, le but de ce projet de thèse est de définir quelleflore s’installe spontanément dans les villes et comment s’organisent les migrations entre lescommunautés végétales, en relation avec les structures urbaines et la gestion. Ce projet seradéveloppé à partir de deux sortes de données : (1) les données recueillies sur la flore spontanée destrottoirs dans le cadre du projet « Sauvages de ma rue » (Vigie-Nature) et (2) les données recueilliespar des étudiants botanistes sur des inventaires exhaustifs de 1500 pieds d’arbres dans le quartierde Bercy (Paris) depuis 5 ans, qui permettent de travailler sur les déplacements des espèces, entreces structures, d’une année sur l’autre.

Ces deux bases de données sont des bases uniques en terme de nombre de données sur la flore desvilles (la base Sauvages contient fin 2014 de l’ordre de 50 000 données, dont les biais dus àl’inexpérimentation des observateurs ont été évalués, et la base « pieds d’arbres » contient lesdonnées quasi exhaustives de la flore de 1500 pieds d’arbres parisiens inventoriés tous les ansdepuis 2009, soit 30 000 données en tout).

La doctorante aura (1) à compléter les bases de données en réalisant des inventaires chaque annéede sa thèse, (2) analyser les données pour établir les relations entre qualité et dynamique de laflore, et structures urbaines et gestion.


L’écologie urbaine est en plein essor mais très peu de travaux concernent la flore des rues quipourtant pourraient être en mesure de servir de corridors entre parcs et jardins. En effet, lemaintien et l’amélioration de la qualité de la biodiversité urbaine nécessitent la présence de patchsfavorables au développement des espèces au milieu de la matrice environnante hostile à leurinstallation (les parcs, les jardins ou les friches par ex), ainsi que des connexions entre ces patchs(Clergeau, 2007). Ces corridors sont donc un outil crucial dans les plans de conservation de labiodiversité (Beier and Noss, 1998), comme en témoignent les dispositifs de Trames Verte et Bleuepromus par le Grenelle de l’Environnement (loi n°2009-967 du 3 août 2009). Pour pouvoirfavoriser les connexions entre parcs ou jardins, il est donc nécessaire d’acquérir une bonnecompréhension de la dynamique spatio-temporelle des espèces végétales des rues en milieu urbain.

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Ce programme constituera un apport fondamental pour l’écologie urbaine en travaillant sur les loisqui régissent la constitution et la dynamique des communautés végétales dans un milieu hautementfragmenté. Il aura des retombées appliquées pour la gestion de la biodiversité des villes, questionpour laquelle la demande sociétale est très forte et pleinement d’actualité dans toutes les villes dumonde.

Une publication est prévue sur la distribution des espèces grâce aux données du projet "sauvagesde ma rue" et deux autres sur la distribution des espèces et la dynamique des communautésvégétales des pieds d'arbres d'alignement en fonction de la structure des rues.


Les données existent déjà. Il est inutile de prévoir une réorientation.


Année 1 : Comment se distribuent les espèces dans les rues en fonction de leur configuration ?Analyse de données (R) et récolte des données 2016 pieds d'arbres, coencadrement stagiaires delicence "sauvages de ma rue" Rédaction premiers articles

Année 2 : Comment les espèces végétales des pieds d'arbres circulent-elles entre pieds d'arbresd'une année sur l'autres ? Analyse des données par SPOMSIM, aquisition des données 2017 piedsd'arbres coencadrement stagiaires licence "sauvages de ma rue" Rédaction articles

Année 3, fin des analyses, des rédactions d'articles et rédaction de la thèse.

Publications :

Serret H, Raymond R., Foltête JC, Clergeau P, Simon L., Machon N.2014. Potential contributions ofgreen spaces at business sites to the ecological network in an urban agglomeration: The case of theIle-de-France region, France. Landscape and Urban Planning 131 :27–35

Serret H., Vergnes A., Clergeau P., Machon N. 2014. Can mixed management practices improvebiodiversity in green spaces at business sites? PLOS ONE (major modifications)

Madre F, Machon N, Clergeau P, Vergnes A. 2014. Building biodiversity: vegetated façades ashabitats for spider and beetle assemblages. Global Ecology and Conservation.http://dx.doi.org/10.1016/j.gecco.2014.11.016


Bonnes compétences en botanique et en analyse de données multivariées.

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Efficacité et impact des translocations de conservation: Analyse comparée des programmesde restauration de populations en Europe

Directeur de thèse HDR : François Sarrazin PR1 UMC


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : CESCO UMR7204

Equipe (intitulé, directeur) : Bases Ecologiques de la Conservation, Dir. Emmanuelle Porcher


F Sarrazin encadre actuellement un autre doctorant, Léo Bacon, en permière année de thèse,(financement ECWP, hors allocation ED, co direction Alexandre Robert)

Co-encadrant(s) sans HDR:

- Alexandre Robert CESCO, equipe BEC (co-encadrant de Christie Lecoeur et Léo Bacon)

- Christian Kerbiriou, CESCO, equipe BEC (co -encadrant Clémentine Azam de l'équipe SES CESCO);

Sujet :

La mesure et la compréhension de l’efficacité des actions de conservation sont requises pouraffronter les changements globaux et enrayer l’érosion de biodiversité. Le CESCO étudie plusparticulièrement les translocations de conservation et a rassemblé une base de données sur plus de800 programmes européens de translocation de faune et de flore. L’approfondissement de cesdonnées et leur analyse visera à :

- quantifier le succès de ces translocations en distinguant les phases d’installation, de croissance etde régulation de ces populations et l’impact de ces programmes sur les statuts de conservation desespèces ciblées aux échelles locale, régionale, nationale, européenne, mondiale

- analyser l’effet des traits d’histoire de vie, traits fonctionnels, niveau de spécialisation écologique,niveau trophique des espèces cibles, sur les succès mesurés

- analyser l’effet des niveaux de perturbation, de protection, ou d’anthropisation des habitatsabritant ces opérations

- analyser l’impact du retour de ces populations sur les communautés naturelles et leur intégrationdans les milieux anthropisés en identifiant les facteurs d’acceptation ou de controverses quiaccompagnent la dynamique de ces populations.

En analysant l’évolution des enveloppes d’habitat favorables ces populations, il sera possible demieux évaluer la pertinence des translocations et de mettre en perspective les débats sur lescolonisations assistées en réponses aux changements globaux et notamment climatiques.


Les translocations de conservation sont très nombreuses à l’échelle mondiale mais l’absence deconsensus autour de la définition de leur succès rend très discutables les tentatives passéesd’analyse de leur efficacité. Ce projet de thèse est une première internationale dans sa volonté dedéfinir des critères de succès génériques et d’évaluer rétrospectivement et de manière transversale,le succès à moyen et long termes de ces opérations à l’échelle d’un continent. Il s'inscrit encontinuité du renouvellement des recommandations de l'UICN (2013) sur ces opérations, auquel F.Sarrazin a participé. Ces recommandations ont été intégrées par le Conseil de l'Europe etconstituent déjà le cadre international concernant ces programmes de conservation. Ce programmede thèse est stratégique pour fédérer autour de SU un réseau européen de recherche-action des

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acteurs des translocations partageant des problématiques en restauration de populations et decommunautés en milieux anthropisés.


Les résultats attendus sont d’ordre conceptuel et opérationnel et incluent:

- le développement de critères de succès généraux pour les réintroductions, renforcements etcolonisations assistées.

- la compréhension des facteurs favorisant le succès ou l’échec de ces opérations à l’interface entreécologie des populations et des communautés.

- l’enrichissement et la diffusion d’une base de données sur les translocations de conservation enEurope.

- la contribution aux échanges entre acteurs de ces translocations Les quatre axes de rechercheenvisagés présentent tous un grand potentiel de publication dans des revues à forte audience enscience, écologie, ou conservation. Un minimum de cinq manuscrits donc deux acceptés est attendu.


Une partie des données est déjà sécurisée. En cas de difficulté, plusieurs programmes detranslocation très bien suivis au sein du CESCO pourraient permettre de mener les analyses etmodélisations à étendre ensuite à l’ensemble du jeu de données.


La majorité des données étant déjà acquise, le doctorant pourra développer conjointement lestravaux conceptuels concernant les critères de succès et l’apprentissage des outils statistiques et demodélisation permettant de confronter ces critères aux translocations européennes. La productiondes critères et l’enrichissement de la base de données seront valorisés dès la fin de première année.L’analyse des effets des traits des espèces et des habitats sera menée en deuxième et début detroisième année parallèlement à la formation aux modèles de niche climatique et à leur utilisation.La mise en perspective sur les effets des translocations sur les communautés interviendra dans ladernière année mais aura muri tout au long de la thèse.

Publications :

- F. Sarrazin:

Mihoub, J.B., Jiguet, F., Lecuyer, P., Eliotout, B. Sarrazin, F. 2013. Modelling nesting site suitability ina reintroduced population of european Black Vulture Aegypius Monachus. Oryx.48: 116-124.

Le Gouar, P., Mihoub, J.B., & Sarrazin, F. 2012. Dispersal and Habitat Selection: Behavioural andSpatial Constraints for Animal Translocations. In Ewen, J.G., Armstrong, D.P., Parker, K.A., & P.J.Seddon (Eds) Reintroduction Biology: Integrating Science and Management. Blackwell Publishing:138-164.

Sutherland, W.J., Armstrong, D., Butchart, S.H.M., Earnhardt, J.M., Ewen, J., Jamieson, I., Jones, C.G.,Lee, R., Newbery, P., Nichols, J.D., Parker, K.A., Sarrazin, F., Seddon, P., Shah, N., & Tatayah, V. 2010.Standards for documenting and monitoring bird reintroduction projects. Conservation Letters. 3:229–235.

- A. Robert:

Robert, A., Colas, B., Guigon, I., Kerbiriou, C., Mihoub, J. B., Saint‐Jalme, M., & Sarrazin, F. 2015.Defining reintroduction success using IUCN criteria for threatened species: a demographicassessment. Animal Conservation. Article first published online: 8 JAN 2015

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Lorrillière, R., D. Couvet & A. Robert. 2012. The effects of direct and indirect constraints onbiological communities. Ecological Modelling 224 : 103-110.

Mihoub, J.B., Robert, A., Le Gouar, P., & Sarrazin, F. 2011. Post-Release Dispersal in AnimalTranslocations: Social Attraction and the “Vacuum Effect”. PLoS ONE 6(12): e27453.

- C. Kerbiriou:

Regnery B., Couvet D., Kerbiriou C. 2013. Offset measures and development projects : theconservation of protected species under the EU Birds and Habitats Directives. ConservationBiology. 27 : 1335–1343.

Kerbiriou C., Le Viol, I., Bonnet, X., Robert, A. 2012. Dynamics of a northern fulmar (Fulmarusglacialis) population at the southern limit of its range in Europe. Population Ecology 54 : 295-304.

Cofinancement : Les travaux de base de la thèse sont réalisables à faible coût. Néanmoins unfinancement ATM DSE MNHN a été obtenu pour 2015 (4000€ pour 1 an, potentiellementrenouvelable) et plusieurs demandes de financement environnant le projet de thèse sont déposées(ANR 2015, CESAB 2015, LIFE+).


Profil en écologie de la conservation, biologie des populations et des communautés, interêt pour lamodélisation, les analyses statistiques (comparatives, multivariées, spatiales). Sens du contact avecdes gestionnaires de biodiversité.

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Dynamique des communautés et pressions anthropiques : quels liens ? Le cas descommunautés d’oiseaux hivernants des zones humides du bassin méditerranéen

Directeur de thèse HDR : Frédéric Jiguet

(http://www.researchgate.net/profile/Frederic_Jiguet)


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Centre d'Ecologie et desSciences de la Conservation, CESCO, UMR7204 (Dir : R. Julliard)

Equipe (intitulé, directeur) : Socio-écosystèmes, responsable : A-C Prévot

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : 2 ETP (4 x 50 % , dont une soutenance prévue en septembre 2015)

Leyli Borner, 3éme année soutenance prévue en septembre 2015, 50 %, co-directeur O.Duriez CEFE

Simon Rolland, 1ère année, 50% co-encadrement LPO

Pauline Pierret, 1ère année, 50% co-directeur B. Fontaine

Manon Gillain, 2ème année, 50 % co-directeur P.Y. Henry (Soutenance HDR prévue cette année)

Co-encadrant(s) sans HDR, prénom, nom, unité, équipe, doctorants en cours d’encadrement :

Dr Isabelle Le Viol (s'engage à passer son HDR dans les 2 ans), CESCO, équipe BEC, doctorants: Clémentine Azam (50%, co-directeur C. Kerbiriou) et Nicolas Dubos (40% co-directeurs PY Henryet Romain Julliard)

Dr Coralie Beltrame, Tour du Valat, Observatoire des zones humides méditerranéennes

Dr Thomas Galewski, Tour du Valat, Observatoire des zones humides méditerranéennes

Sujet:

Les zones humides du bassin méditerranéen sont des milieux à forts enjeux de conservation avecune biodiversité élevée mais des pressions anthropiques fortes et hétérogènes. L’objectif de cettethèse est de déterminer l’impact relatif des changements climatiques et changements d’usages(occupation du sol, facteurs socio-économiques) passés (40 ans) sur leurs communautés d’oiseauxhivernants (40 ans) et d’évaluer l’efficacité des mesures de conservation (protection des sites et desespèces) afin de construire des scénarios à l’horizon 2050. Ils serviront in fine à produire desrecommandations de gestion aux niveaux méditerranéen et sous-régional.

Nous utiliserons des bases de données sur l’avifaune (suivi > 40 ans), les pressions (climat etusages) et les réponses adoptées (protections). La plupart des données sont disponibles à la TDV ouau MNHN ou facilement accessibles (libre accès ou partenaires).

Les analyses exploiteront les variations spatio-temporelles de la composition des communautésavec des modèles statistiques tenant compte des autocorrélations spatiales et temporelles et de lastructure hiérarchique des jeux de données. L’approche plurispécifique permettra de tester s’ilexiste une variabilité interspécifique dans la sensibilité aux perturbations, et le cas échéant, àquelles caractéristiques spécifiques elle est associée. Des scénarios d’évolution des communautés,sous scénarios de changements globaux seront produits (modèles linéaires).

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Ce projet est exceptionnel par son échelle (26 pays, 40 ans) et par sa résolution (284 sites, 150espèces). L’originalité est d’y explorer l’impact des changements globaux passés et futurs etl’efficacité des mesures adoptées. Les enjeux sont la compréhension des mécanismes de réponsesdes communautés, la hiérarchisation des menaces et la production d’indicateurs pour évaluer lesmesures de conservation. Sa force réside en la constitution d’une équipe de chercheurscomplémentaires (écologie et analyses de données au CESCO, expertise des milieux et bases dedonnées à la TDV), le développement récent de l’outil statistique adapté (modèles prédictifs) et descollaborations internationales. Il s’inscrit dans le travail de l’Observatoire des Zones HumidesMéditerranéennes, structure scientifique hébergée à la TDV, portée politiquement par les 26 paysméditerranéens membres de MedWet, l’initiative méditerranéenne de la Convention Ramsar pourla conservation des zones humides.


Le projet aboutira à la production de plusieurs publications de rang A. Au vu des échelles spatialeset temporelles considérées et de sa résolution ainsi que des enjeux de conservation, des revuesgénéralistes d’écologie et de biologie de la conservation seront visées. Certains résultats plusspécifiques pourront aussi intéresser des revues spécialisées sur la gestion des zones humides,l'écologie des oiseaux ou la région méditerranéenne.

Par ailleurs, le projet contribuera à améliorer le jeu d’indicateurs de l’OZHM. Il aboutira à desscénarios et à la proposition de mesures concrètes de conservation qui seront diffusées auxdécideurs des 26 pays grâce au partenariat étroit avec MedWet établi par l’OZHM.


Faible probabilité d’un échec (complémentarité et légitimité des structures, données déjà utiliséespour publier, M2 en cours, maitrise des techniques). Réorientation possible en se limitant à laFrance pour des analyses complémentaires (STOC).


Année 1 : dans la continuité du stage de M2 en cours, analyse du lien entre dynamiques descommunautés et occupation du sol, changement climatique et facteurs socio économiques à partirdes bases de données disponibles en internes, en accès libre ou chez des partenaires, constitutionde la BD sur les mesures de conservations, soumission d’un premier article.

Année 2 : analyse de l’impact des mesures de conservations sur les communautés, synthèse sur lepoids relatifs des différentes pressions et réponses, communication scientifique dans un colloqueinternational, rédaction d'articles.

Année 3 : travail sur les scénarios, communications scientifiques, rédaction d'articles et de la thèse.

Publications :

* Johnston A.,[.], Jiguet J.,[.], Pearce-Higgins JW. 2013. Observed and predicted effects of climatechange on species abundance in protected areas. Nature Climate Change

* Princé., [.], Jiguet. 2013. Predicting the fate of French bird communities under agriculture andclimate change scenarios. Environmental Science & Policy 33:120-132.

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* Galewski et al. 2011. Long term trends in the abundance of Mediterranean wetland vertebrates :from global recovery to localized declines. Biological Conservation 144: 1392-1399

* Le Viol I. et al. 2012 More and more generalists: two decades of changes in the European avifauna.Biology Letters, 8 (5): 780-782 doi:10.1098/rsbl.2012.0496

Cofinancement : Demi-bourse de thèse de la Fondation Tour du Valat, 54.000€ (en fait la moitié dusalaire, dépend de l'employeur selon les charges de la structure), 3 ans


Etudiant de M2 en écologie avec une pratique de la manipulation de jeux de données (R, Access) etdes analyses statistiques spatialisées (SIG, R). Bonne compréhension de l’anglais. Connaissance desenjeux de conservation et des oiseaux appréciée.

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UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution

Héritabilité épigénétique de la flexibilité phénotypique chez un primate hétérotherme, leMicrocèbe murin

Directeur de thèse HDR : Fabienne Aujard

Courriel: [email protected]

Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : MECADEV, UMR7179

Equipe (intitulé, directeur) : BIOADAPT, dirigée par Marc Théry


Nicolas Villain (soutenance en 2016) en co-encadrement avec Fabien Pifferi (soutenance HDR avril2015).

Pauline Thomas (soutenance en 2017) en co-encadrement avec Emmanuelle Pouydebat (HDR,encadrant principal).

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement :

Pierre-Yves Henry (HDR en cours de rédaction), 3 doctorants en co-encadrement (soutenances en2016, 2017 et 2018).

Jérémy Terrien, 0 doctorant en co-encadrement.

Sujet :

Afin de mieux appréhender les mécanismes de résilience des espèces aux changements climatiques,il est essentiel de comprendre comment les animaux peuvent compenser l’imprévisibilitéenvironnementale par des ajustements flexibles de leur phénotype. Les modificationsépigénétiques sont considérées comme un mécanisme majeur d'ajustement durable et héritable del'expression du génome, en particulier en réponse aux conditions environnementales. Ainsi, desparents confrontés à un stress environnemental pourraient moduler l’expression génique de leursdescendants, leur conférant un phénotype mieux ajusté à leur environnement. Nous proposonsd'évaluer l’héritabilité épigénétique de la flexibilité phénotypique chez le Microcèbe murin, unprimate adapté aux conditions ‘hypervariables’ de Madagascar. Notre projet testera l’impact d'unerestriction calorique aiguë appliquée à des périodes clé de la reproduction du Microcèbe(spermatogenèse, gestation/lactation), et d’en évaluer les répercussions sur la flexibilitéphénotypique des descendants. Une caractérisation physiologique complète sera réalisée sur lesparents et leur descendance, de même que l’évaluation du taux de transmission de modificationsépigénétiques entre les deux générations. La démonstration de l’héritabilité épigénétique desajustements phénotypiques se fera en soumettant la descendance au même stress environnementalque les parents, ou en les remettant dans un environnement contrôle, non-stressant.


Alliant biologie intégrative et biologie moléculaire, cette approche, particulièrement novatrice,s’inscrit dans deux enjeux scientifiques d’actualité : la réponse adaptative des espèces auxchangements globaux et l’héritabilité des régulations métaboliques. L’hypothèse originale portéepar ce projet repose sur le potentiel bénéfique des modifications épigénétiques sur les capacités derésilience des espèces face à un stress environnemental. Ce travail sera effectué dans l’UMR 7179qui possède la plus grande colonie de Microcèbe murin au monde, espèce étudiée pour sa grande

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flexibilité phénotypique. L’étudiant bénéficiera des expertises sur la régulation du métabolisme desDrs Aujard et Terrien (récemment recruté au sein de l’UMR 7179 pour développer cettethématique), et sur l’écologie évolutive de la plasticité phénotypique du Dr Henry. Enfin, l’expertisedes mécanismes moléculaires de régulation épigénétique sera apportée par le Dr Gabory de l’UMR1198 (INRA, Jouy-en-Josas).


Deux objectifs clairement identifiés de cette étude sont :

1) caractériser les modifications épigénétiques liées à un stress environnemental chez le Microcèbeadulte ; résultats attendus sur le lien entre marques épigénétiques et métabolisme énergétique,effet sexe (1 à 2 publications).

2) estimer le taux d'héritabilité des traits impliqués dans la réponse au stress ainsi que leurimplication dans la transmission parentale des processus adaptatifs ; résultats attendus sur l’état del’empreinte épigénétique sur la descendance, contribution paternelle vs maternelle (au moins 2publications).

Etant donné le portée des résultats attendus, nous anticipons que les publications se feront dansdes revues internationales de haut rang.

Possibilité de réorientation:

La part de risque reste très limitée car le projet ne repose pas sur le développement de nouvellesméthodologies. Les expertises nécessaires au projet sont soit déjà présentes au laboratoire ou bienissues d’une collaboration déjà en place.


Une étude est en cours dans le cadre du projet EPIGEN (PEPS Blanc, CNRS-INEE ; 16000 euros pour1 an) afin de caractériser les modifications épigénétiques induites par une restriction caloriqueaiguë chez le Microcèbe. Les premières données seront disponibles à l’arrivée de l’étudiant et ferontl’objet d’un manuscrit pour répondre au premier objectif de la thèse. Afin d’évaluer l’héritabilité dela flexibilité phénotypique (2ème objectif), les premiers juvéniles issus de parents exposés au stressseront disponibles avant la fin de la première année de thèse. Parallèlement, l’étudiant auracommencé à établir des protocoles pour comparer les contributions paternelles et maternelles dansles effets explorés.

Publications :

Vuarin P, Dammhahn M, & Henry P-Y (2013). Individual flexibility in energy saving: body size andcondition constrain torpor use. Functional Ecology, 27(3), 793–799.

Marchal J, Dal-Pan A, Epelbaum J, Blanc S, Mueller S, Wittig Kieffer M, Metzger F, Aujard F (2013).Calorie restriction or resveratrol supplementation prevent age-related DNA and RNA oxidativedamage in a non-human primate. Experimental Gerontology, 48(9), 992-1000.

Canale CI, Huchard E, Perret M, & Henry P-Y (2012). Reproductive resilience to food shortage in aheterothermic primate. PLoS ONE, 7(7), e41477.


Formation solide en physiologie et biologie de l’adaptation. Notions de biologie moléculairesouhaitées. Devra maitriser à la fin les outils moléculaires, la planification expérimentale, larégulation du métabolisme et le raisonnement évolutionniste.

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Étude morpho-fonctionnelle de la nageoire pectorale du coelacanthe actuel Latimeriachalumnae; Inférences sur les modalités de la terrestrialisation des sarcoptérygiens

Intitulé de l’équipe d’accueil :UMR 7179 MNHN/CNRS, Département Ecologie et Gestion de laBiodiversité -Equipe FUNEVOL

Numéro, intitulé et nom du directeur de l’unité de recherche :

UMR 7179 MNHN/CNRS, Département Ecologie et Gestion de la Biodiversité

Equipe FUNEVOL, Fabienne Aujard

Encadrement : Anthony Herrel, UMR 7179 MNHN

Co-Directeur :Gaël Clément, UMR 7207 MNHN/CNRS/UPMC

Co-encadrant non HDR : Marc Herbin, UMR 7179 MNHN/CNRS

Sujet :

Une des caractéristiques principales du coelacanthe actuel est la présence de nageoires charnues àinsertion monobasale, les nageoires paires étant homologues des membres des tétrapodes. Lacoordination des nageoires lors de la locomotion fait depuis longtemps l’objet de quelques travauxet de nombreux débats. Les études réalisées par Millot et Anthony, entre 1953 et 1978, ont montréque l’anatomie des nageoires pectorales était complexe et très spécialisée, leur conférant ainsi unegrande mobilité. Les rares films obtenus dans les années 80, réalisés à partir de submersibles, ontpermis d’observer une nage atypique chez Latimeria, composée de battements diagonauxsynchronisés. Les dissections menées en 2012-2014 ont révélé que les précédentes étudesanatomiques n’étaient pas assez précises pour pouvoir caractériser le mouvement réel desnageoires. Des plongées autonomes réalisées en 2013, ont permis de filmer avec des camérassynchronisées (à haute définition et à grandes vitesses) le déplacement des cœlacanthes dans leurenvironnement. L’association de ces données uniques à celles des nouvelles descriptionsanatomiques qui seront réalisées durant les trois ans de thèse, couplées aux donnéestomographiques (CT, IRM, synchrotron) disponibles, servira à une étude morpho-fonctionnelledétaillée de la nageoire pectorale. De plus cette étude permettra d’analyser avec exactitude lemouvement du squelette (données obtenues par reconstruction CT ou IRM) dans l’enveloppecorporelle de l’animal et de créer des modèles biomécaniques précis. Les données tomographiquespermettront également de quantifier le développement ontogénétique des nageoires pectorales.L’ensemble de ces données permettra d'étudier l'évolution de la géométrie squelettique de ceparent proche des vertébrés terrestres.


Le MNHN possède la collection de cœlacanthes actuels la plus complète au monde, et la seule avectrois stades de croissance (embryon, juvénile, adulte). Les données tomographiques sont déjàdisponibles pour ces différents stades de développement.

Les observations in situ étant très rares mais toutefois disponibles dans les unités d’accueil(missions Gombessa 2013), les études de morphologie fonctionnelle seront réalisées au moyend’une analyse en MDA (multibody dynamics analysis). Cette méthode d’analyse numérique etdynamique permet de caractériser virtuellement le comportement mécanique d’un objet biologiquecomplexe composé de différents éléments. Cette méthodologie, liée à l'imagerie 3D, est en plein

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essor en biologie et paléontologie. L'atelier 3D de l'UMR 7207 formera et hébergera le doctorantpour ses travaux d’analyse des données tomographiques. L’UMR 7179 assurera la disponibilité dumatériel biologique pour l’étude anatomique et formera l’étudiant en dissection et analysebiomécanique.

L'évolution de complexes anatomiques au cours des transitions environnement aquatique-environnement terrestre (et vice-versa) est une thématique majeure de l’une des unités d'accueil.


Pas de risque et pas d'imprévu. TOUTES les données (films, acquisitions tomographiques, matérield'étude fossile et actuelle) sont déjà disponibles. Les outils d’analyses sont aussi disponibles etmaitrisées dans chacune des unités d’accueil.


1ere année : analyse des données tomographiques et dissections. Rédaction d’un premier article surl’anatomie adulte. Analyse du développement ontogénétique de la nageoire pectorale.

2e année : poursuite de l’étude du développement et rédaction d’un article sur cette thématique.Analyse des films issus de la mission Gombessa. Rédaction d’un article sur les mouvements desnageoires.

3e année : Analyse biomécanique de la nageoire incorporant les données de dissection et l’analysecinématique. Rédaction d’un article sur la biomécanique de la nage et inférences évolutives de laterrestrialisation des vertébrés et rédaction de la thèse.

Publications du (des) encadrant (s) :

Janvier, P. and G. Clément (2010) Palaeontology: muddy tetrapod origins. Nature 463: 40-41.

Vecoli, M., G. Clément and Meyer-Berthaud (2010) The Terrestrialization Process: ModellingComplex Interactions at the Biosphere–Geosphere Interface. Geological Society, London, SpecialPublications 339: 1-187.

Herrel, A., H.F. Choi, N. De Schepper, P. Aerts and D. Adriaens (2011) Kinematics of swimming intwo burrowing anguilliform fishes. Zoology 114: 78-84.

Dutel, H., A. Herrel, G. Clement and M. Herbin (2013) A re-evaluation of the anatomy of the jaw-closing system in the extant coelacanth Latimeria chalumnae. Naturwissenschaften 100: 1007-1022.

Groning, F., M.E.H. Jones, N. Curtis, A. Herrel, P. O'Higgins, S.E. Evans and M.J. Fagan (2013) Theimportance of accurate muscle modelling for biomechanical analyses: a case study with a lizardskull. J. R. Soc. Interface 10: 20130216.

Watson, P.J., F. Gröning, N. Curtis, L. Fitton, A. Herrel, S. McCormack and M.J. Fagan (2014) Multi-body dynamics modelling of the rabbit skull. J. R. Soc. Interface 11: 20140564.

Dutel, H., A. Herrel, G. Clement and M. Herbin (in press) Redescription of the hyoid apparatus andassociated musculature in the extant coelacanth Latimeria chalumnae: functional implications forfeeding. Anat. Rec. DOI: 10.1002/ar.23103.

Dutel, H., M. Herbin, G. Clément and A. Herrel (accepted pending revision) Bite force in the extantcoelacanth Latimeria: the role of the intracranial joint and the basicranial muscle. Curr. Biol.


Le candidat recherché devra avoir de solides connaissances en biologie animale et en anatomie desvertébrés, particulièrement des sarcoptérygiens, ainsi que de l'évolution des principaux complexesanatomiques des vertébrés. Intérêts en techniques 3D appréciés.

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UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique

Dynamique environnementale et transition paléoanthropologique et culturelle dans le sud dela péninsule ibérique au cours des derniers 65 000 ans

Directeur de thèse HDR : Nathalie Combourieu-Nebout


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : UMR 7194 CNRS "Histoirenaturelle de l'Homme préhistorique"(directeur CX. Falguères)

Equipe (intitulé, directeur) : Equipe PASM "Paysages, Archives sédimentaires, Matériaux de laPréhistoire" (directeur J.-J. Bahain)

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Julien Azuara 1ère année (co-direction)

Co-directeur(s) HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Vincent Lebreton UMR 7194 CNRS "Histoire naturelle de l'Homme préhistorique" (équipe PASM); Julien Azuara (1ère année - co-direction) et Sahbi Jouadi (2ème année - co-direction)

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Odile Peyron, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier, UMR 5554 CNRS

Sujet 2 :

La dernière glaciation enregistre une transition anthropologique et culturelle majeure de l'histoiredes populations humaines. Elle coïncide avec l'extinction de l'Homme de Néandertal et ladisparition des cultures moustériennes, d'une part, et l'expansion de l'Homme moderne et descultures du Paléolithique supérieur, d'autre part. C'est dans le sud de la péninsule ibérique qu'ontété retrouvés les Néanderthaliens les plus récents. La région du détroit de Gibraltar, à l'interfaceEurope-Afrique, semble être leur ultime refuge , mais les causes de leur disparition restent encorel'objet d'ardents débats scientifiques.

Pendant cette période glaciaire du Pléistocène supérieur, le climat oscille régulièrement etabruptement entre périodes froides et/ou arides et périodes plus chaudes/humides (oscillations deDansgaard/Oeschger). Dans le sud-ouest de la Méditerranée, ces variations climatiques ont eu desconséquences majeures sur la dynamique des environnements. Dans la région-clé de Gibraltar, ceschangements environnementaux et climatiques ont-ils pu jouer un rôle dans la transitionanthropologique et culturelle et si oui, dans quelle proportion?

Dans ce cadre, ce sujet étudiera les modifications des environnements continentaux pendant cettepériode clé à travers une étude palynologique à haute-résolution de carottes marines prélevéesprès du continent, de part et d'autre du détroit de Gibraltar, en Atlantique (Golfe de Cadix) et enMéditerranée (Mer d'Alboran).


Ce sujet, fédérateur dans le cadre des thèmes de l'UMR 7194, s'intégrera dans une dynamique derecherche multidisciplinaire nationale et internationale.

Le doctorant travaillera en étroite collaboration avec plusieurs laboratoires :

- en France, (1) l'ISEM (UMR 5554 CNRS) - reconstructions quantitatives des paramètresclimatiques à partir des analyses polliniques (O. Peyron), (2) le LOG (UMR 8187 CNRS) - liens pluie

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pollinique-apport sédimentaire (V. Bout-Roumazeille) et (3) EPOC (UMR 5805 CNRS - universitéBordeaux) - comparaisons avec les marqueurs océaniques (E. Ducassou)

- à l'étranger, l'Université de Taragonne en tant que partenaire privilégié du consortium européende recherche "Quaternary & Prehistory" (F. Burjachs).

L'étudiant réalisera, en outre, ses recherches au sein du groupe international des chercheursimpliqués dans l'étude des carottes de la mission IOPD 339 et utilisera les données obtenues sur laMer d'Alboran dans le cadre du projet européen Past for Future (P4F).


Les analyses polliniques de séquences marines (Mer d'Alboran, Golfe de Cadix) apporteront desinformations sur :

(1) les changements environnementaux dans le sud-ouest de l'Europe et le Maghreb au cours de lapériode clé marquée par l'extinction des Néandertaliens

(2) les changements climatiques (températures et précipitations reconstruites à partir des analysespolliniques) au cours de la période étudiée,

(3) les relations Homme/milieu, en comparant les reconstitutions de la végétation avec les donnéesarchéologiques, afin d'intégrer les transitions culturelles et paléoanthropologiques dans le contexteenvironnemental.

Les résultats seront publiés dans les revues internationales de palynologie, de géologie duQuaternaire et de préhistoire.


Les séquences choisies ont été testées pour les niveaux récents et contiennent du pollen. Des testssupplémentaires sont en cours pour les périodes plus anciennes. S'ils étaient négatifs, deséchantillonnages sur des sites voisins sont possibles.

