POLYTECHNICE-SOPHIA DEPARTEMENT GENIE BIOLOGIQUE BIOINFORMATIQUE 5EME ANNEE RAPPORT DE GENIE LOGICIEL ET BASES DE DONNEES INTERFACES

Cration dun Site Web pour un Centre de RechercheGnie Logiciel, Rapport UMLNicolas ALENDE, Clmentine DURUP, Floriane MONTANARI, Arnaud OISEL 06/01/2010

Table des matires1 1.1 1.2 2 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 3 3.1 3.2 3.3 3.4 4 Cahier des charges ..................................................................................................... 3 Glossaire .............................................................................................................................. 3 Fonctionnalits du site Web ................................................................................................ 4 Cas dutilisation ......................................................................................................... 6 Diagramme de haut niveau ................................................................................................. 6 Diagramme Consulter .......................................................................................................... 6 Grer les pages-quipe ........................................................................................................ 8 Grer les sminaires ............................................................................................................ 8 Administrer les quipes ....................................................................................................... 9 Diagrammes de squence .........................................................................................10 Sauthentifier ..................................................................................................................... 10 Remplir un formulaire : cas dchec .................................................................................. 11 Consulter ........................................................................................................................... 11 Grer les sminaires .......................................................................................................... 13 Diagramme de classe ................................................................................................15

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1 Cahier des chargesAprs discussion avec le client, nous avons dfini comme suit les diffrentes tches qui nous incombaient, ainsi que les diffrents points ntant pas de notre ressort. Pour commencer, voici un glossaire explicitant le vocabulaire qui sera employ tout au long du projet.

1.1

Glossaire

Administrateur : il ne fait pas partie dune quipe de recherche, mais du dpartement Ressources Humaines du centre de recherche. Il a pour rle de crer ou dtruire une quipe ou un membre, de fournir des identifiants et mots de passes aux diffrents membres du centre de recherche, rles que nous dtaillerons ultrieurement. Authentification : action de sidentifier sur le site web par un password et un login. Domaine de recherche : cest lensemble le plus grand dans lequel sinscrit le projet de recherche dune quipe. Le domaine va se diviser en axes de recherche, subdivision plus prcise du domaine. Si lon devait prendre un exemple, on pourrait choisir Biologie structurale comme domaine et Etudes de docking comme axe de recherche. Equipe de recherche (ou quipe-projet): une quipe est un groupe de personnes travaillant sur un projet de recherche donn. Elle est compose de membres qui sont : un chef de projet, un secrtaire, des membres temporaires (ex : tudiants en thse, post-doctorants) et des chercheurs. Publication : article publi dans un journal, rsultat des recherches menes par un ou plusieurs membres dune quipe. Elle se caractrise par un titre, une date, un nom de journal, le nom des auteurs et un rsum. Rsultats : dsigne les rsultats dune ou plusieurs exprience(s) mene(s) par une quipe-projet. Les rsultats dune recherche peuvent tre publics ou privs. Dans le premier cas, ils sont accessibles tout visiteur. Dans le deuxime cas, la consultation des rsultats ncessite au pralable une authentification en tant que membre. Il incombe lquipe-projet de dfinir les droits daccs des rsultats quelle diffuse sur le site Web. Sminaire : appel aussi indiffremment Confrence ou Colloque dans notre cas, est un vnement qui est organis par les quipes-projet. Il est dfini par un titre, une date, un intervenant principal, un lieu et un rsum. Il sera associ un ou plusieurs rsultat(s) de lquipe-projet organisatrice. Visiteur : nimporte quel individu visitant le site web.

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1.2

Fonctionnalits du site WebLes fonctionnalits attendues du site sinscrivent dans trois principaux axes : promouvoir les recherches menes par les diffrentes quipes-projet ; faciliter la mise en relation des diffrentes quipes ; permettre lorganisation dvnements de type confrence, sminaires et en faciliter la participation. Dans cette optique, le site remplit les fonctions dcrites ci-aprs.

