salmonella, un pas entre la filÈre avicole et la filiÈre ... · les salmonelles (salmonella) sont...
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SALMONELLA, UN PAS ENTRE
LA FILÈRE AVICOLE ET LA FILIÈRE BOVINE ?
Laetitia Bonifait, Louise Baugé, Amandine Thépault, Valérie Rose, Sandra Rouxel et Marianne Chemaly
SPACE, 11 Octobre 2019
Anses, Laboratoire de Ploufragan - Plouzané - Niort
Unité Hygiène et Qualité des Produits Avicoles et Porcins (HQPAP)
Laboratoire National de Référence pour Salmonella
Les salmonelles (Salmonella) sont l’une des 4 causes principales de maladies diarrhéiques dans le
monde
Bactéries (Gram-) pouvant causer une maladie appelée salmonellose
Famille : Enterobacteriaceae
Genre : Salmonella
Espèces : 2
S. bongori : 1 sous-espèce
S. enterica : 6 sous-espèces
Bien que tous les sérotypes puissent être pathogènes pour l’Homme, quelques-uns d’entre eux
sont spécifiques et adaptés à une seule ou à quelques espèces animales
Salmonella enterica sérotype Dublin chez les bovins
https://eng.sheba.co.il/Salmonella_Under_the_Microscope
Introduction : Salmonella
2500 sérotypes
Zoonoses dont la plupart des cas sont bénins (la gravité de l’affection dépend de facteurs liés à
l’hôte et du sérotype de la salmonelle)
Les symptômes habituels
Fièvres typhoïdes et paratyphoïdes
Gastro-entérite
Manifestations extra-digestives chez les sujets à risque
Introduction : Salmonelloses
https://www.sante-sur-le-net.com/maladies/maladies-infectieuses/salmonellose/
Deuxième cause de zoonoses bactériennes d’origine alimentaire en Europe
Salmonella : 9 800
Salmonella : 190 000
Cas
rap
po
rté
sC
as
est
imé
s
Introduction : Salmonelloses
Van Cauteren et al., 2015 ; EFSA and ECDC, 2018
Le principal réservoir des salmonelles est l’animal
Présentes au niveau du tube digestif de mammifères (porc, bovins) et d’oiseaux (volailles)
Présentes dans les matières fécales
Portage asymptomatique
Présentes dans l’environnement
Contamination possible des pâturages, des sols et de l’eau
Capacité de survivre plusieurs mois
Introduction : Source de contamination
SALMONELLOSE
https://agriculture.gouv.fr/les-zoonoses-ces-maladies-transmissibles-entre-lhomme-et-lanimal
Dans 95% des cas, l’homme se contamine par le biais d’aliments contaminés
Les aliments les plus souvent impliqués :
Les œufs, les produits à base d’œufs crus
Les produits laitiers
Les viandes peu cuites (volailles, porcs, bovins)
Introduction : Source de contamination
22%
23%6%
1%
7%
22%
2%
6%7%
4%
Aliments mixtes, plats cuisinés, ect.
Aliments non identifiés
Viande
Poissons
Volaille
Œufs / produits a base d'œufs
Coquillages
Charcuterie
Fromage / produits laitiers
Crustacés
TIAC à Salmonellaen France
Contamination via des contacts avec des individus ou des animaux infestés, ou des porteurs sains
SPF, 2018
SURVEILLANCE DE SALMONELLA
DANS L’UNION EUROPEENE
Directive 2003/99/CE : Surveillance des zoonoses et agents zoonotiques
Garantir que les zoonoses, les agents zoonotiques et la résistance antimicrobienne associée soient
adéquatement surveillés
Appliquée aux stades de la chaine alimentaire qui sont les plus propices à l’apparition des zoonoses
L’étude épidémiologique des foyers de toxi-infection alimentaire
Objectifs du règlement (CE) No 2160/2003 : Contrôle des salmonelles et d'autres agents
zoonotiques spécifiques présents dans la chaîne alimentaire
Mesures adaptées et efficaces pour détecter et contrôler les salmonelles
A tous les stades pertinents de la production, de la transformation et de la distribution
Particulièrement au niveau de la production primaire
Autres étapes de la chaîne alimentaire (denrées alimentaires et aliments pour animaux)
Réduire leur prévalence et le risque qu'ils représentent pour la santé publique
Surveillance de Salmonella dans l’UE : Directive 2003/99/CE