Faisabilité en trois ans, échéancier ) :

Le calendrier proposé pour la thèse est le suivant (T=Trimestre):

•sept-dec 2015 : bibliographie du sujet et premiers traitements (Mer d'Alboran)

• janv 2016 - juin 2017 : analyses polliniques (Mer d'Alboran), traitements et analysespolliniques (Golfe de Cadix)

• janv 2017 - oct 2017 : interprétations des données en termes de végétation, traitement desdonnées pour les reconstructions quantitatives du climat, publication des 1ers résultats

• sept 2017-jan 2018 : intégration des résultats dans le cadre pluridisciplinaire et comparaisonavec les données archéologiques

• janv 2018-juin 2018 : publications et rédaction de la thèse

• juil 2018 : dépôt du manuscrit

• sept 2018 : soutenance de la thèse

Publications :

- Lebreton, V., Jaouadi, S., Mulazzani, S., Boujelben, A., Belhouchet, L., Gammar, A.M., Combourieu-Nebout, N., Saliège, J.-F., Karray, M.R., Fouache, E. (in press). Early oleiculture or native wild Olea ineastern Maghreb: new pollen data from the sebkha-lagoon Halk el Menjel (Hergla, Central Tunisia).Environmental Archeology, http://dx.doi.org/10.1179/1749631414Y.0000000046

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- Combourieu-Nebout, N.; Peyron, O.; Bout-Roumazeilles, V.; et al. (2013). Holocene vegetation andclimate changes in the central Mediterranean inferred from a high-resolution marine pollen record(Adriatic Sea). Climate of the Past, 9, 2043-2071.

- Orain, R., Lebreton, V., Russo Ermolli, E., Sémah, A.-M., Nomade, S., Shao, Q., Bahain, J.-J., ThunHohenstein, U., Peretto, C. (2013). Hominin responses to environmental changes during the MiddlePleistocene in central and southern Italy. Climate of the Past, 9, 687-697.


Le candidat aura un Master en sciences de la terre, sciences de l’Homme ou sciences naturelles. Ilaura une expérience en palynologie, paléoécologie, paléoclimatologie et en préhistoire. Anglaiscourant.

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Evolution du crâne et de ses structures internes au sein du genre Homo

Directeur de thèse HDR : Dominique Grimaud-Hervé, Pr

Courriel : [email protected])

Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Histoire Naturelle del'Homme Préhistorique UMR 7194 CNRS (Dr : Christophe Falguères)

Equipe (intitulé, directeur) : Les hominidés au Quaternaire, milieux et comportements (F. Sémah etM.-H. Moncel)

Département : Préhistoire

Doctorants en cours d’encadrement : Aucun

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Antoine Balzeau, UMR 7194, Les hominidés au Quaternaire, milieux etcomportements (F. Sémah et M.-H. Moncel), 1 (co-encadrant de G. Bécam).

Sujet :

L’évolution des structures crâniennes internes des homininés n’a encore jamais été abordée dans saglobalité. Excepté l’endocrâne dont les études commencent à se développer, seuls quelquescaractères morphologiques internes ont été abordés ponctuellement (composition des tablesosseuses, pneumatisation temporale, osselets de l’oreille interne…). Une étude permettantd’apprécier l’évolution du crâne en relation avec le cerveau d’une part, et les structures crâniennesinternes d’autre part, argumenterait la compréhension de leur covariation au sein du genre Homo.En ce qui concerne l’endocrâne, les variations de la taille du cerveau sont bien connues, il n’en estpas de même pour les modalités de variation de conformation et de taille des différentes zonescérébrales entre elles, et corrélées avec celles des os crâniens. Durant ce projet, l’étude conjointe etintégrée de données exo- (crâne) et endo- (empreintes cérébrales et vasculaires) crâniennes pardes analyses morphologiques et morphométriques (notamment de morphométrie géométrique)sera menée, avec un intérêt particulier concernant les asymétries des éléments analysés (lobes,circonvolutions ou reliefs anatomiques remarquables telle que l’aire de Broca par exemple). Lesrésultats de l’analyse des structures crâniennes internes complèteront les données recueillies dontil sera possible de corréler le développement en fonction des espèces. Le matériel comprendra desspécimens fossiles du genre Homo contemporains et situés dans des régions géographiquesdistinctes : Homo erectus tardifs asiatiques (provenant des sites de Ngandong, Ngawi etSambungmacan), Homo neanderthalensis en Europe (près d’une vingtaine) qui seront comparés àdes échantillons conséquents d’Homo sapiens fossiles et actuels (100). L’examen des fossilesoriginaux et de moulages endocrâniens physiques sera complété par celui de données obtenues parles méthodes d’imagerie à rayons X. Pour chacune des 3 espèces du genre Homo considérées, cetterecherche permettra : 1- l’exploration et l’identification de nouvelles caractéristiquesmorphologiques ; 2- l’étude de l’évolution des patterns de covariation entre les os crâniens, leslobes cérébraux et les structures crâniennes internes; 3- l’interprétation de ces résultats dans lacompréhension de leurs capacités/aptitudes cognitives.


Au niveau national, le champ de l’anthropologie virtuelle se développe mais n’est que tropfaiblement exploité au regard des riches collections patrimoniales existantes, en particulier auMNHN. Ce projet s’intègre dans le cadre d’une dynamique nouvelle au sein de l’UMR 7194 maisaussi du nouveau « Centre de l’Evolution de l’Homme et de ses Sociétés du Musée de l’Homme »

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associée au développement de collaborations interdisciplinaires avec des équipes externes commel’INRIA de Rennes où une réflexion fructueuse est engagée avec Sylvain Prima sur les méthodes dequantification et d’analyse de forme et d’asymétries du cerveau. Les paléoanthropologues de l’UMRont une réputation de niveau international, tant en ce qui concerne la «paléoneurologie » que dansl’application des méthodes d’imagerie en anthropologie. Enfin, les collaborations internationales enplace ont permis la constitution de bases de données extrêmement riches. La disponibilité auMNHN, des collections anthropologiques comme du scanner Ast-Rx, permet un accès immédiat àces données d’imagerie, source extraordinaire d’informations à la base de ce travail.


Les analyses réalisées sur ce très large échantillon, fossile et actuel, permettront d’aborder lacovariation de l’évolution du crâne et de ses structures internes dont les résultats seront essentielsdans la discussion sur les capacités / aptitudes cognitives des espèces du genre Homo étudiées. Parexemple, le « gros » cerveau des Néandertaliens et des hommes modernes, dont la structurationcérébrale est différente et les particularités anatomiques endocrâniennes spécifiques encore maldéfinies, pourra être argumenté et les différences interprétées. Ces résultats seront publiés au fur età mesure de la recherche du doctorant dans des revues scientifiques internationales. Uneparticipation aux congrès scientifiques nationaux et internationaux dans la discipline est prévue.


Risque inexistant : Matériel disponible et méthodes validées.


Septembre 2015 – Février 2016: Finalisation de la mise en place des protocoles analytiquesspécifiques à la recherche envisagée. Quelques missions permettront de compléter le matérield’étude et d’enrichir la base de données d’imagerie auxquelles s’ajouteront les acquisitions micro-CT grâce à la plate-forme Ast-Rx (microtomographe du MNHN).

Mars 2016 à Juin 2017: Analyse conjointe des différents types de données. Interprétation desrésultats. Rédaction d’articles scientifiques présentant les nouveaux protocoles analytiquesdéveloppés et les premiers résultats obtenus, en particulier sur des spécimens clés du projet(fossiles récemment découverts ou données récemment produites ou accessibles).

Juin 2017 à Juin 2018 : Rédaction du manuscrit de thèse et soutenance

Publications :

Balzeau A., Gilissen E., Holloway R.L., Prima S., Grimaud-Hervé D., 2014. Variations in size, shapeand asymmetries of the third frontal circonvolution in hominids : Paleoneurologicalimplications for hominin evolution and the origin of language. Journal of Human Evolution,76, 116-128.

Balzeau A., 2014. Thickened cranial vault and parasagittal keeling, correlated traits andautapomorphies of Homo erectus? Journal of Human Evolution, 64, 631-644.

Grimaud-Hervé D., Lordkipanidze D. 2010. The fossil hominid’s brain of Dmanisi: D 2280 and D2282. In “The Human Brain Evolving: A Symposium in Honor of Professor Ralph L.Holloway”, Eds M.S. Yuan and D.C. Broadfield. Indiana University, Bloomington, 2007, 60-82.


Connaissances en anatomie comparée des primates (crâne et cerveau), en évolution humaine

Maîtrise des techniques d’analyse (imagerie au sens large, connaissances des principes del’imagerie RX et/ou des méthodes de morphométrie géométrique)

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Approche techno-culturelle de la fracturation des os chez les Néandertaliens (Ardèche, MIS 4-3) : individualisme ou poids des traditions ?

Directeur de thèse HDR : Marie-Hélène Moncel


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Histoire Naturelle del'Homme Préhistorique, CNRS UMR 7194

Equipe (intitulé, directeur) : Equipe 1 « Dynamique des premiers peuplements » (F. Sémah & M.-H.Moncel)

Doctorants en cours d’encadrement : 0,5 (co-encadrement thèse Eramus Mundus)

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Camille Daujeard, CR2, CNRS UMR 7194, Equipe 1

Sujet :

Pour le Paléolithique moyen en Europe, la reconnaissance de traditions distinctes et del’organisation sociale des groupes humains est jusqu’à maintenant établie à partir descomportements techniques et du registre osseux fossile, par exemple les techniques de chasse.L’appréhension des traditions à partir des techniques bouchères est une approche encore peudéveloppée. Une étude récente de sites espagnols du Paléolithique moyen a permis de montrerl’existence de traditions bouchères propres à chaque groupe dans les techniques de récupérationde la moelle des os longs (Blasco et al., 2013). Dans la lignée de cette étude novatrice, l’objectif de cesujet est d’élargir les comparaisons avec d’autres groupes de Néandertaliens. Les assemblagesfauniques du Paléolithique moyen de l’Abri du Maras et de la Grotte Saint-Marcel en Ardèche (MIS4-3) sont tout à fait appropriés pour mener une telle étude : accumulation exclusivementanthropique, bonne préservation des éléments osseux, données spatiales (SIG), chaînes opératoiresbouchères complètes. Sur la base combinée d’une étude archéozoologique adaptée du matérielfossile et d’une approche expérimentale, l’objectif de cette étude est donc de tester l’hypothèseselon laquelle les déchets de boucherie permettraient de distinguer des pratiques culturelles aumême titre que le matériel lithique. En bref, peut-on percevoir des habitudes techniques dans letraitement des carcasses propres à chaque groupe humain, par exemple l’existence d’individusspécialisés, et si oui, comment le registre osseux fossile permet-il d’avoir accès à cetteconnaissance ?


Le sujet proposé est hautement novateur et se situe au centre des problématiques développées parle Département de Préhistoire du Muséum, i.e. les pratiques de subsistance des Néandertaliens etleur approche techno-culturelle. Nous souhaiterions appliquer à des séries fauniques duPaléolithique moyen du Sud-Est de la France une approche novatrice portée sur le transfert et lesparticularités culturelles des techniques bouchères de différents groupes néandertaliens. De plus, lepartenariat au sein d’une même UMR de deux champs disciplinaires (technologie lithique etarchéozoologie), sous la forme d’une co-direction, apportera les bases de connaissance nécessairesà toute approche croisant technologie et culture. Enfin, l’approche expérimentale souhaitée encollaboration avec l’IPHES de Tarragone (I. Caceres, Chercheur), renforcera les relations del’établissement avec ses partenaires européens.

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La publication d’au moins deux articles dans des revues internationales est attendue : 1)particularités des stratégies bouchères des groupes néandertaliens venus des sites étudiés de l’Abridu Maras et de la Grotte Saint-Marcel (Ardèche), 2) en collaboration avec l’équipe espagnole deBlasco et al., article axé sur une approche comparative et diachronique de ces deux sites du Sud-Estde la France (MIS 4-3) et des sites espagnols de Bolomor (MIS 5) et de Gran Dolina (MIS 9). Lacomparaison avec d’autres sites d’Europe occidentale à la fois contemporains et plus ancienspermettra de mieux appréhender la variabilité observée dans ces pratiques.


Risque réduit (disponibilité du matériel). Acquis méthodologiques et thématiques permettant derépondre à un besoin de réorientation dans le cadre de l’étude d’autres séries sub-contemporainesde la région.


Le matériel faunique des deux sites de l’abri du Maras et de la Grotte de Saint-Marcel est disponiblepour l’étude, assurant la majeure partie de la faisabilité. L’étude archéozoologique préliminaire adébuté, au Muséum.

-Septembre 2015-septembre 2016 sera consacrée à la poursuite de l’étude dans les laboratoireset musées, et à la validation de l’ensemble des protocoles.

-Début de la seconde année (septembre à décembre 2016) : Une expérimentation sur lestechniques bouchères d’extraction de la moelle des os longs à Tarragone permettra de mettre enplace un référentiel actualiste.

-Janvier 2017-Septembre 2017 : La fin de cette seconde année permettra de terminer l’étudearchéozoologique et la mise en perspective avec les données expérimentales.

-Septembre 2017 à Juin 2018 : La troisième année sera consacrée à la rédaction et à la publicationdes résultats.

Publications :

- Moncel M.-H., Alué E., Bailon S., Barshay-Szmidt C., Béarez P., Crégut-Bonnoure E., Daujeard C.,Desclaux E., Debard E., Lartigot-Campin A.S., Puaud S., Roger T. (sous presse). Evaluating theintegrity of palaeoenvironmental and archaeological records in MIS 5 to 3 karst sequences fromsoutheastern France. Quaternary International.

- Moncel M.-H. et Daujeard C. (2012). The variability of the Middle Palaeolithic on the right bankof the Middle Rhône Valley (South-East of France): technical traditions or functional choices? InE. Carbonnel (éd.), Special Issue Abric Romani (1909-2009). The Neanderthal Home: Spatial andsocial behaviour, Tarragona (6-9 octobre 2009), Quaternary International 247, 103-124.

- Daujeard C. & Moncel M.-H. (2010). On Neanderthal subsistence strategies and land-use: aregional focus on the Rhône Valley area in southeastern France, Journal of AnthropologicalArchaeology, 29, 368-391.

- Daujeard C. (2007). Exploitation intensive des carcasses de cerf dans le gisement paléolithiquemoyen de la grotte de Saint-Marcel, Ardèche (couches g, h, i et j-j’, fouilles R. Gilles). In XXVIèmeCongrès Préhistorique de France, Actes du congrès du centenaire de la Société PréhistoriqueFrançaise, Avignon-Bonnieux (20-25 septembre 2004), Société Préhistorique de France (Ed.), p.481-497.

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- Daujeard C. (2004). Stratégies de chasse et modalités de traitement des carcasses par lesNéanderthaliens de la grotte Saint-Marcel, Ardèche (fouilles R. Gilles, ensemble 7), Paleo 16, 49-70.

Cofinancement :

1) Missions de terrain prises en charge par un PCR (Ministère de la Culture, DRAC Rhône-Alpes – Auvergne)

2) Co-tutelle envisagée avec l’IPHES de Tarragone (I. Caceres) pour le registre expérimental.


Etudiant ayant déjà mené une analyse archéozoologique/taphonomique de séries fauniques(mésofaune et/ou grande faune) du Pléistocène et ayant acquis les compétences de base pour cesdisciplines. Expérience requise également en archéologie expérimentale

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Analyse de la dynamique des peuplements humains et de leur relation avec leurenvironnement animal au Paléolithique moyen et supérieur en France septentrionale et

en Belgique. Apports des Systèmes d’Information Géographique.

Directeur de thèse HDR : Marylène Patou-Mathis (DR CNRS)


Unité du directeur de thèse de recherche : UMR 7194 Histoire Naturelle de l’Homme

Préhistorique

Equipe : Comportements des Néandertaliens et des Hommes anatomiquement modernes replacésdans leur contexte paléoécologique

Doctorants en cours d’encadrement : Aucun

Co-directeur(s) HDR : Patrick Auguste (CR CNRS), Unité Évo-Éco-Paléo, UMR 8198 CNRS –Université de Lille, Sciences et Technologies

Co-encadrant(s) sans HDR :

Sujet :

Durant le Paléolithique moyen et supérieur, l’alternance d’optimum et de péjoration climatiques arendu le peuplement humain de la France septentrionale discontinu. La compréhension de cespeuplements et de leur dynamique passe en particulier par l’analyse des relations entre lesHommes et le milieu animal, source de l’alimentation carnée. Les vestiges lithiques et fauniques dessites archéologiques sont les témoins des comportements techniques et de subsistance étroitementliés au monde animal. Leur répartition est bien étudiée en préhistoire mais les analyses statistiques(logiciels de type « R ») et l’établissement de modèles à l’aide du SIG (Système d’InformationGéographique) permet d’obtenir des données quantitatives bien plus précises et d’éliminer les biaisliés à la taphonomie des sites. Ces approches permettront de déterminer si la répartition spatialedes vestiges dans les niveaux archéologiques est ou non aléatoire et si il existe une structuration del’espace occupé par les Hommes. De manière plus générale, l’utilisation de SIG permettra demodéliser d’éventuelles grandes tendances des dynamiques des peuplements animaux liées à desévolutions chronoclimatiques et de relier les modalités des peuplements humains en lien avec cespaléoenvironnements.


Une telle approche liant archéozoologie, paléoécologie, traitement spatial et géo-référencement debases de données est novatrice. La France septentrionale (de la Bretagne à l’Alsace via le BassinParisien et les zones limitrophes belges) s’avère une zone clé de par sa position biogéographiqueface aux changements climatiques. La collaboration les différents acteurs de l’archéologie régionalesera donc primordiale (Inrap, laboratoires et services archéologiques). Pour cette région, lesmodalités des peuplements humains en lien avec ceux des animaux n’ont encore jamais étéétudiées de manière synthétique avec ce type d’outils. Cette étude qui s’inscrit dans la grandedynamique du peuplement humain de l’Europe du Nord, apportera une base de donnéesimportante pour des études à l’échelle continentale, une soixantaine de sites du Paléolithique

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moyen et supérieur seront utilisés. Si le protocole d’analyse spatiale et de modélisation s’avèreperformant, il pourra être utilisé dans d’autres contextes, tant géographique que chronologique.


Les modèles obtenus de peuplements humains et animaux pourront être publiés dans des revuesfrançaises comme Quaternaire - par l’approche globale et novatrice d’une région françaiseimportante dans la dynamique des peuplements au Paléolithique moyen et supérieur - ouAnthropozoologica - par la mise en valeur des relations entre l’Homme et son environnement. Lesrésultats attendus par ce travail s’inscrivant dans un cadre très large, la dynamique despeuplements du continent eurasiatique au Paléolithique, les revues internationales commeQuaternary International ou Journal of Archaeological Sciences seront ciblées. Des présentations lorsde réunions scientifiques internationales sont prévues dès 2016 (Congrès Préhistorique de Franceà Amiens).


La prise de risque est faible, les séries fauniques sont déjà disponibles. L’objet principal de cettethèse est le traitement par les SIG et analyses statistiques, permettant en cas de problèmeméthodologique à partir de ces matériaux de pouvoir adapter le sujet.


Durant la première année de thèse, l’étudiant devra réunir les bases de données de la soixantainede site de la zone étudiée et procéder à une uniformisation de celles-ci afin de faciliter leurtraitement. Une participation aux fouilles est souhaitable. La deuxième année sera consacrée autraitement de ces bases de données par des méthodes statistiques et de SIG et à l’interprétation desrésultats qui conduiront à des publications et communications en réunions scientifiques. Latroisième année permettra de finaliser les conclusions et de rédiger la thèse.

Publications :

AUGUSTE P., PATOU-MATHIS M. (1999). Beauvais (Oise): un nouveau gisement du Paléolithiquemoyen dans le Bassin parisien. In Actes du colloque international "The role of early Humans in theaccumulation of European Lower and Middle Palaeolithic bone assemblages", Neuwied (1995),Monogr. Rom.-Germ. Zentr.-Mus. Mainz, 42, p. 343-366.

AUGUSTE P. (2009). Évolution des peuplements mammaliens en Europe du Nord-Ouest durant lePléistocène moyen et supérieur. Le cas de la France septentrionale. Quaternaire, 20 (4), p. 527-550.

DENYS C. et PATOU-MATHIS M. (2014). Les agents taphonomiques impliqués dans la formationdes sites paléontologiques et archéologiques In C. DENYS et M. PATOU-MATHIS (sous la dir. de). Manuel de Taphonomie. Éditions. ERRANCE

A. LAMOTTE, P. AUGUSTE, J.L. LOCHT, A. TUFFREAU (2005) - L'acquisition des ressourcesminérales et animales au Paléolithique inférieur et moyen dans le Nord de la France dans leurcontexte écologique : état des recherches récentes. In N. Molines et al. (eds.) "Les premierspeuplements en Europe", BAR Int Ser, 1364, p. 545-554.

LOCHT J.-L. et PATOU-MATHIS M. (1998). Activités spécifiques pratiquées par des Néandertaliens :le site de "La Justice" à Beauvais (Oise, France). Forli, Actes du XIIIe Congrès IUSPP, Septembre 1996,Section Paléolithique inférieur et moyen, 2, 165-187.

LOCHT, J.L., GOVAL, E., ANTOINE, P., COUTARD, S., AUGUSTE, P., PARIS, C., HERISSON, D., (2014) -Palaeoenvironments and prehistoric interactions in Northern France from the Eemian Interglacial

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to the end of the Weichselian Middle Pleniglacial. In F. W. F. Foulds, H. C. Drinkall, A. R. Perri, D. T. G.Clinnick and J. W. P. Walker (Eds.) “Wild Things. Recent Advances in Palaeolithic and MesolithicResearch” Oxbow Books, Oxford & Philadelphia, p. 70-78.

PATOU-MATHIS M. (1999). A New middle Paleolithic site in Alsace : Mutzig I (Bas-Rhin).Subsistence behaviour In Colloque International "The role of early Humans in the accumulation ofEuropean Lower and Middle Palaeolithic bone assemblages" , Neuwied, Mai 1995. Monographien desRömisch-Germanischen Zentralmuseum, 42, 325-341

PATOU-MATHIS M. et LOPEZ-BAYON J. (1998). - Analyse spatiale des ossements In Recherches auxgrottes de Sclayn, Vol.2 : L'Archéologie (Otte, Patou-Mathis et Bonjean Eds.). ERAUL, 79, 377-395


La maîtrise par le candidat des méthodes utilisées en paléontologie animale, en archéozoologie eten taphonomie est indispensable. Il devra également avoir été formé à l’emploi des logiciels destatistiques et de type SIG ainsi qu’à la gestion des bases de données.

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UMR 7205 Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB)

Biodiversité et histoire évolutive des Pycnogonides (Arthropoda, Pycnogonida)

Directeur de thèse HDR : Alexandre HASSANIN


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Institut de Systématique,Evolution, Biodiversité (ISYEB), UMR 7205

Equipe (intitulé, directeur) : Équipe phylogénomique et anatomie comparée, Pr. GuillaumeLECOINTRE

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : 0

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Laure CORBARI, UMR7205, équipe 3E "Exploration, Espèces & Evolution", pas dedoctorant en cours d'encadrement.

Sujet :

Les Pycnogonides sont une classe d’arthropodes marins répartis dans 10 familles, 70 genres et plusde 1300 espèces. Cosmopolites, on les trouve des zones côtières jusqu’aux abysses, avec des formes« géantes » (jusqu’à 80 cm) ou microscopiques (< 2 mm). Ceux de l’océan Austral ont bénéficiéd’études morphologiques et moléculaires approfondies, mais les autres restent très peudocumentés. Les nombreuses campagnes du MNHN dans les océans Pacifique, Indien et Atlantiqueont permis de constituer une riche collection de pycnogonides.

Le projet de thèse repose sur l'étude de cette collection unique au Monde et sa comparaison avec lafaune australe, beaucoup mieux connue. Les objectifs sont de mieux évaluer la diversitétaxonomique, sachant que de nombreuses espèces restent à découvrir ailleurs qu'en Antarctique, etde mieux comprendre les modalités de dispersion des formes abyssales et côtières et les niveaux deconnectivité entre les formes australes et tropicales.

Pour lever les nombreuses ambigüités taxonomiques, un effort tout particulier sera entrepris pourintégrer les spécimens types dans les analyses moléculaires. De nouvelles approches s'appuyant surles NGS seront développées afin de faciliter la mise au point de nouveaux marqueurs etl’exploitation des ADN dégradés issus des organismes collectés lors des anciennes expéditions.Ainsi, les analyses biogéographiques et des traits de vie seront réalisées à partir d’une phylogéniemoléculaire mutlilocus robuste et datée.


Depuis plus de 30 ans, les campagnes Tropical Deep Sea Benthos (MNHN/IRD) dans la zone Indo-Pacifique sont à l’origine de la découverte de nouvelles espèces de pycnogonides, dont les typessont actuellement conservés dans les collections du MNHN (environ 200 spécimens représentantune centaine d’espèces). Lors des récentes expéditions, la collecte des pycnogonides s’est amélioréeet la conservation des tissus a été optimisée en vue de permettre des analyses moléculaires. Ainsi,le MNHN contient actuellement plus de 2000 spécimens de pycnogonides provenant de différenteszones géographiques (Guadeloupe, Guyane, Madagascar, Nouvelle Guinée, Papouasie, PolynésieFrançaise, etc.). De nouvelles espèces ont récemment été décrites grâce à ce matériel (e.g., Bamber,2013), mais trop peu de ces spécimens ont pu être étudiés faute d’expertise taxonomiquesuffisante, les deux spécialistes actuels, Roger Bamber et Franz Krapp, étant sur le point d’arrêterleur activité.

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Les résultats permettront de mieux comprendre la biodiversité, la phylogénie et la biogéographiedes pycnogonides. La mise au point du protocole de séquençage nouvelle génération (NGS) sur lestypes (multiplexage ou enrichissement par hybridation) fera l’objet d’un article méthodologique.Plusieurs articles de taxonomie alpha seront associés à la production de ces données. La phylogéniemultilocus de ce groupe sera valorisée sous la forme d’un ou plusieurs articles, certaines famillespouvant être traitées séparément. Les analyses en biogéographie et macroécologie (distributionspatiale et bathymétrique de la biodiversité) issues de la comparaison entre les faunes australes ettropicales seront exploitées dans un autre article.


La riche collection de pycnogonides du MNHN permet d'envisager de multiples possibilités deréorientation au niveau taxonomique. Les protocoles NGS (multiplexage, enrichissement parhybridation et shotgun) sont actuellement mis au point au SSM.


Semestre 1: étude bibliographique; extractions d'ADN, séquençage Ion Torrent sur les typesconservés eu MNHN.

Semestre 2: mission de terrain ; analyses in silico des séquences ; demandes auprès des muséumspour l'étude d'autre types.

Semestre 3: rédaction article 1 "Méthodes de séquençage des types".

Semestre 4: analyses; rédaction article 2 "Etude moléculaire de la biodiversité des pycnogonides"; .

Semestre 5: rédaction article 3 et 4 "Phylogénie" et "biogéographie des Pycnogonida"; révisions desarticles et/ou corrections des épreuves.

Semestre 6: Rédaction du manuscrit de thèse.

Publications :

Arabi J, Judson MLI, Deharveng L, Lourenço WR, Cruaud C & Hassanin A. 2012 Nucleotidecomposition of CO1 sequences in Chelicerata (Arthropoda): detecting new mitogenomicrearrangements. Journal of Molecular Evolution 74: 81–95.

Corbari L, Sorbe JC. 2015. Papuadocus blodiwai gen. nov., sp. nov. (Crustacea: Amphipoda:Maeridae), a new bathyal species associated with sunken wood in the Bismarck Sea (Papua NewGuinea). Zootaxa 3914: 406-20.

Hassanin A, An J, Ropiquet A, Nguyen TT & Couloux A. 2013. Combining multiple autosomal intronsfor studying shallow phylogeny and taxonomy of Laurasiatherian mammals: Application to thetribe Bovini (Cetartiodactyla, Bovidae). Molecular Phylogenetics and Evolution 66: 766–775.


Le candidat devra avoir bénéficié d'une solide formation en phylogénie, taxonomie etbiogéographie. Il devra aussi maîtriser les aspects techniques et méthodologiques liés auxnouvelles technologies de séquençage.

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Communication et hybridation chez les Iguanes des Antilles

Directeur de thèse HDR : Pr Vincent BELS


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Institut de Systématique,Evolution, Biodiversité (ISYEB), UMR 7205

Equipe (intitulé, directeur) : Équipe FORCE (Forme - Communication - Evolution)


Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Dr Sandrine GROUARD UMR 7209 du CNRS (Archéozoologie, Archéobotanique :sociétés, pratiques et environnements) - Hdr prévue en 2015 - 0 doctorant.

Sujet :

Dans les Petites Antilles, l’introduction de l’iguane « commun », Iguana iguana, dont l’origine reste àêtre déterminée et tracée, conduit à une diminution très sensible des populations de l’espèceendémique, Iguana delicatissima. L’étude paléogénétique des populations historiques des iguanes(Dr. S. Grouard) a pour objet de construire un schéma explicatif de l’évolution récente despopulations des deux espèces au sein de l’arc dans Antilles. Dès qu’elles sont mises en présence, cesdeux espèces communiquent et s'hybrident! L’objectif de l'étude éthologique est d’analyser lescomportements de communication visuelle (Pr V Bels), essentielle chez les squamates, des deuxespèces d'iguanes I. delicatissima et I. iguana au sein de l’archipel de la Guadeloupe et des ilesavoisinantes afin d’établir les mécanismes comportementaux intervenant dans les interactionssociales qui provoquent la modification des populations par hybridation. Cette étudecomportementale est couplée avec l’analyse génétique des populations (collaboration PNA-Iguane,CNRS Moulis) : (i) populations isolée de I. delicatissima (Désirade), (ii) une population isolée de I.delicatissima mais susceptible d’être en contact rapidement (un-deux ans) avec l’espèceenvahissante (Basse Terre), (iii) populations mixtes I. iguana et I. delicatissima avec présenced’hybrides (Basse Terre), et (iv) populations considérées comme hybrides de longue date dontl’histoire récente peut être tracée (Les Saintes, Saint Martin).


L’iguane de Petites Antilles I. delicatissima est un emblème pour beaucoup de sociétés insulaires dela Caraïbe, dans un contexte où peu d’espèces de tétrapodes natives sont encore présentes. Lesconnaissances font donc partie intégrante des objectifs du PNA Iguanes géré par l'ONCF, la DEALGuadeloupe/Martinique (http://www.developpement-durable.gouv.fr/IMG/pdf/PNA__Iguane_petites_antilles.pdf) et les Parcs Naturels. Elles sontessentielles pour le respect des populations d'iguanes par l'ensemble des acteurs socio-économiques et la sauvegarde d'une espèce endémique. Les spécimens historiques déposés auprèsdes collections ostéologiques d’Anatomie comparée (MNHLAC) et celles d’Amphibiens et Reptiles,ainsi que celles du Père Pinchon (Martinique) seront inventoriés et, avec l'accord desconservateurs, testés paléogénétiquement. Cette thèse repose sur un « pré-projet » déposé en2012 (réalisation 2013-2014) – soutenu en tant que projet scientifique du Parc National deGuadeloupe (2013).


Un minimum de trois publications portant sur le comportement sont envisagées:

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(i) La communication visuelle des deux espèces ainsi que celle des hybrides observés comportent –elle des éléments communs? (ii) Quelle en est la plasticité au sein des populations et leurorganisation modifie-t-elle les comportements de communication?

(iii) Quel est le lien entre caractéristiques du signal, compétition et relations génétique desindividus ? A quelle période ces compétitions – relations se sont elles mises en place ? Sur quelséléments, le choix des femelles repose-t-il ?L'étude paléogénétique sur les restes archéozoologiquesfera l'objet de publications sur les hypothèses proposées, en intégrant les connaissancescomportementales.


Aucune réorientation n'est nécessaire. Le sujet repose sur des bases de données déjà en partiedisponibles, sur les moyens d'analyses disponibles et les collaborations déjà mises en place.


Le projet a pour objectif de répondre à des questions issues de premières missions d’observation etde collectes des données de terrain. Les risques et verrous ont déjà été largement levés. L’ensembledes actions préliminaires nécessaires à un tel projet (identification des populations et des sites,identification des individus et constitution de clef de reconnaissance individuelle, collectes dedonnées filmées, collecte de données archéozoologiques, etc.) et la logistique y afférent sont déjàété mis en place par l’équipe FORCE depuis 2013 et l'UMR 7209 (recherche de S. Grouard). Laprésence d’un chercheur associé à l’UMR 7205, Pr J. Guerlotté de l’Université des Antilles enGuadeloupe, prélude du suivi étroit du doctorant sur le terrain.

Publications :

‐ Montuelle, S., Herrel, A., Libourel, P-A., Daillie, S. and Bels, V. (2012). Prey capture in lizards:differences in jaw–neck–forelimb coordination. Biol. J. Lin. Soc. 105(3):607-622.

‐ Montuelle, S., Herrel, A., Libourel, P-A., Daillie, S., and Bels, V. (2012). Flexibility in locomotor–feeding integration during prey capture in varanid lizards: effects of prey size and velocity. J. Exp.Biol. 215:3823-3835

Bochaton, C., Grouard S., Cornette R., Ineich I., Lenoble, Tresset A. and Bailon S. (accepté 2014).L’herpétofaune subfossile de la grotte Cadet 2 (Marie-Galante, Archipel de la Guadeloupe, P.-A. F.) :Evolution d'une herpétofaune insulaire depuis le Pléistocène supérieur / Subfossil herpetofaunafrom Cadet 2 Cave (Marie-Galante, Guadeloupe Islands, F. W. I.): Evolution of an insularherpetofauna since the Late Pleistocene, Palevol, 14 p., 4 figs.


Le candidat doit posséder une solide formation en écologie comportementale et en morphologiefonctionnelle et capable d'obtenir et d'interpréter des données paléogénétiques

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Diversité et radiations évolutives dans le genre d'hépatiques riccia (ricciaceae,marchantiidae) : approches phylogénétiques et intégratives

Directeur de thèse HDR : Jean-Yves DUBUISSON


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : UMR 7205 ISYEB

Equipe (intitulé, directeur) : Equipe Diversité, Evolution Végétale et Fongique (resp. T.Haevermans)

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Pascal DESCOURVIERES, soutenance prévue septembre 2015

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Catherine REEB, Dr., UMR 7205 ISYEB, pas de doctorant en cours

Sujet :

En Afrique australe, le genre Riccia (Marchantiidae) est riche de 88 espèces. Il présente un fort tauxd’endémisme, rare chez les bryophytes, qui soulève plusieurs questions. 1) La taxonomie du genreest-elle solide, et l'endémisme se confirme-t-il par des études utilisant les outils intégratifs actuelsde délimitation d'espèces ? 2) Combien d'événements de radiation indépendants peut-on mettre enévidence, afin d'expliquer la diversité du genre en Afrique australe ? Ce groupe présente unecapacité de dispersion relativement faible (grande taille des spores), contrairement à d'autresbryophytes. L'hypothèse de spéciations indépendantes permettrait de tester la corrélation entretaux de diversification et l'évolution de caractères liés à la sexualité et à certaines innovations clés(sporophyte inclus) ou à l’écologie très diverse des Riccia (voir ci-après). 3) Peut-on mettre enévidence une spécialisation écologique ? Celle-ci pourrait être importante, des espècesapparemment proches occupant des substrats édaphiques différents. Nous aurions ainsi unexemple d’une radiation adaptative en milieu continental (une première pour des bryophytes).Outre une révision systématique du genre pour l'Afrique et l'Océan indien via une phylogénie àproduire, cette thèse a également pour but de tester via le cadre phylogénétique attendu et desapproches de biologie comparative différents scénarios évolutifs expliquant la grande diversitéspécifique et écologique du groupe dans la région.

