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Licence Biologie-Biochimie - Troisième année Parcours Biologie Générale et Sciences de la Terre (BGST) Livret de l’étudiant 2013-2014

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Licence Biologie-Biochimie -Troisième année

Parcours Biologie Générale et Sciences dela Terre (BGST)

Livret de l’étudiant

2013-2014

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Licence Biologie-Biochimie

Informations générales

OlivierRichard

[email protected]

(Secrétariat)+33238417099

Directeur des étudesDans le cadre de l'harmonisation européenne des cur-

sus universitaires (réforme LMD Licence-Master-Doctorat), les

mentions de Licence sont constituées de 6 semestres.

Parcours et objectifs

La licence mention � Biologie � Biochimie � a pour

objectifs de :

- former un public étudiant à toutes les disciplines de la

biologie : biologie générale animale et végétale, biologie cellulaire et moléculaire, génétique formelle

et des populations, physiologie animale et physiologie végétale, biotechnologies, écologie, biologie

des organismes et des populations.

- lui permettre ainsi d'acquérir des connaissances fondamentales et pratiques de niveau Bac+3

dans tous les secteurs techniques et scienti�ques des Sciences de la Vie, ces connaissances étant

indispensables à une poursuite d'études vers les Masters Recherches et Professionnels ou à l'inté-

gration dans le monde professionnel dans ce domaine.

- préparer au concours du CAPES Sciences de la Vie et de la Terre, via une insertion dans un

Master de préparation au concours du CAPES (exemple le Master MED-SVT d'Orléans)

- préparer au concours pour le Professorat des écoles, via une insertion dans un Master

de préparation au concours (exemple le Master MEEFA ESPE d'Orléans) mettre à disposition

les savoirs et les connaissances existants à l'Université d'Orléans dans le domaine des Sciences

biologiques.

La licence mention � Biologie � Biochimie � est organisée en 5 parcours :

� Le parcours � Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes � (BOPE)

s'intègre dans le contexte actuel de l'essor des disciplines de l'écologie de la biodiversité et

de l'étude de l'environnement. Ce parcours permet aux étudiants d'approfondir leurs con-

naissances sur les inter-relations des êtres vivants, animaux ou végétaux, ainsi que les liens

avec leur environnement. Les mécanismes adaptatifs, évolutifs, physiologiques et génétiques

seront abordés au niveau des organismes et des populations. Pour ce faire, au-delà des con-

naissances théoriques, des études sur le terrain et en laboratoire, intégrant les outils modernes

de la biologie moléculaire sont proposées.

� Le parcours � Biologie Moléculaire et Cellulaire � (BMC) est destiné aux étudiants voulant

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aborder le monde vivant, par ses aspects physiologiques, cellulaires et moléculaires. Ce

parcours permettra aux étudiants d'acquérir des connaissances en biologie moléculaire, en

biochimie structurale, en génétique, en biochimie, en biophysique en physiologie humaine et

animale et en immunologie. Les aspects pratiques permettront aux étudiants d'acquérir une

initiation au travail en laboratoire dans ces di�érents domaines. Un choix d'option de chimie

en semestre 6 peut aussi permettre à l'étudiant d'acquérir des connaissances spéci�ques à la

chimie bioorganique.

� Le parcours � Biologie et Biochimie du Végétal � (BBV) est spécialement conçu pour les

étudiants intéressés par le monde végétal et souhaitant se former de façon large aux disciplines

de la physiologie végétale, de la biologie moléculaire et des biotechnologies végétales, ainsi

qu'à l'écologie. Il recouvre ainsi partiellement les parcours BOPE et BMC. Ce parcours qui a

été ouvert aux étudiants durant le contrat précédent a montré qu'il correspondait parfaitement

aux attentes des étudiants � végétalistes �. Il permet par le jeu de la mutualisation des unités

de biologie végétale et de biochimie d'o�rir une formation originale dans ce domaine.

� Le parcours � Biologie Générale et Sciences de la Terre � (BGST) permet aux étudiants

d'approfondir leurs connaissances dans les domaines de la biologie et de la géologie pour être

en adéquation avec les programmes du concours CAPES-SVT. Le programme du CAPES

étant très vaste, ce parcours apportera une partie des connaissances nécessaires à l'étudiant,

le complément étant traité durant la première année du Master � enseignement � proposé à

Orléans.

� Le parcours � Pluridisciplinaire � (PLURI) s'adresse aux étudiants souhaitant obtenir un

niveau Bac+3 a�n de postuler aux concours de la fonction publique d'une part, mais surtout

intégrer les Master préparant au concours de professorat des écoles (comme celui proposé

par l'ESPE d'Orléans-Tours). Pour ce faire, des enseignements scienti�ques seront complétés

par des unités de mathématiques, de français et d'anglais et des enseignements proposés par

l'ESPE.

