8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 1/20

LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER 

P2

ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

1. Tujuan

a. Mampu melakukan analii !e"#a$ap ekp"ei %en $an $apa! men$e!eki #ail ekp"ei

%en.

 &. Dapa! men'a"i #(m(l(%i %en pen%#ail p"(!ein !e"!en!u $a"i manuia $en%an %en

 &e&e"apa ("%anime lain.

2. Daa" !e("i  Ekp"ei %en pa$a $aa"n)a me"upakan ua!u p"(e in!ei p"(!ein. P"(e ekp"ei

%en $i!en!ukan (le# el i!u en$i"i* jika el !e"e&u! mem&u!u#kan ua!u p"(!ein* maka %en

!e"!en!u akan $iekp"eikan* namun jika %en !e"e&u! !i$ak mem&u!u#kan p"(!ein maka %en

!e"e&u! !i$ak $iekp"eikan. +a$i !i$ak emua %en akan $iekp"eikan pa$a aa! )an%

 &e"amaan namun !e"%an!un% $a"i ke&u!u#an el !e"e&u!.

  Reaki $aa" $a"i in!ei p"(!ein a$ala# pem&en!ukan ika!an p(lipep!i$a an!a"a %u%u

ka"&(kil $a"i aam amin( )an% akan !um&u# $en%an %u%u amina $a"i aam amin( &e&a.

Reaki in!ei ini mem&u!u#kan 'e!akan a!au !empla!e )ai!u mRNA )an% $ipe"(le# $a"i a#il

!"ank"ipi DNA. Sin!ei p"(!ein $ia,ali $a"i p"(e iniiai* )ai!u &e"ika!an)a $ua u& uni!

"i&((m $en%an mRNA pa$a $ae"a# pei-ik* )ai!u 1/0 nukle(!i$a pa$a $ae"a# up!"eam

$an !a" k($(n. P"(e iniiai meme"lukan ua!u k($(n pei-ik )ai!u AUG men)an$i aam

amin( me!i(nin

  Se!ela# p"(e iniiai eleai maka $ilanju!kan $en%an !e"ja$in)a p"(e

 pe"panjan%an el(n%ai . Pa$a p"(e pe"panjan%an "an!ai p(lipep!i$a ini $apa! $ika!akan

mele,a!i iklu )an% !e"$i"i $a"i !i%a !a#ap. Pe"!ama m(lekul amina ail !RNA akan !e"ika!

 pa$a A/i!e )an% k((n% $en%an jalan &e"ika!an $en%an k($(n $a"i mRNA )an% !e"$apa!

 pa$a A/i!e. Ke$ua* %u%u ka"&(kil ak#i" $a"i "an!ai p(lipep!i$a akan !ae"lepa $a"i m(lekul

!RNA )an% a$a pa$a P/i!e $an mem&en!uk ika!an p(lipep!i$a $en%an %u%u amin( $a"i aam

amin( )an% !e"ika! pa$a !RNA $alam A/i!e. Reaki ini $ika!alii (le# en3im pep!i$il

!"an-e"ae. Ke!i%a* pep!i$il !"an-e"ae )an% &a"u !e"&en!uk $alam A/i!e !e"e&u! kemu$ian

$ipin$a#kan ke P/i!e aa! "i&((m &e"%e"ak ke$epan epanjan% !i%a nukle(!i$a $a"i mRNA.

Pa$a aa! p"(e !"anl(kai !a#ap !i%a !e"e&u!* !RNA &e&a )an% emula men$u$uki P/i!e

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 2/20

akan !e"lepa $a"i "i&((m $an iap mene"ima m(lekul !RNA )an% &a"u $an mulaila# iklu

epe"!i !a$i la%i* p"(e pe"panjan%an ini akan !e"u &e"lan%un% ampai a#i"n)a "i&((m

men%enal ala# a!u $a"i !i%a !(p k($(n )akni UAA* UAG* UGA e#in%%a in!ei p"(!ein

akan men%alami !e"minai $an "an!ai p(lipep!i$a )an% u$a# !e"&en!uk !a$i akan lepa $a"i

"i&((m.

  Sepe"!i !ela# $ijelakan e&elumn)a* p"(!ein me"upakan p(lipep!i$a )an% !e"uun

a!a aam amin(. Sekuen aam amin( $a"i main%/main% p"(!ein !e"!en!u (le# %en )an%

men%k($en)a. Gen $i!"ank"ipi menja$i mRNA $an kemu$ian mRNA $i!"anlaikan

menja$i p"(!ein (le# "i&((m. mRNA me"upakan nukle(!i$a )an% !e"$i"i a!a -(-a!* %ula

$e(ki $an &aa. U"u!an &aa )an% &e"&e$a akan men%#ailkan aam amin( $an p"(!ein )an%

ama* mialn)a inulin !e"$apa! pa$a manuia* &a&i* ke"a* ku$a* $an &e&e"apa #e,an mamalia

lain)a. Mekipun -un%i inulin pa$a main%/main% ("%anim !e"e&u! ama* namun !e"n)a!a

memiliki !"uk!u" p"ime" )an% &e"&e$a* e#in%%a manuia !i$ak $apa! $en%an mu$a#

memakai p"($uk inulin $a"i &e"&a%ai ("%anime un!uk !e"api ka"ena $apa! menim&ulkan

"eaki an!i%en an!i&($).