Contexte national et international ) :

Ce genre a été étudié par S. Jovet-Ast (1914-2006). En plus de sa riche collection déposée àl'Herbier du MNHN, du matériel africain (spécimens, micrographies etc.) y est stocké sans que leurétude n'ait été finalisée. L'équipe du Pr T. Hedderson à l'Université du Cap (Af. du Sud) et celle deClaudine Ah-Peng (Université de La Réunion) ont participé à des études préliminaires surl'évolution de la taille des spores dans le sous-genre Riciella. Ils ont réuni un matériel important surl'Afrique du Sud et l'Océan Indien. Une collaboration avec ces deux équipes poursuivra cellesengagées précédemment (Marline & al., 2012). Leurs travaux portant notamment sur l'analyse descenarios évolutifs, en relation avec l'analyse des caractères ou traits apporteront une expertiseinternationale à ce sujet. Ce travail permettra de dynamiser la bryologie française autour dethématiques modernes, en s'appuyant sur un taxon historiquement étudié au MNHN.


Les publications attendues sont donc en premier lieu taxonomiques en mettant en valeur lesapproches intégratives. Mais le questionnement sur la ou les radiations éventuelles et l’origine de ladiversité autorisera également des valorisations en biogéographie historique.

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Une réorientation du sujet est envisageable sur la colonisation des îles de l'Océan indien, très peuconnues pour ce genre. Du matériel est déjà disponible et une collecte nouvelle peut être facilementeffectuée.


2015-2016 : Acquisition des données ? Etudes des récoltes récentes et des herbiers, MNHN. Séjourau Cap (financé) - analyse des récoltes sud-africaines et élaboration des protocoles d'analyses.

2016-2017: Analyse des données et production d'une phylogénie moléculaire. Rédaction dupremier article sur la taxonomie.

2017-2018 : Synthèse et rédaction d'articles, puis du manuscrit de thèse.

Publications :

- Reeb, C. & Bardat, J. (2014). Studies on African Riccardia, types and related material Cryptogamie,Bryologie 35(1) 47-75.

- Dubuisson, J.-Y., Bary, S., Ebihara, A., Carnero-Diaz, E., Boucheron-Dubuisson, E. & Hennequin S.(2013). Epiphytism, anatomy and regressive evolution in trichomanoid filmy ferns(Hymenophyllaceae). Botanical Journal of the Linnean Society 173: 573–593.

- Reeb, C., Ranarijaona H.L. & Dubuisson, J.-Y. (2012). Ecological survey of the Lycophytes and Fernsof the Vohimana Reserve, Madagascar. Plant Ecology and Evolution 145: 410-418.

Cofinancement : un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature,montant, durée : Une demande de financement pour une mission de terrain sera déposée auprès duLabex BC-Div et/ou de l'ATM « Emergence des clades, des biotes et des cultures ».


Candidat impliqué ou intéressé par la bryologie, ayant des bases sérieuses en botanique.Connaissance et éventuellement pratique des méthodes d'analyses moléculaires (si possible NGS)et du traitement des données via des logiciels tels que R.

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Synthèse d'ARNs en conditions pre-biotiques. Origines de la vie et évolution biologique

Directeur de thèse HDR : Marie-Christine MAUREL

Courriel : [email protected]; [email protected]

Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : ISYEB - UMR 7205

Equipe (intitulé, directeur) : BIPEM. Michel Veuille.

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Mariam Akouche deuxième année de thèse, Direction JF Lambert. Co-direction: M-CMaurel. Co-encadrement Thomas Georgelin.

Co-directeur(s) HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Jen-François Lambert, Prof. UPMC. LRS (Laboratoire de réactivité de surface).

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Thomas Georgelin

Sujet :

L'une des principales questions concernant les origines de la vie est de comprendre les étapes del'évolution ayant permis le passage d’une chimie prébiotique complexe à une biologie simple. Uncertain nombre de constituants cellulaires actuels constituent des vestiges, des "fils rouges" grâceauxquels le chemin peut-être suivi au niveau moléculaire entre l'ancien et le monde moderne. Dansce contexte, l’hypothèse du "monde à ARN" propose qu’au début de l'évolution de la vie, l'ARN étaitresponsable à la fois du stockage et du transfert de l'information génétique mais aussi de la catalysede réactions biochimiques. L’objectif de la thèse consiste à synthétiser les monomères des acidesribonucléiques à partir de composés chimiques présents sur la Terre primitive.

La synthèse d’ARN a été obtenu en conditions hydrothermales et en présence de cristaux de sels dechlorure d’ammonium. Nous souhaitons dans le projet présenté ici développer les étapes en amontde la synthèse d’ARN, à partir de molécules organiques simples présentes sur la Terre primitive(formaldéhyde et formamide). Il s’agit en quelque sorte de réaliser une expérience prébiotique type«Stanley Miller » sur des surfaces minérales. La thèse sera réalisée en co-direction avec Jean-François Lambert (Pr.UPMC) et Thomas Georgelin (MCF) avec lesquels nous collaborons déjà sur lasynthèse des sucres en conditions prébiotiques.


La Biologie Moléculaire en mettant en évidence l’extraordinaire diversité de l’ARN : ARNcatalytiques (ribozymes), ARN non codant, virus à ARN, viroïdes, a révélé l’importance biochimiquefondamentale de cette molécule. Un Monde ARN aurait précédé le monde actuel basé sur l'ADN,l'ARN et les protéines. L'enjeu fondamental, auquel se consacre plusieurs laboratoires, consiste àcomprendre comment sont apparues, en conditions prébiotiques, ces premiers ARNs doués depropriétés informationnelles et catalytiques. La plupart des laboratoires font appel à une "chimielourde" pour réaliser les premières étapes. D'autres utilisent des activateurs chimiques facilitant lescondensations. Nous privilégierons une approche simple, sans artifices chimiques (activateurs),proche de ce que nous connaissons des conditions géochimiques initiales. Une collaboration encours avec Matthieu Gounelle (MNHN) nous permettra d'utiliser les matériaux nécessaires auxréactions de surface.


La synthèse des constituants élémentaires de l'ARN sera faite en trois étapes listées ci-dessous.

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Chaque étape peut faire l'objet d'une publication. Nous verrons en fonction des difficultés (ou de lafacilité) rencontrées quelle sera la meilleure stratégie de publication.


Etude des processus de fossilisation d'ARN. Matériaux "pièges" d'intérets prébiotiques.

Identification, études et caractérisations d'ARNs nus type viroïdes en milieux et conditionsextrêmes.


Dans la continuité du M2, réalisation du montage expérimental pour:

- Synthèse de ribose et d'adénine en présence de formaldéhyde et de formamide.

Synthèse du nucléoside.

- Synthèse du phosphorybosyl pyrophosphate et addition de l'imidazole. Synthèse du nucléotide.

- Polymérisation des nucléotides obtenus en conditions hydrothermales.

Publications :

Da Silva, L., Maurel, M-C., Deamer, D., 2015, Salt-promoted synthesis of RNA-like molecules insimulated hydrothermal conditions. J. Mol. Evol, 80, 86-97.

Georgelin T, Jaber M, Fournier F, Laurent G, Costa-Torro F, Maurel M-C, Lambert, JF.

Stabilization of ribofuranose by a mineral surface. 2015, Carbohydrate Research, 402, 241-244.

Kaddour, H., Vergne, J., Hervé, G., and Maurel, M-C. Inhibition by polyamines of the hammerheadribozyme from a Chrysanthemum chlorotic mottle viroid. Biochem. Biophys. Acta, 2014, 1840,1670-1675.


Compétences théoriques et techniques en physico-chimie, en bio-chimie et biologie moléculaire, enbiologie de l'évolution et évolution moléculaire. Intérêt pour les recherches sur les origines de lavie. Très forte motivation recherchée.

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Histoire d’une convergence évolutive : évolution des défenses chimiques au sein d’unecommunauté de papillons mimétiques

Directeur de thèse HDR : Joel Minet


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Institut de Systématique,Evolution et Biodiversité, ISYEB, UMR7205

Equipe (intitulé, directeur) : Génétique de l'adaptation, Violaine Llaurens


Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Violaine Llaurens, UMR7205, Génétique de l'adaptation, 0.5 doctorants

Sujet :

La convergence évolutive des motifs colorés entre espèces toxiques est un cas d’école pour l’étudede la sélection naturelle. En effet, partager un même motif coloré entre espèces toxiques permet dediviser le coût de l’apprentissage de ce motif par les prédateurs. En influençant le comportementdes prédateurs, les variations de composés toxiques et de niveau de toxicité entre espècesmimétiques conditionnent la dynamique de ce mimétisme. L’évolution des défenses chimiquesassociées à ces motifs dans différentes familles reste encore mal connue bien qu’étant un élémentclef dans la compréhension de l’histoire évolutive du mimétisme. En étudiant la variation descomposés toxiques au sein de deux clades de papillons toxiques mimétiques, ce projetinterdisciplinaire se propose d’explorer l’évolution de défenses chimiques échantillonnées au seind’une communauté de ces papillons au Pérou. En collaboration avec B. Nay du MCAM, nousidentifierons par LC-MS la diversité des composés chimiques et l'association avec le rejet par lesprédateurs chez des papillons mimétiques des tribus Heliconiini et Ithomiini. Nous analyserons lesvariations qualitatives et quantitatives de ces défenses chimiques en relation avec l’abondance desdifférentes espèces en population naturelle et de leur distance phylogénétique. Ceci nous permettrade mieux comprendre comment l’évolution des défenses chimiques au sein des lignéesphylogénétiques influence l’émergence du mimétisme chez ces papillons.


Les convergences entre motifs mimétiques ont évolué sous l’effet d’une sélection fréquence-dépendante positive, car plus le nombre d’individus et/ou d’espèces partageant le même motifcoloré est grand, plus ce signal d’alerte est efficacement appris par les prédateurs. La toxicité estsouvent basée sur la consommation de plantes elles-mêmes toxiques et il existe des variations desniveaux de toxicité entre espèces au sein des cercles mimétiques. Le maintien d’une forte toxicitéétant supposé métaboliquement coûteux, il existe des espèces pas ou peu toxiques imitant lessignaux d’alerte d’espèces fortement toxiques. Ces espèces mimes comestibles pourraient semaintenir tant que leurs abondances restent faibles par rapport à leurs modèles toxiques. Cesprédictions théoriques n'ont pas été testées empiriquement sur les communautés mimétiquesnaturelles, et le lien entre toxicité et précision du mimétisme n'a pas été exploré jusqu'à présent.


Grâce à son interdisciplinarité et son originalité, ce sujet permettra de publier des résultats à la foissur l'extraction et l'identification de composés chimiques, potentiellement des composés nouveaux,

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pouvant donc être fortement valorisés. L'étude conjointe des plantes hôtes nous permettraégalement de comprendre comment les papillons transforment les toxines et les stockent, ce quidonnera lieu à des publications dans le domaine de la physiologie ou du développement. Enfin,l'étude conjointe des variations de toxicité et de leur perception par les prédateurs ainsi que desvariations des motifs mimétiques au sein des phylogénies, nous permettra de publier dans desrevues centrées sur les questions évolutives.


Nous pourrons restreindre l'étude à quelques genres clefs et étudier plus précisément lesvariations de toxicité en fonction de la plante-hôte et des stades développementaux des papillons,de l'œuf à l'adulte.


Année 1: Collecte des échantillons (papillons, plante-hôtes) et données d'abondance,experimentation sur la réaction des prédateurs, mise au point des protocoles d'extraction etd'identification des composés chimiques.

Année 2: Identification et quantification des variations de toxines, étude morphométrique desmotifs colorés, etude du signal phylogénétique lié aux variations de motifs colorés et de toxicité.

Année 3: Rédaction des articles et de la thèse.

Publications :

1) Le Poul Y, Whibley A, Chouteau M, Prunier F., Llaurens V., Joron M., 2014. Selection ondominance at a butterfly mimicry supergene, Nature communications.5: 5644.

2) Llaurens, Joron, Thery, 2014. Cryptic differences in colors among Müllerian mimics : how can thevisual capacities of predators and prey shape the evolution of wing colors ?, Journal of evolutionaryBiology, 27: 531-540.

3) Nieukerken, van, Kaila, Kitching, Kristensen, Lees, Minet et al.., 2011, Order LepidopteraLinnaeus, 1758. Zootaxa, vol. 3148: 212–221.

Cofinancement : un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature,montant, durée : Nous avons obtenu un financement de 4 500 € de l'ATM Emergence en 2015 surcette thématique d'obtenir le materiel nécessaire à l'analyse des composés chimiques (colonnesHPLC…) et de réunir le matériel biologique (session de collecte au Pérou) avant le début de la thèse.


De formation en écologie chimique, le candidat devra posséder un interet fort pour la chimieanalytique d'une part et les questions évolutives d'autre part. Une grande motivation pour le travailde terrain et de laboratoire sera aussi nécessaire.

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Origine de l'endémisme en milieu insulaire : le modèle des Campanules de l’archipel du CapVert

Directeur de thèse HDR : Serge MULLER



Equipe (intitulé, directeur) : Diversité, Evolution Végétale et Fongique DEVF (resp. T. Haevermans)


Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Mark CARINE, Plants Division/Department of Life Sciences The Natural HistoryMuseum, United Kingdom & Maria Manuel ROMEIRAS, IICT/University of Lisbon, Portugal.

Sujet :

Les îles océaniques volcaniques, souvent caractérisées par des taux d’endémisme élevés, sont desmodèles de choix pour appréhender les processus de dispersion/colonisation à longue distance etde spéciation en milieu insulaire. Pour l'illustrer, nous proposons d’étudier la diversité etl’évolution des espèces de Campanula dans l’archipel du Cap Vert où elles structurent les milieuxrupicoles des zones humides d’altitude. La taxonomie du groupe y est encore très discutée enraison d’une forte diversité phénotypique et des études récentes suggèrent plusieurs taxons micro-endémiques issus d’une possible radiation. Pour comprendre l’origine, la diversification etl’endémisme du genre dans l’archipel et tester la radiation potentielle, une approche intégrative estenvisagée : 1) une étude comparative morphologique et morphométrique sur les traits floraux pourpréciser les morphotaxons potentiels avec une révision taxonomique attendue, 2) une étudephylogénétique moléculaire pour préciser les relations entre taxons capverdiens et ceux desrégions proches (principalement nord-africains), 3) une analyse des communautés végétales danslesquelles s’intègrent ces espèces afin de préciser leurs affinités biogéographiques et écologiques,et 4) des datations moléculaires sur les lignées inférées qui seront confrontées à l’histoiregéologique dans le but de comprendre ainsi comment historiquement une communauté végétale sediversifie et se structure en milieu insulaire.

Contexte national et international 3 (1000 caractères espaces compris) :

Le ou la doctorante bénéficiera des riches collections de l'herbier national (P), enrichie denombreuses et récentes récoltes effectuées depuis 2012, et de l'herbier de l'Université deMontpellier 2 (MPU), les herbiers de Lisbonne (LIS, Portugal), d'Oslo (O, Norvége), de Dakar (IFAN,Sénégal) et de Rabat (RAB, Maroc) seront également solicités (visites, demande de prêts). Al'international, MC & MMR travaillent conjointement sur la flore macaronésienne. Collaborationsinternationales avec I. Gomes (Cap Vert).


Le travail sur la révision taxonomique a déjà été initié (Gardère, 2015) et pourra être vite valorisépar d'autres révisions sur le groupe pour l'archipel. La phylogénie et l'inférence biogéographiquesont les résultats qui pourront être valorisés dès la fin de la thèse.

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Gardère, M.L. (2015) Two new species of Campanula (Campanulaceae) from the island of SantoAntão, Cabo Verde archipelago. Phytotaxa 197(2): 104–114

Faisabilité en trois ans, échéancier 6 (750 caractères espaces compris) :

2015-2016 Etude morphométrique ; visites des collections ; début des travaux moléculaires(acquisition des données)

2016-2017 Finalisation de l'acquisition des données moléculaires et analyses phylogénétiques etbiogéographiques ; rédaction publications en taxonomie

2017-2018 Rédaction articles phylogénie et biogéographie et rédaction de la thèse

Publications 7 (une à trois publications récentes de l’encadrement, en rapport avec le sujet dethèse titre des articles in extenso etc….) :

Jung V., Violle C., Mondy C., Hoffman L., Muller S. (2010). Intraspecific variability and trait-basedcommunity assembly. Journal of Ecology 98: 1134-1140.

Van Looy K., Honnay O., Pedroli B., Muller S. (2006). Order and disorder in the river continuum: thecontribution of continuity and connectivity to floodplain meadow biodiversity. Journal ofBiogeography 33: 1615-1627.

Jones KE, Reyes-Betancort JA, Hiscock SJ, Carine MA (2014) Allopatric diversification, multiplehabitat shifts, and hybridization in the evolution of Pericallis (Asteraceae), a Macaronesian endemicgenus. American journal of botany, 101 (4): 637 - 651. doi: 10.3732/ajb.1300390

Cofinancement : un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature,montant, durée : non. Demandes envisagées sur ATM MNHN et programme Synthesys pour visiteherbiers


Excellentes bases en floristique et compétences en analyse de la diversité morphologique chez lesplantes à fleurs. Des notions ou compétences en phylogénie seront un plus.

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Des ailes, pour quoi faire ? Evolution des formes et des fonctions des ailes chez les InsectesOrthoptères

Directeur de thèse HDR : André Nel


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : ISYEB, UMR 7205 CNRSMNHN UMPC EPHE

Equipe (intitulé, directeur) : Evolution fonctionnelle; Frédéric Legendre

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Salman SHAYYA, 1ere année, co-direction Dany Azar (Univ. Libanaise)

Co-directeur(s) HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Laure Desutter-Grandcolas, ISYEB, UMR 7205 CNRS MNHN UMPC EPHE, doctoranten 3ème année de thèse : Jérémy Anso (co-direction avec Eric Vdal, Directeur HDR, et HervéJourdan)

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Renaud Boistel, iPHEP CNRS UMR 7262, Université de Poitiers - UFR SFA, Bât B35- TSA 51106, 6 rue Michel Brunet, 86073 POITIERS Cedex 9

Sujet :

Les Orthoptères ont les ailes les plus diversifiées des insectes actuels et fossiles, car elles sontsouvent porteuses de structures complexes liées au chant. Mais les critères d’homologie pour lesnervures diffèrent entre paléontologues et néontologistes et n’ont jamais été confrontés sur la based’observations pertinentes. Nous ignorons si les organes de chants des courtilières, des grillons etdes sauterelles sont homologues entre eux et avec ceux des fossiles, et donc si le comportement dechant des Orthoptères a une seule origine. Pour comprendre l'évolution de ces structures, il estnécessaire de réétudier les nervations pour intégrer la diversité fossile et actuelle dans une analyseglobale. L’objectif est d’établir les homologies des nervures par l’étude de leurs bases (scléritesalaires et plaques humérales) grâce à des reconstructions tridimensionnelles (microtomographiepar rayon X) d’ailes de taxons actuels. Le modèle de nervation obtenu sera appliqué pour établirl’homologie des organes de chant portés par les grillons, sauterelles, courtillières modernes et lesHagloidea fossiles. Une proposition d’évolution de ces structures sera établie et confrontée avec lesphylogénies moléculaires en cours sur les Orthoptères (Collaboration H. Song, Univ. Texas;Chintauan-Marquier et al. 2015, Hojun et al. 2015).


Plus de 4 modèles de nervation sont concurentiellement appliqués aux Insectes, selon les écoles denéontologistes ou paléontologues, rendant instable la systématique du groupe et nuisant à lareconstruction de son histoire évolutive. Etablir sur les Orthoptères un outil d'homologisation desnervures, applicable aux autres insectes, est donc nécessaire et urgent. Des données moléculairesconséquentes ont été générées sur les Caelifères (Song et al. 2015), les sauterelles (Muggleston etal. 2013) et les grillons (Chintauan-Marquier et al. 2015), et nous collaborons avec H. Song sur lesEnsifères s.l. (demande NSF 2016). Une phylogénie moléculaire extensive des Orthoptères est ainsien cours de réalisation, occasion unique de reconstruire l'histoire de la nervations dans ce groupe.

Notre équipe est idéalement située dans ces deux domaines d’étude et dispose des collectionsuniques du MNHN pour les Orthoptères actuels et fossiles.

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1) Etablir l'homologie des nervures chez les Orthoptères modernes sur la base d’images 3D(microtomographie par rayon X), notamment à la base de l’aile (approche innovante par latechnique et par l’objet).

2) Appliquer le patron obtenu sur des taxons fossiles.

3) Etablir l’homologie des structures alaires impliquées dans la fonction de chant chez lesdifférentes lignées actuelles et fossiles.

4) Confronter les patrons obtenus à la phylogénie des Orthoptères, pour générer des hypothèsessur l’évolution de l’ordre (diversification, extinction, rôle de l’environnement).

Chaque point génèrera au moins une publication dans des revues à haut facteur d’impact.


La richesse de l’approche et la puissance de l’outil sont avérées. L’encadrement, les collectionsMNHN, et les collaborations (phylogénies moléculaires : H. Song, USA), garantissent la faisabilité dusujet.


L’étude de la nervation par l’imagerie 3D a été vérifiée par les porteurs du projet ; un stage M2 esten cours avec un sujet restreint aux Gryllidea (grillons, courtilière : publication prévue). Pour leprojet, environ 50 taxons seront étudiés, dont une partie scannée en 2014 (ATM Formes) ; ils sontidentifiés et disponibles dans les collections du MNHN ou dans des musées étrangers(collaborateurs). Le CT scan du MNHN sera utilisé.

Année 1 : scan et reconstitutions des coupes de segmentation pour les actuels. Essai avec lesfossiles (ambre)

Année 2 : comparaison des patrons de nervation ; analyse par rapport aux phylogénies existantes,et hypothèse d’évolution des appareils et des fonctions

Année 3 : publications et rédaction de la thèse

Publications :

- Chintauan-Marquier, I.C., Legendre, F., Hugel, S., Robillard, T., Grandcolas, P., Nel, A., Zuccon, D. &Desutter-Grandcolas, L. 2015. Laying the foundations of evolutionary and systematic studies incrickets (Insecta, Orthoptera): a multilocus phylogenetic analysis. Cladistics (sous presse).

- Béthoux, O. and Nel, A. 2002. Venation pattern and revision of Orthoptera sensu nov. and sistergroups. Phylogeny of Palaeozoic and Mesozoic Orthoptera sensu nov. Zootaxa, 96: 1-88.

- Nel, A., Roques, P., Nel, P., Prokin, A.A., Bourgoin, T., Prokop, J., Szwedo, J., Azar, D., Desutter-Grandcolas, L., Wappler, T. Garrouste, R., Coty, D., Huang, Diying, Engel, M. and Kirejtshuk, A.G.2013. The earliest-known holometabolous insects. Nature, 503: 257-261.


Le candidat sera autonome pour la reconstitution des coupes de segmentation 3D, connaître lalittérature sur la nervation des insectes Orthoptères actuels et fossiles, et avoir une connaissanceapprofondie des concepts de l’analyse phylogénétique.

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Influence de la structure sociale sur la morphologie chez les mâles de Limnonectes(Dicroglossidae, Amphibiens)

Directeur de thèse HDR : Annemarie OHLER



Equipe (intitulé, directeur) : EVEE, Christiane Denys

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : néant

Co-directeur(s) HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Dr. Pierre-André Crochet, CNRS-UMR5175 CEFE - Centre d’Ecologie Fonctionnelleet Evolutive, Equipe GEE, 1.5 étudiants en thèse.

Sujet :

Les grenouilles montrent une croissance continue avec une forte corrélation avec l'âge. Leurcomportement de reproduction inclut diverses interactions sociales. Certaines espèces deLimnonectes (Dicroglossidae) ne montrent pas de caractères sexuels secondaires comme des sacsvocaux mais une hypercroissance de la tête chez les mâles. Dans les populations naturelles onobserve une distribution asymétrique des tailles du corps: peu de mâles ont une très grande taille.En revanche on trouve un certain nombre de mâles plus petits avec une tête "normale". Comme ona pu observer des comportements territoriaux, la présence d'un seul mâle de grande taillemontrant les caractères sexuels pleinement developpés semble indiquer la présence d'unehiérarchie entre individus, la présence d'un mâle dominant pouvant inhiber le développement deces caractères sexuels chez les autres mâles. Pour pouvoir tester cette hypothèse nous proposonsd'étudier l'âge par squelttochronologie et la taille des mâles ainsi que la maturité de leur gonadespar histologie. Enfin nous utliserons des microsatelites pour déterminer par analyse de paternité lacontribution des males des différents morphes à la réprocution dans les populations naturelles.


Les collections du muséum comportent un matériel très riche de ces grenouilles qui a été collectéavec l'aide de financements de PPF et ATM successifs lors de missions effectuées de 1997 à 2005dans plusieurs pays d'Asie du Sud-Est. L'identité spécifique de ces spécimens a été confirmée par lebarcoding (travail d'ATER de Stéphane Grosjean). Le genre a fait l'objet de divers travaux detaxonomie ce qui autorise une approche comparative fine. Nous collaborons avec des spécialistesde l'écologie comportementale et de l'histologie des gonades (Maria Ogielska, Wroclaw). Certainesespèces de ce groupe font objet d'un commerce pour la consommation par l'homme et devront fairel'objet d'inscription sur les listes CITES. Le sujet de thèse pourrait apporter des données sur labiologie des espèces qui seront utiles pour la conservation de celles-ci.


Si l'hypothèse de la présence d'un mâle dominant s'avère juste, il devrait y avoir des mâles de petitetaille, ayant des âges variés et qui atteignent ou dépassent l'âge du mâle dominant. Mais si l'âge eststrictement correlé à la taille, ceci indiquerait que les mâles de grande taille sont de rares individusqui atteignent des âges plus avancés que le reste de la population. La connaissance de cesstructures de populations permettra d'obtenir des informations sur le fonctionnement despopulations et les relations entre les individus. L'application de trois approches permettra

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d'obtenir des résultats originaux qui pourront être publiés dans des journaux à haut facteurd'impact de zoologie, d'anatomie ou d'herpétologie.


Les difficultés pourront venir de la qualité de conservation du matériel. Il faudra alors obtenir dumatériel en prêt ou bien en collecter sur le terrain. Notre équipe a les collaborations pour obtenir cematériel si nécessaire dans le temps imparti.


Année 1, semestre 1: bibliographie, sélection de spécimens, apprentissage de l'histologie(squelettochronologie, tissus mous).

Année 2 : acquisition des données (morphométrie, histologie); rédaction article descriptif d'uneespèce.

Année 3: rédaction article synthétique comparant les 3 espèces choisies et les différentesméthodes; intégration de ces manuscrits dans le format d'une thèse.

Publications :

Crochet, P.A. (2000) Genetic structure of avian populations - allozymes revisited. MolecularEcology, 9, 1463-1469.

Ohler, A.,Wollenberg, K. C., Grosjean, S., Hendrix, R., Vences, M., Ziegler T. and Dubois, A. (2011).Sorting out Lalos: description of new species and additional taxonomic data on megophryid frogsfrom Northern Indochina (genus Leptolalax, Megophryidae, Anura). Zootaxa, 3147: 1–83.

Grosjean, S., Strauss, A., Glos, J., Randrianiaina, R.-D., Ohler, A. & Vences, M. (2011) Morphologicaland ecological uniformity in the funnel-mouthed tadpoles of Malagasy litter frogs, subgenusChonomantis. Zoological Journal of the Linnean Society, no. doi: 10.1111/j.1096-3642.2010.00667.x

Ohler A. & Deuti K. (2013) Pyxicephalus khasianus Anderson, 1871 and Rana laticeps Boulenger,1882 (Dicroglossidae, Anura, Amphibia) are synonyms. Zoosystema, 35, 415-424.

Cofinancement : un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature,montant, durée : Divers financements pour le fonctionnement seront demandés


Le candidat devrait avoir de l'expérience et le goût des approches morphologiques et des analysesstatistiques dans un contexte évolutionniste. Il devrait être prêt à se former à des approchesoriginales comme l'histologie.

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Répétabilité du processus de spéciation chez des papillons néotropicaux

Directeur de thèse HDR : Claire Villemant

Courriel : [email protected], [email protected] (écrire aux deux adresses)

Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Institut de Systématique etEvolution de la Biodiversité, ISYEB, UMR7205

Equipe (intitulé, directeur) : Diversité Périspécifique, Spéciation, Interactions, Invasions.(directeurs: Marianne Elias et Michel Baylac)

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Vincent Lefebvre, 2è année, co-direction Christophe Daugeron

Co-directeur(s) HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Emmanuelle Jacquin-Joly, Institut d’écologie et des sciences de l’environnement deParis (iEES), département ECOSENS, 1 doctorant en co-direction, 3è année

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Marianne Elias (encadrant principal), ISYEB, UMR7205, équipe DiversitéPérispécifique, Spéciation, Interactions, Invasions, aucun doctorant

Sujet :

La spéciation, correspondant à l'évolution de l'isolement reproducteur entre groupes d'individus,est un processus fondamental à l'origine de la diversité biologique. Pourtant, les mécanismes sous-jacents sont encore mal compris, particulièrement au niveau génomique. La mise en place del'isolement reproducteur au sein de différents taxons repose-t-elle sur des mécanismes semblables? Pour cette thèse, nous proposons d’examiner la répétabilité au niveau génomique de la spéciation.Nous tirerons parti du potentiel de réplication exceptionnel d’une ‘zone de suture’ située au pieddes Andes, où coïncident de multiples zones d'hybridations entre lignées amazoniennes et andinesde papillons mimétiques. Ces lignées diffèrent pour plusieurs traits, en particulier le patron decoloration mimétique.

Pour 8 espèces communes, nous allons (1) caractériser les patrons génomiques de divergence etl'architecture génétique de l'isolement reproducteur, à l'aide de marqueurs RADseq (scansgénomiques, analyses d'introgression); (2) identifier les bases génomiques de la variation dupatron de coloration et des recepteurs phéromonaux, des traits impliqués dans la spéciation(cartographie génétique, RNAseq et annotation de 2 génomes de reference); (3) analyser de façoncomparative les relations entre divergence et isolement reproducteur chez les différentes espèces,et comparer nos résultats avec ceux obtenus chez d'autres Lépidoptères, en particulier d'autrespapillons mimétiques.


La question de la réplicabilité en biologie évolutive est fondamentale, car elle permet decomprendre comment la vie s’est diversifiée et de prédire comment les organismes réagiront auxchangements futurs. Des travaux récents révèlent que des adaptations semblables sont souvent(mais pas toujours) déterminées par les mêmes gènes. Mais aucune étude ne s'est à ce jour focaliséesur la répétabilité du processus de spéciation à une large échelle. Ce projet novateur s'inscrit dansle cadre d'une ANR (2015-2018, coordinée par Marianne Elias), dont les partenaires ont une grandeexpertise pour le groupe étudié et pour la génomique de l'adaptation et de la spéciation.


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La combinaison unique d’approches innovantes dans un cadre comparatif mettra en évidence desgénéralités dans le processus de spéciation (par exemple, nous nous attendons à un rôle chezplusieurs espèces des régions contrôlant le patron mimétiques), mais aussi des particularités. Leprojet apportera également un test à large échelle des modèles actuels de spéciation, et permettrad’identifier les régions génomiques qui déterminent la variation phénotypique associée à laspéciation.

Publications escomptées:

- cas détaillés (1 espèce à la fois) de divergence génomique et architecture de la spéciation

- bases génomiques de la variation phénotypique

- 2 génomes annotés

- analyse comparative (divergence et isolement) chez les 8 espèces


Ce projet présente peu de risques. Le matériel est en partie collecté, et le reste est facile à acquérir.Les techniques moléculaires sont au point , et nous travaillons en collaboration avec desbioinformaticiens à la pointe des analyses génomiques.


La totalité du matériel à analyser pour les RADseq sera collectée d'ici mi-2016, et les analysesmoléculaires se feront en 2016. Les croisements pour la cartographie génétique et l'obtention delignées consanguines pour les génomes commenceront en amont de la thèse, courant 2015, et sepoursuivront début 2016. Les analyses moléculaires et phénotypiques seront réalisées fin 2016.L'année 2017 sera consacrée à l'analyse bioinformatique et statistique des données. Lespublications seront écrites au fur et à mesure de l'obtention des résultats, en 2017 et 2018. La thèsesera rédigée en 2018.

Publications :

1- Chazot N, Willmott K, Santacruz Endera PG, Toporov A, Hill RI, Jiggins CD & M Elias. 2014.Filtering by elevation and mutualistic mimicry shape the structure of Andean butterflycommunities. American Naturalist 183, 26-39.

2- Heliconius Genome Consortium (2012). Butterfly genome reveals promiscuous exchange ofmimicry adaptations among species. Nature,487(7405), 94–98

3- Elias M, Faria R, Gompert Z & A Hendry. 2012. Factors Influencing Progress toward EcologicalSpeciation. International Journal of Ecology, vol. 2012, Article ID 235010

Cofinancement : un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature,montant, durée :

Le fonctionnement de cette thèse sera financé par l'ANR SPECREP (2015-2018, 498 k€),coordonnée par Marianne Elias, et s'appuyant sur 3 institutions partenaires et des collaborateursinternationaux. Le projet ANR finance un postdoc (aspects phénotypiques et comportementaux dela spéciation) et un ingénieur bioinformaticien (développement de logiciels de détection devariation moléculaire et d'assemblage de génomes), avec lesquels le doctorant interagiraétroitement. Du fait des contraintes des ANR sur les CDD (ceux-ci doivent représenter moins de30% du total du personnel impliqué) il n'a pas été possible de budgéter une thèse sur l'ANR, d'oùcette demande auprès de l'école doctorale.


