Université Pierre-et-Marie-Curie

guillaume.delaunay@upmc.fr

Imagerie du système nerveux centralRecherche documentaire

Vos besoins actuels

• Trouver les livres / manuels + ebooks

• Trouver des articles + notions de biblio pour petits travaux (lecture articles, etc.)

Vos besoins futurs

• Interne : topos, bibliographie pour la thèse

• Pro : veille documentaire, recherches cliniques, aide à la décision, etc.

Choisir ses sourcesSupports Bases à consulter

Thèses Catalogues

Ebooks Catalogues

Essais cliniques PubMed ; Clinicaltrial.gov

Articles en libre accès PMC ; PlosOne, BioMed Central

Résumés Pubmed

Revues de littérature Cochrane Library ; PubMed

Evidence Based Medicine Cochrane Library ; TripDatabase

Articles en anglais Ovid SP, Springer, ScienceDirect, Web of Science, PubMed, Scholar

Sites médicaux de qualité DocCismef

Articles en français EM-Premium, LiSSa, ScienceDirect ; Scholar,

Citer les documents

Formuler les questions :synonymes, Indexation mots-clés (fr et angl), métatermes

Choisir ses sources :Livres ? Thèses ? Review ? Cas cliniques ?

Articles en libre accès ? Français ? Anglais?Conférences ? Résumé ?

Evaluer les résultats : suite à la 1ere recherche> Préciser / élargir les termes (bruit / silence)

Les quatre étapes de la démarche

documentaire

Aujourd’hui : les objectifs

• Connaître les autres bases de données importantes pour récupérer des articles

• Utiliser PubMed de façon efficace

• Générer une bibliographie mise en forme grâce à Zotero.

Il faut combiner plusieurs méthodes pour trouver les

articles intéressants

L’idéal est d’arriver à un effet d’entonnoir

La vraie-bonne-unique recherche n’existe pas

Modèle du genre : les articles scientifiques de synthèse : revue systématique de littérature et les méta-analyses.

Etape 1 . Chercher le plus largement possible

Etape 2. Ajouter des restrictions

L’étape 1 permet d’accroître la sensibilité de de la recherché (contre le risque 1 : pas de résultats sur une requête TROP SPECIFIQUE)

L’étape 2 d’améliorer sa spécificité ( contre le risqué de la sensibilité +++ : trop de résultats = TROP DE SENSIBILITE)

La méthode de l’entonnoir

L’idéal est de trouver TOUS les articles pertinents(sensibilité 100 %) et AUCUN article hors sujet(spécificité 100 %). On peut s’en approcher…

0 % sensibilité

0 % spécificité

100 % sensibilité

~ 20 % spécificité

0 % sensibilité

~ 50 % spécificité

Légende Résultats de la recherche Articles pertinents

Plan de la séance

1. Les plateformes d’éditeur : EM-Premium, ScienceDirect

2. L’incontournable Pubmed + LiSSa

3. Autres bases : Scholar, WoS

4. Zotero

1. Les plateformes d’éditeurs

Accès hors UPMC : passer par JUBIL

8282

EM-Premium

Jubil > Ressources électroniques > Revues

EM-Premium (Elsevier Masson)

85

•76 traités d’EMC (43 en français),•ORL (pathologie de l’audition, audiophonologie)• Médecine physique réadaptation• Pédopsychiatrie, psychiatrie• Neurologie

130 revues en français, 2 000 en anglais• Archives de pédiatrie• Annales médico-psychologiques• Neuropsychiatrie de l’enfance et de l’adolescence• Revue neurologique

•

• iconographies et tableaux, articles de traités d'EMB (Evidence Based Medicine), + de 300 ouvrages.

EM-Premium

Sur EM Premium

Recherchez l’article du traité EMC de Neurologie sur l'imagerie cérébrale par tomographie d'émission de positons en neurologie :

• Combien de références en bibliographie ?

• Y-a-t-il aussi des cas cliniques liés à l’article ? Des illustrations ? Une autoévaluation ?

ScienceDirect (Elsevier)

77

ScienceDirect

Jubil > Ressources électroniques > Revues

78

• Informations générales :

• Multidisciplinaire à forte dominante scientifique

• Éditeur : Elsevier

• Interface en anglais

• Près de 2 000 revues et journaux (en texte intégral si parus à partir de 1995)

• De nombreux ouvrages en ligne (si parus depuis 1995)

• Numérisation progressive des documents parus avant 1995

78

ScienceDirect

7979

Recherche avancée

Choix

de la

ressourceMode

expert :

par

équation

ScienceDirect : la recherche avancée

Exercice

•Combien trouvez-vous d’articles qui traitent de l’anatomie de la glande pinéale depuis 2014 ?

24

Source : http://www.studyglobal.net/french/blog/tag/sejour-linguistique-a-londres/

Exemple : « moelle spinale » : 1 article

Exercice

• Combien d’articles trouvez-vous qui traitent le plus spécifiquement possible de la glande pinéale envisagée sous l’aspect anatomique ?

