Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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République Algérienne Démocratique et Populaire
Ministère de la Santé, de la Population et de la Réforme Hospitalière
Ministère de l’Agriculture et du Développement Rural
Réseau Algérien de la Surveillance de la Résistance des Bactéries aux Antibiotiques
STANDARDISATION DE L’ANTIBIOGRAMME
A L’ECHELLE NATIONALE
(MEDECINE HUMAINE ET VETERINAIRE)
Document édité avec la collaboration de l’OMS
6ème Edition
2011
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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Editions précédentes :
Fascicules de Standardisation de l’Antibiogramme à l’échelon national:
En Médecine Humaine En Médecine Vétérinaire
1ère édition
2ème édition
3ème édition
4ème édition
5ème édition
1999
2001
2003
2005
2008
1ère édition
2ème édition
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4ème édition
2001
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2005
2008
Fascicules de Surveillance de la Résistance des Bactéries aux Antibiotiques:
1ère édition
2ème édition
3ème édition
4ème édition
5ème édition
6ème édition
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2000
2001
2002
2003
2004
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08ème édition
09ème édition
10ème édition
11ème édition
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2006
2007
2009
2010
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« Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale selon les recommandations
de l’OMS » 2002.
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Comité d’organisation :
K. Rahal (Institut Pasteur d’Algérie - Alger) A. Benslimani (EHS Dr Maouche - Alger) H. Tali-Maamar (Institut Pasteur d’Algérie - Alger) M. F. K. Missoum (Institut National de Santé publique - Alger) S. Kechih- Bounar (LVR Draa Ben Khedda- Tizi Ouzou) H. Ammari (CHU Béni Messous - Alger)
Comité des experts médicaux:
W. Amhis (EPH Bologhine- Alger) H. Ammari (CHU Béni Messous - Alger) R. Belouni (CHU Blida - Blida) N. Benamrouche (Institut Pasteur d’Algérie - Alger) A. Benslimani (EHS Dr Maouche - Alger) M. N.Ouar - Korichi (EHS El Hadi Flici - Alger) R.Laliam- Zenati (Institut Pasteur d’Algérie - Alger) A. S. Merad (Institut Pasteur d’Algérie - Alger) M. Naim (Hôpital Central de l’Armée - Alger) M. F. K. Missoum (Institut National de Santé Publique - Alger) K. Rahal (Institut Pasteur d’Algérie - Alger) F. Smati (CHU Constantine - Constantine) H. Tali-Maamar (Institut Pasteur d’Algérie - Alger)
Comité des experts vétérinaires:
A. Aboun (Institut Pasteur d’Algérie – Alger- Annexe de Kouba) S. Bait (LVR Laghouat- Laghouat) N. Belguendouz (LVR El Tarf- El Tarf) S. Benbernou (LVR Mostaghanem- Mostaghanem) S. Benelkadi (LCV El Harrach- Alger) S. Kechih-Bounar (LVR Draa Ben Khedda- Tizi Ouzou) H. Koutchoukali (LVR Constantine- Constantine) S. Ouali Chaouche (LVR Tlemcen- Tlemcen)
Collaboration technique :
M. Bouheraoua (Institut Pasteur d’Algérie - Alger) R. Laliam - Zenati (Institut Pasteur d’Algérie - Alger) C. Mahieddine (Institut Pasteur d’Algérie - Alger)
Corrigé par :
H. Ammari (CHU Beni Messous- Alger) A. Benslimani (EHS Dr Maouche - Alger) K. Rahal (Institut Pasteur d’Algérie - Alger) H. Tali-Maamar (Institut Pasteur d’Algérie - Alger) S. Kechih- Bounar (LVR Draa Ben Khedda- Tizi Ouzou)
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Sommaire
Préambule 11
I. Médecine humaine 13
Liste des antibiotiques à tester 15
Techniques 23
1. Antibiogramme par diffusion des disques 25
2. Détermination de la CMI 28
2.1- Technique de dilution en gélose 31
2.2- Technique de dilution en milieu liquide 33
2.3- Technique du E-test 36
3. Tests complémentaires 39
4. Recherches particulières 65
5. Autres bactéries 79
Automatisation des tests de sensibilité aux antibiotiques 95
Contrôle de qualité de l’antibiogramme 107
Recommandations et suggestions 117
Whonet 5.6 123
II. Médecine vétérinaire 129
Liste des antibiotiques à tester 131
III. Références bibliographiques 137
IV. Annexes 141
V. Tables de lecture en médecine humaine 157
VI. Tables de lecture en médecine vétérinaire 179
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β-LACTAMINES
Pénicilline Oxacilline Cloxacilline Ampicilline Amoxicilline Amoxicilline+Ac.clavulanique Ticarcilline Ticarcilline +Ac.clavulanique Pipéracilline Céfalexine Céfazoline Céfalotine Céfpirome Céfoxitine Céfotaxime Céfotétan Céfotétan+400µg Ac boronique Céftiofur Céftriaxone Céftazidime Cloxacilline Aztréonam Imipénème Céfuroxime Pipéracilline+ tazobactam Céftazidime+ac clavulanique Acide clavulanique Imipénème+EDTA Méropénème Ertapénème
PEN OXA
CLOX AMP AMX AMC
TIC TCC PIP LEX CZO CEF CPO FOX CTX CTT
CTT+bor TIO
CRO CAZ
CLOXA ATM IPM
CXM TAZ
CAZ CLAV AC
IM+ED MER ERT
AMINOSIDES
Gentamicine Gentamicine Haut niveau Streptomycine Streptomycine Haut niveau Kanamycine Amikacine Tobramycine Nétilmicine Spectinomycine Néomycine
GEN GEH STR STH KAN AMK TOB NET SPT NEO
CYCLINES
Tétracycline
Doxycycline TCY
DOX
MACROLIDES
Erythromycine
Azithromycine
Clindamycine
Pristinamycine
Spiramycine
Tilmicosine
ERY
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PHENICOLESChloramphénicol CHL
POLYPEPTIDES
Colistine COL
GLYCOPEPTIDES
Vancomycine Teicoplanine
VAN TEC
SULFAMIDES ET ASSOCIES
Triméthoprime Triméthoprime+ sulfaméthoxazole
TMP SXT
QUINOLONES
Acide nalidixique Ofloxacine Ciprofloxacine Lévofloxacine
NAL OFX CIP LVX
NITROFURANTOINES
Furanes NIT
AUTRES
Acide fusidique Rifampicine Fosfomycine
FUS RIF FOS
Autres abréviations
Céphalosporines de 1ère
génération C1G
Quinolones QUI
Ethylène- diamino-tétra-acétique EDTA
Acide dipicolinique DPA
Acide boronique BOR
Mueller- Hinton MH
Mueller- Hinton liquide ajusté en cations MHLAC
Mueller- Hinton base ajusté en cations MHBAC
Mac Farland MF
Inhibiteur de β-lactamase IBL
Hautement chargé HC
Pneumocoque de sensibilité diminuée à
la pénicilline
PSDP
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Liste desTableaux
Tableau 1 Liste des antibiotiques à tester pour les bactéries non exigeantes 17
Tableau 2 Liste des antibiotiques à tester pour les bactéries exigeantes 18
Tableau 3 Résistances naturelles chez les entérobactéries 19
Tableau 4 Résistances naturelles chez les bacilles à Gram négatif non fermentaires 20
Tableau 5 Technique d’antibiogramme (diffusion de disques antibiotiques) 27
Tableau 6 Souches de contrôle de qualité de l’antibiogramme 28
Tableau 7 Techniques de détermination de la CMI pour certaines bactéries selon les recommandations du CLSI 29
Tableau 8 Techniques de détermination de la CMI des antibiotiques pour les bactéries à croissance difficile ou rarement incriminées (CLSI M100-S21 et M45) 30
Tableau 9 Schéma pour la préparation des dilutions d’antibiotiques 33
Tableau 10 Schéma du mode opératoire (CMI par technique de dilution en milieu liquide) 35
Tableau 11 Tableau récapitulatif des différentes recherches complémentaires 41
Tableau 12 Recherche de la résistance à l’oxacilline et interprétation des tests (méthode de diffusion des disques) 41
Tableau 13 Techniques utilisées pour la recherche de la résistance à l’oxacilline 42
Tableau 14 Interprétation des tests de recherche de la résistance à l’oxacilline 43
Tableau 15 Recherche de S.pneumoniae de sensibilité diminuée aux β-lactamines 47
Tableau 16 Valeurs critiques pour les CMI de S.pneumoniae 49
Tableau 17 Préparation des boîtes de cloxacilline (ou oxacilline) 55
Tableau 18 Phénotypes de résistance en fonction des différentes BLSE 57
Tableau 19 Phénotypes de résistance des souches synthétisant des céphalosporinases 67
Tableau 20 Classification des carbapénèmases 74
Tableau 21 Phénotypes de résistance en fonction des différentes carbapénèmases 74
Tableau 22 Liste des antibiotiques à tester pour les autres bactéries 81
Tableau 23 CMI des macrolides, ofloxacine et triméthoprime+sulfaméthoxazole pour B. pertussis et B. parapertussis 85
Tableau 24 Valeurs limites des CMI de la souche de référence utilisée pour le contrôle de qualité des CMI de Brucella spp. 88
Tableau 25 Pourcentage de résistance des Bacteroïdes du groupe fragilis isolés en 2008 93
Tableau 26 Automates permettant l’identification des germes et leur antibiogramme 98
Tableau 27 Liste des antibiotiques testés par Microscan Walkaway SI par groupe de germes 99
Tableau 28 Liste des antibiotiques testés par Vitek 2 Compact par groupe de germes 100
Tableau 29 Liste des antibiotiques testés par Phoenix par groupe de germes 101
Tableau 30 Liste des antibiotiques testés par Vitek 2 compact (en médecine vétérinaire) 102
Tableau 31 Liste des groupes de germes identifiés en fonction des automates 103
Tableau 32 Souches de référence pour le contrôle de qualité interne (suivant les recommandations du fabricant) en fonction des automates 104
Tableau 33 Liste des tests utilisés en fonction des automates 105
Tableau 34 Liste des extensions des fichiers Whonet pour les laboratoires membres du réseau 127
Tableau 35 Liste des antibiotiques utilisés sur le terrain 133
Tableau 36 Liste des antibiotiques à tester pour les bactéries non exigeantes 136
Tableau 37 Liste des antibiotiques à tester pour les bactéries exigeantes 136
Tableau 38 Liste des solvants pour la préparation des solutions antibiotiques 144
Tableau 39 Molécules utilisées en médecine humaine et vétérinaire 145
Tableau 40 Prélèvements effectués et principaux germes recherchés 148
Tableau 41 Prélèvements à réaliser et pathologies suspectées 151
Tableau 42 Prélèvements à réaliser et pathologies suspectées 152
Tableau 43 Nature du prélèvement en fonction de la maladie suspectée 153
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Liste des Figures
Figure 1 Production de β- lactamase chez Haemophilus spp. par technique microbiologique (test du trêfle)
46
Figure 2 CMI de la pénicilline G d’une souche de S.pneumoniae (technique du E-test) 48
Figure 3 Souche de Klebsiella pneumoniae productrice de β- lactamase à spectre élargi 51
Figure 4 Souche de Pseudomonas aeruginosa productrice de β- lactamase à spectre élargi 53
Figure 5 Klebsiella pneumoniae productrice de BLSE 54
Figure 6 Test à la cloxacilline sur une souche de Klebsiella pneumoniae 55
Figure 7 Souche de P.stuartii codant pour une bla VEB-1 56
Figure 8 Algorithme décisionnel pour l’étude de la sensibilité des staphylocoques aux glycopeptides 60
Figure 9 Schéma expliquant la disposition des disques d’antibiotiques et les distances entre chacun d’eux pour la détection des céphalosporinases 68
Figure 10 Recherche des céphalosporinases par la méthode des 2 disques de céfoxitine et céfotétan avec inhibiteur 69
Figure 11 Comparaison entre le test de confirmation pour les BLSE et le test à l’acide boronique pour la détection des AmpC 71
Figure 12 Recherche des β- lactamases (BLSE et AmpC) 72
Figure 13 Recherche de céphalosporinases à partir de l’extrait enzymatique 73
Figure 14 P.aeruginosa producteur de carbapénèmase de type B 76
Figure 15 Test de Hodge modifié 77
Figure 16 Schéma proposé par Rosco pour la détection des carbapénèmases KPC, métallo-β- lactamases et oxacillinases 77
Figure 17 Protocole de surveillance des tests de contrôle de qualité 113
Figure 18 Utilisation du logiciel WHONET dans le monde en mai 2011 125
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Liste des Tables de Lecture
Table 1 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Entérobactéries 159
Table 2 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour P.aeruginosa 160
Table 3 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Acinetobacter spp. 161
Table 4 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Staphylococcus spp. 162
Table 5 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Enterococcus spp. 164
Table 6 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Vibrio cholerae 165
Table 7 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Haemophilus spp. 166
Table 8 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour les Streptococcus spp. Groupe viridans (autres que S.pneumoniae) 167
Table 9 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Streptococcus spp. Groupe β- hémolytiques 168
Table 10 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Streptococcus pneumoniae 169
Table 11 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Neisseria gonorrhoeae 170
Table 12 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Neisseria meningitidis 171
Table 13 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition pour les souches de référence utilisées pour le contrôle de qualité 172
Table 14 Valeurs critiques des CMI pour Yersinia pestis 174
Table 15 Valeurs critiques des CMI pour Campylobacter spp. 175
Table 16 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition pour Helicobacter pylori. 176
Table 17 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition pour Anaérobies strictes. 176
Table 18 Valeurs critiques des CMI pour Brucella spp. 177
Table 19 Valeurs critiques des CMI pour Corynebacterium spp. 177
Table 20 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition pour Pasteurella spp. 178
Table 21 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Entérobactéries (Médecine vétérinaire) 181
Table 22 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour P.aeruginosa (Médecine vétérinaire) 183
Table 23 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Staphylococcus spp. (Médecine vétérinaire) 184
Table 24 Valeurs critiques de la céfoxitine pour la detéction de souches de Staphylococcus spp. et aureus méticillino résistantes. (Médecine vétérinaire) 185
Table 25 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Enterococcus spp. (Médecine vétérinaire) 186
Table 26 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Streptococcus spp. Groupe viridans. (Médecine vétérinaire) 187
Table 27 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Haemophilus spp. (Médecine vétérinaire) 188
Table 28 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Pasteurellaceae (Médecine vétérinaire) 189
Table 29 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Campylobacter jejuni et Campylobacter coli (Médecine vétérinaire) 190
Table 30 Valeurs critiques des CMI pour Listeria spp. (Médecine vétérinaire) 190
Table 31 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition pour les souches de référence utilisées pour le contrôle de qualité (En médecine vétérinaire) 191
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Préambule
L’un des rôles dévolu à la pratique bactériologique quotidienne est de guider le clinicien
ou le vétérinaire dans le choix d’un antibiotique pour traiter une infection bactérienne. Ce choix
est rendu possible grâce aux données fournies par le test de sensibilité aux antibiotiques selon
les techniques de diffusion en milieu gélosé ou par des automates.
Ces données peuvent également être exploitées pour la surveillance des résistances
bactériennes aux antibiotiques.
Après avoir participé à l’OMS (Genève) en 1994 à l’élaboration des règles de standardisation de
l’antibiogramme : « Lignes directrices pour le contrôle de la sensibilité aux antimicrobiens à
l’intention des laboratoires de niveau intermédiaire situés dans des pays aux ressources
limitées », nous avons appliqué les techniques préconisées par le CLSI (Clinical Laboratory
Standards Institute) recommandées par l’OMS et agréees par de nombreux pays.
La standardisation de la technique permet d’échanger des données grâce à un logiciel de saisie
et d’exploitation fourni par l’OMS : le WHONET, actuellement version 5.6.
En dehors du CLSI, il existe actuellement un Comité Européen dénommé EUCAST (European
Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) qui diffuse via internet des directives
concernant les tests de sensibilité aux antibiotiques.
Depuis 2010, les normes CLSI et EUCAST ont évolué en tenant compte de la
pharmacodynamie (PD) et de la pharmacocinétique (PK) des antibiotiques prescrits. En
effet, les antibiotiques de classes différentes se caractérisent par des propriétés
pharmacocinétiques et pharmacodynamiques distinctes qui doivent être prises en
considération pour une optimisation du traitement et une interprétation correcte des
réponses in vitro.
Le CLSI et l’EUCAST sont en concertation pour tenter d’unifier les techniques, les milieux, les
charges des disques et les valeurs critiques. Dans les années à venir, il y aura uniformisation des
règles applicables par tous les pays.
Il existe en Algérie un réseau de laboratoires chargé de la surveillance de la résistance des
bactéries aux antibiotiques, il est dénommé : Algerian Antimicrobial Resistance Network
(AARN). Son adresse Web est :
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En ce qui concerne les vétérinaires, nous avons remarqué que la majorité des données
concernaient les salmonelles isolées chez le poulet. Il a par conséquent été demandé aux
vétérinaires de rédiger des fiches techniques de prélèvements sur différents animaux. Ces fiches
techniques d’information sont jointes en annexe et seront destinées à tous les vétérinaires.
Pour être efficaces les microbiologistes devraient saisir les données quotidiennement afin de
fournir chaque mois un état des lieux aux cliniciens et vétérinaires.
Dans ce fascicule seront traités les tests de sensibilité aux antibiotiques selon
la méthode classique et selon la technique automatisée en tenant compte des nouveaux
concepts d’interprétation des antibiogrammes (CLSI 2011). La partie vétérinaire sera traitée à
part.
Pr K. RAHAL
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MEDECINE HUMAINE
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LISTE DES ANTIBIOTIQUES A TESTER
Dr H. Tali-Maamar
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Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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RESISTANCES NATURELLES AUX ANTIBIOTIQUES DES PRINCIPALES
ESPECES BACTERIENNES
1- BACILLES A GRAM NEGATIF NON EXIGEANTS :
Pénicilline G, oxacilline, macrolides (érythromycine), lincosamides (lincomycine),
streptogramines (pristinamycine), acide fusidique, glycopeptides (vancomycine).
1.1- Entérobactéries :
Tableau 3 : Résistances naturelles chez les entérobactéries
Bactérie AMP/AMX AMC TIC/PIP C1G FOX GEN TCY COL NIT
Klebsiella spp. R R
C.koseri R R
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E.cloacae R R R R
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S.marcescens R R R R
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Y.enterocolitica R R R R R
R : résistance naturelle
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1.2- Autres Bacilles à Gram négatif non exigeants :
Pseudomonas aeruginosa : aminopénicillines, céphalosporines 1ère et 2ème génération,
céfotaxime, céftriaxone, kanamycine, tétracyclines, chloramphénicol, triméthoprime,
quinolones.
Acinetobacter baumannii, Acinetobacter calcoaceticus : aminopénicillines, céphalosporines
1ère et 2ème génération, fosfomycine, triméthoprime, furanes.
Autres BGN non fermentaires : aminopénicillines, céphalosporines 1ère et 2ème générations
et ertapénème.
Tableau 4 : Résistances naturelles chez les bacilles à Gram négatif non fermentaires
Bactéries TIC TCC PIP CTX CAZ IPM QUI CHL TMP FOS COL
S.maltophilia R R R R R R
B.cepacia R R R R R R R R
A.denitrificans R
C.meningosepticum R R R R R R R R
O.anthropi R R R R R
R : résistance naturelle
Aeromonas
Aminopénicillines (sauf Aeromonas trota), céphalosporines de 1ère et de 2ème génération (sauf
Aeromonas veronii), ertapénème.
2- BACILLES A GRAM NEGATIF EXIGEANTS
Haemophilus : macrolides (cycle à 16 atomes : spiramycine, josamycine, midécamycine), lincosamides.
3- COQUES A GRAM POSITIF
Mécillinam, aztréonam, quinolones, colistine.
Staphylococcus saprophyticus : fosfomycine, novobiocine.
Staphylococcus cohnii et Staphylococcus xylosus : novobiocine, lincomycine.
Micrococcus : furanes.
Streptococcus (dont Streptococcus pneumoniae) : aminoglycosides (bas niveau), péfloxacine.
Enterococcus : oxacilline, céphalosporines, ertapénème, aminoglycosides (bas niveau), péfloxacine, fosfomycine (bas niveau), sulfamides.
Enterococcus faecalis : lincosamides, streptogramines A.
Enterococcus faecium : Imipénème.
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Enterococcus gallinarum - Enterococcus casseliflavus / flavescens : vancomycine.
Pediococcus – Leuconostoc : glycopeptides.
4- BACILLES A GRAM POSITIF
Mécillinam, aztréonam, colistine, quinolones.
Listeria monocytogenes : oxacilline, céphalosporines, lincosamides, fosfomycine, fluoroquinolones (bas niveau).
Bacillus cereus : pénicilline G, amino et carboxy- pénicillines, céphalosporines.
5- COQUES A GRAM NEGATIF
Neisseria : triméthoprime, glycopeptides;
Neisseria meningitidis - Neisseria gonorrhoeae : lincosamides, colistine,
Branhamella catarrhalis : lincosamides, triméthoprime.
Moraxella : triméthoprime.
6- BACTERIES ANAEROBIES STRICTES
Aminosides, aztréonam (sauf Fusobacterium), triméthoprime, quinolones.
Bacteroides du groupe fragilis : aminopénicillines, céphalosporines 1èregénération, colistine, polymyxine B, glycopeptides, fosfomycine.
Prevotella : glycopeptides, fosfomycine.
Porphyromonas : fosfomycine, colistine, polymyxine B.
Clostridium difficile : céphalosporines, clindamycine.
Clostridium innocuum : vancomycine (bas niveau).
Actinomyces – Propionibacterium : céphalosporines 1ère génération, nitro-imidazolés.
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23
TECHNIQUES
Pr A. Benslimani
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1. ANTIBIOGRAMME PAR DIFFUSION DES DISQUES
1.1- Milieu pour antibiogramme :
� Il doit être coulé en boîtes de Petri sur une épaisseur de 4 mm
� Les géloses doivent être séchées avant l’emploi
1.2- Préparation de l’inoculum :
� A partir d’une culture pure de 18 à 24 h sur milieu d’isolement approprié, racler à l’aide
d’une anse de platine quelques colonies bien isolées et parfaitement identiques. Dans le
cas de Streptococcus spp. et d’Haemophilus spp. utiliser un écouvillon pour prélever plus
facilement les colonies bactériennes.
� Bien décharger l’anse ou l’écouvillon dans 5 à 10 ml d’eau physiologique stérile à 0,9%.
Dans le cas de Neisseria gonorrhoeae, décharger l’anse dans 1 à 2 ml de tampon
phosphate stérile à pH 7,2.
� Bien homogénéiser la suspension bactérienne, son opacité doit être équivalente à
0,5 MF ou à une D.O. de 0,08 à 0,10 lue à 625 nm. L’utilisation d’un densitomètre est
fortement souhaitable.
� La suspension bactérienne à 0,5 MF doit être diluée au 1/10ème dans le cas où l’on teste
des molécules à charge SFM (c'est-à-dire des antibiotiques pour lesquels il n’existe pas
encore de critères d’interprétation dans la technique CLSI).
1.3- Ensemencement :
� Tremper un écouvillon stérile dans l’inoculum.
� L’essorer en le pressant fermement (et en le tournant) contre la paroi interne du tube,
afin de décharger au maximum.
� Frotter l’écouvillon sur la totalité de la surface gélosée, sèche, de haut en bas, en stries
serrées.
� Répéter l’opération 2 fois, en tournant la boîte de 60° à chaque fois, sans oublier de faire
pivoter l’écouvillon sur lui-même. Finir l’ensemencement en passant l’écouvillon sur la
périphérie de la gélose.
� Dans le cas où l’on ensemence plusieurs boîtes de Petri, il faut recharger l’écouvillon à
chaque fois.
1. 4- Application des disques d’antibiotiques :
� Il est préférable de ne pas mettre plus de 6 disques d’antibiotique sur une boîte de
90 mm.
� Pour les bactéries exigeantes (Streptococcus spp. , Neisseria gonorrhoeae, Neisseria
meningitidis, Haemophilus spp…..), ne pas mettre plus de 4 disques par boîte de 90 mm.
� Presser chaque disque d’antibiotique à l’aide de pinces bactériologiques stériles et ne
pas déplacer les disques après application.
La liste des antibiotiques à tester selon la bactérie isolée, figure dans les tableaux n° 1 et 2.
1.5- Conditions d’incubation :
Respecter la température, l’atmosphère et la durée d’incubation recommandées pour chaque
bactérie (voir tableau n°5).
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1.6- Lecture :
� Mesurer avec précision les diamètres des zones d’inhibition à l’aide d’un pied à coulisse.
� Pour les bactéries testées sur Mueller-Hinton simple, les mesures seront prises en
procédant par transparence à travers le fond de la boîte de Petri fermée.
� Pour les bactéries testées sur Mueller-Hinton au sang, les mesures de diamètres de
zones d’inhibition seront prises, boîte de Petri ouverte et bien éclairée.
� Comparer les résultats obtenus, aux valeurs critiques figurant dans les tables de lecture
correspondantes.
Classer la bactérie dans l’une des catégories S, R ou I.
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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1.7- Contrôle de qualité :
Pour chaque espèce bactérienne testée, un contrôle de qualité est réalisé dans les mêmes conditions de test et d’incubation (voir tableau n°6).
Tableau 6: Souches de contrôle de qualité de l’antibiogramme
Microorganismes Souche de référence ATCC
Entérobactéries Escherichia coli ATCC 25922
Staphylococcus spp. Staphylococcus aureus ATCC 25923
Staphylococcus aureus ATCC 29213
Staphylococcus aureus ATCC 43300
Pseudomonas spp.
Acinetobacter spp.Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853
Enterococcus spp. Staphylococcus aureus ATCC 25923
Enterococcus faecalis ATCC 29212
Vibrio cholerae et Vibrio spp. Escherichia coli ATCC 25922
Haemophilus spp. Haemophilus influenzae ATCC 49247
Streptococcus spp. Groupe viridans
Pasteurella spp.
