m1 bmc 2012-2013 mis
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MASTER 1 BMC
2012-2013
MAITRISE DE
L’INFORMATION
SCIENTIFIQUE
[email protected] Mise à jour août 2012
Contenu de la formation
1 cours en salle info : 3h
1 examen : 1h
Formation à distance : cours et annales disponibles sur Jubil
Dates des examens:
Semaine du 17 décembre 2012. Notes des examens : la note est sur 5 et est incluse dans
la note de participation.
Formation à distance
Ce diaporama, des annales et un mémo sont disponibles sur la page des Master sur Jubil :
http://www.jubil.upmc.fr/fr/guides_recherche/master_sciences/master_biologie.html
Pour compléter, il est conseillé de lire les supports de cours spécialisés sur : Recherche bibliographique en biologie ; Catalogue de la BUPMC ; PubMed initiation ; Web of Science
http://www.jubil.upmc.fr/fr/guides_recherche/master_sciences/tutoriels.html
Plan du cours
1. Méthodes de la recherche bibliographique Recherche d’articles ; accès aux ressources de la
BUPMC ; astuces de recherche
2. Web of Science
3. PubMed
Méthodes de la recherche bibliographique
Jubil
Guides de recherche : supports de cours
Jubil ressources en ligne
Recherche d’article
Recherche d’article sur Jubil : liste A-Z
Catalogue BUPMC. Sudoc.
Trucs et astuces : traduction de mots-clés
Trucs et astuces : équation de recherche
Méthodes de la recherche
bibliographique
Jubil
www.jubil.upmc.fr
Le site de la BUPMC permet de retrouver les principales informations sur les bibliothèques et d’accéder aux ressources documentaires.
Présentation du site :
Informations sur les
bibliothèques
Pour connaître la localisation, les horaires,
conditions d’inscription et autres informations
pratiques sur le réseau des bibliothèques, il
suffit de naviguer sur leurs pages.
La rubrique « services » récapitule les aides
disponibles dans les sections :
- Prêt entre bibliothèques
- Prêt d’ordinateurs portables
- Accès Wifi
Etc.
Recherche d’informations : les
outils Le nouveau site ne comporte pas de moteur
de recherche intégré pour l’instant :
- Catalogues = recherche sur les collections
de la BUPMC + liens vers d’autres
catalogues
- Ressources en ligne = listes des bases de
données et plateformes de revues auxquelles
est abonnée la BUPMC + liste A-Z des
revues @
- HAL-UPMC : lien vers le portail
institutionnel de l’archive ouverte UPMC.
- Jubilothèque : bibliothèque numérique de
la BUPMC
Guides de recherche
Des tutoriels permettent de
prendre en main rapidement les
différents outils documentaires
accessibles : catalogues, bases
de données, plateformes
d’éditeurs scientifiques… ou
encore d’apprendre à faire une
recherche documentaire
efficace ou à utiliser un logiciel
de gestion de références
bibliographiques (Zotero, etc.)
Jubil ressources en ligne
La page donne accès à la
liste A-Z des revues @
accessibles par les
abonnements UPMC.
Les autres rubriques
(revues, e-books, bases)
recensent les « bouquets »
ou bases de données :
Science Direct, Georef,
Web of Science, etc.
Attention : seule la recherche par titre de revue est possible sur le catalogue et la liste A-Z.
Lire un état de collection :
vol. 1, n. 3 (1965) – …
vol. 1, n. 3 (1965) – vol. 10, n. 5 (1975)
vol. 1, n. 3 (1965) – vol. 10, n. 5 (1975) ; vol. 12, n. 1 (1977) – …
La cote : identification du livre dans la bibliothèque, son adresse.
Rechercher des articles
De plus en plus d’abonnements e-only
Des collections papier très riches
Vérifier la complémentarité des abonnements papier et
online : avec trois outils complémentaires
- La liste A-Z (support électronique, niveau revue)
- Le catalogue (support papier, niveau revue)
- Le résolveur de lien sur les bases de données bibliographiques (support électronique, niveau article)
Rechercher des articles sur Jubil
Liste A – Z : présentation
Les titres signalés sur cette liste sont tous
accessibles aux membres de l’UPMC, soit sur
abonnement, soit en accès libre.
