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Aspects sanitaires de l’épandage de

digestats issus de méthanisation à la ferme.

Mylène Besson(1) (2), René Moletta(2)

(1) LEGTA de Savoie, Domaine Reinach, (73 290) La Motte Servolex

(2) Moletta Méthanisation, 73470 Novalaise (rene.moletta@yahoo.fr)

1. Introduction

La méthanisation est la transformation microbienne anaérobie de la matière organique

en un biogaz composé principalement de méthane et de gaz carbonique. Elle est appliquée

pour réduire des pollutions, quelles soient sous formes liquides (effluents) ou solides

(déchets). La matière fertilisante des cultures (Azote Phosphore Potassium) est conservée.

Elle se retrouve dans un digestat dont l’exutoire est généralement le sol via l’épandage.

L’épandage des effluents d’élevage sur les terres agricoles est pratiqué depuis très

longtemps. Le digestat issus de la méthanisation de déchets organiques agricoles est encore

mal connu d’un point de vu microbiologique, même si le traitement par digestion anaérobie

permet de produire à la fois un amendement organique et un fertilisant de bonne valeur

agronomique. Mais ses teneurs en micro-polluants et pathogènes sont regardées avec

suspicion principalement lorsque sont traités des boues de station d’épuration urbaine. Ainsi,

les agriculteurs des syndicats d’Appellation d’Origine Contrôlée s’interrogent sur l’innocuité

de son épandage. Nous rapportons ici quelques éléments liés à la réglementation

2. Réglementation

Le retour au sol du digestat est encadré par la législation française et européenne qui

définit deux options : la « logique produit » qui abouti à une commercialisation après une

homologation ou normalisation, ou la « logique déchet » qui consiste à valoriser le digestat

par épandage.

Les règles concernant la « logique déchet » sont plus ou moins strictes et

contraignantes en fonction des catégories dans lesquelles ils sont classés et c’est notamment

le cas pour les déchets de sous produits d’animaux qui seraient introduits dans le digesteur .

Les déchets de catégorie 1 représentant le risque le plus élevé pour la santé humaine et

animale (par exemple, le cadavre et toute partie du corps d’animaux utilisés à des fins

expérimentales) ne peuvent pas être traités dans une unité de méthanisation. Les déchets de

catégories 2 (les déchets de dégrillage, dessablage, boues recueillies lors du traitement des

eaux résiduaires d’abattoir, les animaux qui meurent autrement que par abattage…)

représentent un risque pour la santé animale, ils doivent être portés à 133°C à cœur pendant

au moins 20 minutes et la taille des particules doit être inférieure à 50mm.

Les déchets de catégorie 3 (par exemple, les parties d’animaux abattus qui sont propres et

impropres à la consommation mais qui sont exemptes de tout signe de maladie transmissible)

doivent être pasteurisés à 70°C pendant au moins 60 minutes et la taille des particules doit

être inférieure à 12mm. Dans le cas de digestion en co-substrat, le digestat doit être traité en

fonction de l’intrant qui impose les contrainte les plus sévères.

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Les règles d’épandage sont aussi plus au moins contraignantes en fonction de la

quantité de déchets traités dans les installations de méthanisation. Toutes les unités sont des

Installations Classées pour la Protection de l’Environnement (ICPE), par contre le régime

diffère en fonction de la quantité de matière traitée (tableau 1).

Tableau 1 : Régime des ICPE applicable à la méthanisation

La législation a fixé les teneurs maximales présentes dans le produit à épandre en

microorganismes pathogènes, en micro-polluants tel que les hydrocarbures aromatiques

polycycliques (HAP), les polychlorobiphényles (PCB), et les Eléments Trace Métallique

(ETM) qui sont composés de cadmium, chrome, cuivre, mercure, plomb, nickel, sélénium,

zinc.

Les PCB et les HAP forment ce que l’on appelle les composés trace organique (ou

CTO). La valeur limite totale des sept PCB indicateurs ne doit pas dépasser 0,8 mg/kg de

matière sèche (MS) à épandre.

Les HAP retenus par la réglementation sont le fluoranthène, le benzo(b)fluranthène et

le benzo(a)pyrène. Les concentrations maximales épandables sur pâturage sont

respectivement de 4 ; 2,5 et 1,5 mg/kg de MS.