Streptococcus spp. Groupe β-hémolytique
Streptococcus pneumoniae ATCC 49619
Neisseria gonorrhoeae Neisseria gonorrhoeae ATCC 49226
Neisseria meningitidis Streptococcus pneumoniae ATCC 49619
Campylobacter spp. Staphylococcus aureus ATCC 25923 35-37°C 16-18h atmosphère ordinaire
2. DETERMINATION DE LA CMI :
Dans le cas de Neisseria meningitidis, Streptococcus spp. Groupe viridans, Streptococcus pneumoniae et Listeria monocytogenes, la technique de l’antibiogramme n’est pas validée pour certaines molécules antibiotiques. Pour ces molécules, la sensibilité de ces germes est appréciée uniquement par la détermination de la CMI, soit par la technique de référence, soit par une technique autre, recommandée par des travaux publiés. Ces techniques sont résumées dans le tableau n°7.
Certaines bactéries à croissance difficile et/ou rarement incriminées dans les infections ont fait l’objet d’une standardisation de la technique d’étude de la sensibilité aux antibiotiques selon les recommandations du CLSI (M100 - S21 et M45-A).
La technique de diffusion des disques n’est pas validée pour ces germes. La technique recommandée est la détermination de la CMI par dilution en milieu Mueller-Hinton liquide ajusté en cations. Ce milieu est supplémenté de 2,5 à 5% v/v de sang de cheval lysé et parfois de facteurs de croissance selon les espèces bactériennes testées. La technique de CMI pour les bactéries particulières est résumée dans le tableau n°8.
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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Tableau 8:Tableau 8:Tableau 8:Tableau 8: Techniques de détermination de la CMI des antibiotiques pour les bactéries à
croissance difficile ou rarement incriminées (CLSI M100 IS21 et M45)
Microorganismes Milieux Conditions
d’incubation Souches de référence
Autres techniques validées (réf bibliographique)
Abiotrophia spp. Granulicatella spp.
MHLAC + 2.5I5% sang de cheval lysé + 0.001% PyridoxalIHCL
20I24H 35°C atm ordinaire
S.pneumoniae ATCC 4V61V
Aucune
Bacillus spp. Autre que B.anthracis
MHLAC 16I20H 35°C atm ordinaire
S.aureus ATCC 2V213 CMI par dilution en gélose MH (CAISFM)
Corynebacterium spp.
MHLAC + 2.5I5% de sang de cheval lysé
24I48H 35°C atm ordinaire
S.pneumoniae ATCC 4V61V E.coli ATCC 25V22 pour Gentamicine
I Antibiogramme(CAISFM) I EITest
Erisypelothrix rhusiopathiae
MHLAC + sang de cheval lysé (2.5I5% v/v)
20I24 H 35°C atm ordinaire
S.pneumoniae ATCC 4V61V
Aucune
HACCEK* MHLAC + sang de cheval lysé (2.5I5% v/v)
24I48H 35°C Sous C02
S.pneumoniae ATCC 4V61V
IH : antibiogrammeI EItest IA : EItest IC : antibiogrammeI EItest ICapnocytophaga : EITest IE : antibiogrammeI EItest IK : antibiogrammeI EItest
Lactobacillus spp. MHLAC + sang de cheval lysé (2.5I5% v/v)
20I24 H 35°C atm ordinaire
S.pneumoniae ATCC 4V61V E.coli ATCC 25V22 pour Gentamicine
EITest sauf aminosides (5)
Leuconostoc spp. MHLAC + sang de cheval lysé (2.5I5% v/v)
20I24 H 35°C atm ordinaire
S.pneumoniae ATCC 4V61V E.coli ATCC 25V22 pour Gentamicine
I Antibiogramme IEITest (sauf aminosides) (5)
Moraxella catarrhalis
MHLAC 20I24 H 35°C atm ordinaire
S.aureus ATCC2V213 Antibiogramme (5)
Pediococcus spp. MHLAC + sang de cheval lysé (2.5I5% v/v)
20I24 H 35°C atm ordinaire
S.pneumoniae ATCC 4V61V E.coli ATCC 25V22 pour Gentamicine
I CMI par dilution en gélose IEITest (sauf aminosides) Iantibiogramme (5)
Brucella Brucella Brucella Brucella spp.spp.spp.spp. MHLAC + sang de MHLAC + sang de MHLAC + sang de MHLAC + sang de cheval lysé cheval lysé cheval lysé cheval lysé (2.5(2.5(2.5(2.5IIII 5% v/v)5% v/v)5% v/v)5% v/v)
48 H 48 H 48 H 48 H 35°C±2 35°C±2 35°C±2 35°C±2 Sous C02Sous C02Sous C02Sous C02
Brucella melitensisBrucella melitensisBrucella melitensisBrucella melitensis ATCC ATCC ATCC ATCC
IIII EEEEIIII Test (miliTest (miliTest (miliTest (milieu MH + Sang eu MH + Sang eu MH + Sang eu MH + Sang de cheval, inoculum à de cheval, inoculum à de cheval, inoculum à de cheval, inoculum à 0,5MF) 0,5MF) 0,5MF) 0,5MF) IIIICMI par dilution en CMI par dilution en CMI par dilution en CMI par dilution en gélosegélosegélosegélose
Yersinia pestis Yersinia pestis Yersinia pestis Yersinia pestis MHLACMHLACMHLACMHLAC 24 24 24 24 IIII 48 H 48 H 48 H 48 H 35°±235°±235°±235°±2
E.coliE.coliE.coliE.coli ATCC 25V22 ATCC 25V22 ATCC 25V22 ATCC 25V22 AucuneAucuneAucuneAucune
Bacillus anthracis Bacillus anthracis Bacillus anthracis Bacillus anthracis MHLACMHLACMHLACMHLAC 16161616IIII 20 H 20 H 20 H 20 H 35°±235°±235°±235°±2
E.coliE.coliE.coliE.coli ATCC 25V22 ATCC 25V22 ATCC 25V22 ATCC 25V22 S.aureuS.aureuS.aureuS.aureussss ATCC 2V213 ATCC 2V213 ATCC 2V213 ATCC 2V213
AucuneAucuneAucuneAucune
Lignes grisées : manipulations en laboratoire de niveau de sécurité 2 ou 3
HACCEK* : Haemophilus, Actinobacillus, Capnocytophaga, Cardiobacterium, Eikenella et Kingella
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2.1- Technique de dilution en gélose :
a- Milieu de culture :
- Milieu Mueller-Hinton en gélose
- Il est liquéfié par ébullition puis maintenu à la température de surfusion (45°C) jusqu’au moment de l’emploi.
- Il peut être supplémenté en sang frais ou autres en fonction des microorganismes testés : voir tableaux 7 et 8.
b- Préparation des boîtes de dilutions d’antibiotique (voir tableau n°9) :
� Peser 51,20 mg de poudre titrée d’antibiotique. Diluer dans le volume de solvant approprié pour obtenir une concentration stock de 5120 µg/ml (solution-mère).
� Procéder aux dilutions semi-logarithmiques de raison 2 (de demi en demi), dans le solvant aproprié, jusqu’à la concentration finale de 1,25 µg/ml.
� Répartir 2 ml de chaque dilution d’antibiotique, dans la boîte correspondante en procédant de la plus faible concentration à la concentration la plus élevée. Ne pas changer de pipette.
� Compléter chaque boîte avec 18 ml de milieu Mueller-Hinton liquéfié et homogénéiser délicatement, sans faire de bulle, le contenu des boîtes par des mouvements circulaires. La dilution obtenue (1/10ème) dans chaque boîte aboutit à une concentration finale allant de 512 µg/ml à 0,125 µg/ml. La gamme de dilution peut être etendue selon les valeurs souhaitées.
� Préparer une boîte témoin sans antibiotique en remplaçant le volume d’antibiotique par le même volume d’eau physiologique stérile.
� Après solidification, sécher les boîtes, couvercle en place, pendant 30 mn.
c- Préparation de l’inoculum bactérien :
� Préparer un inoculum standard à une turbidité de 0,5 MF, ce qui correspond à 1-2.108 CFU/ml en moyenne. Utiliser l’eau physiologique (eau ø) à 0,9% pour la préparation de la suspension directe à partir d’une culture jeune de la bactérie à tester.
� Déposer sous forme de spots à la surface de la gélose, 104 CFU/ml par spots de 5 à 8 mm.
� Si on utilise un applicateur de 2µl par spot, diluer l’inoculum au 1/10ème en eau physiologique.
� Si on utilise un applicateur de 0,1 à 0,2µl par spot, ne pas diluer l’inoculum de départ (0,5 MF).
d- Dépôt des spots bactériens :
� Déposer les spots dans les 15 mn suivant la préparation de l’inoculum.
� Marquer la boîte de dilution d’antibiotique pour localiser et identifier chaque spot.
� Appliquer chaque spot sur la gélose, en utilisant un appareil de Steers, une anse calibrée ou une pipette automatique à cône stérile.
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� Commencer par la boîte témoin, puis déposer les spots sur les différentes boîtes en allant de la plus faible concentration à la concentration la plus élevée. Terminer en appliquant les spots sur une 2ème boîte témoin.
� Etaler une goutte de chaque souche testée, sur une gélose non sélective et incuber une nuit (détection des cultures mixtes, obtention d’une culture jeune).
e- Incubation :
� Laisser les boîtes à température ambiante, couvercle vers le haut, jusqu’à absorption de l’humidité (séchage des spots, pas plus de 30 mn).
� Renverser les boîtes et incuber à 35°C±2 pendant 16-20 heures.
� Ne pas incuber en atmosphère à forte concentration de C02 si cela n’est pas recommandé (le C02 perturbe le pH du milieu).
� Incuber Neisseria meningitidis et Streptococcus spp. dans une atmosphère contenant 5% de C02.
f- Lecture des CMI :
� Placer les boîtes sur une surface sombre, non réflective
� Noter la CMI (la plus faible concentration d’antibiotique inhibant toute croissance bactérienne visible).
� Ne pas prendre en considération 2 colonies ou un léger film
� Si on note plus de 2 colonies persistantes ou si l’on constate une réapparition de la culture au-delà de la CMI, vérifier la pureté de l’inoculum et refaire le test.
� Comparer les résultats obtenus, aux valeurs critiques figurant dans les tables de lecture correspondantes.
� Classer la bactérie dans l’une des catégories S, R ou I.
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Tableau 9 : Schéma pour la préparation des dilutions d’antibiotique
Etape Concentration
(µg/ml)
ATB
(ml)
Diluant
(ml)
Concentration
intermédiaire
Concentration
finale dans la
gélose (µg/ml)
Solution mère 5120 5120 512
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3
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7
5
2,5
1,25
0,5
0,25
0,125
2.2- Technique de dilution en milieu liquide :
a- Milieu de culture :
� C’est le Mueller-Hinton liquide, recommandé pour tester les microorganismes couramment isolés, à croissance rapide, aérobies ou aérobie-anaérobies facultatifs.
� Le milieu MH liquide est ajusté en cations (MHLAC)
� Le MHLAC est supplémenté avec 2.5 à 5% (v/v) de sang hémolysé de cheval (voir mode de préparation en annexe) pour la croissance des bactéries difficiles ou d’isolement peu courant.
b- Gamme des dilutions d’antibiotique :
� Dissoudre 10,24 mg de poudre titrée d’antibiotique dans le volume adéquat du solvant correspondant, pour obtenir une solution mère à 1024 µg/ml.
� Répartir dans des tubes stériles le milieu MHLAC supplémenté ou non, à raison de 0,25 ml par tube ou bien à raison de 25 µl par cupule en microplaque à fond rond.
� Réaliser à partir de la solution mère, les dilutions semi-logarithmiques de raison 2 ; on obtient des concentrations intermédiaires allant de 512 µg/ml à 0,063 µg/ml (voir tableau n°10).
c- Préparation de l’inoculum bactérien :
� Préparer a partir d’une culture pure de 48 heures, une suspension de la souche à étudier, dans 5 à 10 ml d’eau physiologique stérile (ou de bouillon MHLAC), d’une densité équivalente à 0,5 MF (108 CFU/ml)
� Diluer la suspension d’opacité 0,5 MF au 1/10ème pour distribuer un inoculum de 5.105 CFU/ml de germe dans chaque tube ou cupule.
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� Vérifier par ailleurs, la pureté de chaque souche en en effectuant l’isolement sur gélose non sélective.
d- Distribution de l’inoculum bactérien :
� Elle doit se faire dans les 15 mn suivant la préparation de l’inoculum
� Inoculer les tubes d’antibiotiques (ou les cupules de la microplaque) avec 50 µl de suspension bactérienne par tube (ou 5 µl par cupule).
� Pour chaque série, réaliser un témoin sans antibiotique (tube ou cupule).
e- Distribution du milieu MHLAC :
� Répartir dans les tubes 0.70ml de MHLAC (ou 70µl / cupule) ; la concentration d’antibiotique obtenue va ainsi de 128 µg/ml à 0.016 µg/ml.
f- Incubation :
� Recouvrir la plaque d’un couvercle en plastique (ou boucher les tubes)
� Les conditions d’incubation seront appliquées en fonction des germes testés (voir tableaux n°7 et 8).
g- Lecture :
� La CMI de chaque antibiotique correspond au 1er tube ou à la 1ère cupule CLAIRE (pas de culture par rapport au témoin sans antibiotique).
� Comparer la CMI lue, aux CMI critiques correspondantes à chaque antibiotique testé (tables de lecture).
� Classer les bactéries dans la catégorie R, I ou S selon le résultat.
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Tableau 10: Schéma du mode opératoire (CMI par technique de dilution en milieu liquide)
N°
tube
ou
cupule
Volume de la solution
d’antibiotique à rajouter
Concentration
intermédiaire
(μg /ml)
Volume MH
suplémenté
en sang ou
non
Inoculum
Concentration
finale/ tube ou
cupule
(vol final:1ml/tube
ou 100µµµµl /cupule)
1 0,25ml (ou 25 µl /cupule) de la solution à 1024μg/ml
512 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
128 μg/ml
2 0,25ml (ou 25 µl /cupule) de la solution à 512μg/ml
256 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
64 μg/ml
3 0,25ml (ou 25 µl /cupule) de la solution à 256μg/ml
128 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
32 μg/ml
4 0,25ml (ou 25 µl /cupule) de la solution à 128μg/ml
64 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
16 μg/ml
5 0,25ml (ou 25 µl /cupule) de la solution à 64μg/ml
32 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
8 μg/ml
6 0,25ml (ou 25 µl /cupule) de la solution à 32μg/ml
16 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
4 μg/ml
7 0,25ml (ou 25 µl /cupule) de la solution à 16μg/ml
8 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
2 μg/ml
8 0,25ml (ou 25 µl /cupule) de la solution à 8μg/ml
4 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
1 μg/ml
9 0,25ml (ou 25µl /cupule) de la solution à 4μg/ml
2 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube
(ou 5µl /cupule)
0,5 μg/ml
10 0,25ml (ou 25µl /cupule) de la solution à 2μg/ml
1 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
0,25 μg/ml
11 0,25ml (ou 25 µl /cupule) de la solution à 1μg/ml
0,5 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
0,125 μg/ml
12 0,25ml (ou 25 µl /cupule) de la solution à 0.5μg/ml
0,25 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
0,063 μg/ml
13 0,25ml (ou 25 µl /cupule) de la solution à 0,25μg/ml
0,125 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
0,032 μg/ml
14 0,25ml (ou 25 µl /cupule) de la solution à 0,125μg/ml
0,063 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
0,016 μg/ml
T 0,70 ml (ou 70µl)
50µl /tube (ou 5µl /cupule)
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2.3- Technique du E-Test :
C’est une technique de détermination de la CMI, validée pour les bactéries non exigeantes et
pour un certain nombre de bactéries exigeantes (voir tableaux n°7 et n°8).
a- Milieu :
� Il doit être coulé en boîtes de Petri sur une épaisseur de 4 mm
� Les géloses doivent être séchées avant l’emploi.
b- Préparation de l’inoculum :
� A partir d’une culture pure de 18 à 24 h sur milieu d’isolement approprié, racler à l’aide d’une anse de platine quelques colonies bien isolées et parfaitement identiques. Dans le cas de Streptococcus spp. et d’Haemophilus spp. utiliser un écouvillon pour prélever plus facilement les colonies bactériennes.
� Bien décharger l’anse ou l’écouvillon dans 5 à 10 ml d’eau physiologique stérile à 0,9%. Dans le cas de Neisseria gonorrhoeae, décharger l’anse dans 1 à 2 ml de tampon phosphate stérile à pH 7,2.
� Bien homogénéiser la suspension bactérienne, son opacité doit être équivalente à 0,5 MF ou à une D.O. de 0,08 à 0,10 lue à 625 nm. Ajuster le plus précisément possible. L’utilisation d’un densitomètre est fortement souhaitable.
� L’inoculum à 0,5 MF est dilué pour certaines bactéries (S.pneumoniae). Se référer aux recommandations du fournisseur.
c- Ensemencement :
� Tremper un écouvillon stérile dans l’inoculum.
� L’essorer en le pressant fermement (et en le tournant) contre la paroi interne du tube, afin de décharger au maximum.
� Frotter l’écouvillon sur la totalité de la surface gélosée, sèche, de haut en bas, en stries serrées.
� Répéter l’opération 2 fois, en tournant la boîte de 60° à chaque fois, sans oublier de faire pivoter l’écouvillon sur lui-même. Finir l’ensemencement en passant l’écouvillon sur la périphérie de la gélose.
� Dans le cas où l’on ensemence plusieurs boîtes de Petri, il faut recharger l’écouvillon à chaque fois.
� Ensemencer dans les mêmes conditions la (ou les) souches de référence (voir tableaux n°6, n°7 et n°8).
d- Dépôt de la bandelette E-test :
� Prélever la bandelette à l’aide de pinces bactériologiques préalablement flambées au bec Bunsen ; le contact avec les pinces doit se faire au niveau de l’extrémité marquée E ; à noter que l’utilisation d’un applicateur (à commander auprès du fournisseur de bandelettes E-test) est recommandée.
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� Déposer la bandelette délicatement sur la surface gélosée, en commençant par l’extrémité correspondant aux concentrations les plus faibles de l’antibiotique testé puis en progressant jusqu’aux concentrations les plus élevées. Eviter la formation de bulles d’air entre la gélose et la bandelette, une fois appliquée la bandelette ne peut être déplacée.
� A noter que l’on ne peut déposer qu’une ou deux bandelettes E-test au maximum par boîte de 90 mm de ø (risque de chevauchement des ellipses avec plus d’une bandelette).
� Laisser la boîte couvercle en haut pendant 15 mn au plus.
� Incuber la boîte dans les conditions requises selon la nature de la bactérie testée (voir tableaux n° 5, n°7 et n°8).
e- Lecture et interprétation :
� La CMI de l’antibiotique testé est lue à l’œil nu, boîte ouverte et bien éclairée.
� Elle correspond à la graduation, située à la jonction entre l’ellipse (dessinée par l’inhibition de la culture bactérienne) et la bandelette E-test.
� Contrôler la qualité du test par la CMI de la souche de référence. Se référer au tableau de lecture fourni au niveau du prospectus E-Test.
� Lire ensuite la CMI de la souche bactérienne testée.
� Se référer aux recommandations du fournisseur pour l’interprétation de cas ambigus (double zone).
� Comparer les résultats obtenus, aux valeurs critiques figurant dans les tables de lecture correspondantes.
� Classer la bactérie dans l’une des catégories S, R ou I.
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TESTS COMPLEMENTAIRES
Dr H. Ammari
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3-1 Recherche de la résistance de Staphylococcus spp. à l’oxacilline 3-2 Recherche de la β-lactamase 3-3 Détection des souches de S.pneumoniae de sensibilité diminuée aux β-actamines a. Antibiogramme b. CMI par bandelettes E-test c. Détermination de la CMI par la technique de dilution en milieu liquide 3-4 Recherche de la β-lactamase à spectre élargi (BLSE) chez les entérobactéries,
Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter spp.
a. Définition d’une BLSE
b. Quand rechercher une BLSE
c. Méthodes de détection de la BLSE
c.1. Test de synergie
c.2. Test de confirmation ou technique du double disque
c.3. Test à la cloxacilline
3-5 Recherche de Staphylococcus spp. de sensibilité diminuée aux glycopeptides
a. Etape de screening ou criblage
b. Test de confirmation
3-6 Recherche d’Enterococcus spp. de sensibilité diminuée aux glycopeptides
a. Critères de présomption ou d’alerte
b. Test de screening
c. Test de confirmation
d. Phénotypes de résistance
3-7 Détection d’Haemophilus spp. de sensibilité diminuée aux β- lactamines
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Pour certains antibiotiques ou familles d’antibiotiques, l’antibiogramme standard n’est pas suffisant et des tests complémentaires doivent être pratiqués avant une interprétation définitive.
Ces tests complémentaires sont résumés dans le tableau suivant :
Tableau 11 : Tableau récapitulatif des différentes recherches complémentaires
β-lactamase Résistance Oxacilline
Résistance Vancomycine
BLSE/Case/ IMPase
CMI BLNAR
Haemophilus spp. x x
Neisseria gonorrhoeae x
Branhamella x
Staphylococcus spp. x x x Oxacilline*
Vancomycine*
S.pneumoniae β-lactamines
Enterococcus spp. x x Vancomycine*
Entérobactéries x
P. aeruginosa x
Acinetobacter spp. x Nétilmicine colistine
* : En présence de signes d’alerte.
3.1- Recherche de la résistance de Staphylococcus spp. à l’oxacilline
Pour S. aureus, le disque de céfoxitine est comparable à celui de l’oxacilline pour détecter la résistance à l’oxacilline par production de PLP2a (gène mecA) ; cependant, le disque de céfoxitine est plus facile à lire et donc c’est la méthode préférée.
Pour S. lugdunensis et les autres staphylocoques à coagulase négative (SCN), le test à la céfoxitine doit être utilisé pour prédire la résistance à l’oxacilline.
En pratique, pour une meilleure détection de la résistance, les disques d’oxacilline (1µg)
et de céfoxitine (30µg) doivent être testés simultanément au niveau de l’antibiogramme
standard de S. aureus.
Tableau 12 : Recherche de la résistance à l’oxacilline et interprétation des tests (méthode de
diffusion des disques)
Oxacilline (1µg) Céfoxitine (30µg) Interprétation
S. aureus ≥13mm
≤12mm
≥22mm
≤21mm
Souche OXA S
Souche OXA R
S. lugdunensis --- ≥22mm
≤21mm
Souche OXA S
Souche OXA R
Autres SCN --- ≥25mm
≤24mm
Souche OXA S
Souche OXA R
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En cas de discordance entre le disque d’oxacilline et de céfoxitine pour S. aureus, en présence d’une infection sévère à SCN, effectuer une des recherches suivantes :
� Recherche de la PLP2a
� Ou screening test à l’oxacilline
� Ou détermination de la CMI de l’oxacilline
� Ou recherche du gène mecA.
NB : Les souches de staphylocoques méthicillino-résistantes sont généralement résistantes à
d’autres familles d’antibiotiques.
Remarque :
� BORSA (Borderline Oxacillin Resistant S. aureus) : ces souches montrent une activité diminuée de l’oxacilline (ou une résistance de bas niveau) non due à la présence du gène mecA. Elles ont une CMI de l’oxacilline égale à 2mg/L (sensible mais limite). Cette diminution est liée à l’hyperproduction de pénicillinase touchant l’oxacilline.
� MODSA (MODified S. aureus) ou résistance par modification des PLP: la modification des PLP normalement présentes chez S. aureus (surtout la PLP4) entraîne des CMI « borderline » ou limites de l’oxacilline. Les recherches de la PLP2a ou du gène mecA sont négatives. Pour confirmer une souche MODSA, réaliser un antibiogramme avec un disque d’imipénème (PLP1), de céfotaxime (PLP2), d’oxacilline (PLP3) et de céfoxitine (PLP4). Des discordances entre les différents disques sont observées : la souche étant résistante aux uns et pas aux autres.
Tableau 13 : Techniques utilisées pour la recherche de la résistance à l’oxacilline
Technique Inoculum Milieu T° incubation* Durée
incubation
Céfoxitine
(30µg)
Oxacilline (1µg)
Diffusion du disque en milieu gélosé
0.5 McFarland MH 33-35°C 16 -18h
Screening test
Oxa
Dilution en milieu gélosé : 6mg/L
0.5 McFarland MH+4%NaCl 33-35°C 24 h
CMI Oxa Dilution en milieu gélosé ou MH liquide ou E-Test
0.5 McFarland dilué au 1/10ème
MH+2%NaCl 35°C 24 h
PLP2a
Selon les recommandations du fabricant
--- --- --- ---
Recherche du
gène mecA PCR --- --- --- ---
* : L’incubation des milieux à des températures >35°C pourrait ne pas permettre la détection des souches méthicillino-résistantes.
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Tableau 14 : Interprétation des tests de recherche de la résistance à l’oxacilline
S. aureus S.lugdunensis SCN Souches témoins
Céfoxitine (30µg)
Oxacilline (1µg)
≤ 21 mm ≤ 12mm Résistant
≤ 21 mm ---- Résistant
≤ 24 mm ---- Résistant
ATCC S. aureus 25923 - Sensible
Screening test Oxa > 1 colonie = Résistant
> 1 colonie = Résistant
> 1 colonie = Résistant
ATCC S. aureus 29213 – Sensible ATCC S. aureus 43300 - Résistant
CMI Oxa ≤ 2 - ≥ 4
≤ 0,25 - ≥ 0,5 ATCC S.aureus 29213 – Sensible 1– 4µg/mL. ATCC S. aureus 43300 – Résistant >4µg/mL
PLP2a Agglutination : PLP2a (+)
Absence agglutination : PLP2a (-)
Agglutination : PLP2a (+)
Absence agglutination : PLP2a (-)
--- ---
Recherche du gène
mecA
PCR PCR --- ---
Détermination de la CMI de Staphylococcus spp. vis à vis de l’oxacilline en milieu solide:
� Matériel
� Série de 11 tubes à essai, numérotés de 160μg/ml à 0,16μg/ml.
� Série de boîtes de Petri rondes, numérotées de 16 μg/ml à 0,016μg/ml.
� Culture de 18h de la souche à tester, ainsi que la souche témoin S. aureus ATCC 29213.
� Poudre d’antibiotique (oxacilline) titrée ou a défaut celle à usage injectable.
