gérer sa bibliographie avec endnote (versions 7 à x)

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

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Gérer sa bibliographie avec EndNote

(versions 7 à X)


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Programme

Généralités sur les logiciels de gestion de références bibliographiques Principes et fonctions Les principaux logiciels

Gérer sa bibliographie avec EndNote Caractéristiques de EndNote Créer et gérer une base EndNote par import automatique et/ou

saisie manuelle Insérer des références bibliographiques dans un document et

éditer des listes Quelques fonctions « avancées » :

Modifier ou créer des styles et des filtres Gérer une liste de périodiques, Créer des bibliographies thématiques

Généralités sur les logiciels de gestion de références

bibliographiques


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Les logiciels de gestion de référencesPour quoi faire ? (1)

Créer autant de bases bibliographiques que nécessaire

Par import de références (fonction la plus utilisée) Connexion directe : en interrogeant directement des bases de

données bibliographiques sur Internet via EndNote à l’aide de filtres de connexion : plus pratique et plus rapide que la consultation classique de chaque base, mais moins performant en matière de recherche

Import direct : directement au cas par cas à partir de la consultation d’articles sur des périodiques électroniques

Import indirect (transfert de fichiers) : Via des fichiers sauvegardés à partir de bases de données bibliographiques en ligne à l’aide de filtres d’import

Par saisie manuelle des références bénéficier d’aide à la saisie (listes de termes contrôlés)


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Les logiciels de gestion de référencesPour quoi faire ? (2) Gérer sa propre documentation plus largement

gérer des documents associés aux références (et les exploiter éventuellement en rédaction de documents)

Fichiers images (figures, graphiques) Fichiers Word ou Excel … Liens vers des pages web, Texte intégral (fichiers pdf)

Interroger sa (ses) base(s) de données bénéficier d’aide à la saisie (listes de termes contrôlés)

Editer des listes de références (bibliographie) « à la carte » selon différents styles (ou formats) Styles de revues prédéfinis et fournis avec le logiciel Styles créés par l’utilisateur


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Les logiciels de gestion de référencesPour quoi faire ? (3) Lors de l’écriture d’une publication :

utiliser les modèles Word (Templates) préenregistrés pour l’écriture des articles,

créer aisément et selon les instructions aux auteurs, les citations dans le texte et la liste bibliographique,

insérer des graphiques et/ou tableaux, puis en générer la liste.

Exporter ses données sous d’autres formats

Sources de références

Bases de données Portail

Périodiques électroniques

Bases de données hors portail

Fichier personnel

Filtres d’import

Stockage Fichiers .pdfLiens URL

Enregistrement& gestion de références

Aide à la publication

Edition de bibliographies selon les formats des

journaux

Texte intégral, images, autres

objets …

Styles

Gestion bibliographique

Alertes email – Fichier sauvegardé

Autres ressources / web

Archives ouvertes … Plateformes

éditoriales

Gestion de documentsen texte intégral

Liaison avec traitement de texte


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Principaux logiciels existants

Voir : Les outils de gestion des références bibliographiques

F. Cohen-Adad - Rencontres FORMIST Juin 2006

http://formist.enssib.fr/documents/index.php?nkv=aWRfZ2VuZXJhbD02NDIz

Les logiciels personnels de gestion documentaireJ.P. Lardy - URFIST Lyon (mise à jour décembre 2006)http://urfist.univ-lyon1.fr/logiciels_gestion_doc.html

Site REPERE : Les logiciels de gestion des références bibliographiquesS. Royer-Devauxhttp://repere.enssib.fr/frontOffice/afficheArticle.asp?idTheme=15












http://urfist.univ-lyon1.fr/logiciels_gestion_doc.html








http://repere.enssib.fr/frontOffice/afficheArticle.asp?idTheme=15
















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Quelques logiciels

Logiciels clients gratuits Logiciels clients payants• BiblioExpress • Biblioscape 5• Biblio-PC 10 • EndNote• Papyrus 7 • Reference Manager ou Procite

Logiciels open source Logiciels en ligne• Wikindx • RefWorks• Refbase • HotReference (gratuit)• JabRef • WriteNote• Bibus• BibliOpera

D’après : Les outils de gestion des références bibliographiques F. Cohen-Adad - Rencontres FORMIST Juin 2006

http://www.biblioscape.com/biblioexpress.htm

http://www.biblioscape.com/

http://www.biblioscape.com/

http://www.biblio-pc.univ-rennes1.fr/Accueil.php

http://www.endnote.com/

http://www.researchsoftwaredesign.com/index.html

http://www.refman.com/

http://www.refman.com/

http://www.procite.com/

http://wikindx.sourceforge.net/

http://www.refworks.com/

http://refbase.sourceforge.net/

http://www.hotreference.com/login.php

http://jabref.sourceforge.net/

http://www.writenote.com/

http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page

http://www.mom.fr/bdd/bibliOnline/

Gérer sa bibliographie avec


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Gérer sa bibliographie avec EndNote (1)

Introduction : Caractéristiques de EndNote Infos / versions Caractéristiques techniques Menus et barres d’outils =(en annexe)

Notions de base – Prise en main de EndNote Base (=Library), Les références bibliographiques Manipuler les références (tri, modifications …) Liens référence – fichiers externes


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Interroger une base EndNote L’interface de recherche

Importer des références À partir de fichiers structurés À partir d’autres bases EndNote À partir de sources biblios externes (périodiques

électroniques, bases de données) : par téléchargement direct ou indirect

Saisir des références manuellement Recommandations d’écriture Aides à la saisie


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Créer des documents avec EndNote et un traitement de texte

Ecrire une publication Templates Module CWYW

Créer une bibliographie

Fonctions avancées Styles et filtres Listes de termes Bibliographie thématique EndNote Web

Introduction

Infos / versions

Caractéristiques techniques

Définitions de base

Vocabulaire et formats

Menus et barres d’outils (en annexe)


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Introduction

Infos / Versions

version X (2006) Gestion et stockage des fichiers pdf, affichage des références,

affichage des champs saisis, sauvegarde compressée des bibliothèques.

version 9 (2005) gestion du format unicode, taille des bases illimitée, nouveaux

types de documents, nouveaux champs, gestion des préférences

mais attention !!! restriction de compatibilité (OS et traitement de texte) pas de compatibilité « descendante » / versions antérieures de EN

versions réseau disponibles versions Mac et PC (compatibles)


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Introduction

Caractéristiques techniques

Version 7 Version 8/9 Version X

OS requis Windows (3.1, 95, 98, NT, XP) et Mac (0S 7.0 et >)

Windows 2000 ou XP et Mac OS X

Windows 2000 ou XP et Mac OS X

Traitement de texte Word 97, 2000, XP, 2003

Word 2000, XP (2002), 2003

Word 2000, XP (2002), 2003

Nombre de bases illimité illimité illimité

Nombre de références par base

32700 pas de limite pas de limite

Nombre de Reference Types

25 (+2) = 27 TD 34 (+3) = 37 TD 39 (+3) = 42 TD

Nombre de champs / référence

34 prédéfinis + 6 champs customs

44 prédéfinis +7 champs customs

44 prédéfinis +7 champs customs

Nombre de caractères par champ

Jusqu’à 32 Kb soit environ 8 p. de texte.

jusqu’à 64 Kb soit environ 16 p. de texte.

jusqu’à 64 Kb soit environ 16 p. de texte.

Introduction

Répertoire EndNote

Connections : fichiers de connexion vers des bases externes : .enzFilters : filtres d’importation : .enfStyles : styles pour l’édition des références: .ensTemplates : modèles MS Word selon des normes de revues : .dot

EN-v7

•Connections

•Examples

•Filters

•Palm

•Spell

•Styles

•Templates

•Term Lists

EN-v9 & 10

•Connections

•DB support

•Examples

•Filters

•Palm

•Plugins

•Product Support

•Spell

•Styles

•Templates

•Term Lists

•XML support


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Introduction

Définitions de base (1)

Base de données : « Library »

Unité de base de la base de données : « Reference » Chaque référence est associée à un identifiant unique : Record

Number Chaque « reference » ou enregistrement est un ensemble

unique d’informations spécifiques à un type de document (article de périodique, ouvrage, chapitre d’ouvrage, thèse, brevet, communication à un congrès …)

Des formats d’enregistrement correspondent à chaque type de document : les « reference type ». Exemples : Journal Article, Book, Book Section, Poster, Thesis, Patent, etc…


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Introduction


Chaque enregistrement est constitué de « champs » ou « fields »

Un « champ » est une portion d’enregistrement qui contient des informations du même type : nom des auteurs, titre de l’article, nom du journal, etc …

La liste des champs diffère avec le type de document, certains champs étant nécessaires à certains types de documents et pas à d’autres


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Introduction


La saisie des informations dans des champs séparés, permet ensuite de les éditer à la carte, dans un ordre et une mise en forme déterminés (par le style bibliographique) dans le but de créer des bibliographies respectant les normes bibliographiques des différents périodiques (consignes aux auteurs).