Les pages-quipe et les pages-membreLes pages-quipe et les pages-membre sont, dans leur configuration premire, accessibles tout visiteur du site, quil soit membre du centre de recherche ou non. Droits spcifiques : chaque membre doit pouvoir modifier ses informations personnelles sur sa page-membre ; le secrtaire doit pouvoir modifier toutes les informations de la page-quipe ; ladministrateur peut modifier toutes les informations sur toutes les pages-quipe. Pour accder une page-quipe, il sagit dune recherche par nom dquipe ou par thme de recherche, depuis un onglet de la page daccueil ou une barre de tches prsente sur toutes les pages du site. Les informations que doit contenir une page-quipe sont : Des liens vers les pages-membres qui contiennent chacune : nom du membre, fonction, adresse e-mail, numro de tlphone, localisation dans le laboratoire, informations diverses et lien vers sa page Web sil en possde une, afin de faciliter les communications entre quipes. Pour tout membre, on doit pouvoir accder la liste de ses publications, cest--dire toute publication o son nom apparat dans la rubrique auteurs . Une rubrique Rsultats , o laffichage va dpendre des droits : un affichage de base ne fera apparatre que des informations non confidentielles, tandis que tout membre appartenant une quipe-projet, aprs authentification, doit pouvoir avoir accs une page rsultat dtaille, dont le format dpendra du type de recherche de lquipe. Une rubrique Postes pourvoir , gre par le secrtaire et/ou ladministrateur, qui prsente trs sommairement le type de poste vacant et les qualifications attendues. Une rubrique Sminaires , affiche automatiquement partir du calendrier gnral des sminaires (voir plus loin), qui annonce les sminaires venir organiss par lquipe. 4|Page

Il parat intressant de rajouter, sils existent, des liens vers des pages personnelles de chaque membre de lquipe, ainsi quun lien vers lventuel site darchivage des rsultats (voir cidessous). Attention, il est noter que la quantit de rsultats entrs peut poser des problmes en termes daffichage et de stockage dans la base de donnes, que nous ne grerons pas.

Grer les recherchesDepuis la page daccueil ou la barre de tches ( dfinir), diffrents types de recherches sont envisageables. Premirement, et nous lavons dj voqu plus haut, le visiteur doit pouvoir avoir un accs facile la liste des quipes, afin de choisir parmi elles celle quil veut consulter. Il devrait galement y avoir une liste des domaines auxquels sintressent les quipes du laboratoire, pour une recherche de type annuaire . Dans un second temps, un outil de recherche par mots-cls dans le site doit permettre au visiteur davoir accs aux rsultats et sminaires ayant traits au(x) mot(s)-cl(s) entr(s). Il est entendu que les mots-cls sont fournis par le secrtaire lors de la cration dun sminaire ou dun rsultat, mais quils pourront tout de mme faire lobjet de modifications.

Grer les sminairesLoutil de base de gestion du sminaire sera un calendrier, accs public mais modification limite. En effet, lon considre que seuls les secrtaires de chaque quipe ont lautorisation dinscrire une nouvelle confrence au calendrier, suivant un protocole tabli par nous : un questionnaire prrempli devra tre complt par le secrtaire, lui permettant de prciser quipe organisatrice, date du sminaire, dlai partir duquel lannonce doit apparatre sur la page daccueil et sur la page-quipe concerne, lieu, nom de lintervenant, titre du sminaire, mots-cls, ainsi quun rsum de ce qui va tre dit. Il pourra galement choisir une option sondage afin que tout visiteur du site puisse prciser de manire anonyme sil a ou non lintention dassister la confrence. Le secrtaire doit recevoir un message davertissement si deux confrences ont lieu au mme moment. Les problmes de recouvrement de dates et/ou de lieu devront tre grs par les secrtaires eux-mmes. La page daccueil du site reprendra automatiquement les sminaires venir, avec les mmes informations disponibles que sur le calendrier, partir de la date du sminaire et du dlai de mise en ligne indiqus par le formulaire. Enfin, chaque page-quipe reprendra les informations sur les confrences venir ayant trait son axe de recherche, et organises par elle. Les annonces disparaissent le lendemain du sminaire. 5|Page

