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Résumés de l’ensemble des causeries de l’année 2017

CAUSERIES 2017

EMH - IFREMER, Nantes

Florianne MARANDEL, Ifremer Nantes

1 Programme Causeries 2017

Quelques recommandations... Les causeries peuvent se tenir en anglais ou en français. Le format est libre mais la présentation (questions incluses) ne doit pas excéder une heure. Une alarme est prévue après 45 minutes d’exposé.

Pour le bon déroulement logistique des causeries, venez avec un ordinateur ayant un port HDMI. Si vous n’en possédez pas, prévenez l’administrateur des causeries quelques jours avant la causerie. Après votre causerie, n’oubliez pas de transmettre votre présentation pour l’archivage si celle-ci n’est pas confidentielle.

Pour les extérieurs à IFREMER, si vous souhaitez assister à une causerie, prévenez l’administrateur des causeries quelques jours avant afin qu’il puisse s’organiser avec la sécurité du site IFREMER Nantes.

Pour envoyer un mail à l’ensemble des abonnés aux causeries : [email protected] Pour recevoir les mails des causeries, deux solutions :

- Voir avec l’administrateur des causeries ([email protected] pour 2017)

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Contenu

Marie-Joëlle Rochet ......................................................................................................................... 5

Les rejets au Chili ........................................................................................................................ 5

Camille Albouy .................................................................................................................................. 6

Présentation générale : écologie quantitative, dynamique et biodiversité marine ............................................................................................................................................. 6

Nans Burgarella ................................................................................................................................ 7

Socialité dans les bancs et structure spatiale des populations de petits poissons pélagiques ................................................................................................................... 7

Alexander Barrios ............................................................................................................................ 8

Influence des variations des facteurs environnementaux sur la croissance de poisson de l'Atlantique ............................................................................................................. 8

Youen Vermard ................................................................................................................................. 9

Utiliser les données du SIH pour cartographier et décrire l’activité de pêche ... 9

Mathieu Doray ................................................................................................................................ 10

Surveillance des petits poissons pélagiques dans leur écosystème, à partir d'indicateurs issus de la campagne écosystémique PELGAS .................................. 10

Jerôme Spitz .................................................................................................................................... 11

Intégration des traits fonctionnels dans les relations trophiques au sein des écosystèmes marins ................................................................................................................ 11

Marta Ruffino .................................................................................................................................. 12

Sensitivity of spatial indices to grid size and interpolation ..................................... 12

Arthur Blanluet .............................................................................................................................. 13

Etude des couches diffusantes de PELGAS 2016 par approche directe des captures de filet à micronecton .......................................................................................... 13

Nicolas Bez....................................................................................................................................... 14

Fallait-il jeter les p-values avec l’eau du bain ? ............................................................ 14

Pierre Isaac, Jean Haberstroh et Louis Terrats ................................................................. 15

Modélisation de la dynamique du système pélagique du Golfe de Gascogne en réponse au changement climatique .................................................................................. 15

Communication Obsmer, répondre aux attentes des pêcheurs professionnels ......................................................................................................................................................... 15

Variabilité à long terme de la disponibilité énergétique de la ressource pour les prédateurs supérieurs dans le Golfe de Gascogne ...................................................... 15

Benoit Mialet ................................................................................................................................... 16

Tests et résultats des essais du suivi mutualisé « Réseaux trophiques et contaminants » sur les campagnes halieutiques DCF 2014-2015. ....................... 16

Anik Brind’Amour et Pascal Laffargue ................................................................................. 17


Présentation de l'Atlas des invertébrés benthiques issus des campagnes halieutiques et caractérisation des habitats du plateau continental .................................................................................................................................. 17

Cécilia Pinto ..................................................................................................................................... 18

Dynamiques spatio-temporelles du rouget barbet de la Manche orientale et la Mer du Nord: avantages et limites de l’intégration de multiples bases de données ........................................................................................................................................ 18

Stéphanie Mahévas ....................................................................................................................... 19

Suivez le guide ! Optimiser un modèle complexe suppose une bonne démarche et de bons outils. ....................................................................................................................... 19

Verena M. Trenkel ........................................................................................................................ 20

What are the challenges and solutions for ecosystem-based management of highly variable fish populations? ....................................................................................... 20

Louis Terrats ................................................................................................................................... 21

Variabilité à long terme de la disponibilité énergétique de la ressource pour les prédateurs supérieurs dans le Golfe de Gascogne ...................................................... 21

Pauline Roux ................................................................................................................................... 22

Caractérisation acoustique des bancs de surface dans le golfe de Gascogne et implication pour l'évaluation de biomasse .................................................................... 22

Camille Senn .................................................................................................................................... 22

Cartographie à haute résolution du zooplancton du golfe de Gascogne, par imagerie ....................................................................................................................................... 22

Timothée Julien .............................................................................................................................. 22

Stries journalières dans les otolithes d'anchois d'âge 1 et lien avec l'environnement ....................................................................................................................... 22