Exemples :Author. (Year) Title. Journal Volume, Pages.ouAuthor. Title. Journal Volume, Pages (Year).ouAuthor, Journal Volume, Pages (Year).


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Avoir en tête …

En saisie manuelle, il est indispensable d’identifier précisément chaque type de document avant de l’enregistrer dans la base pour choisir le bon « format d’enregistrement » et entrer les différents éléments de la référence dans le bon « champ »,

Certaines règles de saisie sont à respecter à l’intérieur des «champs» (champ « auteur » par exemple) si on veut pouvoir ressortir les informations « à la carte »,

En import automatique à partir de bases de données bibliographiques externes, des vérifications sont souvent à faire pour être sûr que les informations ont été injectées dans le bon champ.

Base EndNote LibraryCopie compressée

.enl

.enlx (vX)Enregistrement

libre

Notice bibliographique Reference ou Record

#identifiant Record Number

Associée à type de document Reference Type

Champ bibliographique Field au max : 40 champs/réf pour la version 7,

51 champs/réf pour la version 9, 52 champs/réf pour la version X

Filtre d’import Import Filter(480 / v9, 579 / vX)

.enf Filters

Format de style Output Style(>1100 / v7, 1383 / v92035 / vX))

.ens Styles

Format d’export .txt, .rtf, .html

Fichier de connexion Connexion Files .enz Connections

Liste de termes contrôlés Term List .txt Term Lists

Modèles MS Word Templates .dot Templates

Dictionnaires de contrôle de notices

.clw, .tlx Spell

Introduction : Vocabulaire et formats

Prise en main

La bibliothèque ou base EndNote Les références bibliographiques Manipuler les références (tri, modifications …) Liens référence – fichiers externes


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La bibliothèque EndNote Création

A l’ouverture de EndNote :

via le menu : File > New (Reference Library)

Puis : Nom d’une base : xxx.enl Enregistrement dans le répertoire de son choix


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La bibliothèque EndNote

Ouverture & Fermeture

A l’ouverture de EndNote :

ou

Via le menu : File > Open (+ bouton parcourir)

Fermer une base : File > Close Library (ou Ctrle + W ou Ctrle + F4)


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La bibliothèque EndNote Suppression – Réparation - Sauvegarde

Supprimer une base : utiliser le gestionnaire de fichiers hors EN.

Réparer une base : Tools > Recover Library.Il y a création d’une copie de la base suffixée en .saved

(les Term Lists doivent être reconstruites)

Sauvegarder une bibliothèque : enregistrement automatique des changements apportés, à la fermeture.


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La bibliothèque EndNoteFenêtre principale (1)

Entêtes cliquables (tri alpha) & paramétrables / 5 colonnes max (version X : 8 colonnes)

Déplacement: ascenseur ou

flèches

Show Preview / Hide Preview Visualisation de référence

selon le style actif

Compteur

Sélection de références

Double clic = édition / référence

Style actif


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La bibliothèque EndNoteFenêtre principale (2)

Déplacement « à travers » les références : de référence en référence : clic souris ou flèches et touches Home ou Page précédente (première référence / liste),

et Fin ou Page suivante (dernière référence / liste) déplacement colonne « Auteurs » : en saisissant la première

lettre du nom recherché tri possible par simple clic sur les en-têtes de colonnes

Edition d’une référence : double clic Version X : bouton « Show/Hide empty Fields »

Sélection de références : touches Shift et Ctrl + clic souris toutes les références : Edit > Select All (Unselect All) si des références sont sélectionnées : References > Show

selected ou Hide selected, puis Show All


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Les références bibliographiquesCréation, Déplacement, Fermeture, Copie

References > New (ou Ctrle+N) sélectionner le Reference Type : type de document à décrire renseigner les champs de la notice en respectant les règles de

syntaxe

Déplacement dans les réfs : touches Tab et Shift Tab en édition, commande Go to pour rechercher une chaîne de

caractères

Fermeture d’une référence : cliquer sur X ou Ctrle + W (Shift + Ctrle +W pour plusieurs réfs)

ou File > Close Reference. La(les) référence(s) est(sont) automatiquement sauvegardée(s).

Duplication d’une référence menu Edit : Copy puis Paste


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Les références bibliographiques Visualisation, édition

« Double-clic » sur la référenceLe type de référence

Les différents « champs » de laréférence


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Les références bibliographiques

Reference Types

Version 7

- Generic- Journal Article- Book- Book Section- Manuscript- Edited Book- Magazine Article- Newspaper Article- Conference Proceedings

- Thesis- Report- Personal Communication- Computer program- Electronic Source- Audiovisual Material- Film or Broadcast- Artwork- Map

- Patent- Hearing- Bill- Statute- Case- Figure- Chart or Table- Equation- Unused- Unused2


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Les références bibliographiquesReference Types (2)

- Electronic Book- Conference Paper- Electronic Article- Online Database

- Government Report / Document- Legal Rule / Regulation- Unpublished work

- Classical works- Online multimedia

Nouveaux types / Version 9

- Ancient Text- Dictionary- Encyclopedia- Grant

Modification- Electronic Source Web Page

Nouveaux types / Version X


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La bibliothèque EndNote Personnalisation (1)

Configurer/Personnaliser EndNote Edit > Preferences

Options paramétrables par l’utilisateur

(détails en annexe)


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La bibliothèque EndNote Personnalisation (2)

Libraries : pour désigner une base à ouvrir par défaut au lancement d’EndNote

Display Fonts : paramétrage police et taille des caractères à l’écran

Display Fields : paramétrage fenêtre principale : champs affichés

5 colonnes disponibles en v.7

8 colonnes disponibles (v.10)


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Les références bibliographiques

Personnalisation Types et champs (1)

Edit >Preferences> Reference Types > Modify References Type Pour masquer un TD/grille : saisir un point devant son nom Possibilité de modifier les libellés des champs, la grille

TD/Champs

Attention :

- Ne pas modifier les champs susceptibles de sortir en édition de référence …

- Ce paramétrage s’applique à toutes les bases !!!


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Version 7

Enregistrement des préférences sous windows - application à toutes les bases créées / poste,

- transfert difficile vers un autre ordinateur

Versions 8/9/X

Enregistrement des préférences dans un fichier (RefTypeTable.xml) stocké dans le répertoire de l’utilisateur, ce qui permet :

- à plusieurs personnes de travailler sur le même poste avec des personnalisations différentes,

- à un même utilisateur, de travailler dans la même configuration sur des postes différents, en recopiant ce fichier sur ces postes.

- Peut servir de « gabarit » pour des utilisateurs désireux de travailler avec des bases compatibles.

Préférences / Base et Références

Répertoire .DATA


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Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (1)

Les liens peuvent être : saisis manuellement,

ou intégrés automatiquement lors des

opérations d’import

Cibles du lien : Une adresse de site web : http://www.cnrs.fr Un article en texte intégral : http://www.sciencedirect.com/…

Notion de DOI Une adresse de messagerie : mailto:[email protected] Des chemins de fichiers enregistrés sur le DD ou le réseau

Formats .pdf, .doc, .gif, .ppt etc …


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Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (2)Version 7 Insertion d’un lien dans une référence :

Saisie ou copier-coller dans le champ URL Reference > Link to

Activation du lien : Reference > Open Link (ou Ctrl-G) ou double-clic s’il s’agit d’un url.

Versions 8 et supérieures Nouveau champ « Link to PDF » Insertion d’un lien dans une référence : Reference > Link to PDF Activation du lien : Reference > Open PDF

Utiliser plutôt le champ URL pour les adresses internet, et le champ « Link to PDF » vers des fichiers enregistrés sur un disque local ou de réseau (.pdf, mais aussi .doc ou autre format …), mais les deux champs se comportent de la même manière.


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Version 10 : Gestion et stockage des pdf améliorés

Liaison EN / pdf par simple « glisser/déposer » du fichier pdf vers la référence (en édition ou non)

Pour supprimer le fichier lié : clic droit / souris ou Edit + Clear

Nouveauté EN.X


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Notion de DOI

Icône Open Link

disponible

1 clic = ouverture du document enregistré dans le champ URL

Icône Open PDF

disponible

1 clic = ouverture du document enregistré dans le champ Link to PDF


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Affichage possible dès l’écran principal


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La bibliothèque EndNote Le répertoire .DATA

Le répertoire NomBaseEN.DATA Créé automatiquement dès la création de la base pour

enregistrer les images et les autres fichiers reliés. À partir des versions 8/9 : il contient aussi les Term Lists version X : peut aussi contenir des fichiers pdf stockés

Supprimer manuellement le .DATA en cas de suppression d’une bibliothèque (mais attention : perte des Term Lists)

Si transfert ou partage d’une bibliothèque, recopier le .DATA : Sous windows, copier la base et le .DATA ou utiliser la commande File > Save a Copy (copie simultanée

base+.DATA) Si suppression d’une base par erreur : re-génération possible à

partir du .DATA. (v.9)


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La bibliothèque EndNote Compressed Library

Menu File > Send to > Compressed Library

Permet d’enregistrer une bibliothèque complète (fichier .enl et dossier .DATA contenant les documents pdf, les images associés…) dans un seul fichier compressé (extension .enlx).