2 Cas dutilisation2.1 Diagramme de haut niveau Les acteursOn entend par visiteur toute personne ayant accs au site Web, public, du centre de recherche. Un membre dune quipe-projet est de ce fait un visiteur. Le secrtaire est membre dune quipe-projet mais possde des droits supplmentaires sminaires et de de cration de

rsultats.

Ladministrateur possde en plus le droit dadministrer des quipes.

Les fonctionsConsulter : un visiteur peut visiter les pages-quipe et les pages-membre, effectuer des recherches de sminaires et de rsultats grce un moteur de recherche et consulter des sminaires partir du calendrier des sminaires. Grer les pages-quipe : le secrtaire peut ajouter, supprimer ou modifier sur la page de son quipe : les postes pourvoir, les rsultats, les publications, les pages-membre. Un membre dune quipe peut modifier sa propre page-membre. Ladministrateur pourra grer toutes les pages-quipe et les pagesmembres du site Web. Grer un sminaire : le secrtaire, ou ladministrateur, peut ajouter, supprimer ou modifier un vnement de type sminaire au calendrier des sminaires. Administrer les quipes : ladministrateur peut ajouter, supprimer ou modifier une quipe, ou un membre dune quipe.

2.2

Diagramme Consulter Consulter une page-quipeUn visiteur peut consulter une page-quipe laquelle il accde par nom dquipe ou par thme

de recherche. Il pourra consulter pour lquipe, les postes pourvoir, ses sminaires (voir consulter un 6|Page

sminaire) ses publications et ses rsultats partiels. Aprs authentification, si le visiteur est reconnu comme membre dune quipe-projet, quelle quelle soit, il peut accder aux rsultats non exhaustifs de la page-quipe.

Consulter un sminaireTout visiteur peut consulter les sminaires, directement partir de la page daccueil (en cliquant sur un onglet ou un lien calendrier des sminaires ). Il peut galement accder aux informations dun sminaire partir de la page de lquipe qui lorganise. Enfin, il pourra y accder par lintermdiaire du moteur de recherche (voir moteur de recherche). Il y trouvera les informations suivantes : titre du sminaire, date, lieu, rsum, quipe organisatrice, nom des intervenants et enfin rsultats de lquipe organisatrice associs au sminaire.

Effectuer une rechercheUn visiteur peut rechercher un sminaire ou un rsultat par mots-cls.

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2.3

Grer les pages-quipe

Aprs authentification et reconnaissance du statut du visiteur en tant que membre, secrtaire ou administrateur, ce dernier peut ajouter, supprimer ou modifier des informations sur les pages-quipe. Nimporte quel membre peut modifier ses informations personnelles (nom, prnom, adresse etc.). Le secrtaire peut en plus grer les publications, les rsultats et les postes pourvoir de son quipe. Ladministrateur, lui, pourra grer les pages de toutes les quipes mais son rle sera surtout dadministrer les quipes (voir administrer les quipes).

2.4

Grer les sminaires

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Le secrtaire (ou ladministrateur), aprs authentification et donc reconnaissance de son statut peut ajouter un sminaire au calendrier (choix de la date et de lheure). Il remplira les informations relatives ce sminaire (lieu, titre, rsum et nom de lintervenant). Il recevra un message dalerte uniquement dans le cas o deux vnements ont lieu le mme jour, cest pourquoi lon distingue lajout du sminaire dans le calendrier et le descriptif du sminaire.

2.5

Administrer les quipesLadministrateur, aprs

authentification peut supprimer ou ajouter une quipe-projet et ses

membres. Il doit galement pouvoir ajouter ou supprimer un membre dans une quipe-projet dj existante. Il grera la distribution des logins et des passwords.

