thierry de meeûs génétique et evolution des maladies infectieuses (gemi) umr cnrs/ird 2724, ur...

Thierry de Meeûs

Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI)

UMR CNRS/IRD 2724, UR IRD 165

Equipe Evolution des Systèmes Symbiotiques

Sous-Equipe Structure Génétique et Adaptations dans les Systèmes Symbiotiques

Centre IRD de Montpellier 911 Avenue d'Agropolis, B.P. 64501 34394 Montpellier Cedex 5, France.

Tel (33) 4 67 41 63 10 Secrétariat (33) 4 67 41 61 97

Fax (33) 4 67 41 62 99

E-mail: demeeus@mpl.ird.fr

http://gemi.mpl.ird.fr/cepm/SiteWebESS/Fr/deMeeus/EnseignMeeus.html

Méthodes indirectes

Méthodes directes

T Y P E S D E M A R Q U E U R S

Enzymes

mRNA

+

-

CTCTCTCTAGAGAGAG

Primer1

Primer2

PCR

CTCTCTCTCTAGAGAGAGAG

Primer1

Primer2

+

-

Microsatellites

Electrophorèse

AUGCAGCCAUAGGCG

Phe-Pro-Leu-Ileu-Val

f( ) = +

= p

f( ) = q

Proportions de Hardy-Weinberg

f( ) = p² ; f( ) = 2pq ; f( ) = q²

Altérations des proportions de Hardy WeinbergAltérations des proportions de Hardy WeinbergDéficits en hétérozygotesDéficits en hétérozygotes

Effet Wahlund

Taenia soliumTaenia solium

Nasonia vitripenisNasonia vitripenis

Endogamies

RhRh--RhRh--

RhRh++RhRh--

Sous dominance

Causes techniques

Allèles nulsDominance des allèles courts

Homogamie

Schistosoma

Candida albicans

Altérations des proportions de Hardy WeinbergAltérations des proportions de Hardy WeinbergExcès d'hétérozygotesExcès d'hétérozygotes

HLA

Ixodes ricinus

Anémie falciforme et

Plasmodium falciparum

SuperdominanceHétérogamie

Clonalité

Biais de dispersion sexe spécifique

Hétérosis

Les F-Statistics de Wright

Fisl

FFisis

FFstst

Estimations

RAPPEL: Variance: ² = [1/n].i[(xi-x)²] ; s² = [1/(n-1)].i[(xi-x)²]

Estimateurs f et θ de Weir & Cockerham

11 12 13 14 22 23 24 33 34 44

11 n11/11 n11/12 n11/13 n11/14 … … … … … …

12 n12/11 n12/12 n12/13 n12/14 … … … … … …

13 n13/11 n13/12 n13/13 n13/14 … … … … … …

14 n14/11 n14/12 n14/13 n14/14 … … … … … …

15 n15/11 n15/12 n15/13 n15/14 … … … … … …

22 … … … … etc… … … … … …

23 … … … … … … … … … …

24 … … … … … … … … … …

25 … … … … … … … … … …

33 … … … … … … … … … …

34 … … … … … … … … … …

35 … … … … … … … … … …

44 … … … … … … … … … …

45 … … … … … … … … … …

55 … … … … … … … … … …

Déséquilibres de liaison

Locus 2

Loc

us

1

Mesures multilocus

Structure d'une Population

Taille des Unités de Reproduction

Migration

Génétique des populations d' Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse

B. burgdorferi

B. valaisiana

B. garinii

B. afzelii

0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0.7

IR8 IR25 IR27 IR32 IR39 All

f (F

is e

stim

ator

)

-1

-0.75

-0.5

-0.25

0

0.25

0.5

0.75

1

109 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131

Allele size

Fis

(pa

rtia

ls)

Déficits en hétérozygotes

0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0.7

0.8

0.9

1

111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131

Allele size

Fis

pi's balanced pi's bell shaped pi's decreasing

pi's increasing pi's randomised

Distribution sexe spécifique du polymorphisme

B. burgdorferi

B. valaisiana

B. gariniiB. afzelii

Biais de dispersion sexe spécifique des tiques

Détection des Borrelia dans les tiques

Pour Borrelia burgdorferi

P =0.012

0.02

0.03

0.04

0.05

0.06

0.07

0.08

F M

Sex of the tick

Prév

alen

ce o

f B

. bur

gdor

feri

ss

Pour Borrelia afzelii

Saines Infectées

Détection des borrélies dans les tiques

Saines Infectées

Vers adultes (couple)dans la veine mésenthérique.

La femelle est contenue dans le canal gynécophore

du mâle

Œuf évacué avec les selles

de l’hôte définitif

Eclosion d’unelarve aquatique:

miracidium

Reproduction sexuée

Biomphalaria glabratamollusque d’eau douce

hôte intermédiaire Emission massive de cercaires clonales

Reproduction asexuée

Rattus rattus (rat noir)infecté lors d’un "bain"

Zone de transmission

Site detransmission

(arrière mangrove)

Région d’étude

Schistosoma mansoni et ses hôtes (rat et mollusque) en Guadeloupe

JacquotBelle-Plaine

Dans-Fond

Geffrier

Bubelloy

Co-structures génétiques

Structuration sexe spécifique locale des schistosomes

Génétique des populations des Organismes clonaux ou partiellement clonaux

Fis 0

-1Loci

C=[0.99-0.95], Nm not small

Fis 0

-1Loci

C=1, Nm small

Fst0.5

Fis 0

-1Loci

C=[0.999-0.99], Nm small

Fst>>0.5

Fis 0

-1Loci

C=1, Nm not small

Fst<<0.5

Structuration de Candida albicans chez des patients HIV+ de Côte d'Ivoire

-1

-0.9

-0.8

-0.7

-0.6

-0.5

-0.4

-0.3

-0.2

-0.1

0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

Malepatients no

pooling

Malepatients D0

and D15pooled

Malepatientspooled

Femalepatients no

pooling

Femalepatients D0

and D15pooled

Femalepatientspooled

All patientspooled

Fis