PubMed : Mapping

•Recherche simple dans PubMed

•PubMed vérifie, dans l’ordre– dans le MeSH

– dans les revues

– dans les expressions dans les auteurs

26

Pineal gland anatomy devient :

“("pineal gland"[MeSH Terms] OR ("pineal"[All Fields] AND

"gland"[All Fields]) OR "pineal gland"[All Fields]) AND ("anatomy

and histology"[Subheading] OR ("anatomy"[All Fields] AND

"histology"[All Fields]) OR "anatomy and histology"[All Fields]

OR "anatomy"[All Fields] OR "anatomy"[MeSH Terms])

Utilisation optimale documentation

médicale27

PubMed : stopwords• Mots courants non indexés :

/ MedLine

PubMed = interface de consultation de Medline (90% des références)

Medline = données bibliographiques25 millions de références d’articles, 5 600 revues, depuis les annéesDepuis 1950.

- Base gérée et mise à jour par la NLMet le NIH (National Institute of Health)

28

PubMed

Jubil >

Ressources

en lignes >

Les bases de

données

1. PubMed-UPMC

•PubMed est accessible gratuitement sur Internet mais PubMed-UPMC, accessible depuis Jubil et sur http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=ifrbiusjlib, vous permet d’afficher le

•bouton SFX (résolveur de liens) de l’UPMC

1. Liste de résultats PubMed-UPMC

Le mode

d’affichage

Abstract permet

d’afficher dès la

liste de résultats

le bouton SFX

2. L’indexation MESH

MEdical Subject Heading = Motmot-sujet médicaux

PubMed : pourquoi le MeSH ?

• MeSH = Medical Subject Headings• = mots-clés normalisés pour décrire le

sujet de l’article

1. Trop de résultats (trop de sensibilité)• spinal cord (directement) : + 170 000 articles• "spinal cord" : + de 162 000 articles• Spinal cord[Mesh] : 82 000 articles• "Spinal Cord/injuries"[Mesh] : 197

34

PubMed : pourquoi le Mesh ?

• 2- Les synonymes

• Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism

• 3- Ciblage sur un aspect (qualificatif –subheading)

• « spinal cord [MeSH] » : 82 400 articles

• Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » : 3 087 articles

Qu’est-ce que le MeSH ?

- Un thésaurus de plus de 27 000 termes, hiérarchisés entre eux, répartis en 16 grandes catégories

- Mise à jour annuelle

- Traduction française par l’INSERM récupérableVia le Cismef

33

Pour connaître les termes MeSH :

HeTOP

Terme Mesh

• Possibilité de choix

(général/particulier)

dans l’arborescence

• Possibilité dans

Pubmed d’exclure

les résultats plus

bas dans

l’arborescence.

AB AD AE AG AA AN AH AI BI BS BL CF CS CI CH CL CO CN CT CY DF DI DU DH DE DT EC ED

Abnormalities Administration and Dosage Adverse Effects Agonists Analogs and Derivatives Analysis Anatomy and Histology Antagonists and Inhibitors Biosynthesis Blood Supply Blood Cerebrospinal Fluid Chemical Synthesis Chemically Induced Chemistry Classification Complications Congenital Contraindications Cytology Deficiency Diagnosis Diagnostic Use Diet Therapy Drug Effects Drug Therapy Economics Education

EM EN EP ES EH ET GE GD HI IM IN IR IS IP LJ MA ME MT MI MO NU OG PS PY PA PK PD PH

Embryology Enzymology Epidemiology Ethics Ethnology Etiology Genetics Growth and Development History Immunology Injuries Innervation Instrumentation Isolation and Purification Legislation and Jurisprudence ManpowerMetabolismMethodsMicrobiologyMortalityNursingOrganization and AdministrationParasitologyPathogenicityPathologyPharmacokineticsPharmacologyPhysiology

PP PO PC PX RE RA RI RT RH SC SE ST SN SD SU TU TH TO TM TR TD US UL UR UT VE VI

PhysiopathologyPoisoningPrevention and ControlPsychologyRadiation EffectsRadiographyRadionuclide ImagingRadiotherapyRehabilitationSecondarySecretionStandardsStatistics and Numerical DataSupply and DistributionSurgeryTherapeutic UseTherapyToxicityTransmissionTransplantationTrendsUltrasonographyUltrastructureUrineUtilizationVeterinaryVirology

Le MeSH comprend 83 qualificatifsChaque mot-clef du MeSH ne peut être associé qu’avec certains nombre de qualificatifs (variables)

Les qualificatifs du MeSH

40

Comment ça marche?