Mathieu Doray ................................................................................................................................ 23

Compte-rendu des campagnes PELGAS, PHOENIX et ECHOSONDE 2017 ......... 23

Jean Haberstroh ............................................................................................................................. 24

Communication Obsmer, répondre aux attentes des pêcheurs professionnels ......................................................................................................................................................... 24

Silvana Dans .................................................................................................................................... 25

Interaction between marine mammals and human activities in Patagonia, Argentina, an integrated approach ................................................................................... 25

Pierre Issac ...................................................................................................................................... 26

Modélisation du système pélagique du Golfe de Gascogne en réponse au changement climatique .......................................................................................................... 26

Pascal Lorance................................................................................................................................ 27

Campagnes halieutiques et utilisation des indices pour la gestion par approche de précaution ............................................................................................................................. 27

Ricardo Oliveros Ramos ............................................................................................................. 28


Development of climate change scenarios for Peruvian anchovy ......................... 28

Mathieu Doray ................................................................................................................................ 29

Spring habitats of small pelagic fish communities in the Bay of Biscay ............. 29

Florianne Marandel ...................................................................................................................... 30

Syndrome de l’imposteur ...................................................................................................... 30

Dominique Soudant...................................................................................................................... 31

Utilisation de modèles linéaires dynamiques pour l'évaluation des incertitudes ......................................................................................................................................................... 31

Margaux Favret .............................................................................................................................. 32

Le programme MSC : fonctionnement et impacts environnementaux ................ 32

Paul Melloni..................................................................................................................................... 33

Étude spatio-temporelle des données PELGAS (2000-2017). ................................ 33


Jeudi 05 janvier 2017

Marie-Joëlle Rochet

Chercheur Unité Ecologie et Modèles pour l’Halieutique, IFREMER

Contact : [email protected]

Les rejets au Chili

« Cette causerie est un récit de ma mission au Chili en novembre-décembre 2016. J'ai participé à un atelier rejets international organisé par l'IFOP - l'Ifremer Chilien. Je présenterai le contexte chilien, le programme d'observation à la mer, quelques résultats et perspectives. Je montrerai aussi des aperçus de projets d'étudiants de l'Université de Concepcion où j'ai animé un atelier sur l'approche écosystémique des pêches. »



Vendredi 20 janvier 2017

Camille Albouy


Contact : c [email protected]

Présentation générale : écologie quantitative, dynamique et biodiversité marine

« Suite à mon récent recrutement au sein de l'unité EMH et pour initier le maximum d’interactions et de discussions entre nous, je vous présenterai au cours de cette causerie mon parcours académique, mes principales thématiques de recherche et mes travaux antérieurs. Ces travaux nous amènerons à discuter d'un modèle trophique de type Ecopath, de modèle de distribution d’espèces, de la caractérisation des composantes de la biodiversité (taxonomique, fonctionnelle et phylogénétique) à différentes échelles spatiales mais également des effets potentiels du changement climatique sur ces composantes. Finalement je vous parlerai de l'un de mes projets de recherche que je mène actuellement et qui a pour ambition de comprendre le fonctionnement des écosystèmes marins sous contraintes climatiques. »

mailto:c%[email protected]


Lundi 6 février 2017

Nans Burgarella

Doctorant Unité Ecologie et Modèles pour l’Halieutique, IFREMER


Socialité dans les bancs et structure spatiale des populations de petits poissons pélagiques




Alexander Barrios



Influence des variations des facteurs environnementaux sur la croissance de poisson de l'Atlantique

Les paramètres de croissance de poissons pélagiques et démersaux ont été étudiés durant la période

de 1990 à 2008 (pélagiques) et de 1971 à 2015 (démersaux) dans le but d’examiner l’impact des

facteurs biotiques comme la densité-dépendance, le recrutement, la mortalité totale et des facteurs

abiotiques tels que l’intensité d’upwelling, les variations de la température et la concentration en

chlorophylle a. Ces paramètres d’histoire de vie des espèces peuvent varier selon les espèces et aussi

d’une région à l’autre et dans le temps au sein d’une même région en raison de leur plasticité et de la

pression élevée de la pêche dans l’Atlantique. Une comparaison inter-espèces et inter-régions a été

réalisée.

Le modèle non linéaire à effets mixtes a été utilisé pour différentes populations de l’Océan Atlantique

afin d’établir les paramètres de croissance aux niveaux individuels et de la population. Les variations

des paramètres de croissance d’une sélection d’espèces ont été mises en corrélation avec des

facteurs biotiques et abiotiques. Les espèces sélectionnées (Sardinella aurita, sardinelle ronde,

Xenomelaniris brasiliensis, tinicalo, Merlangius merlangus, merlan, Melanogrammus aeglefinus,

églefin et Solea solea, sole) montrent des réponses différentes aux facteurs biotiques et abiotiques.

