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Stages soutenus par le GIS Elevages Demain en 2016

Liste des sujets proposés

Le GIS Elevages Demain propose de soutenir, par le biais de bourse, des stages étudiants d’une durée de 6 mois (niveau Master 2 ingénieur ou recherche) sur les thèmes d’intérêt du GIS. Les critères d’évaluation seront les suivantes :

1) Stage réalisé dans un laboratoire INRA et co-encadré par un maître de stage INRA,

2) Sujet de stage inscrit dans les thématiques de travail du GIS en cours ou en projet (cf. ci-dessous),

3) Partenariat impliquant au moins un membre du GIS Elevages Demain hors INRA.

Durée : 6 mois

Niveau : Stage de fin d’études Bac+5 (Option Ingénieur ou Master 2)

Profil du stage : Recherche appliqué

Indemnisation de stage Inra

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Nom du projetNom du

porteur INRACentre INRA Unité

Partenaires impliqués

Les impacts de l’intégration agriculture-élevage à l’échelle d’un territoire sur les services rendus par l’élevage : approche par

scénarios.

Amandine Lurette

MontpellierUMR

SELMETMontpellier SupAgro

Elevage de précision : conséquences sur la représentation de leur métier par les éleveurs et sur la relation homme-animal

Nathalie Hostiou

Clermont Theix

INRA UMR METAFORT

IDELE / (comité de suivi IFIP, CA,

AgroSup Dijon…)

Effet des pratiques d’alimentation et de gestion des animaux sur le résultat économique et les impacts environnementaux de l’atelier

d’engraissement porcin: Une approche par modélisation

Florence Garcia-Launay

RennesUMR

PEGASEIFIP

Caractérisation des troupeaux biologiques de ruminants « en équilibre sanitaire » et identification des déterminants « de

l’équilibre »

Gwenaël Vourc'h

Clermont Theix

INRA UE EAIDELEITAB

Pâturage ovin sur prairies arborées : quels impacts des arbres sur l'animal et la prairie ?

Cécile GinaneClermont

TheixINRA

UMRHIDELE

AGROOF

Agroécologie appliquée aux systèmes d'élevage

Elevage de précision

Services rendus par l'élevage

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PROPOSITION DE STAGE 2015-2016

Le GIS Elevages Demain propose de soutenir, par le biais de bourses, des stages étudiants d’une durée de 6 mois (niveau Master 2 ingénieur ou recherche) sur les thèmes d’intérêt du GIS. Les critères d’évaluation seront les suivants :

1) Stage réalisé dans un laboratoire INRA et encadré ou co-encadré par un maître de stage INRA (impératif)*,

2) Sujet de stage inscrit dans les thématiques actuelles de travail du GIS (cf. ci-dessous),


Organismes partenaires : (1) Institut de l’Elevage (2) (préciser) (3) (préciser)

Thématiques de travail du GIS Elevages Demain : Acceptabilité sociale de l’élevage Services rendus par l’élevage Evaluation multicritère de la durabilité de l’élevage Elevage de précision Agro-écologie appliquée aux systèmes d’élevage Efficience azotée et protéique des élevages et des filières animales Phénotypage animal

La demande s’inscrit-elle aussi dans le cadre d’un RMT et/ou d’un projet Casdar/ANR correspondant à une thématique du GIS : oui / nonSi oui, il s’agit du :

RMT Elevage et Environnement RMT Polyculture Elevage RMT Bâtiments RMT Economie des filières d’élevage RMT Prairies demain RMT Bien-être animal Projet Casdar Projet ANR : ARIMNET - projet CLIMED – Crop-Livestock Integration in Mediterranean basin

(financement ANR pour le terrain français)Autre : ….

Lieux du stage : Montpellier* L’ampleur de la dimension collaborative du sujet sera un plus. Le projet de stage peut impliquer plusieurs unités INRA, plusieurs partenaires du GIS et/ou émaner d’un projet Casdar/ANR correspondant aux thématiques du GIS.

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INTITULE DU STAGE : Les impacts de l’intégration agriculture-élevage à l’échelle d’un territoire sur les services rendus par l’élevage : approche par scénarios.

Contexte et problématique : A l’échelle d’un territoire, les services rendus par l’élevage sont multiples (Moulin, 2014), avec la production de biens et de services, des fonctions sociales, la médiation des services écosystémiques délivrés par les surfaces en prairies ou en parcours, comme la séquestration de carbone, la régulation du cycle de l’eau etc., la conservation de la biodiversité remarquable et domestique. Selon les territoires les bouquets de services rendus sont différents (Ryschawy et al., 2013), selon l’occupation des sols et la diversité des systèmes d’élevage présents. En zone méditerranéenne, en dehors des surfaces urbanisées, les territoires se partagent entre la forêt, des espaces naturels plus ou moins embroussaillés (landes, pelouses), utilisés pour le parcours des animaux, et des surfaces cultivées. Comme ailleurs en France, les exploitations agricoles du Sud ont connu une phase de spécialisation, soit vers les productions végétales, soit vers l’élevage (Garde et al., 2014), déstructurant les relations agriculture-élevage existant autrefois à l’échelle des exploitations. Cependant des formes d’intégration existent à l’échelle du territoire (Moulin et al., 2015), avec par exemple le développement de cultures de légumineuses réintroduites dans les successions de culture d’exploitations spécialisées en productions végétales, associées à des échanges avec des exploitations d’élevage voisines. A l’échelle des exploitations mixtes agriculture-élevage, les performances et la durabilité de l’exploitation dépendent tout autant de l’équilibre entre les activités (élevage vs cultures) que des formes d’intégration des activités (Sneessens et al., 2015). On peut ainsi faire l’hypothèse qu’à l’échelle d’un territoire, les services rendus par l’élevage vont dépendre de la combinaison des exploitations présentes dans le territoire (entre spécialisées élevage ou culture et mixtes) et des formes d’intégration agriculture-élevage, dans les exploitations et entre exploitations. De plus, étant donné les compromis entre services (Bennet et al. 2009), on peut faire l’hypothèse que des bouquets de services différents seront permis selon les combinaisons d’exploitations dans le territoire et les pratiques d’exploitations. Il s’agit donc d’explorer, par construction de scénarios et évaluation par simulation (Aubron et al. 2013, Lurette et al. 2013 et 2014, Bataille et al., 2014), comment l’articulation des activités d’élevage et de culture à l’échelle d’un territoire oriente l’expression du bouquet de services rendus par l’élevage pour ce territoire.