Par zigazou76 Source Flickr

MESH à partir de l’interface Pubmed

OU

Détail d’un terme MeSHTerme et champ

d’application

Qualificatifs

possibles

Explosion et pondération

Synonymes

Termes associés

Hiérarchie

Permettent

de préciser

la

recherche

Par défaut, PubMed vous ramène l’ensemble des résultats inclus dans le terme que vous entrez dans la fenêtre de recherche

Autrement dit, l’explosion permet d’avoir tous les résultats rattachés à toutes les branches inférieures de l’arborescence

Désactiver l’explosion

•à partir du MeSH

•en utilisant le utiliser le code [mh:noexp]

Détail d’un terme MeSH : l’explosion

La pondération permet de restreindre la recherche aux références dans lesquelles le terme est le sujet majeur de l’article

Appliquer la pondération

• à partir du MeSH

• en utilisant le code [majr]

• en combinaison avec la suppression de l’explosion - utiliser le code [majr:noexp]

Détail d’un terme MeSH : la pondération

Choix du qualificatif et construction de la requête

47

Combinaison avec un autre terme

48

PubMed retient l’historique de votre

recherche

Exercice d’application

•Cherchez sur PubMed les revues de littérature sur le diagnostic de maladies des motoneurones via la neuroimagerie

Améliorer la précision

Trop de résultats « amélioration de la précision– pondérer une ou deux affiliations (champ [majr]) ;– éviter l’explosion d’un descripteur et dans le même temps de son qualificatif (champ [mh:noexp]) ;– ajouter un filtre (un type de publication comme review, par exemple). »

Plus de détail : http://docedu.fr/WordPress/archives/1053

Améliorer la sensibilité

Pas assez de résultats :

• – « démonter une affiliation : descripteur / qualificatif

• – soit enlever le qualificatif

• – et/ou faire du descripteur (champ [mh]) un mot du texte (champ [tw]) ;– ajouter un synonyme (opérateur OR) au descripteur transformé en mot du texte. ;– supprimer un membre de l’équation. »

Plus de détail : http://docedu.fr/WordPress/archives/1053

Pour vous aider : les Biblioguides

A partir de SU

Pour vous aider : les Biblioguides

http://documentation.sorbonne-universites.fr/

Pour vous aider : DocToBib

https://www.youtube.com/user/doctobib

LiSSa

57

Se faire une bibliographie automatique : Zotero

Traitement de texteSUDOC

Qu’est-ce qu’un logiciel de

gestion bibliographique ?

PubMed

Revues

élec

Sites

web Etc.

Importation des données en un clic Insertion automatique des références

Références Les références sont

insérées et mise en

forme

automatiquement

59

= Un plug-in Firefox

+ plug-in pour le

traitement de texte (Word,

OpenOffice)

= Un équivalent en logiciel libre

et gratuit de services payant

(EndNote, Refworks)

1) Aller sur :

http://www.zotero.org/

2) Téléchargez le plug-in

Firefox et le plug-in Word

ou OpenOffice

Recherche d’une référence par son identifiant (PMID, DOI, ISBN, etc.)

2 43 5

2

Saisie manuelle d’une référence : différents types de document disponibles

3

4

5Import d’un fichier de références

Création d’un élément : lien vers la page Web en cours

1 Collecte en ligne

Zotero : comment collecter des références

61

1

Liste des dossiers, marqueurs et recherches

Références du répertoire, du marqueur ou de la recherche sélectionné

Détails de la référence sélectionnée

4 zones dans Zotero

62

Barre d’outils

Zotero : où récupérer les données bibliographiques ?

Attention : le catalogue de l’UPMC ne fonctionne pas avec ZOTERO il faut passer par le catalogue national SUDOC.

1) Insérer une référence

2) Choix du style : le style est la manière dont les références seront présentées

Exploiter les références : plug-in Word/LibreOffice

64

3) Tapez directement un élément de la citation ou en « vue classique » affichez votre Zotero et choisissez la citation

Générer une bibliographie à partir de tous les éléments référencés (NB : si le style l’autorise)

Éditer une citation insérée dans le document

Refresh : mise à jour des citations et de la bibliographie pour répercuter les modifications faites dans la bibliothèque

Afficher les préférences du document pour changer le style

Éditer une bibliographie insérée dans le document (ajouter une référence non citée dans le texte par ex.)

Autres icônes Zotero dans Word/OpenOffice

65

Avant de partir…

Un questionnaire d’évaluation de la séance :

Fiabilité des comités de lecture ?

Test au BMJ (Bristish Medical Journal) : soumission à 420 rapporteurs potentiels d’un article dans lequel 8 erreurs avaient été délibérément introduites :

• 221 réponses

• nbre moyen d’erreurs détectées = 2

• personne n’en a vu + de 5

• 16% n’en ont vu aucune

Octobre 2013 : John Bohannon fait valider un article erroné par 150 journaux

Cas de fraudes, de plagiat fréquents :

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/ (Hervé Maisonneuve)

Lecture critique d’article

Pour aller plus loin

Des tutoriels : http://paris-sorbonne.libguides.com/

Rue des Facs : service de questions/réponses bibliogrpahique parisien (réponse sous 72h)

Un contact à la bibliothèque : guillaume.delaunay@upmc.fr