Évaluations génomiques fiables d’une race

et d’un pays à l’autre

Sander de RoosCRV, Pays-Bas

Valeurs d’élevage estimées génomiques (VÉEG) fiables

• Nous voulons tous des VÉEG plus fiables– Sélection plus précise– Usage des jeunes taureaux avec confiance

• (VÉEG) fiables ~ N * h2

– N = taille du cheptel de référence– h2 = héritabilité des phénotypes

Daetwyler et al. 2008Goddard 2009

Goddard et Hayes 2009

Nombre d’individus dans la population de référence

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Des VÉEG fiables

• Échanges internationaux– un plus grand cheptel N– mais une moins grande h2 (rG < 1)

• P. ex. EuroGenomics (N = 4 000 N = 16 000)– profondeur du pis : + 15 % en fiabilité– cellules somatiques : + 11 %– fertilité : + 7 %– rendement en protéines : + 6 %

Lund et al. 2011

Que pouvons-nous faire d’autre?

• Vaches• Autres races

• Objectif = définir les possibilités et les défis

Pourquoi utiliser des vaches?

• Pour accroître la population de référence (réf.)– 100 000 vaches de réf. 24 000 taureaux de réf. (h2 = 0,2)

• Un nombre illimité• Petites races• De nouveaux pays ou environnements (G x E)• De nouveaux caractères génétiques• Sélection des femelles

Les coûts

• Coût du génotypage : 40 euros (€) – 100 000 vaches x 40 € (BovineLD) = 4 000 000 €

• Valeur commerciale pour le producteur : 10-30 €– Choisir les meilleurs veaux femelles– Bœuf / conventionnel / sexé / récolte d’embryons– Meilleur rendement du capital investi (RCI) quand

l’intensité de la sélection est grandeDe Roos 2011

Pryce et Hayes 2012Dassonneville 2012

Biais

• VÉEG = VÉE conventionnelle + info génomique– biais dû à un traitement préférentiel– biais dû au génotypage sélectif

• Stratégies– ajuster phénotypes des vaches (Wiggans et al. 2011; 2012)

– omettre phénotypes des vaches– n’employer que des troupeaux complets

Troupeaux de référence du CRV• Troupeaux avec d’excellents résultats

– production de lait, conformation, fertilité…– santé de la pince, composition du lait (soins de santé)

• Génotypage de toutes les femelles– Le producteur paie 15 € par veau, 0 € par vache

• Aujourd’hui : 20 troupeaux, 4 000 femelles• Objectif : 600 troupeaux, 120 000 femelles

Pourquoi utiliser d’autres races?

• Prédire les VÉEG des races métissées (croisées)– Les métis affichent davantage de variation génétique– p. ex. production des Holstein + fertilité des Jersey

• Utiliser sujets métissés dans le cheptel de réf.• Utiliser race A pour améliorer VÉEG de la race B

– Exploiter les mutations causales (les SNP en sont très proches)

Les animaux métissés

• Les métis portent de grands segments de chromosomes hérités d’ancêtres pur sang– Les SNP retracent cet héritage au fil des générations

F0

F1

F2

Les animaux métissés

• Les métis portent de grands segments de chromosomes hérités d’ancêtres pur sang– Les SNP retracent cet héritage au fil des générations

• Les phénotypes des sujets métissés sont utiles– Pour estimer l’effet des segments de chromosomes

ancestraux• Les VÉEG des métis

– La somme des effets des segments de chromosomes ancestraux

Utiliser la race A pour prédire la race B

• Les QTL doivent exister dans les deux races– Il faut toute la séquence du génome, ou– les BovineHD (777 k), afin que la phase des SNP-QTL persiste

• Les QTL individuels ont un très petit effet– Il faut un cheptel de réf. extrêmement grand et un modèle

bayésien pour distinguer les QTL du « bruit de fond »• Peut-être détecter des QTL de taille moyenne

Exemples• Les Holstein et Jersey de Nouvelle-Zélande

Harris et al. 2011

– Des VÉEG précis pour les sujets métissés• Les races rouges nordiques

Brøndum et al. 2011

– Hausse de 7 % de la fiabilité multirace versus race unique

• Les Holstein et Jersey australiennes

Erbe et al. 2012

– Hausse de 4 % de la fiabilité chez les Jersey en intégrant des taureaux de réf. Holstein

– Hausse de 0 % de fiabilité chez les Holstein en intégrant des taureaux de réf. Jersey

Calculs

• Supposons 160 000 bovins de réf., 777 000 SNP– 8 x plus d’animaux, 15 x plus de SNP = 120 x plus– 3 années de calculs

• Considérons aussi l’imputation des FD vers HD• Considérons aussi toute la séquence du génome

Conclusions• Vaches : intéressantes pour agrandir la population de réf.

– Plus grande fiabilité, de nouveaux caractères, de nouvelles races, de nouveaux pays

– Coût encore trop élevé pour l’adoption à grande échelle– Nous devons nous occuper des biais potentiels

• Population de référence multirace– Simple dans les populations métissées– De nombreux animaux X SNP denses avec un modèle bayésien– Tout un défi sur le plan des calculs