Pour les ETM les concentrations maximales vont de 10 mg/kg de MS pour le

cadmium et le mercure et à 3000 mg/kg de MS pour le zinc. A noter que la concentration

totale de cuivre, chrome, nickel et zinc ne doit pas dépasser 4000 mg/kg de MS.

Pour les ETM et les CTO d’autres contraintes, liées à la caractéristique des sols, sont à

considérer.

D’un point de vu microbiologique, les matières ne peuvent être épandues si les

concentrations en agents pathogènes sont supérieures à :

- Salmonella : 8 NPP/10 grammes de MS (dénombrement selon la

technique du Nombre le Plus Probable)

- Entérovirus : 3 NPPUC/10g MS (dénombrement selon la technique du

Nombre le Plus Probable d’Unités Cytopathogènes)

- Oeuf d’Helminthe : 3 pour 10g MS

Autorisation, rubrique 2781-1Supérieur à 50 T

Autorisation, rubrique 2781-1 (sera remplacépar le régime de l’enregistrement)

30 à 50 T Autorisation, rubrique 2781-2

Déclaration, rubrique 2781-10 à 30 T

Autres déchets non dangereux

Matière végétale brute, effluents d’élevage, matières stercoaires,

déchets végétaux d’industrie agro-alimentaire

Quantité brute traitée par jour

Type de déchets traités

Autorisation, rubrique 2781-1Supérieur à 50 T

Autorisation, rubrique 2781-1 (sera remplacépar le régime de l’enregistrement)

30 à 50 T Autorisation, rubrique 2781-2

Déclaration, rubrique 2781-10 à 30 T

Autres déchets non dangereux

Matière végétale brute, effluents d’élevage, matières stercoaires,

déchets végétaux d’industrie agro-alimentaire

Quantité brute traitée par jour

Type de déchets traités

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Des seuils fixés par la directive européenne 1774/2002/EC s’ajoutent à ces

dispositions :

- Enterococaceae ou Escherichia coli : inférieurs à 1000 unités formant

des colonies par gramme (UFC/g) dans 4 échantillons ou inférieur à 5000

UFC/g dans un échantillon

- Absence de Salmonella dans 25g.

Nous nous focaliserons ici plus particulièrement sur les aspects micro-biologiques. De

même nous n’aborderons pas les aspects virus et champignons (qui sont aussi à considérer).

Photo 1 : Installation de méthanisation à la ferme à ESSERT Blay (Savoie)

3. La réduction des micro-organismes pathogènes

a. Le choix des microorganismes indicateurs

Il est impossible de réaliser une étude exhaustive chaque fois que l’on veut connaître l’état

sanitaire d’un intrant ou de digestat. Il est donc indispensable de passer par le choix

d’organismes indicateurs. Toute la difficulté réside dans la pertinence de ces choix.

Les microorganismes indicateurs sont souvent utilisés pour détecter des présences possibles

de pathogènes dans les eaux dessinées l'alimentation humaine. Le microorganisme le plus

souvent utilisé comme indicateurs de contaminations fécales est Echerichia coli. .

Les critères de sélection de ces microorganismes indicateurs sont multiples. Parmi ceux ci on

peut citer notamment :

- La possibilité de les identifier et de le quantifier facilement

- Il doit être plus résistant aux traitements que les autres microorganismes qu’il est

considéré représenter

- L’analyse doit avoir un coût raisonnable

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Ce choix peut dépendre aussi de cas spécifiques en fonction de la nature de la matière qui

entre et de l’utilisation qui en sera faite.

Ce choix reste un chantier sans fin. Les techniques de microbiologie moléculaire nous ouvrent

des possibilités inimaginables il y a une dizaine d’année. Elles seront très certainement au

cœur même des identifications de routine dans quelques années.

b. Les microorganismes pathogènes dans les déchets d’élevage.

Le lisier de bovin (Watcharasukarn, 2009) et de porc (Vanotti, 2004) peuvent

contenir des micro-organismes pathogènes (tableau 2). Ces valeurs ci dessous sont

considérées comme des teneurs maximales possibles.