  Ole# e&a& i!u $ipe"lukan peneli!ian men%enai #(m(l(%i p"(!ein an!a" ("%anime

e#in%%a $apa! $i&an$in%kan kemi"ipan aam amin( )an% men)uun p"(!ein. Melalui

 p"(%"am &la!p )an% !e"$apa! pa$a i!u N4BI* ki!a $apa! men'a"i p"(!ein e#(m(l(% $a"i

 &e"&a%ai ma'am ("%anime. H(m(l(%i &ukan &e"a"!i ama pe"i* namun !e"$apa! kemi"ipan

an!a"a a!u $en%an )an% lainn)a $en%an pe"en kemi"ipan !e"!en!u. Un!uk !ujuan !e"api*

mialn)a $iin%inkan ua!u p"(!ein pen%%an!i $a"i #e,an !e"!en!u* !en!u akan $ipili# p"(!ein

)an% memiliki pe"en kemi"ipan )an% palin% !in%%i $en%an p"(!ein )an% ki!a miliki* e#in%%a

$i#a"apkan "eaki ale"%i !i$ak !e"ja$i $an p"(!ein !e"e&u! $apa! &eke"ja $en%an &aik euai

)an% $i#a"apkan.

  Analii '(mpu!e" an%a! pen!in% &a%i penen!uan l(kai %en $alam "an%kaian DNA*

!ujuan)a a$ala# un!uk pen'a"ian #(m(l(%i* $en%an mem&an$in%kan "an%kaian DNA $en%an

"an%kaian DNA lain)a. Daa" $a"i pen'a"ian #(m(l(%i ini a$ala# $en%an mem&an$in%kan

%en/%en )an% memiliki kemi"ipan a!au ama e#in%%a %en &a"u $apa! $i!emukan $en%an

kemi"ipan $en%an %en/%en )an% lain. H(m(l(%i %en me"upakan ala# a!u $a"i "e5(lui(ne" 

an'e!(" )an% $i&uka (le# "an%kaian )an% mi"ip an!a"a %en/%en. pe"amaan ini $apa! $ili#a!

$a"i m(lekule" -il(%eni e&a%ai $aa"n)a.

  H(m(l(%i $apa! $i'a"i $en%an "an%kaian DNA !e!api &iaan)a "an%kaian %en !en!a!i5e

ini $imaukan (le# "an%kaian aam amin( e&elum pen'a"ian $ilakukan. Alaan)a a$ala#

ka"ena aam amin( memiliki 2 aam amin( )an% &e"&e$a$alam p"(!ein* !e!api #an)a 2

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 3/20

nukle(!i$a $alam DNA* ja$i %en/%en i!u &iaan)a !i$ak &e"#u&un%an $en%an le&i# $a"i a!u

aam amin( )an% lain)a.

  S(-!,a"e '(mpu!e" )an% &iaa $i%unakan un!uk analii #(m(l(%i %en a$ala# &la!

&ai' l('al ali%#men! ea"'# !((l Al!#ul e! al.* 166 . Analii ini le&i# mu$a# a!au

$en%an mauk ke ala# a!u ja"in%an DNA $a!a&ae $an% kemu$ian "an%kaiann)a $apa!

$ili#a! e'a"a lan%un%. Hail )an% '('(k a!au p(i!i- pa$a %en )an% u$a# a$a pa$a $a!a&ae

$apa! mem&e"ikan in$ikai )an% jela !en!an% -un%i $a"i %en )an% &a"u a!au implikai $a"i

%en/%en )an% '('(k un!uk %en le&i# #alu a!au li'in. Ken)a!aan)a* %en/%en e'a"a !i$ak 

lan%un% memiliki e%men/e%men )an% pen$ek )an% ama an!a"a )an% a!u $en%an )an%

lain. 7alaupun %en/%en !i$ak &e"#u&un%an* !e!api p"(!ein/p"(!ein)a memiliki -un%i )an%

ama.

  4(n!(# $a"i analii '(mpu!e" a$ala# !u$(" $(main* memiliki 12 aam amin( )an%

$ii$en!i-ikai pe"!ama kali pa$a %en D"((p#ila mel(n(%a!e". Di &a,a# ini a$ala# !"uk!u" 

$a"i !u$(" p"(!ein D. melan(%a!e"* )an% $i $alamn)a !e"$apa! 1 k(pian $a"i !u$(" $(main*

$(main ini $i!emukan pa$a p"(!ein ke$ua D"((p#ila* #(m(le pa$a p"(!ein an'e!(" A/

kinae pa$a manuia AKAPI186 )an% &e"pe"an $alam me!a&(lim RNA. P"(!ein ini

memiliki keamaan !"uk!u" $en%an lain)a $an le&i# !ampak $a"i !u$(" $(main* $an ak!i-i!a

 pa$a main%/main% p"(!ein meli&a!kan RNA. In-("mai )an% &e"aal $a"i analii '(mpu!e" 

!i$ak len%kap* !e!api !i!ik u!aman)a a$ala# !ipe $a"i pe"'(&aan i!u #a"u $ieleaikan un!uk 

men%#ailkan $a!a le&i# jela la%i !en!an% -un%i $a"i !u$(" $(main !e"e&u!.

