Download - Les mycobactéries
Les mycobactéries
Dr N. Fortineau
Bactériologie-Virologie-Hygiène
CHU de Bicêtre (94)
Les mycobactéries
> 70 espèces identifiées
Pathogènes obligatoires Opportunistes
M. tuberculosis complex
M. leprae
M. avium complexM. kansasii
M. xenopi ...
M. chelonae
M. fortuitumM. marinum ...
La tuberculose
- Mycobacterium tuberculosis - Mycobacterium bovis
- Mycobacterium africanum
- M. tuberculosis complex
(- Mycobacterium microti)
- Réservoir essentiellement humain
- Transmission quasi interhumaine par voie aérienne
- Multiplication très lente (temps de génération 20h)
- Persiste dans l'organisme (macrophage)
La tuberculose dans le Monde
- 2 M de décès / an (dont 25% HIV+, surtout en Afrique)
- Maladie persistante : 9 M de nouveaux cas T / an
• Asie : 55%
• Afrique : 31%• Europe : 5%
- Prévalence mondiale en 2007 : 13,7 M de cas
- 2000 M de personnes ont eu un contact infectant BK
• 15% patients HIV +
- incidence/ 100.000 hbts en baisse de 1% / an
- 500.000 cas de tuberculose multi-Résistante
Facteurs aggravant l'épidémie
- Infection par le VIH (Afrique sub-saharienne)
- Émergence de la résistance aux anti-tuberculeux
- Mouvements de populations
- Populations défavorisées des pays industrialisés
- Absence ou retard de diagnostic
- Absence d'accès au traitement complet
La tuberculose en France (2006)
- Europe occidentale : incidence 17 / 105( Ex URSS : 110 / 105 )
- France : 8,5 / 105 en régression constante depuis 1993 (- 40%)
Région IDF
(17,3 / 105 ) 37%
Age > 75 ans
(23 / 105)
Origine étrangère
(39 / 105)
2006
(5336 cas) SDF
(181 / 105)
Résistance aux AntiTuberculeux : définitions
Résistance primaire :nouveaux cas (= jamais traités par antituberculeux)
Résistance secondaire :cas déjà été traités 1 mois par antituberculeux
Multirésistance :Résistance INH+RMP
UltrarésistanceMultirésistance+ R à Fluoroquinolones+ R à 1 aminoside autre que streptomycine(amikacine/capréomycine)
Résistance aux AntiTuberculeux en France (2005)
Résistance "primaire" - Isoniazide : 4,2 %
- Rifampicine : 0,9%
Multi-résistance primaire (INH + RIF) : 0,7%
Résistance "secondaire"
- Streptomycine : 6,3 %
- Streptomycine : 11,7 %
- Isoniazide : 14 %
- Rifampicine : 8,9 %
Multi-résistance secondaire (INH + RIF) : 6,9 %
8,8 % R à 1 AT
21% R à 1 AT
- Ethambutol : 0,6 %
- Ethambutol : 3,5 %
Résistance aux Anti-Tuberculeux en France
- Naissance dans un pays étranger : R primaire et secondaire + élevées
- Infection par le VIH : R secondaire plus élevée
- Excrétion de BAAR multi-R est prolongée
- 42% de guérison après 2 ans de traitement
- 2/3 des multi-R sont primaires
- Cas de tuberculose multi-R environ 70 / an
- 1,3% de tuberculose multi-R (taux faible)
Diagnostic bactériologique de la tuberculose
- Examen direct
- Culture
- Identification
- Antibiogramme
+ / - Amplification génique (PCR)
Différentes étapes
- Prélèvement
Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire
- Choix des prélèvements :
- Expectoration spontanée (à jeun au réveil) x 3 jours
- Tubage gastrique (à jeun au réveil) x 3 jours
- Fibroscopie bronchique avec aspiration +/- biopsies si lésions
- Lavage bronchoalvéolaire (petit volume 20 ml de H2O)
- Liquide pleural, biopsie de plèvre, biopsie ganglionnaire...
- Hémocultures dans miliaire et formes disséminées (milieux spéciaux)
- Expectoration provoquée (séance de kiné) x 3 jours
Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire
Examen microscopique direct : JO
- Colorations de Ziehl et fluorescence (auramine) après concentration/ fluidification
- Sensibilité : 104 - 105 BAAR/ml = + dans 60% des tuberculoses pulmonaires
Mais ne permet pas d'identifier directement l'espèce de mycobactérie
- Positivité souvent synonyme de tuberculose chez l'immunocompétent
- Très souvent négatif dans la miliaire tuberculeuse
Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire
Examen microscopique direct : JO
Coloration de Ziehl x 1000 Coloration auramine x 400
Diagnostic par Amplification Génique
Principe : amplification et détection d'une cible (ADN ou ARN spécifique)
Pour Contre
Bonne sensibilité théorique(si direct + 95%)
Sensibilité controverservée (inhibiteurs)
Rapidité du résultat (< 24h)
Ne permet pas de s'affranchir de la culture
Coût élevé (B250) / culture (B60)
Mauvaise valeur prédictive négativeBonne spécificité (98%)(si direct négatif : sensibilité < 60% / culture)
PCR (Test Amplicor, Roche Diagnostic System) TMA (Test Gene Probe BioMérieux)
PCR "maison" IS6110 SDA (Test Probetec, BD)
Tests disponibles :
Diagnostic de tuberculose par culture
- Seul diagnostic de certitude
- Permet l'identification ultérieure et la réalisation de l'antibiogramme
- Durée +++ : 15 jours à 3 mois (milieu solide) à 8-20 jours (milieu liquide)
Diagnostic bactériologique de la tuberculose
Objectifs de l'American Thoracic Society et du C.D.C.