Objectifs généraux du stage / Résultats attendus : Les objectifs généraux du stage sont donc de: i) construire un cas-type de territoire, à partir d’un cas réel dans les Préalpes du Sud, présentant une diversité d’occupation des sols et de types d’exploitation, ii) représenter le fonctionnement de ce territoire-type, afin de tester l’impact de différentes combinaisons d’exploitations et de pratiques d’intégration agriculture-élevage sur les services rendus par l’élevage à l’échelle du territoire iii) de construire une maquette informatique pour évaluer des premiers scénarios. Les résultats attendus sont : i) l’évaluation du bouquet de services rendus par l’élevage dans la situation actuelle, correspondant à la combinaison observée aujourd’hui d’exploitations et de formes d’intégration agriculture-élevage, ii) le modèle conceptuel d’un simulateur ad hoc iii) des premières pistes sur les leviers possibles en termes de relations agriculture-élevage pour faire évoluer le bouquet de services du territoire.

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Publications de l’équipe d’accueil et/ou relative au sujet (et/ou au projet dans lequel s’insère le stage) : (en gras : les personnes impliquées dans l’encadrement) Aubron C., Guérin G., Gallion B., Moulin C.H., 2013. Drawing together the knowledge of forestry and pastoralism experts in the construction of a technical support tool for silvopastoralism. Journal of Environmental Management, 117 : 162-171. Bataille J-F., Launay F., Aussibal G., Moulin C.H., Nozières M.O., Lasseur J., Tchakérian E., 2014. Des scénarios pour envisager des futurs possibles des systèmes d’élevage pastoraux. Renc. Rech. Ruminants , 21 : 347-350. Bennet E.M., Peterson G. D., Gordon L.J., 2009. Understanding relationships among multiple ecosystem services. Ecology Letters, 12: 1394-1404. Garde L., Dimanche M., Lasseur J., 2014. Permanence et mutations de l’élevage pastoral dans les Alpes du Sud. Journal of Alpine Research | Revue de géographie alpine [En ligne], 102-2 | 2014, mis en ligne le 24 mars 2014, http://rga.revues.org/2405 ; DOI : 10.4000/rga.2405 Lurette A., Aubron C., Moulin C.H., 2013. A simple model to assess the sensitivity of grassland dairy systems to scenarios of seasonal biomass production variability. Computers and Electronics in Agriculture, 93 : 27–36. Lurette A., De Boissieu C., Morin E., Hassoun P., Portes D ., Guitard J.P., Barillet F., Moulin C.H., 2014. Usage de la simulation pour une évaluation multi-échelle du passage à la monotraite en élevage ovin lait. Renc. Rech. Ruminants , 21 : 371-374. Moulin C.H., Aubron C., Lasseur J., Napoléone M., Nozières M.O., 2015. Stakeholders’ expectations about services provided by livestock farming systems at territory scale. Book of Abstract of the 66th Annual Meeting f the European Federation of Animal Science, n° 21, 136. Moulin C.H., 2014. Multiple services provided at territory scale from Mountain and Mediterranean livestock systems. Options Méditerranéennes, A, 109 : 559-572. Ryschawy J., Disenhaus C., Bertrand S., Allaire G., Aubert C., Aznard O., Guinot C., Josien E., Lasseur J., Perrot C., Plantureux S., Tchakérian E., Tichit M., 2013. Evaluer les services rendus par l’élevage dans les territoires : une première quantification sur le cas français. Renc. Rech. Ruminants, 20 : 303-306. Sneessens I., Veysset P., Benoit M., Lamadon A., Brunschwig G., 2015. Crop-Livestock integration and diversification to enhance farming system sustainabily. Book of Abstract of the 66th Annual Meeting f the European Federation of Animal Science, n° 21, 206

ACTIVITES DOMINANTES CONFIEES AU STAGIAIRE :

- Bâtir un territoire-type, associant une configuration d’occupation du sol, un ensemble de cas-type d’exploitations, des relations entre exploitations (intégration agriculture-élevage) et évaluer le bouquet de services rendus par l’élevage à l’échelle de ce territoire. Ce travail est réalisé à partir de données déjà existantes au sein de l’UMR Selmet et à l’Institut de l’Elevage - statistiques régionales, cas-type d’exploitation d’élevage, etc., de connaissances acquises dans des projets précédents –Animal Change par exemple sur la séquestration de carbone- et d’expertises.

- Réaliser une dizaine d’enquêtes en exploitations, pour compléter les données manquantes pour la construction de cas-type d’exploitation (exploitation spécialisée cultures, exploitation mixte, les exploitations spécialisées élevage étant déjà bien décrites par les cas-type Idele) et pour identifier les évolutions possibles des pratiques d’intégration

- Elaborer le modèle conceptuel permettant de représenter le fonctionnement du territoire et de tester les scénarios envisagés de modification de la combinaison d’exploitation et des relations agriculture-élevage. Ce travail devra mobiliser l’expertise des scientifiques (INRA, SupAgro) et partenaires (Idele), avec l’appui d’une spécialiste en modélisation (animation d’un groupe pluridisciplinaire).