Au niveau spatial pour le merlan et l’églefin, la variation des paramètres de croissance est affectée

par la latitude et la température, tandis qu’au niveau temporel la croissance du merlan est affectée

par la température et la densité-dépendance et la sardinelle ronde par la période d’upwelling et la

mortalité par pêche.

Il y avait un intérêt pour savoir si les variables morphométriques et le diamètre de l’otolithe de

tinicalo étaient de bons estimateurs de la croissance. Parmi les paramètres morphométriques

examinés, la relation de la longueur standard / Age a présenté le meilleur ajustement (r2 = 0,90); le

diamètre de l’otolithe présente aussi un bon ajustement (r2 = 0,85). La variation de la croissance

individuelle du merlan a ensuite été étudiée, en fonction de la région et du sexe. Des différences ont

été observées entre les individus, les sexes et les régions.

D’une manière générale, ce travail de thèse fait ressortir l’influence de facteurs biotiques comme la

densité-dépendance sur les paramètres de croissance des espèces et l’effet des facteurs abiotiques

tels que la période d’upwelling, la température et la latitude.




Youen Vermard



Utiliser les données du SIH pour cartographier et décrire l’activité de pêche

Un nombre important de données sont accessibles au niveau national ou international afin de décrire et essayer de comprendre les activités de pêche. Elles n'ont cependant pas toutes le même status... Certaines sont collectées directement sur le terrain, d'autres sont des déclarations ou encore des estimations liées à un algorithme de traitement. Certaines sont publiques, d'autres moins...



Lundi 13 mars 2017

Mathieu Doray



Surveillance des petits poissons pélagiques dans leur écosystème, à partir d'indicateurs issus de la campagne écosystémique PELGAS

This paper is a practical contribution to two important debates raised by the implementation of marine ecosystem based management: i) which ecosystem data can be provided by a fisheries survey optimised for ecosystem monitoring? and ii) how to combine/select potential indicators to derive useful information on marine ecosystem status and dynamics? A suite of 143 potential indicators, including spatial indices, representing the small pelagic fish and their biotic and abiotic environment is presented. Indicators are routinely derived from the PELGAS integrated ecosystem survey conducted in spring in the Bay of Biscay. The general patterns over time in this suite of short (5-16 years), non stationary time series are characterised using a methodology based on min-max autocorrelation factor (MAF), to select the most continuous indicators within, and across, several ecosystem compartments: hydrology, phytoplankton, mesozooplankton, small pelagic fish and megafauna. Potential interactions between selected indicators and external forcing variables, including climate and fishing, are assessed. Results confirm the importance of river discharges, bottom temperature, and chlorophyll-a and mesozooplankton biomass in the dynamics of the Bay of Biscay pelagic ecosystem. Small pelagic fish species appear to have followed distinct trajectories over the last 15 years. A marked decrease in anchovy and sardine mean weights at ages 1 and 2 over the last 15 years is highlighted, potentially caused by density dependent competition. The quasi-absence of significant correlation between selected survey indicators and climate and fishing pressure proxies suggests a relatively low exploitation rate of small pelagic fish resources, and confirms the so far limited effects of large scale climate forcing on the Bay of Biscay pelagic ecosystem. Perspectives for the assessment of marine ecosystem status on the basis of suites of indicators derived from integrated ecosystem surveys are discussed.



Vendredi 17 mars 2017

Jerôme Spitz

Post-Doctorant Université de la Rochelle


Intégration des traits fonctionnels dans les relations trophiques au sein des écosystèmes marins

Répétition d’oral pour un poste CNRS. Présentation confidentielle.



Lundi 20 mars 2017

Marta Ruffino

Post-Doctorante Unité Ecologie et Modèles pour l’Halieutique, IFREMER


Sensitivity of spatial indices to grid size and interpolation

Spatial indicators are commonly use to monitor the state of marine species and respective ecosystems around the world. Many different indicators have been proposed and frequently used in previous works, but few studies verified their sensitivity to different parameters, identified their limits, so that a better use can be done. In the current work, we briefly review 14 spatial indicators of occupancy, aggregation and spatially explicit , previously recommended to be applied in fisheries data. We estimated all indicators on the biomass of several benthic fish species, from 19 years of demersal fishing surveys from the Gulf of Gascogne (EVHOE)(1997-2015). First, the redundancy and adequability among these indicators was studied and accordingly, seven indicators were selected: presence area, spreading area, mean/variance ratio, level of aggregation, center of gravity, inertia and isotropy. Secondly, the effect of applying two commonly used approaches prior to the computation of the indicators was assessed: ether using the raw samples directly or 1) averaging the samples over grids of varying sizes and 2) performing interpolation on the data. The difference between the results given by indicators estimated using the raw data and using the data after the two considered options (applying different grid sizes over the sampling surveys (10 to 110 km2) and several interpolation methods) was quantified. The effect of the block size and interpolation on the indicators and on the temporal tendencies produced was assessed. We conclude that these approaches considered can substantially alter the results provided by spatial indicators and respective tendencies. Therefore, recommendations will likely help when spatial indicators are to be compared among different studies covering different geographic areas, namely in the application of the Marine Strategy Framework Directive (MSFD).