Conditions d'admission

Semestre 5 : Pour les étudiants inscrits dans le cursus, avoir obtenu au moins un des semestres

de première année de licence.

Pour les étudiants provenant d'autres cursus (Prépa, classes BTS, IUT. . . .) : Après examen des

dossiers par la commission d'équivalence.

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Orientation et réorientation

L e choix du parcours en L3 se fera lors de la réunion de pré rentrée ou dans les jours qui

suivent cette réunion. L'étudiant pourra être aidé dans son choix par les directeurs des études.

Un changement de parcours reste possible entre les semestres 5 et 6. Toutefois la dénomination

d'un parcours ne pourra être inscrite sur le supplément au diplôme si les semestres 5 et 6 obtenus

par l'étudiant n'appartiennent pas au dit parcours. L'étudiant obtiendra donc la Licence mention

Biologie-Biochimie (sans spécialité ou parcours précisé)

Glossaire

Unités d'enseignement :

Ensemble d'enseignements comprenant des cours, TD, TP ou autres travaux personnels. Chaque

unité est a�ectée d'ECTS et fait l'objet d'un contrôle de connaissances.

Unités d'ossature : unités d'enseignement obligatoires correspondant à la formation de l'étudi-

ant dans la licence pour le parcours choisi.

Unités optionnelles : unités à choisir dans une sélection d'unités proposées pour personnaliser

son parcours.

Unités libres : UE permettant à l'étudiant de compléter sa formation (culture générale,

méthodologie universitaire, éléments de professionnalisation, stages, compléments de langue,

utilisation des ressources documentaires. . . ). Unités à choisir dans le livret des UE libres de

l'ensemble des composantes de l'Université.

Crédits ECTS (European Credits Transfer System = Système Européen de

Crédits de Transfert)

� A chaque unité d'enseignement (UE) est a�ectée une valeur en crédits qui correspond au

volume du horaire de l'unité. Les crédits sont attribués quand l'unité est validée (note > ou

= à 10/20).

� Chaque semestre validé correspond à 30 crédits. Une licence correspond donc à 180 crédits

(6 semestres).

� Ces crédits représentent une monnaie d'échange et sont :

� Transférables dans toute autre université européenne ;

� Capitalisables c'est-à-dire dé�nitivement acquis quelle que soit la durée du parcours de

l'étudiant.

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Grade :

Les grades universitaires sanctionnent les divers niveaux de l'enseignement supérieur. Depuis le

décret du 8 avril 2002 ce sont : le baccalauréat, la licence, le master et le doctorat.

Diplôme :

A chaque grade correspond un titre ou un diplôme. Sont conservées les possibilités de délivrer

deux diplômes intermédiaires, ne correspondant pas à un des grades précédents :

� celui de maîtrise (correspondant aux 60 crédits ECTS des semestres 1 et 2 de master) �

(article 9 de l'arrêté du 25 avril 2002 relatif au diplôme de master),

� celui de DEUG (correspondant aux 120 crédits ECTS des semestres 1, 2, 3 et 4 de licence)

� (article 2 de l'arrêté du 23 avril 2002 relatif aux études universitaires conduisant au grade

de licence).

Ces deux derniers diplômes sont délivrés dans la mention retenue sans indication de

parcours ou de spécialité, mais accompagnés d'un � supplément au diplôme �.

Supplément au diplôme

(décret du 8 avril 2002 portant application au système français d'enseignement supérieur de la

construction de l'Espace européen de l'enseignement supérieur. Art. 2). C'est une annexe descriptive

au diplôme, destinée à assurer la lisibilité des connaissances et aptitudes acquises dans le cadre de

la mobilité internationale.

Equipe de formation :

Chaque mention de licence ou master est pilotée par une équipe de formation qui veille à

l'adéquation de l'organisation des études avec les objectifs �xés, organise l'évaluation générale des

formations et élabore un bilan annuel de la formation.

Conseil de Perfectionnement :

Equipe de formation élargie à des représentants étudiants élus et des personnalités du monde de

la recherche académique, du monde de l'entreprise et des enseignants en lycée (classes du secondaire

et de BTS). Réuni une fois par an, ce conseil, à la lecture des évaluations de la formation, fait évoluer

la licence pour l'adapter au monde socio-économique, de la recherche et aux formations antérieures.

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Directeur des études :

En contact direct avec les étudiants et la scolarité de l'UFR, il anime l'équipe pédagogique.

Jury :

Constitué pour chaque semestre et présidé par le Directeur des études, il a en charge le recueil

des notes, l'établissement des moyennes et la validation du semestre. Un jury d'année réuni après

chaque session a en charge la délivrance de l'année et pour la L3 la délivrance �nale du diplôme.

Compensations :

� Pour chaque semestre, si la note globale moyenne est supérieure ou égale à 10/20, le semestre

est validé et lui sont associés 30 ECTS.