- Participer à la construction d’une maquette informatique du simulateur permettant d’évaluer quelques premiers scénarios.

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PROFIL REQUIS : - Dernière année de Formation Supérieure : M2 ou élève-ingénieur agronome- Connaissances : zootechnie, agronomie, économie de l’exploitation- Compétences opérationnelles : enquêtes, analyse des systèmes de production, animation de réunion et conduite d’un projet, notions de modélisation- Langues : français- Permis de conduire (le cas échéant) : B

INDEMNISATION (SUR BUDGET GIS ELEVAGES DEMAIN) : - 554,40 €/ mois.

AVANTAGES PROPOSES (le cas échéant) :- logement : non- restauration : non- déplacements : prise en charge des déplacements pour la réalisation des enquêtes en région PACA.

CO-ENCADREMENT SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUEPartenaire 1 : Institut de l’Elevage (dans le cadre de l’UMT Elevages pastoraux en territoires méditerranéens)Partenaire 2 : Montpellier SupAgro, départemenrt MPRS, Axe 1 PastoralismePartenaire 3 : Partenaire …

CONTACT DU RESPONSABLE SCIENTIFIQUE :Nom et fonction du responsable scientifique à contacter : Amandine Lurette, Chargée de Recherches, INRA-PHASEAdresse : UMR SELMET, 2 place Pierre Viala, 34060 Montpellier cedexTél. : 04 99 61 29 78Site web (équipe et/ou projet) : http://www.umr-selmet.cirad.fr/Email : [email protected]

DATES DU STAGE : Du 15/03/2016 au 15/09/2016






Organismes partenaires : (1) INRA (2) IDELE (3) Comité de suivi associant IFIP, ITAVI, Chambres d’agriculture, AgroSup Dijon, INRA UMRH équipe ACS Theix,Thématiques de travail du GIS Elevages Demain :

Acceptabilité sociale de l’élevage Services rendus par l’élevage Evaluation multicritère de la durabilité de l’élevageX Elevage de précision Agro-écologie appliquée aux systèmes d’élevage Efficience azotée et protéique des élevages et des filières animales Phénotypage animal

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RMT Elevage et Environnement RMT Polyculture Elevage RMT Bâtiments RMT Economie des filières d’élevage RMT Prairies demainX RMT Bien-être animal Projet Casdar Projet ANR Autre : RMT Travail X

Lieux du stage : Institut de l’Elevage Paris / UMR Métafort Clermont-Ferrand* L’ampleur de la dimension collaborative du sujet sera un plus. Le projet de stage peut impliquer plusieurs unités INRA, plusieurs partenaires du GIS et/ou émaner d’un projet Casdar/ANR correspondant aux thématiques du GIS.

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INTITULE DU STAGE : Elevage de précision : conséquences sur la représentation de leur métier par les éleveurs et sur la relation homme-animal

Contexte et problématique : L’impact des nouvelles technologies en élevage ne se limite pas aux aspects techniques et économiques de la conduite. La façon de travailler avec les animaux se trouve modifiée puisque l’introduction de ces technologies transforme les situations d’interaction entre l’éleveur et ses animaux voire en supprime certaines, ou parfois en crée de nouvelles. D’autre part ces technologies génèrent des données nouvelles sur les paramètres biologiques et comportements des animaux qui peuvent induire un changement du regard que l’éleveur porte sur eux. Des questions se posent sur les bénéfices et les effets néfastes de ces changements sur la relation homme-animal en élevage et sur le bien-être animal, parmi lesquelles : la mise à distance physique associée à l’automatisation se traduit-elle par une dégradation ou pas de la relation homme-animal ? La fourniture de données individualisées par animal réduit-elle la connaissance par l’éleveur de l’animal à des chiffres ou l’enrichit-elle, et comment ? De façon plus large, les nouvelles technologies peuvent modifier la vision de l’éleveur sur son métier puisque son contenu est modifié (moins de travail physique, plus de données à traiter, des alarmes à gérer …) et sollicite des compétences différentes, parfois nouvelles. Ces deux facettes, vision du métier et relation homme-animal sont d’ailleurs liées, puisque le travail avec l’animal et la relation homme-animal sont une spécificité du métier d’éleveur et constituent pour beaucoup d’éleveurs un des éléments clés de la motivation à devenir éleveur et de la satisfaction vis-à-vis du métier.

Objectifs généraux du stage / Résultats attendus : L’objectif du stage sera de décrire et caractériser les conséquences de l’élevage de précision d’une part sur la vision des éleveurs sur leur métier, la manière dont ils le définissent, et d’autre part sur la relation homme-animal, en creusant en particulier d’une part les évolutions des pratiques autour des animaux et d’autre part l’utilisation des données sur les animaux collectées par les capteurs. Pour cela des enquêtes en élevage (20 à 30) seront menées pour recueillir le discours des éleveurs, elles seront complétées par une observation en situation de l’éleveur devant son ordinateur pour identifier les données qu’il utilise effectivement, et si possible une observation au contact des animaux. L’échantillon d’élevages sera proche de celui étudié dans le cadre du stage réalisé par Camille Désire en 2015 sur l’organisation du travail en lien avec l’élevage de précision de façon à pouvoir en valoriser les résultats et en particulier consacrer moins de temps dans les enquêtes sur l’organisation du travail, déjà traitée, de façon à approfondir la vision du métier et la relation homme-animal. On couvrira donc 3 espèces, bovin lait, porcs et volailles, avec des élevages engagés relativement récemment dans les nouvelles technologies qui pourront faire une comparaison entre avant l’introduction de la technologie et après. Les enquêtes seront réalisées dans l’ouest de la France. Les résultats mettront en évidence la diversité des vécus des éleveurs vis-à-vis des nouvelles technologies, vécu global du métier et vécu quotidien à travers les pratiques mises en œuvre, leur appréciation de la qualité de leur relation avec leurs animaux et leurs motifs de satisfaction et d’insatisfaction, et permettront de dégager des critères pour qualifier cette relation.