Kan$un%an %en(m in!i manuia Se%men 9/k& pa$a k"(m((m : Un!uk memulai

men%un%kapkan !en!an% k(mp(ii $a"i %en(m in!i manuia akan $ipelaja"i men%enai

e%men 9/k& pa$a k"(m((m :* e%men ini mem&en!uk &a%ia $a"i "eep!(" l(ku el/T;*

,ila)a# )an% le&i# &ea" <=9 k& pa$a %en(m )an% mempun)a p"(!ein pei-ik $alam

"ep(n imun. Se%men 9k& men%an$un% in-("mai %ene!i' e&a%ai &e"iku! >

Sa!u %en* %en ini $inamakan TR?8 $an men%an$un% i-("mai un!uk in!ei p"(!ein

 &e"nama !"ipin(%en* )an% me"upakan p"eku(" inak!i- $alam en3im $i%e!i !"ipin. TR?8

me"upakan ala# a!u an%%(!a $a"i kel(mp(k %en !"ipin(%en )an% men%an$un% $ua klu!e" 

 pa$a keemua &a%ian a#i" $a"i l(ku "eep!(" el/T;. Gen ini !i$ak &e"#u&un%an $en%an

"ep(n imun* $an me"upakan '(n!(# %en $ik(n!in)u. In-("main)a $i%unakan un!uk in!ei

 p"(!ein !"ipin(%en )an% !e"pia# menja$i 9 ek(n* $an $ipia#kan (le# 8 in!"(n n(n k($in%.

Dua e%men %en* me"eka a$ala# @2= $an @26/1* $an me"upakan &a%ian pei-ik $a"i

e!iap "eep!(" p"(!ein el T;. @2= $an @26/1 me"upakan %en !i$ak len%kap* #an)a a!u

e%men $a"i e&ua# %en* $an e&elumn)a $iekp"eikan* me"eka #a"u !e"#u&un% $en%an

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 4/20

e%men %en lain)a $a"i l(ku manapun. Hal ini !e"ja$i pa$a lim-(i! T $an me"upakan '(n!(#

 pe"u&a#an pe"manen $alam ak!i-i!a %en(m )an% mun'ul epanjan% $i-e"enial el. @2= $an

@26/1 me"upakan %en $ik(n!in)u.

Sa!u peu$(en* e&ua# peu$(%en me"upakan alinan n(n-un%i(nal $a"i e&ua# %en*

 &iaan)a a!u ekuen nukle(!i$a $apa! &e"u&a# e#in%%a in-(!mai &i(l(%i $i $alamn)a

menja$i !i$ak $apa! $i&a'a. Peu$(%en ini $inamakan TR?9 $an peu$(%en ini &e"#u&un%an

$en%an an%%(!a -un%i(nal $a"i kel(mp(k %en !"ipin(%en. 92 %en ekuen panjan% &e"ulan%*

ekuen !e"$apa! $i &e"&a%ai !empa! pa$a %en(m. Te"$apa! 8 !ipe u!ama %en(m panjan%

 &e"ulan%* $inamakan LINE elemen nu'lea" panjan% )an% &e"elan%/elin% * elemen LTR 

ujun% panjan% )an% &e"ulan% $an !"anp(" DNA. Dua mik"(a!eli!* e&u!an $i a!a

me"upakan ekuen $imana e&ua# m(!i- pen$ek &e"ulan% $alam !an$em. Sa!u $a"i mik"(

a!eli! $apa! $ili#a! $i &a,a# ini )an% mempun)ai m(!i- GA &e"ulan% e&an)ak 1< kali*

epanjan% ekuen >

9/ GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA

0/ 4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T

Mik"(a!eli! ke$ua melipu!i < m(!i- TATT &e"ulan%.

Te"ak#i"* ki"a/ki"a 9 $a"i e%men 9k& pa$a %en(m manuia !e"&ua! $a"i

 pe"e%an%an n(n %en* !i$ak &e"ulan%* a!u alinan DNA )an% &elum $ike!a#ui -un%in)a a!au

i%ni-ikan. Seuai $en%an in-("mai &i(l(%i )an% $iimpan)a* &ai $a!a ekuen &i(l(%i

$apa! &e"upa &ai $a!a p"ime" un!uk men)impan ekuen p"ime" aam nuklea! maupun

 p"(!ein* &ai $a!a ekun$e" un!uk men)impan m(!i- ekuen p"(!ein* $an &ai $a!a !"uk!u" 

un!uk men)impan $a!a !"uk!u" p"(!ein maupun aam nuklea!. Bai $a!a u!ama un!uk 

ekuen aam nuklea! aa! ini a$alan% GenBank Ame"ika Se"ika!*EMBLE"(pa*$an

DDB+Dna Da!a Bank (- japan. Ke!i%a &ai $a!a !e"e&u! &eke"ja ama $an &e"!u!u" $a!a

e'a"a #a"ian un!uk menja%a keluaan ke'akupan main%/main% &ai $a!a. Sum&e" u!ama

$a!a ekuen aam nuklea! a$ala# u&mii lan%un% $a"i pa"ie! in$i5i$ual* p"()ek ekuen

%en(m* $an pen$a-!a"an pa!en. Selain &e"ii ekuen aam nuklea!* en!"i $alam &ai $a!a