Présentation confidentielle.



Lundi 28 mars 2017

Arthur Blanluet


Contact : arthur.blanluet @ifremer.fr

Etude des couches diffusantes de PELGAS 2016 par approche directe des captures de filet à micronecton

Les couches diffusantes planctoniques sont un élément important du paysage pélagique du golfe de Gascogne au printemps. Jusqu'ici leurs composition biologique était peu connue, mais un effort d'échantillonnage important lors de PELGAS 2016 a permis de lever en partie le voile de mystère qui les couvrait. Venez découvrir les merveilles insoupçonnées qui peuplent les cauchemars de plus d'un acousticien...



Mardi 29 mars 2017

Nicolas Bez

Chercheur UMR Marbec IRD


Fallait-il jeter les p-values avec l’eau du bain ?

La revue BASP a décidé en 2015 d'interdire les publications contenant des p-values.

Je rends compte dans cet exposé de cette décision et des lectures que cela m'a amené à faire au sujet des approches de Fisher et de Neyman-Pearson en matière de test de significativité pour l'un et d'hypothèses pour les autres.



Lundi 3 avril 2017

Pierre Isaac, Jean Haberstroh et Louis Terrats

Stagiaires M2 IFREMER

Modélisation de la dynamique du système pélagique du Golfe de Gascogne en réponse au changement climatique

Communication Obsmer, répondre aux attentes des pêcheurs professionnels

Variabilité à long terme de la disponibilité énergétique de la ressource pour les prédateurs supérieurs dans le Golfe de Gascogne

Les altérations actuelles de la biodiversité induisent des perturbations de la dynamique des espèces fourrages. De ce fait, la conséquence pour les prédateurs supérieurs est une modification de la disponibilité de la ressource, d'un point de vue quantitatif (e.g. biomasse), mais également qualitatif (e.g. densité énergétique). Ce dernier possède toute son importance, car la modification de la disponibilité énergétique pourrait expliquer des variations de la population de certains prédateurs supérieurs. C'est ainsi que l'objectif du stage est d'analyser la variabilité spatiale et temporelle de la disponibilité énergétique des poissons et céphalopodes dans le Golfe de Gascogne.


Mardi 18 avril 2017

Benoit Mialet Université de la Rochelle


Tests et résultats des essais du suivi mutualisé « Réseaux trophiques et contaminants » sur les campagnes halieutiques DCF 2014-2015.

Ce séminaire s'adresse à un public large, familier ou non avec les problématiques couvertes par la

Directive Cadre "Stratégie pour le Milieu Marin" (DCSMM). Ce public inclut donc le personnel

intervenant sur la mise en œuvre de la DCSMM, les scientifiques, ainsi que toute personne concernée

par la surveillance de l'état de santé du milieu marin. L'objectif est de présenter les travaux menés

lors des essais du Programme de Surveillance de la DCSMM (PdS), concernant le suivi « Réseaux

trophiques et contaminants » sur les espèces halieutiques du plateau continental. Les essais du PdS

ont consisté à tester des protocoles visant à utiliser les campagnes océanographiques bentho-

démersales et pélagiques existantes pour collecter les données indispensables à la construction et au

renseignement d'indicateurs du Bon État Écologique. Cette collecte de données implique la

participation de plusieurs laboratoires de recherche pour la prise en charge du traitement et de

l'analyse des échantillons. Cette participation n'est pas envisageable sans la prise en compte dans la

conception même du programme de surveillance de la plus-value importante qu'apportent ces

données à la recherche fondamentale, socle indispensable à la mise en place d'un programme

pertinent. Les données ainsi récoltées sur les réseaux trophiques et sur les concentrations en

contaminants dans les organismes serviront à la fois des objectifs de surveillance et d'acquisition de

connaissance sur le fonctionnement des écosystèmes marins.



Lundi 24 avril 2017

Anik Brind’Amour et Pascal Laffargue

IFREMER, Nantes

Contact : [email protected] & [email protected]

Présentation de l'Atlas des invertébrés benthiques issus des campagnes halieutiques et caractérisation des habitats du plateau continental