� La compensation annuelle s'organise dès la première session entre les deux semestres consé-

cutifs d'une même année universitaire : soit le semestre 5 avec le semestre 6.

Notes éliminatoires :

Pas de note éliminatoire en licence

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Le semestre 5

Maquette des enseignements

Parcours Biologie générale et Sciences de la Terre

Intitulé ECTS CM TD TP

Ossature

30ECTS

Biodiversité 5 4 4 40

Bases anatomiques des grandes

fonctions animales3 14 10

Evolution et adaptation des an-

giospermes4 16 10 10

Anglais 5 3 24

Croissance et développement des

végétaux4 24 12

Chaînes et bassins 4 20 28

Embryologie et phygiologie animales 3 24 12

Petrologie endogène II 4 24 12 24

Détail des enseignements

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SOL5BO01 BiodiversitéDurée�i1 48 h

Cours à 4 hTD à 4 hTP à 40 h

Semestre 5Objectifs+ Permettre à

l’étudiant dedécouvrir desmilieux naturels denotre région,participer àl’inventaire de lafaune et de la florepar la réalisationd’un herbierpersonnel et d’uneboite de référenced’insectes.

Langue(s)

Français

Parcours BOPE / BBV / BGST

Responsables Christiane Depierreux å [email protected]éraldine Roux å [email protected]

Pré-requis Bases en systématique des arthropodes, en écologie des peuplements et enmorphologie et reproduction des plantes.

Contenu

– Inventaire et diversité taxonomique des principaux groupes d’animaux. Floristique etsystématique du monde végétal. Clefs pour la détermination des taxons rencontrés.Mesure des indices de diversité.

– Observations sur le terrain (un groupe TP terrain encadré par deux enseignants) etanalyses en laboratoire (TP)

Évaluation5Coefficient 5ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral/TP

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CC(Animal/Végétal) + CT (oral végétal/écrit

1h + oral Animal)à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT Oral

Calcul de la note finale :à Première session : 50% CC + 50% CTà Session de rattrapage : 50% Animal + 50% Végétal

SOL5BO03 Evolution et adaptation des angiospermesDurée�i1 36 h

Cours à 16 hTD à 10 hTP à 10 h

Semestre 5Objectifs+ Acquérir les

connaissances surl’évolution etl’adaptation desplantes aux milieux.

Langue(s)

Français

Parcours BOPE / BBV / BGST

Responsable Christiane Depierreux å [email protected]

Pré-requis Notions d’organisation, d’anatomie et de reproduction des embryophytes.

ContenuEvolution et adaptation des végétaux au milieu : Compléments sur la reproduction et l’évo-lution de l’appareil reproducteur des angiospermes. Notions de classification. Adaptationsmorphologiques et anatomiques des végétaux aux différentes contraintes environnemen-tales. Perception des signaux de contrainte : lumière, température, gravité...Évaluation

4Coefficient 4ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit/TP

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : Ecrit (CT) 2h + TP (CC+CT) 1h30à Session de rattrapage : RNE et RSE : Ecrit (CT) 1h30 + TP (CT) 1h30

Calcul de la note finale :à Première session : 66% Ecrit + 33% TPà Session de rattrapage : 66% Ecrit + 33% TP

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SOL5BO05 Bases anatomiques des grandes fonctions animalesDurée�i1 24 h

Cours à 14 hTP à 10 h

Semestre 5Objectifs+ Acquisition de

l’anatomie et del’histologie desgrandes fonctionsavantd’appréhender laphysiologie.

Langue(s)

Français

Parcours BOPE/ BMC / BGST

Responsable Valérie Altemayer å [email protected]

Pré-requis Avoir de bonnes bases en biologie cellulaire.

Contenu

– Cours : Organisation des tissus : tissus épithéliaux – conjonctifs – musculaires. De-scription anatomique et histologique des appareils : circulatoire – respiratoire – digestifexcréteur.

– TP illustration du cours à partir de préparations et de coupes histologiques – Etude del’organisation de tous les appareils présentés en cours chez une souris. Les TP pourrontêtre enseignés en anglais.

Évaluation3Coefficient 3ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT (Ecrit) 1h30à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT (Oral) 15 min

Calcul de la note finale :à Première session : 100%à Session de rattrapage : 100%

SOL5AG35 Anglais 5Durée�i1 24 h

TD à 24 hSemestre 5

Objectifs+ Comprendre

l’informationexprimée dans desmessages complexessur le domaine desSciences etTechnologies ets’exprimer sur cemême domaine àl’écrit dans unregistre de langueapproprié.

Langue(s)

FrançaisAnglais

Parcours BOPE / BMC/ BBV / BGST / PLURI

Responsable Hervé Perreau å [email protected]

Pré-requis Avoir suivi Anglais 3 + 4 ou environ 500 heures de formation équivalente.