� Pipette graduée stérile (jetable ou en verre).
� Gélose Mueller Hinton + 2% de NaCl.
� Eau distillée stérile.
� Préparation de la solution mère
� Peser 16 mg de poudre et diluer dans 10ml d’eau distillée. On obtient une solution mère à 1600 μg/ml.
� S’il s’agit d’une poudre d’antibiotique titrée, le volume de solvant à rajouter est calculé comme suit :
V = 16mg x titre = ml H2O distillée 1600µg/ml
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� Conditions de manipulation
� La technique se fera sur gélose MH + 2% NaCl.
� Inoculum : 0,5 Mc Farland préparé à partir d’une culture pure.
� Incubation : 24 h à 35 ± 2 °C en atmosphère normale.
� La souche de référence S.aureus ATCC 29213 doit être testée dans les mêmes conditions.
� Méthode
Préparation de la gamme de concentrations d’antibiotiques (selon la tableau ci-dessous):
� Commencer par la distribution d’eau distillée dans chaque tube.
� A partir de la solution mère, procéder à la distribution de l’antibiotique en changeant de
pipette chaque fois que c’est nécessaire.
� Prendre 2ml de chaque concentration d’oxacilline (160 μg/ml à 0,16μg/ml) et la mettre
dans les boîtes de Petri correspondantes (16 μg/ml à 0,016μg/m).
� Pour éviter de gaspiller des pipettes, il est conseillé d’utiliser une seule pipette, en allant
de la plus faible concentration d’antibiotique à la plus élevée.
� Une boîte témoin est obligatoire pour chaque série de CMI, avec 2ml d’eau distillée sans
antibiotique afin de contrôler l’inoculum.
� Ajouter dans chaque boîte 18ml de Mueller-Hinton + 2% de NaCl (milieu MH fondu et
ramené à 45°C).
� Homogénéiser par mouvements rotatoires et laisser solidifier.
� Sécher les boîtes.
� Appliquer 3μl des différentes suspensions sur la gélose à l’aide d’une anse de platine
calibrée (Φ interne de la boucle égale à 3mm), ou à l’aide d’une micropipette.
� Incuber 24 h à 35 ± 2 °C.
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3.2- Recherche de la ββββ-lactamase :
La recherche de la sécrétion de la β-lactamase est obligatoire pour toute souche de N. gonorrhoeae, Haemophilus spp., Branhamella catarrhalis, Enteroccocus spp et Staphylococcus spp.
Ces tests doivent être effectués précocement, en raison des implications thérapeutiques évidentes.
Plusieurs techniques existent : chromogéniques, microbiologiques et iodométriques.
La technique chromogénique permet de donner les résultats le jour même, mais à défaut de pouvoir la pratiquer, les techniques microbiologiques doivent être utilisées.
Ci-dessous le protocole technique du test de trèfle :
� Matériel :
Souches de référence : S. aureus ATCC 25923 sensible à la pénicilline
S. aureus ATCC 43300 résistant à la pénicilline
Souches à tester :
Gélose Mueller-Hinton (MH)
Disque de pénicilline G ou ampicilline
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� Technique :Technique :Technique :Technique :
Ensemencer une souche de S. aureus ATCC 25923 sur une gélose MH pour Branhamella catarrhalis ou MH au sang cuit pour N.gonorrhoeae et Haemophilus spp.
Appliquer un disque de pénicilline G au centre de la boîte dans le cas d’un Staphylococcus spp. ou Neisseria gonorrhoeae ou un disque d’ampicilline dans le cas d’Haemophilus spp., Enterococcus spp. ou Branhamella catarrahlis.
Ensemencer en stries radiales (du centre de la boîte à la périphérie) la souche à tester, une souche témoin négatif (S. aureus ATCC 25923), une souche témoin positif (S. aureus ATCC 43300).
Incuber la boîte 18h à 35°C en atmosphère normale ou 24h en atmosphère enrichie en CO2 pour Haemophilus spp. et N. gonorrhoeae.
� Lecture et interprétation :Lecture et interprétation :Lecture et interprétation :Lecture et interprétation :
La production de ß-lactamase (pénicillinase) par la souche à étudier et la souche témoin positif induit la culture de la souche témoin négatif (sensible à la pénicilline) jusqu’au contact du disque d’ampicilline ou de pénicilline.
��
���������������������Figure 1Figure 1Figure 1Figure 1 : : : : Production de ß-lactamase chez Haemophilus spp. par la technique microbiologique
(test du trèfle)
S. aureus
ATCC 25923
Disque
d'ampicilline
S. aureus
ATCC 43300
Souche d’Haemophilus
à tester : productrice
de ß-lactamase
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3.3- Détection des souches de S. pneumoniae de sensibilité diminuée aux β-lactamines :
Actuellement, des souches de S.pneumoniae de sensibilité diminuée aux β-lactamines sont de plus en plus isolées aussi bien à partir de LCR qu’à partir des autres prélèvements.
Pour cela, la recherche de ces niveaux de résistance doit être systématique car le choix de l’antibiotique est alors basé sur la valeur de la CMI et non pas sur les résultats de l’antibiogramme.
La détection de ces souches est effectuée en plusieurs étapes :
1. Antibiogramme
2. CMI par bandelettes E-Test
3. Test de confirmation, par CMI en milieu liquide.
Pour l’ensemble de ces tests, la souche de référence S.pneumoniae ATCC 49619 (CMI pénicilline : intermédiaire) doit être testée dans les mêmes conditions.
a. Antibiogramme :
Le CLSI recommande de tester un disque d’oxacilline chargé à 1µg pour la détection de la résistance à la pénicilline. Cependant, le disque chargé à 1µg est instable et se décharge rapidement même si la date de péremption n’est pas encore atteinte. Par conséquent, il est préférable de tester les deux disques chargés à 1 et 5 µg d’oxacilline.
Tableau 15 : Recherche de S.pneumoniae de sensibilité diminuée aux β-lactamines
Oxacilline 1µg (CLSI) Oxacilline 5µg (CA-SFM) Inoculum
0,5 Mc Farland 0,5 Mc Farland
Diamètre
d’inhibition ≥ 20 mm ≤ 19 mm ≥ 26 mm ≤ 25 mm
Interprétation
Sensible à toutes les β-lactamines
Sensibilité diminuée
à la pénicilline
Sensible à toutes les β-lactamines
Sensibilité diminuée
à la pénicilline
Tests
complémentaires
----
Détermination de la CMI à la pénicilline, amoxicilline, céfotaxime et imipénème
----
Détermination de la CMI à la pénicilline, amoxicilline, céfotaxime et imipénème
b. CMI par bandelettes E-test :
Cette technique, utilisant des bandes imprégnées d’un gradient de concentration d’antibiotiques, permet d’obtenir simplement et rapidement une détermination de la CMI, dans les mêmes conditions que l’antibiogramme standard. En routine, elle constitue une alternative acceptable à la méthode de référence.
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�
TechniqueTechniqueTechniqueTechnique ::::
� Inoculum : 0,5 Mc Farland ensemencé selon la technique décrite pour l’antibiogramme standard
� Application des bandelettes : sur la surface de la gélose, à l’aide de pinces bactériologiques stériles.
� Utiliser une bandelette par boîte (90 mm de diamètre)
� Incubation : 18 à 20 heures, sous CO2 (5%)
� Lecture :
� L’interprétation ne pourra se faire que si les résultats de la souche de référence S.pneumoniae ATCC 49619 rentrent dans l’intervalle des valeurs critiques données par le CLSI.
� Lire la valeur de la CMI correspondant à l’intersection entre l’ellipse de non culture et la bandelette.
� Comparer ces résultats aux valeurs critiques figurant dans le tableau récapitulatif des valeurs critiques pour les CMI de S.pneumoniae.Classer la bactérie dans l’une des catégories : SSSSensible, IIIIntermédiaire ou RRRRésistant
Figure 2Figure 2Figure 2Figure 2 : : : : CMI de la pénicilline G d’une souche de S.pneumoniae (technique du E-test)
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Tableau 16 : Valeurs critiques pour les CMI de S.pneumoniae
Interprétation
β-lactamine Sensible Intermédiaire Résistant
Contrôle de qualité
S.pneumoniae
ATCC 49619
Pénicilline parentérale (µg/ml)
- Méningite
- Autre que méningite
≤0,06
≤2
---
4
≥0,12
≥8
0,25-1
Pénicilline orale (Pénicilline V) (µg/ml)
≤0,06 0,12 - 1 ≥2 0,25-1
Amoxicilline (µg/ml)
- Autre que méningite
≤2
4
≥8
0,03-0,12
Céfotaxime (µg/ml)
- Méningite
- Autre que méningite
≤0,5
≤1
1
2
≥2
≥4
0,03-0,12
Imipénème (µg/ml) ≤0,12 0,25-0,5 ≥1 0,03-0,12
c. Détermination de la CMI par technique de dilution en milieu liquide (recommandée
par le CLSI).
Elle a été rapportée dans le paragraphe 2.2 du chapitre techniques, elle est reprise dans ce paragraphe pour le cas de S.pneumoniae.
� Milieu : Répartir du Mueller Hinton (MH) liquide additionné de 2 à 5% de sang de cheval lysé et défibriné dans des tubes stériles à raison de 0,25ml par tube (ou en microplaque à fond rond ou conique à raison de 25µl par cupule).
� Contrôle de qualité : La souche S. pneumoniae ATCC 49619 sera testée dans les mêmes conditions que les souches à tester.
� Gamme de dilutions : Dissoudre 10,24mg de poudre titrée d’antibiotique (exemple pénicilline G) dans 10ml d’eau distillée stérile, pour obtenir une solution à 1024 µg/ml.
Procéder à la préparation de la gamme de dilutions selon le tableau n°10 en MH + sang défibriné et hémolysé (voir protocole de préparation en annexe) .
� Inoculum : A partir d’une culture pure de 18 à 24 heures, sur gélose au sang frais, préparer une suspension de la souche à étudier dans de l’eau physiologique, d’une densité équivalente à 0,5 Mc Farland. Répartir 0,05ml (50µl) par tube ou 0,005ml (5µl) par cupule de la suspension bactérienne.
Au total, dans chaque tube (ou cupule) il y a : 0,25ml (ou 25 µl) de la gamme de dilution de l’antibiotique, 50µl (ou 5µl) de l’inoculum bactérien et 0,70ml (ou 70µl) de milieu MH liquide+ sang hémolysé.
Le tube (ou cupule) témoin comportera : 0,25ml (ou 25µl) d’eau distillée, 50 µl (ou 5µl) de l’inoculum bactérien et 0,70ml (ou 70µl) de milieu MH liquide + sang hémolysé.
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� Incubation : Incubation : Incubation : Incubation : Incuber les tubes ou les microplaques à 35°C pendant 18 à 20 heures en atmosphère ordinaire. Les micro plaques doivent être recouvertes à l’aide de couvercles.
� Lecture : Lecture : Lecture : Lecture : Le tube (ou cupule) témoin doit être trouble, indiquant une culture bactérienne.
La CMI correspond à la plus faible concentration d’antibiotique ne donnant pas de croissance visible (absence de trouble et/ou absence de changement de couleur).
� Interprétation :Interprétation :Interprétation :Interprétation :
L’interprétation ne pourra se faire que si les résultats de la souche de référence S.pneumoniae ATCC 49619 sont conformes aux valeurs critiques données par le CLSI M100, S21.
En cas de résultats non interprétables, répéter le test.
3.43.43.43.4---- Recherche de la Recherche de la Recherche de la Recherche de la ββββ----lactamase à spectre élargi (BLSE) chez les entérobactéries, lactamase à spectre élargi (BLSE) chez les entérobactéries, lactamase à spectre élargi (BLSE) chez les entérobactéries, lactamase à spectre élargi (BLSE) chez les entérobactéries, Pseudomonas aeruginosaPseudomonas aeruginosaPseudomonas aeruginosaPseudomonas aeruginosa et et et et Acinetobacter Acinetobacter Acinetobacter Acinetobacter spp. :spp. :spp. :spp. :
aaaa.... Définition d’une BLSEDéfinition d’une BLSEDéfinition d’une BLSEDéfinition d’une BLSE ::::
Les BLSE désignent des enzymes « β-lactamases » produites par les entérobactéries, Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter spp. entraînant une diminution de l’activité des céphalosporines de 3ème génération (C3G) (céfotaxime, ceftriaxone, ceftazidime) et des monobactames (aztréonam), mais n’ayant aucune activité vis-à-vis des céphamycines (céfoxitine, moxalactam) ni des carbapénèmes (imipénème).
bbbb.... Quand rechercher une BLSEQuand rechercher une BLSEQuand rechercher une BLSEQuand rechercher une BLSE ::::
Selon les recommandations du CLSI (M100-S21), la recherche de la BLSE pour l’interprétation de la sensibilité des entérobactéries, Pseudomonas spp. et Acinetobacter spp. aux céphalosporines n’est plus obligatoire.
La détection phénotypique de la BLSE garde tout son intérêt dans les études épidémiologiques et en hygiène hospitalière.
On recherchera une BLSE devant un diamètre inférieur aux valeurs suivantes :
� céfotaxime (CTX ≤ 27mm),
� ceftazidime (CAZ ≤22mm),
� ceftriaxone (CRO ≤ 25mm),
� aztréonam (ATM ≤ 27mm).
cccc.... Méthodes de détection de la BLSEMéthodes de détection de la BLSEMéthodes de détection de la BLSEMéthodes de détection de la BLSE : : : :
c.1. Test de synergiec.1. Test de synergiec.1. Test de synergiec.1. Test de synergie ::::
Les BLSE dérivées des enzymes de classe A (Ambler) sont inhibées par les inhibiteurs de β-lactamases (acide clavulanique, sulbactam et tazobactam).
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CTX
ATM AMC CAZ
CRO
c.1.1. Entérobactérie : (fig 3)
Technique :
La recherche de la BLSE se fait dans les conditions standards de l’antibiogramme en déposant un disque d’amoxicilline+acide clavulanique (AMC 20/10μg) à 30mm centre à centre d’un disque de C3G (Céfotaxime : CTX 30μg ou Ceftriaxone : CRO 30μg). Incuber 18H à 35°C.
Remarque : Cette technique permet la mise en évidence des TEM et SHV.
Pour les autres BLSE de classe A (CTX-M, CMT, …) :
Le test de synergie doit être fait dans les mêmes conditions standards de l’antibiogramme en déposant un disque d’AMC à 30mm centre à centre d’un disque de : CAZ, CTX ou CRO et ATM en raison de l’existence de phénotypes de résistance différents (céfotaximase ou ceftazidimase …).
Lecture :
La production d’enzyme peut se traduire par l’apparition d’une image de synergie ou bouchon de champagne entre les disques :
- AMC et CTX
- AMC et CAZ
- AMC et ATM.
Figure 3: Souche de Klebsiella pneumoniae productrice de ß-lactamase à spectre élargi (Bouchon de
champagne)
Recommandation :
� Chez P.mirabilis, P.penneri, P.vulgaris, Morganella morganii, Providencia stuartii, les BLSE s’expriment à bas niveau ; dans ce cas, le test de synergie est optimisé en disposant les disques à une distance de 40 à 45mm au lieu de 30mm.
Absence de synergie :
En l’absence d’une image de synergie, la production de BLSE sera suspectée devant toute diminution du diamètre autour des disques de C3G.
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Elle peut être due à :
1) La synthèse d’une BLSE de type CMT (Complexe Mutants TEM)
2) L’association de plusieurs mécanismes : BLSE + Case hyperproduite (entérobactérie).
3) La recherche de CMT : se fera en rapprochant les disques CTX- AMC de 20mm et 25mm au lieu de 30mm.
4) La détection des BLSE chez les souches hyper productrices de Case est facilitée par :
� La recherche d’une synergie entre AMC et céfépime (CFP 30μg) ou cefpirome (CPO 30μg SFM), car ce sont des molécules stables à l’action de la Case hyperproduite (recommandations du CA-SFM-2011).
Ou
� L’inactivation de la Case en incluant de la cloxacilline (0,25mg/ml - 0,30mg/ml) dans la gélose pour les entérobactéries du groupe 3 (Voir test à la cloxacilline).
5) L’usage de disque ou de bandelette E-test combinant une C3G et un inhibiteur enzymatique.
Risque d’erreur d’interprétation :
Chez Klebsiella oxytoca, P.vulgaris, P.penneri, Citrobacter koseri, le test de synergie est positif avec aztréonam et / ou ceftriaxone, mais reste négatif avec ceftazidime dont l’activité est conservée, signe d’hyperproduction de ß-lactamase naturelle chromosomique ou aztréonamase.
c.1.2- Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter spp. :
La détection est plus difficile en raison d’association avec d’autres mécanismes de résistance tels : hyperproduction de céphalosporinase.
Technique :
La recherche de la BLSE se fait dans les conditions standard de l’antibiogramme en déposant un disque de ticarcilline+acide clavulanique (TCC 75/10μg) à 30mm (centre à centre) d’un disque de C3G : ceftazidime (CAZ 30μg), aztréonam (ATM 30 μg), céfépime (FEP 30 µg).
Incubation :
Incuber 18 H à 35 °C
Lecture :
Le test est positif s’il y a apparition d’une image de synergie ou « bouchon de champagne » entre les disques :
- TCC et CAZ
- TCC et ATM
- TCC et FEP
S’il y a absence de synergie, on peut rechercher la BLSE par :
1- Le rapprochement des disques TCC et CAZ (15mm et 20mm centre à centre) au lieu de 30mm.
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2- La neutralisation de la Case : Si la souche est productrice d’une Case hyper produite, faire le test de synergie sur Mueller-Hinton additionné (de 250mg/l à 500 mg/l) de cloxaciline.
Figure 4: Souche de Pseudomonas aeruginosa productrice de ß-lactamase à spectre élargi.
c.2- Test de confirmation ou technique du double disque (fig 5):
Ce test devra être fait systématiquement devant :
� L’absence de synergie avec diminution des diamètres des C3G
� La présence d’une résistance aux molécules suivantes : ampicilline, ticarcilline, céfazoline avec un diamètre <6mm, par contre l’AMC présente un diamètre d’inhibition.
Technique :
Ce test se fait dans les conditions standard de l’antibiogramme.
� Appliquer les disques d’antibiotiques :
• Pour les entérobactéries :
Déposer un disque d’AMC et un disque de C3G (CTX ou CRO) à une distance de 30mm (centre à centre).
• Pour P.aeruginosa et Acinetobacter spp. :
Déposer un disque de TCC avec un disque de C3G (CAZ) ou monobactame
(ATM) à une distance de 25mm.
Certains auteurs signalent une meilleure détection des BLSE en testant un disque de céfopérazone (75μg) avec un disque de TCC (75/10 μg).
� Laisser diffuser les antibiotiques pendant une heure, à la température ambiante (sur la paillasse), la boîte sera déposée couvercle vers le haut.
� Après 1H d’incubation, ôter le disque d’AMC (ou de TCC) et le remplacer par un disque de CTX ou CRO (ou CAZ).
� Incuber la boîte 18 H à 35°C.
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Lecture et interprétation :
Le test du double disque est positif quand le diamètre d’inhibition autour du C3G, appliqué après diffusion du disque AMC ou TCC est ≥ 5mm par rapport au diamètre d’inhibition autour du disque de C3G.
Exemple : diamètre de CTX = 16mm ; diamètre de CTX+AMC = 21mm donc souche BLSE(+).
L’interprétation (R, I ou S) se fait selon les diamètres mesurés (voir table de lecture 1).
L’interprétation du test consiste à répondre :
Suite à la révision des breakpoints des céphalosporines, la lecture interprétative anciennement basée sur la détection ou non d’une BLSE, n’est plus nécessaire. La réponse R, I ou S se fait en se référant aux seuls diamètres mesurés.
A souligner cependant que la détection phénotypique de la BLSE garde tout son intérêt dans les études épidémiologiques et en hygiène hospitalière.
Figure5 : K. pneumoniae productrice de BLSE : Test du double disque positif.
Contrôle de qualité :
Les mêmes techniques seront réalisées en parallèle pour les souches :
� E. coli ATCC 25922 non productrice de BLSE.
� K. pneumoniae ATCC 700603 productrice de BLSE.
c.3- Test à la Cloxacilline :
Principe :
Pour certaines souches de bacilles à Gram négatif, il est parfois difficile de distinguer sur l’antibiogramme habituel les hypersécrétions de Case (CHN) des BLSE.
La cloxacilline, ajoutée au milieu pour l’antibiogramme (MH), inhibe in vitro les Cases et reste inefficace sur les pénicillinases des bacilles à Gram négatif.
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Tableau 17 : Préparation des boîtes de cloxacilline (ou oxacilline)
Entérobactéries
du Groupe 1 et 2
Entérobactérie
groupe 3
Pseudomonas
aeruginosa Acinetobacter spp.
Concentration
encloxacilline 0,25mg/ml 0,3mg/ml 0,5mg/ml 0,25mg/ml
Préparation de la
solution cloxa 25mg de Cloxa +
10ml d’eau distillée
30mg de Cloxa +
10ml d’eau distillée
50mg de Cloxa +
10ml d’eau distillée
25mg de Cloxa +
10ml d’eau distillée
Pour une boîte
ronde (90mm) 2ml de la solution
+18ml de MH
2ml de la solution +
18ml de MH
2ml de la solution +
18ml de MH
2ml de la solution +
18ml de MH
Technique :
L’antibiogramme sera réalisé sur MH additionné de cloxacilline (selon le tableau ci-dessus).
On dépose sur la surface gélosée ensemencée les disques antibiotiques (ß-lactamines) figurant dans le tableau 1 (entérobactérie, P.aeruginosa et Acinetobacter spp.).
Incuber 18 Heures à 35°C
- NB : Un contrôle de qualité sera réalisé avec les souches E. coli ATCC 25922 et P.aeruginosa
ATCC 27853.
Lecture :
Le test à la cloxacilline est interprété en comparant l’antibiogramme réalisé sur MH additionné de cloxacilline à celui réalisé sur MH sans cloxacilline.
A B A : Antibiogramme sur MH B : Antibiogramme sur MH+ 0.25mg/ml de cloxacilline Noter la différence de diamètre d’inhibition autour des céphalosporines de 3ème génération entre les deux tests. Absence de synergie entre l’AMC et les C3G Figure 6 : Test à la cloxacilline sur une souche de K.pneumoniae : BLSE- et CASE+
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Interprétation :
L’inhibition de la Case entraîne :
1) L’apparition des phénotypes sauvages de l’entérobactérie, de P.aeruginosa ou d’Acinetobacter spp.
Ou
2) L’apparition d’autres mécanismes de résistances acquises tels que :
- Synthèse de BLSE
- Pénicillinase
- Imperméabilité
Recommandations :
1) Il existe des souches d’entérobactéries du groupe 3, ainsi que des souches de P. aeruginosa qui sécrètent des Cases à très haut niveau .Il est possible d’utiliser des milieux contenant 0,5 mg/ml de cloxacilline pour les entérobactéries et 1 mg/ml de cloxacilline pour P.aeruginosa.
- En cas d’absence de culture, réaliser une CMI à la cloxacilline de la souche à tester. La concentration pour le test à la cloxacilline sera inférieure de deux dilutions par rapport à la CMI.
2) Chez Enterobacter spp., un disque de céfépime peut être testé à l’antibiogramme (pratiquement toujours actif sur les Cases).
L’obtention d’un diamètre réduit avec déformation de la zone d’inhibition, évoque la présence d’une BLSE
3) Les BLSE chez le P.aeruginosa (PER, VEB …) : pour mettre en évidence la synergie, il faut rapprocher les disques AMC et TCC du disque de CAZ à 1,5 mm.
4) Cas particulier de la VEB -1 :
La BLSE de type VEB-1 est suspectée devant une synergie entre CAZ-TCC/AMC (1,5 mm de distance), FEP-TCC et ATM-TCC et aussi une synergie IMP-ATM, FOX-ATM, FEP-FOX et FEP-IMP.
Ces disques doivent être testés sur MH simple et MH additionné de cloxacilline (2).
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Figure 7 : P.stuartii codant pour une bla VEB-1.
Image A : L’inhibiteur de la BLSE est l’acide clavulanique ; il y a une synergie entre l’acide clavulanique et le céfépime et entre l’acide clavulanique et l’aztréonam.
Image B : Les inhibiteurs de la BLSE sont imipénème et céfoxitine qui donnent une image de synergie avec le céfépime et l’aztréonam. Les disques testés contiennent la ticarcilline+ acide clavulanique (TCC), l’imipénème (IMP), la céfoxitine (FOX), le céfépime (FEP), et l’aztréonam (AZT). (2)
Tableau 18 : Phénotypes de résistance en fonction des différentes BLSE (33)
β-Lactamines Synergie
Enzymes / Classe A AMX AMC TIC TCC PIP TAZ FOX CTX CAZ FEP ATM IMP AC EDTA
CTX-M R S R S R S S R S I/R R S + -
CTX-M mutée R S R S R S S R R I/R R S + -
Autre
BLSE(Klebsiella)
R S R S R S S R S/I/R S/I/R S/I/R S + -
Autre
BLSE(P.aeruginosa)
R R R I/R R I/R R R R I/R R S + -
BLSE
chromosomique
R S R S R S S S S S S S + (CXM) -
Remarque :
Le typage des BLSE se fait uniquement par les techniques de biologie moléculaire (PCR
avec des amorces spécifiques) suivies d’un séquençage.
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3.5- Recherche de Staphylococcus spp. de sensibilité diminuée aux glycopeptides :
Acronymes :
• VRSA : Vancomycine Resistant S.aureus
• VISA : Vancomycine Intermediate S.aureus
• GISA : Glycopeptide Intermediate S.aureus
• Hétero-VISA : Souches sensibles à la vancomycine avec une sous-population vancomycine I et en général I (ou R) à la teicoplanine.
1. Pour déterminer la sensibilité des staphylocoques à la vancomycine, la détermination de la CMI doit être effectuée pour toutes les souches.
La méthode de diffusion des disques ne permet pas de différencier les souches de :
• S. aureus sensibles à la vancomycine des souches de sensibilité diminuée (intermédiaire).