Les échelles spatiales d'observation de la macro et mégafaune benthique sont souvent inadéquates pour appréhender la diversité et l'étendue des patrons de distribution de ces compartiments faunistiques. En effet, une partie de ces espèces cumulent à la fois une difficulté d'accès et de larges zones de distribution (du circalittoral au côtier peu profond). Ces communautés et espèces associées comportent pourtant des informations utiles permettant d'analyser le fonctionnement écologique et comprendre la dynamique des écosystèmes benthiques soumis à différentes pressions anthropiques. Afin de développer nos connaissances sur ces compartiments, les campagnes halieutiques constituent un support précieux, en particulier sur la mégafaune benthique. Ces campagnes représentent une source de données fiables et régulières pour certaines espèces. Elles couvrent des zones géographiques où encore récemment aucune donnée cohérente n'en permettait l'étude à large échelle (e.g. le golfe de Gascogne). Le recueil des données réalisé depuis maintenant plusieurs années a donné lieu à une première étape descriptive, matérialisée dans l'Atlas des invertébrés benthiques. Cet atlas a été l'occasion de proposer une méthodologie de synthèse semi-quantitative des données issues de différentes campagnes halieutiques et de générer des cartes de distribution par espèce sur la façade Atlantique. Par ailleurs, la diversité des espèces cartographiées couvre une variété de traits d'histoire de vie permettant d'intégrer une large gamme de réponses aux pressions naturelles et anthropiques. Ainsi, une deuxième étape a pour vocation de tester l'utilisation de ces cartes afin d'identifier des zones de forts enjeux écologiques (i.e. superposition spatiale entre pressions et diversité des communautés benthiques). Les analyses réalisées permettent d'envisager l'exploitation des données de mégafaune benthique comme outils de support à la gestion des habitats des plateaux continentaux.




Jeudi 11 mai 2017

Cécilia Pinto

IFREMER, Nantes


Dynamiques spatio-temporelles du rouget barbet de la Manche orientale et la Mer du Nord: avantages et limites de l’intégration de multiples bases de données

Le rouget barbet, malgré sa forte valeur commerciale, n’est actuellement pas soumis à une gestion par taille minimale ou quota ni en Manche ni en Mer du Nord. Caractérisé par d’importantes fluctuations spatio-temporelles, ce stock est d’autant plus sensible à la forte pression de pêche qu’il subit. Il apparaît indispensable de comprendre les mouvements saisonniers et les fluctuations annuelles de cette espèce en Manche Est et Mer du Nord afin d’en proposer une gestion cohérente pour le futur. Pour avoir une compréhension globale des dynamiques du rouget barbet sur la série temporelle et la zone géographique les plus grandes possibles, quatre bases de données ont été combinées: trois provenant de campagnes scientifiques annuelles (IBTS-Q1, IBTS-Q3 et CGFS) et une base de données commerciales mensuelles (OBSMER). Pour identifier les paramètres liés aux variations de distribution du rouget barbet, les données de présence-absence ont été corrélées avec les données de profondeur, type de sédiment, température de surface et salinité de surface dans un GLMM binomial où les effets aléatoires correspondent aux années et mois/saisons. Tous les modèles ont été implémentés en utilisant l’approche Stochastic Partial Differential Equation (SPDE) dans le cadre Integrated Nested Laplace Approximation (INLA) qui permet de prendre en compte des effets aléatoires à la fois spatiaux et temporels grâce à son efficacité de calcul. Cette approche nous a aussi permis de tenir en compte dans le calcul de l’incertitude provenant de l’hétérogénéité spatiale des données, en particulier pendant la prédiction spatiale. Les données ont été analysées dans deux différentes résolutions spatiales et temporelles : les données IBTS, CGFS et OBSMER dans la Manche Orientale et le Sud de la Mer du Nord au niveau du mois de 1995 à 2015 et enfin les données IBTS et CGFS dans la Manche Orientale et toute la Mer du Nord au niveau de la saison de 1995 à 2015. Les résultats montrent que la température et la salinité sont corrélées à la distribution du rouget barbet entre les années, les mois et les saisons. L’intégration de différentes sources de données permet d’avoir une vision globale des dynamiques de population du rouget barbet, ce qui est fondamental pour développer des mesures de gestion efficaces. Dans un deuxième moment la même méthode a été utilisée pour analyser les données de distribution de rouget barbet en partageant juvéniles et adultes, pour étudier la potentielle présence de ségrégation spatiale pour informer les futures mesures de gestion dans un cadre plus spécifique.


Lundi 15 mai 2017

Stéphanie Mahévas

IFREMER, Nantes

Contact : stéphanie.mahé[email protected]

Suivez le guide ! Optimiser un modèle complexe suppose une bonne démarche et de bons outils.