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Le candidat sera autonome et aura un fort intérêt pour les questions évolutives. Une bonnemaîtrise de R et d'autres langages informatiques est indispensable. Une expérience de biologiemoléculaire est vivement souhaitée.

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UMR 7245 Molécules de communication et Adaptation des Microorganismes(MCAM)

Phytoplankton community REsponSe to Anthropogenic chanGEs: integrating ecosystemscomplexity through functional approaches (PRESAGE)

Réponse des communautés phytoplanctoniques aux changements de pressions anthropiques:intégrer la complexité des écosystèmes par des approches fonctionnelles

Directeur de thèse HDR : BERNARD, Cécile (PR)


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Molécules de Communicationet Adaptation des Micro-organismes, MCAM, UMR 7245 CNRS/MNHN

Equipe (intitulé, directeur) : Cyanobactéries, cyanotoxines et environnement (CCE), C. Bernard

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Aucun

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : CATHERINE, Arnaud (MCM), MCAM UMR 7245, équipe CCE, aucun doctorant encours d’encadrement

Sujet :

Comprendre comment les communautés phytoplanctoniques répondent aux facteursenvironnementaux est une question majeure en Ecologie Microbienne. Le phytoplancton joue unrôle central dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques, cependant les liens existant entreles perturbations environnementales (naturelles et anthropiques) et la nature et la structure(taxinomique et fonctionnelle) des communautés phytoplanctoniques sont insuffisamment décrits.Afin de clarifier ces liens, nous proposons d’utiliser une base de données à grande échelle des lacsd’Ile-de-France (des milieux contrastés en termes de pressions anthropiques) et alimentée depuisprès de 10 ans. Ces données incluent des inventaires phytoplanctoniques détaillés, lescaractéristiques physico-chimiques et biologiques des milieux échantillonnés mais également lescaractéristiques de leurs bassins versants. Ces données, originales par la diversité des paramètresdisponibles et leur importance (> 350 points de données), permettront d’évaluer l’impact despressions humaines sur la structuration taxinomique et fonctionnelle des communautésphytoplanctoniques. Tandis que les mécanismes de filtres environnementaux impactent trèscertainement la nature des communautés phytoplanctoniques, les processus de dispersion maiségalement les processus neutres (sensu Hubbell) peuvent être impliqués. Les données disponiblesconstituent un contexte particulièrement pertinent pour tester l'impact relatif de ces processus.


Ce projet fait suite à deux programmes de recherche nationaux (ANR SEST Cyanotox 2006-2009 etANR CEP&S PULSE 2010-2015) ayant permis de fédérer un groupe de laboratoire (UMR MCAM,iEES Paris, ESE Orsay, LEESU, UMR ECOSYM) autour de l’étude des pressions anthropiques sur lefonctionnement des systèmes aquatiques continentaux. Dans ce contexte, le projet bénéfieciera desintéractions en cours entre ces différentes équipes, notamment en ce qui concerne l'impact desperturbations anthropiques sur l'intégrité des systèmes aquatiques d'eau douce (coll. Gérard

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Lacroix, iEES Paris) mais également autour des question liées à l'étude de la diversité fonctionnelledes systèmes biologiques (coll. David Mouillot et Marc Troussellier UMR ECOSYSM).

Une collaboration avec un équipe anglaise (Lake Groupe - CEH Lancaster) est également envisagéeafin d’intégrer les données disponibles provenant des LTER* anglais et d’étendre la représentativitégéographique du jeu de données.

*LTER : Long-term ecological research network


Une synthèse des connaissances actuelles sur les facteurs impliqués dans la structuration descommunautés phytoplanctoniques et du rôle de la structure de ces communautés sur lefonctionnement des écosystèmes aquatiques fera l'objet de la rédaction d'un article de synthèselors de la première année de thèse. Sur la base des inventaires disponibles et d'une analyse de lalittérature, les caractéristiques fonctionnelles des communautés phytoplanctoniqueséchantillonnées seront étudiés. Nous évaluerons les facteurs impliqués dans la structuration de cescommunautés et développerons des modèles à but prédictif. Ces données devraient permettre lapublication de 2 à 3 articles supplémentaires dans des revues de rang A.


L'essentiel des données nécessaires à la réalisation des objectifs de cette thèse sont acquises, lesrisques et les imprévus sont donc limités.


Année 1 : Synthèse des connaissances sur les facteurs impliqués dans la structuration descommunautés phytoplanctoniques. Rédaction d’un article de synthèse. Acquisition descaractéristiques fonctionnelles des espèces phytoplanctoniques sur la base d'une étudebibliographique. Analyse de la diversité fonctionnelle des communautés phytoplanctoniqueséchantillonnées.

Année 2: Evaluation des liens entre diversité taxinomique et fonctionnelle. Analyse de l'impact despressions environnementales sur la nature et la structure des communautés phytoplanctoniques(e.g. partitionnement de variance, modélisation multivariée). Rédaction d'un à deux articles.

Année 3: Développement d'approches de modélisation à but prédictif. Redaction d'un article et dumanuscrit de thèse.

Publications :

Cécile Bernard:

Catherine A., Mouillot D., Maloufi S., Troussellier M., Bernard C. (2013) Projecting the Impact ofRegional Land-Use Change and Water Management Policies on Lake Water Quality: An Applicationto Periurban Lakes and Reservoirs. PLoS One 8(8):e72227.

Catherine A, Mouillot D, Escoffier N, Troussellier M & Bernard C (2010) Cost effective prediction ofthe eutrophication status of lakes and reservoirs. Freshwater Biology 55:2425-2435.

Catherine A, Bernard C & Troussellier M (2008) Design and application of a stratified samplingstrategy to study the regional distribution of cyanobacteria (Ile-de-France, France). Water Research42: 4989-5001.

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Arnaud Catherine:

Maloufi S., Catherine A.*, Mouillot D., Louvard A., Couté A., Troussellier M., Bernard C. (2014). Landuse heterogeneity among catchment areas promotes hyper β-diversity of phytoplanktoncommunities across urban regions. Global Ecology and Biogeography (Submitted).

Catherine A., Mouillot D., Maloufi S., Troussellier M., Bernard C. (2013) Projecting the Impact ofRegional Land-Use Change and Water Management Policies on Lake Water Quality: An Applicationto Periurban Lakes and Reservoirs. PLoS One 8(8):e72227.

Catherine A., Escoffier N., Belhocine A., Nasri A.B., Hamlaoui S., Yéprémian C., Bernard C.,Troussellier M. (2012). On the use of the FluoroProbe®, a phytoplankton quantification methodbased on fluorescence excitation spectra for large-scale surveys of lakes and reservoirs. WaterResearch 46:1771-1784.

Cofinancement : Une demande ANR de financement sera presentee l’an prochain dans unethématique de recherche proche de celle développée dans le cadre de ce sujet de thèse. Cependant,les ressources propres de notre equipe nous permettent d’ores et deja d’assurer le financement dufonctionnement de ces travaux. Le projet de thèse requiert peu de resources en terme defonctionnement, l'essentiel des données étant d'ores et déjà disponibles.


Le(a) candidat(e) aura de solides connaissances des processus impliqués dans le fonctionnementdes ecosystemes et preferentiellement une specialisation en ecologie microbienne aquatique. Lamaîtrise de R est indispensable.

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Adapatation des parasites à leurs hôtes: rôle des phospholipases dans le paludisme

Directeur de thèse HDR : Philippe Grellier


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : UMR7245 MCAM

Equipe (intitulé, directeur) : Biodiversité et Adaptation des Microorganismes Eucaryotes à leurEnvironnement (BAMEE), co-direction: Isabelle Florent et Coralie Martin

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : SARAIVA GARCIA Carlos Henrique, 3ème année, Dr Sébastien Charneau - Universitéde Brasilia, Brésil, thèse en co-tutelle UPMC-Université de Brasilia)

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Christiane Deregnaucourt, UMR7245, équipe BAMEE (CR1 CNRS)

Sujet :

Le sujet concerne les interactions hôtes-parasites et plus particulièrement le paludisme chezl'Homme et dans un modèle souris. Le parasite est un protozoaire du genre Plasmodium. Son cyclebiologique se déroule en grande partie dans le compartiment sanguin d'un hôte mammifère. Chezl'Homme, le parasite induit une élévation anormale du taux circulant d'une enzyme de la famille desphospholipases (PLA2 IIA). On ne connaît pas son rôle dans l'infection paludéenne mais elle estconnue pour avoir une activité anti-bactérienne et pro-inflammatoire.

L'objectif de la thèse sera d'appréhender le rôle et le(s) mécanisme(s) d'action de la PLA2 IIA dansdifférentes situations de paludisme en s'appuyant sur des espèces de Plasmodium en collection aulaboratoire et adaptées : 1/ aux modèles murins du paludisme et 2/ à la culture in vitro sur desglobules rouges.

Le sujet mettra à profit l'utilisation de souris transgéniques qui fabriquent et sécrètent de la PLA2IIA humaine. En effet nos résultats préliminaires suggèrent que ces souris contrôlent mieuxl'infection par le Plasmodium de rongeur P. chabaudi.

Le travail de thèse fera intervenir différentes approches in vivo et in vitro ainsi qu'un ensemble detechniques telles que la cytométrie en flux, l'histologie, la PCR quantitative, l'immunomarquage etdes tests biochimiques, techniques maîtrisées dans le laboratoire.


A notre connaissance, bien que la bibliographie et les études portant sur les PLA2 soient trèsfournies et touchent à divers aspects du monde vivant (venins animaux, pathologies…), aucungroupe ne consacre actuellement sa recherche au rôle des PLA2 de l'hôte dans le paludisme.L'augmentation du taux de PLA2 IIA dans le sérum de malades du paludisme a été révélée au débutdes années 90 mais n'a pas été étudiée plus avant. Les souris transgéniques pour la PLA2 IIA n'ontjamais été utilisées dans les recherches sur le paludisme. De même, la recherche d'autres PLA2 chezles malades n'a pas été faite; notre Unité est donc pionnière dans cette étude, n'est pas encompétition directe, et a un rôle à jouer dans l'avancée des connaissances sur le sujet.


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L'infection des souris transgéniques (Tg) par P. chabaudi sera répétée et complétée par l'analyse dedifférents paramètres sanguins et tissulaires. Cette étude, totalement originale, fera l'objet d'une1ère publication. Un deuxième volet d'étude portera sur les mécanismes moléculaires et cellulairesmis en jeu par la PLA2 IIA chez les souris Tg infectées. Ceci s'accompagnera d'études in vitro etpermettra une 2ème publication. Il est prévu aussi d'analyser chez les souris Tg le syndromeneurologique normalement induit par une autre espèce de Plasmodium, P. berghei, chez la souris.En effet, le rôle connu de la PLA2 IIA dans l'inflammation permet d'envisager une modification dusyndrome, et d'en comprendre la mise en place.

Possibilité de réorientation 5 (250 caractères espaces compris) :

Le rôle d'autres PLA2 dans l'infection et/ou l'utilisation thérapeutique de PLA2 de venins pourrontfaire l'objet d'une réorientation s'appuyant sur des résultats déjà acquis au laboratoire.


Au cours de la 1ère année sont prévues deux expériences d'infection des souris transgéniques parP. chabaudi, avec collecte et analyse d'échantillons sanguins et tissulaires. L'analyse se poursuivrasur la 2ème année, avec des expériences (in vitro et in vivo) visant à décrypter les mécanismesmoléculaires et cellulaires liés à l'"effet" PLA2 IIA chez les souris Tg infectées. L'infection des sourisTg par P. berghei est envisagée en fin de 2ème année, avec récupération et analyse d'échantillonsbiologiques. La 3ème année sera consacrée à la finalisation (envisager les répétitions nécessaires)des travaux engagés. La somme des travaux devrait donner matière à plusieurs publications.

Publications :

- "In vitro anti-Plasmodium properties of the full set of human secreted phospholipases A2". CaroleGuillaume, Christine Payré, Ikram Jemel, Louise Jeammet, Sofiane Bezzine, Gajendra S Naika, JamesG Bollinger, Philippe Grellier, Michael H Gelb, Joseph Schrével, Christiane Deregnaucourt. Infectionand Immunity (under review).

-"Advances in antimalarial drug evaluation and new targets for antimalarials". Grellier P,Deregnaucourt C, Florent I. In "Malaria Parasites", ISBN 979-953-307-072-7, february 2012.

- "Interplay between lipoproteins and bee venom phospholipase A2 in relation to their anti-Plasmodium toxicity". Carole Guillaume, Catherine Calzada, Michel Lagarde, Joseph Schrével andChristiane Deregnaucourt. 2006, J. Lipid Res. 47, 1493-1506


Le/la candidat(e) devra posséder de bonnes connaissances en biochimie et en physiologie animale.Un intérêt pour la Parasitologie serait souhaitable.

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Caractérisation de la signalisation par les oxylipines dans la communication chimique entrel’endophyte Paraconiothyrium variabile et des phytopathogènes fongiques d’intérêt

agronomique

Directeur de thèse HDR : Soizic Prado


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : UMR 7245, Molécules deCommunication et Adaptation des Micro-organismes

Equipe (intitulé, directeur) : Chimie des Produits Naturels Fongiques

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Marine Vallet 3ème année (ED227, soutenance octobre 2015), Ambre Dezaire 1ère

année (Co-direction ED 394 UPMC)

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Caroline Kunz, UMR 7245, Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes, Chimie des Produits Naturels Fongiques

Sujet :

Les endophytes fongiques, micro-organismes habitant les organes de plantes sans causer dedommage apparent, peuvent conférer à leur plante hôte une protection contre des stress biotiques.Des travaux récents du laboratoire suggèrent que cette protection serait médiée par la productionde médiateurs chimiques clés. Ainsi, nous proposons un rôle primordial de deux oxylipines (13-oxo-ODE et 13-HPODE) dans l’interaction entre le champignon endophyte Paraconiothyriumvariabile et le phytopathogène Fusarium oxysporum et la faculté de ces composés à inhiber laproduction de mycotoxine du pathogène. Ces résultats majeurs ont par ailleurs motivé leséquençage du génome de l’endophyte P. variabile. Les oxylipines ont été bien décrites chez lechampignon modèle Aspergillus nidulans ainsi que chez les plantes, où elles ont un rôle primordialdans le système de défense. Cependant à ce jour, peu de données existent sur l’impact de cesmédiateurs chimiques dans les interactions endophytes-environnement biotique. Ce projet de thèsepluridisciplinaire à l’interface entre la chimie et la mycologie a donc pour objectif de (1) identifierles gènes codant pour les enzymes de biosynthèse responsables de la production des oxylipinesgrâce à la disponibilité du génome de l’endophyte, (2) de comprendre la régulation de ces gènes enprésence de phytopathogènes et (3) d’élucider le spectre d’action des oxylipines sur la productiondes mycotoxines fongiques en vue d’applications biotechnologiques.


Ce projet s’inscrit dans le cadre du programme de recherche initié au laboratoire sur l’étude deschampignons endophytes associés aux végétaux. Ce projet se propose d’associer deux expertises(chimie et mycologie) pour décrypter à l’échelle moléculaire les interactions entre endophyte etenvironemment biotique par le biais d’une signalisation chimique oxylipines et d'apporter deséléments au rôle des endophytes dans leur relation avec la plante hôte. En effet, malgré unebibliographie croissante attestant de l’originalité et de la diversité chimiques des métabolitesd’endophytes, la compréhension de leur rôle dans les interactions interspecifiques et de leurrégulation est encore peu explorée. Ce projet constituera un champ thématique spécifique à notrelaboratoire s’appuyant sur le premier génome endophyte foliaire Non-Clavicipitaceae séquencé etsur un système performant de transformation génétique.

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Nous postulons qu’une activité manganèse lipoxygénase de P. variabile est à l’origine de laproduction spécifique des deux oxylipines. L’analyse des mutants déficients pour les deux gènesMn-lox présents sur le génome nous permettra de démontrer leur rôle dans la production de cescomposés au cours de l’interaction endophyte-phytopathogène (une publication) et une approcheqRT-PCR permettra d’étudier la régulation de ces gènes lors de la confrontation (une publication).Une analyse métabolomique différentielle de la production d’autres mycotoxines fongiques enprésence des mutants Mn-lox et de la souche sauvage de P. variabile nous permettra d’étudierl’influence de ces oxylipines sur la production des mycotoxines (une à deux publications).


Les oxylipines constituent une large famille d’acides gras oxydés impliqués dans la régulation desréponses environnementales. Ainsi, d’autres lipoxygénases que les Mn-Lox pourront être étudiéesgrâce au séquençage du génome de P. variabile.


1ère année : Obtention et caractérisation biologique et chimique des mutants Mn-lox chez P.variabile (présence de deux gènes Mn-lox). Etude de la régulation des gènes Mn-lox par qRT-PCR enprésence de F. oxysporum.

2ème année : Etude de la régulation des gènes Mn-lox par qRT-PCR en présence de diversphytopathogènes d’intérêt agronomique.

3ème année : Etudes de l’effet de la signalisation par les oxylipines de l'endophyte sur la productiondes mycotoxines produites par ces phytopathogènes selon une approche de métabolomiquedifférentielle en présence de P. variabile souche sauvage et mutants Mn-lox.

Publications :

Prado, S. and Nay B. 2011. Diversity and Ecological Significance of fungal Endophyte NaturalProducts. In: Atta-Ur-Rahman, editor. Studies in Natural Products Chemistry: Elsevier SciencePublishers-Amsterdam.

Combès, A., Ndoye , I., Bance, C., Bruzaud, J., Djediat, C., Dupont, J., Nay, B. and Prado, S. 2012.Chemical communication between the endophytic fungus Paraconiothyrium variabile and thephytopathogen Fusarium oxysporum. Plos One, 7 (10): e47313

Tian, Y., Amans, S., Buisson, D., Kunz, C., Hachette, F., Dupont, J., Nay, B. and Prado, S. 2014. Thefungal leaf endophyte Paraconiothyrium variabile specifically metabolizes the host-plantmetabolome for its own benefit. Phytochemistry, 108, 95-101


Le candidat devra posséder des bonnes connaissances en microbiologie moléculaire et avoir desnotions en chimie. Le candidat devra également s’intéresser aux interactions plante - micro-organismes.

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Couches S des bactéries et archées : diversité et rôle dans la biominéralisation et la survie enconditions extrêmes

Directeur de thèse HDR : Séverine ZIRAH


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Molécules de Communicationet Adaptation des Microorganismes (MCAM), UMR 7245 CNRS/MNHN

Equipe (intitulé, directeur) : Molécules de Défense et de Communication dans les EcosystèmesMicrobiens (MDCEM), Marie-Lise BOURGUET-KONDRACKI et Yanyan LI

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : 1 : Jimmy MEVAERE, 2ème année, co-encadrement par Yanyan LI

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Adrienne KISH, Unité MCAM, Equipe MDCEM, pas de doctorants encadrésactuellement

Sujet :

De nombreux procaryotes possèdent une couche de surface (couche S), qui forme une matriceparacristalline rigide à la surface cellulaire et joue un rôle important dans l’intégrité de la paroicellulaire et la protection face aux pressions environnementales. Les couches S sont distribuées ausein de tous les grands groupes phylogénétiques de bactéries et d’archées, et sont proposéescomme une des premières formes de paroi cellulaire. Elles sont constituées d’un auto-assemblagerégulier de protéines ou de glycoprotéines. La glycosylation des protéines de couche S montre unegrande diversité et apparait impliquée dans l’auto-assemblage et la fonction biologique des couchesS.

Les couches S contribuent à la tolérance des procaryotes à de fortes concentrations en ionsinorganiques (métal, radionucléide, sel), par biosorption et/ou biominéralisation. Labiominéralisation par les couches S apparaît conduire à une « mue », où la couche S minéralisée estlibérée tandis qu’une nouvelle est produite. Ce mécanisme a été proposé pour des cyanobactériesmais n’a pas clairement été démontré. Dans l’équipe d’accueil, un mécanisme similaire est proposéchez des bactéries du genre Lysinibacillus.

Le sujet de thèse proposé vise à examiner, à l’échelle moléculaire et cellulaire, le rôle des couches Sdans les interactions minéral/vivant chez les procaryotes, et en particulier le lien entreglycosylation et capacité de biominéralisation chez différentes bactéries et archées extrêmophiles.


Les propriétés d’auto-assemblage et de biosorption des couches S ont été étudiées par différenteséquipes internationales pour leur exploitation en biotechnologie. Les glycosylations des couches Sont été largement explorées chez les archées et bactéries pathogènes. Toutefois, rien n’est connusur les glycosylations des couches S bactériennes dans un contexte environnemental. Un rôle desglycosylations a été montré pour d’autres protéines induisant une biominéralisation (protéines desurface d’échinodermes), ce qui motive notre choix d’examiner cette hypothèse pour les couches S.L'originalité du sujet est d’associer une caractérisation biochimique à l’étude d’interactionsminéral/vivant et de proposer une approche comparative de bactéries et archées, offrant une basemoléculaire à la compréhension de l’adaptation des procaryotes à leur environnement.

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Ce projet repose sur des collaborations interdisciplinaires avec le CEA et l’IMPMC (UMR 7590UPMC-MNHN-CNRS).


(1) Caractérisation des glycosylations de 2 protéines de couche S → Article 1 : Diversité moléculairedes couches S de Lysinibacillus (protéines issues de 2 souches tolérantes aux métaux, qui sontfortement glycosylées) / parallèle avec les capacités de séquestrations des métaux.

(2) Relations entre structure primaire et biominéralisation des métaux par les protéines de coucheS de Lysinibacillus, rôle de la glycosylation, comparaisons avec des couches S d’archées thermophileet halophile possédant des glycosylations différentes déjà connues → Article 2 : Couches S,glycosylation et biominéralisation chez les procaryotes.

(3) Mise en évidence du mécanisme de mue d’une couche S de Lysinibacillus biominéralisée →Article 3.


Ce projet repose sur des approches innovantes, mais maîtrisées au laboratoire: le risque est donclimité. Les couches S d'archées sont déjà caractérisées et constituent une alternative à lacaractérisation moléculaire des couches S de Lysinibacillus.


Des résultats antérieurs de l'équipe sur les couches S de Lysinibacillus: séquençage des protéines,mise en évidence de glycosylations, biominéralisation et « mue » observées par microscopieélectronique, assurent la faisabilité de chaque partie du projet.

0-12 mois : Caractérisation des glycosylations (LC-MS/MS, RMN). Rédaction article 1.

6-30 mois : Relations structure primaire / biominéralisation : Analyse moléculaire (LC-MS/MS) etcellulaire (MEB, MET/EDX) de cellules entières ou de couches S purifiées avec ou sansglycosylations, mises en présence de métaux.

12-30 mois : Mise en évidence du mécanisme de mue : MEB, MET/EDX et expériences de « pulse-chase » avec marqueurs isotopiques.

24-36 mois : Rédaction des articles et de la thèse.

Publications :

Bauvais C, Zirah S, Piette L, Chaspoul F, Domart-Coulon I, Chapon V, Gallice P, Rebuffat S, Pérez T,Bourguet-Kondracki ML. Sponging up metals: Bacteria associated with the marine sponge Spongiaofficinalis. Marine Environmental Research 2015, 104:20-30.

Kish A., Griffin P.L., Rogers K.L., Fogel M.L., Hemley R.J., Steele A. High-pressure tolerance inHalobacterium salinarum NRC-1 and other non-piezophilic prokaryotes. Extremophiles 2012, 16,355-61.

François F, Lombard C, Guigner JM, Soreau P, Brian-Jaisson F, Martino G, Vandervennet M, Garcia D,Molinier AL, Pignol D, Peduzzi J, Zirah S, Rebuffat S. Isolation and characterization of environmental

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bacteria capable of extracellular biosorption of mercury. Applied Environmental Microbiology2012, 7:1097-106.

Profil du candidat recherché : Titulaire d’un master de biochimie ou biologie avec desconnaissances en biochimie analytique et en microbiologie et un intérêt pour l’interdisciplinarité.Une expérience en microscopie électronique et/ou spectrométrie de masse seront appréciées.

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UMR 7590 Institut de Minéralogie de Physique des Matériaux et deCosmochimie

Minéralogie et composition isotopique des phases d'altération des premières roches dusystème solaire : de l'eau en phase vapeur à proximité du Soleil jeune ?

Directeur de thèse HDR: Jérôme Aléon


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Institut de Minéralogie dePhysique des Matériaux et de Cosmochimie, UMR 7590

Equipe (intitulé, directeur) : cosmochimie, responsable : Matthieu Gounelle


Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Alice Aléon-Toppani, MdC Univ. Paris Sud, Institut d'Astrophysique Spatiale UMR8617, équipes planétologie et astrochimie, 0 doctorants en cours d'encadrement

Sujet :

Les planètes telluriques sont caractérisées par des appauvrissements forts en éléments volatils et ilest couramment accepté que l'eau de la Terre a été apportée par un bombardement tardif par descorps glacés issus des confins du système solaire. Il existe cependant des indices suggérant que lesobjets du système solaire interne aient pu être formés en présence de vapeur d'eau dans le disqueprotoplanétaire. L'objectif de cette thèse est de rechercher un enregistrement de la présence d'eaudans les objets les plus anciens formés dans le système solaire dont on dispose au laboratoire et quiprédatent la formation des planètes: les inclusions réfractaires des chondrites, riches en calcium etaluminium (CAIs). Les CAIs qui sont principalement anhydres et réduites contiennent néanmoinsdes microphases secondaires résultant d'une altération aqueuse. Cette thèse visera à caractériserces microphases et à les comparer à des analogues de laboratoires ayant subi soit une altération àpression atmosphérique en conditions astéroidales soit une altération sous vide partiel dans lesconditions du disque protoplanétaire. Le couplage de la minéralogie et de la composition isotopiqued'hydrogène permettra de démontrer quelles phases ont pu se former par des circulationshydrothermales tardives sur le corps parent et lesquelles résultent d'interactions précoces avec ungaz chaud contenant de la vapeur d'eau.


La formation des plus vieilles roches du système solaire et l'origine de l'eau dans le système solaireinterne sont deux sujets très conccurentiels. Malgré un consensus sur les grandes lignes, denombreux aspects de la formation des CAIs restent encore inexpliqués ou mal compris commel'origine de leurs anomalies isotopiques. Elles font de ce fait l'objet de nombreuses études chaqueannée. En France, leur étude est principlament portée par le proposant et par le groupe de MarcChaussidon (IPGP) pour l'aspect chronologique. L'origine de l'eau dans le système solaire internefait l'objet d'un débat constant qui implique un grand nombre d'équipe dans le monde y compris enFrance. Le consensus sur un apport tardif est remis en cause depuis peu par l'étude des rocheslunaires, des météorites différenciées et par des expériences de laboratoire suggérant desprécurseurs oxydés plutôt que réduits. Ce sont deux domaines très dynamiques où les remises encause sont fréquentes.

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Un minimum de trois publications est attendu sur ce sujet : (1) une première publication à mi-thèsesur les développements méthodologiques permettant de coupler analyse isotopique de H parNanoSIMS et microscopie électronique en transmission sur des sections ultra-minces, (2) étude desanalogues de laboratoires et prédictions sur les signatures attendues et (3) étude des échantillonsnaturels et implications sur la formation planétaire. En fonction des résultats obtenus, les points (2)et (3) peuvent éventuellement faire l'objet de plus de publications.


En cas de problème analytique le travail pourra se focaliser sur (1) les microphases les plus richesen eau ; (2) découplage microscopie - isotopie avec des analyses séparées sur des phases identiquesdans des conditions plus classiques


Echantillons naturels déjà bien connus et étudiés par les proposants. Accès privilégié à la NanoSIMSde l'IMPMC pour les isotopes de H, expertise de J. Aléon pour l'analyse SIMS des éléments légers.Une partie des sections ultraminces déjà réalisées par FIB pour entamer directement le travail. Lessynthèse d'analogues de laboratoires utiliseront des expériences déjà existant à l'IAS et encollaboration avec le CRPG (Nancy). Expertise MET d'A. Aléon-Toppani. Expertise des deuxproposants sur les CAIs depuis plus de 12 ans.

Publications :

J. Aléon, A. El Goresy and E. Zinner (2007) Oxygen isotope heterogeneities in the earliest protosolargas recorded in a meteoritic Calcium-Aluminum-rich Inclusion. Earth and Planetary Science Letters,263, 114-127.

J. Aléon (2010) Multiple origins of nitrogen isotopic anomalies in meteorites and comets.Astrophysical Journal 722, 1342-1351.

Charnoz, S., Aléon J., Chaumard, N. and Taillifet E. (2015) Growth of calcium-aluminum-richinclusions by coagulation and fragmentation in a turbulent protoplanetary disk. Icarus. In press.

Toppani A., Robert F., Libourel G., De Donato P., Barres O., d’Hendecourt L. and Ghanbaja J. (2005) A‘dry’ condensation origin for circumstellar carbonates. Nature 437, 1121-1124

A. Toppani, G. Libourel, F. Robert and J. Ghanbaja (2006) Laboratory condensation of refractorydust in protosolar and circumstellar conditions. Geochimica et Cosmochimica Acta 70, 5035-5060

Paque J. M., Beckett J. R., Ishii H. A., Aléon-Toppani A., Burnett D. S., Teslich N., Dai Z. R., and BradleyJ. P. (2009) The formation of boundary clinopyroxenes and associated glass veins in type B1 CAIs.Metoritics and Planetary Science 44, 665-687.


Formation en sciences de la Terre. Une expérience en minéralogie, pétrologie, géochimie est unplus. Eventuellement en planétologie.

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UMR 8197 Institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure (IBENS)

Effets des interactions interspecifiques sur la diversification

Directeur de these HDR: Helene Morlon

Courriel: [email protected]

Unite du directeur de these de recherche (intitule, label, numero): Institut de Biologie de l’EcoleNormale Superieure (IBENS), UMR CNRS 8197

Equipe (intitule, directeur): Eco-Evolution Mathematique (directeur Regis Ferriere)

Doctorants en cours d’encadrement (prenom, nom, nombre d’annees d’inscription, codirecteursle cas echeant): Marc Manceau (etudiant ENS en pre-these), co-dirige par Amaury Lambert (UPMC,College de France)

Co-directeur(s) HDR, si c’est le cas : prenom, nom, unite, equipe, doctorants en coursd’encadrement : Nicolas Loeuille, Institute of Ecology and Environmental Sciences (iEES – Paris),UMR CNRS 7618, equipe Ecology et Evolution des Reseaux d’Interactions (EERI), Aurore Picot (apartir de Septembre), co-dirigee par Thibaud Monnin (iEES)

Sujet :

L’arbre de la vie contient une source d’information riche pour etudier comment les interactionsentre especes faconnent l’evolution sur des echelles de temps longues. Cependant, les methodesactuelles permettant d’inferer des processus macroevolutifs a partir de donnees phylogenetiquesne prennent pas directement en compte les interactions interspecifiques. Le but general de ceprojet de these est d’analyser l’effet des interactions interspecifiques sur la diversification. La thesesera articulee autour de trois chapitres. Tout d’abord, une nouvelle approche s’appuyant sur lesprocessus de Hawkes sera developpee afin de tester l’effet des interactions ecologiques sur les tauxde diversification a partir de donnees phylogenetiques. Dans un deuxieme temps, la performance deces approches sera testee par simulation. La troisieme etape consistera en l’application empiriquede ces approches pour analyser le role des interactions interspecifiques sur la diversification dansla nature. Nous considererons des interactions de type « plantes nurses » - beneficiaire(facilitation), hote- pathogene (parasitisme), et plante-pollinisateur (mutualisme). Cette theseavancera le domaine de la macroevolution de facon significative, en apportant une approchestatistique robuste pour tester la coevolution a partir de donnees phylogenetiques ainsi que desresultats nouveaux sur le role des interactions interspecifiques sur la dynamique a long terme de labiodiversite.


La communaute francaise etudiant les reseaux d’interaction est de tres haut niveau (chercheurs del’EERI, S. Kefi a Montpellier, C. Fontaine au MNHN). Cependant, les aspects evolutifs concernant lesreseaux d’interaction sont beaucoup moins developpes ; N. Loeuille est l’une des personnes les plusimpliquees dans ces developpements au niveau national et international. D’un autre cote, lacommunaute francaise developpant des approches phylogenetiques pour etudier la diversificationest assez restreinte (E. Paradis, Montpellier) ; H. Morlon a ete tres dynamique dans ce domaine surle plan national et international ces dernieres annees. L’originalite du present projet est deconnecter ces deux communautes afin d’etudier l’impact des interactions interspecifiques sur ladiversification, en utilisant une nouvelle approche (le processus de Hawkes). Une telle demarchen’existe ni sur le plan

national ni sur le plan international, et a d’importantes implications pour l’etude de lacodiversification.

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Cette these fournira une approche pour tester l’effet des interactions interspecifiques sur ladiversification. Des codes R seront integres au package RPANDA developpe par H.M. Nous nousattendons a pouvoir evaluer la frequence relative des interactions interspecifiques ayant un effetpositif, negatif ou neutre sur la diversification. Nous evaluerons egalement le lien entre typed’interaction (e.g. facilitiation, parasitisme) et effet (positif ou negatif) sur la diversification. Chacundes trois chapitres de la these donnera lieu a au moins un article de rang A, en bioinformatique eten ecologie ou, etant donne l’impact potentiel des resultats, dans des revues generalistes. Le(la)doctorant(e) sera premier auteur sur ces articles.


Si l’application des processus de Hawkes a l’etude phylogenetique de la diversification se reveletrop difficile, il sera possible d’avoir recours a des simulations massives pour utiliser les techniquesde fit de modeles par calcul bayesien approche.


H. Morlon a deja commence a developper l’application du processus de Hawkes a l’analysephylogenetique, ce qui reduit considerablement les risques de ce projet particulierement novateur.La premiere annee sera consacree a la finalisation du developpement des outils phylogenetiques etau test de leur performance par simulation. Les applications empiriques seront abordees a compterde la deuxieme annee et beneficieront largement de l’expertise de S. Kefi et N. Loeuille. Les sixderniers mois seront consacres a la finalisation de la these.