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3 Diagrammes de squenceDans la mesure o nous nimplmenterons pas le site Web dans sa totalit, seuls quelques diagrammes de squence sont prsents dans ce document.

3.1

SauthentifierUn membre peut cliquer sur un lien qui permet laffichage du formulaire dauthentification. Il

remplit les champs login et password et les informations sont envoyes aprs validation un contrleur qui les oriente vers le gestionnaire dauthentification afin quelles soient vrifies. Si lindividu existe dans la base de donnes, et quil possde le statut requis pour accder la page suivante, alors la page en question saffiche.

Dans le cas o lauthentification choue (individu inconnu dans la base de donnes, ou individu non autoris), le formulaire dauthentification saffiche de nouveau, accompagn dun message derreur.

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3.2

Remplir un formulaire : cas dchecUn formulaire comporte un ou plusieurs champs obligatoire(s). Certains champs, notamment les

dates et les heures, doivent tre entrs selon un format bien prcis. Si lutilisateur ne complte pas le formulaire selon ces restrictions, un message derreur lui est envoy afin quil corrige le dit formulaire. Le formulaire saffiche de nouveau, et contient les informations que lutilisateur avaient entres avant validation.

3.3

Consulter Consulter un sminaire partir du calendrier des sminairesUn visiteur accde au calendrier des sminaires depuis la page daccueil. Aprs slection du

calendrier, lutilisateur visualise la liste des sminaires et peut alors cliquer sur celui de son choix. Le sminaire dintrt est appel grce son identifiant, qui est envoy au gestionnaire de sminaire. Il est lu (read), et les informations concernant le dit sminaire sont rcuprer dans la base de donnes (getInfosSeminaire) et envoyes sous formes de chanes de caractres str. Le sminaire peut alors safficher. La squence des vnements pour laffichage dun rsultat, dune publication ou encore des postes pourvoir est semblable.

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Effectuer une rechercheLe visiteur peut depuis la page daccueil demander effectuer une recherche. Le formulaire saffiche et il slectionne un type de recherche parmi Rechercher un sminaire et Rechercher un rsultat. Il entre par ailleurs les mots cls correspondant sa recherche. Aprs validation, les informations sont envoyes un contrleur qui dune part, oriente la recherche vers la bonne table de la base de donnes (selon le type de recherche slectionn), et dautre part autorise la recherche par mots cls par le moteur de recherche. Le rsultat de la requte est envoy au contrleur sous la forme dune chane de caractres, puis il est affich. On peut imaginer que les rsultats seront associs des liens permettant de consulter Rsultats partiels et Sminaires correspondant.

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3.4

Grer les sminairesLa gestion dun sminaire, dun rsultat, dune publication, de postes pourvoir ou encore

ladministration dquipes, se font de la mme manire. La squence des vnements est trs semblable, cest pourquoi nous avons choisi de prsenter les diagrammes de squence uniquement pour le cas de la gestion de sminaire, que nous implmenterons.

Ajouter un sminaireAprs authentification en tant que secrtaire ou administrateur, un utilisateur peut demander ajouter un sminaire. Un formulaire saffiche, comportant tous les champs ncessaires et suffisants pour contenir les informations sur un sminaire (voir Cahier des charges). Une fois le formulaire rempli, les informations (infos) sont envoyes un gestionnaire de sminaire qui contrlera en premier lieu sil existe un sminaire dans la base de donnes qui aurait lieu en mme temps que le sminaire crer (informations indiques dans le formulaire). Si cest le cas, un message saffiche et le secrtaire choisira de confirmer ou non la cration du sminaire. Si le secrtaire le confirme, ou que tout simplement aucun sminaire ntait prvu en mme temps, le gestionnaire de sminaire cre un objet sminaire, dont les informations correspondantes sont enregistres dans la base de donnes. Une fois le sminaire cr, le calendrier des sminaires saffiche.