Publications de l’équipe d’accueil et/ou relative au sujet (et/ou au projet dans lequel s’insère le stage) :Bock B.B., van Huik M.M., Prutzer M., Kling Eveillard F., Dockes A.C., 2007. Farmers’ relationship with different animals : the importance of getting close to the animals. Case studies of French, Swedish and Dutch cattle, pig and poultry farmers, International Journal of Sociology of Food and Agriculture (IJSAF) – Vol. 15(3). Disponible uniquement en ligne : http://www.ijsaf.org/contents/15-3/bock/index.htmlBoivin X., Bensoussan S., L’Hotellier N., Bignon L., Brives H., Brulé A., Godet J., Grannec M.-L.,Hausberger M., Kling-Eveillard F., Tallet C., Courboulay V., 2012. Hommes et animaux d’élevage au travail : vers une approche pluridisciplinaire des pratiques relationnelles. In : Numéro spécial, Travail en élevage. Hostiou N., Dedieu B., Baumont R. (Eds). INRA Prod. Anim., 25, 159-168.Désire C. 2015. L’élevage de précision : changements dans l’organisation du travail et la gestion des données dans des exploitations laitières, porcines et avicoles. Mémoire de fin d’études, diplôme Ingénieur Agronome, Montpellier Supagro. 64 pHostiou N., Fagon J., Chauvat S., Turlot A., Kling-Eveillard F., Boivin X., Allain C.,2016. Conséquences de l’élevage de précision sur le travail, les compétences et les relations homme-animal. In Elevage de précision. Saint-Dizier M., Chastan-Maillard S. (Eds) La France Agricole. (à paraître)

ACTIVITES DOMINANTES CONFIEES AU STAGIAIRE : - Elaboration du protocole d’enquête (guides d’entretien et grilles d’observation), construction du plan d’échantillonnage

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- Conduite des enquêtes en élevage (grand Ouest)- Dépouillement / analyse- Rédaction du mémoire

PROFIL REQUIS : - Dernière année de Formation Supérieure : étudiant ingénieur agronome- Connaissances : connaissances en zootechnie et sur l’exploitation agricole, connaissances sur les technologies de précision en élevage appréciées- Compétences opérationnelles : intérêt pour les enquêtes qualitatives et capacités relationnelles, autonomie, capacités d’analyse, synthèse et rédaction- Langues : anglais (pour la bibliographie)- Permis de conduire (le cas échéant) : permis B indispensable


AVANTAGES PROPOSES (le cas échéant) :- logement : - restauration : - déplacements : pris en charge

CO-ENCADREMENT SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUEPartenaire 1 : INRA UMR Métafort – Nathalie HostiouPartenaire 2 : Institut de l’Elevage, service ASTRE – Florence Kling-EveillardPartenaires 3 et suivants : Comité de suivi associant IFIP, ITAVI, Chambres d’agriculture, AgroSup Dijon, INRA UMRH équipe ACS Theix, …

CONTACT DU RESPONSABLE SCIENTIFIQUE :Nom et fonction du responsable scientifique à contacter : Nathalie HostiouAdresse : INRA UMR1273 Métafort 63122 Saint Genès ChampanelleTél. : 04 73 98 29 15 Site web (équipe et/ou projet) : https://metafort.cemagref.fr/Email : [email protected]

DATES DU STAGE : De janvier/mars 2016 à juin/septembre 2016 (6 mois)

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Organismes partenaires : (1) INRA (2) IFIP (3) ACTA

Thématiques de travail du GIS Elevages Demain : Acceptabilité sociale de l’élevage Services rendus par l’élevage Evaluation multicritère de la durabilité de l’élevage Elevage de précision Agro-écologie appliquée aux systèmes d’élevage Efficience azotée et protéique des élevages et des filières animales Phénotypage animal

La demande s’inscrit-elle aussi dans le cadre d’un RMT et/ou d’un projet Casdar/ANR correspondant à une thématique du GIS : oui Si oui, il s’agit du :

RMT Elevage et Environnement RMT Polyculture Elevage RMT Bâtiments RMT Economie des filières d’élevage RMT Prairies demain RMT Bien-être animal RMT Travail en élevage Projet Casdar MOGADOR coordonné par l’IFIP Projet ANR Autre : ….

Lieux du stage : INRA Saint-Gilles, UMR 1348 PEGASE* L’ampleur de la dimension collaborative du sujet sera un plus. Le projet de stage peut impliquer plusieurs unités INRA, plusieurs partenaires du GIS et/ou émaner d’un projet Casdar/ANR correspondant aux thématiques du GIS.