ContenuTravail de compréhension et d’expression à partir de documents authentiques longs et/oucomplexes, portant sur des innovations technologiques, des découvertes ou avancées sci-entifiques.Évaluation

3Coefficient 3ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : CC 3h ; RSE : CT 1h30à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT 1h30

Calcul de la note finale :à Première session : 100%à Session de rattrapage : 100%

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SOL5BO06 Croissance et développement des végétauxDurée�i1 36 h

Cours à 24 hTP à 12 h

Semestre 5Objectifs+ Acquisition des

connaissances debase de laphysiologie dudéveloppement desplantes.

Langue(s)

Français

Parcours BOPE / BBV / BGST

Responsable Daniel Hagège å [email protected]

ContenuLes phytohormones (les principales familles, biosynthèse et dégradation, transport, rôlesphysiologiques, utilisations pratiques) - La graine : de la mise en réserve à la mobilisation -La germination - La floraison (vernalisation, photopériodisme, thermopériodisme, théoriesde la floraison, morphogenèse florale)Évaluation

4Coefficient 4ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit/TP

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : Ecrit CT 2h / TP CC ; RSE : Ecrit CT 2h / TP CT 1hà Session de rattrapage : RNE et RSE : Ecrit/TP CT 2h/1h

Calcul de la note finale :à Première session : Ecrit 66% + TP 33%à Session de rattrapage : Ecrit 66% + TP 33%

Références

Heller et al.-T1 et 2 (Dunod) ; Mazliak et al. (Hermann) ; Laval-Martin et Mazliak (Her-mann) ; Guignard- Biochimie végétale (Dunod 2000) ; Luttge, Kluge et Bauer, Botanique(Tec et Doc 1996) ; Anderson-Beardall : Molecular activities of plant cells. (Blackwell Sci-entific Pub.) ; Campbell : Biologie (De Boeck Université) ; Nultsch : Botanique générale(De Boeck Université) ; Taiz and Zeiger : Plant physiology (Sinauer) ; Buchanan, Gruissemand Jones, Biochemistry and molecular biology (Amer. Soc. Plant Physiol.)

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SOL5GO01 Chaînes et bassinsDurée�i1 48 h

Cours à 20 hTP à 28 h

Semestre 5Objectifs+ Cette unité

apporte unedescription détailléedes grands types dechaînes demontagnes et desbassinssédimentaires. Ellepermet lacompréhension del’architecture desorogènes dans leurscadresgéodynamiques etcelle de la place desaccumulationssédimentairesavant, pendant etaprès la tectoniqueet des mécanismesresponsables de laformation de cesobjets.L’enseignementmagistral estcomplété parl’apprentissage de lacartographie et del’établissement decoupes géologiqueset de schémasstructuraux àdiverses échelles. Ilaboutit àl’acquisition deméthodesgéologiquesd’études d’objetsgéologiques commeune chaîne demontagnes ou unbassin.

Langue(s)

Français

Responsable Michel Faure å [email protected]

Pré-requis Bases de la géologie structurale dans les différents niveaux structuraux. Bases dela tectonique des plaques. Analyses géométriques, cinématiques et dynamiquesdes déformations ductiles et fragiles. Bases en pétrologie endogène et exogène.Bases en géophysique : sismologie, sismique, magnétisme, gravimétrie

ContenuCours. Chaînes intracontinentales, de subduction, d’obduction et de collision. Accré-tion et collage. Régimes thermiques et déformations de la croûte continentale ; liaisontectonique-métamorphisme ; "metamorphic core complexes" ; exhumation syn- et post-collision. Bassins intracontinentaux en extension et coulissement, grabens et hémigrabens,bassins d’avant-pays et intramontagneux. TP. Cartographie à différentes échelles : coupesgéologiques (plis, nappes, chevauchements) ; schémas structuraux ; analyse de cartes Dansle cadre des activités de travail personnel non-présentiel, il est demandé de préparer unexposé par groupe de 2 ou 3 étudiants portant sur l’analyse critique d’un article scien-tifique. Il s’agit pour les étudiants de lire un article court en anglais traitant d’un pointmoins approfondi du cours ou d’un exemple de chaîne ou de bassin non traité. Ils doiventen extraire les grandes idées et les restituer oralement à leurs collègues. A la suite del’exposé, l’enseignant intervient pour corriger les points mal compris ou apporter d’autresprécisions.Évaluation

4Coefficient 4ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : Ecrit CC 2x2h / Rapport stageà Session de rattrapage : RNE et RSE :CT 2h / Oral 30 min

Calcul de la note finale :à Première session : 66% Ecrit + 33% Rapportà Session de rattrapage : 66% Ecrit + 33% Oral

4

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SOL5BO15 Embryologie et physiologie animaleDurée�i1 36 h

Cours à 24 hTP à 12 h

Semestre 5Objectifs+ Physiologie :

Connaissance dufonctionnement desbiomembranes, dela signalisationnerveuse et de laphysiologie descellules excitables,introduction auxtechniquesd’électrophysiologieet l’étude descanaux ioniques etdes courantstransmembranaires.Connaissance enneuro-antomie etdu fonctionnementdu système nerveuxcentral.