Stéphanie Mahévas, Victor Picheny, Patrick Lambert, Nicolas Dumoulin, Lauriane Rouan, Jean-Christophe Soulié, Hilaire Drouineau Face aux enjeux de compréhension des écosystèmes marins et de gestion des usages marins, les modèles complexes se révèlent des outils pertinents pour tester les modifications induites par le changement global, anticiper des évolutions des socio-écosystèmes marins et aider à la sélection de stratégies de gestion. Construire un modèle numérique et faire des simulations est une chose, mesurer la confiance des sorties du modèle en est une autre. Une étape indispensable dans l'usage des modèles numériques est la confrontation des sorties du modèle aux observations du système modélisé pour caler le modèle. La sélection de stratégies de gestion et la calibration sont deux finalités de l'optimisation. Les problèmes d'optimisation en modélisation halieutique sont le plus souvent complexes avec des caractéristiques mathématiques diverses. La fonction à optimiser peut être déterministe ou stochastique, avec ou sans contraintes, à une ou plusieurs dimensions. Le nombre de paramètres à optimiser peut varier de l'unité à plusieurs centaines et le coût informatique peut induire de fortes restrictions sur le nombre de simulations réalisables avec le modèle, d'une centaine à quelque milliers pour les moins coûteux. Aucun guide pratique n'est disponible dans la littérature pour mettre en œuvre une optimisation rigoureuse avec un modèle complexe. Nous proposons ici une démarche d'optimisation articulée en 3 étapes (prétraitement, choix de l'algorithme et post-traitement), basée des outils et méthodes existants et dont la réalisation peut être non linéaire. Ce guide inspiré d'une analyse des expériences d'un groupe de modélisateurs ouvre des pistes de recherche pour pallier aux difficultés, aux autocensures et frustrations des modélisateurs.


Lundi 29 mai 2017

Verena M. Trenkel

IFREMER, Nantes


What are the challenges and solutions for ecosystem-based management of highly variable fish populations?

The concept of ecosystem-based (fisheries) management has been around for some time. However, EBM for small pelagics is generally rare, though the concepts and steps needed for implementing EBM for small pelagics are available. Using European small pelagic stocks as examples, for each step the availability of the necessary knowledge and models is reviewed and key challenges are identified. Based on this it is argued that moving towards EBM for small pelagics is feasible and could be made operational.



Mardi 6 juin 2017

Louis Terrats M2 IFREMER, Nantes

Variabilité à long terme de la disponibilité énergétique de la ressource pour les

prédateurs supérieurs dans le Golfe de Gascogne

Les altérations actuelles de la biodiversité induisent des perturbations de la dynamique des espèces fourrages. De ce fait, la conséquence pour les prédateurs supérieurs est une modification de la disponibilité de la ressource, d'un point de vue quantitatif (e.g. biomasse), mais également qualitatif (e.g. densité énergétique). Ce dernier possède toute son importance, car la modification de la disponibilité énergétique pourrait expliquer des variations de la population de certains prédateurs supérieurs. L'objectif du stage est d'analyser, à partir des données EVHOE, la variabilité spatiale et temporelle de la disponibilité énergétique des proies de prédateurs supérieurs dans le Golfe de Gascogne Tout d’abord, nous avons caractérisé les variations temporelles (1987 – 2015) et spatiales (différences entre strates) de la disponibilité énergétique. Puis, nous avons utilisé une approche par groupes fonctionnels afin d’expliquer les variations observées. Pour finir, nous avons analysé la composition spécifique afin d’expliquer, à l’échelle de l’espèce, les variations de la densité énergétique.


Lundi 12 juin 2017

Pauline Roux M1 IFREMER, Nantes

Caractérisation acoustique des bancs de surface dans le golfe de Gascogne et implication pour l'évaluation de biomasse

Caractérisation de la dimension et distribution des bancs de surface de petits pélagiques ; comparaison des sondeurs (vertical/horizontal), biais relatif et conséquence pour l'évaluation de biomasse.

Camille Senn M1 IFREMER, Nantes

Cartographie à haute résolution du zooplancton du golfe de Gascogne, par imagerie

Description et distribution spatiale des communautés zooplanctoniques du golfe de Gascogne au printemps ; analyse des données par approche cartographique.

Timothée Julien M1 IFREMER, Nantes

Stries journalières dans les otolithes d'anchois d'âge 1 et lien avec l'environnement

Comptage d'incrémentation journalière afin de pouvoir mieux appréhender le recrutement des anchois du golfe de Gascogne.


Lundi 19 juin 2017

Mathieu Doray



Compte-rendu des campagnes PELGAS, PHOENIX et ECHOSONDE 2017



Lundi 7 aout 2017

Jean Haberstroh

M2 Ifremer Unité Ecologie et Modèles pour l’Halieutique, IFREMER

Communication Obsmer, répondre aux attentes des pêcheurs professionnels


Jeudi 24 aout 2017

Silvana Dans

Chercheur Centro para el Estudios de Sistemas Marinos

Interaction between marine mammals and human activities in Patagonia, Argentina, an integrated approach

The southwestern South Atlantic is subject to the pressure of several human activities, acting at different levels and spatial scales, like fisheries, oil transport, and tourism. This marine system is located between the coast and shelf break, with an average depth of 100 mts, extending as far as 400 km from de coastline. The system is supported mainly by middle level species, like anchovy, hake and shrimp. Although the demersal-pelagic system is not of the highest diversity in the world, it supports a high divesity of top predators like seabirds and marine mammals. Trawling is the most common gear, along with jigging. Several trawling fisheries opérate for hake, shrimp and other less important species, including the anchovy, and they produce an important bycatch. Several species of dolphins and sea lions died entangled as bycatch. Also, the main target species for fisheries are the bulk components in the diet of top predators. By the other side, tourism developed all along the coast, based on natural landscapes and wildlife, like dolphins and sea lions. Then sea lions colonies are visited frequently, and dolphins pods are being watching from boats. The evaluation of the effects of both activities sharing the same species, as well as management advice, require different approaches, from population viability analysis, to food webs modelling, from behavior to hábitat use models. The effect of tour boats on dolphin pods was investigated by evaluating changes in behavior and activity budgets, by using Markov chains and transition matrices. More recently, biotic factors like prey are being surveyed at the same time dolphins movements, to be incorporated into hábitat use models. Spatial models are though as useful tools in spatial planning and management.