Tableau 2 : Les microorganismes pathogènes dans les déchets d’élevage

c. Influence de la DA sur l’hygiénisation de la matière

La digestion anaérobie se fait à des pH voisins de la neutralité (6,8 à 8,5) à des

températures mésophiles (20 à 45 °C avec un optimum vers 35 °C) ou thermophiles (de 45 à

65 °C avec un optimum à 55°C). Le potentiel d’oxydo- réduction est très bas (- 300 à - 450

mV) et les temps de séjours sont de 20 à 60 jours pour la méthanisation des matières solides

(et de 0,5 à 2-3 jours les effluents). Les conditions physico-chimiques de sa mise en oeuvre

créaient un effet hygiénisant sur les microorganismes pathogènes.

d. Les principaux facteurs conduisant à la réduction des pathogènes

de la DA.

• Le couple température/temps de séjour Le principal facteur est le couple température et temps de séjour. En effet, plus la

température de digestion augmente, plus le temps de séjour diminue pour obtenir le même

taux de réduction. Ainsi, la réduction des pathogènes est plus rapide en thermophilie qu’en

mésophilie. Le temps pour réduire de 90% la population en agents pathogènes (T90) est de

plusieurs heures en thermophilie, alors qu’il est de plusieurs jours voir plusieurs mois en

mésophilie (en fonction des microorganismes ciblés). Les résultats rapportés ci-dessous sont

obtenus sans co-traitement de la matière.

La digestion anaérobie thermophile permet une réduction rapide des Escherichia coli

et des Salmonelles. Leur population diminue de 90% en moins d’une heure (Bendixen 1999)

• Lisier bovin :– E Coli : 104 UFC/ml– Entérocoques fécaux : 105 UFC/ml

– Clostridium perfringens : 10 UFC/ml⇒ Concentration maximale en agents pathogènes totaux : 1010 UFC/g

• Lisier porcin :– Salmonella : 103,89 UFC/g– Coliformes totaux : 106,79 UFC/g

– Coliformes fécaux : 106,23 UFC/g

– Entérocoques : 105,73 UFC/g

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et leur réduction est importante. Sur les effluents d’élevage, les Escherichia coli sont

éliminés dans les 24 heures, les Salmonella inactivées dans les 24 heures (Sahlström, 2003) et

les Nématodes de bovins sont « dévitalisés » (Marache, 2001). Lors de la méthanisation de

co-substrats, certaines études montrent que les Entérobactéries, les Streptocoques et

Coliformes, présents à 107 initialement, sont réduit de 10

5 UFC/g (et se retrouvent donc à

102UFC/g) et les Salmonella sont absentes après le traitement, ce qui permet au digestat

d’être conforme vis-à-vis de la réglementation. Par contre, la thermophilie n’a pas d’impact

sur les bactéries sporulées telles que Clostridium (Paavola, 2008).

La mésophilie permet des réductions qui sont parfois insuffisantes pour rendre le

digestat conforme à la réglementation. Sur les effluents d’élevage, Elle permet en général

d’avoir une hygiénisation microbienne supérieure à un simple stockage. Elle permet souvent

une réduction suffisante des E. coli, avec une réduction d’environ 102 (Watcharasukarn,

2009), mais elle n’a pas d’effet sur les Nématodes de bovins (Marache 2001). Sur les co-

substrats, la réduction est parfois insuffisante. Les Entérobactéries, Streptocoques et

Coliformes sont seulement réduit de 102 UFC/g et se retrouvent présents à 10

5 (Paavola,

2008).

photo 2 : Afin de produire suffisamment de biogaz les substrats des digesteurs à la

ferme peuvent être très variés !

• Le pH et les AGV

Les AGV et le pH peuvent être des facteurs de réduction de certaines bactéries. Par

exemple, ils ont un effet toxique sur les Escherichia coli et sur les Salmonella. La toxicité

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des AGV est fonction du pH : un niveau élevé d’AGV et un pH acide entraînent une

meilleure inactivation des Salmonella. Par exemple, la toxicité des AGV sur Salmonella

typhimurium est plus élevée à un pH de 4 qu’à un pH de 5 (Sahlström, 2003). Ceci

s’explique par une diffusion des AGV sous la forme non ionisée à travers les membranes

cellulaires ce qui se traduit par des concentrations importantes en AGV dans le milieu

intracellulaire (ce qui créait une inhibition du microorganismes)

• Les caractéristiques hydrodynamiques des digesteurs.

