Les erreurs possibles au laboratoire de microbiologie
Comment les éviter ?
SARM ?
Dr M-E ReverdyPraticien Hospitalier
Centre de Référence des StaphylocoquesMicrobiologie Hôpital E. Herriot Lyon
Sur le plan de l'hygiène SARM =BMR =
déclaration
Sur le plan cliniqueSARM
incidence thérapeutiqueincidence économique
Pourquoi suspecter des erreurs ?
• "Outlier "– établissement avec taux de BMR
anormalement bas ou élevé• Origine possible
– recrutement ? • mais classement par type d'établissements et de
séjours– nombre de prélèvements effectués – hygiène– l'analyse microbiologique ?
CNR 2003-2004 Total Labos Ville CClin Sud-Estnb % nb % nb %
souches reçuescomme SARM 710 364 346
non exploitables 107 15,1 79 21,7 28 8,0
Analyses des non exploitablespas de subculture 12 1,7 7 1.9 5 1.4contaminées 47 6,6 24 6,6 23 6,6
erreurs sur sensibilité oxacilline 22 3,1 22 6,9
doublons ou plus 26 3,7 26 7,1
Pourquoi suspecter des erreurs ?analyse microbiologique ?
Comprendre les erreursSARM et laboratoire
• Critères d'inclusion pour réseau BMR : "Prélèvements à visée diagnostique : pas de prélèvements de dépistage "
• Mais au laboratoire – sans précision clinique prélèvement considéré à tord à visée
diagnostique plutôt que dépistage• ex: ulcères, escarres ect…
– parfois antibiogrammes ciblés sur certains services avec pathologies plus lourdes
• "outlier" : Pyo HEH, 10 semaines, 244 isolats/117 antibiogrammes (48%)
• Qualité du dédoublonnage
"1 seule souche d'une même espèce par patient"– risque de confusion avec autres protocoles de dédoublonnage
Comprendre les erreurs les erreurs qui n'en sont pas !
• Si trop de SARM déclarés : erreurs possibles – identification de S. aureus
– ± résistance à l'oxacilline
• Si trop peu de SARM déclarés – détection de la résistance à l'oxacilline
– ± identification de S. aureus
Comprendre les erreurs
Les contaminants (6.6%)
• La population analysée a des caractéristiques de SARM– S. aureus sensible oxa + entérocoque– S. aureus sensible oxa + SCN résistant oxa– S. aureus sensible oxa + corynébacterie– S. aureus sensible oxa + Acinetobacter
– S. aureus + bacille à Gram négatif– SCN + entérocoques– ect……
• Causes d'erreur– qualité des réisolements– technicien inexpérimenté, polyvalent, isolé
Comprendre les erreursQualité de l'identification de S. aureus
• Morphologie /pigmentation /hémolyse :– microcoque, S. simulans, S. intermedius, corynébactéries,
…ect
• examen microscopique : Cocci Gram positif – le piège
• Corynebactérie parfois cocciforme• Acinetobacter ! Cocci Gram négatif qui se décolore mal !!
S.aureus Acinetobacter
Comprendre les erreurs Qualité de l'identification de S. aureus
Milieux de culture spécifiques ? Non : milieu d'orientation !
Chapman (fermentation mannitol + hypersalé)faux positifs :
S. haemolyticus, S. saprophyticus, ect… , entérocoques, Bacillus, Proteus …
faux négatifs : un peu desséché, sel = inhibition de S. aureus
Baird Parker (lécithinase, lipoproteinase)S. schleiferi
Comprendre les erreurs Qualité de l'identification de SARM
– Milieux sélectifs : spécifiques ? pas toujours !
• ORSA (mannitol + hypersalé + oxacilline)– faux positifs : tous les SCN R oxa, mannitol +,
nécessite toujours analyse complémentaire– faux négatifs : SARM avec R hétérogène oxa
tests agglutination souvent négatifs• nouveaux chromogènes pour SARM à base de
céfoxitine (colonies vertes ou roses)– leurs limites
Bacillus cereus, entérobactéries R C3G
– Caractères biochimiques spécifiques ? Non !• Clumping factor
– S. intermedius, S. lugdunensis , S.schleiferi/schleiferi– autoagglutination si on part d'un milieu hypersalé et pour– S.saprophyticus, Microcoque, Acinetobacter
• Coagulase– S.intermedius, S. schleiferi coagulans, S. hyicus– P.aeruginosa, Serratia, Bacillus subtilis
• DNAse– S.intermedius, S. schleiferi coagulans, S. hyicus
• Proteine A– S. schleiferi coagulans, S. hyicus, S.intermedius,
Comprendre les erreursQualité de l'identification de S.aureus
les faux amis de S. aureus existent
• bonne connaissance des milieux de culture utilisés
• il est recommandé d’utiliser deux tests pour l’identification de S. aureus : la détection de la coagulase et un test d’agglutination. Toute discordance entre les deux devra conduire à une identification biochimique
réf : Y Brun, M Bes, Les Staphylocoques, in Précis de Bactériologie Clinique" J Freney et al ,ed Eska
• Contrôle de pureté d'un antibiogramme – SA sensible + contaminant R oxacilline = faux positif
• Résistance hétérogène à l'oxacilline = faux négatif
– tester la cefoxitine qui est un meilleur substrat
• Interprétation de l'antibiogramme :– résistance oxacilline n'est plus systématiquement associée
à une multi résistance aux autres antibiotiques, et vis versa– ne pas "transformer en SARM" toutes les souches multiR
– à l'inverse ne pas négliger une résistance isolée
Comprendre les erreurs Qualité de l'antibiogramme
0
20
40
60
80
100
120
0,5 1 2 4 8 16 32 64
SASM
SARM
0
20
40
60
80
100
120
0,5 1 2 4 8 16 32 64
SASM
SARM
0
20
40
60
80
100
120
0,5 1 2 4 8 16 32 64
SASM
SARM
moxalactamcefoxitine
oxacilline
cefoxitine plus stableque latamoxef
Conclusion
sed
perseverare diabolicum !!L. A. Sénèque