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INTITULE DU STAGE : Effet des pratiques d’alimentation et de gestion des animaux sur le résultat économique et les impacts environnementaux de l’atelier d’engraissement porcin: Une approche par modélisationContexte et problématique : La production porcine est aujourd'hui confrontée à un double enjeu : renforcer sa compétitivité et réduire ses impacts sur l'environnement. Le résultat économique et les impacts environnementaux de la production porcine sont très dépendants des pratiques de gestion et d'alimentation des animaux. L'allotement et la gestion spécifique des porcs en fin d’engraissement (fins de bande) influencent la variabilité inter-individuelle des performances et donc la proportion de carcasses produites dans la gamme de poids assurant un paiement optimal. Les pratiques d'alimentation influencent l'excrétion de nutriments par les animaux et les impacts environnementaux qui y sont associés. Parmi elles, l’alimentation de précision apparaît comme prometteuse pour réduire les coûts d’aliments et les rejets vers l’environnement. Il apparaît donc nécessaire de préciser les effets des pratiques d’alimentation et de gestion des animaux sur les résultats économiques et environnementaux de l’atelier d’engraissement.De nombreuses études expérimentales ont étudié les effets de différentes conduites alimentaires sur les performances techniques des animaux, sur le coût alimentaire, ou encore sur l'excrétion d'azote (N) et de phosphore (P). Dans la plupart des études cependant, l’effet des pratiques de gestion des animaux (allotement, gestion des fins de bande) n’est pas testé et l'évaluation de la charge alimentaire se fait dans un contexte de prix précis, alors qu'on le sait aujourd'hui très variable. Les modèles développés prennent souvent en compte les effets des stratégies alimentaires sur les performances technique et économique des ateliers, mais peu d'entre eux incluent les interactions entre ces pratiques d'alimentation, et les modalités d'allotement et de gestion des fins de bandes. Enfin les impacts environnementaux de la production porcine sont calculés en général avec des modèles statiques simplifiés qui considèrent la performance technique annualisée de l'atelier, et qui ne prennent donc pas en compte les effets des pratiques mises en place sur la variabilité des performances entre individus. Dans ce contexte, le projet CASDAR MOGADOR (associant l’IFIP – Institut du porc, l’INRA (UMR Pegase) et l’ACTA (RMT Modélisation et Agriculture)) a comme objectif la construction d’un outil d’aide à la décision basé sur un modèle représentant le fonctionnement d’un élevage porcin. Au cours de l’année 2015, un premier modèle a été construit, permettant de simuler le fonctionnement des ateliers post-sevrage et engraissement. Le modèle développé est un modèle individu-centré à évènements discrets qui intègre l’effet des pratiques d’allotement, de gestion des fins de bande et d’alimentation sur les performances de croissance des animaux, et sur la variabilité des poids de carcasse à l’abattage. Il fournit en sortie le calcul des principaux indicateurs de Gestion Technico-économique (GTE) et celui des impacts environnementaux de la production par Analyse du Cycle de Vie (ACV, changement climatique, eutrophisation, acidification, occupation des terres,…). Le modèle fait également l’objet d’une analyse de sensibilité en 2015 qui permet de s’assurer de son fonctionnement cohérent et d’identifier les paramètres du modèle auxquels les indicateurs calculés sont les plus sensibles.

Objectifs généraux du stage / Résultats attendus :

L’objectif général vise à quantifier les effets des pratiques d’alimentation et de gestion des animaux en engraissement sur les performances économiques et environnementales de l’élevage. A partir du modèle disponible, les objectifs du stage seront les suivants :- Construire des scénarios contrastés de conduite de l’atelier d'engraissement, basés sur des stratégies différentes d’alimentation (notamment alimentation biphase, multiphase, alimentation de précision) et de gestion des animaux (notamment modalités de gestion des fins de bande), dans différents contextes économiques. Cette phase nécessitera des interactions avec des experts de la recherche, du développement et des filières de production.- Simuler les résultats biotechniques, économiques et environnementaux avec le modèle pour les différents scénarios et différentes tailles d’atelier. - Analyser et interpréter l’effet des pratiques inclues dans les scénarios sur les sorties du modèle. Les résultats seront discutés avec les experts ayant contribué à la construction des scénarios.

Publications de l’équipe d’accueil et/ou relative au sujet (et/ou au projet dans lequel s’insère le stage) :

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- A. Aubry, M. Lescot, A. Cadéro, F. Garcia-Launay, I. Corrégé, N. Quiniou, 2016. La gestion des fins de bande en élevage porcin : analyse des stratégies décisionnelles des éleveurs et des enjeux économiques associés. Journées de la Recherche Porcine, 2-3 février 2016, Paris.- Garcia-Launay F., van der Werf H.M.G., Nguyen T.T.H., Le Tutour L. and Dourmad J.Y. 2014. Evaluation of the environmental implications of the use of amino acids in pig production using Life Cycle Assessment. Livestock Science, 161, 158-175.- Brossard, L., Dourmad, J.Y., Rivest, J., van Milgen, J., 2009. Modelling the variation in performance of a population of growing pig as affected by lysine supply and feeding strategy. Animal 3, 1114-1123.- Martel, G., Dedieu, B., Dourmad, J.Y., 2008. Simulation of sow herd dynamics with emphasis on performance and distribution of periodic task events. Journal of Agricultural Science 146, 365-380.

ACTIVITES DOMINANTES CONFIEES AU STAGIAIRE : - Simulations des scénarios à l’aide du modèle développé- Analyse statistiques des résultats de simulation sous le logiciel R- Analyse et interprétation des résultats- Recherche et synthèse bibliographique- Rédaction du rapport -

PROFIL REQUIS : - Dernière année de Formation Supérieure : Ingénieur Agronome- Connaissances : Productions porcine, analyse de données, modélisation- Compétences opérationnelles : utilisation du logiciel R- Langues : français, anglais- Permis de conduire (le cas échéant) : pas nécessaire


AVANTAGES PROPOSES (le cas échéant) :- logement : - restauration : restauration d’entreprise sur le site à tarif subventionné- déplacements :

CO-ENCADREMENT SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUEPartenaire 1 : Florence Garcia-Launay, INRA, UMR PEGASEPartenaire 2 : Alexia Aubry, IFIP.Partenaire 3 : Alice Cadéro, IFIP.Partenaire …

CONTACT DU RESPONSABLE SCIENTIFIQUE :Nom et fonction du responsable scientifique à contacter : Florence Garcia-LaunayAdresse : INRA UMR PEGASE Domaine de la Prise 35590 Saint-GillesTél. : 02 23 48 50 87Site web (équipe et/ou projet) : https://www6.rennes.inra.fr/pegase/RECHERCHE/Equipes-de-recherche/SysPorc Email : [email protected]