Baisse significative de la salmonellose
observée entre 2008 et 2017
Au cours des dernières années, la tendance
est stable
2017, diminution du nombre total de cas
confirmés
0
15000
30000
45000
60000
75000
90000
105000
120000
135000
150000
2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017
No
mb
re t
ota
l de
cas
con
firm
és
chez
l'h
om
me
Surveillance de Salmonella dans l’UE
0
10
20
30
40
50
Ré
par
titi
on
de
s ca
s co
nfi
rmés
p
ar s
éro
typ
es
2017 2016 2015
Information sur les sérotypes disponibles dans
75% des cas humains confirmés
Les cinq sérotypes les plus fréquemment signalés
parmi les cas humains contractés dans l'Union
européenne
S. Enteritidis, S. Typhimurium, Variant
monophasique de S. Typhimurium , S. Infantis et
S. Newport
EFSA and ECDC, 2018
Association entre les principaux sérovars et l’espèce animale
Les données animales et alimentaires ont été fusionnées
Surveillance de Salmonella dans l’UE
Pondeuses
Bovins
Porcs
Dindes
Poulet de chair
EFSA and ECDC, 2018
SURVEILLANCE DE SALMONELLA
EN FRANCE
Sélection
Multiplication
Production
Objectifs du programme national de lutte contre les salmonelles
Prévenir les TIAC liées à la consommation de produits de volaille (œufs et viande)
Prophylaxie sanitaire
Assainissement continu et progressif
Lutte contre la transmission verticale : contrôles des reproducteurs
Lutte contre la transmission horizontale : Bonnes pratiques d’hygiène et d’élevage
Réglementation dans la filière avicole
FACTEURS HUMAINS
FACTEURS A L’ÉLEVAGE
FACTEURS ENVIRONNEMENTAUX
Poulets reproducteurs (Gallus gallus)
Règlement (CE) No 200/2010 : Réduction de la prévalence de sérotypes de salmonelles dans les cheptels
d’animaux adultes de reproduction de l’espèce Gallus gallus
Poules pondeuses
Règlement (CE) No 517/2011 : Réduction de la prévalence de certains sérotypes de salmonelles chez les
poules pondeuses de l’espèce Gallus gallus
Règlement (CE) No 1237/2007 : Mise sur le marché d’œufs provenant de cheptels de poules pondeuses
infectés par les salmonelles
Guide sur les bonnes pratiques d'hygiène dans les élevages de poulettes et de pondeuses
Poulets de chair
Règlement (CE) No 200/2012 : réduction de la prévalence de Salmonella Enteritidis et de Salmonella
Typhimurium dans les cheptels de poulets de chair
Guide sur les bonnes pratiques d'hygiène dans les élevages de poulets de chair
Dindes
Règlement (CE) No 1190/2012 : Réduction de la prévalence de Salmonella Enteritidis et de Salmonella
Typhimurium dans les cheptels de dindes
Règlements spécifiques à la filière avicole (No 2160/2003)
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
3500
4000
2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017
No
mb
re d
'iso
lat
de Salm
onella
Sou
cho
thè
qu
e d
u L
NR
Baisse significative du nombre de souches
reçues au LNR Salmonella observée entre
2011 et 2014
Surveillance de Salmonella dans la filière avicole en France
Sérotypes les plus fréquemment retrouvés dans
la filière avicole
S. Seftenberg, S. Typhimurium, S. Enteritidis,
S. Anatum, S. Montevideo
EFSA and ECDC, 2018
0
20
40
60
80
100
2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017
% d
’iso
lats
de Salm
onella
Autres
S. Agona
S. Napoli
S. Indiana
S. Mbandaka
S. Livingstone
S. Montevideo
S. Anatum
S. Enteritidis
S. Typhimurium
S. Senftenberg
SALMONELLA,
UN LIEN ENTRE LES FILIERES ?
Dans le cadre d’une alerte, le LNR a été sollicité par la DGAl pour :
Suivre l’évolution d’une contamination à Salmonella spp. dans la filière avicole
Déterminer l’origine de contamination des élevages
Circulation d’isolats persistants et communs
32 isolats de S. Enteritidis
LNR : 28 souches
Issues de bâtiments avicoles (Souchothèque du LNR)
DGAl : 4 souches
2 souches issues d’élevages bovins
2 souches isolées de véhicules routiers motorisés
Enquête épidémiologique
?