+ Embryologie :Connaissance desgrandes lignes dudéveloppementanimal. Acquérir unesprit synthétiqueafin de généraliserla majorité desphénomènesétudiés.

Langue(s)

Français

Responsables Jean-Pierre Gomez å [email protected]éline

Montécot-Dubourgå [email protected]

Pré-requis Physiologie : Connaissances sur la biologie cellulaire (structure de la cellule et delamembrane plasmique). Embryologie : connaître les principaux groupes durègne animal

ContenuPhysiologie cellulaire (14h) : Les cellules du système nerveux. Le fonctionnement descellules excitables (cellules nerveuses, cellules musculaires striées et lisses). Etude du rôlede la membrane plasmique et des échanges membranaires passifs et actifs dans le fonc-tionnement de la cellule excitable. Le potentiel d’action neuronal et la propagation del’information nerveuse et neuro-musculaire. Le couplage excitation-contraction des mus-cles striés et lisses. La neurotransmission (neurotransmetteurs, récepteurs membranaires,la synapse). La physiologie cardiaque : organisation générale du tissu cardiaque au niveaumacroscopique et microscopique (cardiomyocytes). Etude de l’activité électrique au niveaucellulaire (le tissu pacemaker, le tissu conducteur, les potentiels d’action) et global (l’élec-trocardiogramme). L’activité mécanique cardiaque (le couplage excitation-contraction, larévolution cardiaque). Embryologie (10h) : Segmentation. Gastrulation. Neurulation chezdifférentes espèces animales. Embryologie humaine. Développement des grandes struc-tures chez l’embryon et le foetus humain. Quelques aspects de physiologie foetale. TP :Séances de TP interactives illustrant les notions de cours avec application à l’enseigne-ment secondaire.Évaluation

3Coefficient 3ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit/oral

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT (CM+TP)écrit 2h + oral (CM+TP)à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT oral (CM+TP)

Calcul de la note finale :à Première session : Ecrit 50% + oral 50 %à Session de rattrapage : Oral 100%

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SOL5GO03 Pétrologie endogène IIDurée�i1 60 h

Cours à 24 hTD à 12 hTP à 24 h

Semestre 5Objectifs+ Connaître les

modes de mise enplace magmatiques.Connaître lestextures etstructures desrochesmagmatiques.Connaître les sériesmagmatiques dansleursenvironnementsgéodynamiques.Maîtriser le choixduradiochronomètreapproprié au modede mise en place.Maîtriser lesprincipes de lagéochimie appliquésau magmatisme.Appréhender lemétamorphismecomme unphénomènedynamique.Interpréter lestexturesmicroscopiques entermes desuccessionsparagénétiques.Reconstituer destrajets P-Tapproximatifs.

Langue(s)

Français

Responsable Nicole Le Breton å [email protected]

Pré-requis Minéralogie (S2) – Sédimentologie et pétrologie sédimentaire (S3) – Pétrologieendogène I (S4).

ContenuPétrologie magmatique. Cours : Mise en place des roches volcaniques et plutoniques ;le magmatisme dans son cadre géodynamique, les grandes séries magmatiques TD : dia-grammes de phases ; bilans de masse, principes et modèles géochimiques TP : descriptionmacroscopique et microscopique des grands types de roches magmatiques Pétrologiemétamorphique. Cours : Approche dynamique du métamorphisme : trajets P-T, évolu-tions minéralogiques et texturales, lien avec le cadre géodynamique – Les migmatites :caractéristiques, modes de formation, lien avec le métamorphisme au sens strict – Les dif-férents métamorphismes observés dans les Alpes. TD : Représentation des compositionsde minéraux et desparagenèses dans les diagrammes triangulaires ACF, A’KF et AFM–Utilisation des diagrammes AFMpour suivre les évolutions paragénétiques des métapélitesdans différents contextes géodynamiques– Construction et exploitation de chemins P-Ten utilisant les résultats demodèles numériques TP : Etude microscopique de quelquesparagenèses des métapélites et des métabasites – Travail sur les faciès métamorphiqueset sur la reconstitution grossière de chemins P-T.Évaluation

4Coefficient 4ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : Cours/TD : CC (2h+2h - coeffs 1/1) ; CT : Oral

15 min. TP : CC (1h30+1h30 - coeffs 1/1)à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT(Cours 2h / Oral 15 min / TP 3h)