Le fichier obtenu peut être envoyé à un collègue (utilisateur Mac ou PC), ou servir de copie de sauvegarde.

Pour le réutiliser : il suffit de l’ouvrir avec EndNote. La bibliothèque et le répertoire .DATA sont recréés automatiquement.

Nouveauté EN.X


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Si l’option « Copy this file to the default PDF folder and create a relative link » est activée (Edit >Preferences) :

les pdf liés à la bibliothèque sont copiés, renommés et placés dans un répertoire PDF du répertoire .DATA

Lors de la commande Open PDF, les fichiers sont ouverts à partir de ce répertoire

Avantage : possibilité de déplacer la bibliothèque + fichiers associés simultanément (copie ou Travel Library).

Attention : Des libellés très longs pour les fichiers pdf peuvent perturber cette commande.


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Les références bibliographiques Edition selon des styles (1)

EN fournit un grand nombre de styles (1100 v.7, 1200 v.9, 2035 v.X ) qui contrôlent le format des références lors des commandes suivantes:

Format bibliography : citations / texte + liste biblio (module CWYW)

File, Print : pour imprimer des références Export : pour exporter des références Show Preview et Copy Formatted : pour visualiser et

exporter éventuellement dans un traitement de texte.

Les styles sont suffixés en .ens et enregistrés dans le répertoire EndNote>Styles.


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Style actif :

Liste des styles favoris

Accès au gestionnaire de styles


Sous Edit > Output Style : Style marqué = style actif Liste des styles « favoris » Accès au gestionnaire de styles :

Open Style Manager. Accès par nom et par catégorie thématique.


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Le gestionnaire de Styles

Bouton Find : accès aux styles classés par rubriques thématiques

- Style info ou - Style preview : affichage du « rendu » du style

Passage en édition du style

sélectionné


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Visualisation du « rendu » d’un style En affichage de référence : Show Preview Dans le gestionnaire de style : Style Preview

Application d’un style Sélection d’un style Sélection de références puis Edit > Copy Formatted (ou Ctrle +K),

Résultats via : Print ou : Export ou : Copie vers traitement de texte


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Savoir gérer sa base Manipuler les références - Corrections

Edit > Change Text Permet de remplacer une chaîne de caractères par une autre dans

l’ensemble des références affichées vX : possibilité de rechercher/remplacer un RC, bouton « Insert Special »

(insertion RC ou Tab)

References > Change and Move Field Change Field : permet de changer le contenu d’un champ en insérant une

chaîne de caractères avant, après, à la place du contenu ancien, ou de le supprimer.

Move Field : permet de déplacer le contenu d’un champ dans un autre champ de la même référence.

vX : bouton « Insert Special » (insertion RC ou Tab)

Suppression de références : Sélection des références à éliminer Edit > Clear ou References > Delete ou touche Supr


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Savoir gérer sa base Manipuler les références - Tri

Tri : par défaut : ordre alphabétique d’auteur changer en cliquant sur l’intitulé du champ à trier sur la

fenêtre principale ou icône barre d’outils ou Menu References > Sort References


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Savoir gérer sa base Créer une liste bibliographique simple (1)

Plusieurs méthodes :

1. Transfert de références vers un ttx

Cliquer/Glisser Copier/Coller

Sélectionner un style : Edit > Output Style Sélectionner les références (souris + Shift/Ctrle)

Maintenir la touche Ctrle enfoncée Faire glisser le lot de références avec la souris

Edit > Copy Formatted (copie dans le presse papier) Copie dans Word par Ctrle+V ou Edit > Copy


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Savoir gérer sa base Créer une liste bibliographique simple (2)

Export de références

Affichage des références à exporter : Toute la base : References > Show All Un sous-ensemble : References > Search Quelques références : touches Ctrle ou Shift + clic, puis

References > Show Selected

Tri éventuel : References > Sort references

Export : File > Export 4 formats au choix : .txt, .rtf, .html, .xml


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Savoir gérer sa base Imprimer des références

Sélectionner les références Sélectionner un style Éventuellement :

References > Sort References, pour effectuer un tri, Edit > Preferences > Display Fonts pour modifier la nature

et la taille de la police File > Page Setup pour paramétrer l’impression

File > Print, pour lancer l’impression.ou Edit > Copy Formatted, dans Word « Coller » les

références copiées, puis impression


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Travaux pratiques (1)

Prise en main de EndNote

Interroger une base EndNote

L’écran de recherche Variations selon les versions


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Interroger sa base Généralités

Interrogation d’une base EndNote ou d’une base distante (norme Z39.50 – cf. Fonctions avancées)

Possibilité de limiter la recherche à une partie de la base Choix des champs à interroger Stratégie de recherche élaborée (opérateurs booléens (and / or /

not) et opérateurs de comparaison), enregistrable et réexécutable (Par défaut, les recherches sont sauvegardées dans le répertoire "Searches" de EndNote et les fichiers de sauvegarde suffixés en .enq.)

Par défaut : recherche sur chaîne de caractères, et troncature implicite

Pour mémoire : possibilité d’utiliser des index – v7(fonction abandonnée à partir de la v9)

Accès : Menu References > Search References


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Interroger sa base Ecran de recherche – version 7

Pour sauvegarderune équation de recherche :Save Search Pour la rechargerLoad Search

Ajouter, insérer,effacer des étapes de recherche

Lancement de la recherche

Champsinterrogeables

Zone derecherche :2 par défaut

Opérateurs booléens


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Interroger sa base Ecran de recherche – version 9

N.B. Copié sur le site : http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/utiliser/endnote/pid/1860

Accès : References > Search (ou Ctrl-F)

Version 9

Troncatures droite et gauche implicites si l’option « Use Full Text Index » désactivée,

Troncature à droite si « Use Full Text Index » activée

Aucune troncature si « Match Words » activée


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Interroger sa base Ecran de recherche – version X

Nouveau bouton « Insert special » pour rechercher des caractères de tabulations et des retour-chariot

Nouveaux opérateurs:• Field begin with• Field ends with• World begins with

l’option « Use Full Text Index » a disparu


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Interroger une base EndNote

Importer des références(=Alimenter sa base de façon

automatique)

A partir de quelles sources ? Par quelles méthodes

Connexion directe sur bases distantes Import automatique Import par transfert de fichiers


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Importer des références A partir de quelles sources ?

Fichiers textes structurés Autres bases EndNote Sources externes

périodiques électroniques, bases de données

Par téléchargement direct de références lors de l’interrogation de bases distantes (ex. Pubmed) sélection du filtre & transfert automatiques

Après ouverture automatique de EndNote lors de l’interrogation de certaines bases : Science Direct, bases du WoK sélection du filtre & transfert automatiques

Par création d’un fichier « export » issu de l’interrogation de la sourceSélection du filtre par l’utilisateur & transfert par étapes

Pages web


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Importer des références à partir de fichiers tabulés

EndNote peut recevoir des fichiers texte. Il suffit d’indiquer : le type bibliographique précédé d'un astérisque, les différents champs devant être remplis, séparés par une tabulation

Si le type bibliographique est toujours le même, il est possible de faire unmodèle spécifique. *GenericAuthor<Tab>Year<Tab>Title<Tab>SecondaryTitle<Tab>Volume<Tab>Number<Tab>

Pages<Tab>Baker, V. 1978 Geomorphology J. of Geol. 12 5 14-28Belknap, D.1988 Sea level-changes Geo. Res Ltrs 77 8 76-75

Lors de l'import dans EndNote, choisir dans la boîte de dialogue Import : Tab Delimited dans la fenêtre Import Option .


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Importer des références à partir d’autres bases EndNote Transfert de références ou Fusion de bibliothèques

Commande File > Import, et utiliser le filtre d’import : EndNote Library

ou Méthode Copier/Coller ou Cliquer+Glisser

Base cible Base source


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Importer des références à partir de périodiques électroniques (1)

Exemple 1 : plateforme Blackwell Synergy

Option « Download to citation manager »

En général, l’export se fait de façon quasi automatique à partir des sites des éditeurs ou des plateformes éditoriales (comme Science Direct par exemple).