Enquête épidémiologique
PFGE MLVA MLST cgMLST
Méthodes classiquesElectrophorèses
Nouvelles méthodesSéquençage du génome entier
Pouvoir discriminant
95.2
92.9
PFGE-XbaI
100
95
PFGE-XbaI
S18TYP007
S18TYP008
S18TYP009
S18TYP010
S18TYP011
S18TYP012
S18TYP013
S18TYP014
S18TYP015
S18TYP016
S18TYP017
S18TYP018
S18TYP019
S18TYP020
S18TYP021
S18TYP022
S11LNR0253
S12LNR0667
S16LNR1595
S17LNR0045
S17LNR0059
S18TYP001
S18TYP002
S18TYP003
S18TYP004
S18TYP005
S18TYP006
S18TYP023
S18TYP024
S13LNR1517
S14LNR2052.
S18TYP025
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Elevage 1
Elevage 1
Elevage 1
Elevage 1
Elevage 1
Elevage 1
Elevage 1
Elevage 2
Elevage 2
Elevage 2
Elevage 2
Elevage 2
Elevage 2
Elevage 2
Elevage 2
Bovin 1
Elevage 3
Elevage 4
Elevage 5
Elevage 3
Elevage 6
Elevage 7
Elevage 7
Elevage 5
Elevage 5
Elevage 5
Elevage 5
Véhicule 1
Bovin 2
Elevage 1
Elevage 6
Véhicule 2
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2017
2017
2017
2017
2017
2017
2017
2017
2017
2017
2011
2012
2016
2017
2017
2017
2017
2017
2017
2017
2017
2017
2017
2013
2014
2017
Profil 1
Profil 2
Profil 3
Caractérisation des souches par PFGE
32 isolats de S. Enteritidis : Restriction enzymatique par XbaI
3 profils génotypiques distincts Profil 1 : 16 isolats Profil 2 : 13 isolats Profil 3 : 3 isolats
Relation possible entre les isolats à travers les années et les différentes filières
90.5
92.1
88.4
XbaI-BlnI
100
95
90
S18TYP007
S18TYP008
S18TYP014
S18TYP015
S18TYP022
S16LNR1595
S17LNR0045
S17LNR0059
S18TYP001
S18TYP002
S18TYP003
S18TYP004
S18TYP023
S18TYP024
S13LNR1517
S18TYP025
S14LNR2052.
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Elevage 1
Elevage 1
Elevage 2
Elevage 2
Bovin 1
Elevage 5
Elevage 3
Elevage 6
Elevage 7
Elevage 7
Elevage 5
Elevage 5
Véhicule 1
Bovin 2
Elevage 1
Véhicule 2
Elevage 6
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2017
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2017
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2016
2017
2017
2017
2017
2017
2017
2017
2017
2013
2017
2014
Caractérisation des souches par Puseld Field Gel Elect.
17 isolats : Restriction enzymatique par XbaI et BlnI
4 profils génotypiques distincts
Séparation du profil 3 en deux profils
(3a et 3b) contenant respectivement 2
et 1 isolats
Relation entre ces isolats au sein d’une
même zone géographique:
Au cours des années
Entre les bâtiments d’élevages
A travers les différentes filières bovine
et avicole
Orientation des résultats vers une origine de contamination commune
1
2
3a
3b
Analyse des séquences par cgMLST
Souches françaises regroupées dans 1 cluster
Bien que différentes, elles sont
phylogénétiquement proches entre elles
Phylogénétiquement distantes des autres
souches européennes
Conclusions
Importance de la réglementation dans la mise en place des moyens de lutte contre Salmonella
Le LNR est appui scientifique pour la DGAl et son réseau de laboratoire
Meilleure discrimination entre les isolats grâce au WGS
Souches de S. Enteritidis circulant dans une même zone géographique
Implication d’un véhicule motorisé
Lien épidémiologique entre les filières ?
Importance de maintenir la surveillance des salmonelles en élevages en France
Perspectives
Mise en place du séquençage WGS au LNR lors d’enquêtes éidémiologiques
Collecte de données sur la présence de Salmonella dans des élevages multi-filères en France
laetitia.bonifait@anses.fr
Remerciements
Equipe du LNR Salmonella
Unité Hygiène Qualité des Produits Avicoles et Porcins (ANSES)
François Guillon (Direction Générale de l’Alimentation)
SPACE, 11 Octobre 2019
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