ComparaisondelatrousseRealStar®CMVPCRKit(AltonaDiagnostics)aveclatrousseCMVR-gene®™(bioMerieux)pourlaquantificationduCMVdansdifférentesmatrices
M.Gomes-Mayeras 1,2,S.Hantz1,2,S.Alain1,2
CONCLUSION
RESULTATS
Matériels
PCR CMV R-gene® (bioMérieux)
üTechnologie TaqmanüValidée sang total, plasma, sérum, LCR, LBA, urines, biopsies,liquide amniotiqueü4 points de gammeüContrôle interne pour chaque échantillon exprimé en CtüRésultats exprimés en copies/mL et convertis en UI/mL enfonction du coefficient de corrélation calculé pour chaque matriceselon la méthode des moyennes géométriques du CNR CMV(Semenova et al., JCM 2016)
PCR RealStar® CMV PCR Kit (Altona Diagnostics)
üTechnologie TaqmanüValidée sang total, plasmaü4 points de gammeüContrôle interne pour chaque échantillon exprimé en CtüRésultats directement calibrés en UI/mL
Amplification:automate Rotor Gene Q
(Qiagen)
Extraction : Nuclisens EasyMag® bioMérieux (Protocole Specific B et Viral whole blood, 50µl elution) )
üContrôle qualité sang total QCMD (2015): valeurs attendues 1,9 à3,4 log10 UI/mL
üStandard NATtrol™ Cytomégalovirus Zeptometrix dilué en sangtotal (souche de référence AD169), dilué de 4,5 log10 à 1 log10UI/mL
ü37 échantillons de patients (sang total et plasma) avec une CVCMV détectable en routine sur sang total par la trousse CMV R-gene® (bioMérieux)
ValeursduconsensusQCMD
Statutdel’échantillon R-gene®bioMérieux RealStar®CMVAltona
2,196 Educational 2,011 2,3442,877 Core 2,950 2,6742,829 Core 3,133 2,785Négatif Core ND ND2,882 Core 3,110 3,4982,457 Educational 2,648 2,5491,942 Educational ND ND3,449 Core 3,763 3,645Négatif Core ND ND2,771 Core 2,792 2,851
ProgrammeQCMD2015CMVsangtotal(logUI/mL) StandardZeptometrix diluéensangtotal
Virologie/Méthodesdediagnostic:N° 251
Remerciements:SociétéAltonapourlafournituredesréactifs
1CNRHerpesvirus,Laboratoiredebactériologie-virologie-hygiène,CHUdeLimoges,2UMR1092,Facultédemédecine,UniversitédeLimoges,Limoges,[email protected] /0555056728
La quantification du génome du cytomégalovirus (CMV) est un outil essentiel pour la surveillance de l'infection à CMV chez les immunodéprimés. L’harmonisation desrésultats, indispensable pour définir des variations cliniquement significatives ou des valeurs seuil, nécessite une expression des charges virales (CV) en UI/mL. Néanmoins, desdifférences persistent, en partie liées à l’utilisation de différentes méthodes d’extractions mais aussi aux performances des trousses. Il est donc nécessaire de comparer lesnouvelles trousses aux trousses de référence. Nous avons ici comparé les performances en UI/mL de la trousse RealStar® CMV PCR Kit (Altona Diagnostics) à notre trousse deréférence CMV R-gene®™ (bioMérieux) sur sang total et plasma.
Objectifs
Méthodes
La très bonne corrélation entre les trousses RealStar® Altona Diagnostics et CMV R-gene® après extraction sur l’automate EasyMag (bioMérieux) permet d'envisager,grâce à l’adoption des valeurs de CV en UI/mL, une utilisation des résultats issus de ces deux trousses dans des essais cliniques multicentriques ou pour la surveillancedes patients. Ces données doivent être confirmées par la comparaison des cinétiques virales chez les patients transplantés.