Calcul de la note finale :à Première session : Ecrit 50% + Oral 25% + TP 25%à Session de rattrapage : Ecrit 50% + Oral 25% + TP 25%

RéférencesBard (1990) : Microtextures des roches magmatiques et métamorphiques. Masson ; Boninet Moyen(2011) : Magmatisme et roches magmatiques. Dunod ; Caron et al. (2003) :Comprendre et enseigner la planète Terre. Ophrys ; Nicollet (2010) : Métamorphisme etgéodynamique. Dunod ; Philpotts et Ague (2011) : Principles of Igneous and MetamorphicPetrology Cambridge University Press ; Pomerol et al. (2011) : Element de géologie.Dunod

6

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Le semestre 6

Maquette des enseignements

Parcours Biologie Générale et Sciences de la Terre

Intitulé ECTS CM TD TP

Ossature

30ECTS

Physiologie humaine et comparée 5 34 14

Anglais 6 3 24

Biologie évolutive et moléculaire 5 28 12 8

Stages naturalistes I :

Faune marine - pédologie-hydrogéologie

4 48

Géologie de la France 5 20 6 22

Fixation de l'azote et agroéconomie

végétale

5 24 4 20

Méthodologie de la rédaction et de

l'analyse en Biologie et Géologie

3 24

Stages naturalistes II :

Diversité des algues marines

Compl. 24

Détail des enseignements

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SOL6BO06 Physiologie humaine et comparéeDurée�i1 48 h

Cours à 34 hTP à 14 h

Semestre 6Objectifs+ Ce module

présente les notionsde base enphysiologie animaleet humainenécessaires pourune compréhensiondes mécanismesphysiologiques chezl’humain.

Langue(s)

FrançaisAnglais

Parcours BOPE / BGST

Responsables Olivier Richard å [email protected] Gomez å [email protected]

Pré-requis Bases anatomiques des grandes fonctions animales (semestre 5)

ContenuCompartiments liquidiens de l’organisme. Hématologie, bases d’immunologie. Physiolo-gie du système respiratoire : aspects anatomo-fonctionnels et régulations. Fonction-nement du système digestif, cheminement de l’aliment de la bouche à l’absorption in-testinale. Physiologie du néphron. Physiologie osseuse et de l’ossification. Introductionaux neurosciences : organisation du cerveau, activités du système nerveux central et pé-riphérique, bases de physiologie sensorielle. Introduction à l’endocrinologie : organisationd’une glande, physiologie hormonale. Physiologie de la reproduction : de la productiondes gamètes à la naissance ; liens entre système hypothamo-hypophysaire et gonades.Les travaux pratiques illustreront le cours sous formes d’ateliers expérimentaux, cer-taines des activités proposées pourront être enseignées en anglais. L’organisation généraleanatomique de l’animal, nécessaire pour la compréhension des aspects physiologiques, seraillustrée à l’aide du modèle murin.Évaluation

5Coefficient 5ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT : Ecrit 2h (CM+TP)+ Oral 15 minà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT Ecrit 2h (CM+TP)

Calcul de la note finale :à Première session : E 66% + Oral 33%à Session de rattrapage : 100%

1

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SOL6BO02 Biologie évolutive et moléculaireDurée�i1 48 h

Cours à 28 hTD à 12 hTP à 8 h

Semestre 6Objectifs+ Appréhender les

contraintesphylogénétiquesdans laclassificationévolutive desespèces. Maîtriserles principalesméthodes dereconstructionutilisées enphylogéniemoléculaire.

Langue(s)

Français

Parcours BOPE / BGST

Responsables Géraldine Roux å [email protected] Legrand å [email protected]

Pré-requis connaissance des plans d’organisations des animaux et végétaux.

ContenuLa réalité de l’évolution. Caractéristiques et mécanismes biologiques de l’évolution deslignées. Classification et phylogénèse : méthodes (cladistique, phénétique) et principes dela reconstruction phylogénétique (utilisation des logiciels PAUP, Mega). Notions d’évo-lution des génomes, d’horloge moléculaire, de duplication et pertes de gènes, élémentsmobiles (transposons), transferts horizontaux de gènes. Techniques de biologie molécu-laire liées à l’étude des génomes.Évaluation

5Coefficient 5ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT : Ecrit 2h + Ecrit TP 1hà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT : Ecrit 2h + Ecrit TP 1h

Calcul de la note finale :à Première session : E 75% + TP 25%à Session de rattrapage : E 75% + TP 25%

SOL6AG36 Anglais 6Durée�i1 24 h

TD à 24 hSemestre 6

Objectifs+ Comprendre

l’informationexprimée dans desmessages complexessur le domaine desSciences etTechnologies ets’exprimer sur cemême domaine àl’oral avec un degréde spontanéité etde fluidité (niveaueuropéen B2).