• SCN sensibles, intermédiaires ou résistantes (diamètres d’inhibition similaires)
Le disque de vancomycine (30µg) permet la détection des souches de S.aureus de phénotype vanA (VRSA); ces souches ne présenteront aucun diamètre d’inhibition autour du disque de vancomycine (< 6mm). L’identification de telles souches devra être confirmée.
Toute souche de S. aureus dont la CMI de la vancomycine ≥8µg/ml doit être envoyée à un laboratoire de référence.
Toute souche de SCN dont la CMI de la vancomycine ≥32µg/ml doit être envoyée à un laboratoire de référence.
2. Pour déterminer la sensibilité des staphylocoques à la teicoplanine, utiliser la méthode de diffusion des disques et/ ou la détermination de la CMI en présence des signes d’alerte suivants :
• Diamètre <15mm pour vancomycine et <14mm pour la teicoplanine.
• Une différence de 3mm (au moins) entre les diamètres d’inhibition de la vancomycine et la teicoplanine.
• Présence de colonies dans les zones d’inhibition de la vancomycine et/ou teicoplanine.
• Interactions (synergie ou antagonisme) entre les disques de glycopeptides et
Oxacilline 5µg.
• Résistance de la souche à la méthicilline, gentamicine ou rifampicine.
• Lors d’infections sévères.
La mise en évidence des résistances aux glycopeptides se fait en deux étapes :
1. Etape de screening ou criblage.
2. Test de confirmation.
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a. Etape de screening ou criblage :
Une, au moins, des 3 techniques suivantes doit être utilisée :
Milieu Technique Interprétation (+) Témoin (-) Témoin (+)
BHI agar + 6µg/ml vancomycine
Spot de 10μl d’une suspension 0.5McF/ 24h à 35°C± 2°C
≥ 2 colonies
S.aureus ATCC 25923 Sensible
E.faecalis
ATCC 51299 Résistant
MH agar + 5µg/ml teicoplanine
Spot de 10μl d’une suspension 2McF / 24h à 35°C± 2°C
≥ 4 colonies S.aureus
ATCC 25923 Sensible
E.faecalis
ATCC 51299 Résistant
BHI agar E-test modifié Ecouvillonnage avec 200μl d’une suspension à 2McF/ 24 à 48 h
35°C± 2°C
VAN et TEC ≥ 8µg/ml
Ou
TEC seule ≥12µg/ml
S.aureus
ATCC 25923 Sensible
E.faecalis
ATCC 51299 Résistant
b. Test de confirmation :
Se base sur la détermination des CMI. Ce test de confirmation est obligatoire devant tout test de criblage positif.
� CMI par dilution en milieu gélosé, avec un inoculum de 0,5 Mc Farland dilué au 1/10ème puis ensemencer 1 à 2μl par spot, sur MH agar et incuber 24h.
� E-test sur gélose MH avec un inoculum de 0,5 Mc Farland et incuber 24h. Remarque : La détermination de la CMI ne permet pas d’identifier les souches hétéro- VISA. Pour ce faire, il faut une analyse de population (pratiquée au niveau d’un laboratoire de
référence).
A défaut, voici les critères qui font suspecter une souche hétéro- VISA :
� CMI de la vancomycine = 4mg/l en E-test � Sensibilité à la vancomycine (CMI = 2 ou 4mg/l) et réponse limite à la teicoplanine (CMI
= 8mg/l) en E-test.
Concentrations critiques (μg/ml) Antibiotiques
Sensible Intermédiaire Résistant
Souches témoins
S.aureus
Vancomycine Teicoplanine
≤ 2 ≤ 8
4 – 8
16
≥ 16 ≥ 32
S.aureus ATCC 25923 (sensible) E.faecalis ATCC 51299 (résistante)
SCN Vancomycine Teicoplanine
≤ 4 ≤ 8
8 – 16
16
≥ 32 ≥ 32
S.aureus ATCC 25923 (sensible) E.faecalis ATCC 51299 (résistante)
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Figure 8 : Algorithme décisionnel pour l’étude de la sensibilité des staphylocoques aux glycopeptides
3.6. Recherche d’Enterococcus spp. de sensibilité diminuée aux glycopeptides :
Acronymes :
• VRE ou ERV : Vancomycine Resistant Enterococcus • ERG : Entérocoque Résistant aux Glycopeptides
L’isolement d’une souche d’E.faecium résistante à la vancomycine est une alerte car il y a
un risque d’épidémie qui nécessite une enquête de dépistage.
La mise en évidence de ces résistances se fait en trois étapes :
1. Critères de présomption ou d’alerte.
2. Etape de screening ou criblage.
3. Test de confirmation.
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a. Critères de présomption ou d’alerte :
� Diamètre <17mm pour vancomycine et <14mm pour la teicoplanine.
� Une différence de 3mm (au moins) entre les diamètres d’inhibition de la vancomycine et la teicoplanine.
� Présence de colonies dans les zones d’inhibition de la vancomycine et/ou teicoplanine.
� En cas d’échec thérapeutique.
En présence de l’un de ces critères, il est recommandé de faire un screening test et une CMI.
b. Test de screening :
� BHI agar + 6µg/ml de vancomycine
� Ensemencer 1 à 10μl d’une suspension de 0,5 Mc Farland (par spot)
� Incuber à 35°C± 2 pendant 24 h
� Si > 1 colonie : faire une CMI
c. Test de confirmation :
Ce test de confirmation est obligatoire devant tout test de présomption et /ou de criblage positif.
Il se base sur la détermination des CMI et l’identification de l’espèce afin de distinguer les espèces ayant acquis une résistance (Van A et Van C) de celles ayant une résistance naturelle (E.gallinarum, E.casseliflavus).
� CMI par dilution en milieu gélosé, avec un inoculum de 0,5 Mc Farland dilué au 1/10ème puis ensemencer 1 à 2μl par spot, sur MH agar et incuber 24h.
� E-test sur gélose MH avec un inoculum de 0,5 Mc Farland et incuber 24h.
Concentrations critiques (μg/ml) Antibiotiques
Sensible Intermédiaire Résistant Souches témoins
Vancomycine ≤ 4 8 - 16 ≥ 32
S.aureus ATCC 25923 (sensible)
E.faecalis ATCC 51299 (résistante)
Teicoplanine ≤ 8 16 ≥ 32
S.aureus ATCC 25923 (sensible)
E.faecalis ATCC 51299 (résistante)
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d. Phénotypes de résistance (6)
Phénotype de résistance Conséquences thérapeutiques
Van A : Haut niveau de résistance (CMI VAN: 64-1000µg/ml)
(CMI TEC: 16-512µg/ml)
- Vancomycine et Teicoplanine seules, inefficaces
- Perte de la synergie avec la gentamicine
Van B : Niveau de résistance variable (CMI VAN : 4-1000µg/ml)
(CMI TEC: 0,5-1µg/ml)
- Activité de la Vanco diminuée, perte de la synergie avec gentamicine et streptomycine
- Teico seule activité conservée avec risque élevé de sélection de mutants résistants
- Synergie en association conservée
Van C/ Van E : Bas niveau de résistance (CMI VAN: 2-32µg/ml)
(CMI TEC: 0,5-1µg/ml)
Aux doses optimales, pas de conséquences
Van D : Niveau de résistance modéré (CMI VAN: 64-128µg/ml)
(CMI TEC: 4-64µg/ml)
Activité in vitro conservée, mais pas d’activité in vivo
Van F - Non connues
3.7- Détection d'Haemophilus spp. de sensibilité diminuée aux β-lactamines:
Chez Haemophilus influenzae, le mécanisme essentiel de la résistance aux β-lactamines est enzymatique par sécrétion de β-lactamase. Il est observé chez 18 % (28/156) des souches étudiées par le réseau national de surveillance de la résistance aux antibiotiques en 2009.
Il existe un autre mécanisme de résistance vis-à-vis des β-lactamines. Il s’agit d’un mécanisme non enzymatique reposant sur une modification de la cible des β-lactamines, les PLP ou protéines de liaison à la pénicilline. Ces souches sont appelées BLNAR (Beta-Lactamase Negative Ampicillin Resistant).
Ce dernier mécanisme est surtout observé chez les souches non typables et confère une résistance de bas niveau aux β-lactamines (CMI de l’ampicilline ≥ 1mg/l) souvent non décelable à l’antibiogramme standard.
Technique :
• Certaines de ces souches poussant faiblement sur milieu HTM, une gélose chocolat + polyvitex est utilisée pour tester les β-lactamines.
• Inoculum : 0,5 Mc Farland dilué au 1/10.
• Les antibiotiques à tester: ampicilline (2µg), céfalotine (30μg), amoxicilline (25μg) et amoxicilline+acide clavulanique (20/10µg).
• La souche de référence : H.influenzae ATCC 49766 (sensible) (ou à défaut une souche connue comme étant sensible aux β-lactamines) doit être testée dans les mêmes conditions.
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Lecture :
• Elle se fera de manière interprétative en comparant les résultats de la souche à tester avec ceux de la souche de référence.
• Les souches BLNAR présenteront un diamètre diminué autour des disques d’ampicilline (2µg) et céfalotine (30µg) même si elles restent sensibles à l’amoxicilline et dans ce cas répondre : souche de sensibilité diminuée aux β-lactamines et déterminer la CMI par methode E-test sur milieu HTM.
NB : Les deux mécanismes (production de β-lactamase et BLNAR) peuvent être associés, il faut donc systématiquement rechercher la production de β-lactamase.
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65
RECHERCHES PARTICULIERES
Dr M. N. Ouar- Korichi
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4.1 Recherche et approche phénotypique des céphalosporinases (Cases) transférables (AmpC)
4.1.1 Tests de détection a. Méthode des 2 disques de céfoxitine et de céfotétan avec inhibiteur b. Test à la cloxacilline c. Test d’inhibition par l’acide boronique d. Recherche à partir de l’extrait enzymatique e. Autres techniques 4.2 Recherche et approche phénotypique des carbapénèmases 4.2.1 Classification 4.2.2 Signes d’appel 4.2.3 Détection des carbapénèmases a. Carbapénèmase de la classe A d’Ambler b. Carbapénèmase de la classe B d’Ambler : métallo-carbapénèmase c. Carbapénèmase de la classe D
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Dans ce chapitre sont répertoriées quelques techniques phénotypiques pour la caractérisation des β-lactamases. Ces tests ne sont pas obligatoires pour l’interprétation de l’antibiogramme mais aident le microbiologiste à mieux comprendre les mécanismes de résistance des bactéries aux β-lactamines.
4.1- Recherche et approche phénotypique des céphalosporinases (Cases)
transférables (AmpC)
Ce type de résistance a été identifié dès les années 90, il est suspecté lorsqu’il existe une résistance acquise aux C3G avec un test de synergie négatif en particulier chez les espèces non productrices de Case telles que : K.pneumoniae, K .oxytoca, Salmonella spp. , P.mirabilis.
Les Cases transférables (AmpC) inactivent les aminopénicillines, l’amoxicilline+acide clavulanique, les uréidopénicillines, la ticarcilline, les C1G, C2G, C3G et même les céphamycines, latamoxef et l’aztréonam mais elles n’ont aucune activité vis-à-vis du céfépime, du cefpirome et des carbapénèmes. Nous notons l’absence de synergie avec l’acide clavulanique et avec l’EDTA.
Exemples : CMY/LAT, MIR-1, DHA-1, ACC-1
Les Cases de type AmpC sont inhibées par divers inhibiteurs tels que la cloxacilline (activité inhibitrice étroite) ou « BRL 42715 » et « Ro 48-1220 » qui ont une activité inhibitrice plus large.
BRL 42715 : N-1 méthyl-1,2,3-triazolyl méthylène(SKB) inibiteur des enzymes :
- synthétisés par les plasmides : TEM, SHV, OXA, enzymes staphylococciques
- synthétisés par les chromosomes de Bacteroides spp., Enterobacter spp., Citrobacter spp., Serratia spp., Morganella spp., Escherichia spp., Klebsiella spp. et Proteus spp.
Ro 48- 1220 : 2 β alkenyl penicillamic acid sulfone (Hoffmann- Laroche Ltd.) inihibiteur des β- lactamases des groupes 1, 2b et 2be.
Tableau 19 : Phénotypes de résistance des souches synthétisant des céphalosporinases(33)
β - Lactamines Synergie Enzymes
AMX AMC TIC TCC PIP TAZ FOX CTX CAZ FEP ATM IMP AC EDTA
CMY, DHA
FOX, MOX R R R I R S/I/R R I/R R S I/R S - -
ACC-1 R R R I R S/I/R S I/R R S I/R S - -
4.1.1- Tests de détection (18):
a. Méthode des 2 disques de céfoxitine et céfotétan avec inhibiteur :
Réaliser un antibiogramme, dans une boîte carrée de 16 cm, avec deux disques de céfoxitine (FOX) et deux disques de céfotétan (CTT).
Placer 2 disques vierges imprégnés d’une solution d’inhibiteur de Case (INH) (cloxacilline : 100 et 200 µg ; Ro 48-1220 : 10 et 20 µg ; BRL : 10 et 20 µg), et un disque de céfoxitine et un disque de céfotétan auxquels on ajoute une solution d’inhibiteur à la concentration de 20 µg (Ro 48-1220 ou BRL 42715) selon le schéma suivant :
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Figure 9 : Schéma expliquant la disposition des disques d’antibiotiques et les distances entre
chacun d’eux pour la détection des céphalosporinases (Case).
FOX FOX 25 mm
25 mm
CTT CTT
25 mm ININH
CTT+ INH FOX+ INH
25 mm
25 mm 25 mm
25 mm
INH (inhibiteur de Case) : cloxa 100µg et
200µg ou Ro 48-1220 (10 et 20 µg) ou BRL
42715 (10 et 20 µg). Les disques utilisés
sont : FOX (céfoxitine) et CTT (céfotétan). En
bas : Fox+INH/CTT+INH (20µg de Ro48-
1220/20µg BRL42715)
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Figure 10:Figure 10:Figure 10:Figure 10: Recherche des Cases par la méthode des 2 disques de céfoxitine et céfotétan avec
inhibiteur (18)
- Le céfotétan (CTT) est un antibiotique de référence pour mettre en évidence l’enzyme ACC-1 en le plaçant face à des disques imprégnés par les inhibiteurs Ro 48-1220 (10 ou 20 µg) ou BRL (10 ou 20 µg)....
- Apparition d’une image de synergie entre les disques FOX et /ou CTT et le disque d’inhibiteurs : l’enzyme mise en évidence est ACC-1
- La cloxacilline est un faible inhibiteur par rapport aux autres inhibiteurs testés, cependant ces derniers ne sont pas actuellement commercialisés.
B : Ro 48-1220 (10 et 20 µg)A : Cloxa (100 et 200 µg)
C : BRL 42715 (10 et 20 µg)�
A : La cloxacilline est un faible inhibiteur
de Case.
B : Apparition d’une image de synergie
entre l’inhibiteur Ro 48-1220 et les
disques de céfoxitine et céfotétan,
synergie plus importante avec 20µg de
Ro 48-1220.
C : Apparition d’une image de synergie
entre l’inhibiteur BRL 42715 et les
disques de céfoxitine et céfotétan,
synergie plus importante avec 20µg de
Ro 48-1220.
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b- Test à la cloxacilline (1)
Principe : Ce test utilise la cloxacilline qui agit comme inhibiteur de Case tout en restant inefficace sur les pénicillinases des bacilles à Gram négatif.
Il est utilisé pour distinguer sur l’antibiogramme habituel, les hypersécrétions de Cases (CHN) des BLSE.
Technique :
L’antibiogramme sera réalisé sur MH additionné de cloxacilline (selon le tableau cité ci-après)
Entérobactéries groupe1 et 2
Entérobactéries groupe3
P. aeruginosa -Acinetobacter spp.
Concentration en cloxacilline 0,5 mg/ml 1 mg/ml
Préparation de la solution de la cloxa
50mg de Cloxa+ 10ml d’eau distillée
100 mg de Cloxa +10 ml d’eau distillée
Pour une boîte ronde (90mm) 2 ml de solution +18 ml de MH 2 ml de solution+ 18 ml de MH
NB : L’oxacilline peut être utilisée à la place de la cloxacilline.
On dépose, sur la surface gélosée et ensemencée, les disques d’antibiotiques (β- lactamines figurant dans le tableau N° (entérobactérie, P.aeruginosa et Acinetobacter spp.) Incuber 18 heures à 35 °C
Contrôle de qualité : E.coli ATCC 25922 et P.aeruginosa ATCC 27853.
Lecture :
Le test à la cloxacilline est interprété en comparant l’antibiogramme réalisé sur MH additionné de cloxacilline à celui réalisé sur MH sans cloxacilline (gardé la veille au frais).
Interprétation :
L’inhibition de la Case entraîne : - L’apparition des phénotypes sauvages de l’entérobactérie, de P. aeruginosa ou
d’Acinetobacter spp.
- L’apparition d’autres mécanismes de résistances acquises tels que : synthèse de BLSE, pénicillinase, imperméabilité.
Remarque : Parfois, il faudra augmenter la concentration de la cloxacilline.
c- Test d’inhibition par l’acide boronique (5)
Préparation des disques contenant une solution d’acide boronique :
- Prendre 120 mg d’acide phénylboronique (benzene boronic acid), le dissoudre dans 3 ml de diméthyl sulfoxide, ajouter 3 ml d’eau distillée stérile.
- Déposer 20 µl (400µg) de cette solution dans des disques vierges et des disques contenant du céfotétan (30µg).
- Les disques sont séchés pendant 30 mn à température ambiante
- Ces disques peuvent être utilisés immédiatement ou stockés à +4 ou -70 °C (dans un étui sec)
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- Ensemencer une boîte de MH avec un inoculum de 0.5 Mc Farland, déposer un disque de céfotétan (30µg) et un disque de céfotétan (30 µg) + 400µg d’acide boronique.
Incuber la boîte 18 H à 35 °C. LectureLectureLectureLecture ::::
Toute augmentation du diamètre d’inhibition de 5 mm, voire plus, autour du disque de céfotétan associé à l’acide boronique par rapport au disque de céfotétan seul révèle la présence d’AmpC.
Figure 11Figure 11Figure 11Figure 11 :::: Comparaison entre le test de confirmation pour les BLSE et le test à l’acide
boronique pour la détection des AmpC. (5)
Recherche de β-lactamase avec deux K.pneumoniae de référence ATCC 700603 produisant une BLSE sans AmpC et R154 qui produit une Amp C sans BLSE.
A gaucheA gaucheA gaucheA gauche :::: K. pneumoniae ATCC 700603 BLSE (+) AmpC (-). En haut : L’acide clavulanique restaure l’activité de ceftazidime ; en bas : il n ya pas de différence significative entre les diamètres d’inhibition autour de céfotétan seul et céfotétan+acide boronique.
A droiteA droiteA droiteA droite :::: K. pneumoniae ATCC R154 BLSE (-) AmpC(+).En haut : L’acide clavulanique ne restaure pas l’activité de ceftazidime ; en bas : l’acide boronique restaure l’activité de céfotétan avec présence d’une image de synergie entre les deux zones d’inhibition.
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Figure 12Figure 12Figure 12Figure 12 :::: Recherche des β-lactamases (BLSE et AmpC) en utilisant ceftazidime et ceftazidime+acide clavulanique (en haut) et les mêmes deux disques après ajout de 20 µl (400 µg) d’acide boronique (en bas).
K. pneumoniae synthétise une BLSE et une Amp C (5).
dddd---- RecherRecherRecherRecherche à partir de l’extrait enzymatique (7)che à partir de l’extrait enzymatique (7)che à partir de l’extrait enzymatique (7)che à partir de l’extrait enzymatique (7)
- Travailler à partir d’une culture fraîche de 18 H sur gélose Mueller-Hinton ; récupérer la culture dans un tube de centrifugation (10-15 mg) et resuspendre cette culture en eau peptonée, centrifugé à 3000 tr/mn pendant 15 mn.
---- Extraction enzymatiqueExtraction enzymatiqueExtraction enzymatiqueExtraction enzymatique ::::
Le culot de centrifugation va subir 7 étapes de congélation et décongélation entraînant la lyse bactérienne et libérant ainsi les enzymes.
- Ensemencer E. coli ATCC 25922 sur une boîte de MH, placer 4 disques de céfoxitine (30µg) au niveau des 4 extrémités d’une boîte ronde.
- Au centre de la gélose, à l’aide d’une pipette Pasteur, faire 4 petits puits distants de 5mm entre eux.
A partir de ces puits, découper à l’aide d’un scalpel stérile 4 petites lignes de gélose de 3 cm de long vers les 4 disques de céfoxitine. S’arrêter à 3 mm du disque.
- Déposer 30 à 40 µl d’extrait enzymatique dans les 4 puits.
- Laisser reposer 5 à 10 mn la boîte, incuber 1 nuit à 35 °C.
Ce test doit être refait sur une autre boîte après addition dans l’extrait enzymatique d’un disque de 5 µg de cloxacilline incubé à 35 °C pendant 30 mn.
Puis on dépose cet extrait dans la boîte.
Les associations ceftazidime+acide clavulanique et ceftazidime +acide boronique donnent une faible restauration de l’activité de ceftazidime ; l’association ceftazidime+acide clavulanique +acide boronique entraîne une restauration de l’activité de ceftazidime.
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Lecture :
Boîte 1 (extrait enzymatique sans cloxacilline):
- Si la zone d’inhibition autour du disque de la céfoxitine ne change pas : pas de Case.
- S’il y a invagination du diamètre d’inhibition autour du disque de céfoxitine : c’est une Case.
Boîte 2 (extrait enzymatique + cloxacilline):
- Pour le même extrait enzymatique l’image va disparaître car la Case sera détruite par la cloxacilline.
Figure 13 : Recherche de céphalosporinase à partir de l’extrait enzymatique
e- Autres techniques :
- Transfert par conjugaison de la résistance aux C3G sans synergie avec l’acide clavulanique.
- PCR
Le typage des céphalosporinase se fait uniquement par les techniques de biologie moléculaire (PCR avec des amorces spécifiques) suivies d’un séquençage.
4.2- Recherche et approche phénotypique des carbapénèmases
Commercialisés depuis plus de 15 ans, les carbapénèmes (imipénème et méropénème) restent toujours actives et apparaissent souvent comme le dernier recours thérapeutique.
Cependant, de nombreuses enzymes différentes sont décrites de part le monde, elles sont majoritairement transférables. Ces enzymes sont dénommées : IMP, VIM, SPM, GIM, KPC, GES, OXA et retrouvées chez des bactéries opportunistes comme P. aeruginosa et Acinetobacter baumannii. Actuellement, elles sont décrites chez les entérobactéries.
La souche A (souche testée) : nette déformation de la zone d’inhibition. Souche B : souche de référence AmpC (+) ; Souche C (souche testée) : faible déformation du diamètre d’inhibition, elle est considérée comme indéterminé ou négatif ; Souche D: souche de référence négative AmpC (-).
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4.2.1- Classification:
Tableau 20 : Classification des carbapénèmases (16)
Classification d’AMBLER Type d’enzyme Spectre d’activité Germes
A type sérine KPC Toutes les β-lactamines Entérobactéries Ps. aeruginosa
A type sérine SME Carbapénèmes et aztréonam mais pas C3G
S. marcescens
A type sérine NMC-A, IMI Carbapénèmes et aztréonam mais pas C3G
Enterobacter spp.
A type sérine GES Imipénème et C3G Ps. aeruginosa
Entérobactéries
B métallo-β- lactamase IMP, VIM Toutes les β-lactamines sauf aztréonam
Entérobactéries Pseudomonas spp. Acinetobacter spp.
D type sérine OXA Carbapénèmes (faible activité) Acinetobacter spp. (Entérobactéries)
4.2.2. Signes d’appel (8)
� Diamètre d’inhibition pour méropénème et imipénème < 22 mm Diamètre d’inhibition pour ertapénème< 21 mm
� Présence de colonies discrètes dans la zone d’inhibition des carbapénèmes (surtout ertapénème)
� CMI (E-test) pour les carbapénèmes ≥2 μg/ml CMI (E-test) pour ertapénème > 0.5 μg/ml
Et habituellement
� Résistance aux C3G (ceftazidime, céfotaxime, ceftriaxone)
Tableau 21 : Phénotypes de résistance en fonction des différentes carbapénèmases (33)
β-Lactamine Synergie Enzymes
AMX AMC TIC TCC PIP TAZ FOX CTX CAZ FEP ATM IMP AC EDTA
IMP, VIM, SPM, GIM R R R R R R R R R R R R - +
NMC-1, IMP -1, SME-1 R R R R R R R R R R R R - -
KPC R R R R R R I/R R R I/R R R + -
GES-2/4
(K .pneumoniae) R R R R R R R R R I/R R R + -
4.2.3- Détection des carbapénèmases
a- Carbapénèmase de la classe A d’Ambler (16) : elles sont rares.
Phénotypiquement, on distingue deux groupes :
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- Groupe 1: Présente un haut niveau de résistance à l’ATM et une sensibilité presque normale aux C3G.
Exemple : NMC-A (Non metallo-carbapénèmase), Sme-1 et Sme-2 (Serratia marcescens), IMI-1 (Imipénème), elles sont d’origine chromosomique.
Les KPC-1, KPC-2 et KPC-3 (K.pneumoniae carbapénèmase), contrairement aux autres, confèrent un haut niveau de résistance aux C3G avec une résistance croisée entre carbapénèmes (imipénème, méropénème, ertapénème, doripénème). Les gènes KPC sont associés à un transposon porté par un plasmide et se transmettent facilement par conjugaison (20).
Ces enzymes sont inhibées par l’acide clavulanique et par l’acide boronique, il n’y a pas de synergie entre carbapénèmes et cloxacilline.
Elles ne sont pas inhibées par l’EDTA ou l’acide dipicolinique et l’ATM est hydrolysé par ces enzymes.
- Groupe 2 : GES-2 présente une résistance de haut niveau à l’imipénème et aux C3G.
Méthodes de détection :
� On peut les détecter par une synergie entre AMC et IMP (8)
Cependant les souches productrices de ce type d’enzymes sont souvent multirésistantes avec la participation de plusieurs mécanismes de résistance enzymatique ou non. Pour cela, la détermination de la CMI d’une carbapénème en présence ou non d’acide clavulanique par une méthode de dilution avec des variations de l’inoculum sera préférée (1).