DATES DU STAGE : Du 15/02/2016 au 14/08/2016 (à ajuster selon dates de fins de cours)

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Organismes partenaires : (1) INRA (2) Partenaires du CASDAR OTOVEIL : ITAB(3) (préciser)

Thématiques de travail du GIS Elevages Demain : Acceptabilité sociale de l’élevage Services rendus par l’élevage Evaluation multicritère de la durabilité de l’élevage Elevage de précisionX Agro-écologie appliquée aux systèmes d’élevage Efficience azotée et protéique des élevages et des filières animales Phénotypage animal


RMT Elevage et Environnement RMT Polyculture Elevage RMT Bâtiments RMT Economie des filières d’élevage RMT Prairies demain RMT Bien-être animal X Projet Casdar : OTOVEIL « Développer des Outils Techniques et organisationnels de conseil

pour la surveillance et la prévention sanitaire dans les élevages biologiques », porteur : Catherine Experton (ITAB), 2016-2019

Projet ANR Autre : ….

Lieux du stage : (préciser) : Unité d’Epidémiologie Animale, INRA, Centre Auvergne-Rhône-Alpes, site de Theix* L’ampleur de la dimension collaborative du sujet sera un plus. Le projet de stage peut impliquer plusieurs unités INRA, plusieurs partenaires du GIS et/ou émaner d’un projet Casdar/ANR correspondant aux thématiques du GIS.

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INTITULE DU STAGE : Caractérisation des troupeaux biologiques de ruminants « en équilibre sanitaire » et identification des déterminants « de l’équilibre »

Contexte et problématique :

L’approche globale/intégrée de la santé a pour but de limiter les conséquences sanitaires, économiques et environnementales des problèmes de santé en agissant sur la prévention des maladies et la détection précoce des problèmes sanitaires. Elle permet ainsi de limiter leur ampleur par un réajustement des pratiques. L’Agriculture Biologique (AB) se base sur ces principes en proposant une approche globale de la santé des exploitations biologiques.

Au niveau du troupeau, l’état de d’équilibre en santé animale existerait mais il n’est pas objectivé. Il est appréhendé par certains éleveurs biologiques et /ou leur conseillers comme un troupeau avec peu d’animaux malades, recevant peu d’intrants médicamenteux (antibiotique et antiparasitaire). Cet équilibre serait plus ou moins stable dans le temps. Une perte de l’équilibre à l’échelle du troupeau se caractériserait par différents troubles, l’expression de plusieurs maladies, des problèmes de reproduction et de bien-être animal.

Objectifs généraux du stage / Résultats attendus : L’objectif général du stage est de caractériser l’état sanitaire considéré comme en « équilibre » du point de vue de la santé dans des élevages en agriculture biologique.Il s’agira : - de caractériser les notions d’équilibre et de déséquilibre,- de sélectionner des indicateurs pouvant traduire les variations d’équilibre,- d’analyser finement les pratiques sanitaires et zootechniques mises en place au niveau du troupeau ou au niveau de l’animal par les éleveurs pour prévenir un éventuel déséquilibre du troupeau. L’étude sera réalisée sur la base d’une analyse des données enregistrées sur une durée de 10 ans dans trois fermes expérimentales et deux fermes de lycées agricoles. Ces analyses devraient permettre de monter une enquête auprès d’une centaine de fermes des situations d’équilibre et déséquilibre, pour laquelle sept groupes d’éleveurs (5 types d’élevage de ruminants) sont disposés à y participer. Le stage pourra se prolonger par un CDD d’un an financé par le CASDAR, dédié à l’analyse de cette enquête.

Publications de l’équipe d’accueil et/ou relative au sujet (et/ou au projet dans lequel s’insère le stage) : Publications sur le sujet:Unkel, S, Farrington, C. P, Garthwaite, Paul H.; Robertson, Christopher; Andrews, Nick. Statistical methods

for the prospective detection of infectious disease outbreaks: a review. Journal of the Royal Statistical Society: Series A , Vol. 175, No. 1, 2012, p. 49-82.

Frisen, M. 2010. Principles for multivariate surveillace. In Frontiers in Statistcial quality control, eds HJ Lenz, W. Peter-Theoder, W Schmid. Frontiers in Statistical Quality Control 9, pp 133-144.

Publication de l’équipe d’accueil (en statistiques, l’équipe n’ayant pas encore publié sur le sujet précis, le nom des encadrants est souligné)Bord, S, P Druilhet, P Gasqui, and G Vourc’h 2014. Bayesian estimation of abundance based on removal

sampling under weak assumption of closed population with catchability depending on environmental conditions. Application to tick abundance. Ecological Modelling 274 : 72-79

Vaumourin E, G Vourc’h, S Telfer, X Lambin, D Salih, U Seitzer, S Morand, N Charbonnel, M Vayssier-Taussat and G Gasqui. 2014. To be or not to be associated : Power study of four statistical modeling approahces to identify pathogen associatins in cross-sectional studies. Frontiers in Microbiology : 4 (62).

Madouasse, A., Huxley, J.N., Browne, W.J., Bradley, A.J., Dryden, I.L., Green, M.J., 2010. Use of individual cow milk recording data at the start of lactation to predict the calving to conception interval. J. Dairy Sci. 93, 4677–4690.