ekuen aam nuklea! umumn)a men%an$un% in-("mai !en!an% jeni aam nuklea! DNA

a!au RNA* nama ("%anim um&e" aam nuklea! !e"e&u!* $an pu!aka )an% &e"kai!an

$en%an ekuen aam amin( nuklea!. Semen!a"a i!u* '(n!(# &e&e"apa &ai $a!a pen!in% )an%

men)impan ekuen p"ime" p"(!ein a$ala# PIR p"(!ein in-("mai "e(u"'e*USA* S,i/

P"(!EUR* $an T"EMBELEUR. Ke!i%a &ai $a!a !e"e&u! !ela# $i%a&un%kan $alam

UniP"(! )an% $i$anai e&a%ian &ea" (le# AS. En!"i $alam UniP"(! men%an$un% in-("mai

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 5/20

!en!an% ekuen p"(!ein* nama ("%anim um&e" p"(!ein* pu!aka )an% &e"kai!an* $an

k(men!a" )an% umumn)a &e"ii penjelaan men%enai -un%i p"(!ein !e"e&u!.

BLAST me"upakan pe"kaka &i(in-("ma!ika )an% &e"kai!an e"a! $en%an pen%%unaan

 &ai $a!a ekuen &i(l(%i. Peneluu"an BLAST pa$a &ai $a!a ekuen memun%kinkan %en

ejeni pa$a &e&e"apa ("%anime a!au un!uk meme"ika kea&a#an #ail ekuenin% maupun

un!uk meme"ika -un%i %en #ail ekuenin%. Al%("i!ma )an% men$aa"i ke"ja BLAST

a$ala# pen)ejaja"an ekuen. PDB a$ala# &ai $a!a !un%%al )an% men)impan m($el

!"u'!u"al !i%a $imeni p"(!ein $an aam nuklea! #ail penen!uan ekpe"imen!al $en%an

k"i!al(%"a-i/*pek!(k"(-i NMR $an mik"(k(pi ele'!"(n. PDB men)impan $a!a !"uk!u" 

e&a%ai k(("$ina! !i%a $imeni )an% men%%am&a"kan p(ii a!(m/a!(m $alam p"(!ein

a!aupun aam nuklea!. Analii ekp"ei %en&Analii kla!e"in% ekp"ei %en pa$a kan%ke" 

 pa)u$a"a& Ekp"ei %en $apa! $i!en!ukan $en%an men%uku" ka$a" mRNA $en%an &e"&a%ai

ma'am !eknik. Teknik/!eknik !e"e&u! umumn)a $i!e"apkan pa$a analii ekp"ei %en kala

 &ea" )an% men%uku" ekp"ei &an)ak %en* &a#kan %en(m $an men%#ailkan $a!a kala &ea".

Me!($e/me!($e pen%alian $a!a $i!e"apkan pa$a $a!a !e"e&u! un!uk mempe"(le# p(la/p(la

in-("ma!i5e. Se&a%ai '(n!(#* me!($e/me!($e k(mp"ai $i%unakan un!uk mem&an$in%kan

ekp"ei $ian!a"a %en/%en* emen!a"a me!($e/me!($e kla!e"in% $i%unakan un!uk mempa"!ii

$a!a !e"e&u! &e"$aa"kan keamaan ekp"ei %en.

Basis data sekuens biologis

Seuai $en%an jeni in-("mai &i(l(%i )an% $iimpann)a* &ai $a!a ekuen &i(l(%i

$apa! &e"upa &ai $a!a p"ime" un!uk men)impan ekuen p"ime" aam

nuklea! maupun p"(!ein* &ai $a!a ekun$e" un!uk men)impan m(!i- ekuen p"(!ein* $an

 &ai $a!a !"uk!u" un!uk men)impan $a!a !"uk!u" p"(!ein maupun aam nuklea!. Bai $a!a

u!ama un!uk ekuen aam nuklea! aa! ini a$ala# GenBank  Ame"ika

Se"ika!* EMBL E"(pa* $an DDB+(en)  DNA Data Bank of Japan* +epan%. Ke!i%a &ai

$a!a !e"e&u! &eke"ja ama $an &e"!uka" $a!a e'a"a #a"ian un!uk menja%a keluaan 'akupan

main%/main% &ai $a!a. Sum&e" u!ama $a!a ekuen aam nuklea! a$ala# u&mii lan%un%

$a"i pe"ie! in$i5i$ual* p"()ek ekuenin%%en(m* $an pen$a-!a"an  pa!en. Selain &e"ii

ekuen aam nuklea!* en!"i $alam &ai $a!a ekuen aam nuklea! umumn)a men%an$un%

in-("mai !en!an% jeni aam nuklea! DNA a!au RNA* nama ("%anime um&e" aam

nuklea! !e"e&u!* $an pu!aka )an% &e"kai!an $en%an ekuen aam nuklea! !e"e&u!.