Publications (une a trois publications recentes de l’encadrement, en rapport avec le sujet de thesetitre des articles in extenso etc....):

Morlon, H. (2014) Phylogenetic approaches for studying diversification.

Article first Rolland, J., Condamine, F.L., Jiguet, F., Morlon, H. (2014) Faster speciation and reducedextinction

published online: 7 Feb 2014) in the tropics contribute to the mammalian latitudinal diversitygradient. PloS Biology 12(1): e1001775

Morlon, H., Parsons, T.L., Plotkin, J. (2011) Reconciling molecular phylogenies with the fossilrecord. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 108: 16327-163

Loeuille, N. & Leibold, M. A. (2014) Effects of Local Negative Feedbacks on the Evolution of Specieswithin Metacommunities. Ecology Letters doi:10.1111/ele.12258

Loeuille, N. (2010) Influence of evolution on the stability of ecological communities. EcologyLetters, 13, 1536-1545.

Loeuille, N. & Loreau, M. (2005) Evolutionary emergence of size-structured food webs. Proceedingsof the National Academy of Sciences USA: 102(16), 5761-5766

Cofinancement: un cofinancement eventuel a-t-il ete obtenu sur ce projet ? Si oui, nature, montant,duree: non

Profil du candidat recherche:

Par ordre de priorite, le candidat devra avoir de solides competences en mathematiques,programmation, phylogenetique, analyse des reseaux d’especes, macroevolution, et ecologie desinteractions.

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Analyse et prédiction des patterns spatio-temporels de dengue en Asie du sud-est

Directeur de thèse HDR : Bernard Cazelles


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : UMR 8197

Equipe (intitulé, directeur) : Eco-Evolution Mathématique, Directeur Régis Ferrière

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : - Benoit Randuineau, 3ème année de Thèse, co-encadrement (50%) avec le Dr.Hung Nguyen Viet (Hanoi School of Public Health) et le Dr. Benjamin Roche (UMMISCO, IRD)

Sujet :

En Asie du sud-est les épidémies de dengue sont caractérisées par une forte saisonnalité mais aussipar une structuration spatiale. Une analyse en cours montre avec du “wavelet clustering” qu’enThaïlande les propriétés dynamiques des séries temporelles présentent un pattern spatio-temporelextrêmement bien défini géographiquement. Malgré son importance cette structuration est peuétudiée. Une question centrale sera donc de savoir si cette structuration peut s’expliquer parl’influence des facteurs climatiques, par celle de facteurs socio-économiques, par la dynamiqueintrinsèque de la dengue, ou par une résonnance complexe entre ces différents facteurs. L’objectifsera donc de quantifier le rôle de ces différents facteurs afin d’expliquer les patterns épidémiquesobservées en Thaïlande et au Cambodge en combinant des approches d’analyses statistiques et desmodèles mécanistes. Pour ce qui est des approches statistiques les outils issus du “MachineLearning” (eg random forest ; réseaux bayésiens) pourront être utilisés. Pour la modélisation, lecadre des modèles d’espaces d’états sera utilisé couplé à des méthodes d’inférence bayésiennes. Cesméthodes permettent de considérer les caractéristiques des données disponibles : observationpartielle, non linéarité, composantes stochastiques. De plus, elles permettent d’estimer lavraisemblance des modèles, et donc de faire de la sélection de modèles et ainsi de tester lapertinence des différentes hypothèses proposées.


La dengue est une maladie vectorielle ubiquiste dans les zones tropicales et sub-tropicales. Sadistribution géographique est en pleine expansion. Cette expansion importante peut s’expliquer parune combinaison de différents phénomènes : une importante urbanisation incontrôlée, desconditions de pauvretés criantes et une augmentation des échanges, phénomènes qui tousfavorisent une augmentation du transport et des échanges entre vecteurs, virus et humains deszones épidémiques et endémiques. A cela se rajoute le rôle du climat et de ses modifications. Al’heure où les vaccins contre la dengue rentre dans leur dernière phase de test, il est crucial, afind’optimiser les futures campagnes de vaccination, de mieux comprendre quels sont lesdéterminants majeures de la propagation de la dengue à différentes échelles, pays, provinces,districts, grandes agglomérations…


Ce travail permettra une comparaison de la vraisemblance de différents modèles mécanistesconstruits avec différentes hypothèses, afin de mettre en exergue les hypothèses les pluspertinentes pour expliquer les patterns spatio-temporels de la dengue en Thaïlande et au

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Cambodge. Au préalable, les méthodes statistiques auront permis de sélectionner les variablesexogènes les plus significatives et qui auront été choisies pour être dans les modèles mécanistes.L’objectif final serait de pouvoir explorer différents scénarii afin de guider les premiers essais devaccination à une grande échelle spatiale.

Pour ce qui concerne la politique de publication, elle se fera en synergie avec de 2 projets, DenFREE(FP7 2012) et PANIC (ANR 2014).


Ce travail se déroulera dans le cadre de DenFREE (FP7 2012) et PANIC (ANR 2014). Ces projets ontpour objectif de mieux comprendre les épidémies de dengue en Thaïlande et au Cambodge. Ilspermettront de faire émerger des thématiques de substitution.


Ce travail bénéficiera de la synergie avec 2 projets financés, pour le partage des données et lescollaborations scientifiques.

Année 1

- Récupération des données épidémiques et climatiques (stations locales mais aussi donnéesreconstruites), mise à jours des bases de données du projet DenFREE

- Recherche des données socio-économiques

- Prise en main des méthodes du Machine Learning et du logiciel SSM pour l’inférence bayésiennedes modèles mécanistes

- Premières analyses statistiques

Année 2

Fin des analyses statistiques et incorporation des résultats importants dans les modèles mécanistes

Rédaction de la partie statistique

Année 3

Simulation des modèles avec une dimension spatiale

Rédaction de la partie modèle et rédaction de la thèse

Publications :

- Camacho, A., Ballesteros, S., Graham, A.L., Carrat, F., Ratmann, O. & Cazelles, B., 2011. Explainingrapid reinfections in multiple-wave influenza outbreaks: Tristan da Cunha 1971 epidemic as a casestudy. Proc. Royal Soc. London B, 278, 3635-3643.

- Teurlai, M., Huy, R., Cazelles, B., Duboz, R., Baehr, C. & Vong, S. 2012. Can human movementsexplain heterogeneous propagation of dengue fever in Cambodia? PLoS Neglected TropicalDiseases, 6, e1957.

- Cuong, H.Q., Vu, N.T., Cazelles, B., Boni, M., Thai, K., Rabaa, M., Quang, L.C., Simmons, C., Huu, T.N. &Anders, K. 2013. Spatial and temporal heterogeneity in the timing and magnitude of dengueepidemics in southern Vietnam. Emerging Infectious Diseases, 19, 945-953.


Statisticien ou Mathématicien avec une culture en écologie de la santé ou un écologiste avec un fortbaguage sur les aspects quantitatifs.

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UMI 3614 Biologie évolutive et Ecologie des Algues

Étude de l'interaction hôte-epiphyte chez les algues brunes: Effet de la flore bactérienne sur laspécifité de l'intéraction et sur l'évolution de l'isolement reproducteur et la spéciation

chez les Ectocarpales

Directeur de thèse HDR : Christophe Destombe


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : UMI 3614, Biologie

Evolutive et Ecologie des Algues (CNRS, UPMC, UC Chile, UACH Chile)

Equipe (intitulé, directeur) : Myriam Valero

Doctorants en cours d’encadrement: 0

Sujet :

Les interactions directes ou indirectes entre hôtes et épiphytes restent encore mal connues. Chezles algues, ces interactions ont longtemps été considérées soit comme neutres, l’hôte ne constituantqu’un support à l’épiphyte, soit comme antagonistes car associées à la compétition pour laressource (lumière, espace et nutriments) (Hurd et al. 2014). Cependant, il a été démontré que laprésence d’épiphytes pouvait jouer un rôle dans la protection des hôtes contre les brouteurs(Stachowicz 2001) formant ainsi des interactions de types mutualistes. Le fait que certainesespèces d’algues brunes épiphytes ne sont trouvées que sur certaines espèces hôtes suggère unecertaine spécialisation. Les phénomènes de spécialisation entre les insectes et les plantes hôtesdont ils se nourrissent, sont bien documentés (Drès et Mallet 2002; Peccoud et Simon 2010), enrevanche, chez les algues, ces interactions restent encore peu étudiées. Le récent développementdes outils moléculaires a permis de mettre en évidence que les communautés bactériennesassociées aux algues pouvaient interagir et même modifier la biologie des algues (Dittami et al.2014). Les associations algues-bactéries peuvent donc être considérées comme des facteurs clefspour comprendre la biologie et l’évolution des interactions (hôtes/épiphytes). L’objectif de la thèseest donc d’identifier les bactéries associées aux hôtes (holobiontes) et leurs effets sur l'évolution dela spécifité des épiphytes chez les Ectocarpales


Notre équipe a été parmi les premières à utiliser les outils moléculaires pour caractériserl’interaction algues-bactéries (Meusnier et al 2001). Depuis, le caractère mutualiste de cesinteractions a été établi (Bartsch et al 2008; Wahl et al 2012), mais les études considérantl’holobionte dans son ensemble restent rare (Dittami et al 2014). Ce projet s’inscrit dans cetteproblématique et est financé dans le cadre du PIA IDEALG, WP3 «Interactions biotiques etadaptation chez les algues». Les épiphytes que nous allons étudier font partie des Ectocarpales,ordre qui renferme l’espèce dont le génome a été séquencé (Cock et al. 2010). En conséquence, denombreux outils de génomique et protéomique ont été développés sur les Ectocarpales et appliquéspour l’étude des interactions entre bactéries et ces algues épiphytes filamenteuses à Roscoffnotamment par S. Dittami, T. Tonon et P. Potin de l’UMR 8227 qui seront associés à ce travail.


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-Identification des bactéries impliquées dans les interactions hôte/épiphytes (art.1)

-Mise en évidence expérimentale de la spécialisation de l’épiphyte pour son hôte chez Pylaiellalittoralis (art.2) -La différence d’habitats spatio-temporels liée aux hôtes jouerait un rôle d’accélérateur dans ladifférenciation génétique et la spéciation chez Pylaiella et Ectocarpus. (art.3)

-Les différences de spécificité d’hôtes et d’habitats entre gamétophytes et sporophytes serontanalysées afin de tester l’hypothèse de différenciation de niche entre haploïdes et diploïdes dans lemaintien du cycle de reproduction haplo-diploïde (cycle caractéristique des Ectocarpales). (art.4)


Bien que les recherches proposées soient innovantes, elles font appel à des méthodes et destechniques parfaitement maitrisées au sein de la station Biologique de Roscoff. Par conséquent, lesrisques sont minimes.


Publications:

Geoffroy A., Mauger S., De Jode A., Le Gall l., Destombe C. 2015 Molecular evidence for thecoexistence of two sibling species in Pylaiella littoralis (Ectocarpales, Phaeophyceae) along theBrittany coast. Journal of Phycology (in press)

Pante E, Puillandre N., Viricel A., Arnaud-Haond S., Aurelle D. , Castelin M., Chenuil A., Destombe C.,Forcioli D., Valero M., Viard F., Samadi S., (2015) Species are hypotheses: avoid basing connectivityassessments 1 on pillars of sand. Molecular Ecology, DOI: 10.1111/mec.13048.

Dittami, S. M., Eveillard, D., & Tonon, T. (2014). A metabolic approach to study algal–bacterialinteractions in changing environments. Molecular ecology, 23(7), 1656-1660.

Cofinancement : Une demande de cofinancement ARED sera faite auprès de la Région Bretagne

Profil du candidat recherché : (250 caractères espaces compris)

Le candidat recherché devra avoir une très bonne formation en Biologie évolutive, des compétencesen microbiologie ainsi qu’une bonne expérience en biologie moléculaire et en traitementstatistique des données.

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UMR 7221 Evolution des Régulations Endocriniennes

Effets des xénobiotiques sur la signalisation thyroïdienne lors de la neurogenèse

Directeur de thèse HDR : Barbara Demeneix


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : UMR 7221, Evolution desRégulations Endocriniennes.

Equipe (intitulé, directeur) : Intégration des Régulations par des Hormones Thyoïdiennes.

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Bilal Mughal (50%) 2 ans co-directeur JB Fini, financement ITN

Lindsey Marshal 1 an (50%) Co-directeur Laurent Coen financement ITN

Jean David Gothié (50%) 2 ans Co directeur Sylvie Remaud financement DIM Neuroscience

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Jean Baptiste Fini CR CNRS

Sujet :

Depuis, une dizaine d'années notre équipe développe des méthodes alternatives pour le criblagedes molécules polluantes à activité de perturbation endocrinienne. Notre sujet principal est laperturbation de la signalisation par les hormones thyroïdiennes (HT). En parallèle nous avonsavancé nos recherches sur (i) l'importance des HT pour le contrôle des cellules souches neuraleschez la souris adulte (Lopez Juarez et al. Cell Stem Cell 2012) (ii) nos connaissances surl'importance des HT pour le développement précoce et l'organogenèse (Fini et al. 2012) et (iii)l'identité des cellules souches neurales chez l'embryon de Xenope (Préau et al, soumis)..

Actuellement, notre hypothèse de travail est que la perturbation de la signalisation des HT auniveau restreint des cellules souches neurales lors du développement précoce, modifiera leurspropriétés et leur potentiel pour contribuer au développement normal du cerveau. Nous testeronscette hypothèse lors de la thèse, en tirant avantage de plusieurs lignées rapportrices de Xénope déjàétablies. Nous testerons sur ces lignées l'action des molécules polluantes présentes dans le liquideamniotique des êtres humains et étudierons leurs mécanismes d'action. En parallèle nous suivronsl'expression des gènes endogènes impliqués dans la pluripotence et la neurogenèse. Les ciblesmoléculaires principales seront étudiées par une approche perte (CRISPR Cas9)/ gain de fonction(transfection).


Le laboratoire est considéré comme leader dans le domaine de la détection des polluantsenvironnementaux perturbants les signalisations hormonales, notamment la perturbation de l'axethyroïdien. Notre équipe est coordinatrice d'une ANR sur le sujet et partenaire dans un programmeH2020, EDC-Mix-risk. Le sujet spécifique de la pertubabtion thyroidienne a été souligné comme unpriorité par l'OCDE fin 2014 (http://www.oecd.org/chemicalsafety/oecd-encourages-development-of-non-animal-test-methods-for-detection-of-thyroid-disrupters.htm). Le projetrépond par le développement des lignées rapportrices à cette demande et renforcera notre positiondans le domaine. De nombreuses collaborations nationales permettent d'envisager des approchesde tri celllulaire/métabolomes et de validation des cibles ssur un modèle mammifère. .

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Résultats attendus, stratégie de publication:

Chaque année les résultats seront présentés dans des congrès. La participation à la GordonResearch Conference sur les Perturbateurs endocriniens en 2017 en Europe est un des objectifsannoncé. Au terme de la thèse au moins deux publications sont envisagées. L'une sur l'effet despolluants sur la biologie des cellules souches neurales en décrivant l'action sur des lignéesrapportrices et les gènes endogenes. Une deuxième publication traitera la question du contrôle dela disponibilité des HT au niveau des cellules souches neurales, notamment l'expression destransporteurs membranaires des HT et les enzymes activants et inactivants des HT (lesdésiodases).


Nous avons des données preliminaires sur la perturbation de la signalisation thyroidienne par desxénobiotiques et l'importance de cette signalisation dans la neurogenèse donc nous considérons lerisque de besoin réorientation assez faible.


Ces travaux sont la suite de ceux de de L. Préau qui soutient sa thèse cette année et qui ont permisl'identification des cellules souches neurales chez le xénope. Les deux premières années serontprincipalement consacrées à l'étude des conséquences sur la niche des cellule souches neuralesd'une exposition embryonnaire à des pertubateurs thyroïdiens avec des lignées transgéniquesrapportrices de cellules pluripotentes (Nanog-GFP, Oct3/4-GFP, Sox2/oct3/4-Kaede). Lesmodifications de l'expression de gènes endogènes de la niche seront ensuite étudiés (RNA seq). En3ème année on analyera l'effets sur l'équilibre des cellules différenciées du système nerveux: NbT-DsRed (neurones) ou MBP-GFP(oligodendrocytes) seront utilisées.

Publications :

• A. Lopez-Juarez, S. Remaud, Z. Hassani, P. Jolivet, J. Pierre Simons, T. Sontag, K. Yoshikawa, J.Price, G. Morvan-Dubois, and B. A. Demeneix, (2012), 'Thyroid Hormone Signaling Acts as aNeurogenic Switch by Repressing Sox2 in the Adult Neural Stem Cell Niche', Cell Stem Cell, 10 531-43,

• C. Vivien, P. Scerbo, F. Girardot, K. Le Blay, B. A. Demeneix, and L. Coen, 'Non-Viral Expressionof Mouse Oct4, Sox2, and Klf4 Transcription Factors Efficiently Reprograms Tadpole Muscle Fibersin Vivo', J Biol Chem, 287 (2012), 7427-35,

• J. B. Fini, S. Le Mevel, K. Palmier, V. M. Darras, I. Punzon, S. J. Richardson, M. S. Clerget-Froidevaux, and B. A. Demeneix, 'Thyroid Hormone Signaling in the Xenopus Laevis Embryo IsFunctional and Susceptible to Endocrine Disruption', Endocrinology, 153 (2012), 5068-81,

Cofinancement : ANR ( Projet de 3 ans dont un et projet EU


Le candidat doit avoir des connaissances de la biologie moléculaire et /ou de la physiologiecomparée et de préférence une expérience du travail sur l'animal.

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UMR 208 PALOC, patrimoines locaux et gouvernance

Les relations homme-faune sauvage protégée. Le cas du Phoque gris sur le littoral français

Directeur de thèse HDR : Chlous Frédérique


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Patrimoines locaux etgouvernance UMR 208 (MNHN/ IRD)

Equipe (intitulé, directeur) : Dominique Guillaud, directrice UMR PALOC


Marion Bourhis, Bourse CIFRE/ ANRT. Titre (provisoire) : L’innovation au cœur de l’économieturquoise : cas du département des côtes d’Armor. Directrice : Frédérique Chlous (40%), Co-Tutelle: David Cooper/ Université de Chichester (Royaume Uni), Co-direction : Ronan Le Délézir/ UBS.Partenariat : Conseil général du département des Côtes d’Armor. Inscription : 1er septembre 2012

Lucille Ristchard, Bourse ARED (région Bretagne)/BMO. Titre (provisoire) : Informationgéographique et gestion des territoires côtiers : appropriation et émergence des innovationstechnologiques. Directrice : Françoise Gourmelon LETG-Géomer. Co-Direction : Frédérique Chlous(50%). Inscription : 1er décembre 2012

Lauric Thiault, Bourse UPMC. Titre (provisoire) : Optimiser la gestion des ressources marinescôtières au travers d’une meilleure intégration des relations Homme-environnement. Directrice :Frédérique Chlous (50%). Co-tutelle : Stefan Gelcich/ Departamento de ecologica PontificiaUniversidad Catolica de Chile . Inscription : 1er septembre 1014.

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Richard Dumez, UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie, Équipe"Ethnoécologie et savoirs locaux" - 1 doctorant en cours d'encadrement (Clément Garineaud, en co-direction avec Éric Feunteun).

Sujet :

Le phoque gris (Halichoerus grypus (Fabricius, 1791)) est une espèce protégée à l’échelleeuropéenne, la mer d’Iroise en Bretagne représentant la limite sud de son aire de répartition.Chassée au début du 19e siècle (pour sa peau et pour faire de l’huile), il a disparu du littoralfrançais jusqu’à ce que la mise en place de mesures de protection et l’augmentation des populationsdu nord de l’Europe, lui permettent de recoloniser ce littoral (Bensettiti & Gaudillat 2004). Il n’enpossède pas moins un statut ambigu : d’un côté, espèce patrimoniale et animal emblématique d’unenature sauvage, qui attire les naturalistes et support d’une activité touristique, de l’autre côté,animal concurrent pour les pêcheurs, jusque dans leurs filets. Comment dès lors concilierpréservation de la biodiversité et activités humaines ? L’objectif de la thèse est d’analyser, dans uneperspective diachronique, les relations hommes-phoque gris et les évolutions des représentationssociales en fonction des dynamiques écologiques et de l’éthologie de l’animal. Elle s’appuiera surune approche anthropologique, faisant appel à l’ethnoécologie (étude des relations sociétés-natures) et à la dimension historique. Au-delà de la construction de connaissances sur les relationshomme-animal, ce travail s’inscrit dans la volonté de développer une gestion des AMP durable etpartagée. Il prendra une dimension comparative en étudiant ces relations au sein des réservesnaturelles des Sept-Îles et Baie de Somme.

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Les conflits hommes-faunes sauvages naissent d’une concurrence pour des besoins vitaux(alimentation, espace) entre hommes et animaux, aux conséquences négatives pour ces deuxderniers (UICN 2005). Avec le changement de statut de nombreuses espèces – autrefois gibier,matière première ou espèce nuisible, aujourd’hui espèce protégée –, la nature même de ces conflitsévolue. Ils sont en effet doubles, à la fois entre les hommes eux-mêmes –protecteurs versusdétracteurs de l’animal – mais également entre les hommes et les animaux (Karanth T. & U. 2005).Les sciences sociales ont assez peu étudiées ces conflits, se focalisant en France sur quelquesanimaux – surtout le loup et l’ours, ponctuellement le sanglier ou le cormoran (Bobbé 2008; Mauz2006; Mounet 2007; Lescureux 2010; Méchin & Wintz 2011), ignorant les mammifères marins alorsque les aires marines protégées se développent (Objectifs d’Aichi). Tout l’enjeu aujourd'hui est decomprendre ces conflits pour permettre une cohabitation.


La thèse, qui bénéficiera du soutien des deux réserves naturelles (RNN Sept-Îles et Baie de Somme),doit permettre de construire des connaissances et d’apporter les éléments de réflexion à la gestiondes conflits. La méthodologie est principalement basée sur les savoirs écologiques des populationslocales, en particulier celles directement touchées par la prédation de l’animal, mais les aspectshistorique seront aussi analysés. Les travaux menés dans le cadre de cette thèse permettront unevalorisation des résultats, à la fois disciplinaire (revues d’anthropologie, d’ethnoécologie) etinterdisciplinaire (revues de conservation de la nature).


Le risque de devoir réorienter le sujet est très faible. Le cas échéant, le ou la doctorant-e pourra seconcentrer sur un seul terrain, en intégrant d'autres animaux présents sur ce terrain (phoque veaumarin, dauphin, cormoran, macareux).


Le premier temps sera consacré à l’état de l’art, la construction de la problématique et de laméthodologie. Le ou la doctorant-e réalisera ensuite un terrain de longue durée (8 à 9 mois) (1èreannée). Il consacrera ensuite son temps à l'analyse de ses données et du corpus documentaire, à larédaction d'articles, ponctué d’aller-retours sur ses terrains (3 à 4 mois en tout) (2e année). Ladernière année est consacrée au parachevement des analyses, à l'écriture d'articles et à lafinalisation du manuscrit.

Publications :

Chlous F., « L'invasion de la crépidule : une question sociale? L'ethnologue dans la tourmente »,ethnographiques.org, décembre 2013.

Chlous-Ducharme F., Lacombe P., « Pêches populaires et gestion des espaces maritimes », Espaceset sociétés, vol 1, n°144-145, 2011, p.73-88.

Chlous-Ducharme F., « Les savoirs : outils de différenciation et de légitimation dans le cadre d’unegestion durable. Le cas des pêcheurs d’ormeaux », VertigO - La revue électronique en sciences del'environnement, Volume 6, Numéro 1, mai 2005, [En ligne], mis en ligne le 01 mai 2005. URL :http://vertigo.revues.org/index2730.html.

Cofinancement : un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature,montant, durée : Le laboratoire PALOC au sein duquel sera inscrit le candidat permet un soutienfinancier ponctuel notamment pour la participation à des colloques et des formations. Lors de son

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travail de terrain au sein des réserves naturelles, le doctorant pourra bénéficier des hébergementset des déplacements sur le terrain avec ls personnels des réserves.


Le ou la candidat-e recherchée devra possédé une formation en anthropologie ou en ethnoécologie,avec une ouverture sur l'interdisciplinarité en environnement. Des connaissances naturalistes (ou aminima un intérêt pour celles-ci) seront appréciées.

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UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieux Marins AD2M

Relation entre la métabolisme lipidique des cyanobactéries marines et le gradient latitudinalde température (METALIC)

Directeur de thèse HDR : Christophe Six (l'HDR est en cours de rédaction et sera soutenue avant leconcours de l'ED)


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : UMR 7144 "Adaptation etDiversité en Milieux Marins" (AD2M ; François Lallier)

Equipe (intitulé, directeur) : "Marine Phototrophic Prokaryotes" (MaPP ; Laurence Garczarek)

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Justine Pittera, en 3ème année (ED129), co-direction Frédéric Partensky)

Sujet :

Les cyanobactéries marines sont les organismes photosynthétiques les plus abondants sur Terre,assurant près de 20% de la production primaire océanique. Parmi elles, les Synechococcusprésentent une large distribution latitudinale qui peut s’expliquer par la spécialisationphysiologique de lignées phylogénétiques (écotypes) le long du gradient latitudinal de températuredu globe.

Pour ces cellules phototrophes, la régulation des systèmes membranaires où se situent lescomplexes photosynthétiques est essentielle pour la survie de la cellule, particulièrement enenvironnement fluctuant/stressant. Très peu de données sont disponibles sur la compositionlipidique des membranes et sa régulation chez les cyanobactéries marines. Ce sujet de thèse, quimettra en œuvre une approche multidisciplinaire, comprend plusieurs objectifs qui visent à :

- Préciser l'adéquation entre la thermophysiologie des lignées et leur niche thermale marine

- Explorer la diversité des lipides membranaires dans la radiation des Synechococcus marins et leurrôle dans les capacités de thermoacclimatation

- Caractériser la biochimie d’enzymes clefs (thermostabilité, gamme thermique d’activité, sitescatalytiques) du métabolisme lipidique membranaire de souches de Synechococcus marins de nichethermale différente.

Cette thèse se déroulera à la Station Biologique de Roscoff et sera basée sur un travail delaboratoire sur une sélection de souches de Synechococcus en culture (thermophysiologiecomparée).


Ce projet est innovant car il se situe en ligne avec les approches modernes de biologie des systèmesdéveloppées au sein de l'équipe MaPP, qui permettent une compréhension intégrative desprocessus d’adaptation, allant de la molécule à l’environnement. Nous comptons ainsi mettre enévidence un lien assez direct entre les latitudes d’isolement des souches de Synechococcus marinset leur métabolisme lipidique spécifique.

L'équipe MaPP est parmi les leaders mondiaux de l'étude des cyanobactéries marines. Il n'y a pasde compétition au niveau national et l'équipe MaPP collabore étroitement avec les laboratoireseuropéens travaillant sur ces sujets. Les compétitions éventuelles seraient avec deux laboratoiresaméricains (MIT, Scripps) un laboratoire australien (Macquarie University).

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Ce projet permettra de caractériser la physiologie d'organismes écologiquement importants,participants significativement à la régulation du climat et des grands cycles biogéochimiques. Ilpermettra de mesurer l’importance qu'a pu avoir le facteur température dans l'Evolution de laphysiologie des cyanobactéries marines et d’entrevoir des scénarios face aux changementsclimatiques. Il permettra aussi d’aborder des thèmes d’actualité tels que la différentiation delignées chez les microorganismes.

Cette thèse, qui sera supportée par l'ANR SAMOSA en cours, conduira à l'écriture d'articlesscientifique dans des journaux à comité de lecture (physio & écologie microbienne/végétale,océanologie) et à des communications en conférences.


Degré de risque faible, pas de nécessité d'achat de gros équipement. L'étudiant bénéficiera del'expérience de l'équipe MaPP, de l'environnement privilégié de la Station Biologique de Roscoff :Collection de Cultures, plateformes techniques, etc.


Ce projet est tout à fait réalisable en 3 années :

Mois 0-12 :

Etude bibliographique ; mise en culture à différentes températures et étude physiologique desouches des différents thermotypes de Synechococcus ; expériences de stress thermique

Mois 12-20 :

Caractérisation/mesures des lipides complexes et des acides gras (taille, insaturation, etc.) chez lesdifférents écotypes par spectrométrie de masse, mise en relation avec l'activité photosynthétique ;écriture d'article(s)

Mois 20-32 :

Caractérisation biochimique de l'activité d'enzymes impliquées dans la thermoacclimatation etétude des sites catalytiques ; écriture d'article(s)

Mois 32-36 : Rédaction de la thèse

Publications :

- Pittera et al. (2014). Connecting thermal physiology and latitudinal niche partitioning in marineSynechococcus. Isme J 8(6): 1221-36.

- Noisette et al. (2013). Combined effects of elevated pCO2 and temperature on the metabolism of atemperate rhodolith Lithothamnion Corallioides. Journal of Phycology, 49:756-757.

- Humily et al. (2013). A specific gene island with a dual evolutionary origin is involved in chromaticacclimation in marine Synechococcus. PLoS One 8(12) e84459.

Cofinancement : Une demande de co-financement à 50% sera faite à la région Bretagne.


- Intérêt pour le phytoplancton, les concepts d'adaptation à la niche écologique

- Expérience en travail de laboratoire

- Culture de microorganismes

- Méthodes biochimie/physiologie

- Éventuellement : manipulation de séquences/structures protéiques

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Interactions durables et contrôle des blooms et successions de diatomées en MancheOccidentale

Directeur de thèse HDR : Nathalie Simon (HdR en cours de rédaction, sera soutenue avant leconcours de l'ED).


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Adaptation et Diversité enMilieu Marin, UMR7144

Equipe (intitulé, directeur) : Diversité et Interaction au sein du Plancton Océanique (DIPO), LaureGuillou

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : aucun

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Anne-Claire Baudoux, UMR7144, DIPO, aucun doctorant en cours d'encadrement

Sujet :

Les successions planctoniques et blooms saisonniers résultent de processus d’assemblage decommunautés répliqués chaque année, et entraînés par des facteurs externes et des processus destructuration interne (interactions biotiques). A ce jour, le rôle des facteurs externes et desinteractions de type prédation sur ces blooms a été étudié de façon extensive. Par contre, lamanière dont les interactions microbiennes durables structurent les communautés reste élusive. Ceprojet visera à identifier de façon précise les facteurs biotiques qui participent au contrôle dudéveloppement d’une espèce clef sur la façade Nord-Atlantique, la diatomée Guinardia spp. Cettethèse s’articulera autour de 2 objectifs principaux :

• Identifier le réseau d’interactions associé à Guinardia. Pour cela un travail d’isolement et decaractérisation des espèces de Guinardia et des parasites associés (parasite eucaryote et virus) seraréalisé en Manche Occidentale.

• Tester l’hypothèse selon laquelle les parasites forment une communauté structurée qui sedéveloppe de façon synchronisée lors des blooms de diatomées. Suite à la caractérisation desparasites associés à Guinardia, la dynamique de ces interactions sera reconstruite grâce auxarchives ADN et ARN collectées bimensuellement depuis 2009 à la station d’observation SOMLIT-ASTAN par l’équipe d’accueil. Cette approche permettra d’interpréter l’évolution de ces interactionsen fonction de la variabilité des facteurs environnementaux.


Dans le contexte actuel de changement global, quantifier les mécanismes qui affectent les cyclesbiogéochimiques et comment ces cycles influencent en retour le climat de notre planète est une despriorités majeures de grands programmes nationaux et internationaux. Les bloomsphytoplanctoniques influencent profondément la capacité des océans à séquestrer le carboneorganique. Il est donc essentiel d’identifier précisément les facteurs qui contrôlent leurdéveloppement dans l’océan. Le rôle des facteurs externes et des interactions de type prédation surces blooms a été étudié de façon extensive, conduisant à la production de modèles. Par contre, lamanière dont les interactions microbiennes interspécifiques (symbioses, parasitisme) structurentles communautés a été peu étudiée. Cette thématique novatrice à l’échelle nationale etinternationale est toutefois indispensable pour une compréhension complète des réseauxtrophiques et des cycles biogéochimiques globaux.

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Les interactions durables au sein des communautés sont au cœur des problématiques de grandsprogrammes mais elles restent mal comprises car les protagonistes de ces interactions sont malconnus et les contraintes méthodologiques pour ces études sont fortes. Notre équipe a démontrél’existence de pathogènes eucaryotes et viraux pour la diatomée Guinardia. Compte tenu del’importance de ce modèle biologique, la caractérisation de ces nouveaux parasites garantitpublications. D’autre part, la mise en œuvre de nouvelle technologies de séquençage pour étudierces interactions in situ est particulièrement pertinente et novatrice. Elle permettra d’interpréterl’évolution de ces interactions en fonction de la variabilité des facteurs externes.


L’isolement exhaustif des parasites infectant la diatomée modèle n’est pas garanti, mais certainssont en culture dans l’équipe d’accueil et des archives génétiques et données de barcodes sontacquises. Les risques d'échec sont donc très limités.


Les techniques d’isolement et caractérisation des parasites eucaryotes et viraux sont maîtrisés dansl’équipe et à la collection de culture de Roscoff (RCC) qui héberge déjà des souches de la diatoméeGuinardia. Les isolements (année 1) porteront sur des pathogènes déjà décrits pour cette diatomée,et sur d’autres, eucaryotes et viraux, suspectés par l’équipe d’accueil. L’analyse de la dynamiquetemporelle de Guinardia et des pathogènes sera initiée en parallèle des travaux d’isolement, à partird’échantillons archivés depuis 2009 (barcodes disponibles pour les années 2009-11). Les donnéesde dynamiques virales seront produites et analysées l’année 2 à partir des échantillons archivés.Les 6 derniers mois seront consacrés à la rédaction.

Publications :

Baudoux, A. C., Noordeloos, A. A. M., Veldhuis, M. J. W., & Brussaard, C. P. D. (2006). Virally inducedmortality of Phaeocystis globosa during two spring blooms in temperate coastal waters. AquaticMicrobial Ecology, 44, 207-217.

Guilloux, L., Rigaut-Jalabert, F., Jouenne, F., Ristori, S., Viprey, M., Not, F., Vaulot, D. & Simon, N.(2013). An annotated checklist of Marine Phytoplankton taxa at the SOMLIT-Astan time series offRoscoff (Western English Channel, France): data collected from 2000 to 2010. Cah Biol Mar, 54,247-256.