Lundi 11 septembre 2017

Pierre Issac

Stagiaire M2 Unité Ecologie et Modèles pour l’Halieutique, IFREMER

Modélisation du système pélagique du Golfe de Gascogne en réponse au changement climatique

Les effets possibles du changement climatique sur l’anchois, la principale espèce exploitée par les flottilles pélagiques du Golfe de Gascogne sont décrits par une revue de la littérature. Un modèle ISIS-Fish comportant cinq populations d’espèces marines pélagiques (Anchois, Sardine, Thon, Bar Gascogne et Bar Manche) et quatre flottilles de pêche (Chalutiers pélagiques, Bolincheurs Bretons, Bolincheurs Basques et Bolincheurs Espagnols) est construit. Il permet de faire le lien entre la dynamique des populations biologiques et la dynamique des flottilles. Cette dernière, est modélisée suite à l’analyse historique des données de logbook et de ventes sur la période 2000-2015. Le changement climatique intervient dans le modèle par la variable température et modifie l’équation de croissance de l’anchois. Plusieurs scénarios de température sont analysés, ils prédisent une augmentation des captures d’anchois avec une augmentation de la température. Ces résultats sont simplement exploratoires et le modèle doit être amélioré notamment par le possible couplage avec un modèle DEB (Diet Energy Budget).



Pascal Lorance



Campagnes halieutiques et utilisation des indices pour la gestion par approche de précaution

Cette causerie commence par une présentation synthétique des campagnes halieutiques annuelles réalisées par Ifremer et centrées sur l'échantillonnage des populations et communautés démersales et benthiques. Les campagnes en Mer du Nord, Manche et Atlantique sont traitées, la Méditerranée n'est pas abordée, l'objectif est de fournir quelques informations essentiellement sur ces campagnes, les données qu'elles produisent et leur disponibilité. La suite de la causerie porte sur l'utilisation des indices issus de ces campagnes dans les évaluations de stocks et avis du CIEM, dans le cadre de l'approche de précaution. Dans le contexte actuel du CIEM, approche de précaution signifie que l'on ne dispose pas d'une évaluation quantitative de l'abondance ou biomasse d'un stock, permettant de baser un avis sur l'approche MSY. Les exemples abordés porteront plus largement sur les raies et requins.




Ricardo Oliveros Ramos

Post-Doctorant Unité Ecologie et Modèles pour l’Halieutique, IFREMER

Development of climate change scenarios for Peruvian anchovy

The Northern Humboldt Current Ecosystem (NHCE) is the more productive ecosystem in terms of fish and sustains the world’s largest small pelagic fishery, the Peruvian anchovy fishery. A cooling of this system has been observed during recent decades but the potential regional impacts of rising atmospheric CO2 concentrations on upwelling dynamics and productivity are still unknown. We use the ecosystem model OSMOSE to forecast the impact on Peruvian anchovy of several scenarios of climate change in the NHCE. The OSMOSE model is forced by plankton production from IPSL CM5A-LR and GFDL-ESM2M models for the period 2009-2100, after a statistical downscaling from global low resolution data. For each model, representative concentration pathways (RCP) scenarios 2.6, 4.5, 6.0 and 8.5 are considered. Our results shown that an optimistic scenario for anchovy is the reduction in biomass at a rate of 14% per decade until mid 21st century, following a collapse and further recovery with no changes in the current spatial distribution of the population. In a pessimistic scenario, the reduction of biomass increases to a 22% per decade, with a collapse after 2020 and near extinction by 2060, with a spatial displacement to the south and to more coastal areas. The impact of fishing should be considered to explain future variability in fish production, reason why the design of management procedures must be an important part of the mitigation of the impacts of climate change in the NHCE.