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ACTIVITES DOMINANTES CONFIEES AU STAGIAIRE : - réflexion sur la notion d’équilibre- analyses descriptives des données récoltées auprès des 5 situations expérimentales :- une analyse statistique multicritères de la dynamique d’indicateurs potentiels de déséquilibres sanitaires. L’analyse s’appuiera sur des méthodes spécifiques de traitement des données : celle de la statistique multidimensionnelle (modèles Box et Jenkins prédictifs stochastiques et autorégressifs permettant le traitement de séries temporelles ou de séries chronologiques). - réflexion sur les résultats obtenus et identification des questions clés à proposer dans l’enquête en élevage.

PROFIL REQUIS : - Dernière année de Formation Supérieure : M2 ou école d’ingénieur agronome ou vétérinaire- Connaissances : pratiques d’élevage, problématique sanitaire en élevage, statistiques de bases- Compétences opérationnelles : mettre en œuvre des tests statistiques, savoir manipuler des données, savoir interpréter des données sanitaires en élevage, savoir dialoguer avec des personnes de différentes disciplines et métier- Langues : français, anglais scientifique- Permis de conduire (le cas échéant) :


AVANTAGES PROPOSES (le cas échéant) : néant- logement : - restauration : - déplacements :

CO-ENCADREMENT SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUEPartenaire 1 : Patrick Gasqui et Gwenaël Vourc’h, Unité d’Epidémiologie Animale (INRA, UR346), 63122 Saint Genès Champanelle encadrants directs

Le co-encadrement sera assuré au travers d’un comité de pilotage du stage avec: Partenaire 2 : Aurélien Madouasse, UMR BIOEPAR (Biologie, Epidémiologie, Analyse de Risque en Santé Animale), Nantes, Partenaire 3 : Philippe Roussel, Institut de l’Elevage, Paris.Partenaire 4 : Catherine Experton, Institut Technique de l’Agriculture Biologique, Paris.

Les partenaires 1 et 2 ont déjà collaboré sur le sujet dans le cadre d’un projet GISA EQUIBIO (Maintaining equilibrium: a concept and approach for health and welfare management in ruminant organic farms)Tous les partenaires sont parties prenantes du projet CASDAR OTOVEIL.Le partenaire é apportera ses connaissances sur le concept d’équilibre, la sélection d’indicateurs.Le partenaire 3 apportera ses connaissances sur les filières et l’adaptation des résultats de l’analyse pour la mise en œuvre de l’enquête en élevage.Le partenaire 4 apportera ses connaissances sur les filières et conduite d’élevage en agriculture biologique.

CONTACT DU RESPONSABLE SCIENTIFIQUE :Nom et fonction du responsable scientifique à contacter : Gwenaël Vourc’hAdresse : Unité d’Epidémiologie Animale (UR346), INRA centre ARA, 63122 Saint Genès ChampanelleTél. : 04 73 62 47 26Site web (équipe et/ou projet) : Email : [email protected]

DATES DU STAGE : Du 01/01/2016 au 30/06/2016 (ou du 01/02/2016 au 31/07/2016)

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Organismes partenaires : (1) INRA (2) Institut de l’élevage (3) AGROOF : bureau d’étude spécialisé en AgroforesterieThématiques de travail du GIS Elevages Demain :

Acceptabilité sociale de l’élevage Services rendus par l’élevage Evaluation multicritère de la durabilité de l’élevage Elevage de précisionX Agro-écologie appliquée aux systèmes d’élevage Efficience azotée et protéique des élevages et des filières animales Phénotypage animal


RMT Elevage et Environnement RMT Polyculture Elevage RMT Bâtiments RMT Economie des filières d’élevage RMT Prairies demain RMT Bien-être animal RMT Travail en élevage Projet Casdar Projet ANR Autre : Ce Projet est intégré dans les axes de travail du Réseau Mixte Technologique

Agroforesterie et de l’Unité Mixte Technologique Systèmes Allaitants fourrages Environnement. De plus, la demande s'inscrit dans le projet Ademe PARASOL de l'appel d'offre REACCTIF 2 (REcherche sur l'Atténuation du Changement ClimaTique par l'agrIculture et la Forêt), qui a débuté en Août 2015.

Lieux du stage : Le stage aura lieu au Centre INRA Auvergne-Rhône-Alpes sur le site de Theix (63122 Saint-Genès-Champanelle). Les encadrants INRA appartiennent à l'Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores (UMRH) et l'Unité Expérimentale des Ruminants de Theix (UERT).* L’ampleur de la dimension collaborative du sujet sera un plus. Le projet de stage peut impliquer plusieurs unités INRA, plusieurs partenaires du GIS et/ou émaner d’un projet Casdar/ANR correspondant aux thématiques du GIS.

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INTITULE DU STAGE : Pâturage ovin sur prairies arborées : quels impacts des arbres sur l'animal et la prairie ?

Contexte et problématique :

Le secteur de l'élevage d'herbivores est aujourd'hui confronté à différentes contraintes à la fois climatiques (forte variabilité climatique et notamment sècheresses régulières) et économiques (hausse du prix des intrants) qui affectent l'autonomie alimentaire, notamment fourragère, des exploitations et les fragilisent. Les systèmes agroforestiers sont reconnus depuis quelques années dans le cadre de l’atténuation du changement climatique. L’implantation d’arbres au sein des cultures peut en effet avoir une influence considérable en modérant la température de l’air et du sol, en accroissant l’humidité relative et en limitant l’évapotranspiration et le stress azoté des plantes. En élevage également, les systèmes sylvo-pastoraux peuvent représenter une alternative agro-écologique permettant d'assurer une production animale, voire de l'améliorer en conditions climatiques difficiles (via les abris que procurent les arbres et la ressource fourragère que procurent leurs feuilles), d'apporter une production supplémentaire via le bois, tout en améliorant les services de régulation (cycle de l'eau, de l'N, pollinisation, etc.). Cependant, il manque des données pour quantifier ces effets.