Baudoux A-C., Lebredonchel H., Dehmer H., Guillou L., Bozec Y., Cariou T., Desdevise Y., Derelle E.,Edern R., Foulon E., Grimsley N., Jalabert F., Latimier M., Moreau H., and Simon N. 2014. Interplaybetween prasinoviruses and Micromonas species in the Western English Channel. Submitted toEnvironmental Microbiol Reports

Cofinancement : un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature,montant, durée : aucun co-financement obtenu à ce jour. Un dossier sera déposé en Mars 2015 pourobtenir une bourse ARED à la Région Bretagne Pays de la Loire


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Idéalement, nous souhaitons recruter un candidat avec une formation initiale en écologie etmicrobiologie complétée par des acquis sur le fonctionnement des écosystèmes marins, et/ou lesoutils moléculaires classiques.

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UMR 7196 Structure et Instabilité des Génomes

Modifications ciblées des marques épigénétiques des répétitions centromériques : effets sur lastabilité du génome, la transcription et l'organisation de la chromatine

Directeur de thèse HDR : Emmanuelle Delagoutte


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Structure et Instabilité desGénomes, UMR7196 CNRS - MNHN - INSERM U1154

Equipe (intitulé, directeur) : ARChE (ADN Répété, Chromatine et Evolution), Christophe Escudé

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Armêl Millet, 2ème année, co-directeur Erika Brunet (HDR)

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Judith Lopes, UMR7196 CNRS - MNHN - INSERM U1154, équipe ARChE (ADNRépété, Chromatine et Evolution), doctorant en cours d’encadrement : 0.

Sujet :

Les séquences d’ADN répétées en tandem, ou séquences satellites, sont très abondantes dans lesrégions centromériques des chromosomes, caractérisées par des structures chromatiniennescompactes associées à des marques épigénétiques particulières (triméthylation de l’histone H3).Aussi ces séquences constituent un paradigme puisqu'elles présentent de grandes variations deséquences entre les espèces, à l'inverse des protéines centromériques et des structureschromatiniennes, qui sont bien conservées et définissent les domaines structuraux descentromères. Ces domaines assurent la formation et le fonctionnement du centromère, élémentvital pour la stabilité du génome car il permet au fuseau de microtubules de se mettre en placeassurant une ségrégation correcte des chromosomes durant la mitose et la méiose. Une activitétranscriptionnelle (ARN non codant) au niveau des séquences satellites est actuellement admise,cependant le rôle de ces transcrits dans l’assemblage de la chromatine centrométrique reste àpréciser. L’objectif du projet est de comprendre le rôle de la chromatine assemblée autour desrégions centromériques, en modifiant de manière ciblée les marques épigénétiques des séquencessatellites à l’aide de protéines TALEs fusionnées à des histones déméthylases. Nous détermineronscomment les marques épigénétiques associées à ces séquences contribuent à la stabilité dugénome, à la transcription de ces séquences et à l’organisation de la chromatine.


Grâce à ses compétences, équipements et à ses collaborations, notre laboratoire est à mêmed’engager une approche interdisciplinaire (biologie/physique) et multi-échelle (de la moléculeunique –grâce à la collaboration développée avec l'équipe de Maxime Dahan à l'Institut Curie - à lacellule –grâce à la microscopie photonique, dont le laboratoire possède une expertise reconnue).Nous bénéficions également de l’expertise de la plateforme TACGENE dans notre laboratoire quisynthétise « à façon » les TALEs, un des outils clé de notre projet. Nous avons déjà validé le choix decet outil qui est capable d’apporter une déméthylation de la chromatine centromérique dansdifférents types cellulaires (humains et souris) par imagerie photonique, et la collaboration avecl’équipe de M. Dahan devrait permettre de visualiser par microscopie à super-résolution l’étatdécondensé de cette chromatine et de mesurer les changements de propriétés physiques associés.

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Grâce au travail déjà initié par des étudiants et Judith Lopes, le/la doctorant(e) va rejoindre unprojet dont les premières étapes de validation sont abouties : les outils nécessaires, les TALEsfluorescentes et déméthylases, sont disponibles et leurs recrutements sur les séquences satellitescentromériques ont été validés dans un contexte cellulaire. Le/la doctorant(e) caractérisera lesmodifications épigénétiques apportées par ces TALEs et les effets sur la ségrégation deschromosomes, ce travail fera l’objet d’un premier article à la mi-thèse. D’autres effets biologiques(transcription, organisation de la chromatine) apportés par ces modifications épigénétiquesconstitueront la base d’un second article pour la fin de la thèse.


Les outils génomiques développés devraient permettre de réorienter le projet vers des approchesplus moléculaires, telles que la visualisation des TALEs en molécules uniques ou l’effet de ladéméthylation sur l’accessibilité de la chromatine.


Faisabilité

Les outils (TALEs et lignées de fibroblastes) sont disponibles au laboratoire. La connaissance desséquences répétées centromériques, les techniques d’imagerie cellulaire (immunofluorescence,microscopie 3D, étalement de métaphases), ainsi que les techniques de biologie moléculaire(immunoprécipitation de la chromatine) sont maîtrisées.

Echéancier

- Caractérisation des marques épigénétiques des centromères et étude de la stabilité deschromosomes (métaphases) (1 an).

- Etude des structures chromatiniennes et visualisation par microscopie à super-résolution de l’étatdécondensé de la chromatine (collaboration) (1 an).

- Effets sur la production d’ARN non codant (6 mois).

- Rédaction de la thèse (6 mois).

Publications :

Ollion J, Cochennec J, Loll F, Escudé C, Boudier T. TANGO: a generic tool for high-throughput 3Dimage analysis for studying nuclear organization. Bioinformatics. 2013; 29(14):1840-1.

Lopes J., Piazza A., Bermejo R., Kriegsman B., Colosio A., Teulade-Fichou M.P., Foiani M. and NicolasA. G-quadruplex-induced instability during leading-strand replication. EMBO J. 2011, 30 (19): 4033-46.

Millet A., Strauss F. and Delagoutte E. Use of double-stranded DNA mini-circles to characterize thecovalent topoisomerase-DNA complex. Soumis à Scientific Reports.


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L’étudiant aura des connaissances sur l’organisation du génome, la structure de la chromatine, etles ARN non codant. Idéalement, il aura eu une formation expérimentale préalable en biologiemoléculaire et en microscopie.

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Régulations épigénétiques des télomères au cours du vieillissement

Directeur de thèse HDR : Anne-Laure GUIEYSSE-PEUGEOT


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Structure et Instabilité desGénomes CNRS UMR 7196 INSERM U1154

Equipe (intitulé, directeur) : Structures des Acides Nucléiques, Télomères et évolution. Directeur :Jean-François Riou.


Sujet :

L’implication des modifications épigénétiques dans la régulation des télomères a été mise enévidence dans de nombreux organismes de la levure à l’homme. Toutefois les liens entre altérationsdes télomères et modifications épigénétiques au cours du vieillissement sont encore malcaractérisés et les mécanismes mis en jeu dans ces interactions restent à élucider. Déterminer cesrelations nécessite de développer des approches qui permettent de caractériser l'ensemble de cesévènements et d'analyser simultanément les conséquences du vieillissement sur les histones, l'ADNet la transcription d'ARN non codants. La première étape de ce travail a été initiée et à pour objectifde concevoir de nouveaux outils pour quantifier ces modifications et de valider la faisabilité decette étude intégrée dans un modèle cellulaire de sénescence. L'effet d'agents perturbateurs sur cesmodifications apportera les éléments nécessaires à la compréhension des liens entre cesaltérations. Ensuite, ces approches seront étendues à d'autres organismes pour caractériser etcomparer ces modifications au cours de l’évolution. Elles permettront également d'étudier l'effet defacteurs de l'environnement dans ces mécanismes, ce qui constitue aujourd'hui un réel défi et unenjeu de taille. Le Muséum dispose de modèles originaux pour l’étude de la longévité comme lemicrocèbe (UMR 7179), des rongeurs de longévités variées (UMR 7221) ainsi que des lignées decercopithèques cellulaires uniques.


Ce projet s'insère dans une nouvelle thématique de recherche développée au laboratoire, il estfondé sur la complémentarité de compétences apportées par les biologistes de plusieurs équipes dumuséum (UMR 7196, 7179, 7221) et des chimistes de l'UPMC (UMR 7203). L'utilisationd'approches de biologie et de chimie permettront de caractériser simultanément les conséquencesdu vieillissement sur les histones, l'ADN et la transcription d'ARN et d'apporter une vision globalesur ces évènements, ce qui n'existe pas actuellement dans la littérature. Les travaux publiés sur cesmécanismes sont encore peu nombreux et, si ils mettent en évidence un lien entre certainesmodifications épigénétiques et instabilité télomérique au cours du vieillissement, ils ne permettentpas de caractériser les mécanismes impliqués.


La publication de deux articles dans des revues internationales indexées est attendue. Dans unpremier temps, la mise au point des outils de mesure permettra de quantifier les changementsépigénétiques et de les caractériser précisément dans des modèles celllulaires de sénescence. Cesoutils seront ensuite utilisés pour caractériser ces changements dans différents organismes et, en

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particulier chez le microcèbe qui par sa longévité exceptionnelle comparativement à sa taille, est unmodèle majeur chez les primates pour l’étude du vieillissement.


Le risque de réorientation est faible, les compétences pour développer ces méthodes, les modèlesd'étude, le matériel et les équipements sont disponibles dans le laboratoire et les équipespartenaires.


Première et deuxième année: mise au point des méthodes de caractérisation des modificationsépigénétiques sur des modèles de sénescence humaine. Méthylation de l'ADN par spectrometrie demasse, modifications des histones par ChiP et SILAC, longueur des télomères par STELA etquantification des ARN non codants par RT-QPCR. Etude comparative de ces modifications et leurmodulation en présence d'agents perturbateurs. Rédaction du premier article.

Troisième année: Caractérisation des modifications chez un autre organisme (microcèbe).Rédaction du second article, du manuscrit et soutenance.

Publications :

Moison C., Senamaud-Beaufort C., Fourrière L., Champion C., Ceccaldi A., Lacomme S., Daunay A.,Tost J., Arimondo PB, Guieysse-Peugeot A.L. (2013). DNA methylation associated with polycombrepression in retinoic acid receptor beta silencing. Faseb J. 27, 1468-1478

Moison C., Assemat F., Daunay A., Tost J., Guieysse-Peugeot AL, Arimondo PB, (2014) Synergisticepigenetic silencing of a tumor suppressor gene in human prostate cancer Epigenetics 9, 477-82

Champion, C., Guianvarc'h, D., Senamaud-Beaufort, C., Jurkowska, R. Z., Jeltsch, A., Ponger, L.,Arimondo, P. B., and Guieysse-Peugeot, A. L. (2010). Mechanistic insights on the inhibition of c5DNA methyltransferases by zebularine. PLoS One 5, e12388.


Master en Biologie moléculaire-Biologie cellulaire - Génétique - Viellissement

Maitrise des techniques de biologie moléculaire et cellulaire (Q-PCR, ChiP...). Connaissance destechniques en épigénétique et/ou de la spectrométrie de masse appréciée.

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UMR 7206 Eco-anthropologie et ethnobiologie

Formes et pratiques d’engagement dans la production de données naturalistes. Etudeethnologique des dispositifs d’observation des lépidoptères

Directeur de thèse HDR : Romain Julliard (direction temporaire, la codirectrice s’étant engagée àpasser son HDR dans les 3 ans). Courriel : [email protected] - [email protected] Unité du directeur de thèse: UMR 7204 CESCO (MNHN/UPMC/CNRS). Equipe : Bases écologiques de la Conservation (BEC), responsable : E. Porcher (l’équipe derattachement de la thèse est celle de la co-encadrante). Doctorants en cours d’encadrement:Léa Lugassy (3eme année ; financement DIM Astrea) ; co-encadrement 50% avec Colin Fontaine.Martin Jeanmongin (2eme année ; ½ financement ED 227 ½ financement MEDDE) ; co-encadrement 50% avec Emmanuelle Porcher.Kevin Barré (1ere année ; financement DIM Astrea) ; co-encadrement 50% avec ChristianKerbiriou.Nicolas Dubost (1ere année ; financement LABEX BCDIV) ; co-encadrement 10% avec Isabelle LeViol et Pierre-Yves Henry. Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : Élise Demeulenaere, UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie (MNHN/CNRS/Paris 7), équipeanthropologie et politique de la nature. Pas de doctorants en cours d’encadrement. Sujet : La thèse se propose d’examiner les pratiques et les formes d’engagement des acteurs impliquésdans des dispositifs d’observation des papillons, à travers le prisme des données naturalistes.L’étude ambitionne donc de suivre et d’analyser le cheminement de ces dernières, de leurproduction à leur utilisation finale. Cette démarche permettra d’explorer les dimensions multiplesnourrissant l’engagement naturaliste : (i) la dimension sensible, à travers l’usage des sens dansl’observation des papillons ; (ii) la dimension sociale, les organisations collectives étant le supportet le terreau de l’activité de connaissance et de l’implication bénévole ; (iii) la dimension technique,par la médiation d’outils d’objectivation et de quantification (carte de répartition, indicateurd’abondance…), et de leurs instruments (photographie, forum internet, base de données) dans laconnaissance des lépidoptères ; (iv) et la dimension politique, prolongement nécessaire d’unengagement intense. Ces réflexions interrogeront in fine les ajustements que les dispositifsd’observation de la biodiversité autorisent entre milieux institutionnels et bénévoles, aux traditionset cultures naturalistes différentes. L’enquête fera appel à des méthodes ethnographiques ets’ancrera dans le champ de l’anthropologie de l’environnement. Les terrains d’étude envisagéss’articulent autour du milieu associatif amateur de papillons, et des laboratoires et services duMNHN impliqués dans l’étude des lépidoptères. Contexte national et international :Depuis les années 2000, les données naturalistes sont devenues un instrument central dans lespolitiques de gestion de la biodiversité ainsi que dans la recherche en écologie. En France, lacréation du Système d’Information sur la Nature et les Paysages et le lancement des observatoires

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Vigie-Nature, ainsi que l’élaboration de nombreux atlas départementaux, attestent de ce nouveaumouvement fondé sur la collaboration entre réseaux professionnels et associatifs. Deux pratiquesd’inventaire coexistent parmi ces dispositifs : la cartographie d’espèces, et le suivi de l’abondancedes populations. Le caractère novateur de la recherche réside dans la comparaison de ces deuxpratiques, chacune ayant son processus propre de fabrication des données. En outre, leslépidoptéristes sont un groupe de naturalistes représentant un contingent conséquent, diversifié, ethistorique des amateurs de nature : leur étude pourra avoir une valeur d’exemplification dufonctionnement des milieux naturalistes. Résultats attendus, stratégie de publication :La littérature en sciences sociales signale un manque de travaux sur la représentation desnaturalistes amateurs et appelle à une sophistication des analyses concernant leur implication dansl’observation de la biodiversité (Charvolin et al., 2007). La question de l’articulation entreperception de la nature, engagement dans son observation, et production de données naturalistesse place dans cette perspective, et permettra un accès à la publication dans des revues telles que :Ethnologie Française (Manceron, 2015) ; Natures Sciences Sociétés (Alphandéry et Fortier, 2011) ; laRevue d’Anthropologie des Connaissances (Heaton et Millerand, 2013 ; Morgan, 2009) ; Social Studiesof Science (Bowker, 2000 ; Ellis, 2011 ; Lorimer, 2008). Possibilités de réorientation :Les dispositifs étudiés se situant en France (atlas de Sarthe, du Loiret, STERF en Ile-de-France), et lecontact avec les groupes naturalistes ayant déjà été établi, il n’y aura pas de difficultés d’accèsnécessitant une réorientation du sujet. Faisabilité en trois ans, échéancier :La première année sera consacrée à une recherche bibliographique approfondie combinée à uneexploration des terrains d’étude. Cela devra permettre la consolidation de la problématique etamener le doctorant à formuler une architecture théorique du sujet précisant le cadreméthodologique et conceptuel choisi. La seconde année sera utilisée pour la collecte de donnéesethnographiques et leur première analyse, avec pour principe une immersion importante au seindes groupes sociaux étudiés. Enfin, la dernière année sera tournée vers la synthèse des matériauxde recherche et la rédaction de la thèse. Les chercheurs ayant travaillé sur les questions de cedoctorat sont identifiés et seront sollicités pour participer au comité de thèse. Publications :DESCHAMPS Suzie, Élise DEMEULENAERE, accepté, « L'Observatoire Agricole de la Biodiversité.

Vers un ancrage mésologique des pratiques agricoles », à paraître en 2015 dans un numérothématique d'Etudes Rurales, "Histoire et actualité des inventaires naturalistes" coordonné parIsabelle Arpin, Florian Charvolin, Agnès Fortier.

DEMEULENAERE Élise, 2013, « Les semences entre critique et expérience : les ressorts pratiquesd’une contestation paysanne », Revue d’Etudes en Agriculture et Environnement, 94 (4) : 421-441.

DEMEULENAERE Élise, Christophe BONNEUIL, 2011, « Des semences en partage. Constructionsociale et identitaire d’un collectif ’paysan’ autour de pratiques semencières alternatives »,Techniques & Culture, 57 (2) : 202-221.SHWARTZ Assaf, Hélène CHEVAL, Laurent SIMON, Romain JULLIARD, 2013, « Virtual GardenComputer Program for use in Exploring the Elements of Biodiversity People Want in Cities »,Conservation Biology, 27 : 876-886.DEGUINES Nicolas, Romain JULLIARD, Mathieu DE FLORES, Colin FONTAINE, 2012, « Thewhereabouts of flower visitors : contrasting land-use preferences revealed by a country-widesurvey based on citizen science », PLoSONE, 7 (9) : e45822.

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DEVICTOR Vincent, Chris VAN SWAYY, Tom BRERETON, Lluís BROTONS, Dan CHAMBERLAIN,Janne HELIOLA, Sergi HERRANDO, Romain JULLIARD, Mikko KUUSSAARI, Ake LINDSTROM, JiriREIF, David B. ROY, Oliver SCHWEIGER, Josef SETTELE, Constanti STEFANESCU, Arco VANSTRIEN, Chris VAN TURNHOUT, Zdenek VERMOUZEK, Michiel WALLIS DE VRIES, Irma WYNHOFFand Frédéric JIGUET, 2012, « Differences in the climatic debts of birds and butterflies at acontinental scale », Nature Climate Change, 2 : 121-124.

Profil du candidat recherché :Le candidat doit avoir une formation en ethnologie/anthropologie, et avoir une solide expériencede terrain. Des compétences en écologie et en biologie seront appréciées ainsi qu’une bonnemaîtrise de l’anglais.

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Co-cultures, éco-cultures ? Contribution de l'agrobiodiversité à l'alimentation rurale, parl’approche comparative des cultures associées « maïs-haricot » dans l’Occident mexicain

(Jalisco) et dans le Sud-ouest français

Directeur de thèse HDR : Serge BAHUCHET


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Eco-anthropologie etethnobiologie, UMR720

Equipe (intitulé, directeur) : Ethnoécologie et savoirs locaux, resp. S. Bahuchet et R. Dumez

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Doctorante MNHN en co-direction avec co-encadrant non HDR :

1) Pauline LAVAL (2012; avec Damien Davy CNRS; 0,5) dernière année, soutenance automne 2015 ;

Doctorantes MNHN en co-direction avec co-encadrant HDR :

2) Vanessa CHOLEZ (2011; avec Isabelle Henrion, Université Laval; 0,5) dernière année, soutenanceautomne 2015;

3) Anouck BESSY (inscription janvier 2014; avec Arun Agrawal, U. Michigan; 0,5) ;

Co-directeur en second de doctorante en co-tutelle :

4) Sandrine GALLOIS (2012, U. Autonome Barcelone/MNHN; Victoria Reyes-Garcia/Bahuchet; 0,5),dernière année, soutenance automne 2015 ;

Co-directeur en second dans l'ED :

5) Nastassia REYES (2013; J.-D. Wahiche/Bahuchet; 0,5)

Co-direction administrative, thèse CIFRE :

Julie SCAPINO, directrice Bernadette Lizet (en retraire en juillet 2014), co-dir CIFRE Philippe Jacob(Mairie de Paris); dernière année, soutenance automne 2015

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : François Léger, Ingénieur de recherche, Professeur, AgroParis-Tech (aucunencadrement)

Sujet :

L'agrobiodiversité est en régression dans l'ensemble du monde. Comprendre dans quellesconditions les communautés paysannes maintiennent ou non la diversité des cultivars est impératifpour tracer des politiques de conservation. A partir de l’étude de la polyculture de l’Ouest mexicain(milpa: maïs-courges-haricots), on confrontera l’usage des variétés locales à celles amélioréesmodernes. Cette approche de la diversité cultivée est associée à une enquête sur les choixalimentaires: dans quelles conditions sont consommés les cultivars, pour quels types de repas,quelles valeurs sociales leur sont prêtées ? Une approche comparative avec le système similaire deculture associée haricot-maïs dans le Sud-ouest français permettra de mettre en relief l’ancrage dessavoirs agroécologiques dans une culture et un système socio-économique particuliers. Bien que sedéveloppant dans des contextes différents, ces deux régions historiquement liées présentent dessimilitudes en termes de politiques agricoles et sont également au cœur des enjeux agroécologiques(agricoles et alimentaires) à l’échelle nationale et internationale.

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Cette thèse repose sur une approche interdisciplinaire originale associant ethnoécologie etanthropologie de l’alimentation. Elle offre la possibilité de discuter de la durabilité écologique,sociale et économique de systèmes agroalimentaires localisés et d’esquisser un modèleagroécologique susceptible de guider des politiques de préservation de l’agrobiodiversité.


La question de l’agrobiodiversité (inscrite dans la CDB et prônée par la FAO) est une préoccupationinternationale majeure, en lien avec la sécurité alimentaire et la lutte contre la pauvreté, tant dansles pays en développement mais aussi, paradoxalement, dans les pays riches. L’originalité de cettethèse réside dans l’association avec l’anthropologie alimentaire, et non avec l’agronomie (qui estl’approche générale).

Ce sujet s’inscrit dans le cadre d’une convention entre le MNHN et l’Université de Guadalajara, dansla suite de programmes d’enseignement et de recherche depuis 5 ans, d’une thèse en cours dans lamême région, complété par un programme de l’UMR 7206, associant l’AFD, le Ministère mexicainde l’environnement et le CNRS (Centre d’études mexicaines et centraméricaines CEMCA, USR3337).Le doctorant bénéficiera du CEMCA pour l’accueil local et d’une insertion dans les principauxdépartements de recherche de l'UdG en écologie, sociologie rurale, nutrition et agronomie.


Il est possible d'envisager une thèse sur publications: les types de lieux de culture et l'agricultureintercalée, l'inventaire des cultivars et leur choix, les types de repas et l'alimentation.


La région ciblée n'est pas sujette à troubles particuliers, pas de difficultés attendues entravant lathèse, menée dans des village d'accès aisé. La part respective des terrains comparatifs seraexaminée la 1e année, validée par le comité de thèse.


Première année:

- Inventaire et analyse bibliographique

- Choix des futures zones d’étude et élaboration de la méthodologie

- Comités de thèse et validation de l’orientation théorique et de la méthodologie comparative

- Pré-terrains et prise de contacts

- Premiers séjours d'enquêtes

- Transcription et analyse des données

Deuxième année:

- Comités de thèse et présentation des premiers résultats

- Analyse de l’ensemble des données

- Rédaction d’un article

- Deuxièmes terrains

Troisième année:

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- Analyse de l’ensemble des données réunies

- Terrains complémentaires

- Analyses et documentation pour la rédaction

- Comités de thèse, présentation des résultats de la recherche et discussion du plan

- Finalisation de la rédaction et soutenance

Publications :

BAHUCHET, S., F. Aubaile & R. Ávila Palafox, 2012.- Contribution de la biodiversité à l’alimentation.Revue d’ethnoécologie (en ligne), 2, 9 p. URL : http://ethnoecologie.revues.org/1138

Tena M., R. Ávila & S. BAHUCHET, 2012.- Los mercados de Guadalajara, México. Ejemplo delconsumo de plantas silvestres. Stvdivm. Revista de Humanidades (Zaragossa), 18: 169-191.


Formation double, en anthropologie-sciences humaines et en sciences de l'environnement; aptitudeà mener des recherches sur le terrain en immersion dans les communautés rurales et à la conduited'entretiens. Maîtrise de l'espagnol nécessaire.

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Histoire démographique et adaptative des Austro-Asiatiques : une lecture génomique

Directeur de thèse HDR : Pr Evelyne Heyer


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : UMR7206, Eco-Anthropologie et Ethnobiologie

Equipe (intitulé, directeur) : Equipe d'anthropologie évolutive, dir E. Heyer

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Total 2

Elise Lucotte (20% - 80% B Toupance - HdR prévue en 2016) - fin de thèse: octobre 2015

Jeremy Gardant (20% - 80% S Lebomin - HdR prévue en 2015 (l'HdR est écrite)) - deuxième annéede thèse

Agnès Sjostrand (50% : cotutelle avec la Suède) - fin de thèse: octobre 2015

Nina Marchi (70% - 30% L Ségurel) - première année de thèse

Co-directeur(s) HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement :

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Raphaëlle Chaix, UMR7206, Eco-Anthropologie Ethnobiologie, équipe de génétiquedes populations, 1 doctorant en cours de co-encadrement : Goki Ly

Sujet :

Ce projet de thèse consiste à investiguer l’histoire démographique et adaptative des populationsappartenant à l’une des plus grandes familles linguistiques d’Asie : les Austro-Asiatiques. Cettefamille linguistique qui couvre le Nord-Est de l’Inde et l’Asie du Sud-Est a été peu étudiée en termesde diversité génétique. Nous proposons d’utiliser le jeu de données SoGen (800 individusappartenant à 14 populations de langue Austro-Asiatique du Cambodge et du Laos, 1 à 2.5 millionsde SNPs) nouvellement généré dans le cadre de l’ANR SoGen pour

i) tester différents scénarios concernant l’origine et la diffusion de ces populations. En effet, le foyerd’origine de ces populations (Inde ou Asie du Sud-Est) fait l’objet de vifs débats parmi les linguisteset les archéologues. Pour investiguer cette question, l’étudiant(e) assemblera le jeu SoGen avec lesdonnées de la littérature et utilisera différentes méthodes descriptives (ACP, clustering), ainsi quedes méthodes d'inférence des scénarios de divergence et d'admixture (Treemix, Globetrotter) et lecas échéant une approche ABC.

ii) investiguer les pressions de sélection adaptative à l’œuvre dans ces populations : notamment,peut-on détecter des différences entre les populations de montagnards vivant de l'essartage et lespopulations de plaine vivant de riziculture inondée ? L’étudiant réalisera pour cela des scans desélection adaptative (Fst, iHS, XP-EHH).


Ce projet permettra de combler un manque en termes d'étude de la diversité génétique au niveaudu Sud-Est Asiatique. En effet, concernant le Cambodge et le Laos, très peu de données sontactuellement disponibles. Par ailleurs, la famille Austro-Asiatique, bien qu'étant une des plusgrandes familles linguistiques d'Asie, a fait l'objet de très peu d'études en termes de diversitégénétique. Le jeu de données SoGen, par son ampleur (800 individus, 1 à 2.5 millions de SNPs selonles individus), permettra de combler ce manque. La thèse se fonde sur des méthodes très récentes

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permettant d'investiguer les scénarios de divergence et d'admixture d'une part, et de détecter lasignature de la sélection naturelle d'autre part.


Nous envisageons a priori deux publications

- une publication concernant l'histoire démographique de ces populations : assemblage du jeu dedonnées SoGen avec les données de la littérature, analyses descriptives (MDS, clustering),estimation de taux et dates d'admixture (Treemix, GlobeTrotter…), le cas échéant approche ABCpour distinguer différents scénarios de divergence et de mélange de ces populations

- une publication concernant l'histoire adaptative de ces populations : présentation des scans desélection génomique fondés sur différents estimateurs (Fst, iHS, XP-EHH).


Il est possible qu'une des deux parties prenne plus de temps que l'autre (notamment en cas dedéveloppement d'approche ABC), ce qui laissera moins de temps pour l'autre


Les données étant produites l'étudiant pourra dès sa première année débuter l'analyse desdonnées.

- 1ère année : assemblage du jeu de données avec les données de la littérature (HUGO, Chaubey etal, 1000 genomes), analyses descriptives (MDS, Admixture), calcul de taux et dates d'admixture(Treemix, MixMapper, GlobeTrotter…)

- 2ème année : approche ABC si elle s'avère pertinente pour tester différents scénarios dedivergence et de mélange de populations

- 3ème année : scans du génome pour détecter la signature de la sélection adaptative

Publications :

Laurent R, Toupance B, Chaix R (2012) Non-random mate choice in humans: insights from agenome scan Molecular Ecology 21(3): 587–596

Heyer E, Chaix R, Pavard S., Austerlitz F (2012) Sex-specific behaviors that shape human genomicvariation Molecular Ecology. Feb;21(3):597-612

Chaix R, Quintana-Murci L, Hegay T, Hammer M, Mobasher Z, Austerlitz F, Heyer E (2007) Fromsocial to genetic structures in Central Asia. Current Biology 17: 43-48

Cofinancement : un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature,montant, durée : Ce projet est fondé sur des données produites dans le cadre de l'ANR SoGen(porteur : R. Chaix)


L'étudiant aura une une formation solide en génétique des populations, des capacités dans lemaniement des outils bioinformatiques, et un intérêt pour la multidisciplinarité (travail encollaboration avec des linguistes)

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UMR 7208 BOREA, Biologie des Organismes et des Ecosystèmes Aquatiques

Impact des stress environnementaux (lumière et température) sur la mise en place dessystèmes dopaminergiques et sérotoninergiques de la seiche, Sepia officinalis

Directeur de thèse HDR : Laure Bonnaud-Ponticelli, PR MNHN


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Biologie des ORganismes etEcosytèmes Aquatiques (BOREA) UMR CNRS 7208 Directrice : Sylvie Dufour

Equipe (intitulé, directeur) : Equipe 2A: Reproduction et Développement des organismesaquatiques: évolution, adaptation et régulations. Responsable : L. Bonnaud-Ponticelli

Site internet : http://borea.scrol.net/fr/equipe-2-reproduction-d%C3%A9veloppement-organismes-aquatiques-%C3%A9volution-adaptation-r%C3%A9gulations-0

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Aucun

Sujet :

Le développement du système nerveux est une des clés de l’adaptation des organismes à leurmilieu de vie. Fait unique chez les Lophotrochozoaires, les céphalopodes ont des systèmesdopaminergiques et sérotoninergiques qui contrôlent chez l’adulte des processus tels queperception de l’environnement, mémorisation et capacités cognitives. Le projet porte sur ledéveloppement de ces systèmes chez la seiche, Sepia officinalis, dans une perspective « éco-évo-dévo ». Au cours de l’embryogenèse, les œufs (protégés par une capsule noire) sont soumis à defortes variations de lumière et de température et l’influence de ces facteurs sur la mise en place dessystèmes sera explorée par des expérimentations.

Il s’agira de 1) caractériser les gènes d’intérêt (voies de synthèse et de différenciation, récepteursputatifs) 2) d’identifier leur(s) rôle(s) par leur pattern d’expression au cours du développement,avant et après éclosion, 3) de mettre en évidence d’éventuelles modifications spatiotemporelle desneurones dopaminergiques et sérotoninergiques en fonction de la lumière et de la température.

Les résultats permettront d’élaborer des hypothèses chez les Métazoaires sur l’évolution des gènes,des systèmes et des fonctions physiologiques ainsi que sur la plasticité évolutive etdéveloppementale des réseaux moléculaires de ces systèmes, en réponse aux stressenvironnementaux.


La seiche est un modèle émergent, parmi les modèles marins de Lophotrochozoaires non-conventionnels en Evo-Dévo au niveau international, et nous sommes une des rares équipes àintégrer l’environnement (contexte Eco-Evo-Devo).

Des collaborations sont en place dans BOREA avec P. Favrel et J. Henry (Univ de Caen) pour leurexpertise sur le système nerveux adulte des mollusques et avec C. Pasqualini (UPR Neurobiologie etdéveloppement CNRS Gif/Yvette) pour l’aspect comparatif et évolutif des systèmesdopaminergique et sérotoninergique chez les vertébrés.

Des collaborations établies avec une équipe américaine (Univ. Chicago) et une équipe italienne(Univ Sannio) travaillant sur l’Octopus, permettent d’enrichir les hypothèses comparatives. Unprojet, déposé dans le cadre de Sorbonne Universités avec une Université brésilienne (Univ Fed. Rio

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de Janeiro) sur la dynamique de neurogenèse chez les céphalopodes, intègre le sujet de thèse dansune collaboration internationale.


1) Identification de gènes d’intérêt chez la seiche (EST embryon de seiche, clonage) à partir degènes connus chez d'autres métazoaires pour la différenciation et la fonction des systèmes àdopamine et sérotonine.

2) Mise en place spatio-temporelle au cours du développement et détermination des réseauxmoléculaires impliqués (hybridation in situ et immunomarquage)

3) Influence des facteurs température et lumière sur le développement de ces systèmes.

Les publications porteront sur les réseaux de gènes impliqués dans le développement des systèmesà dopamine et sérotonine et leurs rôles dans l’impact de facteurs environnementaux. Cespublications comporteront un volet d’hypothèses évolutives et fonctionnelles au sein desMétazoaires


L'équipe a toute l'expertise requise sur le développement de la Seiche, ainsi que sur l’ensemble desméthodes mise en œuvre au cours de la thèse. Les contacts avec les stations marines pourl’obtention des œufs sont en place. Il n’y a pas de risques.


Ce projet a été initié dans le cadre d’un Master 2 (clonage et premiers essais de localisation).

1ère année: Caractérisation des gènes et localisation. Etude comparative (in silico etbibliographique) avec les données génomiques des systèmes d'autres modèles (mollusques etautres métazoaires). Rédaction du 1er article.

2nde année: Etude de la mise en place des systèmes dopaminergiques et sérotoninergiques.Expérimentations (inhibiteurs chimiques et 1ers tests d’effet de la température et de la lumière).Rédaction du 2nd article.

3ème année: Poursuite des expérimentations et détermination des impacts des facteurs de stressenvironnemental sur les voies dopaminergiques et sérotoninergiques. Rédaction du 3ème article.Rédaction de la thèse.

