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Plateforme Biopuces de la Génopole Plateforme Biopuces de la Génopole Toulouse Midi-PyrénéesToulouse Midi-Pyrénées

Structure de service et de Structure de service et de développement développement

INSA - 135, Avenue de Rangueil – 31077 Toulouse

http://biopuce.insa-toulouse.fr

• Site web: http://biopuce.insa-toulouse.fr

• Missions de la plateforme

• Les acteurs du service

• L’équipement disponible

• Bilan depuis 2000

• Projet: démarche

• Procédure expérimentale

• Développements• Nouvelles

acquisitions• Achats futurs• Contact

PLAN

Plateforme BiopucesCréée 01/09/99, opérationnelle 2000Créée 01/09/99, opérationnelle 2000

Service

Expertises et conseils

Production

Analyses

DéveloppementPuces à Protéines et à sucres

Biomathématique

Chimie de greffage

Nanobiotechnologie

2 missionsPLAN

En procédure de démarche qualité

Iso9001vs2000

(pour accreditation Juillet 2008)










Les acteurs du service

Dr. Serguei Sokol, IR-INRA;

Biostat/Biomath

Céline Declercq, IE, CDI SAIC

Webmaster, communication, suivi Qualité-traçabilité.

Véronique le Berre, CR1-CNRS: responsable technique

Lidwine Trouilh, IE, CDI-SAIC,

service Biopuces

Pr. Jean Marie François, Directeur

Delphine Labourdette, I.E.; CDI-SAIC;

oligos design,Adm System, Analyse

d’images

PLAN










supports

- Agilent 2100 Bioanalyzer pour le Control/Qualité RNA- Nanodrop pour le contrôle des marquages des cDNA ou cRNA

Hybridization: Discovery/Ventana, agilent, cassettes Telechem

Scanners :Axon GenePix 4000A et 4000B,

Innocan 700, Phosphoimager

Commercial Software : XDotsReader Cose, GenePix Pro Axon, Mapix, ImageMasterArray Amersham

Bioinformatic software : Bioplot in house, Bioclust in house, GeneSpring, SiliconGenetics

Quantifier les acides nucléiques Fluoroskan

spotters: ChipWriter Pro/BioradQarray mini / Genetix

Equipements disponibles

PLAN










http://www.innopsys.fr/images/innoscan_700.png

Bilan - depuis 2000

PLAN

Répartition thématique

40%

25%

27%

8%

Microbiologie santé animale

santé humaine Agrobiosciences

Repartition public/privé

80%

20%

Public

Privé

Repartition géographique

45%

22%

33%

Regionale nationale internationale• Site web:










Projets: Projets: démarche et suivi des expériencesdémarche et suivi des expériences

PLANDemande du client

Réponse du client

Expertise – Plan expérimental et cahier des

charges

Fiche RecueilBesoin Client

Devis Fiche Projet

Facturation

Fiche‘Projet’ signée

avec Laboratoire

Public et privé

Processus Réalisation selon le cahier des charges

Rapport (données d’expression brutes)

Contratlaboratoire

Privé(Juriste Saic)










Spotting

Marquage

Hybridation

Scan

Image analysis

Contrôle ARNFournis par le client

Eta

pes

réal

isée

s pa

r la

pla

tefo

rme

Analyse statistique: logiciel Bioplot – Bioclust ou autre

Bio

logi

stes

Dépôt avec le spotteur Q-array mini/Genetix ou microarrays prêtes pour l’utilisation .

Bioanalyzer/Agilent (microfluidic Lab-on-a-Chip technologie) 28S/18S ratio >1.7

Les ARN sont reverse transcrits avec le kit pronto/promega direct labelling kit et marqués en cy3 et cy5 ou autre technique appropriée au type de lame. Vérification de l’incorporation des dye avec le Nanodrop

machine automatique Discovery/Ventana ou four agilent ou encore hybridation manuelle en chambre corning

Scan: Scanner Gene Pix 4000A or 4000B – Innoscan 700. Génèrent des fichiers .tif

Gene Pix Pro 6.01 - Mapix - Feature extraction

InterprétationsBiologiques

Procédure expérimentale et contrôle qualité

Plateforme BiopucesPlateforme Biopuces Genopole Toulouse Midi-pyrénéesGenopole Toulouse Midi-pyrénées

du Génome à la Fonction

Laboratoire d'Analyses et d'Architecture des Sytèmes

(LAAS-CNRS)

Développement d'un robot spotteur

Développement bioinformatique

Bioplot, Bioclust,

Base de données

(LAAS-CNRS)

Développement Biosenseurs

Support au choix

Dendrislide

Laboratoire de Chimie de Coordination (LCC-CNRS)

Development de la chimie de surface

Nouvelles acquisitions

PLAN

Innoscan 700 3m Innoscan 900 1m










Agilent

Lame Agilent

Chambre

d’hybridationfour

Feature extraction

Gaskets slide (joints)

http://www.innopsys.fr/images/produits/mapix/gridding.png

PLAN

Acquisitions Futures










Combimatrix:Combimatrix: Puces dédiées

SynthétiseurJusqu’à 50 mers (idéal 35 mers)

Formats disponibles:4x2K (4 arrays, 2240 probes/arrays)

12K 1 array, 12000 probes

90K 1 array, 90000 probes

Chambre d’hybridation

Lecteur Détection électrochimique

Expression Variability

Affymetrix

DNA RNA

1.28cm

1.28cm

Sequence Variability

http://www.combimatrix.com/images/b3synthpic_lg.jpg

ContactContact

Infos sur le site:


Contact:

Celine Declercq:

celine.declercq@ insa-toulouse.frtel 05 61 55 96 87

PLAN










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Documents