Il est évident que pour des digesteurs basés sur un fonctionnement agité nécessitent une bonne

homogénéité afin de respecter les temps de contact et les contraintes physico-chimiques qui

sont imposées. Les chemins préférentiels et les zones mortes, sont autant de facteurs qui

joueront à l’encontre de l’hygiénisation du digestat. Il n’existe pas de réacteur biologique et

donc de digesteur de « parfaitement agité », c’est pourquoi lorsque l’on met en œuvre des

digestion en continue dans des digesteurs industriels, ou le temps de séjour de la matière est

en réalité une courbe en forme de cloche (qui peut être plus ou moins déformée), il est

nécessaire de prendre des coefficients de sécurité atteindre les objectifs sanitaires désirés.

Ceci est moins vrai pour les digesteurs fonctionnant en discontinu, ou, bien que le temps de

séjour de la matière soit bien maîtrisé, mais on en est pas moins à l ‘abri des hétérogénéités

des conditions physico-chimiques auxquelles sont soumis les microorganismes… pathogènes

notamment.

4. Les Co-traitements

Afin de compléter le traitement de la digestion anaérobie mésophile, différentes

filières d’hygiénisation peuvent être mises en place avec des pré ou post traitements de

pasteurisation, de compostage ou de chaulage. Les pré-traitements utilisés en méthanisation

ont deux fonctions principales : ils permettent de faciliter la dégradation de la matière

organique afin de maximiser la production de biogaz et d’hygiéniser les substrats. Les post-

traitements du digestat ont plusieurs objectifs : déshydrater le digestat pour réduire son

volume, compléter sa fermentation et son hygiénisation.

a. La pasteurisation

La pasteurisation est une méthode physique de traitement. Selon la directive

européenne, elle doit se réaliser à au moins 70°C pendant 60 minutes. Elle peut se faire avant

ou après la digestion anaérobie et elle est efficace en système continu et discontinu..

Elle permet de réduire les pathogènes, mais le temps nécessaire pour réduire la

population de 90% (T 90) est nettement inférieur au temps réglementaire puisqu’il est de

quelques secondes, même pour les Mycobactéries qui sont les bactéries non sporulées les plus

thermorésistantes.

Par exemple, le T90 des Salmonelles et Escherichia coli est de 11,3 secondes à 68°C,

le T90 des Mycobacterium paratuberculosis est 11,7 secondes à 71°C (Heinonen-Tanski,

2006). Cependant, même la pasteurisation n’a pas d’effet sur la réduction des bactéries

sporulées.

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Photo 3 : Séparation du digestat en fraction solide et liquide

b. Le stockage aérobie

Le stockage aérobie permet d’améliorer légèrement la qualité sanitaire du digestat. Il

permet de réduire les agents pathogènes par le biais de la respiration aérobie qui produit de la

chaleur. De plus, la dégradation de protéines par l’ammonification permet une augmentation

du pH et du taux d’ammoniac empêchant la survie de beaucoup de microorganismes.

Concernant le digestat issus de digestion mésophile, certaines expériences ont montré

que lors du traitement de méthanisation en co-substrat, un post traitement en stockage aérobie

d’au moins 2,4 mois permet au digestat d’être conforme vis-à-vis de la réglementation : les

nombres de Coliformes fécaux, Entérocoques et Enterobactéria sont inférieurs au seuil de

détection (les Coliformes fécaux sont inférieurs à 50 UFC/g et les Enterobacteria sont

inférieurs à 100 UFC/g) et les Salmonella sont absentes. (Paavola 2008)

Mais, le stockage du digestat n’a aucune influence sur les bactéries sporulées

(Clostridium) qu’il soit réalisé après une digestion mésophile ou thermophile, leur résistance

est liée à leur capacité à former des spores.