Semen!a"a i!u* '(n!(# &e&e"apa &ai $a!a pen!in% )an% men)impan ekuen p"ime" p"(!ein

a$ala# PIR   Protein Information Resource* Ame"ika Se"ika!* S,i/P"(! E"(pa*

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 6/20

$an T"EMBL E"(pa. Ke!i%a &ai $a!a !e"e&u! !ela# $i%a&un%kan $alam UniP"(! )an%

$i$anai !e"u!ama (le# Ame"ika Se"ika!. En!"i $alam UniP"(! men%an$un% in-("mai !en!an%

ekuen p"(!ein* nama ("%anime um&e" p"(!ein* pu!aka )an% &e"kai!an* $an k(men!a" )an%

umumn)a &e"ii penjelaan men%enai -un%i p"(!ein !e"e&u!. BLAST  Basic Local 

 Alignment Search Tool  me"upakan pe"kaka &i(in-("ma!ika )an% &e"kai!an e"a! $en%an

 pen%%unaan &ai $a!a ekuen &i(l(%i. Peneluu"an BLAST  BLAST search pa$a &ai $a!a

ekuen memun%kinkan ilmu,an un!uk men'a"i ekuen aam nuklea! maupun p"(!ein )an%

mi"ip $en%an ekuen !e"!en!u )an% $imilikin)a. Hal ini &e"%una mialn)a un!uk 

menemukan %en ejeni pa$a &e&e"apa ("%anime a!au un!uk meme"ika kea&a#an

#ail ekuenin% maupun un!uk meme"ika -un%i %en #ail ekuenin%. Al%("i!ma)an%

men$aa"i ke"ja BLAST a$ala# pen)ejaja"an ekuen. PDB  Protein Data Bank * Bank Da!a

P"(!ein a$ala# &ai $a!a !un%%al )an% men)impan m($el !"uk!u"al !i%a

$imeni p"(!ein $an aam nuklea! #ail penen!uan ekpe"imen!al $en%an k"i!al(%"a-i ina"/

* pek!"(k(pi NMR  $an mik"(k(pi elek!"(n. PDB men)impan $a!a !"uk!u" 

e&a%ai k(("$ina! !i%a $imeni )an% men%%am&a"kan p(ii a!(m/a!(m $alam p"(!ein

a!aupun aam nuklea!.

Penyejajaran sekuens

Penyejajaran sekuens sequence alignment  a$ala# p"(e pen)uunanCpen%a!u"an$ua a!au le&i# ekuen e#in%%a pe"amaan ekuen/ekuen !e"e&u! !ampak n)a!a. Hail

$a"i p"(e !e"e&u! ju%a $ie&u! e&a%ai sequence alignment  a!au alignment  aja. Ba"i

ekuen $alam ua!u alignment  $i&e"i iipan umumn)a $en%an !an$a e$emikian "upa

e#in%%a k(l(m/k(l(mn)a memua! ka"ak!e" )an% i$en!ik a!au ama $i an!a"a ekuen/

ekuen !e"e&u!. Be"iku! a$ala# '(n!(# alignment  DNA $a"i $ua ekuen pen$ek DNA )an%

 &e"&e$a* ''a!'aa' $an 'aa!%%%'aa' !an$a F menunjukkan ke'('(kan a!au match $i

an!a"a ke$ua ekuen.

 ''a!///'aa'

 F FF FFFF

 'aa!%%%'aa'

Sequence alignment  me"upakan me!($e $aa" $alam analii ekuen. Me!($e ini $i%unakan

un!uk mempelaja"i e5(lui ekuen/ekuen $a"i lelu#u" )an% ama common ancestor .

Ke!i$ak'('(kan mismatch $alam alignment  $ia(iaikan $en%an p"(e mu!ai* e$an%kan

keenjan%an  gap* !an$a $ia(iaikan $en%an p"(e ine"i a!au $elei. Sequencealignment  mem&e"ikan #ip(!ei a!a p"(ee5(lui )an% !e"ja$i $alam ekuen/ekuen

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 7/20

!e"e&u!. Mialn)a* ke$ua ekuen $alam '(n!(# alignment  $i a!a &ia ja$i &e"e5(lui $a"i

ekuen )an% ama ''a!%%%'aa'. Dalam kai!ann)a $en%an #al ini* alignment  ju%a $apa!

menunjukkan p(ii/p(ii )an% $ipe"!a#ankan conserve  elama e5(lui $alam ekuen/

ekuen p"(!ein* )an% menunjukkan &a#,a p(ii/p(ii !e"e&u! &ia ja$i pen!in% &a%i

!"uk!u" a!au -un%i p"(!ein !e"e&u!. Selain i!u* sequence alignment  ju%a $i%unakan un!uk 

men'a"i ekuen )an% mi"ip a!au ama $alam &ai $a!a ekuen. BLAST a$ala# ala# a!u

me!($e alignment  )an% e"in% $i%unakan $alam peneluu"an &ai $a!a ekuen.