En avril 2012, plus de 13 000 titres sont
signalés. Ce total est mis à jour régulièrement
en fonction des abonnements et
désabonnements.
Comment y accéder? http://sfxeu06.hosted.exlibrisgroup.com/33UPMC/az
OU
Liste des revues
3 types de recherche:
Recherche simple
Recherche par discipline
Recherche avancée
Recherche simple
Taper un titre
et cliquer sur
OK
OU
Feuilleter les
titres par ordre
alphabétique
Recherche par discipline Affichage des titres en fonction de la discipline et
sous-discipline recherchée
Recherche avancée Recherche d’un titre de revue via les champs Titre,
Issn, Discipline, Fournisseur.
Résultats
Sur la page de résultat (liste de titres) : Deux
types d’affichage des titres sont possibles : Vue
tabulaire / Vue abrégée
Le bouton permet d’accéder au texte intégral de la
revue, ainsi qu’à plusieurs services associés au titre
Le bouton donne accès à des informations sur la
revue (titre, titre abrégé, Issn, état de collection,
discipline)
Exemples : Biologie
Catalogue BUPMC
http://catalogue-bibliotheques.upmc.fr
Contenu du catalogue
Le catalogue permet de chercher et de
localiser :
tous les documents « physiquement »
présents dans les bibliothèques : livres,
revues, cartes, thèses, DVD, etc.
les livres numériques (e-books)
Recherche simple
Possibilité de
limiter sa
recherche sur le
titre, l’auteur, le
sujet, etc.
Recherche de
base : tous les
mots de la notice
Recherche par :
- mots
- liste alphabétique
Possibilité de
croiser plusieurs
champs
Possibilités de limitation:
- Par bibliothèque
- Par langue
- Par type de support
- Par date
Recherche avancée
Recherche avancée
Possibilités de limitation:
- Par bibliothèque
- Par langue
- Par type de support
- Par date
Recherche avancée
Possibilités de limitation:
- Par bibliothèque
- Par langue
- Par type de support
- Par date
Liste de résultats Rappel de la recherche
Livre
Ebook
Accès au texte intégral
Exporter ces résultats
Lire les résultats
Possibilité de rebondir en
relançant des recherches à
partir d’informations de la
notice trouvée
Localisation de l’ouvrage:
bibliothèque et cote
Affiner ses résultats
Recherche par cote
Permet de naviguer, de page de cote en page de cote
Détail d’une notice de livre
Mots-clés
cliquables
ISBN
Rebonds
Cote
Détail d’un livre dans une
collection
Titre collection
Mots-clés
cliquables
Rebonds
Détail d’un périodique
Titre
Editeur
Volume
Numéro
Date
Eléments à prendre
également en compte :
-Périodicité
-ISSN
Si le livre n’est pas dans les
catalogues de l’UPMC
• Consulter le
SUDOC(Système
Universitaire de
DOCumentation)
• Ouvrages de toutes
les bibliothèques
universitaires de
France (livres,
revues, thèses…)
Page de résultats SUDOC
Différentes icônes suivant le type de document
SUDOC : où trouver le document
Les bibliothèques qui possèdent le livre peuvent l’envoyer dans votre bibliothèque
Le prêt entre bibliothèques (PEB)
• Intérêt du SUDOC : trouver un livre, un mémoire
ou une revue qui ne sont pas dans une
bibliothèque de l’UPMC
• Si l’ouvrage ou la revue ne sont pas dans une
bibliothèque proche, on peut se les procurer via
le PEB
• Payant : 6 € par ouvrage, 3 € par article (50
pages max.) pour des photocopies
• Quelques jours après, vous venez retirer
l’ouvrage ou les photocopies dans votre
bibliothèque
http://www.granddictionnaire.com/
Grand dictionnaire terminologique
Dédié aux sciences et techniques
Bilingue : français/anglais
Définitions précises
Synonymes et expressions dérivées
Facile à utiliser
Gratuit
Trucs et astuces : Trouver
des traductions de mots-clés
Le dictionnaire TermSciences du CNRS
http://www.termsciences.fr/
Portail Terminologique de santé :
http://pts.chu-rouen.fr/ (traduction en français
des mots-clés MeSH)
Trucs et astuces : Trouver
des traductions de mots-clés
Trucs et astuces : Equation
de recherche
Opérateurs booléens (ou logiques)
- pour construire une équation de recherche
- fonctionnent selon un ordre de priorité :
( ) : associe deux termes et un opérateur
SAME : recherche dans la même phrase
NOT : exclusion