Langue(s)

Français

Parcours BMC / BOPE / BGST / BBV / PLURI

Responsable Hervé Perreau å [email protected]

Pré-requis Avoir suivi Anglais 5 ou environ 500 heures de formation équivalente.

ContenuTravail de compréhension et d’expression à partir de documents authentiques longs et/oucomplexes, portant sur des innovations technologiques, des découvertes ou avancées sci-entifiques.Évaluation

3Coefficient 3ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : CC 2h (écrit/oral) / RSE : CT (écrit) 1hà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT (écrit) 1h

Calcul de la note finale :à Première session : 100%à Session de rattrapage : 100%

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SOL6BO17 Stages naturalistes : écologie du littoral-faune marine /Pédologie-Hydrogéologie

Durée�i1 48 h

TP à 48 hSemestre 6

Objectifs+ Apprentissage de

la reconnaissanced’organismesanimaux en rapportavec la diversité etl’écologie des sitesrencontrés lors dustage. Formation etpréparation auxcarrières del’enseignement.Préparation auxmétiers del’environnement età la gestion desécosystèmes.

+ L’objectif de cemodule est de fairedécouvrir, lagéodiversitérégionale ainsi queles ressourcesassociées (eau,géothermie,matériaux...).Savoir lire unpaysage, extrapolerles observations desurface au sous-sol,découvrir lesprincipauxréservoirs. Réaliserune analyse critiquedes données.

Langue(s)

Français

Parcours BOPE / BGST

Responsables Géraldine Roux å [email protected]ëlle Prouteau å [email protected]

Pré-requis Connaissance des groupes taxonomiques du règne animal. Bonne connaissancedes bases de Géologie niveau L1 scientifique.

Contenu

– Faune Marine : trois journées en Normandie consacrées aux organismes animaux de lazone intertidale, suivies d’analyses et de démonstrations au laboratoire. Ces études sefont sur la base d’excursions sur différents biotopes représentatifs du milieu (observa-tion des organismes et de l’environnement, prélèvements d’échantillons) et sont axéesessentiellement sur la faune marine, les insectes et les oiseaux. Elles permettent la miseen relation entre biodiversité et conditions du milieu. Les séances en laboratoire sontdes démonstrations (systématique, dissection, morphologie comparée, etc...) à partirdes échantillons récoltés. D’autres études sont réalisées in situ afin de déterminer ladiversité, la répartition et la quantification des organismes représentatifs des variationsdu milieu (salinité, durée d’immersion ou d’émersion, nature du substrat...).

– Pédologie-Hydrogéologie : sortie de terrain (6h) : Présentation de la Géologie régionale.Présentation de la géologie du Loiret. Lithologie, succession stratigraphique et histoiregéologique : calcaires de Beauce, sables de Sologne et alluvions de la Loire. Découverted’affleurements clés et de phénomènes karstiques (effondrements, résurgences,...). In-cidences sur la circulation des eaux souterraines et l’occupation des sols. Visite destations de pompage et de piézomètre. Travaux pratiques en salle 6,5h Découvertedes principaux réservoirs de données sur le sous-sol et les ressources en eau souter-raine. Comment accéder aux données, comment les utiliser ? Découverte d’Eduterre(ressources géoscientifiques du BRGM pour l’éducation), et accès aux données surGoogle Earth. Réalisations de scénarii sur l’état des lieux de la Nappe de Beauce(quantité/qualité).

Évaluation4Coefficient 4ECTS

Méthode d’évaluation :Oral

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : Animal : CT 30 min sur site ; Pédologie-

hydrogéologie : CC (Rapport)à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT Oral 15 min

Calcul de la note finale :à Première session : 50% Animal + 50 % Pédologie-hydrogéologieà Session de rattrapage : 100%

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SOL6GO01 Géologie de la FranceDurée�i1 48 h

Cours à 20 hTD à 6 hTP à 22 h

Semestre 6Objectifs+ L’étude de la

géologie de laFrance et del’Europe doit êtrel’occasion d’illustrerdes conceptsdéveloppés dansd’autres modules.L’ordrechronologique desdifférents cyclespermet une analyseplus aisée desévénements carl’héritage desphénomènesanciens joue un rôleimportant.

Langue(s)

Français

Responsable Michel Faure å [email protected]

Pré-requis Bases en stratigraphie, géochronologie, pétrologie endogène et exogène,géologie structurale.