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Exemple 2 : American Chemical Society

Option de déchargement puis choix EndNote


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- 1 - - 2 -

Choix du format (avec ou sans résumé) puis Export

Science Direct

A partir d’une liste de références, cliquer sur Export Citation

Connexion directe sur bases distantes


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Importer des références Bases de données – par connexion directe (1) Consultation via l’interface de recherche de EndNote de

bases consultables : soit en accès libre (ex. Pubmed, Library of Congress), soit pour lesquelles l’utilisateur dispose de droits d’accès …

EN utilise pour la connexion des fichiers : les « Connection Files » (répertoire Connections, .enz)

Avantages : évite à l’utilisateur l’apprentissage de différents systèmes

d’interrogation, facilite le déchargement de références, qui est direct

Inconvénients : limite la recherche aux seules fonctionnalités de l’interface EndNote. Ne permet pas d’utiliser les outils disponibles dans la base source

(ex: thésaurus MESH / Pubmed)


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Importer des références Bases de données – par connexion directe (2)

Démarche Consulter la liste des bases potentiellement accessibles

Edit > Connection Files > Open Connection Manager Les bases sont classées par ordre alphabétique et par

producteur Marquage possible des ses bases favorites

Se connecter : Tools > Connect, choix de la base dans le gestionnaire de

fichiers de connexion ou dans la liste des favoris A l’issue d’une requête :

les résultats s’affichent dans une fenêtre indépendante. « Copy all references to » permet leur transfert dans une nouvelle bibliothèque, une bibliothèque existante ou la bibliothèque active.


71

Importer des références Bases de données – par connexion directe (3)

Attention Avec version 7

Connexion possible sur : Pubmed, Web of Science

Avec les versions supérieures Connexion possible seulement sur Pubmed

72


Exemple Connexion directe sur PubMed (1)

1ère connexion : Tools > Connect

Accès au gestionnaire de fichiers de connexion

Choix de la base à laquelle on va se connecter àdistance


73


Connexions suivantes : Tools > Connect > PubMed

Liste des favoris


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Ecran de recherche : différentes étapes de recherche

Attention !Le « parenthésage »dans les recherchesest réalisé dansl’ordre de saisie

On est dans PubMed

Liste des champs interrogeables spécifique de la base


75


Les références trouvées apparaissent : on peut alors les copier dans le fichier approprié.

(toutes ou celles sélectionnéesmises ensurbrillance)

Import indirect par transfert de fichiers


77

Importer des références Bases de données - Import indirect (1)

Démarche

Faire la recherche dans la base

Sauvegarder les références dans un format lisible par EndNote : format .txt

Importer les références dans la base EndNote avec un filtre d’import : il permet de placer les différentes

informations contenues dans les références de départ dans les champs appropriés de la base EndNote.


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Ouvrir la base d’accueil des références File > Import

1- Sélection du fichier à importer

2- Sélection du filtre adéquat dans la liste déroulante ou via le gestionnaire de filtres : Other filters …

3- Paramétrer le traitement des doublons : import dans la base active, élimination, import dans une base spécifique : File-Dupl.enl

4- Cliquer sur Import


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Attention !!! Suite à un import, EndNote n’affiche que les dernières références importées.

Utiliser la commande References > Show All References Toutes les références de la base sont de nouveau affichées.

Afficher uniquement les références importées permet de les vérifier une à une et éventuellement de les corriger avant leur intégration dans la base de données EndNote


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Exemple : import à partir de Pubmed (1)

Faire la recherche dans PubMed Visualiser les références sélectionnées au format

MEDLINE : Display : MEDLINE, puis Send to File (pubmed-result .txt)

Format MEDLINE : nom de champ - contenu


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Exemple : import à partir de Pubmed (2)

Dans Endnote : 1. File > Import 2. Choisir le fichier à importer

(= fichier enregistré)3. Import Option : choisir le filtre d’import

PubMed (NLM)

Duplicates :pour élimineréventuellementles doublons


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Attention : Import de PubMed

Attention : en 2004 modification de la structure de la base Medline via PubMed : import à l’aide du filtre d’import pré-enregistré dans EndNote 7 perturbé

Il faut aller chercher le nouveau filtre d’import directement sur le site de EndNote : http://www.endnote.com/

Le filtre est à enregistrer dans le répertoire /Filters









83

Exemple de référence importée de PubMed

Lien direct vers le résumédans PubMed ou mettrele lien sur l’article directement

Keywords de PubMed


84

Importer des références Filtres d’import

De nombreux filtres sont fournis avec EndNote

Le filtre d’import à utiliser dépend à la fois de la base d’origine et du serveur de la base d’origine :

Medline via PubMed, via d’autres interfaces (ex : SilverPlatter) Web of Sciences via Interface de l’ISI , etc ..

Si le filtre n’existe pas, on peut le créer …

Liste des Filtres « favoris »

Other filters …Accès au gestionnaire de filtres

Import direct « automatique »


86

Importer des références Bases de données - Import direct

Comme les sites de périodiques, de nombreuses bases de données proposent l’export quasi automatique des références vers EndNote (et/ou d’autre logiciels de gestion) Exemple : les bases du Web of Knowledge

disponibles via le portail national (Web of Science, CAB, FSTA, CCC, ISI Proceedings …)

Import à partir des principales sources disponibles à l’INRA


88

Importer des références Principales sources INRA – WoK (1)

Bases du Web of Knowledgehttp://www.inra.fr/internet/Projets/ist/plateformes/BDD/listeBDD.htm

1. Export direct de références vers EndNote marquer les références (via la Marked List ou non), paramétrer le format (sélection des champs à exporter) cliquer sur Export to Reference Software

2. Enregistrement des références dans un fichier et import dans EndNote avec un filtre.

marquer les références (via la Marked List ou non), paramétrer le format (sélection des champs à exporter) Enregistrer les références : Save to File, et format = Field Tagged Importer ce fichier dans EndNote avec le filtre ISI-CE

http://www.inra.fr/internet/Projets/ist/plateformes/BDD/listeBDD.htm

















89

Importer des références Principales sources INRA - WoK (2)3. Connexion directe via l’interface de recherche de

EndNote (pour le WoS et la version 7 de EN seulement) Dans EndNote, Menu Tools > Connect Choisir la base : WoS–SCI , WoS-SSCI, WoS complète

4. Import de résultats d’alertes (reçus par messagerie électronique)

Sauvegarder le message reçu contenant les références : Menu File > Enregistrer Sous > Fichier.txt (format texte)

Dans EndNote : importer avec un filtre spécifique à demander au service Documentation.

5. Import de résultats d’alertes (reçus par Fils RSS) Cf. Fiche technique ERIST Nantes

http://www.nantes.inra.fr/content/download/2885/38748/file/Utiliser+les+flux+RSS.pdf












90

Import de références dans EndNote

Résultats d’alertes via la messagerie (Bases du WoK)

Exemple : réception du sommaire de Biomacromolecules via un fil RSS (Firefox – extension Sage)


92

Importer des références Principales sources INRA - Pubmed

Medline via Pubmed

Import par transfert de fichier

ou

Connexion directe via l’interface de recherche de Endnote

Suivre les procédures d’import :• Site BU Médecine de Paris Sud

http://www.u-psud.fr/scd/KB/Biblikb.nsf/formations.htm!OpenPage

•Connexion au site de Pubmed

•Décharger le fichier (format Medline – format Texte)

•Utiliser le filtre Pubmed (NLM)

Attention : décharger le filtre à partir du site officiel de EndNote ou corriger le filtre fourni :

- option Record Layout, activer « Smart »

Menu Tools > Connect > Pubmed

Insertion directe des références dans EndNote (mais interface de recherche moins performant)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?DB=pubmed


93

Importer des références Principales sources INRA – CAB (WoK)

• Pour Endnote 8 et au-delà, à partir de l'ensemble des notices marquées (Marked List), sélectionner les zones d'informations utiles et cliquer sur Export to Reference Software

• jusqu'à EndNote 7, perte des informations de Pagination. Dans la base de données, cliquer sur Save to File avec le choix Tagged Field pour sauvegarder le fichier sur le disque dur. Dans EndNote, utiliser la commande Import avec le filtre CAB_ISI_MHC2006.enf (créé par l'Erist INRA Angers, à demander par mail [email protected])

Import automatique

Import par transfert de fichier


94

Importer des références Principales sources – Biomed Central

Sélectionner les références puis Send to : « EndNote with abstracts ».

Export automatique

http://www.biomedcentral.com/


95

Importer des références Principales sources – Agricola

http://agricola.nal.usda.gov/cgi-bin/Pwebrecon.cgi

http://agricola.nal.usda.gov/help/AGRICOLAWebVoyage2006.enf


96

Importer des références Principales sources – Google Scholar

http://scholar.google.com/


97

Savoir gérer sa base Rechercher et éliminer les doublons

Menu References : Show all : sélection de toute la base Find Duplicates : par défaut, détecte les références

présentant en commun les contenus des champs : Author, Year, Title et Reference Type.

(Modification des critères de détection : Edit > Preferences > Duplicates)

Affichage des doublons par paire : une réf. active, une réf. inactive.

Elimination manuelle (ou Show selected + Delete : attention !!)