Pem($elan p"(!ein k(mpa"a!i- comparative protein moelling  me"amalkan !"uk!u" 

ua!u p"(!ein &e"$aa"kan !"uk!u" p"(!ein lain )an% u$a# $ike!a#ui. Sala# a!u pene"apan

me!($e ini a$ala# pem($elan #(m(l(%i homolog! moelling * )ai!u p"e$iki !"uk!u" !e"ie" 

 p"(!ein &e"$aa"kan keamaan !"uk!u" p"ime" p"(!ein. Pem($elan #(m(l(%i $i$aa"kan pa$a !e("i &a#,a $ua p"(!ein )an% #(m(l(% memiliki !"uk!u" )an% an%a! mi"ip a!u ama

lain. Pa$a me!($e ini* !"uk!u" ua!u p"(!ein $ie&u! p"(!ein !a"%e! $i!en!ukan &e"$aa"kan

!"uk!u" p"(!ein lain p"(!ein !empla! )an% u$a# $ike!a#ui $an memiliki kemi"ipan ekuen

$en%an p"(!ein !a"%e! !e"e&u!. Selain i!u* pene"apan lain pem($elan k(mpa"a!i- 

a$ala# protein threading  )an% $i$aa"kan pa$a kemi"ipan !"uk!u" !anpa kemi"ipan ekuen

 p"ime". La!a" &elakan% protein threaing  a$ala# &a#,a !"uk!u" p"(!ein le&i# $ik(ne"5ai

$a"ipa$a ekuen p"(!ein elama e5(lui $ae"a#/$ae"a# )an% pen!in% &a%i -un%i p"(!ein

$ipe"!a#ankan !"uk!u"n)a. Pa$a pen$eka!an ini* !"uk!u" )an% palin% k(mpa!i&el un!uk ua!u

ekuen aam amin( $ipili# $a"i emua jeni !"uk!u" !i%a $imeni p"(!ein )an% a$a. Me!($e/

me!($e )an% !e"%(l(n% $alam protein threaing  &e"ua#a menen!ukan !in%ka! k(mpa!i&ili!a

!e"e&u!.

Dalam pen$eka!an de novo a!au a" initio* !"uk!u" p"(!ein $i!en!ukan $a"i ekuen p"ime"n)a

!anpa mem&an$in%kan $en%an !"uk!u" p"(!ein lain. Te"$apa! &an)ak kemun%kinan $alam

 pen$eka!an ini* mialn)a $en%an meni"ukan p"(e pelipa!an  foling  p"(!ein $a"i ekuen p"ime"n)a menja$i !"uk!u" !e"ie"n)a mialn)a $en%an imulai $inamika m(lekula" * a!au

$en%an (p!imiai %l(&al -un%i ene"%i p"(!ein. P"(e$u"/p"(e$u" ini 'en$e"un%

mem&u!u#kan p"(e k(mpu!ai )an% in!en* e#in%%a aa! ini #an)a $i%unakan $alam

menen!ukan !"uk!u" p"(!ein/p"(!ein ke'il. Be&e"apa ua#a !ela# $ilakukan un!uk men%a!ai

keku"an%an um&e" $a)a k(mpu!ai !e"e&u!* mialn)a $en%an upe"k(mpu!e"  mialn)a

upe"k(mpu!e" Blue Gene 1 $a"i IBM a!au k(mpu!ai !e"$i!"i&ui istri"ute computing *

mialn)a p"()ek J(l$in%#(me maupun k(mpu!ai %"i$.

Analii ekp"ei %en

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 8/20

Ekp"ei %en $apa! $i!en!ukan $en%an men%uku" ka$a" mRNA $en%an &e"&a%ai

ma'am !eknik mialn)a $en%an microarra! a!aupun Serial Anal!sis of #ene

 $%pression Analii Se"ial Ekp"ei Gen* SAGE. Teknik/!eknik !e"e&u! umumn)a

$i!e"apkan pa$a analii ekp"ei %en kala &ea" )an% men%uku" ekp"ei

 &an)ak %en &a#kan %en(m $an men%#ailkan $a!a kala &ea". Me!($e/me!($e pen%%alian

$a!a ata mining  $i!e"apkan pa$a $a!a !e"e&u! un!uk mempe"(le# p(la/p(la in-("ma!i-.

Se&a%ai '(n!(#* me!($e/me!($e k(mpa"ai $i%unakan un!uk mem&an$in%kan ekp"ei $i

an!a"a %en/%en* emen!a"a me!($e/me!($e kla!e"in% clustering  $i%unakan un!uk 

mempa"!ii $a!a !e"e&u! &e"$aa"kan keamaan ekp"ei %en.

0. Ala! $an Ba#an

a. Ala! >

• K(mpu!e" 

• 4#a"%e" 

• M($em

• Ala! !uli

 &. Ba#an >

• Si!u N4BI

• K($e %en

•  NM129

•  NM<1::.0

8. 4a"a Ke"ja

A. Analii ekp"ei Gen

Buka i!u N4BI

Ii k(!ak ea"'# nu'le(!i$e -(" $en%an nama %en )an% akan $ianalii k($e ke!e"an%an

#(m(apien

Pili# %en )an% akan $ianalii

4(p) ekuen $alam "e%i(n 4DS

Buka i!u N4BI la%i kemu$ian klik OJR Jin$e" 

Maukan ekuen 4DS )an% !ela# $i/'(p) lan%ka# 8 ke k(l(m JASTA J("ma!/@

Klik O"- Jin$* akan mun'ul < -"ame

Klik -"ame !e"e&u! a!u/pe"a!u maka akanmun'ul ekuen aam amin( #ail

!"ank"ipi 4DS )an% !ela# $imaukan !a$i. 4a"ila# -"ame mana )an% me"upakan

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 9/20

ekuen %en pen%k($e p"(!ein !a"%e! $en%an men'('(kan ekuen aam amin( )an%

$i$apa! $en%an ekuen aam amin( pa$a !ampilan a,al i$en!i!a %en -ea!u"e

B. H(m(l(%i p"(!ein

Buka i!u N4BI

Ii k(!ak ea"'# nu'le(!i$e -(" $en%an nama %en )an% akan $ianalii k($e ke!e"an%an

#(m(apien

Ten!ukan ua!u %en )an% akan $ianalii #(m(l(%i p"(!einn)a

Se!ela# mauk ke #alaman p%e euen'e 5ie,e"* klik link p"(!ein.