AND : intersection
OR : union
Trucs et astuces : Equation
de recherche
Opérateurs booléens les plus courants
AND : intersection
OR : union
NOT : exclusion
Trucs et astuces : Equation
de recherche
Troncature
? 1 caractère seulement
* 0 ou plusieurs caractères
$ 1 ou 0 caractères
Gene* >>> Genes, General, Generation
Dosto?evsk* >>> Dostoyevsky, Dostoievskii
Trucs et astuces : Equation
de recherche
Sur Internet :
* : troncature
« maladie d’Alzheimer » : recherche une
expression
+Alzheimer -maladie: exclure un mot
+Alzheimer +maladie : imposer un mot
Exercices méthodes de la recherche bibliographique
Web of Science
Présentation du WoS
Recherche, tri par citations, affinage
Résultats
Liens SFX
Analyser les résultats
Recherche avancée
Web of Science
Présentation du Web of
Science (WoS)
Base de données bibliographique
multidisciplinaire qui fait partie du Web of
Knowledge
Outil payant (éditeur : Thomson Reuters)
accessible via un abonnement de l'Université
Non exhaustif, fondé sur la sélection des revues
les plus importantes
Mesure de l’importance des revues en fonction
du nombre de citations des articles
Doctorat/Web of Science
Accès depuis Jubil
Recherche simple
Sélection possible de 15 champs de recherche distincts
Attention à bien être
sur l’onglet « Web of
Science »
Search Topic : extracell* ATP
+ de 10 450 réf.
Tri par défaut : date de publication. Possibilité de trier par nombre de citations (Times cited)
Tri par citations
* Ajout de mot-clef
*tri par catégorie du WOS
*tri par type de document
Affichage et affinage des
résultats (1)
*etc.
*tri par sujet (« Research Areas » + large que « WoS Categories »)
*tri par affiliation
Possibilité d’afficher le résumé de l’article
Possibilité d’inclure ou d’exclure les
critères
Affiner les résultats (2)
Déroulement des catégories du panneau « Refine Results »
Détail d’un résultat
Alerte à la citation (nécessité de créer un compte)
Références en lien
Références citées (cet article cite…)
Références citantes (cet article est cité par…)
Facteur d’impact
Liens SFX
Ce bouton donne accès au résolveur de lien :
ouvre une nouvelle fenêtre avec la disponibilité
de l’article
- en électronique (« Texte intégral »)
- sinon, en papier à la BUPMC ou ailleurs via le
Sudoc (« Localisations »)
Analyze results : classer un ensemble de résultats par auteur, institution, sujet, année de publication, titre de revue, type de document, langue
Create Citation report : visualiser les citations et leur distribution dans le temps pour un ensemble de résultats (fonctionnalité inaccessible au-delà de 10 000 notices)
Analyser les résultats
Analyze results
Paramètres d’analyse
Inclure/exclure un ensemble de résultats
Exporter les données dans un fichier .txt
Doctorat/Web of Science
Create citation report
Lien vers articles citants
Retirer des articles du rapport et l’affiner par date
Détails pour chaque article
ATTENTION : le Citation Report concerne un ENSEMBLE de résultats et non pas seule référence
Lien vers h-index Moyenne de citation par article
Export possible du Citation Report vers Excel
Recherche avancée
Champs indexés et
opérateurs
Icône d’accès aux index
• Advanced search : combiner des requêtes • Search history :
- combiner des résultats de recherches - sauvegarder un historique de recherche et créer des alertes courriel/RSS sur des recherches en conservant les critères d’affinage (nécessite la création d’un compte)
Exercices Web of Science
PubMed
Présentation de PubMed
PubMed Jubil
MeSH
Filtres additionnels
Liens SFX
Recherche avancée
Combiner des recherches
PubMed
Présentation de PubMed
Outil d’accès à la base de données
bibliographique MEDLINE (Medical Literature
Analysis and Retrieval System Online)
Exhaustif en sciences biomédicales
Base publique gratuite, gérée et mise à jour par
la bibliothèque nationale de médecine des États-
Unis (NLM)
PubMed Jubil et SFX Pour avoir les liens SFX, il faut se connecter via Jubil
Accès distant possible, quand on se connecte depuis chez soi ou dans son labo !