Publications :

Baratte S. & Bonnaud L. 2009. Evidence of early nervous differentiation and earlycatecholaminergic sensory system during Sepia officinalis embryogenesis. Journal of ComparativeNeurology. 517: 539-549

Buresi A., Baratte S., Da Silva C. & Bonnaud L. 2012. orthodenticle/otx ortholog expression in theanterior brain and eyes of Sepia officinalis (Mollusca, Cephalopoda) Gene Expression Patterns.12(3-4): 109-116.

Bassaglia Y.,, Buresi A., D. Franko, Andouche A., Baratte S., Bonnaud L. 2013. Sepia officinalis: a newbiological model for eco-evo-devo studies. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology.447: 4-13.

Cofinancement : un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature,montant, durée : Un co-financement qui contribuera aux frais de fonctionnement de ce projet a étédemandé dans le cadre du programme de collaboration avec le Brésil de Sorbonne Universités(durée 1 an).

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Profil du candidat recherché : Le/la candidat.e devra avoir une bonne connaissance de la biologiedu développement, de la physiologie et morphologie du système nerveux dans une optiquecomparative et évolutive.

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Adaptations sensorielles chez les crevettes hydrothermales profondes : Comparaison desfacultés sensorielles de la crevette hydrothermale Mirocaris fortunata et de l’espèce

côtière Palaemon elegans

Directeur de thèse HDR : Juliette RAVAUX (MCU UPMC-HDR)


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Biologie des ORganismes etEcosystèmes Aquatiques, BOREA, UMR 7208

Equipe (intitulé, directeur) : Adaptations aux Milieux EXtrêmes (AMEX), Dir. Bruce Shillito


Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Magali ZBINDEN (MCU UPMC - HDR en cours, prévue 2015), UMR BOREA 7208,Equipe AMEX, 1/2 doctorant (co-encadrement et co-financement Ifremer sur les symbioses)

Sujet :

Les sites hydrothermaux profonds forment des habitats fragmentés et instables le long des dorsalesocéaniques, et sont colonisés par une faune endémique et spécialisée qui dépend des émissionshydrothermales pour ses apports trophiques. Les capacités de perception de l’environnement desespèces hydrothermales ont globalement été peu étudiées malgré leur importance capitale dans lacompréhension du cycle de vie de ces espèces, leur dispersion, leur maintien et leur évolution àlong terme.

Les crevettes Alvinocarididae sont emblématiques des sites de la dorsale Médio-Atlantique, et lesmécanismes qui leur permettent de se repérer dans leur milieu en l’absence de lumière afin delocaliser les émissions hydrothermales et leur source de nourriture, restent une énigme. Il estactuellement urgent d’enrichir nos connaissances sur ces mécanismes en raison de l'exploitationimminente des ressources minérales dans les zones hydrothermales, car l’impact des rejets minierssur la physiologie des espèces risque d’être important.

L’objectif de la thèse est d’étudier les facultés sensorielles et les éventuelles adaptationssensorielles chez les crevettes des sources hydrothermales profondes, en se focalisantparticulièrement sur la chimio- et la thermo-réception. Une étude comparée sera menée sur uneespèce endémique des sources hydrothermales, Mirocaris fortunata, et sur une espèce côtièreapparentée, Palaemon elegans.


L'équipe AMEX fait partie du groupe d'experts de l'océan profond du programme européen MIDAS(Managing Impacts of Deep-seA reSource exploitation), qui évalue la vulnérabilité des écosystèmeshydrothermaux face aux perturbations crées par l’exploitation minière à proximité des sources. Ceprogramme finance l'ensemble des expériences de ce sujet de recherche sur les organes sensorielsdes crevettes (sorties de terrain, matériel, consommables et publications).

Ce projet de thèse s'intègre dans un réseau de collaborations existantes : 1) intra-UMR 7208 avec N.Rabet (élevage de crevettes côtières) et S. Dufour (récepteurs à la température TRP) ; 2) UMR PISC1272 UPMC INRA Versailles avec P. Lucas (électrophysiologique de l'olfaction), T. Chertemps et N.Montagné (neuro-éthologie et identification des gènes chimiosensoriels) ; 3) IFREMER avec C. Konn

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(chimie des fluides hydrothermaux) ; 4) Océanopolis Brest (élevage de crevettes hydrothermalesdans le cadre de l'exposition AbyssBox).


1. Etude comportementale - détermination des capacités de détection de stimuli environnementaux(composants du fluide, température, nourriture)

2. Etude en électrophysiologie - identification des stimuli environnementaux positifs etcaractérisation de la réponse

3. Analyse moléculaire des récepteurs sensoriels - séquençage et localisation dans les organessensoriels (familles des récepteurs olfactifs IR et à la température TRP)

Une première publication est envisagée sur les réponses comportementale et physiologique(activation des neurones olfactifs). Une seconde publication portera sur l’identification et lalocalisation des récepteurs sensoriels.


Pour l’ensemble des points, la disponibilité des échantillons est garantie car nous disposons d'unélevage de crevettes côtières (P. elegans) et hydrothermales (M. fortunata, collab. Océanopolis) àl'UPMC.


Ce sujet aborde des questions originales inédites sur des modèles animaux bien connus de l'équipe,et bénéficie du financement du projet MIDAS. Des données préliminaires acquises dans le cadre destages de Master 2 (2013/2015) ont permis de valider la faisabilité technique des 3 approchesproposées.

1ère année: Expériences d'électrophysiologie et de comportement

2e année: Etude moléculaire des récepteurs sensoriels (famille TRP et IR): identification etlocalisation in situ / rédaction d'un premier article

3e année: Compléments d'expériences de localisation in situ et rédaction d'un second article /Rédaction de la thèse

Publications :

Juliette Ravaux (30 publications) / Magali Zbinden (40 publications)

1) Shillito B., Ravaux J., Sarrazin J., Zbinden M., Sarradin P.M., Barthelemy D. (2015) Long-termmaintenance and public exhibition of deep-sea hydrothermal fauna: the AbyssBox project. Deep-Sea Research, in press.

2) Ponsard J., Cambon-Bonavita M.-A., Zbinden M., Lepoint G., Joassin A., Corbari L., Shillito B.,Durand L., Cueff-Gauchard V. and Compère P. (2013) Inorganic carbon fixation by chemosyntheticectosymbionts and nutritional transfers to the hydrothermal vent host-shrimp, Rimicaris exoculata.ISME Journal 7 : 96-109.

3) Ravaux J., Léger N., Rabet N., Morini M., Zbinden M., Thatje S., Shillito B. (2012) Adaptation tothermally variable environments: capacity for acclimation of thermal limit and heat shock responsein the shrimp Palaemonetes varians. J Comp Physiol B, 182 (7), 899-907.

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Cofinancement : un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature,montant, durée : Programme européen MIDAS (Managing Impacts of Deep-seA reSourceexploitation) pour les frais de fonctionnement et missions du projet (150 kE pour l'équipe AMEX,2014-2016)


- Connaissances et compétences demandées en électrophysiologie

- Connaissances / compétences additionnelles souhaitables en biologie moléculaire (PCR, analysede séquences, HIS), éthologie, aquariologie, Crustacés

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Diadromie, dispersion et histoire évolutive du complexe Caridina nilotica/weberi dans lessystèmes insulaires de l’Indo-Pacifique

Directeur de thèse HDR : Keith Philippe, PR


Unité du directeur de thèse : UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques(BOREA). Dir : Sylvie Dufour

Equipe: « Dispersion larvaire et organisation en milieu austral et insulaire », UMR 7208 BOREA-Dir. Pr P. Keith

Doctorants en cours d’encadrement : Gael Denys, 3ème année, Co-dir. A. Dettaï ; MarionMennesson, 2ème année, Co-dir. Eric Feunteun.

Co-directeur HDR : Luquet Gilles, PR ; UMR 7208 BOREA, Equipe « Evolution desbiominéralisations et adaptation aux contraintes environnementales » ; Pas de doctorant.

Sujet :

Les rivières des milieux insulaires tropicaux hébergent des crustacés décapodes originaux. Ellessont en effet colonisées par des espèces dont le cycle vital s’est adapté aux caractéristiquesparticulières de ces milieux, pauvres en éléments nutritifs et soumis à de fortes variationssaisonnières. Ces espèces pondent en eau douce, les larves dévalent vers la mer où elles vivent unephase planctonique puis retournent vers les rivières où elles grossissent et se reproduisent ; on lesqualifie d’espèces amphidromes. C’est ce cycle de vie particulier qui permet aux populationsd’assurer leur pérennité en maintenant une dispersion marine forte, et en assurant la colonisationde milieux nouveaux La thèse portera sur le complexe Caridina nilotica/weberi (Atyidae). Situées à la base des réseauxtrophiques et indicateurs de la qualité des milieux, les Caridines constituent un élément majeur desécosystèmes insulaires d’eau douce. Cependant, leur taxonomie basée sur les caractèresmorphologiques du rostre et des péréiopodes pose des problèmes de délimitation d’espèces etfreine les études sur la biologie et l’écologie de ces organismes. D’autre part, une découverterécente, indiquant que chez les décapodes, des structures squelettiques demeurent pérennes au fildes différents cycles de mue (moulin gastrique et certaines régions calcifiées des pédonculesoculaires), ouvre de nouvelles voies d’études. Ces structures présentent non seulement des zonesde croissance permettant la détermination de l’âge de l’individu mais sont également susceptiblesd’être des enregistreurs des variations de la composition du milieu. L’objectif de la thèse est doncde réaliser une étude complète de ce complexe permettant d’allier l’acquisition de connaissancesfondamentales sur la taxonomie, les traits de vie (dispersion, vie larvaire, recrutement, flux degènes) et la recherche appliquée, afin d’établir les bases de leur gestion. Les outils utilisés seront lataxonomie intégrative, la sclérochronologie et la phylogéographie.


La gestion des crustacés migrateurs dans les régions d’outre-mer est un enjeu important au niveaumondial compte tenu du nombre d’espèces concernées par des pêcheries non durables. Dans lecadre de ses travaux, l’UMR BOREA a acquis des compétences internationales reconnues dansl’étude des traits de vie des espèces amphidromes et elle a mis en place un réseau important decollaborations (nombreux muséums nationaux, Université de Tokyo ; Université de Brisbane,

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Australie ; Université de Corpus Christi, USA etc.) lui permettant d’être à la pointe des recherchessur la diadromie en milieu insulaire tropical.


Après résolution des problèmes taxonomiques, des analyses structurales seront entreprises sur lesparties du squelette susceptibles de retracer avec précision l’historique de chaque individu (duréedes phases larvaires, âge, croissance). Elle sera complétée par l’analyse de la structurationgéographique des modèles afin de mesurer les échanges entre populations et de déceler l’existencede barrières à la dispersion. Les résultats acquis auront des applications directes en matière degestion des crustacés migrateurs. Une publication sur la taxonomie du complexe étudié est attendue à mi parcours. Elle seracomplétée par une seconde sur la sclérochronologie puis par une autre de phylogéographie.


Ce sujet est un thème majeur et transversal de l’UMR. L’essentiel du matériel nécessaire audoctorant a déjà été récolté, il aura accès aux collections issues des campagnes réalisées parl’équipe dans la région de l’Indo-Ouest-Pacifique. La plateforme technique de sclérochronologiemise en place dans l’UMR sera utilisée pour ces analyses, ainsi que le SSM.


Première année : Taxonomie intégrative, validation des taxons; Compléments terrain éventuels.

Seconde année : Sclérochronologie (recherche de marqueurs d’habitats ; analyses structurales,microchimie) ; Etude de la Phylogéographie du modèle ; Rédaction du 1er article.

Troisième année : Etude de la Phylogéographie des modèles ; synthèse ; Rédaction du 2ème article ;Rédaction de la thèse.

Publications :

Feutry P., Castelin M., Ovenden J., Dettai A., Robinet T., Cruaud C., Keith P., 2013. Evolution of diadromousbehaviour in fish species: insights from a tropical genus (Kuhlia spp.). The American Naturalist, 181(1): 52-63.

Feutry P., Vergnes A. , Broderick D., Lambourdière J., Keith P., Ovenden J.R., 2013. Stretched to breakingpoint; when does short pelagic larval duration fail to connect conspecific populations? An example fromKuhlia rupestris, an Indo-Pacific diadromous fish. Molecular Ecology, 22: 1518-1530.

Castelin M., Feutry P., Hautecoeur M., Marquet G., Wowor D., Zimmermann G., Keith P., 2013. New insight onthe genetic connectivity of the widespread amphidromous prawn Macrobrachium lar (Fabricius, 1798)(Crustacea: Decapoda: Palaemonidae). Marine Biology, 160:1395-1406.

Luquet G., Fernández M.S., Badou A., Guichard N., Le Roy N., Corneillat M., Alcaraz G., Arias J.L., 2013.Comparative ultrastructure and carbohydrate composition of gastroliths from Astacidae, Parastacidae andCambaridae freshwater crayfishes (Crustacea, Decapoda). Biomolecules 3:18-38.

Cofinancement :

La partie fonctionnement du projet sera assuré par l’équipe, l’UMR (Programme transversaldiadromie) et nos collaborations internationales.

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Le candidat devra avoir de bonnes connaissances en écologie/biologie des organismes aquatiques,en particulier des crustacés. Des compétences en taxonomie et/ou phylogéographie serontappréciées.

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UMR 7209 Archéozoologie, archéobotanique: sociétés, pratiques,environnements (AASPE)

Enregistrement isotopique haute résolution des pratiques d'élevage et de la mobilité deshommes et des troupeaux en Mongolie

Directeur de thèse HDR : Antoine Zazzo (HDR, CR1 CNRS)


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : UMR7209 "Archéozoologie,archéobotanique: sociétés, pratiques, environnements (AASPE)

Equipe (intitulé, directeur) : Sociétés, animaux et plantes en Asie et en Afrique (SAPAA, dir: MarjanMashkour)


Sujet :

En Mongolie, le pastoralisme nomade est actuellement la principale stratégie des éleveurs pourexploiter au mieux les ressources disponibles et gérer leurs fluctuations. Loin d’être un systèmefigé, le pastoralisme mongol s’adapte continuellement aux contextes politiques, socio-économiqueset environnementaux. Les programmes de fouilles menés récemment ont démontré que la réponseaux difficultés liées à l’environnement steppique et au climat hyper-continental avait pu varierselon les époques entre des systèmes agropastoraux sédentaires, semi-sédentaires ou nomades. Lacompréhension des mécanismes impliqués dans l'évolution de la dynamique du pastoralismemongol nécessite donc de s’intéresser aux relations homme-animal dans le passé. Cette archéologiede la mobilité, si délicate à percevoir, se trouve au cœur de ce projet de thèse qui s’appuiera sur lesoutils de la biogéochimie isotopique. Les analyses seront réalisées le long des tissus à croissancecontinue (poil, corne) ou prolongé (émail) des quatre principaux domestiques (chèvre, mouton,bœuf, cheval) afin de renseigner sur différents aspects de la gestion des troupeaux. Un référentielisotopique actuel sera mis en place, qui sera constitué d’animaux dont les parcours sont déterminésindépendamment grâce à un suivi GPS. Cette approche intégrée sera appliquée à la vallée d’EgyinGol (EG), mais pourra être étendue à d’autres terrains (Altaï et Arkhangaï) sur lesquels notreéquipe dirige ou participe déjà à des fouilles.


Paradoxalement, les archéologues travaillant en Mongolie ne prennent que très peu en comptel’animal, qui est pourtant au centre de l’organisation des sociétés pastorales. En France, notreéquipe est la seule à travailler sur ce thème avec les outils isotopiques. Cette thématique a ététraitée à l’étranger (Makarewicz, Univ Kiel), mais avec une méthodologie qui ne permet pas deretracer les déplacements saisonniers. Le couplage des données satellitaires et isotopiques sur destroupeaux n’a jamais été tenté et permettra de tester l’hypothèse selon laquelle la compositionisotopique des dents ou du poil peut être utilisé comme marqueur de la transhumance. Auxtraceurs classiquement utilisés (isotopes stables du carbone, de l’azote, de l’oxygène) des traceursdes déplacements des animaux (isotopes du strontium) seront utilisés pour la première fois enMongolie.

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A travers cette approche intégrée, nous souhaitons proposer un éclairage méthodologique inédit etune nouvelle étape de réflexion sur les thèmes liées à l’histoire des pratiques agropastorales,l’évolution des systèmes nomades, la mobilité des troupeaux et des hommes, leur alimentation etl’analyse des systèmes symboliques à travers la place de l’animal dans les contextes funéraires. Lamise en regard des données GPS et des profils isotopiques validera l’utilisation de traceursisotopiques des déplacements saisonniers des animaux. Ces résultats seront présentés en colloqueet publiés dans des revues indexées : Rapid Comm Mass Spectrom ; J. Archaeol. Sc., Archaeometry


Les GPS (disponibles dès 2015) peuvent être perdus ou volés. Dans ce cas le volet méthodo seraréduit au profit du volet applicatif. Le matériel d’EG (disponible) pourra être complété par d’autressites dans l’Altaï ou l’Arkhangai ou nous travaillons


La faisabilité s’appuie sur:

- une technique d’échantillonnage déjà validée

- le cadre opérationnel de la mission archéologique du MAE (dir : Lepetz), et la collaboration avecles archéologues mongols (T. Turbat, B. Noost)

- la disponibilité des échantillons actuels & archéo

- le service du SSMIM et collaboration avec le LSCE

Echéancier:

2015/16: biblio ; terrain pour pose des GPS et échantillonnage des troupeaux ; préparation etanalyse des échantillons archéologique ; article sur la saisonnalité d’occupation du cimetière d’EG

2016/17: analyse du référentiel actuel et traitement des données GPS ; article sur la confrontationdes données satellitaires et isotopiques

2017/18: article sur les pratiques d’élevage à EG, rédaction, soutenance

Publications :

Publications de Antoine Zazzo:

(1) Bendrey R., Vella D., Zazzo A., Balasse M., Lepetz S. (2014) Exponentially decreasing toothgrowth rate in horse teeth: implications for isotopic analyses. Archaeometry. doi:10.1111/arcm.12151

(2) Zazzo A., A., Monahan F.J., Moloney A.P., Green S., Schmidt O. (2011) – Sulfur isotopes in hairtrack distance to sea. Rapid Communication in Mass Spectrometry. 25 : 2371–2378

(3) Zazzo A. Balasse M., Passey B.H., Moloney A.P., Monahan F.J., Schmidt O. (2010) - The isotoperecord of short- and long-term dietary changes in sheep tooth enamel: Implications for quantitativereconstruction of paleodiets. Geochimica et Cosmochimica Acta. 74: 3571–3586

Cofinancement : un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature,montant, durée : L’achat des GPS est financé par un projet PEPS de l’Inee (15 keuros) ; les missions

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de terrain sont partiellement financées par le projet MAE dirigé par S. Lepetz (UMR 7209) et lesfonds propres de l’UMR7209 (équipe SAPAA). Des financements complémentaires seront sollicitéspour les analyses isotopiques, notamment auprès du MNHN (ATM DSE, Interaction minéral-vivant).


Master archéologie avec un goût pour la géochimie ou Master géologie avec un goût pourl'archéologie. Une expérience en géochimie isotopique serait un plus, tout comme une connaissancedes problématiques spécifiques au pastoralisme nomade.

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UMR 7618 Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris iEES-Paris

Étude de l’influence du parasitisme sur la structure et la stabilité des réseaux trophiques parune approche éco-évolutive

Directeur de thèse HDR : Pr Nicolas LOEUILLE


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Instritut d'écologie et dessciences de l'environnement de Paris (UMR 7618 iEES-Paris)

Equipe (intitulé, directeur) : Ecologie et Evolution des Réseaux d'Interactions (EERI, départementDiversité des Communautés et Fonctionnement des Ecosystèmes), dir. Pr Nicolas Loeuille


Aurore Picot, première inscription en thèse: sept 2015, co-directeur de thèse Thibaud Monnin(HDR)

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Dr Vincent MEDOC, iEES-Paris, équipe EERI, aucun doctorant en coursd'encadrement

Sujet :

Selon la théorie de l’approvisionnement optimal, l'investissement total dans la prédation dépenddes besoins énergétiques du consommateur et se répartit entre les différentes proies selon leursprofitabilités. Il en résulte une hétérogénéité des forces d’interaction qui stabilise les réseaux. Enchangeant les besoins énergétiques du prédateur ou la profitabilité des proies, les parasitespeuvent modifier la force et la distribution des interactions trophiques. Si les implications duparasitisme dans la structure et la stabilité des communautés sont potentiellement fortes, ellesn’ont pas encore été explorées. Le projet associe expérimentation et modélisation pour étudier lesconséquences comportementales, écologiques et évolutives de l’ajout d’un parasite à des modulesfaits d’un prédateur optimal et de plusieurs proies. Les modules seront maintenus en mésocosmeset leurs évolutions seront confrontées aux scénarii obtenus par modélisation. Les dynamiquescomportementales seront déterminées à l'aide du cadre qualitatif de l'approvisionnement optimal.Nous testerons l’effet du parasitisme sur le régime alimentaire du prédateur. Les dynamiquesécologiques et évolutives seront appréhendées par des systèmes d'équations différentiellesordinaires. Nous étudierons le lien entre parasitisme et stabilité, l’apparition de stratégiesd’évitement des proies infectées chez le prédateur, et l’évolution des stratégies d’exploitation del’hôte par les parasites.


Les chercheurs nationaux privilégient les aspects évolutifs en s’intéressant aux stratégiesadaptatives des parasites (travaux de F. Thomas et al., Montpellier), et plus particulièrement desparasites à transmission trophique (travaux de T. Rigaud et al., Dijon). A l’international, lesimplications écologiques des parasites à l'échelle des réseaux suscitent un intérêt grandissant maissont peu abordées par la modélisation. Des travaux soulignent l’importance des parasites dans desréseaux naturels (travaux de K.D. Lafferty et al., Californie), ou encore leurs conséquencesfonctionnelles (flux de nutriments, travaux de M.V.K. Sukhdeo et al., New Jersey) et les effets en

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cascade de l’ajout d’une proie parasitée à un réseau aquatique (étude de T. Sato et al., Japon). Lamodélisation des dynamiques écologiques et évolutives de structures parasitées tout commel’utilisation du cadre qualitatif de l’approvisionnement optimal sont donc des approches originaleset novatrices.


Il est attendu que l’infection augmente la demande énergétique du prédateur et la profitabilité de laproie, avec un effet significatif sur le degré de généralisme du prédateur. A l’échelle écologique,l’infection de la proie la plus profitable renforcerait l’hétérogénéité des forces d’interaction etstabiliserait la communauté, et inversement. Evolutivement, un trade-off entre virulence etprévalence est attendu chez les parasites. Assez rapidement, le(la) doctorant(e) prendra part à larédaction d’un article conceptuel présentant le cadre de travail. Les résultats donneront lieu àplusieurs autres articles dans des revues de rang A en écologie, sur lesquels s'appuiera la rédactiondu manuscrit de thèse.


Il est possible de renforcer le volet théorique si le volet expérimental pose des difficultés. Desmodèles biologiques alternatifs peuvent être envisagés (organismes planctoniques) pour constituerles modules trophiques.


Les méscocosmes du projet PLANAQUA à la station biologique de Foljuif permettront la mise enplace des modules trophiques dès le début de la thèse. Des inventaires ont confirmé la présence desmodèles biologiques (poissons carnivores, proies invertébrées et leurs parasites) près de la station.La première année sera dédiée aux dynamiques comportementales. Les dynamiques écologiques etévolutives s’appuient en partie sur l’évolution des modules et seront donc abordées à compter de ladeuxième année. Les six derniers mois seront réservés à la finalisation de la thèse. Le risque associéau projet est relativement faible, les deux directeurs ayant déjà utilisé de tels dispositifsexpérimentaux (V. Médoc) et outils théoriques (N. Loeuille).

Publications :

Loeuille N (2010) Consequences of adaptive foraging in diverse communities.” Functional Ecology24: 18–27.

Loeuille N & Loreau M (2009) Emergence of complex food web structure in community evolutionmodels. In "Community Ecology", edited by HA Verhoef and PJ Morin, 1:163–179.

Oxford, UK: Oxford University Press.

Loeuille N & Loreau M (2005) Evolutionary emergence of size-structured food webs. Proceedings ofthe National Academy of Sciences of the United States of America 102: 5761– 5766.

Médoc V & Beisel J-N (2011) When trophically-transmitted parasites combine predationenhancement with predation suppression to optimize their transmission. Oikos 120: 1452-

1458.

Médoc V, Piscart C, Maazouzi C, Simon L & Beisel J-N (2011) Parasite-induced changes in the diet ofa freshwater amphipod: field and laboratory evidence. Parasitology 138: 537-546. Cézilly F,

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Thomas F, Médoc V & Perrot-Minnot M-J (2010) Host manipulation by parasites with complex lifecycles: adaptive or not? Trends in Parasitology 26: 311-317.


Par ordre de priorité, le candidat devra : présenter de solides compétences en modélisationmathématique, être familier du concept d’optimal foraging et de la coévolution hôte/parasite, avoirle goût pour l’expérimentation en conditions contrôlées.

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Dynamique de l'azote dans une savane tropicale : du compartiment microbien des sols aubassin versant

Directeur de thèse HDR : Jean-Christophe Lata (MdC HdR UPMC)


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Institut d'écologie et dessciences de l'environnement de Paris (UMR 7618 iEES-Paris)

Equipe (intitulé, directeur) : Ecologie integrative : des mécanismes aux services écosystémiques(EMS), dir. Sébastien Barot, appartenant au Département Diversité des Communautés etFonctionnement des Ecosystèmes, dir. Jean-Christophe Lata

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Ambre David, en 2ième année. Coencadrants : Luc Abbadie (iEES Paris); JérômeNgao (Piaf Clermont Ferrand)

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Julie Leloup ([email protected]), UMR 7618, équipe Communautésmicrobiennes dans les écosystèmes continentaux (CoMIC), dir. Emma Rochelle-Newall, appartenantau Département Diversité des Communautés et Fonctionnement des Ecosystèmes, dir. Jean-Christophe Lata; 1 doctorante en cours de coencadrement (troisième année)

Sujet :

L’intensification des cultures en Afrique subsaharienne est souvent réalisée par le défrichement dessavanes par le feu, suivi de culture sur brûlis. Dans ces régions connaissant des épisodes de pluiesintensives, ces pratiques répétées ont pour conséquence une érosion majeure de la fertilité des solset une modification des cortèges de Graminées. Ces dernières sont soupçonnées de contrôler dansleur rhizosphère la diversité et les fonctions des microorganismes et ainsi le cycle de l’azote (N -limitant dans ces écosystèmes) et la fertilité.

Cette thèse vise à comprendre ces processus dans la savane modèle de Lamto (Côte d’Ivoire) autourde trois axes:

• 1) A l'échelle plante, quel est l'impact des Graminées sur la diversité microbienne, lerecyclage de l’N, en particulier la nitrification, et la fertilité?

• 2) A l’échelle parcelle, quel est l’impact croisé des pluies et feux sur les pertes d’N via ladestruction des végétaux?

• 3) A l’échelle petits bassins versants, quel est l’impact du ruissellement sur l’entrainement ettransformation de l’N dans les systèmes aquatiques associés?

La thèse abordera ces 3 axes in situ: 1) en savane non perturbée; 2) en parcelles contrôlées avecpluies et feux de différentes intensités; 3) en mesurant les eaux de ruissellement des parcelles auxpetits bassins versants. Les mesures coupleront bilan physicochimique (N total, dissous, 15N) etbiologique (diversité génétique des microorganismes telluriques et aquatiques, traits desvégétaux).

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Cette thèse sera un travail novateur concernant tout d’abord le contrôle du cycle de l’N par lesplantes de savanes tropicales. En particulier, nous sommes une équipe leader avec nos partenairesjaponais (Subbarao et al. 2012, 2013) sur le contrôle par les plantes de la nitrification, processuscrucial pour l’agriculture tropicale car pouvant mener à d’importantes pertes de nitrate et donc defertilité.

D’autre part, peu d'études existent actuellement sur l'effet des feux de brousse sur la perte en N dessols via l’interaction avec les pluies, et aucune sur l'impact de ces eaux de ruissellement sur lesécosystèmes aquatiques associés.

Enfin, nous comptons en étroite collaboration avec nos partenaires africains (eg. Brigitte N’Dri,Université Nangui Abrogoua d’Abidjan), fournir des propositions pratiques afin d’améliorer lagestion des éléments nutritifs dans l'agriculture traditionnelle en vue de promouvoir la productiondurable.


Il est attendu qu’en savane non perturbée, les Graminées contrôlent via leurs racines lesmicroorganismes nitrifiants (diversité-fonction) et donc les pertes d’N de façon différenciée entreespèces (axe 1). Ces espèces réagissant différemment au feu (eg. croissance racinaire), ce contrôleserait modifié par cette perturbation, et modifierait en retour l’impact croisé des pluies/feux sur lespertes d’N et le fonctionnement du compartiment microbien dans les sols (axe 2) puis dans lespetits bassins versants (axe 3).

Nous visons 1 article par axe et 1 d’opinion dans des revues d’écologie du sol, microbienne etgénérale. Enfin, 1 article traitera de la comparaison de ces savanes avec celles d’Asie encollaboration avec nos collègues japonais.


Si le terrain posait problème, les équipes ivoiriennes pourront se charger de l’échantillonnage, lesmesures laboratoire se faisant en France. Il est également possible de se replier dans une autrestation au Zimbabwe (projet ANR Savarid en cours).


L'UMR travaille à Lamto depuis plus de 40 ans, et plusieurs projets en cours (EC2CO, JEAI,BelmontForum) ou soumis permettront le financement des expériences de thèse. Notre étroitecollaboration avec l’Univ. d’Abidjan assurera la faisabilité des expériences (eg. parcelles déjàinstallées) et de l’échantillonnage de terrain. Les compétences scientifiques et techniques (écologietropicale, du paysage, et microbienne terrestre et aquatique) des 2 équipes d’encadrementfourniront un socle solide à l’étudiant(e) afin de mener à bien son projet de thèse.

L’année 1 sera consacrée au terrain et rédaction d’un article sur l’impact des plantes sur lanitrification, la 2 aux mesures labo en France, et la 3 à la rédaction des articles et dumanuscrit.

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Publications :

Pascault, N., Loux, V., Derozier, S., Martin, V., Debroas, D., Maloufi, S., Humbert, J.-F., Leloup, J. 2014.Technical challenges in metatranscriptomic studies applied to the bacterial communities offreshwater ecosystems. Genetica, 1-11

Subbarao G.V., K.L. Sahrawat, K. Nakahara, I.M. Rao, M. Ishitani, C.T. Hash, M. Kishii, D. Bonnett, W.L.Berry, and Lata J.C. 2013. A paradigm shift towards low-nitrifying production systems: the role ofbiological nitrification inhibition (BNI). Annals of Botany, Special Issue, Matching roots to theirenvironment: lessons from physiological ecology and agriculture, invited paper, 112(2):297-316

Subbarao G.V., Sahrawat K.L., Nakahara K., Ishikawa T., Kishii M., Rao I.M., Hash C.T., George T.S.,Rao P Srinivasa, Nardi P., Bonnett D., Berry W., Suenaga K. & Lata J.C. 2012. Biological NitrificationInhibition (BNI) - A Novel Strategy to Regulate Nitrification in Agricultural Systems. Advances inAgronomy, Vol. 114, 249-302

Lata J.C., Degrange V., Raynaud X., Maron, P.-A., Lensi R. & Abbadie L. 2004. Grass populationscontrol nitrification in savanna soils. Functional Ecology 18, 605-611


Le candidat devra maîtriser les outils de biologie moléculaire, avoir le goût pour le terrain,l'expérimentation et les transferts vers le monde agricole, et être familier du concept des relationsdiversité/fonctions chez les microorganismes.

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Effets de la température sur les trajectoires de développement, la variabilité interindividuelleet la communication chimique chez la noctuelle du coton

Directeur de thèse HDR : Manuel MASSOT


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Institut d'Ecologie et desSciences de l'Environnement de Paris (iEES Paris), UMR 7618 (CNRS, UPMC, UPEC, U Paris Diderot,IRD, INRA)

Equipe (intitulé, directeur) : Variation Phénotypique et Adaptation, Tom Van Dooren

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Thomas, Brom, 4ème année, co-direction avec David Laloi

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : David, SIAUSSAT, Institut d'Ecologie et des Sciences de l'Environnement de Paris,Département Ecologie Sensorielle, Equipe Chimio-Réception et Adaptation

Sujet :

La thèse étudiera deux aspects cruciaux largement ignorés dans la littérature sur les effets duréchauffement climatique. Un premier aspect sera de considérer les effets de variations thermiquessur la variabilité interindividuelle. Ainsi, on s’intéressera aux changements de variance plutôt queseulement des moyennes comme fait dans l’essentiel des études. L’autre aspect clé portera surl’influence de faibles variations thermiques loin des conditions limites des espèces. Bien que lesrésultats les plus emblématiques d'effets du réchauffement soient aux limites géographiques desespèces où la température peut être extrême, l’essentiel des situations ne sont pas à ces limites. Deplus, les expérimentations explorent souvent d'assez grandes variations alors que l’on s’attend àdes effets pour de faibles variations thermiques du fait de la grande non linéarité des réponsesbiologiques à la température. De ce fait, des réponses amplifiées de résonance phénotypique(Publication n°1) peuvent jouer un rôle important dans les effets du réchauffement. Les objectifs dela thèse seront donc d’étudier les effets de variations modérées de température sur le papillonSpodoptera littoralis. Il s’agira d’expérimentations en laboratoire contrastant les températures dedéveloppement pour tester les synergies temporelles (acclimatation, effets cumulés), les effetstransgénérationnels et l’amplification phénotypique, avec un focus novateur sur le système decommunication chimio-sensoriel.


Outre l’intérêt fondamental et original d’étudier les effets d'amplitudes thermiques modérées surle développement et la variabilité, la thèse s’inscrit dans une collaboration entre chercheurs issusd’une fusion récente d’UMR très différentes pour créer iEES. Ceci s’inscrit dans un programmeprioritaire de iEES qui doit favoriser les collaborations interdisciplinaires. Ici, l’expertise de MMassot sur les effets du réchauffement (11 publications) et la plasticité phénotypique sera associéeà l’expertise de D Siaussat en physiologie et sur l’étude en laboratoire de la noctuelle. La thèse a desimplications appliquées car la noctuelle du coton est un insecte ravageur. Le réchauffementpourrait affecter ce système ravageur-culture avec des répercussions agronomiques. Il est à noterque les premiers individus de la noctuelle (espèce africaine) ont récemment été observés dans lesud de la France, ce qui pourrait traduire une situation de front de colonisation en réponse auréchauffement.