4(p) euen aam amin(n)a

Kelua" $a"i #alaman !e"e&u! a!au &uka i!u )an% ama. Klk menu BLAST

Pili# p"(!ein p"(!ein &la! Bla!p* klik. Pa!e ekuen aam amin( pa$a k(!ak 

UER? un!uk men'a"i #(m(l(%in)a.

Tekan BLAST* e!ela# mun'ul #alaman &a"u* !ekan JORMAT. Akan mun'ul #ail

-("ma! pa$a ne, ,in$(,.

Lakukan analii le&i# lanju! men%enai #(m(l(%i p"(!ein !e"#a$ap ekuen aam

amin( )an% $imaukkan !a$i* )ai!u pa$a ("%amime elain #(m( apien*

 pe"#a!ikan '("en)a* kilk main% main% ("%anime )an% e#(m(l(% un!uk 

mem&an$in%kan "ei$u aam amin(n)a $en%an ue").

9. Da!a pen%ama!an

A. La!i#an Analii Ekp"ei %en

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 10/20

K($e Gen > NM129

 Nama Gen > H(m( apien e!"(%en "eep!(" 

4DS > 209...222

+umla# AA > 969 aa

J"ame S!a"! k($(n S!(p k($(n

1 2: T%a

2 8 T%a

2 2 T%a

0 / T%a

0 1 Taa

/1 2 T%a

/2 0 Ta%

/2 6 T%a

/0 1 T%a

B. Tu%a analii ekp"ei %en

K($e > NM<1::.0

 Nama Gen > #(m( apien neu"al "e!ine leu'ine 3ippe" 

4DS > 102...=89

+umla# AA > 20: aa

J"ame S!a"! k($(n S!(p k($(n

1 < T%a

2 2 Taa

/1 1 T%a

/2 2 !aa

4. La!i#an H(m(l(%i P"(!ein

K($e %en > NM129

 Nama %en > #(m( apien e!"(%en "e'ep!(" 

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 11/20

K($e p"(!ein > NP11<

 N(

.

De'"ip!i(n Mak.

S'("e

1. E!"(%en "eep!(" i(-("m 1 1281

2. E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 pan !"(%l($i!e 12260. E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 pan pani'u 122=

8. E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 pan a&elli 122:

9. E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 ma'a'a -a'i'ula"i 122:

<. E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 '(l(m&u an%eleni palia!u 1229

D. Tu%a #(m(l(%i p"(!ein

K($e %en > NM<1::.0

 Nama %en > #(m( apien neu"al "e!ine leu'ine 3ippe" 

K($e p"(!ein > NP<1<=

 N(

.

De'"ip!i(n Mak.

S'("e

1. Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein 8:0

2. Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein p(n%( a&eli 8<6

0. Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein papi( anu&i 8<:

8. Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein i(-("m 0 au!u

na')mae

8<:

9. Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein n(ma'u

leu'(%en)

8<:

<. Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein ma'a'a nem!"ina 8<9

<. Pem&a#aan

Pa$a p"ak!ikum ini &e"!ujuan un!uk men%analii ekp"ei %en $an men$e!eki #ail

ekp"ei %en ju%a men'a"i #(m(l(%i %en pen%#ail p"(!ein !e"!en!u $a"i manuia $en%an

 &e&e"apa ("%anim"e lain. P"a!ikum ini men%%unakan k($e NM129 )ai!u #(m(

apien e!"(%en "e'ep!(" 1 )an% memiliki 4DS 209...222 )an% $i%unakan un!uk la!i#an.

Dan k($e NM<1::.0 )ai!u #(m( apien neu"al "e!ina leu'ine 3ippe" )an% memiliki

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 12/20

4DS 102...=89 )an% $i%unakan e&a%ai !u%a. P"a!ikum ini men%%unakan -aili!a ORI

Jin$e" Openin% Rea$in% J"ame pa$a i!u N4BI.

Ekp"ei %en $ie&u! ju%a $en%an "an%kaian a!au 5a"ian aam amin(. P"(e ekp"ei

%en $ia,ali $en%an !"ank"ipi DNA menja$i mRNA )an% kemu$ian menja$i p"(!ein.

Analii ekp"ei %en $ilakukan $en%an 'a"a meli#a! ekuen ua!u %en )an%

$iekp"eikan melalui in!ei p"(!ein $alam p"(e !"anlai.