Interroger PubMed : utiliser
MeSH
• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais
• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH
• MeSH pour Medical Subject Headings
• Intérêts du MeSH : • gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome =
Mongolism)
• permet de chercher sur le sujet seulement des articles
• permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier
Qu’est-ce que le MeSH ?
● Plus de 26 000 termes, hiérarchisés entre eux, répartis en 16 grandes catégories ● Mise à jour annuelle ● Traduction française par l’INSERM
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Exemple d’un terme
dans l’arborescence
du MeSH (on part du
général pour arriver
au plus précis)
Les catégories MeSH
Trouver les mots-clés MeSH en
anglais
Le Portail
terminologique de
santé propose la
traduction
française du
vocabulaire MeSH
http://pts.chu-
rouen.fr/
Trouver les mots-clés MeSH en
anglais
Mot clé validé en
anglais, à utiliser
sur PubMed.
Définition
pour vérifier
que c’est le
bon mot
Synonymes pris
en compte avec
ce mot-clé Autres propositions de
mots-clés à partir du
terme recherché
Mesh : thème principal, sans
explosion, qualificatifs
Trois fonctionnalités pour affiner les recherches liées au MeSH :
Recherche dans les termes qui se trouvent en dessous dans l’arborescence (explosion)
Qualificatifs pour rechercher sur un aspect seulement du mot-clé
Thème principal de l’article et non un thème annexe
L’arborescence
Situation du mot
dans
l’arborescence
MeSH : un mot
peut être à
plusieurs endroits
de l’arborescence
Les qualificatifs
Qualificatifs
applicables au mot
pour affiner le
champ de la
recherche
La recherche par thème principal
Possibilité de
sélectionner les
ressources
principales
MeSH sur PubMed
Chercher dans le
thésaurus MeSH
Copier le mot clé anglais trouvé sur le PTS
MeSH sur PubMed Ce premier résultat correspond au terme
cherché. On peut faire une recherche
générale sur ce terme en cochant la case,
puis en cliquant sur « Add to search
builder » puis « Search PubMed ». Pour
plus d’options, cliquer sur le mot clé.
En cliquant sur le mot clé,
on arrive sur sa notice
MeSH. On retrouve les
qualificatifs…
…le thème principal
et l’explosion…
…les synonymes…
…et la place dans
l’arborescence
…puis ajouter à l’équation
de recherche en cliquant
sur « Add to search
builder » puis chercher
dans PubMed en cliquant
sur « Search PubMed » Cocher les options de recherche souhaitées…
Recherche MeSH sur PubMed
Rappel de
l’équation de
recherche
Recherche MeSH sur PubMed
Filtres et filtres additionnels
Possibilité de filtrer les résultats. Attention : les
filtres restent actifs même si l’on change de
recherche, penser à les désactiver
Détail d’un résultat Références de l’article
Liens
extérieurs, dont
résolveur de
lien
Liens pour
rebondir vers
d’autres
ressources du
NCBI
Abstract
Recherche avancée
Choix du champ de recherche
Choix du booléen
Possibilité
d’ajouter ou
supprimer des
lignes
Combiner des recherches
Cliquer sur le numéro dans
l’historique de recherche pour
choisir un booléen et ajouter la
recherche au « Search Builder »
L’historique de recherche est disponible sur la page
de recherche avancée
Exercices PubMed
Auto-évaluation
Enquête
http://tinyurl.com/Enquete
Master