� Test de Hodge modifié (8)
100% de sensibilité et de spécificité pour la mise en évidence des KPC
� Méthode de référence : PCR et séquençage.
b- Carbapénèmase de classe B d’Ambler : Métallo-carbapénèmase (1,32)
Il s’agit d’enzymes dépendantes du Zn++ et inhibées par l’EDTA, d’origine plasmidique (les gènes sont dans des cassettes au sein d’intégrons de type 1 sauf pour les gènes de l’enzyme SPM-1) .Elles ne sont pas inhibées par l’acide clavulanique, tazobactam, sulbactam ou par l’acide boronique.
Les enzymes confèrent la résistance aux pénicillines (la sensibilité à la pipéracilline est variables selon le type d’enzyme), aux carbapénèmes, aux C3G et aux céphamycines ; seul l’aztréonam n’est pas inactivé.
Il existe 3 groupes phylogéniquement différents :
• Le groupe IMP • Le groupe VIM �• � ������ �������
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Méthodes de détection :
� Inhibition par l’EDTA :
Déposer 750 µg d’EDTA (soit 4 µl d’une solution d’EDTA 0.5 M pH : 8) sur un disque
d’imipénème et comparer le diamètre obtenu avec celui d’un disque d’imipénème seul (33).
Figure 14 : P. aeruginosa producteur de carbapénèmase de type B.
� Test de Hodge modifié (8)
100% de sensibilité et de spécificité pour détecter les métallo-carbapénèmases (même technique que pour l’enzyme KPC).
� PCR+ Séquençage
Test de Hodge modifié pour détecter les KPC et les métallo carbapénèmases
Technique :
� Souche révélatrice: E.coli ATCC 25922
� Préparer une suspension bactérienne d’E. coli ATCC 25922 à 0.5 MF dans 5 ml d’eau physiologique.
Diluer cet inoculum au 1/10ème (0,5 ml de la suspension de 0,5 MF + 4,5 ml d’eau physiologique.
� Ensemencer une gélose MH par écouvillonnage, laisser sécher 3 à 5 mn.
� Déposer au centre un disque d’ertapénème 10µg (ou de méropénème)
� A partir du disque, faire une inoculation en trait avec la souche à tester et avec deux souches de référence (K.pneumoniae ATCC BAA-1705 : carbapénèmase positive) et K.pneumoniae ATCC BAA-1706 : carbapénèmase négative).
� Incuber à 35°C ±2°C pendant 16 à 24 heures.
Interprétation :
Après 16 -24 H d’incubation, les souches productrices de carbapénèmase de type B vont pousser jusqu’au contact du disque d’ertapénème ou méropénème
- Un test de Hodge modifié est positif quand Escherichia coli ATCC 25922 au contact d’une souche productrice de carbapénèmase de type B, va pénétrer et croître dans le diamètre d’inhibition en donnant un aspect d’invagination de la culture.
- Un test de Hodge modifié est négatif quand il n’y a aucune modification du diamètre d’inhibition d’Escherichia coli ATCC 25922 au contact des souches à étudier (CLSI 2011 M100-S21)
L’EDTA inhibe l’enzyme entraînant une augmentation du diamètre d’inhibition du disque IPM +EDTA par rapport au disque IPM seul (18).
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Figure 15 : Test de Hodge modifié
(CLSI 2011 M100-S21)
c- Carbapénèmase de classe D (1)
Les oxacillinases ayant une activité de carbapénèmase ont été décrites presque uniquement
chez Acinetobacter baumannii, plus rarement chez Klebsiella pneumoniae, Enterobacter spp. et
Pseudomonas aeruginosa. Les gènes ne sont pas portés par des intégrons.
Méthode de Détection :
� PCR + séquençage : c’est la technique de référence.
� Test de ROSCO.
Test de ROSCO
Figure 16 : Schéma proposé par Rosco pour la détection des carbapénèmases KPC,
métallo-β-lactamases et oxacillinases (8)
2
3
1
Un disque d’ertapénème ou de
méropénème est appliqué au centre
d’une gélose MH ensemencée par une
souche d’E.coli ATCC 25922.
Trois souches sont ensemencées par
stries ;
1: K. pneumoniae ATCC BAA-1705
(témoin positif) ; 2: K.pneumoniae ATCC
BAA-1706 (témoin négatif) ; 3: Souche
testée. La déformation du diamètre à
l’intersection entre une strie et la culture
de E. coli ATCC 25922 signe la présence
d’une hydrolyse des carbapénèmes par
la souche testée. La souche testée (n°3)
produit une carbapénèmase.
Les disques utilisés sont : ertapénème
(ERT) ou méropénème (MER).
Ce schéma illustre la disposition des
disques et les distances entre eux pour la
détection des carbapénèmases KPC,
métallo-β-lactamases et oxacillinases.
Abréviations : IM+ED : imipénème+EDTA ;
MER : méropénème ; ERT : ertapénème ;
DPA : ac.dipicolinique ; AMC :
amoxicilline+clav. : CLOXA : cloxacilline ;
BOR : ac. Boronique.
Les chiffres représentent la distance entre
deux disques (en mm).
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Interprétation des tests proposés par Rosco
� Métallo-β-lactamases :
Action positive des agents chélateurs: présence d’une zone d’inhibition (ou une zone fantôme) entre les disques DPA et les disques méropénème et/ou ertapénème ou entre le disque imipénème-EDTA et les disques méropénème et/ou ertapénème.
Le test de Hodge est positif.
� KPC (enzymes classe A) :
Pas d’action des agents chélateurs (pas de zone d’inhibition ou fantôme)
Présence de synergie entre l’ac. boronique et/ou l’amoxicilline/ac.clavulanique et les carbapénèmes (une ou plusieurs).
Pas de synergie entre la cloxacilline et les carbapénèmes.
Le test de Hodge est positif.
� Oxacillinases (enzymes classe D)
Pas d’action des agents chélateurs (pas d’inhibition).
Absence de synergie entre amoxicilline /ac.clavulanique et les carbapénèmes
Absence de synergie entre acide boronique/cloxacilline 500 µg et les carbapénèmes.
Le test de Hodge positif.
� AmpC haut niveau + modification / perte de porine Présence de synergie entre la cloxacilline et les carbapénèmes.
Le test de Hodge négatif.
79
AUTRES BACTERIES
Dr N. Benamrouche
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La technique de l’antibiogramme n’étant pas standardisée pour toutes les espèces
bactériennes, nous proposons ci-après un protocole technique consensuel
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1. Yersinia pestis :
Précautions à prendre au niveau du laboratoire:
- Manipulation obligatoire des prélèvements sous hotte avec filtration d'air (hotte à flux laminaire vertical).
- Le manipulateur doit porter des vêtements de protection : lunettes de protection, masque respiratoire chirurgical, blouse, double gants.
- Préparation du plateau de travail: pipettes pasteur, anses de platine, récipient en verre autoclavable contenant de l'eau de javel, boîtes de milieux de culture préalablement séchées, boîte de Petri vide (servira au transport des lames de Gram ou de bleu), lames, pinces, poires, coton imbibé d'alcool à 70°, stérilisateur d'anses.
- Le travail doit se faire dans le calme, les gestes doivent êtres lents et le manipulateur doit être concentré sur son travail.
Détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI) :
a- Milieu de culture :
Mueller-Hinton liquide ajusté en cations (Ca++, Mg++)
b- Contrôle de qualité :
E coli ATCC 25922 est utilisée comme souche de référence pour le contrôle de qualité.
c- Gamme de dilution :
- Dissoudre 10.24 mg de poudre titrée d'antibiotique dans 10 ml du solvant correspondant.
- Répartir dans des tubes stériles le MH liquide ajusté en cations à raison de 0.25 ml/tube (macro-méthode), ou bien en microplaque à fond rond à raison de 25 µl/cupule.
Dilutions des antibiotiques pour les CMI en milieu liquide (voir tableau N° 10)
d- Inoculation des tubes ou des cupules et inoculum :
- A partir d'une culture pure de 48h, préparer une suspension de la souche à étudier dans 5 à 10 ml d'eau physiologique d'une densité équivalente à 0.5 Mc Farland.
- Déposer 0.05 ml (50µl) par tube, ou 0.005 ml (5 µl) par cupule de cette suspension bactérienne.
- Pour chaque série, réaliser un témoin sans antibiotique en déposant dans un tube : l’inoculum (0,05ml), le solvant (0,25ml) et le MH liquide (0,70ml).
e- Incubation :
Incuber pendant 24h à 35 ± 2°C, ou 48h si la culture n'est pas apparente dans le tube (ou cupule) témoin.
f- Lecture : (table de lecture 14)
La CMI de chaque antibiotique correspond à la première cupule sans culture apparente (visuelle).
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2. Bordetella pertussis :
2.1- Méthode de diffusion des disques :
a- Milieu :
- Gélose MH additionnée de 10% de sang de cheval défibriné, coulée sur une épaisseur de 4mm.
- Les géloses sont séchées avant l'emploi.
b- Inoculum :
- A partir d'une culture de 36h à 48h, sur milieu d'isolement, racler à l'aide d'une anse de platine quelques colonies bien isolées.
- Décharger l'anse dans 5ml de Mueller-Hinton liquide.
- Bien homogénéiser la suspension bactérienne, son opacité doit être équivalente à 0.5 Mc Farland ou à une D O de 0.08 à 0.10 lue à 625 nm.
- L'inoculum peut être ajusté en ajoutant, soit de la culture s'il est trop faible, soit du Mueller-Hinton liquide, s'il est trop fort.
c- Ensemencement :
Il se fait par écouvillonnage selon la fiche technique n° 1.
d- Application des disques d'antibiotiques :
- Les disques d'antibiotiques doivent être suffisamment espacés (grandes zones d’inhibition).
e- Lecture :
- Mesurer avec précision, les diamètres des zones d'inhibition à l'aide d'un pied à coulisse métallique, boite ouverte et bien éclairée.
- Des souches de B. pertussis résistantes à l'erythromycine sont décrites, d'où la nécessité de déterminer la CMI de l'erythromycine si on observe des colonies à l'intérieur de la zone d'inhibition (éviter les E-test).
f- Contrôle de qualité :
La souche de référence utilisée pour le contrôle de qualité est B. pertussis ATCC 9797.
2.2- Détermination de la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) :
CMI en milieu solide ou par E- test
Dissoudre 16 mg de poudre d’antibiotique dans le diluant correspondant (le diluant utilisé dépend de la nature de l’antibiotique).
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Préparation de la gamme d’antibiotiques :
Solution mère
d’antibiotiques
Solution mère
(ml)
Eau distillée
(ml)
Concentration
en tubes
(µg/ml)
Concentration en
boîtes (µg/ml)
1600 µg/ml 1 ml
0,5 ml
9 ml
9,5 ml
160
80
16
8
Changer de
pipette 80µg/mL
2 ml
1 ml
0,5 ml
0,5 ml
2 ml
3 ml
3,5 ml
7,5 ml
40
20
10
5
4
2
1
0,5 Un
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pip
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Changer de
pipette 5 µg /mL
2 ml
1 ml
0,5 ml
0,5 ml
2 ml
3 ml
3,5 ml
7,5 ml
2,5
1,25
0,63
0,32
0,25
0,125
0,063
0,032
Changer de
pipette
0,32µg/mL
2 ml 2 ml 0,16 0,016
Répartir 2 ml de chaque concentration d’antibiotique en allant de la plus faible à la plus forte concentration dans des boîtes de Petri portant le numéro de la concentration correspondante.
Ajouter dans chaque boîte 18 ml de milieu MH additionné de 10% de sang de cheval, homogénéiser par des mouvements rotatifs et laisser se solidifier, une boîte témoin sans antibiotique est ajoutée.
a- Inoculum :
0.5 Mc Farland, dilué au 1/10.
b- Application :
La concentration finale par spot est de 104 CFU (anse, micropipette ou appareil de Steers)
c- Incubation :
24 à 36 h à 35° C
d- Contrôle de qualité :
La souche de référence utilisée pour le contrôle de qualité est B. pertussis ATCC 9797 et
S.aureus ATCC 29213.
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Tableau 23 : CMI des macrolides, ofloxacine et triméthoprime+sulfaméthoxazole pour B. pertussis et B. parapertussis (9, 12, 34)
B. pertussis B. parapertussis
Antibiotiques Concentrations
critiques µg/ml CMI 90
Concentrations
critiques µg/ml CMI 90
Erythromycine 0.015-0.5 0.12 0.1-0.4 0.25
Josamycine 0.12-0.25 0.25 1 1
Azithromycine 0.0015-0.12 0.06 0.12-0.25 0.12
Clarithromycine 0.005-0.12 0.06 0.25-2 0.5
Roxithromycine 0.12-0.5 - - -
Ofloxacine 0.125 0.125 0.125-0.5 0.25
Sulfaméthoxazole+triméthoprime ≤0.002-0.012 0.004 - -
3. Listeria spp.:
a- Milieu :
Gélose Mueller Hinton, additionnée de 5% de sang de mouton.
b- Inoculum :
- Il est à 0,5 Mc Farland.
- Souches de références : S. pneumoniae ATCC 49619
Listeria monocytogenes ATCC 15313
c- Ensemencement : Se fait par écouvillonnage.
d- Incubation :
- 20 à 24h à 35°C en atmosphère ordinaire.
- Listeria monocytogenes est naturellement résistante aux céphalosporines.
- Les antibiotiques à tester sont : pénicilline, ampicilline, gentamicine, chloramphénicol, tétracycline, triméthoprime/sulfaméthoxazole, érythromycine, rifampicine
- Le CLSI préconise pour l’ampicilline, la pénicilline et le triméthoprime/sulfaméthoxazole la détermination des concentrations minimales inhibitrices par la méthode de micro dilution en milieu liquide.
- Bouillon Mueller Hinton + 2,5 à 5 % de sang de cheval hémolysé incubé à 35°C ; pendant 20 à 24 h. L’interprétation des résultats est :
Ampicilline ≤ 2µg/ml : souche sensible.
Pénicilline ≤ 2µg/ml : souche sensible.
Triméthoprime+sulfaméthoxazole ≤ 0, 5/9, 5 µg/ml : souche sensible
1/19-2/38 µg/ml : souche intermédiaire
≥ 4/76 µg/ml : souche résistante
e- Lecture : Interprétative
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4. Campylobacter spp. :
La méthode de référence préconisée par le CLSI est la détermination de la concentration minimale inhibitrice par la méthode de micro dilution en milieu liquide (pour l’érythromycine, ciprofloxacine, tétracycline et doxycycline), cependant la réalisation de cette technique est lourde en pratique. De ce fait, la technique par diffusion préconisée par le CA-SFM (2011) est recommandée :
a- Milieu : Gélose MH additionnée de 5% de sang de mouton ou de cheval
b- Inoculum : colonies en suspension à 0,5 Mc Farland dilué au 1/10
c- Incubation : 35 à 37°C pendant 18-24h
d- Atmosphère : microaérophile ou anaérobiose selon la croissance optimale des souches
e- Contrôle qualité : Souche de référence, Staphylococcus aureus ATCC 25923 incubée à la
température de 35 à 37 °C pendant 16 à 18h en atmosphère ordinaire
f- Lecture : Table de lecture 15
5. Helicobacter pylori :
Le CLSI préconise la CMI en milieu liquide comme méthode de référence, celle-ci est validée seulement pour une molécule antibiotique, la clarithromycine.
La technique par diffusion est préconisée par le CA-SFM (2011)
a- Milieu : Gélose MH additionnée de 10% de sang de cheval
b- Inoculum : colonies en suspension à 3 Mc Farland, vérifier l’absence de formes coccoides
(< 10 %)
c- Incubation : 35-37°C pendant 72h et 4 jours pour détecter les doubles populations
d- Atmosphère : microaérophilie
e- Lecture : Table de lecture 16
6. Brucella spp.:
La brucellose appartient au groupe à risque III considéré comme une menace pour le personnel de laboratoire.
Les causes essentielles de contamination au laboratoire sont :
- L’habitude des microbiologistes à sentir les cultures bactériennes (sniffing).
- La génération d’aérosols en grand nombre, lors des manipulations (préparation des suspensions bactériennes pour antibiogramme).
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Précautions au laboratoire :
La culture de Brucella est très contagieuse par voie aérienne, conjonctivale et cutanéo
muqueuse.
- La manipulation de la culture sous hotte à flux laminaire vertical (type Biological Safety
Cabinet class III)
- La présence sous la hotte d’un incinérateur d’anse est indispensable.
- Le manipulateur doit être protégé (port de blouse, masque, lunettes et gants).
La technique de l’antibiogramme ne se pratique pas pour les brucelles en raison des risques de
contamination.
Détermination des CMI par technique des E- tests:
a- Milieu :
MH +sang cuit
b- Inoculum :
Faire une suspension directe à 0,5 McFarland dans de l’eau physiologique (Ne pas générer
d’aérosols lors de la préparation de la suspension)
c- Technique :
- Tremper un écouvillon stérile dans la suspension bactérienne.
- L’essorer en le pressant fermement (en le tournant) sur la paroi interne du tube, afin de le décharger au maximum.
- Frotter l’écouvillon sur la totalité de la surface gélosée, sèche, de haut en bas, en stries serrées.
- Répéter l’opération deux fois, en tournant la boite de 60 ° à chaque fois sans oublier de faire pivoter l’écouvillon sur lui-même. Finir l’ensemencement en passant l’écouvillon sur la périphérie de la gélose.
- Dans le cas ou l’on ensemence plusieurs boites de Petri, il faut recharger l’écouvillon à chaque fois.
d- Incubation :
35 +/- 2 °C pendant 48 H (sous CO2 pour certains biovars de B. abortus)
e- Contrôle de qualité :
Il faut en parallèle ensemencer dans les mêmes conditions des souches de référence :
Escherichia coli ATCC 25922
Streptococcus pneumoniae ATCC 49619
f- Interprétation : Voir la table de lecture 18
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
http://www.sante.dz/aarn�88
Tableau 24 : Valeurs limites des CMI des souches de référence utilisées pour le contrôle de qualité des CMI de Brucella spp.
Antibiotiques testés E.coli ATCC 25922
48 Heures
S.pneumoniae ATCC 49619
48 Heures
Streptomycine 4-32 16 -128
Gentamicine 1-8 -
Tétracycline 0,5-4 0,06 - 0,5
Doxycycline 1-4 0,03 - 0,25
Triméthoprime+sulfaméthoxazole - 0,5 / 9,5 – 2 / 38
7. Corynebacterium spp. :
La technique de référence préconisée par le CLSI est la méthode de micro dilution en milieu
liquide, toutefois la technique du E-test présente une bonne corrélation avec la méthode de
référence.
Détermination des CMI par technique des E-tests
a- Milieu :
Gélose MH coulée sur une épaisseur de 4 mm.
Les géloses sont séchées avant l'emploi.
b- Inoculum :
Colonies en suspension équivalent à 0,5 Mc Farland.
c- Incubation :
24 à 48 h à 35°C ; atmosphère ordinaire.
d- Contrôle de qualité :
Souches de référence : Streptococcus pneumoniae ATCC 49619.
Escherichia coli ATCC 25922 pour la gentamicine.
e- Lecture :
Les résistances peuvent être reportées à 24h. Les isolats montrant des sensibilités aux β-lactamines doivent être ré-incubés et les résultats lus à 48h.
f-Interprétation : Voir la table de lecture 19.
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
http://www.sante.dz/aarn 89
8. Pasteurella spp.
a- Milieu :
Gélose MH additionné de 5% de sang de mouton.
b- Inoculum :
Colonies en suspension à 0,5 Mc Farland.
c- Incubation :
35°C en atmosphère ordinaire en 18 à 24h.
d- Contrôle de qualité :
Souches de référence : Streptococcus pneumoniae ATCC 49619
Escherichia coli ATCC 35218 (pour la combinaison β-lactamine/inhibiteur de β-lactamase).
Staphylococcus aureus ATCC 25923 (pour amoxicilline+acide clavulanique et doxycycline).
e- Interprétation : Voir la table de lecture 20
Certaines souches requièrent une incubation sous 5% de CO2. Ces souches doivent être
testées uniquement par la méthode de micro dilution en milieu liquide.
9. Bactéries anaérobies stricts :
Sensibilités et résistances aux antibiotiques :
- Les tétracyclines, macrolides et apparentés sont de moins en moins actifs.
- Bacteroïdes du groupe fragilis et Prevotella sont sécréteurs de céphalosporinases inactivant la pénicilline G, les aminopénicillines, les céphalosporines de première et troisième générations.
- Fusobacterium est sécréteur d'une β-lactamase inactivant pénicilline G, les aminopénicillines, les carboxypénicillines et les uréido-pénicillines.
- Porphyromonas est sécréteur de pénicillinase.
- Clostridium difficile (responsable de colites pseudomembraneuses et de diarrhées) des souches isolées à l'Institut Pasteur d'Algérie sont résistantes à l'imipénème.
- Les bacilles à Gram négatif, les bacilles à Gram positif sporulés, les cocci à Gram positif et négatif sont toujours sensibles aux 5-Nitro-imidazolés.
- Les bacilles à Gram positif sporulés (Clostridium) sont sensibles à la pénicilline G (excepté C. ramosum, C. clostridioforme et C. butyricum).
- Les cocci à Gram positif sont sensibles aux ß-lactamines.
- Le traitement de choix des infections à bacilles Gram négatif (Bacteroïdes, Prevotella, Porphyromonas et Fusobacterium) est un 5-Nitro-imidazolé.
- Le traitement de première intention des infections dues aux bacilles à Gram positif sporulés, Clostridium (excepté C. ramosum, C. clostridioforme et C. butyricum) est la pénicilline G.
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
http://www.sante.dz/aarn�90
- Le traitement des infections graves à C. difficile est soit vancomycine, soit les 5-Nitro -imidazolés.
Toutes ces bactéries peuvent être à l'origine de n'importe quel type d'infection localisée et/ou généralisée.
Les bactéries anaérobies sont sensibles à l'oxygène moléculaire et nécessitent, pour leur isolement et identification, que le prélèvement soit réalisé et transporté dans des conditions d'anaérobiose.
L'institut Pasteur d'Algérie (service Anaérobies) prépare des milieux de transport et de conservation permettant de maintenir les germes aérobies et anaérobies, présents dans un prélèvement, vivants et sans que leur taux de départ ne soit modifié.
Ce milieu permet également de conserver les germes anaérobies isolés dans les différents laboratoires nationaux et de les acheminer vers le laboratoire national de référence des anaérobies pour une identification complète.
La méthode de référence préconisée par le CLSI pour l'étude de la sensibilité aux antibiotiques des bactéries anaérobies est la méthode de dilution, cependant celle-ci est difficile à mettre en œuvre.
La technique par diffusion préconisée par le CA- SFM (2011) est recommandée :
a- Milieu : Gélose Wilkins Chalgren + 5% de sang ou gélose Brucella + vitamine K1 (1mg/L) + 5% de sang
b- Inoculum : colonies en suspension en bouillon Brucella ou Shaedler à 1 Mc Farland, les bouillons doivent être régénérés avant emploi
Pour certaines espèces à croissance lente (> 72h), suspension en bouillon Brucella ou
Shaedler à 0,5 Mc Farland à partir d’une culture en bouillon
c- Incubation : 35 à 37°C pendant 48h si la croissance est suffisante, pour la clindamycine, le test doit être lu impérativement après 48h d’incubation
d- Atmosphère : anaérobiose
MILIEU DE TRANSPORT ET DE CONSERVATION DES GERMES
- Le milieu est présenté en tube à vis gélosé ou semi gélosé d'une contenance de 12 ml, accompagné d'un écouvillon stérile.
- Il est incolore et doit le rester après introduction du prélèvement ou de la souche à tester.
- Il contient deux réducteurs (thioglycolate de sodium et cystéine) et un indicateur d'oxydo-réduction (résazurine) qui est incolore lorsque le milieu est réduit, rose ou bleu lorsque le milieu est oxydé.
- Si ce milieu vire au rose ou au bleu, il doit être régénéré par ébullition pendant 20 minutes avant de procéder à l'inoculation du prélèvement ou de la souche anaérobie à tester. Les souches anaérobies peuvent y être stockées pendant trois semaines au maximum, à l'abri de la lumière.
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METHODE D'UTILISATION
a. Transport de prélèvements :
� Si le pus est abondant :
- Prélever à l'aide d'une seringue stérile montée d'une aiguille stérile, en évitant de faire des bulles.
- Dévisser le bouchon du tube, transvaser le pus prélevé, enfoncer profondément dans la gélose l'écouvillon stérile afin que le pus y pénètre puis revisser rapidement le bouchon après avoir cassé la partie supérieure de l'écouvillon.
� Si le pus n'est pas abondant :
- Prélever à l'aide d'un écouvillon stérile le plus profondément possible.
- Dévisser le bouchon du milieu de transport, enfoncer profondément dans la gélose l'écouvillon chargé de pus, puis revisser rapidement le bouchon après avoir cassé la partie supérieure de l'écouvillon.
b. Transport des souches anaérobies à tester.
- Isoler la souche sur milieu Columbia au sang préparé extemporanément.
- Incuber en anaérobiose 48 h à 5 jours selon l'espèce :
� 48h pour Clostridium spp., Bacteroïdes du groupe fragilis, Fusobacterium spp.
� 72h pour Peptostreptococcus spp., Propionibacterium spp., Actinomyces spp.
� 05 jours pour Prevotella spp., Porphyromonas spp.
- Racler toute la surface de la boîte à l'aide d'un écouvillon stérile.
- Dévisser le bouchon du milieu de transport et y enfoncer profondément l'écouvillon chargé.
- Casser la partie supérieure de l'écouvillon et revisser le bouchon rapidement.
- Garder le milieu de transport ensemencé à l'abri de la lumière à température ambiante, si l'envoi de la souche est retardé.
c. Fiche de renseignements :
L'envoi du milieu de transport vers le laboratoire national de référence des anaérobies de
l'Institut Pasteur d'Algérie doit être accompagné d'une fiche de renseignements dûment
remplie (cf. fiche de renseignements).
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INSTITUT PASTEUR D’ALGERIE
SERVICE DES ANAEROBIES
FICHE DE RENSEIGNEMENTS
NOM : ……………………………………….. N° :
PRENOMS : ………………………………… Opérateur :
AGE : …………. SEXE : …………………….