Analii ekp"ei %en e&a%ai la!i#an $en%an k($e NM129 lalu $i lakukan

lan%ka# epe"!i $i 'a"a ke"ja $an $i$apa!kan #ail 6 -"ame )ai!u 1 $en%an 2: !a"! k($(n

$an !(p k($(nn)a !%a* 2 $en%an 8 !a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !%a* 2 $en%an 2 !a"!

k($(n $an !(p k($(nn)a !%a* 0 !i$ak a$a !a"! k($(n $an !(p k($(n !%a* 0 $en%an 1

!a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !%a* /1 $en%an 2 !a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !%a* /2

$en%an 0 !a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !a%* /2 $en%an 6 !a"! k($(n $an !(p k($(nn!a

!%a* /0 $en%an 1 !a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !%a.

Analii ekp"ei %en e&a%ai !u%a $en%an k($e NM<1::.0 lalu $i lakukan

lan%ka# epe"!i $i 'a"a ke"ja $an $i$apa!kan #ail 8 -"ame )ai!u 1 $en%an < !a"! k($(n

$an !(p k($(nn)a !%a* 2 $en%an 2 !a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !aa* /1 $en%an 1 !a"!

k($(n $an !(p k($(nn)a !%a* $an /2 $en%an 2 !a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !aa.

Men'a"i #(m(l(% $a"i k($e NM129 e&a%ai la!i#an $an $ilakukan lan%ka#

epe"!i $i 'a"a ke"ja* $ipe"(le# #ail 9 peie )an% memiliki '("e makimal men$eka!i

E!"(%en "eep!(" i(-("m 1 )ai!u 1281 e&a%ai &e"iku!

E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 pan !"(%l($i!e 1226

E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 pan pani'u 122=

E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 pan a&elli 122:

E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 ma'a'a -a'i'ula"i 122:

E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 '(l(m&u an%eleni palia!u 1229

Kelima Speie $i a!a memiliki ke$eka!an '("e $en%an k($e )an% $i'a"i. Dan

%am&a" $a"i kelima !e"e&u! !e"$apa! pa$a lampi"an.

Men'a"i #(m(l(% $a"i k($e NM<1::.0 e&a%ai !u%a $an $ilakukan lan%ka#

epe"!i $i 'a"a ke"ja* $ipe"(le# #ail 9 peie )an% memiliki '("e makimal men$eka!i

 Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein $en%an '("e 8:0 )aii!u e&a%ai &e"iku! >

 Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein p(n%( a&eli 8<6

 Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein papi( anu&i 8<:

 Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein i(-("m 0 au!una')mae

8<:

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 13/20

 Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein n(ma'u leu'(%en) 8<:

 Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein ma'a'a nem!"ina 8<9

Kelima Speie $i a!a memiliki ke$eka!an '("e $en%an k($e )an% $i'a"i. Dan

%am&a" $a"i kelima !e"e&u! !e"$apa! pa$a lampi"an.

:. Keimpulan

a. Analii ekp"ei %en k($e %en NM129 memiliki 6 -"ame )an% men'e"minkan

ekp"ei %en ka"ena memiliki !a"! k($(n $an !(p k($(n. Se$an%kan k($e %en

 NM<1::.00 memiliki 8 -"ame )an% men'e"minkan ekp"ei %en ka"ena memiliki!a"! k($(n $an !(p k($(n.

 &. Be&e"apa ("%anime )an% e#(m(l(% $en%an H(m( apien e!"(%en an!a"a lain  Pan

troglo!tes & simpanse '( Pan panicus & simpanse keril '( Pongo a"elii & )rangutan

Sumatera '( *acaca fascicularis & mon!et kra+mon!et ekor pan,ang '( -olo"us

angolensis palliates & Angola colo"us '. Se$an%kan ("%anime )an% e#(m(l(%

$en%an Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein an!a"a lain p(n%( a&eli* papi(

anu&i* au!u na')mae* n(ma'u leu'(%en)* $an ma'a'a nem!"ina.

=. Da-!a" Pu!aka

An(nim 21<.Buku Pe!unjuk P"ak!ikum Bi(l(%i Sel M(lekula".Uni5e"i!a 7a#i$ Ha)im

Sema"an%

#!!p>CC,,,.n'&i.#lm.ni#.%(5 $iake !an%%al 8 ap"il 21<

?u,(n(* T"i,i&(,(. 29. Biologi *olekuler . E"lan%%a> +aka"!a.

Lampi"an

1. Analii ekp"ei %en la!i#an

K($e Gen > NM129

 Nama Gen > H(m( apien e!"(%en "eep!(" 

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 14/20

2. analii ekp"ei %en !u%a

K($e > NM<1::.0

 Nama Gen > #(m( apien neu"al "e!ine leu'ine 3ippe" 

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 15/20

0. H(m(l(%i P"(!ein la!i#an

K($e %en > NM129

 Nama %en > #(m( apien e!"(%en "e'ep!(" 

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 16/20

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 17/20

1. Pan !"(%l($)!e impane

 

2. Pan pani'u impane ke"$il

0. P(n%( a&elii O"an%u!an Suma!e"a

8. Ma'a'a -a'i'ula"i m(n)e! k"aCm(n)e! ek(" panjan%

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 18/20

9. 4(l(&u an%(leni pallia!e An%(la '(l(&u

8. #(m(l(%i p"(!ein !u%a

K($e %en > NM<1::.0

 Nama %en > #(m( apien neu"al "e!ine leu'ine 3ippe" 

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 19/20

8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN

http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 20/20