(1995)
- Résultats de l'examen direct ≤ 24 h (J0)
- Obtenir une culture positive ≤ J10
- Identification de M. tuberculosis à J15-J21
- Antibiogramme de M. tuberculosis à J21-J28
Diagnostic biologique de la tuberculose
- Examen direct
- Culture +
- Identification
- Antibiogramme
Timing des différentes étapes
- Prélèvement J0
J0-J1
J6-J60
+ 4-10 J
+ 10-21 J
20-80 J
Diagnostic bactériologique de la tuberculose
Techniques "classiques" de référence : LONG
- Culture en milieu solide à base d'oeuf : Löwenstein-Jensen
- Identification :
Aspect et pigmentation des colonies
Délai de croissance
Tests biochimiques
20-30 jours
20-30 jours +
Diagnostic bactériologique de la tuberculose
Techniques "récentes" : + RAPIDES
- Culture en milieu liquide avec système de détection :Production de CO2 ou
Consommation d' O2
- Avantages :
• Sensibilité 94 % (LJ : 65-75 %) Liquide + LJ : 100 %
• Délai de culture
• Antibiogramme directement réalisable en 7-10 jours
< 15 jours pour M. tuberculosis
Identification rapide des mycobactériesà partir des cultures en milieu liquide
• Hybridation de l ’ADN ou ARN avec sondes spécifiques (AccuProbe)
• Amplification génique (P.C.R.)
• Restriction de l ’ADN par des endonucléases spécifiques (R.F.L.P)
• Séquençage de fragments d ’ADN
• H.P.L.C des acides mycoliques, mise en évidence d’antigènes spécifiques
- Techniques phénotypiques
- Techniques génotypiques
PCR-RFLP / Technique PRA (gène rpoB)
d'après Lee H. et coll.,J. Clin. Microbiol., 2000
1. M. gordonae
9. M. moriokaese
3. M. kansasii I
4. M. gallinarum
5. M. avium
6. M. scrofulaceum
7. M. asiaticum
8. M. chelonae
2. M. szulgai
10. M. phlei
11. M. pulveris
12. M. fortuitum I
13. M. austroafricanum
14. M. smegmatis
15. M. marinum
PCR-Hybridation inversée / Test LiPA Mycobactéries
M. chelonae
M. scrofulaceumM. intracellulareM. aviumM.A.I.SM. gordonaeM. xenopi
M. kansasii
M. tuberculosis compl.Mycobacterium sp.
MTBMAMKMCMGMAISM NM
substrat
Cible ADN : région intercistronique codant pour ARN16s
Traitement de la Tuberculose pulmonaire
- En l'absence de traitement : Mortalité 50%
- Avec antituberculeux : Mortalité 5%
- Les Antituberculeux :
Streptomycine (1944)
PAS (1946)
Isoniazide (1952)
Kanamycine (1957)
Ethambutol (1968)
Rifampicine (1965)
Pyrazinamide (1980)
Ofloxacine (1987)
Guérison spontanée : 30%Chronicité : 20%
4 Majeurs
Traitement de la Tuberculose pulmonaire
M1 M2 M3 M4 M5 M6 Mois
Isoniazide4-5 mg/kg/j
Rifampicine10 mg/kg/j
Pyrazinamide20-30 mg/kg/j
+/- Ethambutol 15-20 mg/kg/j
J0
Traitement de la Tuberculose pulmonaire *
M1-M2 M3-M6
Traitement standard
Grossesse
Rifater 1cp/12 kg
+/- éthambutol 15 mg/kgRifinah 1cp/30 kg
Rifampicine 10 mg/kg
Isoniazide 4-5 mg/kg
Ethambutol 10 mg/kg
Rifampicine 10 mg/kg
Isoniazide 4-5 mg/kg
M7-M9
-
* à bacilles sensiblesen une prise quotienne, à distance d'un repas
Traitement de la Tuberculose pulmonaire multi-R
Associer au moins 3 antituberculeux actifs pendant 18 mois
- Ofloxacine
- Amikacine
- Streptomycine
- Ethionamide
Surveillance du traitement de la tuberculose