Les CV Altona et R-gene® diffèrent enmoyenne de 0,26+/-0,10log10 etrespectivement de 0,36+/-0,10 et0,63+/-0,12log10 avec la valeurattendue.Ces résultats sont corrélés avec les LoDrevendiquées par les 2 fournisseurs, àsavoir LoD95 124,5 UI/mL pour Altona etLoD95 150 UI/mL pour R-gene
Comparaisonsangtotal/plasmapourles2PCR
ComparaisondeséchantillonscliniquesCMVR-gene®vsRealStar®CMVparmatrice
Sangtotal
37 AltonaWB+ AltonaWB-
R-gene®WB+ 33 1
R-gene®WB- 0 3
Plasma
37 Altona+ Altona-
R-gene®+ 28 0
R-gene®- 4 5
-1,40
-0,90
-0,40
0,10
0,60
1,10
1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00
diffé
renceenlog10R-gene-altona
MoyennedesCV(log10UI/mL)
R-geneCMVversusaltonasangtotalUI/mL(log10)
-1,40
-0,90
-0,40
0,10
0,60
1,10
1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00
diffé
renceenlog10R-gene-altona
MoyennedesCV(log10UI/mL)
R-geneCMVversusaltonaplasmaUI/mL(log10)
y=1,0307x- 0,0752R²=0,80709
0,001,002,003,004,005,006,007,008,00
0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00
R-geneSTUI/mL(log10)
altona STUI/mL(log10)
CMVsangtotalR-gene/altona(UI/mL)
y=0,9122x+0,8476R²=0,92253
0,00
1,00
2,00
3,00
4,00
5,00
6,00
7,00
8,00
0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00
R-geneplasm
aUI/mL(log10)
altona plasmaUI/mL(log10)
CMVplasmaR-gene/altona(UI/mL)
Les résultats obtenus à partir des échantillons desang total montrent une très bonne concordanceen terme de détection d’une ADNémie (1discordant non détecté par Altona) et une bonnecorrélation pour la quantification entre les 2techniques avec un R2= 0,8.Cependant les différences entre les charges viralesmesurées par les 2 techniques varient en fonctionde la virémie, la trousse R-gene® ayant tendance àsurquantifier les CV basses et inversement pour latrousse Altona .
Les CV Altona et R-gene® sur leséchantillons du QCMD 2015 diffèrent enmoyenne de -0,08+/-0,38log10 etrespectivement de 0,06 +/- 0,31 et 0,14+/-0,17log10 avec la valeur attendue par leconsensus des réponses au QCMD. Tousles échantillons attendus positifs ont ététrouvés positifs, à l’exception d’unéchantillon (QCMD #7 : 1,9 log10),indétectable par les deux techniques maisavec le statut « educational ».
Les résultats obtenus à partir des échantillons deplasma montrent une corrélation meilleure quesur sang total pour la quantification entre les 2techniques (R2= 0,9). 4 échantillons non détectéspar R-gene® sont détectés par Altona.On notera le comportement légèrement différentdes trousses dans le plasma, alors que leséchantillons et la méthode d’extraction sont lesmêmes.
0
0,5
1
1,5
2
2,5
3
3,5
4
4,5
5
0 0,5 1 1,5 2 2,5 3 3,5 4 4,5 5
CVmesurée(logUI/mL)
CVattendue (logUI/mL)
Altona
R-gene
CMVsangtotalR-gene /Altona(UI/mL)
CMVplasmaR-gene /Altona(UI/mL)
CMVR-gene versusAltonasangtotal (UI/mL)
CMVR-gene versusAltonaplasma(UI/mL)
-1,00
-0,50
0,00
0,50
1,00
1,50
2,00
2,50
1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00
diffé
renceenlog10(ST-plasm
a)
MoyennedesCV(log10UI/mL
AltonaCMV(UI/mL)
-1,00
-0,50
0,00
0,50
1,00
1,50
2,00
2,50
1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00
diffé
renceenlog10(ST-plasm
a)
MoyennedesCV(log10UI/mL
R-geneCMV(UI/mL)
y=1,0698x- 0,9741R²=0,64
y=1,0197x- 0,2802R²=0,823
0,001,002,003,004,005,006,007,008,00
0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00 8,00
sangtotalUI/mL(log10)
plasmaUI/mL(log10)
CMVsangtotal/plasma(UI/mL)
R-gene
altona
Linéaire (R-gene)
Linéaire (altona)
Altona
(Altona)