DATE DE PRELEVEMENT : ……/……./ 2005
ADRESSE/REGION : ……………………………………….
LIEU D’HOSPITALISATION : ………………………………….
NATURE ET SIEGE DU PRELEVEMENT : ……………………………………………………….
RENSEIGNEMENTS CLINIQUES : ………………………………………….……………………..
MALADIES ASSOCIEES : ……………………………………………………………………………
ANTIBIOTIQUES REÇUS : …………………………………………………..………….…………...
DUREE DU TRAITEMENT : ………………………………………………………………………….
AUTRES EXAMENS EFFECTUES : ……………….……………………………………………….
_______________________MILIEU DE TRANSPORT ______________________
(MODE OPERATOIRE)
1) La zone bleue ou rose qui indique l’oxygénation du milieu ne doit pas dépasser 1 cm. Au delà de 1 cm régénérer le milieu de transport par ébullition pendant 20 mn, laisser refroidir.
2) Dévisser le tube contenant le milieu de transport, enfoncer rapidement le coton tige dans le milieu à 0,5 cm du fond du tube et casser la partie supérieure de l’écouvillon (bouchon rouge) puis revisser aussitôt.
3) Garder à température ambiante et acheminer vers le centre de référence des Anaérobies dans les plus brefs délais.
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Tableau 25 : Pourcentage de résistance des Bacteroïdes du groupe fragilis isolés en 2008.
Antibiotiques
Concentrations critiques :
µg/ml (interpretation
prospectus E-test)
Nombre de souches
résistantes % de résistance
Ampicilline (CA-SFM) ≤0,5 - >2 31/31 100
Pipéracilline - >128 15/31 25
Ticarcilline ≤32 - >64 19/31 60
Céfoxitine ≤16 - >64 11/31 35
Céfotaxime ≤16 - >64 28/31 90
Amoxicilline+acide clavulanique
≤4/2 - >16/2 1/31 5
Imipénème ≤4 - >16 0/31 0
Clindamycine ≤2 - >8 15/31 25
Tétracycline ≤4 - >16 20/31 65
Chloramphénicol ≤8 - >32 1/31 5
Métronidazole ≤8 - >32 0/31 0
RECHERCHE DE LA CEPHALOSPORINASE.
Cette recherche doit être réalisée pour toutes les souches de Bacteroïdes du groupe fragilis et de
Prevotella par la technique acidimétrique suivante :
- Dissoudre 1 million d’unités de céfotaxime dans 4,5 ml d’eau distillée stérile.
- Ajouter 0,5 ml d’une solution aqueuse de rouge phénol à 0,5 %.
- Ajuster à pH 8,5 à l’aide d’une solution de soude 1N (obtention d’une couleur pourpre).(Ce mélange peut être conservé 08 jours à -80°C).
- Préparer une suspension dense de la souche à tester dans 0,5 ml d’eau distillée stérile.
- Ajouter 03 gouttes du mélange.
- Inclure, en parallèle, un témoin négatif constitué de 0,5 ml d’une suspension dense de Clostridium perfringens CIP 103 409 en eau distillée stérile additionnée de 3 gouttes du mélange.
- La réaction est négative si la couleur reste pourpre.
- La réaction positive montre un virage du pourpre au jaune : dans ce cas, répondre résistant pour les aminopénicillines, les carboxypénicillines, les céphalosporines 1ère et 3ème génération.
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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95
AUTOMATISATION DES TESTS
DE SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES
Dr N. Benamrouche
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L’introduction de l’automatisation des tests de sensibilité aux antibiotiques permet de répondre aux besoins croissants des laboratoires hospitaliers devant la charge de travail en offrant une meilleure gestion du temps avec des systèmes qui permettent une identification et un antibiogramme rapides et un rendu de résultats en CMI pour les tests de sensibilité en se basant sur la méthode de CMI en milieu liquide.
En Algérie, certains laboratoires hospitaliers ont introduit ces automates dans la pratique courante de diagnostic.
Devant cette situation, et dans un but de standardisation*. Nous avons décidé d’intégrer dans cette nouvelle édition, un chapitre spécifique à l’antibiogramme automatisé.
Les tableaux 26-33 rapportent un descriptif des différents automates existant sur le marché à savoir : Vitek2 Compact, Phoenix et Microscan WalkAway SI, de chaque automate comparativement à la méthode manuelle classique et les performances ainsi que les limites de chaque appareil.
Un choix préalable des listes antibiotiques a été fait concernant chaque automate en se rapprochant le plus possible des listes standardisées du réseau utilisées dans la méthode manuelle classique et basées sur la liste des antibiotiques de la nomenclature algérienne.
Cette sélection a concerné les antibiotiques utilisés en médecine humaine et dans la mesure du possible (quand le fournisseur proposait cette recherche) en médecine vétérinaire.
* : Un séminaire-atelier a été organisé sur ce thème par le réseau AARN à l’IPA (annexe Sidi Fredj) les 9 et 10 février 2010
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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CONTROLE DE QUALITE DE L’ANTIBIOGRAMME
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Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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1. Objectifs :
- Rappelons que le contrôle de qualité permet de garantir :
� La précision et la fiabilité de la technique des tests de sensibilité.
� La performance des réactifs utilisés dans les tests.
� La performance du personnel qui effectue les tests et la lecture.
- Afin de se conformer à ces exigences, plusieurs souches de référence peuvent être utilisées :
Escherichia coli ATCC 25922
Escherichia coli ATCC 35218
Klebsiella pneumoniae ATCC 700603
Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853
Staphylococcus aureus ATCC 25923
Staphylococcus aureus ATCC 43300
Staphylococcus aureus ATCC 43866
Staphylococcus aureus ATCC 29213
Enterococcus faecalis ATCC 29212
Haemophilus influenzae ATCC 49247
Neisseria gonorrhoeae ATCC 49226
Streptococcus pneumoniae ATCC 49619
Haemophilus influenzae ATCC 49766
2. Procédure de contrôle :
- Le contrôle de qualité doit se faire à chaque nouveau lot de Mueller-Hinton et ou
d’antibiotiques. Ce travail de contrôle doit être permanent.
Il est conseillé de désigner dans chaque laboratoire une personne chargée de la
supervision du contrôle de qualité.
Une traçabilité des disques antibiotiques doit être réalisée à l’aide des numéros de lots.
- Les souches de référence devant être obligatoirement testées sont :
E. coli ATCC 25922
S. aureus ATCC 25923
P. aeruginosa ATCC 27853
S. pneumoniae ATCC 49619
H. influenzae ATCC 49247
- Une fois par semaine, ces souches seront testées, dans les mêmes conditions opératoires que celles décrites pour les bactéries isolées (Cf protocole de surveillance des tests de contrôle de qualité page 98- 99).
Toutefois d’autres souches peuvent être intégrées dans le système de contrôle, leur choix est laissé à l’appréciation du microbiologiste et doit tenir compte du type d’antibiogramme pratiqué.
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- Faire une analyse mensuelle (analyse pouvant être faite par le logiciel Whonet), de l’ensemble des tests de contrôle de qualité, par molécule et par technicien. Si les résultats ne sont pas satisfaisants, il faudra contrôler chacun des paramètres suivants :
1. La lecture et l’interprétation des diamètres des zones d’inhibition
2. Le milieu de culture
3. L’inoculum
4. Les disques d’antibiotiques
5. Les souches de référence.
- Le contrôle de qualité doit être pratiqué par tous les techniciens et jamais par un seul.
2.1- Lecture et interprétation :
- La lecture de l’antibiogramme doit se faire à l’aide d’un pied à coulisse. Elle doit être précise :
o pour éviter au maximum les erreurs de parallaxe en maintenant l’instrument de mesure perpendiculairement à l’axe optique.
o pour les MH au sang la lecture des diamètres se fait à l’intérieur des boîtes, sans toucher la gélose
o pour les MH simples la lecture se fait à l’extérieur de la boîte.
- Il faut vérifier que les interprétations (S, I, R) correspondent bien aux diamètres mesurés.
- Les mesures des diamètres d’inhibition seront soigneusement prises, et comparées aux valeurs critiques figurant dans la table de lecture 13.
- Il faut éviter les confusions entre les différentes tables de lecture.
- Les deux causes principales d’erreur sont: mauvais ensemencement (stries non
serrées) et mauvaise mesure des diamètres.
2.2- Contrôle du milieu :
. . pH :
- Doit être de 7,2 à 7,4. Il faut le contrôler pour chaque nouveau lot de M H, à l’aide d’un pH- mètre, en effet toute variation de pH affecte l’activité des aminosides, des macrolides et des phénicolés.
- Plonger l’électrode dans un flacon de MH, semi liquide (faire attention, car il y a risque d’éclatement de l’électrode si la température est trop élevée), la gélose doit se solidifier autour de l’extrémité de l’électrode, à ce moment là: prendre le pH.
. . Préparation des boîtes :
- Couler le milieu MH sur des boîtes posées au préalable sur un plan de travail strictement horizontal afin de permettre une répartition homogène du MH de 04 mm d’épaisseur (ce qui correspond à une quantité de 20 ml de MH pour les boîtes de Petri de 90 mm de diamètre).
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. . Humidité:
- Les boîtes doivent être convenablement séchées avant l’ensemencement.
. . Concentration en thymidine ou thymine:
- Une concentration trop élevée en tymidine, entraîne une réduction des diamètres d’inhibition autour des disques de sulfamides et triméthoprime.
Ignorer 20% de croissance au bord du disque du diamètre d’inhibition et lire la ligne de croissance la plus visible.
- Pour cela, il faut tester le milieu MH avec la souche de référence E. faecalis ATCC 29212, un diamètre d’inhibition ≥ 20 mm doit être observé autour du disque de triméthoprime+sulfaméthoxazole.
-
. . Concentration en cations divalents:
- Une concentration trop élevée en ions divalents (principalement : Ca2+ et Mg2+) entraîne une diminution des zones d’inhibition pour les aminosides (testés pour P. aeruginosa), alors que de faibles concentrations donnent des zones d’inhibition trop grandes.
- Les ions Zn 2+ influencent l’activité des carbapénèmes.
- Ces concentrations doivent être de: Calcium ------------------------ 50 - 100 mg/l
Magnésium -------------------- 20 - 35 mg/l
2.3- Contrôle de l’inoculum :
- Préparer l’étalon 0,5 Mc Farland, en versant 0,5 ml d’une solution de Ba Cl2 dihydraté à 1% (10 g/l), dans une éprouvette de 100ml. Compléter à 100 ml avec du H2 SO4 à 1% (10 ml/l). Ainsi préparé, il doit avoir une D.O. de 0,08 à 0,1 lue à 625 nm.
- Aliquoter la solution en volumes de 10ml, dans des tubes identiques à ceux qui serviront à la préparation des inoculums (le nombre d’aliquots sera fonction du nombre de manipulateurs).
- Sceller ces tubes de façon à éviter toute évaporation (parafilm, ruban adhésif, ..).
- Repérer le niveau du liquide à l’aide d’un marqueur, et le contrôler régulièrement en prenant la densité optique.
- Conserver les tubes à température ambiante et à l’abri de la lumière (papier aluminium).
- Homogénéiser le tube étalon avant de le comparer à l’inoculum préparé :
Inoculum et étalon doivent avoir la même turbidité lorsqu’ils sont examinés sur un fond rayé.
- Privilégier l’utilisation des densitomètres.
2.4- Disques d’antibiotiques :
- Il existe 03 normes servant à la production de disques imprégnés d’antibiotiques :
� Normes DIN (Deutsche Institut fur Norming) (90-125%)
� Normes WHO (World Health Organisation) (75-135%)
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� Normes FDA (Food Drug Administration) (60-135%)
Les valeurs citées ci-dessus correspondent aux écarts tolérés sur le disque par rapport à la charge indiquée pour l’antibiotique en question.
- Avant d’utiliser toute cartouche d’antibiotique, il faut vérifier la date de péremption, surtout pour les β-lactamines, ainsi que la charge des disques.
- Le stock de cartouches d’antibiotiques doit être conservé, à –20°C, les cartouches dans leurs étuis correctement rebouchés. Les applicateurs, munis de cartouches d’antibiotiques sont conservés à +4°C.
- Tout disque mouillé, ou ayant été directement au contact de la glace, ou bien encore conservé à température ambiante ne devrait pas être utilisé.
- Les cartouches doivent être retirées du congélateur 1 à 2 heures avant leur utilisation.
2.5- Souches de référence :
- Dés leur réception, les souches de référence doivent être isolées sur milieu
adéquat, une gélose nutritive ordinaire suffit pour les bactéries non exigeantes
(voir tableau ci-après).
- A partir de cette culture faire 12 congélations à - 70°C.
- Chaque mois sortir un tube de congélation de chaque souche qui sera testée.
- Gratter la souche à l’aide d’un écouvillon sans la décongeler.
- Refaire 12 congélations pour l’année suivante à partir du 12ème tube de
conservation.
- Les valeurs critiques des souches de référence pour les antibiotiques testés sont
reportées dans la table de lecture 13.
Mode de conservation Observations
-Lyophilisation
-Congélation à –70°C
-Gélose profonde
-Conservation à long terme
-Conservation à long terme
-Repiquage régulier des souches.
- A défaut de congélateur ou de lyophilisateur, on peut ensemencer une GSC inclinée ; l’incuber 24h, puis la conserver à –20°C. Cette technique permet de conserver le pneumocoque jusqu’à 6 mois.
2.6- Une évaluation externe de la qualité est instaurée depuis 1999, pour l’ensemble des laboratoires du réseau de surveillance de la résistance aux antibiotiques. Tout microbiologiste désirant participer à ce contrôle, pourra le faire en s’inscrivant au laboratoire de bactériologie médicale, de l’Institut Pasteur d’Algérie chargé de superviser la surveillance de la résistance bactérienne aux antibiotiques au niveau national.
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Figure 17 : PROTOCOLE DE SURVEILLANCE DES TESTS DE CONTROLE DE QUALITE (CQ)
A- Rythme quotidien
Si ≤ à 1test incorrect (out)
tous les 20 tests consécutifs�
Si > à 1test out parmi 1
série de 20 tests�
Apporter une action
correctrice *�
Continuer à tester
quotidiennement�
Une erreur
évidente*�
Une erreur
non évidente�
Pour chaque molécule si :
1 test out sur 20 tests ou
3 tests out sur 30 tests
Action correctrice
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Retester le même
jour après correction
de l’erreur Rechercher la cause
et corriger�1 CQ Test
par semaine
Correction des résultats
Continuer à tester
quotidiennement
Retester le même jour
et 5 jours de suite
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Continuer à tester
quotidiennement Investigation plus
approfondie***
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Quelques résultats
toujours incorrects
Tous les résultats
corrects
Reprendre le
rythme
hebdomadaire�
Investigations plus approfondies***
- Recherche d’une source possible
d’erreur
Reprendre le rythme
hebdomadaire�
B- Rythme Hebdomadaire :
Résultats de tests quotidiens CQ satisfaisants
(1 test out parmi 20/ ou 3 out parmi 30 résultats d’une série)
Retester le même jour et les 05 jours
Mise en place d’un rythme
hebdomadaire
Quelques tests incorrects
Action correctrice
Une erreur évidente*�Une erreur non
évidente �
Après correction ; retester le même jour�
Résultats toujours incorrects Correction des
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Action correctrice
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* Une erreur évidente :
- Souche ATCC inappropriée avec le test CQ
- Contamination de la souche ATCC
- Mauvaises ou inadéquates conditions d’incubation.
** Action correctrice Immédiate:
- Tester la combinaison antibiotique/souche ATCC le même jour où le test out est observé et refaire le test 05 jours consécutifs. Noter tous les résultats.
- Les tests CQ doivent être effectués quotidiennement jusqu'à résolution du problème.
- Si au cours de ces 05 jours, des résultats incorrects (out) sont toujours signalés pour le test en question, préconiser des investigations plus approfondies ***.
*** Investigations plus approfondies :
Vérifier toutes les procédures mises en place :
- La souche de contrôle ATCC n’a pas été changée et n’est pas contaminée.
- La suspension de l’inoculum est préparée et ajustée correctement à partir d’une culture de 24h.
- Qualité de l’étalon Mac Farland, bien l’agiter avant utilisation.
- Les réactifs et disques antibiotiques utilisés ne sont pas périmés et sont stockés à la température adéquate.
- Mesure et transcription des valeurs des diamètres d’inhibition.
- Tout équipement fonctionne correctement (ex : incubateur).
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RECOMMANDATIONS ET SUGGESTIONS
Pr K. Rahal
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Du matériel et des réactifs
1- Disques antibiotiques
- Toute commande de réactifs y compris celle des disques d’antibiotiques doit obligatoirement comprendre : le nom du fournisseur, le code du produit, le nom et la présentation du produit commandé ainsi que la quantité à commander.
- Vérifier soigneusement que la charge requise correspond bien au code du produit.
- Vu que nous appliquons les normes CLSI, commander des disques dont les charges correspondent aux charges recommandées par le CLSI.
- Chaque fournisseur de cartouches de disques antibiotiques commercialise également des distributeurs de disques adaptés à ses propres cartouches Une cartouche d’un fournisseur ne peut s’adapter à un distributeur d’un autre fournisseur.
- Chaque cartouche doit avoir une étiquette sur laquelle sont inscrits : le nom du laboratoire producteur, le N° de code, la charge du disque, le nom de l’antibiotique et la date de péremption. Si le nom du laboratoire producteur ne figure pas sur la cartouche, cela signifie que l’origine du produit est inconnue. Ce type de cartouche existe et ne devrait pas être commercialisé. Le MSPRH ne fait pas contrôler les réactifs comme il le fait pour les médicaments donc certains réactifs non règlementaires peuvent apparaître sur le marché.
Le laboratoire de Bactériologie médicale de l’Institut Pasteur d’Algérie (IPA) expertise les disques d’antibiotiques et les milieux pour antibiogrammes mais celle-ci n’est pas obligatoire.
Si un produit vous paraît suspect, demandez au fournisseur de vous communiquer l’expertise.
- Les disques d’antibiotiques devront être transportés et stockés, de préférence à -20°C et distribués en tenant compte des besoins en ces produits ainsi que de leurs dates de validité. Le retard à quelque niveau que ce soit aura des retombées sur le traitement du patient.
- Les applicateurs doivent être stérilisés régulièrement à l’autoclave durant 15 mn à 120°C ou désinfectés avec de l’eau javellisée ; en outre pour éviter toute contamination de la gélose, obturer par du ruban adhésif les ouvertures vides non chargées de cartouches d’antibiotiques.
2- Milieux
- L’antibiogramme devra être réalisé obligatoirement sur milieu de Mueller-Hinton. Le milieu de Mueller-Hinton est un milieu complexe commercialisé par peu de laboratoires dans le monde. La commande de ce milieu doit tenir compte de la consommation dans le laboratoire pour éviter la pénurie, car si pénurie il y a , aucun autre milieu ne pourra être utilisé.
- Concernant le Mueller-Hinton supplémenté au sang, il faut tenir compte du type de sang recommandé : mouton ou cheval et de la quantité dans le milieu, en général 5%.
Il serait souhaitable de commercialiser au niveau de l’IPA les milieux GC supplémenté et HTM destinés respectivement à la réalisation des antibiogrammes de N.gonorrhoeae et Haemophilus spp., afin d’en garantir une disponibilité continue.
- Les milieux doivent être conditionnés en flacons de 250ml et non de 500ml.
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3- Boîtes de Petri
- Les boîtes de Petri stériles doivent être parfaitement conditionnées, il faut être vigilant et éliminer les sachets détériorés suite à un mauvais stockage. Un contrôle de stérilité des boîtes peut s’avérer nécessaire en cas de contamination importante des cultures.
- Il faudra prévoir un quota de boîtes de Petri en verre que l’on utiliserait en cas de pénurie de boîtes en plastique.
4- Les souches de référence :
. E.coli ATCC 25922
. S.aureus ATCC 25923
. P.aeruginosa ATCC 27853
. S.pneumoniae ATCC 49619
. H.influenzae ATCC 49247
ont été distribuées à tous les membres du réseau. Elles sont disponibles au niveau du laboratoire de bactériologie médicale à l’Institut Pasteur de Dely Ibrahim. Pour les autres ATCC, des commandes peuvent être faites auprès de divers fournisseurs.
- Pour la conservation des souches exigeantes, le laboratoire doit être doté d’un congélateur à -70°C relié à un groupe électrogène afin de palier aux coupures de courant.
5- Atmosphère enrichie en CO2
Pour obtenir une atmosphère enrichie en CO2, une étuve à CO2 serait l’idéal, mais à défaut, une jarre avec gaspack ou une cloche avec une bougie conviennent également.
6- Le pH mètre devra régulièrement être étalonné.
De la technique
- L’identification exacte des germes est aussi importante que la réalisation de l’antibiogramme.
- Certains disques d’antibiotiques doivent être disposés de manière à mettre en évidence certains mécanismes de résistance (ex : céphalosporines de 3ème génération à côté d’un inhibiteur de bêta lactamase pour la mise en évidence de la BLSE ; érythromycine à côté d’un disque de clindamycine pour la mise en évidence de la résistance inductible aux macrolides.
- Pour certaines molécules antibiotiques de la nomenclature algérienne, il n’existe pas de valeurs critiques selon les normes CLSI. Pour ces anciennes molécules d’origine française, nous nous sommes donc référés aux valeurs critiques définies par la Société Française de Microbiologie- Comité de l’Antibiogramme 2011.
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Du résultat de l’antibiogramme
- Les antibiotiques testés doivent être classés par familles et leurs noms écrits intégralement sur la feuille de résultat de l’antibiogramme (et non sous forme d’abréviations).
- Les trois catégories de sensibilité aux antimicrobiens doivent être répertoriées en Sensible, Intermédiaire, Résistant et jamais par des croix.
Les trois catégories de sensibilité aux antimicrobiens sont définies comme suit :
� Sensible : l’infection provoquée par la souche testée répondra probablement au traitement par cet antibiotique.
� Résistant : l’infection provoquée par la souche testée ne répondra probablement pas au traitement à cet antibiotique.
� Intermédiaire : la réponse au traitement est imprévisible.
- En cas de BLSE, interpréter uniquement en fonction des valeurs critiques.
- En cas de MRSA, ne pas oublier de corriger le résultat initialement classé dans la catégorie Sensible en résultat Résistant.
- Il est utile d’inclure un commentaire particulier destiné au clinicien sur la souche isolée et sur sa sensibilité aux antibiotiques :
ex :S.aureus MRSA+ : la souche est résistante à toutes les β- lactamines.
- Le résultat de l’antibiogramme doit être contrôlé et validé par le responsable du laboratoire avant sa remise au patient (externe) ou au clinicien (patient hospitalisé).
Il faut s’assurer en particulier que :
� La sensibilité aux antibiotiques concorde avec l’identification de la souche isolée. (ex : Proteus mirabilis doit en général être résistant à la colistine).
� Les résultats au sein d’une classe d’antibiotiques suivent la hiérarchie établie pour les règles d’activité au sein de cette famille d’antibiotiques. (ex : les céphalosporines de 3ème génération sont plus actives que celles de 1ère et de 2ème génération sur les entérobactéries).
� La souche isolée est sensible aux antibiotiques pour lesquels rares sont les résistances signalées. (ex : S.aureus et vancomycine, H.influenzae et céfotaxime, N.meningitidis et ampicilline).
- Tout résultat inhabituel ou discordant doit entraîner une vérification des paramètres suivants :
. Erreur de transcription des résultats
. Contamination de la souche bactérienne
. Contrôle des résistances inhabituelles par la détermination des CMI.
Si la raison des résultats inhabituels n’est pas élucidée, il faudra refaire l’identification de la souche et/ou refaire l’antibiogramme.
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Whonet 5.6
Dr H. Tali- Maamar
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Source : www.whonet.org Pays utilisant le WHONET
WHONET est un logiciel utilisé pour la surveillance de la résistance bactérienne aux antibiotiques. Plusieurs pays l’utilisent (voir figure ci-dessous). Une mise à jour régulière est faite pour ce programme, tenant compte des nouvelles recommandations des différents comités d’antibiogramme.
Figure 18 : Utilisation du logiciel WHONET dans le monde en mai 2011
En Algérie, ce logiciel est utilisé depuis 1999 par l’ensemble des membres du réseau de bactériologie (A.A.R.N.). Grâce à cet outil, les résultats d’antibiogrammes sont saisis puis analysés par les microbiologistes. Ceci permet l’édition d’un rapport annuel d’évaluation sur les données de résistance bactérienne aux antibiotiques au niveau national.
La dernière mise à jour est la version WHONET 5.6. L’installation de la nouvelle version se fait directement sur celle du « 5.5 », en conservant les données et la configuration initiale.
L’ancienne version WHONET 5.5 est automatiquement écrasée. Si vous souhaitez conserver la version précédente, il faut prendre soin de sauvegarder le fichier exécutable avant de procéder à l’installation.
Les principales nouveautés de cette version, concernent :
- La mise à jour des valeurs critiques du CLSI (2010)
- Ajout des normes EUCAST (2010)
- La possibilité de transfert des données à partir d’automates : MicroScan et Vitek vers WHONET, en utilisant le baclink.
Une documentation complète sur l’utilisation du logiciel est proposée en même temps que le fichier exécutable.
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Erreurs fréquemment retrouvées lors de l’exploitation des résultats :
- Souche de référence saisie incorrectement, exemple : E.coli au lieu de E.coli ATCC 25922
- Pas de précision de la BLSE. Celle-ci doit être reportée au niveau de la case qui lui est attribuée sur la fiche de saisie.
- Même problème pour les MRSA.
- Erreur dans les charges des antibiotiques, exemple : OX 1µg testée, mais résultat saisi sur OX 5µg.
- Erreur de saisie des antibiotiques, exemple : pristinamycine pour Pseudomonas aeruginosa.
- Mauvaise sauvegarde des fichiers, exemple : fichiers vides.
- Extensions des fichiers non respectées.
Le nom du fichier whonet doit être composé de deux parties :
L’identifiant et l’extension
* La première partie est composée de huit caractères alphanumériques comme nom ou
identifiant, dont on peut identifier le fichier, le mois de création du fichier, l’année et le pays.