Les objectifs principaux du projet PARASOL dans lequel s'intègre cette proposition de stage sont donc d'identifier et de quantifier les impacts et bénéfices potentiels de la présence d'arbres dans des prairies pâturées par des ovins sur (1) leurs performances, leur comportement (alimentaire, social) et leur bien-être, (2) la productivité et la qualité de la ressource prairiale, (3) la valeur alimentaire de la ressource fourragère arborée, et (4) sur la biodiversité animale et végétale à l'échelle de la parcelle.

Objectifs généraux du stage / Résultats attendus : Dans le cadre de ce projet, les objectifs du stage seront les objectifs (1) et (2) précédemment cités, sur la base des données obtenues lors de la première année de mesure aux périodes printanière et estivale. L'étudiant(e) pourra donc étudier les effets directs de l'arbre sur l'animal, c'est-à-dire l'arbre en tant qu'abri permettant d'atténuer les extrêmes climatiques (sécheresse, périodes pluvieuses, vent) et en tant qu'élément du paysage (rassurant vs. stressant pour les ovins). Il (elle) étudiera également les effets des arbres sur la production, la structure et la qualité de la ressource prairiale qui constitue la principale ressource du troupeau. L'étudiant(e) bénéficiera d'un dispositif situé à l'UERT associant trois parcelles exploitées en pâturage ovin depuis plusieurs années et caractérisées par la présence d'arbres feuillus adultes (merisiers, érables) à trois densités différentes (0, 60 et 150 arbres/ha). Au niveau des effets directs sur l'animal, on peut s'attendre à des effets positifs de l'arbre, particulièrement lors des périodes climatiques contraignantes (forte chaleur, pluie, vent), en lien avec son rôle d'abri. Les arbres peuvent aussi servir de barrière physique ou visuelle entre les individus d’un même troupeau et limiter ainsi les comportements agressifs. Concernant la production et la composition de la strate herbacée, l’étude des effets des arbres nécessitent d'être approfondis car si certains résultats indiquent une production prairiale réduite en présence d'arbres en raison d'un effet d'ombre et/ou d'une compétition pour les ressources, d'autres études suggèrent que cet effet d'ombre pourrait être contrebalancé par une meilleure disponibilité en nutriments pour la strate herbacée avec un optimum à trouver selon la densité et le type d'arbres présents.

Publications de l’équipe d’accueil et/ou relative au sujet (et/ou au projet dans lequel s’insère le stage) : - Bird P.R., et al. 1992. The role of shelter in Australia for protecting soils, plants and livestock. Agroforestry Systems 20, 59-86. - Campos Paciullo, D.S. et al. 2011. Performance of dairy heifers in a silvopastoral system. Livestock Science 141, 166-172.- Jackson J, Ash A.J. 2001. The role of trees in enhancing soil nutrient availability for native perennial grasses in open eucalypt woodlands of north-east Queensland. Australian Journal of Agricultural Research 52, 377-386. - Kallenbach, R.L. et al. 2006. Cumulative forage production, forage quality and livestock performance froman annual ryegrass and cereal rye mixture in a Pine–Walnut Silvopasture. Agroforestry Systems 66, 43-53.- Mialon M.M. et al. 2014. How to assess sheep welfare on pasture? 6th International Conference on the Assessment of Animal Welfare at Farm and Group Level, September 3-5,2014, Clermont-Ferrand.- Pottier E., Delaby L., Agabriel J. 2007. Adaptation de la conduite des troupeaux bovins et ovins aux risques de sécheresses. Fourrages 191, 267-284.

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- Van Laer E. et al. 2014. Importance of outdoor shelter for cattle in temperate climates. Livestock Science 159, 87-101.

ACTIVITES DOMINANTES CONFIEES AU STAGIAIRE : - Rédiger une courte synthèse au regard de la bibliographie existante qui constituera la partie introductive bibliographique du rapport de stage- Participer aux mesures de terrain sur animaux (pesées, bilan d'activité, relevés de comportement alimentaire et social) et sur la prairie (prélèvements, mesures de hauteur d'herbe, détermination de la composition botanique des échantillons, participation au conditionnement des échantillons)- Participer aux analyses en laboratoire des échantillons du couvert végétal (utilisation de la Spectromètrie dans le Proche InfraRouge)- Analyser et interpréter les résultats sur la période de mesures concernée.

PROFIL REQUIS : - Dernière année de Formation Supérieure : Ingénieur (6 mois)- Connaissances : Production animales, Statistiques, Anglais- Compétences opérationnelles : Intérêt pour l'expérimentation et les mesures de terrain avec les animaux; aptitude à gérer le terrain et le laboratoire; sensibilité pour le comportement animal- Langues : Anglais lu et écrit- Permis de conduire (le cas échéant) : permis B


AVANTAGES PROPOSES (le cas échéant) :- restauration : Cantine sur le site de l'INRA de Theix- déplacements : Bus mis à disposition par l'INRA pour la liaison Clermont-Ferrand / Theix matin et soir

CO-ENCADREMENT SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUEPartenaire 1 : Cécile Ginane, Donato Andueza et Véronique Deiss (Inra, UMRH), Mickaël Bernard (Inra, UERT) Partenaire 2 : Eric Pottier (IDELE)Partenaire 3 : Camille Béral (AGROOF)

CONTACT DU RESPONSABLE SCIENTIFIQUE :Nom et fonction du responsable scientifique à contacter : Cécile GinaneAdresse : INRA, UMR1213 Herbivores, Site de Theix, 63122 Saint-Genès-ChampanelleTél. : 04 73 62 40 86Site web (équipe et/ou projet) : http://www1.clermont.inra.fr/urh/Email : [email protected]

DATES DU STAGE : Mars/Avril 2016 à Août/Septembre 2016 pour pouvoir réaliser et analyser deux périodes de mesures au pâturage.

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