98

Importer des références à partir de pages web

Une extension du navigateur Firefox permet d’exporter des métadonnées et/ou le contenu d’une page vers un fichier EndNote (ou un logiciel gérant le format RIS)

L’URL, le hostname, le titre de la page sont exportés… installation et fonctionnement

(cf. Fiche technique - ERIST Nantes)

http://www.nantes.inra.fr/content/download/3268/44948/file/Extension+Firefox+Add.pdf)


99


Importer des référencesà partir de sources externes

Saisir manuellement des références

Structure et personnalisation des références Recommandation et règles d’écriture Aides à la saisie (Term Lists)

Document annexe Rappel sur les références bibliographiques


101

Saisie manuelle Structure des références

Types de documents / Champs bibliographiques / Libellés EndNote

Documents faisant partie d'un ensemble plus large et non publié séparément. Toujours accompagné d'un niveau monographique ou série (Article de périodique, Chapitre d'ouvrage, Chapitre d'ouvrage en série, Ouvrage en série …)

Niveau 1 Author = auteur primaireTitle = titre primaire

Niveau 2 Secondary Author Secondary TitleNiveau 3 Tertiary Author Tertiary Title

Documents formant une entité à part entière.(Ouvrage, Thèse, Brevet, Rapport, Poster)

Dans ce cas :

Niveau 1

Author = auteur primaire

Title = titre primaire


102

Saisie manuelle Personnalisation Types & Champs

Possibilité

- de modifier la grille par défaut (avec précautions !!!)

- de masquer les types de documents non utilisés pour alléger les écrans de saisie (en plaçant un point devant les entêtes)

Menu Edit > Preferences >Reference Types >Modify Reference Types


103

Saisie manuelle Recommandations de saisie

Remarques Les données bibliographiques sont entrées dans des champs séparés

qui correspondent chacun à un type d'information. La saisie de ponctuation n'est pas nécessaire, sauf si elle est

indispensable à la compréhension du texte contenu dans chaque champ. Selon le style choisi, quand on génère une bibliographie, EndNote met en forme les références en introduisant les caractères de ponctuation nécessaires.

Tous les champs bibliographiques ne sont pas forcément utilisés : en saisie manuelle, n’enregistrer que les champs nécessaires à l’édition ou à la gestion des documents.

On peut utiliser les « listes » de termes pré-enregistrés (champs Auteur, Journal, Mots-clés) pour une saisie plus rapide et plus homogène.


104

Saisie manuelle Règles d’écriture / Champs biblio. (1)

Auteurs (Authors, Editor names)

Entrer un auteur par ligne. Pour saisir plusieurs auteurs : utiliser la touche Entrée (ne pas ajouter de ponctuation entre les auteurs)

Saisir le nom de l'auteur puis le prénom séparé par une virgule et un espace.

Saisir le prénom entier, ou les initiales séparées par un point ou un espace (Fisher, J O ou Fisher, J.O.).

Saisir les noms composés sous la forme : De Gaulle, Charles Pour les noms de collectivités, placer une virgule après le nom,

et s'assurer qu'il n'y en a pas d'autre dans l'intitulé du nom. Si l’auteur est inconnu, laisser le champ vide. Utiliser la "list terms / auteurs" pour récupérer le libellé exact

sans le resaisir.


105


Titre (Title, Secondary Title, Tertiary Title) Saisir le titre original. Insérer les majuscules appropriées Ne pas saisir de retour-chariot, ni de point final.

Année de publication (Year) Entrer la date de publication sur 4 chiffres. Il est possible de saisir un texte, par exemple "à paraître". Il

doit toujours suivre la date. Titres de périodiques – forme développée (Journal) Saisir le titre du périodique sous sa forme complète, sans

l'abréger. Utiliser la "list terms" des périodiques pour récupérer l'intitulé

exact d'un périodique.


106


Pages (Pages) On peut saisir le nombre de pages sous la forme : 520-523

Date (Date - ne pas confondre avec Year) à priori à utiliser seulement pour le type de document

"Conference proceedings" Saisir la date du congrès sous la forme : AAAA/MM/JJ, pour

faciliter les tris éventuels sur ce champ.

Mots-clés (Keywords) Saisir un mot-clé par ligne, sans virgule entre les mots-clés.

Edition (Edition) Saisir l’information telle qu’elle devra apparaître dans la

bibliographie. (ex: 2e)


107


Images, graphiques, tableaux (Image, Caption) Fichier image / lié à une référence References > Insert Picture, puis sélectionner le fichier image

(formats possibles : Bmp, Gif, Jpeg, Png et Tiff) Saisir la légende dans le champ Caption Autre type de fichier / lié à une référence References > Insert Object : graphique Excel, un document

Word, un fichier Power Point ...

Trois nouveaux types de document ont été ajoutés à EndNote depuis la version 6 : Figure, Chart et Equation. Ils permettent de gérer, indépendamment d'une notice bibliographique, une image, un graphique par exemple.


108

Saisie manuelle Aide la saisie : Listes de termes

En saisie, par défaut, dès la frappe de quelques caractères dans les champs : Auteur, Mots-clés et Journal : proposition à l’utilisateur de la valeur la plus proche détectée dans les 3 Term Lists associées à ces 3 champs.

(Appel manuel de la liste : Ctrle - 1)

Désactivation possible de cette fonction : Edit > Preferences > Term Lists

Possibilité de créer d’autres listes sur d ’autres champs bibliographiques (« référentiels » personnalisés ... / cf. Fonctions avancées).


109

Saisie manuelle Saisir une référence d’article

Reference Type = Journal Article

Champs à remplir obligatoirement :

AuthorYearTitleJournalVolumePages

Eventuellement : Issue

Facultatifs :IssueKeywordsAbstractNotesURLAuthor Addressetc…


110

Saisie manuelle Saisir une référence d’ouvrage

Reference Type = Book : pour un ouvrage dans son ensemble

Champs obligatoires :AuthorYearTitlePublisher (Editeur commercial)City (Ville ou Pays d’édition)Number of Pages

Eventuellement : Series Editor et Series Title, Volume, Edition

Ou Edited Book pour un ouvrage coordonné


111

Saisie manuelle Saisir une référence de chapitre d’ouvrage

Reference Type = Book section : chapitre d’ouvrage

Champs obligatoires :Author (Auteurs du chapitre)YearTitleEditor (Editeurs scientifiques de l’ouvrage)Book titleCityPublisher (Editeur commercial)Pages

Eventuellement : Volume, Series Editor, Edition


112

Saisie manuelle Saisir une référence de communication

Format Conference Proceedingsou Conference Paper (v.X)

Champs obligatoires :Author Year of Conference (date de publication du Proceeding)TitleConference NameConference LocationDate (date exacte du congrès)Pages

Selon les cas : Editor, Publisher, si publication dans un ouvrage Series Title, Volume, si publication dans un périodique


113

Saisie manuelle Saisir une référence de thèse

Reference type = Thesis

Champs obligatoires :AuthorYearTitleCity (Ville de soutenance)University (Nom de l’université)Thesis Type (type de thèse)


114

Saisie manuelle Enregistrer une référence (Fin)

Pour valider une saisie, fermer la fenêtre : sauvegarde automatique

Edition d’une référence (pour la vérifier ou la corriger) : Double-clic sur la référence Déplacer le curseur pour corriger la référence


115

Mode d’alimentation

Avantages Inconvénients

Saisie manuelle

Permet : de créer des réfs très détaillées selon les besoins de l’utilisateur Permet d’ajouter des réfs sans connaître la bdd source L’information est enregistrée dans le « bon » champ

Opération laborieuse, Nécessite de connaître et respecter les règles d’écriture des champs.

Import direct

Ex : SD, WoS, FSTA

Opération la plus simple et la plus rapide Peu de manipulation informatique Possibilité d’ajout d’une grande quantité de réfs. Permet d’effectuer la recherche à partir de l’interface de la bdd.

Il arrive que l’information ne se retrouve pas dans le champ approprié,

Import indirect(utilisation d’un filtre)

Ex : Pubmed

Permet d’ajouter une grande quantité de réfs Permet d’effectuer la recherche à partir de l’interface de la base interrogée.

Il arrive que l’information ne se retrouve pas dans le champ approprié, Il faut utiliser un filtre d’import EN, donc connaître la bdd source Il n’existe pas de filtre pour toutes les bdds

Connexion directeEx : Pubmed

Opération rapide et facile Peu de manipulation informatique

L’interface de recherche de EndNote est plus limité que celle des bdds Il n’existe pas de fichiers de connexion pour toutes les bdds

Récapitulatif


116


Saisir des références

Créer des documents avec EndNote et Word

Ecrire une publication avec Word et EndNote Les Templates = Modèles Le Module « CWYW »


118

Ecrire une publication 1- Utiliser un template (1)

Utiliser un modèle éditorial (= Template) :

aide à la structuration de l’article, prédéfinition des marges, interlignes, pagination … selon les règles éditoriales des revues et/ou éditeurs

Menu : Tools > Manuscript Templates, puis choix du modèle, puis sélectionner « Activer les macros », puis suivre le « EN Manuscript Wizard »

Actuellement, 177 modèles disponibles (suffixés en .dot et enregistrés sous EndNote>Templates). On peut parfois en récupérer d’autres sur les sites des revues et les enregistrer dans ce répertoire.