Lundi 02 Octobre 2017

Mathieu Doray



Spring habitats of small pelagic fish communities in the Bay of Biscay

Mapping habitats of species communities informs on the ecological process shaping species assemblage distributions. Those information are critical for selecting areas suitable for the implementation of spatial ecosystem management policies, aiming at preserving biodiversity, ecosystem functions or essential habitats. While demersal fish have been extensively studied at the community scale, small pelagic fish have been essentially characterised at the population scale. This paper presents a community-based approach of the biodiversity of small pelagic fish, aiming at: i) defining small pelagic fish communities, ii) characterising their spatial and interannual dynamics, and iii) assessing their characteristic habitats. We present a Multiple Factor Analysis (MFA)-based method aiming at characterising the spatio-temporal variability in a series of multivariate maps. The main components of variability in the map series are mapped to define "characteristic areas" displaying contrasted conditions in both MFA ordination and geographical spaces. Characteristic habitats of fish communities were defined by applying separate MFAs on fish and hydrology maps, and studying the correlation between fish MFA and hydrology MFA gradients. The analysis of the PELGAS survey long term series of fish biomass and hydrological indices maps resulted in the characterisation of mesoscale latitudinal gradients and coarse to mesoscale onshore-offshore gradients in both fish and hydrology datasets. A community with anchovy (E. encrasicolus) and chub mackerel (S. colias) as indicator species was consistently distributed in south-east Biscay habitats displaying higher bottom temperatures, likely for physiological reasons. A second community with small clupeiforms as indicator species was found in coastal spawning habitats characterised by low salinity, a probable proxy for high productivity areas and good feeding grounds for those species. Maps of small pelagic fish communities habitats may inform spatially explicit ecosystem management policies, aiming at preserving biodiversity, ecosystem structure and function, or habitats used by those multiple economically important species, to eventually achieve maximum sustainable fishing yields, or restore/maintain the good ecological status of shelf seas ecosystems.



Lundi 09 Octobre 2017

Florianne Marandel

Doctorante Unité Ecologie et Modèles pour l’Halieutique, IFREMER


Syndrome de l’imposteur



Mardi 14 Novembre 2017

Dominique Soudant

Chercheur VIGIES, IFREMER


Utilisation de modèles linéaires dynamiques pour l'évaluation des incertitudes

L'incertitude associée à une mesure a pour origine d'une part la variabilité environnementale et d'autre part l'ensemble du processus d'acquisition depuis le prélèvement jusqu'à la saisie de la donnée dans une base. L'estimation de l'ensemble de cette variabilité est un exercice complexe à réaliser dans le cadre d'un plan d'expérience. En revanche, les séries temporelles présentent la caractéristique d'intégrer toutes les variabilités et ainsi l'analyse de ces séries en terme de signal et bruit doit permettre de quantifier l'amplitude des incertitudes. Toutefois, les séries temporelles d'observation présentent un ensemble de caractéristiques les rendant difficiles à analyser. Les modèles linaires dynamiques constituent une approche adaptée à ces données particulières en faisant l'hypothèse de paramètres variables dans le temps. Ainsi,l'objet du présent travail consiste à estimer les variances liées au processus d'observation à l'aide de modèles linéaires dynamiques. Plus particulièrement, les mesures considérées sont la chlorophylle a et l'abondance phytoplanctonique aux lieux de surveillance REPHY « Arcachon-Bouée- 7 » et « Teychan bis ». Les résultats montrent que pour la chlorophylle a, la variabilité d'observation est responsable de l'ordre de 80 % de la variabilité totale. Pour l'abondance phytoplanctonique, elle est également de 80 % à « Arcachon-Bouée 7 » mais de l'ordre de 70% à « Teychan bis ». Ainsi la part de « bruit » est liée au lieu et au paramètre considéré. Exprimée en pourcentage de la médiane de la chlorophylle a, la variance d'observation place les bornes de l'intervalle de confiance à 95 % des observations à des valeurs de l'ordre de -40 % et+120 % de la médiane, l'intervalle étant sous-estimé car ne prenant pas en compte la variabilité structurelle. Pour l'abondance phytoplanctonique en log 10 cell./L, les ordres de grandeur correspondant en pourcentage de la moyenne sont de ± 13.5 %. Pour les deux paramètres, ces valeurs sont compatibles avec l'expérience des experts. Ainsi, l'approche mise en œuvre s'est avérée riche d'enseignements en matière d'incertitude de mesure et les nombreuses améliorations méthodologiques envisagées ouvrent des perspectives fécondes à tout point de vue.



Lundi 11 décembre 2017

Margaux Favret

Msc


Le programme MSC : fonctionnement et impacts environnementaux

La méthodologie et l'approche du MSC : Quels critères de durabilité ? Quelle méthodologie et quel processus d'évaluation des pêcheries ? Quelle prise en compte des données scientifiques dans les évaluations MSC de pêcheries ?

Les évolutions du programme MSC : quels sont les processus mis en œuvre pour réviser le Référentiel du MSC afin qu'il reflète les meilleures connaissances scientifiques disponibles ? quelle participation des parties-prenantes ?

Les impacts du programme : après 20 ans d'existence, quelles sont les preuves d'impacts de la certification MSC ?



Jeudi 14 décembre 2017

Paul Melloni

Stagiaire L3

Étude spatio-temporelle des données PELGAS (2000-2017).

causeries 2017 - wwz.ifremer.fr

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