* La deuxième partie c’est l’extension, avec l’extension on peut identifier le laboratoire qui a
créé ce fichier, et donc à qui appartiennent les données.
Un point sépare l’identifiant de l’extension.
* Chaque laboratoire a sa propre extension.
Exemple : le fichier whonet du mois de janvier de l’année 2010 de l’Institut Pasteur d’Algérie est
présenté comme suit : W0110DZA.IPA
Identifiant Point Extension
W0110DZA . IPA
W signifie fichier whonet
01 le mois « 01 » janvier
10 l’année « 10 » 2010
DZA le pays « DZA » Algérie
Signifie Institut Pasteur D’Algérie
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Tableau 34 : liste des extensions des fichiers Whonet pour les laboratoires membres du réseau :
Laboratoire Extension
Service de Bactériologie médicale – Institut Pasteur d’Algérie .IPA
CHU Mustapha - Alger - Service de microbiologie. .STD
CHU Beni Messous - Alger - Laboratoire central .LBM
CHU Beni Messous - Alger - Laboratoire mère-enfant .LME
CHU Bab El Oued – Alger - Laboratoire central. .BEO
EHS Centre Pierre et Marie Curie - Laboratoire central. .CPM
EHS Dr M.A. Maouche El Biar Alger - Service de Biologie Clinique. .CNM
EHS El Hadi Flici – Bab El Oued – Alger. Laboratoire central .EHF
Institut National de Santé Publique. El Biar Alger. Département Soutien Technique-Laboratoire de microbiologie
.ISP
CHU Hussein Dey Alger - Laboratoire Central. .PAR
EPH de Birtraria - Alger - Laboratoire central. .BIT
Hôpital Central de l‘armée Kouba Alger. Laboratoire de bactériologie. .HCA
Institut Pasteur d’Algérie - Alger .IPA
CHU BENBADIS- Constantine- Service de microbiologie. .LM6
CHU Batna Département de Biologie. .LBB
CHU Frantz Fanon – Blida - Laboratoire central .HDB
EPH de Boufarik – Blida - Laboratoire central. .SSB
CHU de Sétif -- Laboratoire de bactériologie. .LMS
CHU d’Oran- Oran – Laboratoire central .LBO
CHU Dorban – Annaba - Laboratoire central. .HDA
CHU de Tizi-Ouzou - Laboratoire de microbiologie et parasitologie. .CTB
Hôpital militaire régional universitaire de Constantine Laboratoire de microbiologie .HM5
EPH de Bologhine - Laboratoire central .LCB
Hôpital militaire universitaire d'Oran - Laboratoire de microbiologie .LAH
Hôpital militaire universitaire spécialisé de Staoueli Alger Laboratoire central. .HMS
EPH Tamanrasset – Laboratoire central .TAM
EHU 1er Novembre1954 Oran- Service Bactériologie .EHO
EPH Batna- laboratoire central .EPB
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Laboratoire Extension
Laboratoire central vétérinaire d’Alger .lcv
Laboratoire vétérinaire régional de Tizi-Ouzou .lvd
Laboratoire vétérinaire régional de Constantine .lvc
Laboratoire vétérinaire régional de Tlemcen .lvt
Laboratoire vétérinaire régional de Mostaganem .lvm
Laboratoire vétérinaire régional de Laghouat .lvl
Laboratoire vétérinaire régional d’EL Tarf .lve
Institut Pasteur d’Algerie Annexe de Kouba.Service de microbiologie vétérinaire et d’épizootiologie
.lva
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MEDECINE VETERINAIRE
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LISTE DES ANTIBIOTIQUES A TESTER
EN MEDECINE VETERINAIRE
Dr S. Kechih-Bounar
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Principaux antibiotiques utilisés en médecine vétérinaire en Algérie:
a- A titre curatif : La nomenclature algérienne est établie en 2004 ,les molécules suivantes sont les plus utilisées sur le terrain.
Tableau 35 : Liste des antibiotiques utilisés sur le terrain :
Antibiotique Espèce animale Observations particulières
1.β-Lactamines
Ampicilline Aviaire, bovine, caprine, équine, ovine, piscicole
Amoxicilline Bovine Oxacilline Bovine, caprine, équine, ovine Pénicilline Aviaire, bovine, caprine,
cameline, équine, ovine, cunicole
Amoxicilline+ Acide clavulanique Aviaire, bovine, caprine, équine, ovine.
Ces antibiotiques sont utilisés pour traiter les cas de septicémies, d’infections respiratoires et urinaires chez de nombreux animaux
Céfalotine Bovine, caprine, équine, ovine Céftiofur Aviaire, bovine, caprine, équine,
ovine, cunicole
Sont utilisés pour le traitement des septicémies, des infections respiratoires et mammaires.
2. Aminosides :
2.1- Aminocyclitoles :
Spectinomycine Aviaire, bovine, caprine, équine,
ovine, cunicole et piscicole .
2-2.Aminoglycosides :
Streptomycine Apicole, aviaire, bovine, caprine, équine, ovine,cunicole et piscicole .
Néomycine Apicole, aviaire, bovine, caprine, équine, ovine,cunicole
Kanamycine Aviaire, bovine, équine et piscicole.
Apramycine Aviaire, bovine, cunicole, ovine. Tobramycine Equine Amikacine Equine Framycetine Bovine, caprine, ovine. Rifamixine Equine , cunicole, ovine.
Les aminoglycosides sont utilisés dans le
traitement des septicémies; des
affections digestives, respiratoires et
urinaires.
3. Cyclines :
Doxycycline Aviaire, bovine, cameline,
caprine, équine, ovine, cunicole
et piscicole.
Oxytétracycline Apicole, aviaire, bovine, caméline, caprine, équine, ovine,cunicole et piscicole .
Tétracycline Apicole, aviaire, bovine, caméline, caprine, équine, ovine,cunicole et piscicole .
Antibiotiques très utilisés dans le
traitement de nombreuses maladies
bactériennes chez beaucoup d'espèces
animales
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Antibiotique Espèce animale Observations particulières
4. Sulfamides et associés :
4.1- Sulfonamides :
Sulfadimérazine Aviaire, bovine, caprine, équine, ovine,cunicole
Sulfadiméthoxine
Aviaire,bovine, équine,caprine, ovine,cunicole et piscicole .
Sulfaguanidine Caprine, ovine. Sulfadiméthoxazole Aviaire, bovine. Sulfamethoxine Aviaire, piscicole. Sulfanilamide Bovine, caprine, ovine.
4.2- Sulfonamides+Diaminopyrimidines : Triméthoprime+sulfonamide Aviaire, bovine, caprine, équine,
ovine,cunicole et piscicole .
4.3- Diaminopyrimidines : Triméthoprime Aviaire, bovine, caprine, équine
, ovine,cunicole.
Les sulfamides seuls ou en combinaison avec les diaminopyrimidines sont très utilisés pour le traitement de beaucoup de pathologies et chez de nombreuses espèces animales.
5. Quinolones :
5.1- Quinolones de 1ère génération Fluméquine Aviaire, bovine, caprine, équine,
ovine,cunicole et piscicole . Acide Nalidixique Bovine Acide Oxolinique Aviaire, bovine, cunicole et
piscicole 5.2- Quinolones de 2ème génération (Fluoroquinonolones)
Ciprofloxacine Aviaire, bovine Danofloxacine Aviaire, bovine, caprine,
cunicole et piscicole Enrofloxacine Aviaire, bovine, caprine et
équine . Marbofloxacine Bovine Norfloxacine Aviaire, bovine, caprine,
cunicole et ovine
Les quinolones de 1ère
et 2ème génération sont utilisées dans le cas des colibacilloses et des septicémies.
Les fluoroquinolones sont très utilisées
dans le traitement des maladies
respiratoires chroniques(MRC)
chez la volaille
6. Orthosomycines : Avilamycine Aviaire et cunicole.
Antibiotique utilisé pour traiter les maladies digestives de la volaille et des lapins. Très efficace pour le traitement de l'entérite nécrotique chez les poulets. Antibiotique utilisé seulement chez l’animal.
7. Polypeptides :
Bacitracine Aviaire, bovine et cunicole .
Antibiotique indiqué dans le traitement
des septicémies, de la colibacillose et des
infections urinaires.
Colistine Aviaire, bovine, caprine, équine, cunicole et ovine.
Polymyxine Aviaire, bovine, caprine, équine, cunicole et ovine.
8. Macrolides :
Erythromycine Aviaire, apicole, bovine, caprine, équine, ovine,cunicole et piscicole .
Josamycine Aviaire et piscicole. Spiramycine Aviaire, bovine, caprine, équine,
cunicole, ovine et piscicole. Tilmicosine Aviaire, bovine, caprine,
cunicole et ovine. Tylosine Apicole, aviaire, bovine, caprine,
cunicole et ovine.
Antibiotiques utilisés pour traiter les infections à mycoplasmes chez la volaille, les maladies digestives hémorragiques et les infections respiratoires chez les bovins.
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Antibiotique Espèce animale Observations particulières
9. Lincosamides :
Clindamycine Aviaire, bovine, caprine ovine et piscicole.
Antibiotiques essentiels dans le traitement des pneumonies à mycoplasmes, de l'arthrite infectieuse et de l’entérite hémorragique chez les ovins et les caprins.
10. Autres :
Novobiocine : Bovine, caprine, ovine et piscicole.
Antibiotique utilisé chez les cas de septicémies chez les poissons et dans le traitement des mammites (sous forme de crèmes intra mammaire en association avec la pénicilline (10 unités/30 μg). Antibiotique utilisé uniquement chez les animaux
b- Antibiotiques utilisés comme facteurs de croissance : Les antibiotiques comme facteurs de croissance ne sont plus incorporés dans l’alimentation animale et sont interdits d’utilisation depuis Avril 2007 (décision interministérielle du 24 Décembre 2006).
c- Antibiotiques suspendus de l’homologation :
� Furanes : Nitrofurantoines
� Phénicoles : Chloramphénicol
� Aminosides : gentamicine
Ces antibiotiques sont cependant testés au laboratoire dans le cadre de la surveillance de la résistance des bactéries aux antibiotiques
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Tableau 36 : Liste des antibiotiques à tester pour les bactéries non exigeantes :
Entérobactéries Pseudomonas spp. Staphylococcus spp. Enterococcus spp.
Ampicilline Amoxicilline+Acide clavulanique *
Pénicilline+Novobiocine Pénicilline
Amoxicilline+Acide clavulanique* Céftiofur* Amoxicilline+Acide clavulanique *
Ampicilline
Céfalotine Enrofloxacine Oxacilline Enrofloxacine
Céftiofur * Gentamicine** Céfoxitine*** Tétracyclines
Tétracycline Tobramycine Tétracyclines Sulfisoxazole
Fluméquine/Acide nalidixique Colistine
Enrofloxacine Triméthoprime+sulfaméthoxazole
Enrofloxacine/Marbofloxacine Néomycine /Kanamycine Erythromycine
Néomycine /Kanamycine Gentamicine** Tilmicosine
Gentamicine** Bacitracine Lincomycine
Colistine Sulfisoxazole Vancomycine**
Sulfisoxazole Triméthoprime+
Sulfaméthoxazole
Triméthoprime+
sulfaméthoxazole
Erythromycine
Nitrofurantoine** Vancomycine**
Chloramphénicol** Clindamycine
*Antibiotique testé seulement pour la recherche des β-lactamases. ** Antibiotique testé uniquement dans le cadre de l’épidémiosurveillance. *** Antibiotique testé seulement pour la recherche des souches MRSA+.
Tableau 37 : Liste des antibiotiques à tester pour les bactéries exigeantes :
Streptococcus spp. Haemophilus spp. Pasteurella spp. Listeria
monocytogenes
Campylobacter
coli/jejuni
Pénicilline Ampicilline Céftiofur Pénicilline Gentamicine**
Pénicilline+novobiocine Amoxicilline+ Acide clavulanique*
Enrofloxacine Ampicilline Tétracyclines
Ampicilline Céfalotine Danofloxacine Céftiofur*** Acide nalidixique
Céfotaxime Céftiofur* Spectinmycine Erythromycine
Tétracyclines Tétracycline Tilmicosine Clindamycine
Erythromycine Enrofloxacine Tétracyclines Ciprofloxacine
Vancomycine** Trimethoprime+ Sulfamethoxazole
Chloramphénicol** Spectinomycine
*Antibiotique testé seulement pour la recherche des β-lactamases ** Antibiotique testé uniquement dans le cadre de l’épidémiosurveillance *** Intérêt diagnostic
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REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
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19- Methods for Dilution Antimicrobial Susceptibility Test For Bacteria That Grow Aerobically; Approved Standards. Seventh edition . CLSI. January 2006, M7-A7, Vol 26. N°1.
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
http://www.sante.dz/aarn�140
20- Methods for antimicrobial dilution and disk susceptibility testing of infrequently isolated or fastidius bacteria, Approved guideline.CLSI. 2006, M45-A, Vol 26. N°19.
21- Nicolas. P, J-D. Cavallo, R. Fabre et G. Martet. Standardisation de l’antibiogramme de Neisseria meningitidis. Détection des souches relativement résistantes à la pénicilline - Bulletin de l’OMS. 1998,76: 393-400.
22- Ouar-Korichi. M. N, Senouci. H, Rahal. K. Diagnostic bactériologique et sérologique de la Brucella humaine. Institut Pasteur d’Algérie.2005 2ème édition.ANDS.
23- Patel JB et al. Carbapenemase in Enterobacteriaceae: Activity, Epidemiology and Laboratory Detection. Clinical Microbiology Newsletter. 2009, 31: 55-62.
24- Performance Standards for Antimicrobial Disk and Dilution Susceptibility Tests for bacteria isolated from Animals, Approuved Standard. Second Edition.NCCLS. M31-A2. Vol 22. N°6. May 2002
25- Performance Standards for Antimicrobial Disk and Dilution Susceptibility Tests for bacteria isolated from Animals, Informational Supplement. NCCLS. document M31-S. Vol 24. N° 17. May 2004.
26- Performance Standards for Antimicrobial Disk Susceptibility Tests; Approved Standards. Ninth Edition. CLSI. M2-A 9 Vol 26 N°1. January 2006
27- Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing ; Sixeenth Informational Supplement. CLSI. M100-S16 Vol 26, n°1. January 2006.
28- Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing ; Eighteenth Informational Supplement. CLSI. January 2008. M100-S18 Vol 26, n°3.
29- Performance Standards for Antimicrobial Disk and Dilution Susceptibility Tests for bacteria isolated from Animals, Approuved Standard. Third Edition.NCCLS. M31-A3. Vol 28. N°8. 2008.
30- Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing ; twenty Informational Supplement. CLSI. M100-S20. Vol 30. N°1.2010.
31- Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing ; twenty first. Informational Supplement. CLSI. M100-S21. Vol 31. N°1. 2011.
32- Philippon. A, G. Arlet. Les β-lactamases chez les bacilles à Gram Négatif : que de nouveautés en 15 ans !. Antibiotiques. 2005, 7 : 247-259.
33- Philippon. A, G. ARLET. β-lactamases de bacilles à Gram négatif : le mouvement perpétuel ! Ann.Biol.Clin. 2006, 64 : 37-51.
34- Renaud F., F.Tissot–Guezzaz. La sécurité au laboratoire de biologie clinique. Manuel de bactériologie clinique 1994 2ème Ed. Vol. 1 Ed. Elsevier. 141 - 155
141
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ANNEXES
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Composition des milieux et préparation de géloses spécifiques
A- Bactéries non exigeantes :
� Mueller-Hinton Agar :
Infusion de viande de boeuf déshydratée --------------------------------------- 300g
Hydrolysat de caséine ---------------------------------------------------------------- 17,5g
Amidon de maïs ------------------------------------------------------------------------ 1,5g
Agar agar --------------------------------------------------------------------------------- 13g
Eau distillée ------------------------------------------------------------------------------ qsp 1000ml
pH final ------------------------------------------------------------------------------------ 7,2-7,4
B- Neisseria gonorrhoeae :
� Milieu GC :
Bacto Proteose Peptone -------------------------------------------------------------- 15g
Amidon de maïs ------------------------------------------------------------------------ 1g
Phosphate dipotassique ------------------------------------------------------------- 4g
Phosphate monopotassique -------------------------------------------------------- 1g
Chlorure de sodium ------------------------------------------------------------------- 5g
Agar --------------------------------------------------------------------------------------- 10g
Eau distillée ----------------------------------------------------------------------------- qsp 1000ml
pH final----------------------------------------------------------------------------------- 7,2-7,4
� Supplément (Oxoïd) :
Supplément : (1.1g L-cysteine, 0.03g guanine HCL, 3mg thiamine HCL, 13mg PABA, 0.01g B12, 0.1g cocarboxylase, 0.25g NAD, 1g adenine, 10g L-glutamine, 100 g glucose, 0.02g ferric nitrate [dans 1L H2O] ajouté après autoclavage. ………………………………… 1%
C- Haemophilus spp. :
� Milieu HTM : (Haemophilus Test Medium)
M H. agar -------------------------------------------------------------------------------- 38g/l
Supplément :
Hématine Bovine --------------------------------------------------------------------- 15 mg/l
(Prendre 30ml d’une solution d’hématine bovine à 0,05g/l
Poids/volume) préparée dans du NaOH 0,01 N).
NAD (ou β NAD) ---------------------------------------------------------------------- 15 mg/l
(Prendre 3ml d’une solution de NAD à 5g/l (poids/volume) préparée avec de l’eau distillée stérile, ajoutée après stérilisation à l’autoclave).
Extrait de levure ---------------------------------------------------------------------- 5g/l
Eau distillée --------------------------------------------------------------------------- qsp 1000ml
pH final----------------------------------------------------------------------------------- 7,2-7,4
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D- Gélose Mueller–Hinton additionnée de 4% NaCl
M H Agar --------------------------------------------------------------------------------- 38g
NaCl --------------------------------------------------------------------------------------- 40g
Eau distillée------------------------------------------------------------------------------ qsp 1000ml
E- Bouillon glycérolé pour la congélation des bactéries
Bouillon coeur-cervelle ------------------------------------------------------------- qsp 100ml
Glycérol---------------------------------------------------------------------------------- 20 ml
Congeler dés ensemensement.
F- Préparation du milieu Mueller-Hinton additionné de 2 à 5% de sang de cheval
hémolysé et défibriné :
• Défibriner le sang de cheval en l’agitant lentement dans un récipient stérile contenant des billes de verre pendant 15 à 20mn.
• Congeler et décongeler 5 à 7 fois environ jusqu'à ce que le sang défibriné soit complètement lysé. Rajouter aseptiquement et à volume égal de l’eau distillée stérile (ce qui ramène la dilution à 50% de sang hémolysé et défibriné).
• Centrifuger le sang défibriné et hémolysé à 12 000 tours/mn pendant 20mn et récupérer le surnageant (il ne doit pas être trouble).
• Alliquoter le sang ainsi préparé et le conserver à – 20°C pour une durée ne dépassant pas un mois.
• Ajouter les quantités nécessaires de surnagent au milieu Mueller-Hinton liquide pour avoir une concentration finale de 2 à 5%.
• Ajuster aseptiquement le pH à 7,2 – 7,4.
Tableau 38: Liste des solvants pour la préparation des solutions antibiotiques (Référence : Document CLSI M100-S21-2011)
Antibiotique Solvant Diluant
Pénicilline Eau distillée stérile Eau distillée stérile
Amoxicilline Tampon phosphate pH6,0/ 0,1M Tampon phosphate pH6,0/ 0,1M
Ampicilline Tampon phosphate pH8,0/ 0,1M Tampon phosphate pH6,0/ 0,1M
Oxacilline Eau distillée stérile Eau distillée stérile
Céfotaxime Eau distillée stérile Eau distillée stérile
Imipénème Tampon phosphate pH7,2/ 0,01M Tampon phosphate pH7,2/ 0,01M
Erythromycine 95% Ethanol Eau distillée stérile
Ciprofloxacine Eau distillée stérile Eau distillée stérile
Chloramphénicol Ethanol absolu Eau distillée stérile
Gentamicine Eau distillée stérile Eau distillée stérile
Streptomycine Eau distillée stérile Eau distillée stérile
Tétracycline Eau distillée stérile Eau distillée stérile
Doxycycline Eau distillée stérile Eau distillée stérile
Rifampicine Méthanol Eau distillée stérile
Colistine Eau distillée stérile Eau distillée stérile
Vancomycine Eau distillée stérile Eau distillée stérile
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Tableau 39 : Molécules utilisées en médecine humaine et vétérinaire:
Famille Sous-famille Molécule(s) Usage chez
l'Homme
Usage chez
l'animal
Pénicilline G X X
Pénicilline V X
Pénicilline M X X
Pénicilline A X X
Carboxypénicilline X
Pénicillines
Uréidopénicilline X
Première génération X X
Deuxième génération X X
Troisième génération X X
Bêta-lactamines
Céphalosporines
Monobactames X
Cyclines X X
Aminosides X X
Macrolides X X
Lincosamides X X
Kétolides X
Apparentés aux
Macrolides
Synergistines/streptogramines X
Première génération X X Quinolones
Deuxième génération X X
Furanes X
Phénicolés X
Triméthoprimes X X
Polymyxines X X
Sulfamides X X
Glycopeptides X
Imidazolés X X
Anti-tuberculeux X X *
Acide fusidique X X
Bacitracine X X
Divers
Fosfomycine X
* Utilisation interdite sauf pour une molécule dans le cadre d’une mammite
FICHES TECHNIQUES DE PRELEVEMENTS A L’USAGE DES VETERINAIRES :
Introduction
La qualité des résultats du laboratoire dépend étroitement des prélèvements reçus et effectués en effet, les renseignements insuffisants, les prélèvements inadaptés, le mauvais état de conservation, engendrent de mauvaises interprétations des résultats et entraînent des prises de décision inadéquates à l’origine de l’insatisfaction des demandeurs.
Afin que les laboratoires vétérinaires soient de meilleure rentabilité, nous nous proposons de définir les prérogatives des laboratoires vétérinaires en matière de pathologie bactérienne ainsi que le choix et la qualité des prélèvements adéquats.
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I. Recommandations de l’organisation internationale des épizooties (O.I.E) pour
la réalisation du prélèvement et l’expédition des échantillons pour le
diagnostic de laboratoire
- Il existe des réglementations spécifiques pour le conditionnement et l’envoi des substances infectieuses, y compris les échantillons de diagnostic, qui doivent être appliquées.
- Les échantillons peuvent être prélevés directement sur l'animal ou à partir de l’environnement pour de multiples raisons telles que le diagnostic d'une maladie, la surveillance du statut sanitaire ou l’établissement d’un certificat sanitaire.
- Les échantillons collectés doivent être appropriés aux buts de l'analyse et suffisants en nombre et quantité pour permettre un résultat statistiquement valide.
- Les échantillons doivent être prélevés avec soin afin de ne pas perturber l'animal ou provoquer des lésions.
- L’opérateur et ses aides doivent également être à l’abri de tout risque.
- Il peut être nécessaire d’utiliser des systèmes de contention de l’animal, voire des tranquillisants ou des anesthésiques.
- Lorsque du matériel biologique est prélevé, que ce soit sur animal vivant ou mort, le risque de zoonose doit être pris en compte afin d’éviter des infections humaines.
- Une attention particulière doit être portée pour éviter de contaminer l’environnement ou tout risque de dissémination d’une maladie via des insectes. En ce sens, des précautions doivent être prises pour l’évacuation correcte des déchets d’animaux ou de tissus.
- Certains échantillons doivent être prélevés de manière aseptique, et un soin doit être porté pour empêcher les contaminations croisées entre les échantillons.
- Le prélèvement doit être conditionné avec soin, identifié et expédié au laboratoire par le moyen le plus rapide, avec un contrôle approprié de la température.
- Les échantillons doivent être représentatifs de la maladie à étudier et des lésions observées.
- Doivent aussi être pris en considération, le stade de la maladie et le développement des lésions ainsi que le genre de test(s) qui seront réalisés.
II- Méthodes de prélèvements en médecine vétérinaire
Tout recours au laboratoire doit s’effectuer dans le respect des règles déjà citées dans les recommandations de l’OIE, en veillant à la rédaction d’un document d’accompagnement complet. Puis à l’expédition de l’échantillon vers le laboratoire le plus proche (Adresse des laboratoires vétérinaires de l’INMV en annexe).
Le recours au laboratoire est un moyen de diagnostic de certitude.
A- Règles générales :
- Il est inutile d’effectuer des analyses sur un cadavre en putréfaction, car il y a une forte prolifération de germes de putréfaction qui masquent ceux responsables de la pathologie.
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- Les viscères (foie, poumons, rate, reins) doivent être pourvus de revêtement sur au moins l’une de leur face et peser plus de 25 grammes.
- Avantager la cautérisation à l’utilisation d’un antiseptique. Les liquides d’épanchement ; le pus, le sang, le lait et l’urine doivent être prélevés dans des récipients stériles.
1- Suspicion de septicémie :
Les analyses sont effectuées sur :
- Les organes (foie, rate, rein),
- L’os long désarticulé aux extrémités.
- Le frottis sanguin.
2- Suspicion d’avortement infectieux :
• Tout avortement infectieux constitue une suspicion de Brucellose. • Les prélèvements sur l’animal avorté doivent être réalisés par le vétérinaire sanitaire. • Pour pratiquer un diagnostic de groupe valable, il convient de pratiquer d’une part,
a. Les recherches des germes sur l’avorton :
- Les enveloppes fœtales, les cotylédons avec des lésions d’une ou plusieurs femelles avortées ou à défaut, l’écoulement vaginal récolté dans un tube stérile.
- Un ou plusieurs fœtus en cas d’épidémie.
b. Les recherches sérologiques à l’échelle du troupeau :
- Si une sérologie est effectuée, l’échantillon de sang sera réalisé sur tube sec.
- L’échantillon de sang doit être prélevé le plus stérilement possible par ponction veineuse.
� la veine jugulaire est utilisée chez les grands mammifères (Les veines de la glande mammaire, de la queue ou des membres peuvent également être utilisées).
� la veine alaire (veine brachiale), chez la volaille.
- Pour un échantillon de sérum, le prélèvement est laissé à température ambiante (veiller à le protéger des températures excessives) pendant 1 à 2 h jusqu’au début de la rétraction du caillot. Retirer celui-ci avec une pipette stérile et conserver le sérum au réfrigérateur à 4°C.