119

Sous EndNote : Tools > Manuscript Templates Exemple de template : ACS


120

Ecrire une publication 2- Module «Cite While You Write» (1)

Dans Word

Dans EndNote

Si EndNote est bien installé


121


Insertion des citations dans le texte et création de la liste bibliographique en accord avec les instructions aux auteurs (voir manuel EN7 : p. 14-20)

1ère étape : vérifier/sélectionner le style actif dans EndNote

2ème étape : Positionner le curseur dans le texte (ou à l’intérieur d’une note de bas de page, ou une note de fin) et insérer les citations :

dans Word : Outils > EndNote > Find Citations : sélection de la (des) référence(s) à insérer via la recherche d’un identifiant, puis Insert

ou dans EndNote : sélection d’une ou plusieurs références puis

Tools > Cite While You Write > Insert Selected Citation


122

Insertionde la référencechoisie

Recherche par un identifiant

Dans la liste des résultats, sélectionner la(les) référence(s)à insérer dans Word


123


Résultat dans Word : Insertion / citation

dans le texte

Début de la liste bibliographique à la fin du document

Le style pilote la mise en forme des citations dans le texte, la structure, la mise en forme et l’ordre des références dans la liste bibliographique.

Mise à jour automatique (‘Instant formatting’)

- activée : chaque référence insérée est immédiatement formatée - désactivée : les références insérées restent sous la forme de citation

temporaire {Auteur, Année #Record Number}

le formatage est réalisé à la fin de la rédaction (plus rapide)


124


Résultat dans Word Références insérées « non formatées »

Le formatage peut être automatique selon options choisies


125


Style PNAS : citation par numéros


126


Style « auteur-date »


127


Format Bibliography : permet de vérifier le formatage obtenu, de changer éventuellement de style, d’activer ou désactiver l’option « Instant formatting » (=mise à jour automatique)

Edit citations : permet d’éditer les citations dans le texte (ajout possible de préfixes ou suffixes), de retirer ou ajouter une nouvelle citation.

Insert Notes : insertion de notes dans la liste bibliographique (uniquement avec une liste numérotée. Les notes seront numérotées comme les réfs).

Edit Library Reference : après sélection d ’une citation, affichage de la référence EN correspondante

Unformat citations : retour à l ’étape « citation temporaire » avant reformatage éventuel.

Remove Fields Codes : retrait des codes CWYW associés à l’article (avant envoi à un tiers, à l’éditeur …)

Export Traveling Library (Word) et Import Traveling Library (EndNote)


128


On peut associer une « Traveling library » à un texte Word quand : on travaille à plusieurs sur un même texte avec des

bases de données différentes on travaille avec plusieurs bases de données en

même temps dans des répertoires différents La « traveling Library » permet de garder en

correspondance le texte Word et les références citées (notion de « chemin »)

Dans les outils EndNote de Word : Option « Export Traveling Library »


129


Sous EndNote

Il est possible d’introduire dans les références :des fichiers images (commande References > Insert Picture) et leurs légendes (champ Caption), des fichiers word, excel, powerpoint (Insert Object) …

et de les exploiter ensuite avec Word.


130


L’insertion d’images dans Word se fait par : Outils > Find Figure : la recherche se fait sur le titre ou les mots de la

légende dans Caption Résultat de l’insertion : la légende de la figure est le contenu du

champ Caption

Création de la liste des figures : dans Word : Outils > EndNote7 > Generate Figure List


131


Rédiger un documentavec

EndNote & Word

Fonctions avancées

Styles Filtres Listes de termes Bibliographies thématiques


133

La notion de « style » bibliographique

Document annexe Rappel sur les citations dans les textes

scientifiques


134

Qu’est-ce-qu’un style ? Exemples

Journal of Applied Polymer 1. Amani, N. G.; Buléon, A.; Kamenan, A.; Colonna,

P., J. Sci. Food Agric. 84, 2085 2004. Journal of Food Science

Amani NG, Buléon A, Kamenan A & Colonna P. 2004. Variability in starch physicochemical and functional properties of yam (Dioscorea sp) cultivated in Ivory Coast. J. Sci. Food Agric. 84(15):2085-2096.

PNAS 1. Amani, N. G., Buléon, A., Kamenan, A., & Colonna,

P. (2004) J. Sci. Food Agric. 84, 2085-2096.


135

Les styles EndNote (1) Un style contient un ensemble d’instructions permettant de

formater « à la carte » des références bibliographiques, en affichage (Show Preview, Format Bibliography, Copy

Formatted), lors d’impression (Print), d’enregistrement dans un fichier (Save), lors d’opérations d ’export (Export)

et lors de l’écriture d’un document : les citations dans le texte (à des références, des figures, des

tableaux), les listes correspondantes : bibliographique, des figures, des

tableaux ... Plus de 2000 styles sont fournis par EndNote (v.X), enregistrés

dans le répertoire Styles de EN, et accessibles via le gestionnaire de styles.


136

Les styles EndNote (2) Un style ne formate que ce qui a été saisi

Si un champ est vide, il n’apparaîtra pas dans la bibliographie

S’il est mal saisi ou à mauvais escient (selon le type de document), des anomalies surviendront

Si un style existe déjà, il est prudent de vérifier s’il est correct avec le Style

Manager Examiner systématiquement toutes les options proposées

On peut modifier les styles prédéfinis et/ou en créer de nouveaux.


137

Le gestionnaire de Styles

Bouton Find : accès aux styles classés par rubriques thématiques

- Style info ou - Style preview : affichage du « rendu » du style

Passage en édition du style

sélectionné


138

Edition d’un style Structure

4 options communes

Infos générales

Options spécifiques / Bibliographie

Options spécifiques / Notes de bas de page

Options spécifiques / Figures et Tableaux

Options spécifiques / citations

Dans chaque sous-grille : une option Templates. Elle permet de définirles champs et la ponctuation à inclure dans le formatage.


139

Style EndNote1- Formatage des citations

Templates : « forme » de la citation dans le texte : (Bibliography Number) ou (Author, Year), Si (Author, Year) :

formatage de la liste des « auteurs » :

Quel séparateur entre 2 auteurs (& ou and) ? Que veut-on voir afficher si plus de 3 auteurs ? (et al.)

Formatage des noms des auteurs : uniquement le nom (pas les initiales de prénom)


140

Style EndNote2- Formatage de la bibliographie (1)

Chaque type de document ayant ses caractéristiques, il faut créer un style pour tous les types de références existants dans la base de données : Journal Article, Book, Book section, etc …

Insérer les champs devant s’afficher (Insert field) et insérer la ponctuation

Paramétrer la sortie des noms des auteurs, des éditeurs pour les ouvrages, etc … ainsi que : Séparateurs entre les auteurs : , ou ; Abréviation éventuelle de la liste des auteurs

avec et al. si plus de x auteurs Ordre des noms, initiales de prénom, etc…


141


Option Templates Définition pour chaque type et

pour le type « Generic » :- des intitulés de champs dont

les contenus apparaîtront dans la bibliographie

- de la ponctuation associée à ces contenus de champs

- de signes conventionnels propres à EndNote et destinés à optimiser le formatage.

4 règles de base et des caractères spéciaux

pour travailler les templates

Exemple : Journal ArticleAuthor. Year. « Title. » Journal Volume|:Pages|.


142


Style Generic

Il permet de formater n’importe quel type de référence qui n’aurait pas été spécifiquement défini dans le style,

Chaque style doit contenir un style « Generic » : il sera utilisé par défaut chaque fois qu’un type de référence n’aura pas de style défini


143


4 règles de base / Templates

1. Dépendance : tout texte ou ponctuation qui n’est pas séparé du nom d’un champ par un espace est dépendant de ce champ : il en fait partieLe texte ou la ponctuation adjacent à un champ apparaît donc dans la bibliographie seulement si le champ adjacent contient une donnée

Exemple : Volume (Issue)Les parenthèses autour du champ Issue font partie de ce champ et n’apparaissent que s’il y a effectivement une donnée dans le champ Issue


144



Prépondérance du champ précédent : lorsqu’un signe de ponctuation est situé entre 2 noms de champs sans espace, la ponctuation dépend du champ précédent : le second champ est lié au premier : si le premier champ est vide, le deuxième n’apparaîtra pas.