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Supprimer un sminairePour supprimer un sminaire, le secrtaire (ou ladministrateur) doit au pralable avoir affich un sminaire (voir Consulter un sminaire partir du calendrier des sminaires ou Effectuer une recherche). Il selectionne loption modifier un sminaire prsent sur la page. Lobjet sminaire est alors supprim (tout ccomme le n-uplet de la base de donne correspondant), la page du calendrier saffiche.

Modifier un sminaireAprs authentification, lutilisateur peut choisir de modifier un sminaire partir de la page sminaire correspondante. Les informations concernant le dit sminaire sont rcupre sous forme de chanes de caractre de la mme manire que dans Consulter un sminaire. La diffrence est que ces informations vont permettre de remplir automatiquement un formulaire de sminaire que lutilisateur pourra alors modifier. Aprs validation, les informations sont transmises au gestionnaire de sminaire et la table de donnes est mise jour avec ces nouvelles informations. Le sminaire nouvellement modifi saffiche.

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4 Diagramme de classeDans le cadre de notre projet, nous nimplmentons quune partie du site Web. Dans cette optique, il a fallu adapter le diagramme des classes, afin par exemple de pouvoir associer des rsultats aux sminaires.

Les tablesLes classes indiques en jaune claire seront des tables de la base de donnes que nous implmenterons. Elles contiennent tous les attributs des tables lexception des cls trangres. Pour une personne, on pourra trouver : nom, prnom, login, password, statut (parmi les suivants : membre, secrtaire, administrateur), email, siteWeb enventuel, numro de tlphone. Une quipe sera dfinie par : son domaine et son axe de recherche, le btiment quelle occupe, la salle de son secrtariat ainsi que son nom. Une publication est associe son URL (adressePubMed) et sa rfrence (au format classique pour les publications scientifiques). Un rsultat partiel est dfini par un titre, un rsum, un type daffichage (parmi les suivants : Arno, Flo, Nico, Clemo), des mots cls et des rfrences. Il sera galement indiqu sil est public ou non, c'est--dire si le visiteur doit tre un membre pour accder aux rsultats exhaustifs. Un sminaire possde un titre, un rsum, des mots cls, un ou plusieurs intervenant(s), un lieu, une date et un dlai davertissement. Il est organis par une quipe du centre de recherche. 15 | P a g e

Une personne appartient une (ex : membre) ou aucune quipe (ex : administrateur). Une quipe se compose dau moins une personne. Une publication possde un ou plusieurs auteurs du centre de recherche, et une personne peut tre auteur daucune ou de plusieurs publication(s). Une quipe peut prsenter des rsultats partiels sur sa page-quipe. Un rsultat ne correspond qu une quipe et peut tre associ des publications. Un sminaire est organis par une quipe et est toujours associe un rsultat. Les sminaires et les rsultats contiennent les fonctions qui permettent de lire (read), de mettre jour (update) et de rcuprer (getInfos) les informations des tables correspondantes. Un constructeur (constructor) permet galement de crer partir de ces donnes, des objets de type sminaire ou rsultat.

Formulaires et gestionnairesLes gestionnaires jouent le rle de contrleurs, et contiennent lensemble des actions applicables (i) aux informations entres dans les formulaires et (ii) aux informations disponibles dans la base de donnes. Ainsi on retrouve dans le gestionnaire de sminaire les fonctions qui permettent de crer un sminaire (ajouterSemininaire), de supprimer un sminaire (supprimerSeminaire) ou de modifier un sminaire (modifierSeminaire). Il en va de mme pour les rsultats partiels. Le moteur de rechercher contient les fonctions permettant de rechercher un sminaire ou un rsultat (rechercherSeminaire et rechercherResultat respectivement), tandis que le gestionnaire dauthentification permet la vrification des logins et passwords (verifierAuthentification).

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