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La thèse repose sur des expériences contrastant les températures au moment de mesures de traitsindividuels (comportements sexuel et alimentaire olfacto-induits, locomotion, hormones,électrophysiologie), durant le développement et sur les générations antérieures. Sur la base desmesures individuelles et de la valeur sélective (survie, reproduction) et du croisements d’effets àdifférents stades, un article est prévu sur les synergies développementales (acclimatation, effetscumulés). Un 2nd article sera sur les effets intergénérationnels (préadaptation, maladaptation). Un3ème article portera sur les tests de processus de résonance phénotypique. Selon les résultats,l'aspect variabilité sera inclus dans ces articles ou publié à part.


La thèse a peu de risques car les réponses biologiques montrent une grande sensibilité autour de latempérature optimale, ce qu'a confirmé un stage de M2 effectué en 2014. De plus, les techniques etaspects thermiques sont maîtrisés par D. Siaussat.


- Premier trimestre : revue approfondie de la littérature sur le sujet de thèse et formation auxtechniques de base pour l’élevage, les mesures et l’expérimentation sur la noctuelle.

- Quatre mois suivants : expérimentations pour caractériser les courbes de performance thermiquepour les traits d’intérêt de l’étude. Ceci guidera le choix des températures expérimentales etgarantira la pertinence de l’étude.

- Fin de 1ère année et 2ème année : expérimentations sur les synergies temporelles et les processusd’amplification, ce qui constituera le cœur du travail de thèse. La rédaction du premier article serademandée dès la seconde année.

- 3ème année : rédaction/soumission d’articles et finalisation du mémoire de thèse.

Publications :

Trois publications de Manuel MASSOT :

1) Massot M, Aragon P . 2013. Phenotypic Resonance from a Single Meal in an Insectivorous Lizard.Current Biology 23, 1320-1323.

2) Massot M, Clobert J, Montes-Poloni L, Haussy C, Cubo J, Meylan S. 2011. An integrative study ofageing in a wild population of common lizards (Lacerta vivipara). Functional Ecology 25:848-858.

3) Massot M, Clobert J, Ferriere R. 2008. Climate warming, dispersal inhibition and extinction risk.Global Change Biology 14, 461-469.

Trois publications de David SIAUSSAT :

4) Siaussat D, Laparie M, Maria A, Renault D. 2013. Heat shock protein responses to salinity, fooddeprivation and temperature in the invasive ground beetle Merizodus soledadinus at the KerguelenIslands. Polar Biol 36, 201-209.

5) Colinet H, Siaussat D, Bozzolan F, Bowler K. 2013. Rapid decline of cold tolerance at young age isassociated with expression of stress genes in Drosophila melanogaster. J Exp Biol. 15, 253-259.

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6) Lalouette L, Renault D, Ravaux J, Siaussat D. 2010. Effects of cold-exposure and subsequentrecovery on cellular proliferation with influence of 20-hydroxyecdysone in a lepidopteran cell line(IAL-PID2). Comp Biochem Physiol A 155, 407-414.


Le candidat devra être titulaire d’un Master 2. Connaissances et compétences souhaitées enstatistiques. Sont exigées, la maîtrise de l’anglais en lecture et écriture, ainsi que la rigueur et lesens de l'organisation pour le travail en laboratoire.

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Consequences de la pollution environnementale sur l'evolution des traits d'histoire de vie :l'exemple de la Daphnie

Directeur de these HDR : Julien GASPARINI , IEES Paris, equipe "Eco-Physiologie Evolutive"

Courriel : [email protected] Unite du directeur de these de recherche (intitule, label,numero) : Institut d'Ecologie et des

Sciences de l'Environnement, IEES Paris, UMR 7618

Equipe (intitule, directeur) : "Eco-Physiologie Evolutive", Directrice: Pr. Sandrine MEYLAN

Doctorants en cours d’encadrement (prenom, nom, nombre d’annees d’inscription, co- directeursle cas echeant) : Marion CHA TELAIN, 3eme annee (co-direction Julien GASPARINI et AdrienFRANTZ)

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prenom, nom, unite, equipe, doctorants en coursd’encadrement: Adrien FRANTZ, IEES Paris, equipe "Eco-Physiologie Evolutive", doctorante : MarionChatelain, 3eme annee (co-direction Julien GASPARINI et Adrien FRANTZ)

Sujet 2 :

(1500 caracteres espaces compris) : Problematique: Les changements globaux et les activiteshumaines generent de nouvelles pressions selectives (e.g. pollutions) dont la variabilite spatio-temporelle est importante. Les consequences evolutives de ces pressions et de leur variabilite sontmal connues. L'adaptation a des milieux plus ou moins perturbes pourrait conduire a unespecialisation (adaptation locale, liee a des compromis entre traits d'histoire de vie). Ces questions,ainsi que leurs liens avec les travaux recents sur la divergence en sympatrie, demeurent peuexplorees. Objectifs: La these vise a estimer les consequences evolutives des activites anthropiques,notamment des pollutions associees; a evaluer l’importance relative de leur variabilite spatiale outemporelle sur l'adaptation locale et l'evolution de la plasticite; a identifier les traits d'histoire devie soumis a selection (syndrome). Elle apportera egalement une validation experimentale desmodeles theoriques de l'evolution de la divergence, en la replacant dans le contexte actuel deschangements environnementaux lies aux activites humaines. Deroulement: Des populations deDaphnies franciliennes recoltees en debut de these seront placees au laboratoire dans destraitements experimentaux differant par la variabilite spatiale ou temporelle de conditionscontrolees (polluants, nourriture, temperature, photoperiode, connectivite). Les traits d'histoire devie et les parametres de la valeur selective seront mesures au cours des generations.


En plein essor, les etudes d'ecotoxicologie evolutive, majoritairement correlatives, se concentrentsur les zones extremement polluees. Les zones communes (milieux urbains) restent peu connues.La Daphnie, organisme modele en toxicologie, est l'objet d'etudes diverses (interactions hotes-parasites, plasticite). Des equipes nationales et internationales (Montpellier, Rennes; Sheffield,Imperial College, Bale, Notre-Dame) s'interessent a l'evolution de la divergence. L'originalite duprojet est de s'interesser aux zones communes, de replacer des questions theoriques dans lecontexte actuel de l'heterogeneite environnementale spatio-temporelle liee aux activites humaines,via une approche combinee d'etudes correlatives et d'evolution experimentale, basee sur cesconnaissances theoriques et methodologiques solides developpees par les equipes internationales.Certaines equipes pourront etre de precieux soutiens pour mener a bien le projet (viacollaborations directes, ou comite de these).

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Les resultats seront publies dans des revues scientifiques internationales a comite de lecture. Parmiles articles pressentis: - 1er: caracterisation phenotypique (taille, fecondite, survie, mode dereproduction) de populations naturelles issues de milieux contrastes (gradient de pollution); -2eme: structuration genetique de ces populations; - 3eme: description des normes de reaction despopulations naturelles mesurees dans les environnements alternatifs (au laboratoire et in natura); -4eme: resultats de l'evolution experimentale (a l'issue d'une duree previsionnelle d'environ 15mois) sur les traits impliques dans l'adaptation a la pollution, et traits non directement selectionnesmais correles (caracteristion d'un syndrome).

Possibilite de reorientation:

L'approche correlative ne presente pas de risque important. L'absence d'adaptation au laboratoireserait contournee par d'autres questions (plasticite, toxicologie, compromis evolutifs, senescence,mode de reproduction...) pour reorienter la these.


Les protocoles simples et peu couteux (elevage, evolution experimentale), le materiel dejadisponible (enceintes climatiques; nourritures) rendent le projet realisable en 3 ans. Les travauxd'evolution experimentale necessitent (selon la taille des populations et l'intensite des pressionsselectives) moins de 20 generations (Daphnie: 15 mois). Les polluants seront mesures dans unlaboratoire deja partenaire. Annee 1: recolte de Daphnies dans des localites franciliennes, differantpar le taux de pollution et d'urbanisation; caracterisation phenotypique, mise en elevage; Annee 2:publication des resulats de l'approche correlative, suivi des traits d'histoire de vie des elevages;Annee 3: publication des resultats experimentaux, soutenance

Publications :

- Sur la pollution environnementale aux metaux:

Chatelain M., Gasparini J., Jacquin L. & Frantz A. (2014). The adaptive function of melanin-basedplumage coloration to trace metals. Biology Letters, 10: 20140164.

Gasparini J., Jacquin L., Laroucau K., Vorimore F. , Aubry E., Castrec-Rouelle M., & Frantz A. (2014).Relationships between metals exposure and epidemiological parameters of two pathogens in urbanpigeons. Bulletin of Environmental Contamination and Toxicology, 92: 208-212.

- Sur la speciation sympatrique et la specialisation ecologique:

Frantz A., Calcagno V., Mieuzet L., Plantegenest M. & Simon J.C. (2009). Complex trait differentiationbetween host-populations of the pea aphid: implications for the evolution of ecologicalspecialisation. Biological Journal of the Linnean Society, 97: 718-727.


Bonne maitrise des concepts d'ecologie et de biologie evolutives et/ou d'ecotoxicologie, fortemotivation, autonomie relative, esprit rigoureux et creatif.

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Colonisation naturelle et succession des communautés microbiennes à l’échelle d’écosystèmesaquatiques artificiels et impacts des perturbations anthropiques

Directeur de thèse HDR : ROCHELLE-NEWALL, Emma Jane


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : IEES-Paris, UMR 7618

Equipe (intitulé, directeur) : Communautés Microbiennes (COMIC), J.-F. HUMBERT

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : NGUYEN THI MAI Huong, 3ème inscription 01/2015, co-directeur: Mme LE THIPHUONG Quynh, Hanoi, Vietnam

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Julie LELOUP, IEES-Paris, équipe "COMIC", 1 doctorant en 3ème année de thèse :Imen LOUATI

Sujet :

Comprendre comment les communautés microbiennes répondent aux facteurs environnementauxreste une question essentielle. Les microorganismes jouent un rôle fondamental dans lefonctionnement des écosystèmes, toutefois les liens qui existent entre la matière organique (MO) etsa dégradation, sont pas encore mal décrits, ainsi que les capacités de réponses des différentscompartiments (biologique et chimique) face aux perturbations trophiques. Afin de mieuxconnaître ces liens, nous étudierons la colonisation naturelle et la succession des communautésmicrobiennes au sein de lacs artificiels mis en place au CEREEP, infrastructures innovantes(Equipex Planaqua) permettant des études intégratives: du gène à l’écosystème. Le principalobjectif est d’étudier la dynamique microbienne dans les lacs artificiels présentant des niveauxtrophiques différents : (i) état néocolonisé ; (ii) +P; (iii) + poissons, en focalisant nos travaux surl’évolution de la diversité structurale et fonctionnelle de ces communautés en réponse auxchangements de qualité et quantité de la MO disponible (sélection d’espèces « généralistes » ou «spécialistes » utilisant des gammes différentes de MO). Les autres communautés biotiques serontsuivis en parallèle, par le consortium Colombe (EC2CO), nous pourrons déterminer lesconséquences sur les fonctions clés des écosystèmes telles que la dynamique microbienne, laréseaux trophiques, la qualité de MO, recyclage des nutriments N et P.


La plateforme Planaqua offre un outil expérimental sur les milieux aquatiques peu profonds uniqueen Europe. Cette plateforme permettra de décrire la dynamique et la succession microbienne dansdes écosystèmes aquatiques néo-colonisés. Ces structures innovantes nous permettront d’étudier àl’échelle de macrocosme de 500m3 les réponses des fonctions clés soumises à des perturbationstrophiques (+ nutriments, + niveau trophique de poissons). Notre projet permettra d’étudier lesaspects structurels et fonctionnels des processus de succession microbienne en examinant les liensentre l’évolution de la MO et celle des communautés, ce qui n’a jamais été réalisé à cette échelle ànotre connaissance. En parallèle, les études des différents compartiments trophiques (ProjetColombe EC2CO, réunissant cinq équipes françaises reconnues) nous permettront d’aborder demanière intégrative les différentes réponses écosystémiques à l’échelle d’un lac, au cours deperturbations anthropiques.

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Parmi les résultats attendus, nous déterminerons l’évolution des successions microbiennes dans leslacs artificiels, dominées par des espèces généralistes utilisant des molécules de MOD diverses endébut de colonisation, à des communautés dominées par des espèces plus spécialistes utilisant dessources de MOD plus stables, en fin de colonisation. Nous comparerons également en fonction desniveaux trophiques de nos systèmes (+ nutriments, + niveau trophique de poissons) la variabilitédans les réponses de ces communautés microbiennes, sachant que des différences sont attenduesen liaison directe avec la qualité et la quantité de MO disponible. Au moins trois publications dansdes journaux de rang A sont attendues.


La colonisation des lacs artificiels a débuté au 01/2015, 3 échantillonnages ont été réalisés sansinconvénient. L’introduction du niveau trophique poisson sera remplacée par une étudemésocosme si problème de maintien des poissons au sein des lacs.


Année 1 : Poursuite de l’échantillonnage (début 01/15) ; Analyse de la diversité microbienne etdiversité fonctionnelle (Ecoplate®) ; Analyse de la MO (méthodes chimiques et optiques) sur lesdonnées 2015 et rédaction de l’étude de la colonisation

Année 2 : Analyses de la diversité microbienne et MO ; rédaction d’un second article sur ladynamique de la MO et la succession microbienne selon l’état eutrophe (impact du P)

Année 3 : Analyses de la diversité microbienne et la MO après perturbation du réseau trophique (+poissons) ; ébauche d’un troisième article impact des poissons sur la dynamique microbienne ;rédaction de la thèse ; soutenance à la fin de la troisième année, ébauche d’un quatrième article surl’analyse du réseau trophique

Publications :

Pascault, N., Loux, V., Derozier, S., Martin, V., Debroas, D., Maloufi, S., Humbert, J.-F., Leloup, J.(2014). Technical challenges in metatranscriptomic studies applied to the bacterial communities offreshwater ecosystems. Genetica, 1-11.

Pommier, T., Merroune, A., Bettarel, Y., Got, P., Janeau, J.-L., Jouquet, P., Thu, T.D., Toan, T.D.,Rochelle-Newall, E. (2014). Off-site impacts of agricultural composting: role of terrestrially derivedorganic matter in structuring aquatic microbial communities and their metabolic potential. FEMSMicrobiol. Ecol., 90, 622-632.

Rochelle-Newall E, Hulot FD, Janeau JL, Merroune A (2014). CDOM fluorescence as a proxy of DOCconcentration in natural waters: a comparison of four contrasting tropical systems. Environ Monitand Assess 186: 589-596.

Cofinancement : un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature,montant, durée : Le projet Colombe (AO EC2CO Microbien, durée 2 ans à partir de Janvier 2015,25k€), assurera les frais de fonctionnement des expériences de l’étudiant(e) en thèse.

De plus, une lettre d’intention pour un financement ANR a été déposée en Novembre 2014, par leconsortium qui est impliqué dans l’étude de la colonisation des lacs par les communautés biotiques(J. Leloup Responsable du workpackage « compartiment microbien » ANR BIFSTEAK).

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Profil du candidat recherché : (250 caractères espaces compris)

Le(a) candidat(e) aura une formation en écologie microbienne aquatique et sera intéressé par lesoutils de biologie moléculaire (pyroséquencage,..) pour comprendre les liens entre la diversitéfonctionnelle et génétique et les cycles biogéochimiques.

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UMR 8227, Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins

Rôle de la réponse systémique des macroalgues brunes lors des interactions trophiques avecles herbivores

Directeur de thèse HDR : Catherine Leblanc


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Laboratoire de BiologieIntégrative des Modèles Marins, UMR8227

Equipe (intitulé, directeur) : Défense et signalisation chimique des macroalgues

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : Léa Cabioch, 2ème année, co-tutelle avec Prof. S. Faugeron (PUC, Santiago)

Co-directeur(s) HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Philippe Potin, UMR8227, Défense et signalisation chimique des macroalgues,Javier Tapia (3ème année, co-tutelle avec Prof. J. Correa, PUC, Santiago), Céline Conan (3ème année,CIFRE, co-encadrement Goëmar, ED CdV).

Sujet :

Au cours de l’évolution, les algues brunes ont retenu des mécanismes de défense ancestraux,communs à l’ensemble des eucaryotes, et développé des réponses originales dans leurenvironnement marin. Nous avons récemment montré l’existence d’une défense systémique chezLaminaria digitata contre un herbivore spécialiste, pouvant conduire à une meilleure protection del’intégralité d’un individu, comme chez les plantes terrestres ou les animaux. Dans le contexte del’évolution de l’immunité innée des eucaryotes, ce projet de thèse visera à élucider les fonctions desréponses systémiques chez L. digitata, et à identifier des signaux potentiels qui modulent cetteréponse, afin de mieux comprendre le rôle écologique et l’évolution de la systémie chez les grandesalgues brunes. Les résultats préliminaires obtenus chez L. digitata suggèrent que les acides graspolyinsaturés (PUFAs) libérés suite à l’élicitation des défenses pourraient jouer un rôle central. Leprojet de thèse a pour objectifs de 1) tester cette hypothèse en analysant l’accumulation de PUFAsle long de l’algue, et en reproduisant l’effet de ces signaux ; 2) étudier l’impact de ces réponsessystémiques lors de l’interaction avec les brouteurs, en combinaison avec des stress abiotiques,comme la dessiccation, et 3) analyser finement au sein de l’algue les régulations spatio-temporellesau niveau transcriptomique et métabolomique.


Ce projet de thèse entre dans le cadre du projet IDEALG (Investissements d’Avenir), qui vise àaccroître les connaissances sur la physiologie des algues marines, pour inspirer des stratégiesnouvelles de sélection variétale et de protection des cultures d’algues. Les algues brunesappartiennent à l’une des trois lignées eucaryotiques où a émergé la multicellularitéindépendamment. La découverte de réponses systémiques chez L. digitata suggère que la systémieest aussi apparue de façon convergente. Les laminariales sont les plus complexes des algues bruneset constituent des habitats majeurs dans les zones côtières tempérées ou froides. Etudier le rôleécologique et les mécanismes de leur immunité innée reste un enjeu de taille pour comprendre lesinteractions biotiques au sein des forêts de kelps. Suite au développement de nouvelles techniques

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analytiques chez ces espèces, notre équipe s’est engagée dans cette voie de recherche en lien avecdes approches d’écologie chimique.


Ces travaux permettront de mieux comprendre le rôle de la systémie chez L. digitata, de déterminerquels signaux chimiques sont impliqués au sein de l’algue et d’acquérir de nouvelles informationssur les mécanismes moléculaires et chimiques régulés lors de la défense chez L. digitata. Ilsconduiront à la rédaction d’au moins deux articles scientifiques sur (i) les régulations métaboliquesle long du thalle suite à l’activation des défenses systémiques soumis en fin d’année 2, et (ii) le rôlede la signalisation lipidique dans les réponses systémiques de défense. En parallèle, le (la)doctorant(e) sera impliqué(e) dans l’annotation experte de nouveaux génomes d’algues brunes(voies de biosynthèse des oxylipines).


L’existence de la systémie pourra être explorée chez d’autres espèces de kelps (Saccharinalatissima, Macrocystis), et/ou l’effet des PUFAs et oxylipines pourra être aussi testé sur lemétabolisme de l’algue modèle Ectocarpus siliculosus.


Année 1 : expériences de systémie suite à l’élicitation, au broutage ; analyse ciblée ou globale dumétabolome par GC- ou LC-MS ; développement d’un bio-essai ; extraction des ARN totaux à partirdes algues pour séquençage.

Année 2 : intégration des données RNAseq et métabolomiques ; rédaction (article 1) ; étude de larésistance systémique suite à l’exposition à l’air, au broutage ou l’application de signaux chimiquesexternes (oxylipines, aldéhydes) ; rôle des signaux lors de la systémie (suivi de marqueurschimiques et moléculaires par GC-MS et PCRq).

Année 3 : expériences complémentaires et analyses des données ; participation à l’annotationexperte de génomes de kelps, à un congrès international ; rédaction (article 2 et thèse).

Publications :

- Thomas F., Cosse A., Goulitquer S., Raimund S., Morin P., Valero M., Leblanc C. and Potin P. (2011).Waterborne Signaling Primes the Expression of Elicitor-Induced Genes and Buffers the OxidativeResponses in the Brown Alga Laminaria digitata. Plos One, 6(6): e21475.doi:10.1371/journal.pone.0021475.

- Leblanc C., Schaal G., Cosse A., Destombe C., Valero M., Riera P., Potin P. (2011). Trophic and bioticinteractions in Laminaria digitata beds: which factors could influence the persistence of marinekelp forests in northern Brittany? Cahiers de Biologie Marine, 52:415-427.

- Thomas F., Cosse A., Le Panse S., Kloareg B., Potin P., Leblanc C. (2014). Kelps feature systemicdefense responses: insights into the evolution of innate immunity in multicellular Eukaryotes. NewPhytol, 204: 567–576. doi:10.1111/nph.12925.


Master 2 en biochimie, physiologie ou biologie végétale.

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UPR 2147 Dynamique de l'Evolution Humaine

Besoins énergétiques et mobilité des Néandertaliens. Approche croisée anatomo-fonctionnelleet archéologique

Directeur de thèse HDR : Gilles BERILLON


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Dynamique de l'EvolutionHumaine, UPR2147 CNRS, Dir. Anne-Marie GUIHARD-COSTA

Equipe (intitulé, directeur) : Thématique 1 - Paléoanthropologie et paléoenvironnement, Resp.Anne-Marie BACON & Sandrine PRAT; Thématique 2 - Histoire et géographie des peuplements,resp. J.-P. Bocquet-Appel

Doctorants en cours d’encadrement (prénom, nom, nombre d’années d’inscription, co-directeursle cas échéant) : François, DRUELLE, 2 années d'inscription, Université de Anvers, Co-directeur,Directeur Peter Aerts, Université de Anvers

Co-encadrant(s) sans HDR, si c’est le cas : prénom, nom, unité, équipe, doctorants en coursd’encadrement : Christine VERNA, UPR2147 CNRS, Thématique 1 - Paléoanthropologie etpaléoenvironnement, Resp. Anne-Marie BACON & Sandrine PRAT ; Histoire et géographie despeuplements, resp. Jean-Pierre Bocquet-Appel, pas de doctorant en cours d'encadrement

Sujet :

Les déplacements sont des éléments clés de l’adaptation à l'environnement des chasseurs-collecteurs, de même que la balance apports nutritionnels/coûts énergétiques pour l'acquisitiondes ressources est déterminant dans la dynamique des populations. Les besoins énergétiques desNéandertaliens, chasseurs-collecteurs disparus vers 35-40 ka, sont estimés entre 3-5000 kcal/j et4-6000 kcal/j. Ces valeurs, utilisées dans de multiples débats (extinction de l'espèce,…) sontétablies à partir de l'estimation de la masse corporelle et reposent sur deux hypothèses : un modede vie impliquant un travail physique intense et un niveau d'activité physique au mois égal auxmaxima des humains actuels. Pourtant d'un point de vue anatomo-fonctionnel il est connu qu’entreautres la distribution des masses et la physiologie articulaire (cf chez les néandertaliens)influencent le coût du déplacement bipède, composante majeure des activités quotidiennes deschasseurs-collecteurs.

Nous proposons :

- de réévaluer les besoins énergétiques liés aux déplacements des Néandertaliens par le biais d’unemodélisation de leur locomotion, et statistique exploitant un vaste corpus de données anatomo-fonctionnelles,

- de confronter ces résultats à ceux des modèles établis à partir des données archéologiques(archéozoologiques, distances d'approvisionnement en matières premières, etc.)

- afin de discuter les stratégies territoriales des Néandertaliens en relation avec les caractéristiquesde leur environnement.


Eclairage méthodologique inédit sur les besoins énergétiques des groupes humains passées, et desnéandertaliens en particulier par le biais des particularités morphologiques du squelette

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locomoteur. En France et plus largement en Europe, les vestiges archéologiques disponiblespermettent de traiter la question de la mobilité s.l. des néandertaliens ; seule une équipe de Leidena amorcé une réflexion sur la relation possible entre leur besoin énergétique et leur mobilité.

Eclairage inédit sur la mobilité des néandertaliens par la confrontation des besoins énergétiquesliés au déplacement estimés à partir de l'anatomie (capacités de déplacements) aux donnéesarchéologiques.

L'UPR2147 a développé un outil de modélisation mécanique du déplacement bipède enpluridisciplinarité, structuré un plateau technique d'étude du mouvement et est très implanté sur leterrain archéologique, dans un cadre collaboratif pluridisciplinaire national et international.


Estimation du coût du déplacement bipède (marche, course, transport) en fonction de ladistribution des masses et de la physiologie articulaire propre des néandertaliens. L'accent sera missur la variabilité morphologique de ce groupe et les variations morphologiques liées à l'âge.

Connaissance de la dynamique de la marche des néandertaliens par le biais d'une étudeexpérimentale d'empreintes de pas d'enfants et d'adultes néandertaliens inédites.

Résultats fonctionnels soumis aux revues indéxées en anthropologie évolutionnaire et enbiomécanique (Am J Phys Anthrop, J Biom, J Hum Evol).

Résultats de la confrontation des données anatomo-fonctionnelles et archéologiques soumis à unerevue fondamentale (Evolutionary Anthropology).


Le sujet repose sur l'approche anatomo-fontionnelle par la modélisation du mouvement et sur ladémarche expérimentale. Si en cours de thèse certains aspects s'avéraient infructueux, uneapproche complémentaire statistique sera menée.

Faisabilité en trois ans, échéancier 6 (750 caractères espaces compris) :

La faisabilité repose sur :

- la disponibilité des outils nécessaires : 1) de modélisation du déplacement bipède validé pour lesespèces actuelles (homme, autres primates) et fossiles, 2) d'exploration fonctionnelle dumouvement (Plateau technique), 3) d'imagerie 3D et de statistiques

- cadre collaboratif pluridisciplinaire international

- accés privilégié aux fossiles (MNHN et institutions d'Europe et Proche-Orient), et aux empreintesde pas (Rozel)

Echéancier :

2015/16, Adaptation de l'outil de modélisation et tests

2016-17, Locomotion des néandertaliens : de l'exploration fonctionnelle de la locomotion au besoinénergétique

2017-18, Synthèse des résultats anatomofonctionnels, confrontation aux données archéologiques,soutenance

Publications :

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ANVARI Z., BERILLON G., ASGARI KHANEGHAH A., GRIMAUD-HERVE D., MOULIN V., NICOLAS G.(2014) : Kinematics and spatiotemporal parameters of infant-carrying in olive baboons. AmericanJournal of Physical Anthropology, 155(3):392-404.

BERILLON G. (sous presse) : Foot bones. In : H. Rougier & P. Semal (éds.), Spy cave. State of 125years of pluridisciplinary research on the Betche aux Rotches from Spy (Jemeppe-sur-Sambre,Province of Namur, Belgium). Royal Belgian Institute of Natural Sciences & NESPOS Society,Brussels.

BERILLON G., ASGARI KHANEGHAH A., ANTOINE P., BAHAIN J.-J., CHEVRIER B., ZEITOUN V.,AMINZADEH N., BEHESHTI M., EBADOLLAHI H., NOCHADI S. (2007) : Discovery of New Open AirPalaeolithic Localities in Central Alborz (Northern Iran). Journal of Human Evolution, 52: 380-387.

NICOLAS G., MULTON F., BERILLON G. (2009): From bone to plausible bipedal locomotion. Part 2:Complete motion synthesis for bipedal primates. Journal of Biomechanics, 42: 1127-1133.

VERNA C., HUBLIN J.-J., DEBENATH A., JELINEK A.J., VANDERMEERSCH B. (2010) : Two newhominin cranial fragments from the Mousterian levels at La Quina (Charente, France). Journal ofHuman Evolution 58, 273-278.

VERNA C. (2013) : La mobilité territoriale des Néandertaliens par l’analyse isotopique dustrontium. In : S. Thiébault, P. Depaepe (dir.) L’archéologie au laboratoire. Paris : éditions laDécouverte, p. 89-112.

Cofinancement :

un cofinancement éventuel a-t-il été obtenu sur ce projet ? Si oui, nature, montant, durée : RTP-I(INEE, CNRS) Hommes et Primates non humains, 7000€ pour 2015. Des financemetscomplémentaires sont demandés : un GDRI à la suite du RTP-I, Projet Européen Integait (H2020,déposé)


Formation en Préhistoire et évolution de l'Homme, intérêt pour l'anatomie-fonctionnelle; bonnesconnaissances en anatomie du squelette locomoteur et outils d’analyse, et expérience enmodélisation mécanique du mouvement requise.

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USR 3224 Centre de recherche sur la Conservation des Collections

Caractérisation de marqueurs chimiques de plantes par séparation chromatographiquebidimensionnelle couplée à la spectrométrie de masse - Applications aux méthodes de

fabrication des papiers asiatiques anciens

Directeur de thèse HDR : Michel Sablier


Unité du directeur de thèse de recherche (intitulé, label, numéro) : Centre de Recherche sur laConservation (CRC) USR 3224

Equipe (intitulé, directeur) : Centre de Recherche sur la Conservation des Collections, Pr. BertrandLavédrine


Sujet :

L’étude des relations entre l’homme et son environnement actuel et passé est un enjeu majeur pourl’approfondissement de nos connaissances sur les sociétés et se situe au coeur des problématiquesaffichées par le Muséum National d’Histoire Naturelle. Ce projet de thèse se propose de contribuer àcette étude en caractérisant des espèces chimiques spécifiques afin d’évaluer leur potentiel en tantque marqueurs d’origine ou de fabrication pour l’approfondissement des savoirs sur les méthodesde fabrication des papiers asiatiques.

Le papier est un matériau multi-composants de nature complexe et variée et les résultats desrecherches sur sa chimie ainsi que sur sa détérioration sont difficiles à interpréter. Ses constituantspeuvent cependant nous renseigner sur les choix techniques qui ont régi sa fabrication et quicontribuent à sa conservation. Si l’observation macro et microscopique des fibres cellulosiques peutapporter des informations pertinentes sur ces savoir-faire techniques, il n’est pas toujours possiblede reconstruire précisément les chaînes techniques opératoires uniquement à partir de celle-ci.

Ce sujet de thèse propose donc la mise au point d’une méthode analytique hautement sélective etdiscriminante couplant la pyrolyse à la chromatographie gazeuse bidimensionnelle et à laspectrométrie de masse pour caractériser des marqueurs chimiques d’origine ou de fabrication despapiers asiatiques.


L’étude des mécanismes d’altération des papiers est un sujet très actif au niveau national etinternational en sciences de la conservation. Les recherches technologiques sur les collectionsasiatiques conservées en Occident (à l’exception d’objets remarquables) sont rares et les papiers lescomposants sont souvent mal identifiés. A ce titre, la position centrale du CRC sur la thématique despapiers historiques le place comme le laboratoire porteur au niveau national d’un projet à même depallier la carence d’informations précises sur les modes de fabrication de ces matériaux dans leurcontexte de diffusion historique.

Une approche reposant sur l’utilisation originale d’une méthode avancée de chimie analytiquedonne à ce projet une très forte spécificité dans un paysage international compétitif. En effet, ànotre connaissance, il n’existe pas d’applications de la chromatographie gazeuse bidimensionnelledans le domaine du patrimoine.

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Les attendus pour la caractérisation de marqueurs chimiques spécifiques des fibres de cellulose oude leurs additifs résident dans la mise au point d’un protocole global pour situer l’aire chrono-géographique d’un papier (provenance + date de production estimée) en corrélation avec lesdonnées paléographiques disponibles. Les résultats devraient conduire à la mise au point d’unprotocole micro-destructif de caractérisation de ces papiers anciens.

Ces résultats seront publiés dans des revues scientifiques internationales et présentés lors decongrès scientifiques dans le domaine du Patrimoine et des sciences analytiques.


Le projet n’est pas lié à l’achat de nouveaux matériels: utilisation des appareils du CRCC (GC/MS,GCxGC/MS). L'utilisation de la plateforme analytique bio-organique du Muséum (LC/MS hauterésolution) pourra élargir le domaine de l'étude.


Le travail de thèse reposera : (1er année), sur le choix d’un corpus de plantes répertoriées pour desaires géographiques définies (Japon, Corée, Chine) et d’échantillons modèles de papiers pouroptimiser les protocoles d’analyse (couplages pyrolyse-chromatographie gazeuse/spectrométrie demasse, méthodes d'extraction, reconnaissance de profils spécifiques, traitement statistique desdonnées); (2è année) sur le développement de méthodes discriminantes de pyrolyse-chromatographie gazeuse bidimensionnelle/spectrométrie de masse pour l'identification desmarqueurs spécifiques; (3è année) sur l’application de ces méthodes à des échantillons peudocumentés pour valider l’approche choisie et l’étendre à des collections auxquelles le CRC a accès.

Publications :

- "Alteration of Asian lacquer: in-depth insight using a physico-chemical multiscale approach", LeHô, A-S.; Duhamel, C.; Daher, C.; Bellot-Gurlet, L.; Paris, C.; Regert, M.; Sablier, M.; André, G.;Desroches, J.P.; Dumas, P. Analyst 2013, 138(19), 5685-5696.

- "New chemical biomarkers to discriminate the vegetal origin of museum Asian lacquerware bypyrolysis-gas chromatography/mass spectrometry", Le Hô, A-S.; Regert, M.; Marescot, O.; Duhamel,C.; Langlois, J.; Miyakoshi, T.; Genty, C.; Sablier, M. Anal. Chim. Acta 2012, 710, 9-16.

- "A meta effect in the fragmentation of ionized substituted alkyl phenols", Bouchoux, G.; Sablier, M.;Miyakoshi T.; Honda, T., J. Mass Spectrom. 2012, 47, 539-546.


Le(la) candidat(e) aura de préférence une formation spécialisée en chimie analytique avec debonnes notions en méthodes séparatives, idéalement en spectrométrie de masse.

La connaissance des problématiques liées à la conservation sera un plus

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ministère de l’Éducation national, de l’enseignement supérieur et … · 2017-01-17 ·...

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