Exemple : Volume:Issue Pages Si les 2 champs sont présents, on aura à l’édition :

69:02 258-269 Si le champ Issue est absent :

69: 258-269 Si le champ Volume est absent, mais qu’il y a un

champ Issue, il n’apparaît pas : 258-269


145



3. Espace et champ : le 1er espace après un champ dépend toujours de ce champ : les autres espaces sont ensuite indépendants

4. Texte indépendant : tout texte ou toute ponctuation non lié à un champ apparaît toujours dans la bibliographie

Exemple : Year Publisher Publ.Si le champ Publisher est présent :

2004 Masson Publ.Si le champ Publisher est absent :

2004 Publ.


146


Pour pallier aux problèmes liés aux règles précédentes, on utilise des caractères spéciaux

Link Adjacent Text : espace insécable représenté par un petit losange : le texte ou la ponctuation sont liés au champ qui le suit ou qui le précède

Ex : Editioned. : ed. est lié à la présence du champ Edition

Séparation forcée : barre verticale | : si on souhaite que le texte ou la ponctuation ne dépende pas du champ précédant ou suivant

Ex : Volume|.Issue| (Year) donnera : 5 (2004) si l’Issue est absente


148


Paramétrage du séparateur entre lesauteurs

Paramétrage de la liste des auteurs

Paramétrage de la liste des auteursEcran identique à celui du paramétrage pour les citations


149


Paramétrage des Nom Prénom pour le1er auteur et pour lessuivants

Paramétrage des initiales de prénomsavec ponctuation ou non

Mise en majusculesou pas

Paramétrage des noms d’auteursEcran identique à celui du paramétrage pour les citations


150


Paramétrages divers

Bibliography > Editor Lists et Editor NamesPour les références des chapitres d’ouvrages … : Mêmes paramétrages que pour les noms d’auteurs

Bibliography > Layout : paramétrage spécifique pour chaque paragraphe « référence » : avec éventuellement un numéro précédant la référence, après chaque référence (espace entre les paragraphes, etc …), retraits divers

Bibliography > Sort Order : tri de la liste

Bibliography > Title capitalization : titres en lettres majuscules ou non


151

Style EndNoteParamétrage des titres de périodiques

Dans le style, le choix de l’option « Journal Names » détermine la « colonne » et donc la forme du titre utilisé dans la bibliographie.


152

Style EndNoteOpérations sur les styles (1)

Sélection d’un style : Edit > Output Styles 1er marquage liste de favoris 2nd marquage style actif

Copie et enregistrement d’un style dans le gestionnaire de fichiers dans EndNote : sélectionner le style à dupliquer,

l’éditer (Edit), puis Save as en le renommant Modification de style (plus simple qu’en créer !!)

changement de police, taille de caractères : sélection d ’un terme, commandes Font, Size, Style (menu Edit ou bouton droit / souris)

Ajout d’un champ dans un template : bouton Insert Field

Ajout d’un nouveau Template : liste déroulante via le bouton « Reference Types »


153

Style EndNoteOpérations sur les styles (2) Création d’un style

Menu Edit, puis Output Styles Créer les templates pour les citations et la

bibliographie paramétrer les différentes options Tester le style pour différents types de

doucments Suppression d’un style

Menu Edit: Output Styles, Open Style Manager Sélectionner le style Bouton droit de la souris et Delete


154

Filtres d’import


155

Filtres d’import

Introduction (1) Les filtres d ’import établissent une

correspondance entre l’information source (fichier déchargé) et les champs de EndNote

Accès au gestionnaire de filtres : Edit > Import Filters > Open Filter Manager

579 filtres sont fournis avec EndNote X (386 – v7), suffixés en .enf, et enregistrés dans le répertoire Filters.

On peut modifier les filtres prédéfinis, et/ou en créer autant que nécessaire.


156

Filtres d’importIntroduction (2)

Pour réaliser correctement un import, 2 choses à connaître :

Format de sauvegarde du fichier dans la base d’origine : à choisir avec les noms des champs et de préférence un format .txt

Filtre à utiliser dans EndNote qui dépend à la fois de la base d’origine et du serveur de la base d’origine : Medline via PubMed Medline via Bibliosciences (SilverPlatter) Medline via Ovid etc …


157

Paramètres à connaître pour réaliser un filtre d’import Pour importer des données de bases externes, 2

choses à connaître impérativement : Structure de la base de départ : champs

disponibles, noms des champs, … Structure de la base EndNote d’arrivée : nom

des champs, entrée des données dans ces champs pour respecter les contraintes d’EndNote

La réalisation de filtres d’Import nécessite un travail minutieux d’analyse afin de mettre en correspondance l’ensemble des données


158

Réalisation d’un filtre d’import (1) Création de toutes pièces :

Edit >Import filter > New Filter ou à partir d’un filtre existant

Chaque option doit être analysée et paramétrée

Open Filter Manageret Edit


159

Réalisation d’un filtre d’import (2)

Mise en relation des noms de champsde la base de départ et de la based’arrivée


160


Mise en relation des noms de champs de la base de

départ et de la base d’arrivée1 template <---> 1 type de document

2 colonnes

Fields : noms de champs EndNote, caractères de ponctuation, du texte, des espaces.

Tag = libellés des champs des références sources


161


Paramétrage de l’entrée du champ Auteurs


162

Styles et filtres

Pour en savoir plus : « Manipuler des filtres et des styles »

support complet (ppt) déchargeable à partir de la page http://www.nantes.inra.fr/content/download/2168/28223/file/EN7Partie2-Dec2003.pdf

Manuel complet v7 : Styles, filtres, listes de périodiqueshttp://www.nantes.inra.fr/content/download/2169/28226/file/GuideEN7.pdf

Styles : de nombreux styles sont mis à disposition sur internet (sites de revues, de bibliothèques, d’utilisateurs EndNote)http://www.nantes.inra.fr/information_scientifique_et_technique/ressources_documentaires/gerer_sa_bibliographie_avec_endnote/styles

Filtres : pour les principales ressources INRA, des filtres existent, prédéfinis ou créés par le service Documentation.


163

Liste de termes


164

Fonctions avancéesListes de termes (1)

3 listes prédéfinies : Auteurs, Journaux et Mots-Clés. Par défaut : Aide à la saisie et à l’interrogation actives et mise à jour automatique après saisie ou import de références (désactivation possible).

Au max : 31 listes spécifiques par base un champ est lié à une seule liste. une liste peut être liée à un ou plusieurs champs.

Ajout possible de termes dans une liste sans modifier le contenu des références.

Import et export de listes possibles (.txt)


165

Ouvrir une liste : Tools > Open Term Lists Mettre à jour une liste : Terms > Update

List Pourquoi ? > pour créer une liste à partir du contenu d’un champ

existant> Homogénéiser une liste hétérogène (problème des

séparateurs – à l’issue d’un import)

Comment ?Show All ou sélection de références

Tools > Define Term Lists : sélection de la liste

puis : Update List



166


Créer une nouvelle liste : Tools > Define Term Lists puis Create List attribution d’un nom liaison liste / 1 ou plusieurs champs : Link Term Lists sélection des séparateurs constitution de la liste à partir des références : Update

List cas particulier : Liste « Journaux »

Importer des listes (fichiers au format .txt) : Terms > Import List

Exporter une liste : Terms > Export List


167

Fonctions avancéesListes de termes (4) Editer/Ajouter/Retirer des termes dans une liste

sélectionner la liste, puis cliquer sur Terms, Edit Term : édition / modification Delete Term : suppression New term : saisie d ’un nouveau terme (puis Save Term)

Supprimer tous les termes existants dans une liste Tools > Open Term Lists > NomListe Cliquer dans la fenêtre Ctrl+A pour sélectionner tous les termes Puis Delete Term pour effacer tous les termes Fermer la boîte de dialogue

Copie de termes entre listes : par simple Copier/coller


168

Fonctions avancées - Listes de termes Gérer / exploiter la liste « Journals » (1)

La gestion correcte des formes développées ou abrégées des titres de

périodiques dans les bibliographies, pilotée par les styles repose sur cette

Liste. Par défaut, sa structure est la suivante :

Colonne 1 : Titre développé

Colonne 2 : Titre abrégéavec points

Colonne 3 : Titre abrégésans points

Colonne 4 : autre abréviation


169


Pour pouvoir éditer au choix les deux formes des titres (développée et abrégée), il est indispensable que dans le champ Journal, le titre soit toujours enregistré de la même façon.

Par défaut, cette liste est mise à jour lors de la saisie manuelle ou l‘import de références. Si le nom du journal ne figure pas déjà dans la liste, EndNote l'insère

dans la première colonne de la Term List. Si les références importées contiennent des formes abrégées, des

dysfonctionnements apparaitront si des abréviations se retrouvent mélangées à des formes développées.

Pour éviter ce problème : on peut désactiver l'option de mise à jour automatique

(Edit>Preferences>Term Lists), mais attention :la désactivation portera aussi sur les autres listes !!!

Toujours vérifier la liste après un import et corriger éventuellement la liste.