ContenuLe visage actuel de l’Europe et de la France : Grands ensembles géomorphologiques :domaine méditerranéen (arcs tyrrhéniens et égéens ; bassins océaniques), reliefs alpins,massifs cristallins paléozoiques et précambriens, grands bassins sédimentaires L’évolu-tion précambrienne de l’Europe : Les chaînes anté-cadomiennes d’Europe septentrionale(Scandinavie et Îles britanniques). La chaîne du Protérozoïque supérieur : la chaîne néo-protérozoïque (cadomienne) en France. L’évolution paléozoïque en France et la formationdu socle de l’Europe : Structure et évolution de la chaîne varisque d’après l’étude desprincipaux massifs français : Ardenne, Massif Armoricain, Massif Central, Vosges. Aperçusur les noyaux hercyniens des chaînes alpines (Massifs cristallins internes et externes,zone axiale des Pyrénées, Maures, Corse) - Aperçu sur les autres segments varisquesd’Europe : Ibérie, Massif de Bohème - Les autres orogènes paléozoïques en Europe : lachaîne calédonienne de Scandinavie et du Nord des Îles britanniques, l’Oural. L’évolutionméso-cénozoïque de la France : Les accumulations sédimentaires des bassins parisien etaquitain : points communs et différences, cas du bassin du Sud-est - La formation deschaînes alpines du Trias au Miocène inférieur : le rifting téthysien, structures et métamor-phismes alpins. La chaîne pyrénéenne et ses dépendances languedociennes et provençales.Formation et évolution de la marge armoricaine Le rifting ouest européen d’après les ex-emples français : fossés d’Alsace, Bresse, Limagnes. La formation du Golfe du Lion et larotation du microbloc corso-sarde. Géodynamique actuelle de la France : données de lagéodésie (GPS), les mouvements actuels et la sismicité, la gravimétrie et ses anomalies degrande longueur d’onde Événements récents : variations eustatiques, glaciations et vol-canismes quaternaires, la crise messinienne. TD/TP : Illustration du cours par l’analyse dedocuments : cartes topographiques et géologiques Réalisations de schémas structurauxet de coupes à différentes échelles 1/50 000 ; 1/250 000 ; 1/106 Étude de documentsgéophysiques (par exemple cartes gravi/mag, profils ECORS et autres, mécanismes aufoyer, sismicité, flux de chaleur).Évaluation

5Coefficient 5ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral/TP

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CC(E) 2x2h + CT(O) 15min + CC(TP)à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT(E) 2x2h + CT(O) 15min + CT(TP) 3h

Calcul de la note finale :à Première session : 50% Ecrit + 25% Oral + 25% TPà Session de rattrapage : 50% Ecrit + 25% Oral + 25% TP

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SOL6BO05 Fixation de l’azote et agroéconomie végétaleDurée�i1 48 h

Cours à 24 hTD à 4 hTP à 20 h

Semestre 6Objectifs+ Acquisition des

connaissances debase de laphysiologievégétales.

Langue(s)

Français

Parcours BGST / BBV

Responsable Daniel Hagège å [email protected]

ContenuMétabolisme azoté et fixation symbiotique. Du blé au pain- De la vigne au vin. Sor-ties : utilisation des farines boulangères ; laboratoire de recherche sur la qualité des blés ;entreprise vinicole.Évaluation

5Coefficient 5ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit/TP

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : CT (Ecrit) 2h + CC (TP) ; RSE : CT (Ecrit 2h + TP

1h)à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT (Ecrit 2h + TP 1h)

Calcul de la note finale :à Première session : E 66% + TP 33%à Session de rattrapage : E 66% + TP 33%

SOL6BO23 Méthodologie de la rédaction et de l’analyse en biologie-géologie

Durée�i1 24 h

TD à 24 hSemestre 6

Objectifs+ Apprendre à

rédiger un textescientifiquestructuré. Sepréparer à desépreuves écrites detype concours.

Langue(s)

Français

Responsable Stéphane Maury å [email protected]

ContenuApprendre et appliquer les outils et les méthodes pour analyser et commenter des docu-ments scientifiques et apprendre à rédiger une synthèse écrite sur le modèle des écrits detype concours du CAPES SVT.Évaluation

3Coefficient 3ECTS

Méthode d’évaluation :Ecrit

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : CC (4h x 2) ; RSE CT 4hà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT 4h

Calcul de la note finale :à Première session : CC1 50% + CC2 50%à Session de rattrapage : E 100%

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SOL6BO15 Stage naturalistes II : diversité des algues marinesDurée�i1 24 h

TP à 24 hSemestre 6

Objectifs+ Identifier les

principales alguesdes cotes françaises.Réaliser un alguier.

Langue(s)

Français

Unité complémentaire

Responsable Christiane Depierreux å [email protected]

Pré-requis Connaissance des cycles biologiques des algues.

ContenuEtude sur le terrain (3 jours) des macroalgues benthiques. Observation des algues dansleur milieu naturel, identification des échantillons récoltés par analyse en laboratoire.Évaluation

0Coefficient 0ECTS

Méthode d’évaluation :CC+rapport+Oral

Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CC(2) + CT Oral 30 minà Session de rattrapage : RNE et RSE : Pas de session de rattrapage pour le terrain

Calcul de la note finale :à Première session : CC 50% + CT 50%

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