- Pour les échantillons prélevés sur anticoagulant, il est nécessaire de les homogénéiser par agitation douce.
- Pour les réactions de polymérisation en chaîne (PCR), l’E.D.T.A est l’anticoagulant de choix.
III- Techniques de prélèvements et principaux germes recherchés en médecine
vétérinaire :
Afin que les résultats soient exploitables, envoyer au laboratoire :
a- Pour le diagnostic des maladies aviaires, et des petits élevages : des animaux malades morts ou moribonds.
b- Pour le diagnostic des maladies affectant les grands animaux et les animaux de compagnie : des organes frais, du sang dans des tubes avec anticoagulants, du lait dans des tubes stériles, des matières fécales dans des pots à prélèvements stériles.
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Tableau 40 : Prélèvements effectués et principaux germes recherchés:
Nature du
prélèvement Germes rencontrés Techniques de prélèvements
Appareil
respiratoire
Pasteurella spp., Bordetella spp.,
Chlamydia spp.
Pseudomonas spp.
Actinobacillus spp.
Haemophilus spp.
Corynebacterium spp.,
Mycoplasmes
Appareil genital Chlamydia spp.
Haemophilus spp. ,
Actinobacillus spp.,
Corynebacterium spp.,
Campylobacter spp.,
Pseudomonas spp., Clostridium spp.,
Listeria spp., Brucella spp.
Klebsiella spp. , Mycoplasmes
� Effectuer les prélèvements immédiatement après la mort de l’animal, sans dépasser 6 h.
� Utiliser un couteau désinfecté pour prélever les organes.
Appareil
locomoteur
Staphylococcus spp. Streptococcus
spp. Corynebacterium spp.
Actinobacillus spp.
Pasteurella spp. Entérobactéries,
Haemophilus spp., Mycoplasmes spp.
Erysipelothrix spp.
� Lors d’affections podales, prélever une partie du tissu affecté,
� Lors de plaies, d’abcès, prélever le contenu stérilement à l’aide d’un écouvillon.
� Transmettre au laboratoire, sous froid dans les 24 h suivant le prélèvement.
Système nerveux Listeria spp., Haemophilus spp. Staphylococcus spp. Streptococcus spp.
� À l'aide d'un couteau d'autopsie, désarticuler la tête de la carcasse au niveau de l'articulation atlanto-occipitale.
� Séparer les nerfs crâniens de la moelle épinière.
� Dégager la moelle épinière et l’encéphale.
Avortements Chlamydia spp. Haemophilus spp. Actinobacillus spp. Corynebacterium spp. Campylobacter spp., Mycoplasma spp., Pseudomonas spp., Clostriduium spp. Listeria spp. , Brucella spp. Klebsiella spp.
� Prélever les secrétions utérines (par écouvillonnage du col utérin), les enveloppes ou fragments d’enveloppes, les avortons ou leurs organes (estomac, rate, os long désarticulé).
N.B : Opérer avec soins pour éviter toute contamination ou propagation du contage
Os long Clostridium perfringens, Bacillus
anthracis, Pasteurella spp.
� Prélever l’os long d’un des membres, de préférence métacarpe ou métatarse
� Enlever tous les fragments de chair. � L’envelopper à sec dans un linge propre ou
dans un sac en plastique ,le conserver au réfrigérateur.
Sang Streptococcus spp., Salmonella spp.,
Brucella spp., Pasteurella spp.,
Leptospira spp., Erysipelothrix spp.,
Francisella spp., Bacillus anthracis.
� Faire plusieurs prélèvements espacés de quelques heures (décharge fugace de bactéries dans la circulation) ;
� Prélever 10 à 40 ml de sang par ponction aseptique à la jugulaire sur animal à jeûne.
Urines Entérobactéries Staphylococcus spp., Streptococcus spp. Corynebacterium spp. Pseudomonas spp., Leptospira spp.
� Opérer par sondage ou prélever lors de miction après asepsie 10 à 20 ml d’urine.
�
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Fèces Entérobactéries, Mycobacterium
paratuberculosis, Campylobacter spp.,
Clostridium spp.
� Prélever 60 à 80 ml de matières fécales dès leur émission ,ou à partir de l’ampoule rectale ou du rectum .
� Lors de diarrhée aiguë, prélever dans les heures qui suivent l’apparition des symptômes
� Ne pas congeler le prélèvement. � L’envoi d’anses intestinales ligaturées et
prélevées en régions liquides est aussi possible.
Liquides
d’épanchement
Entérobactéries, Staphylococcus spp.,
Pseudomonas spp., Pasteurella spp.
,Mycoplasma spp.
� Prélèvement du liquide pleural, péritonéal ou péricardique
� Prélèvement de la lymphe thoracique ,par ponction aseptique de la cavité thoracique entre la 7ème et la 8ème côte
� Les liquides sont déposés dans des flacons stériles.
Lait Entérobactéries, Staphylococcus spp.,
Streptococcus spp. Campylobacter
spp., Haemophilus spp.,
Mycobacterium spp., Bacillus spp.,
Pasteurella spp. Pseudomonas spp.,
Clostridium spp., Leptospira spp.,
Corynebacterium spp., Mycoplasma
spp.
� Laver et sécher complètement la mamelle � Désinfecter I’ extrémité du trayon à l’alcool à
70° , en insistant sur l’orifice du canal du trayon
� Prélever séparément les 4 quartiers � Le flacon stérile est ouvert au dernier
moment, le bouchon étant tenu pour protéger le flacon qui restera le plus possible à l’horizontale
� Les premiers jets de lait sont éliminés et 10 ml seulement sont prélevés en évitant de bouger le flacon qui sera immédiatement fermé sans être déplacé.
Ecouvillonnage
nasal et oculaire
Isolement des bactéries à tropisme
respiratoire
(agents de pneumopathies) ou
oculaire.
� Ecouvillonnage : ne pas réaliser le prélèvement au stade de jetage muco-purulent ou purulent (le germe causal n’est plus retrouvé dans le jetage, mais seulement la flore banale bactérienne subsistera en plus de bactéries de surinfection)
� Enfoncer l’écouvillon le plus profondément possible dans les cavités nasales
� Introduire l’écouvillon dans le cul-de-sac conjonctival inférieur, sans toucher la face extérieure de la paupière.
Pus Staphylococcus spp. Streptococcus
spp. Actinobacillus spp.
Actinomyces spp. Entérobactéries,
Pseudomonas spp., Clostridium spp.,
Pasteurella spp., Corynebacterium spp.
Mycobacterium spp.
� Abcès ouvert : procéder par le nettoyage de la plaie puis grattage ; réaliser les prélèvements le plus stérilement possible ; Seringue stérile, tubes ou flacons stériles bouchant hermétiquement
� Abcès fermé : antisepsie cutané, ponction avec une aiguille de diamètre supérieur à 1 mm, en éliminant les bulles d’air.
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IV- Protocole de prélèvements et d’autopsie :
L’examen nécropsique est la continuation de l’examen clinique pratiqué sur l’animal avant sa mort, ou sur d’autres animaux présentant les mêmes symptômes. Le diagnostic d’une maladie repose donc sur quatre types d’examens qui se succèdent dans le temps :
• L’examen clinique de l’animal vivant,
• L’examen épidémiologique (l’affection dans le troupeau, dans la population),
• L’examen nécropsique du cadavre ou mieux de l’animal sacrifié,
• L’examen de laboratoire à partir des prélèvements effectués sur l’animal vivant ou lors de l’autopsie. De ces quatre examens dépend la précision du diagnostic .Certaines maladies peuvent être diagnostiquées par le seul examen clinique, mais le plus grand nombre nécessite une confirmation par examen nécropsique et expérimental.
Les meilleurs résultats d’autopsie sont obtenus sur l’animal sacrifié par saignée.
Lorsque nous intervenons sur un cadavre, l’autopsie doit être pratiquée le plus rapidement possible après la mort. Une autopsie tardive ne fournira que peu de renseignements et ne permettra pas de faire de prélèvements (sauf un os long éventuellement).
Pour être valable une autopsie doit être complète, limiter l’examen aux seuls organes supposés atteints n’est pas suffisant et il arrive assez souvent que l’examen des organes supposés sains réserve des surprises.
Dans le cas de mort rapide sans symptômes apparents, il faut tenter de dépister 3 ou 4 animaux vivants, « suspects »et ajouter 2 ou 3 autres venant de mourir.
S’il s’agit de contrôle de routine de l’état sanitaire d’un cheptel, il faut prendre un échantillon représentatif du lot.
S’il s’agit d’une demande de diagnostic d’une maladie en évolution, dans le cas de la volaille, envoyer 05 sujets adultes ,10 poussins malades vivants, pour les autres espèces adresser les animaux ayant les symptômes les plus typiques.
Il est important de rappeler que prélèvements et autopsies ne sont pas toujours des actes anodins dénués de tout risque, tant pour le cheptel que pour l’opérateur (en cas de zoonose), il conviendra donc toujours de prendre les précautions minimales pour éviter la propagation des épizooties, la contamination de l’opérateur et de ceux qui l’assistent.
V- Modalités de prélèvements dans le cadre des affections bactériennes chez les
espèces aviaires et cunicoles :
Le choix des prélèvements dépend de plusieurs paramètres :
- Des symptômes et lésions observés
- De la maladie suspectée, du moment de prélèvement
- Du traitement ou non des animaux (l’antibiothérapie peut masquer les germes sans les éliminer)
Le prélèvement doit s’opérer en respectant certaines règles d’hygiène notamment l’asepsie du matériel utilisé et de l’opérateur.
En règle générale, éviter les souillures par les bactéries du milieu ambiant.
Les prélèvements doivent être représentatifs de la pathologie sévissant dans l’exploitation.
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A- Prélèvements en pathologie aviaire :
Tableau 41 : prélèvements à réaliser et pathologies suspectées :
Maladies Espèces affectées Symptômes et lésions Prélèvements
Colibacillose (E.coli) Poulets, dindons canards…,autres espèces
Granulomes cæcums, perihépatite, péricardite, complication de maladies respiratoires chroniques(MRC)
Foie, cæcums ; vitellus, ovaires…
Salmonelloses Salmonella spp.
Poulets, dindons canards,autres espèces
Diarrhée jaune et fétide, splénomégalie, foie hypertrophié de couleur bronze
Foie, rate, œufs, litière, duvets
Pasteurellose P.multocida
P.hémolytica
Toutes espèces Cyanose, diarrhée, jetage, conjonctivite, dyspnée, entérite,zone de nécrose sur le foie
Moelle osseuse, sang, foie et écouvillonnage des cavités nasales
Chlamydiose C.psittaci
Dindons, pigeons, canards, autres espèces
Péricardite, pneumonie, perihépatite, splénomégalie, entérite,
Poumon, rate, foie, intestin, cerveau
Mycoplasmose M.gallisepticum M.meleagridis
Poulets, dindons, autres Sinusite, retard de croissance, salpingite, aérosaculite péricardite fibrineuse, perihépatite,
Sinus, poumons, sacs saériens
Coryza infectieux Haemophilus
gallinarum
Poulets, faisans, pintades Sinusite, œdème facial, jetage, conjonctivite
Sinus, Ecouvillonnage de la trachée, poumon
Tuberculose aviaire
(Mycobacterium avium )
Poulets, dindons, autres Amaigrissement, diarrhée, boiterie, arrêt de ponte, granulome hépatique
Poumon, rate, foie,
Arthrite staphylococcique (Staphylococcus aureus)
Toutes les espèces, principalement les males reproducteurs
Arthrites chroniques Articulations infectées
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B- Prélèvements en pathologie cunicole :
Tableau 42 : Prélèvements à réaliser et pathologies suspectées :
Maladies /germes Symptômes et lésions Prélèvements
Colibacillose à E.coli Chez les adultes : diarrhée, congestion généralisée de l’intestin et du cæcum. Chez les lapereaux : présence de points de nécrose sur le parenchyme hépatique, forte mortalité.
Intestin, cæcum, foie, fèces
Entérotoxémie ou syndrome dysbactériose cæcale à Clostridium perfringens
Atteint surtout les reproducteurs, crottes ramollies enrobées de mucus, mortalité brutale, l’animal ballonne rapidement après la mort, reins congestionnés, foie dégénéré, contenu cæcal liquide malodorant avec gaz, paroi hémorragique.
Foie, intestin, cæcum, fèces
Entérotyphlyte à Clostridium spiroforme
Diarrhée importante à caractère aigu et brutal, entérotyphlyte et congestion de la muqueuse cæcale et intestinale.
Maladie de Tyzzer à Clostridium piliforme
Entérite aigue, hémorragique, œdème aîgu du poumon
Foie, rate, intestin
Salmonellose à Salmonella Typhimurium et S.Enteritidis
Forte mortalité des femelles avant la mise bas , diarrhée ,péritonite, avortement, splénomégalie, nécrose hépatique et cæcale , métrite, péricardite et entérite.
Foie, organes génitaux
Klebsiellose à Klebsiella Oxytoca ou K.Pneumoniae
Entérite hémorragique, foie décoloré et friable, splénomégalie, œdème du poumon, ictère.
Poumon, écouvillonnage trachéal.
Staphylococcie ou maux de pattes à Staphylococcus aureus
Fonte musculaire prononcée, mammite, métrite, ulcères cutanés des voutes plantaires et abcès divers
Pus, lait
Pasteurellose à Pasteurella multocida
Ecoulement nasal, pneumonie, bronchite, pleurésie, abcès mammaires ou cutanés, métrite, torticolis
Ecouvillonnage nasal ou trachéal, pus
Bordetellose à Bordetella bronchiseptica
Affecte généralement les voies respiratoires supérieures rarement les poumons
Ecouvillonnage nasal ou trachéal, poumon
Mycoplsmose à Mycoplasma bovis ou M. arginini
Hyperthermie, éternuements, pneumonie Sérum
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VI- Prélèvements à effectuer dans le cadre des affections bactériennes chez les
ruminants, les équidés et les camélidés
Tableau 43 : Nature du prélèvement en fonction de la maladie suspectée :
Prélèvements Maladies suspectées
Sang Sérum Ganglions Os long Divers
Péripneumonie + Lymphe thoracique
Tuberculose +
Paratuberculose + Produit de raclage de la muqueuse rectale, fèces. intestin grêle,ganglions mésentériques
Charbon bactéridien + Rate
Charbon symptomatique + Muscle à tumeur
Pasteurellose + Fragment du tissu pulmonaire
Botulisme Foie, contenu stomacal
Brucellose + Cotylédons
Listériose Cerveau, avorton, cotylédons
Leptospirose + Avorton
Campylobactériose Mucus vaginal et préputial,
Vibriose avorton
Chlamydiose + Cotylédons
Fibvre Q + Cotylédons
Syndromes divers :
Mammites
Métrite
Diarrhée
Abcès
Arthrite
Lait
Ecoulement vaginal
Fèces
Pus
Liquide synovial
VII- Modalités de prélèvements dans le cadre des affections bactériennes chez
l’abeille :
Les dominantes pathologiques bactériennes chez l’espèce apicole affectent le couvain plutôt que les abeilles adultes. Elles sont réputées légalement contagieuses et à déclaration obligatoire.
1- Loque américaine ou loque maligne due à Paenibacillus larvae affecte les larves après opérculation de l’alvéole.
2- Loque européenne ou loque bénigne, affecte les larves dans les deux premiers jours de leurs vie, elle est due à Paenibacillus alvei.
L’échantillon transmis au laboratoire pour analyse doit être représentatif de la population et de la pathologie sévissant dans l’exploitation, et doit être constitué de cadres contenant du couvain avec des alvéoles operculées et non operculées.
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Pour que l’analyse soit conforme, il faut prendre certaines précautions :
- Ne jamais placer directement plusieurs cadres les uns sur les autres, mais les envelopper séparément pour éviter que les opercules ne soient endommagés ou que les rayons ne moisissent.
- Emballer les cadres dans du papier solide et placés dans une boîte pour être transportés au laboratoire.
- Eviter que les rayons ne s’écrasent.
- Mettre sur les rayons des numéros ou des indications concernant la colonie et le rucher.
- Mettre au frais si l’expédition du matériel est retardée.
- Accompagner le prélèvement par une fiche commémorative explicative.
VIII- Modalités de prélèvements dans le cadre du contrôle de la désinfection :
Un contrôle bactériologique de l’efficacité des opérations de désinfection par écouvillonnage
devra être réalisé après toute décontamination. Ces contrôles se prolongeront tant que les
résultats ne seront pas satisfaisants. Le représentant de production, l’éleveur et le vétérinaire
doivent collaborer afin de trouver l’origine des contaminations et apporter les actions
correctives nécessaires afin d’aboutir aux résultats exigés par la réglementation.
Ce contrôle doit être réalisé après séchage complet des installations, et, le cas échéant, après
avoir fini tout nettoyage dans les exploitations voisines et doit concerner les différents endroits
du bâtiment d’élevage. Juste après l’application, les écouvillons, sont refermés, identifiés et
acheminés au laboratoire dans les conditions appropriées. Il importe de toujours procéder de la
même manière afin d’établir ultérieurement des comparaisons et des estimations.
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X- Adresse de la direction générale de l’INMV, des laboratoires vétérinaires
régionaux de l’INMV et du laboratoire de microbiologie vétérinaire de l’Institut
Pasteur :
Désignation Adresses Téléphone/fax E.mail
Direction générale BP 205,hasasan Badi,El
Harrach ,Alger
(00213)021536751/20
(00213)021536785
Laboratoire central
vétérinaire d’Alger
BP 205,hasasan Badi,El
Harrach ,Alger
(00213)021536758/60 [email protected]
Laboratoire vétérinaire
régional de Tizi-Ouzou
7,rue du stade ,Draa-
Ben-Khedda, Tizi-
Ouzou
(00213)0262787/86
(00213)026272045
Laboratoire vétérinaire
régional de Constantine
BP 22, El Khroub ,
Constantine
(00213)031802109
(00213)031801153
Laboratoire vétérinaire
régional de Tlemcen
BP 568, Route
Mansoura,N°7,Tlemcen
(00213)043207141
(00213)043271346
lvr_ tlemcen @inmv.edu.dz
Laboratoire vétérinaire
régional de Mostaganem
Route Marmèche,
27120, Mostaganem
(00213)045229464
(00213) 045229691
lvr_ mostaganem @inmv.edu.dz
Laboratoire vétérinaire
régional de Laghouat
Cité El Mukam,BP
527,Laghouat
(00213)029932911
(00213) 029927541
lvr_ laghouat @inmv.edu.dz
Laboratoire vétérinaire
régional d’El Tarf
Route Ben M’hidi,El
Kous, El Tarf
(00213)030875388
(00213) 030890802
lvr_ eltarf @inmv.edu.dz
Institut Pasteur d’Algerie –
Annexe de Kouba.Service
de microbiologie
vétérinaire et
d’épizootiologie
34, rue Ahmed Chérifi –
Kouba-Alger
(00213)021233350
(00213)021774060
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TABLES DE LECTURE EN MEDECINE HUMAINE
Pr A.Benslimani Dr N. Benamrouche
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Table de lecture14* : Valeurs critiques des CMI, pour Yersinia pestis
Valeurs critiques des CMI (µg/ml)�Antibiotiques testés�
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Streptomycine ≤ 4 8 ≥ 16
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Doxycycline ≤ 4 8 ≥ 16
Chloramphénicol ≤ 8 16 ≥ 32
Sulfaméthoxazole+triméthoprime ≤ 2/38 - ≥ 4/76
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* Tableau extrait du Document M100 – S20. Vol. 30, n°1. 2010. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing; twenty informational supplement.
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
http://www.sante.dz/aarn�176
Table de lecture 16**: Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition pour Helicobacter pylori.
Diamètres critiques (mm)
Antibiotiques testés
Charge des disques
S R
Commentaires
Erythromycine 15 UI ≥ 22 <17 Interprétation valable pour clarithromycine
Ciprofloxacine 5 µg ≥ 20 < 20 Interprétation valable pour lévofloxacine. Si le diamètre est inférieur à 20 mm mesurer la CMI
Table de lecture17** : Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition pour Anaérobies strictes
Diamètres critiques (mm)
Antibiotiques testés
Charge des disques
S R
Commentaires
Amoxicilline 25 µg ≥ 21 < 17
Interprétation pour les anaérobies à Gram positif Interprétation valable pour pénicilline G et ampicilline
Amoxicilline+acide clavulanique
10/20 µg ≥ 21 <17
Ticarcilline 75 µg ≥ 24
≥ 22
< 22
< 22
Interprétation pour les anaérobies à gram positif Interprétation pour les anaérobies à Gram négatif
Ticarcillin+acide clavulanique
75/10 µg ≥ 24 < 22 Pour B. fragilis, l’interprétation est valable pour la pipéracilline
Céfotaxime 30 µg ≥ 21 < 15
Imipénème 10 µg ≥ 24 < 17
Clindamycine 2 UI ≥ 15 < 15 Lecture obligatoire à 48h, risque de faux sensible à 24h d’incubation
Pristinamycine 15 µg ≥ 22 < 19 Ne pas tester pour les Bacteroides du groupe fragilis
Ofloxacine 5 µg ≥ 22 < 16
Vancomycine 30 µg ≥ 17 -
Rifampicine 30 µg ≥ 19 < 14
Chloramphénicol 30 µg ≥ 23 < 23
Métronidazole Comprimé 16 µg ≥ 21 < 21 Interprétation valable pour l’ornidazole
Kanamycine 1000 µg - < 10
Colistine 10 µg - < 10
Aide à l’identification des bacilles à Gram négatif
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**Extraits des recommandations 2011 du Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
http://www.sante.dz/aarn 177
Table de lecture 18* : Valeurs critiques des CMI pour Brucella spp.
Valeurs critiques CMI (µg/ml) Antibiotiques
S I R
Commentaires
Streptomycine ≤ 8 - - Valeur critique sensible : ≤ 16 µg/ml si incubation sous CO2 et ≤ 8µg/ml si incubation en atmosphère ordinaire
Gentamicine ≤ 4 - -
Tétracycline ≤ 1 - -
Doxycycline ≤1 - -
Sulfaméthoxazole+ triméthoprime
≤ 2/38 - -
Table de lecture19** : Valeurs critiques des CMI pour Corynebacterium spp.
Valeurs critiques CMI (µg/ml) Antibiotiques
S I R
Pénicilline ≤1 2 ≥4
Cefotaxime ≤1 2 ≥4
Imipenème ≤4 8 ≥16
Gentamicine ≤4 8 ≥16
Erythromycine ≤0,5 1 ≥2
Clindamycine ≤0,5 1-2 ≥4
Ciprofloxacine ≤1 2 ≥4
Tétracycline ≤4 8 ≥16
Doxycycline ≤4 8 ≥16
Sulfaméthoxazole+triméthoprime ≤2/38 - ≥4/76
Vancomycine ≤4 - -
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* Tableau extrait du Document M100 – S20. Vol. 30, n°1 . 2010. Performance standards for antimicrobial susceptibility
testing; twenty informational supplement ** Tableau extrait du Document M 45-A. Vol 26 N°19 2008. methods for antimicrobial dilution and disk susceptibility testing
of infrequently isolated or fastidius bacteria. Approved guideline
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
http://www.sante.dz/aarn�178
Table de lecture 20* : Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition pour Pasteurella spp
Valeurs critiques Antibiotiques
Charge des disques S I R
Pénicilline 10 U ≥ 25 - -
Ampicilline 10 µg ≥ 27 - -
Amoxicilline-acide clavulanique 20/10 µg ≥ 27 - -
Ceftriaxone 30 µg ≥ 34 - -
Erythromycine 15 µg ≥ 27 25-26 ≤ 24
Azithromycine 15 µg ≥ 20 - -
Levofloxacine 5 µg ≥ 28 - -
Tétracycline 30 µg ≥ 23 - -
Doxycycline 30 µg ≥ 23 - -
Chloramphénicol 30 µg ≥ 28 - -
Sulfaméthoxazole+triméthoprime 1,25/23,75 µg ≥ 24 - -
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* Tableau extrait du Document M 45-A. Vol 26 N°19 2008. methods for antimicrobial dilution and disk susceptibility testing
of infrequently isolated or fastidius bacteria. Approved guideline
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TABLES DE LECTURE EN MEDECINE VETERINAIRE
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
http://www.sante.dz/aarn�180
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
http://www.sante.dz/aarn 181
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http://www.sante.dz/aarn�182
Suite table de lecture 21 :
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Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
http://www.sante.dz/aarn�184
Table de lecture 23 :
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Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
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Table de lecture 25 :
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Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
http://www.sante.dz/aarn�190
Table de lecture 29 : Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour Campylobacter jejuni et Campylobacter coli (En médecine vétérinaire) :
Diamètres critiques (mm)
CMI critiques (µg/ml) Antibiotiques testés
Charge des disques
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Gentamicine * 10 µg ≤16 ≥18 ≥4 ≤2
Clindamycine 2µg ≤16 ≥20 ≥2 ≤1
Ciprofloxacine 5 µg ≤22 ≥25 ≥1 ≤0,5
Erythromycine 15 µg ≤17 ≥22 ≥4 ≤2
Acide Nalidixique 30 µg ≤15 ≥20 ≥16 ≤8
Tétracycline 30 µg ≤17 ≥19 ≥8 ≤4
*Antibiotique testé uniquement dans le cadre de l’épidémiosurveillance
Table de lecture 30 : Valeurs critiques des CMI pour Listeria spp (En médecine vétérinaire) :
Contrôle de qualité : L. monocytogenes: ATCC15313 S.pneumoniae : ATCC49619
Le CLSI préconise pour l’ampicilline et la pénicilline la détermination des concentrations minimales inhibitrices par la méthode de micro dilution en milieu liquide.
L’interpretation des résultats :
Ampicilline : ≤2 μg/ml : souche sensible
Pénicilline : ≤2 μg/ml : souche sensible
Performance Standards for Antimicrobial Disk and Dilution Susceptibility Tests for Bacteria Isolated from Animals; Approved standard –Third Edition M31-A3. Vol.28 N° 8.
Standardisation de l’antibiogramme à l’échelle nationale (médecine humaine et vétérinaire) 6ème édition 2011
http://www.sante.dz/aarn 191
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