170


Pour enrichir la liste de journaux, il est possible d'utiliser des listes externes (en format texte) incluant déjà les formes développées et abrégées des titres. Plusieurs sont fournies avec le logiciel (Chemical.txt,

Medical.txt, Bioscience.txt – version X) mais on peut aussi en créer soi-même ou encore en récupérer sur Internet.(voir :

Pour importer de tels fichiers dans EndNote : - Menu Tools, et Define Term Lists- Sélectionner la liste Journals- Cliquer sur Import List- Sélectionner le fichier déchargé (en format texte) et cliquer sur Open


171

Import d’une liste externeExemple (1)

Télécharger la « Medical journals term list » sur le site de l’University of Queensland Library

Sauvegarder la liste : Save As en fichier texte (*.txt).


172

Import d’une liste externeExemple (2)

Importer la liste : Tools > Define Term Lists > Journals >

Import List Sélectionner le fichier texte et Ouvrir


173

Lien style et liste « journals »

Dans le style, le choix de l’option « Journal Names » détermine la « colonne » et donc la forme du titre utilisé dans la bibliographie.


174

Travaux pratiques (6 et 7)

Styles, listes de termes, Templates


175

Bibliographies thématiques


176

Fonctions avancéesBibliographies thématiques (1)

Le regroupement des références permet de créer une bibliographie thématique à l’intérieur de laquelle les références sont classées selon un champ particulier. Toutes les références qui possèdent le même terme dans un champ seront regroupées ensemble dans la bibliographie.

Le regroupement des références peut être défini selon n'importe quel champ de EndNote.


177

Exemple de bibliographie thématique

Copié sur le site : http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/utiliser/endnote/pid/1859


178


Sélectionner les références à inclure dans la liste (Show All ou Search)

Tools > Subject Bibliography : sélectionner le(les) champs dont les contenus seront les en-

têtes des listes, sélectionner les valeurs à utiliser comme en-têtes

Paramétrage de la bibliographie thématique : En-têtes et page : Layout et 4 sous-menus : References,

Terms, Page Layout, Bibliography Layout. Références : formatées d’après le style actif.

Impression : Print Preview, Print ou Save


179


Un exemple d’application : Editer une liste bibliographique dans le cadre de l’évaluation individuelle ou collective INRA (CSS)

Cf - Fiche technique déchargeable / Pages web ERIST

http://www.nantes.inra.fr/information_scientifique_et_technique/ressources_documentaires/gerer_sa_bibliographie_avec_endnote/manuels_fiches_techniques_supports


180

EndNote Web

Les abonnés au Web of Knowledge peuvent utiliser gratuitement une version web de EndNote. Complètement intégrée à la plateforme, elle permet aux utilisateurs :

d'accéder, après enregistrement ("signed in" dans le WoK) à un espace "My EndNote Web" et à sa (ses) base(s) EndNote web (EndNote Web Library)

de sauvegarder (très facilement, à partir des bases du WoK) jusqu'à 10000 références dans ces bases, accessibles à partir de n'importe quelle connexion,

d'organiser ses références en "dossiers thématiques" accessibles et partageables avec d'autres utilisateurs,

de formater les références avec les styles disponibles,

d'importer des références à partir de différentes sources,

d'activer la fonctionnalité "Cite-While-You-Write" qui facilite, lors de la rédaction d'un document (avec Word ou un autre traitement de texte), l'insertion des citations dans le texte et la création de la liste bibliographique. Cette fonction nécessite, sauf pour la version X, l'installation d'un plugin complémentaire.

Pour en savoir plus : Mémento EndNote Web – ERIST Nantes – décembre 2006http://www.nantes.inra.fr/content/download/4048/56410/file/manuel-endnoteweb.pdf


181

Adresses utiles et guides Adresses utiles :

Le site de EndNote : http://www.endnote.com/ Site Université de Queensland (Australie) http://www.library.uq.

edu.au/endnote/ Guides, manuels et tutorials :

Pages web - Documentation INRA Nantes :http://www.nantes.inra.fr/information_scientifique_et_technique/ressources_documentaires/gerer_sa_bibliographie_avec_endnote

manuel complet v7 : Styles, filtres, listes de périodiqueshttp://www.nantes.inra.fr/content/download/2169/28226/file/GuideEN7.pdf

Fiche technique déchargeable : « Editer une liste bibliographique dans le cadre de l’évaluation individuelle ou collective INRA (CSS) »

Fiche sur l’extension Firefox EndNote http://www4.bibl.ulaval.ca/EndNote/Endnote_tutoriel.pdf http://www.hsl.unc.edu/Services/Tutorials/ENDNOTE/Contents.htm

Liste de discussion : http://www.endnote.com/support/en-interest.asp

Annexes

Différents menus de commandes de EndNote Options de personnalisation (Menu Edit > Preferences)


183

Menu File

Créer, Ouvrir, Fermer une base de données

Fonctions de sauvegardes : Save a Copy : copie d’une

base de données Exporter une base EndNote Importer des données dans une

base EndNote Imprimer des références

sélectionnées avec un style bibliographique défini


184

Menu Edit (1)

Fonctions Couper / Copier / Coller

Select All : pour sélectionner toutes les références (se transforme ensuite en Unselect All)

Copy Formatted : copier des lots de références dans le presse-papier pour les coller dans un traitement de texte

Change Text : changer du texte à l’intérieur d’un lot de références


185

Menus : Edit (2)

Output Styles : éditer les styles existants, les modifier, créer des nouveaux styles pour l’impression des références

Import Filters : créer ou éditer et modifier des filtres d’importation pour les bases de données externes (PubMed, etc…)

Connection Files : créer ou éditer et modifier des fichiers de connections à des bases distantes


186

Menus Edit (3) (Preferences)

Paramétrages divers des bases de données, des références, des options de tri, des champs à l’affichage, etc …


187

Menu : References

Gestion des références : Saisir, modifier effacer des

références Rechercher des références Se déplacer dans la base de

données Visualiser les références Trier les références Modifier des champs dans les

références Trouver les doublons Créer, ouvrir un lien vers un

fichier, une page Web, etc…


188

Menu Tools (1)

« CWYW » : insérer des références dans un texte Word et générer la liste bibliographique

Connect : se connecter à une base distante

Subject bibliography : créer des listes de références « thématiques »

RTF Document Scan : mettre en forme des fichiers au format RTF pour créer des bibliographies avec n’importe quel traitement de texte

Manuscript Templates : utiliser des « modèles » Word selon les consignes des revues


189

Menu Tools (2) Term Lists : gestion de listes de

termes : auteurs, mots-clés, journaux Show Toolbar : visualisation de

barres d’outils

Show Preview/Hide Preview : visualiser à l’écran les références sélectionnées selon le style prédéfini

Recover Library : réparer une base endommagée

QuickFind Index : index pour rendre les recherches plus rapides


190

Barre d’outils Menu : Tools > Show Toolbar

puis cocher les barres à afficher : Main et Text Style

Saisir une nouvelle référence

Rechercher dans la base Search References

Import

Style pour impressiondes références

Trier les références

Créer Ouvrir une baseImprimer

Export de référencesChoix du style :menu déroulant

Se connecter à une base distante

Ouvrir un lien


191

Via le Menu Edit > Preferences, il est possible de personnaliser EndNote grâce à différentes options.

Change Case indique à EN une liste de mots pour lesquels la casse restera inchangée, quel que soit le style utilisé (sigles, abréviations, noms latins…)

Personnalisation du poste de travail Gestion des préférences (1)

Libraries : ouverture systématique d’une bibliothèque

Display fonts : paramétrage des polices d’affichage

Reference Types : paramétrage des types de documents et champs bibliographiques (s’applique à toutes les bases créées)


192


Temporary citations : par défaut, syntaxe = {Smith, 1999 #24}, mais paramétrage différent

possible.

Sorting : liste de mots ignorés lors des tris (sur les champs Authors et Titles)

Formatting Options concernant le formatage de références en liaison avec Word.

Display Fields Paramétrage de l’affichage des références / écran principal (5

champs max)


193


Duplicates Paramétrage possible du filtre de détection des doublons et

traitement des doublons dans les bibliographies

Online Paramétrage du navigateur associé à EndNote

Folder locations Paramétrage des répertoires d’enregistrement des styles, filtres et

fichiers de connexion (choix en cas d’utilisation de la version réseau EN7)

Term Lists Paramétrage de la mise à jour des Term Lists, et

comportement d’aide en saisie et recherche.


194


Spell Check : paramétrage du correcteur orthographique (choix du dictionnaire de référence

…)

OpenURL : laisser les parapètres par défaut (ne fonctionne pas avec EN7, fonctionne bien

avec EN9)


195


Enregistrement / transfert des préférences

Dans EndNote 7 : pas de possibilité simple de transfert des préférences d’un poste à un autre (ou d’un utilisateur à un autre)

Dans EndNote 8/9/10 : les préférences pour les options : Change Case, Reference Types, mots ignorés / fonction Sort, la liste des styles, filtres et fichiers de connexion favoris sont sauvegardés dans le répertoire de l’utilisateur.Chemin « type » :

c:\Documents and Settings\nomutilisateur.dom\Application Data\EndNote