Une forme de traitement aérobie (ou le transfert d’oxygène est mieux maîtrisé) est le

compostage. Il permet une bonne hygiénisation des digestats puisqu’il permet d’atteindre des

températures de 70 °C s’il est bien conduit. Mais ceci implique le retournement régulier des

digestats pour l’aération ou un système conçu pour l'aération par le sol.

c. Le chaulage

Le chaulage est une méthode de traitement chimique qui peut agir sur deux facteurs

pour réduire les agents pathogènes en fonction de la chaux utilisée : oxyde de calcium (chaux

vive) ou hydroxyde de calcium (chaux éteinte).

En contact avec de l’eau, la chaux vive provoque une réaction exothermique qui libère de la

chaleur et entraîne donc une montée en température, ce qui permet de détruire les pathogènes.

La chaux éteinte très basique qui arrive soudainement dans le milieu provoque une

augmentation rapide du pH (jusqu’à 10) et une libération d’ammoniac, ce qui permet une

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inhibition de beaucoup de bactéries entériques. Les salmonelles sont totalement détruites. Le

Chaulage peut être choisi aussi pour améliorer le pH des sols acides.

Photo 4 : L’épandage des rejets sert de fertilisation aux sils agricoles

5. Conclusion

Parler d’hygiénisation de la matière organique par dans des systèmes biologiques non

stérilisés, reste toujours une interprétation de tendances. L’état de la nature sanitaire de la

matière entrante, les conditions de mise en œuvre, les co-traitements ou non mis en place,

conditionneront grandement l’hygiénisation des digestats.

La digestion anaérobie est un procédé hygiénisant du point de vue des germes

pathogènes. Elle est plus efficace en thermophilie qu’en mésophilie. Elle peut être complétée

par des traitements comme la pasteurisation, afin d’atteindre les résultats recherchés.

Mais, l’efficacité de la méthanisation contre les pathogènes ne se limite pas à des

simples considérations de couple temps- température. En effet, d’autres facteurs entrent en jeu

comme le pH, la concentration en AGV, l’hydrodynamique du digesteur….

Certaines bactéries sont insensibles à ce type de traitement, voire à tous les traitements

conventionnels, car elles prennent une forme de résistance que sont les spores.

La grande variété de procédés de digestion anaérobie et les protocoles d’expérimentation qui

différent créaient de nombreux cas particuliers. Cette grande diversité rend difficile

l’obtention de résultats généralisables. Néanmoins il est évident que le passage de la matière

par la digestion anaérobie diminuera la quantité de microorganismes pathogènes présent dans

les déchets d’élevage qui seraient épandus directement.

6. Bibliographie

• Bendixen, 1999. Hygienic safety: results of scientific investigations in Denmark

(sanitation requirements in Danish biogas plants). Universität Hohenheim, Stuttgart.

IEA Bioenergy Workshop, Hohenheim, Germany, p. 27–47

9

• Heinonen-Tanski, Mohaibes, Karinen, Koivunen, 2006. Methods to reduce pathogen

microorganisms in manure. Departement of environmental sciences, University of

Kuopio, Kuopio, Finland. Livestock science 102 ( 2006) 248-255

• Marache, 2001. Méthanisation des effluents et déchets organiques : état de

connaissance sur le devenir pathogène. Université de Toulouse, France. Thèse de

docteur vétérinaire (Thèse : 01-TOU 3-4007)

• Paavola, Rintala, 2008. Effects of storage on characteristics and hygienic quality of

digestates from four co-digestion concepts of manure and biowaste. Department of

biological and environmental science, University of Jyväskylä, Finland. Bioresource

technology 99 (2008) 7041-7050

• Sahlström, 2002. A review of survival of pathogenic bacteria in organic waste used in

biogas plants. National veterinary institute, Uppsala, Sweden. Bioresource technology

87 (2003) 161-166

• Vanotti M.B., Millner P.D., Hunt P.G., Ellison A.Q., (2005) Removal of pathogens

and indicator microorganisms from liquid swine manure in multi-step biological and

chemical treatment. Bioressource tech., 96(2),209-214

• Watcharasukarn, Kaparaju, Steyer, Krogfelt, Angelidaki, (2009). Screening

Escherichia Coli, Enterococcus faecali and Clostridium perfringens as indicator

organisms in evaluating pathogen-reducing capacity in biogas plants. Denmark.

Springer science (05.03.2009)

Le rapport de stage de Mylène Besson est consultable sur le site :

http://rene.moletta.perso.sfr.fr/

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