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Projet Génie Logiciel & UML,Bases de Données & Interfaces
CAMPAN AmandineDUMOUSSEAU MarinePIHAN Emilie
GB5Option BIMB2008 - 2009
Création du système d’informationd’un laboratoire de biologie :
sujet, contexte et limites
Objectifs
• Créer une base de données : stocker les expériences, gérer les accès aux résultats
• Créer une interface web : requêtes sur la base de données, affichage des résultats
• Créer 3 interfaces pour 3 types d’expériences : visualiser les résultats spécifiques
3
Contexte et limitations
Expérience :-Expérimentateurs = auteurs- Pas toujours publiée- Un seul type de système- Un antécédent (unique) ou aucun
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Expérience AExpérience A
Expérience BExpérience B Expérience CExpérience C Expérience DExpérience D
Expérience EExpérience E
Contexte et limitations
Accès aux expériences et aux résultats :
• Expériences dans la base de données terminées => toujours un résultat (celles en cours ne sont pas dans la base de données)
• Personnel du laboratoire : pas de limites d’accès si authentifié
• Public extérieur : accès limité aux expériences publiques
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Contexte et limitations
Autres :
• Interface permettant d’ajouter une expérience à la base de données non prise en charge
• Bibliographie : lien vers l’article disponible en ligne
• Création et suppression d’un compte non gérées
• Membre du laboratoire : appartient à une seule équipe
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Implémentation :base de données et interfaces
Schéma relationnel
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Interfaces
• Mise en page : feuille CSS
• Programmation procédurale
• Programmation orientée objet :• Classe Resultat : récupère et affiche la partie commune des résultats
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Démonstration
Plan
• Introduction au site : accueil, personnel, contact
• Recherche rapide : ID = 3, utilisateur public
• Recherche rapide : ID = 2, utilisateur public et membre du laboratoire (connexion/déconnexion), liens
• Recherche avancée et consultation des résultats
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Premier type de résultat :Spectrométrie de masse
Marine Dumousseau
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Représentation du résultat
• Différentes représentations : solution de l'image
Spectre Graphique Tableaux
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Limites
Données complémentaires
Pouvoir combiner les données brutes avec des données extérieures (tableaux et graphiques)
Schéma de la base
15
1
1
n
1
Interfaces
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• Programmation orientée objet :• Classe Resultat_Marine : hérite de la classe Résultat. Récupère et affiche les résultats de type spectrométrie de masse• Classe Technique_Marine : récupère et affiche les détails de la technique
Démonstration
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• Cas de consultation des détails des résultats de
spectrométrie de masse
• Cas de consultation des détails concernant le
type de spectrométrie de masse utilisée
Second type de résultat :Figure
Emilie Pihan
BD
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GL/UML
Classe Resultat_Emilie:
- héritage de la classe Resultat
- nouveaux attributs :--> intitulé--> figure --> légende
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Troisième type de résultat :Histogramme
Amandine Campan
Choix
• Résultats quantitatifs : représentation en histogramme
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• exemples : tests de viabilité cellulaire, profils d’expression (sRNAs) par puces à ADN … Figure : Tests de viabilité
cellulaire chez différentes souches de Staphylococcus aureus
Base de données
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• Création d’une table :
Histogramme (Id_Experience : int(11), Legende : varchar(20), Valeur : float)
• Stockage des données quantitatives (pas de l’image) pour correspondre au mieux à la réalité
Interface
• POO, héritage
• Requête SQL => listes des valeurs et des légendes
• Utilisation de la librairie graphique « Artichow » (http://www.artichow.org/) : classe BarPlot (histogrammes) 24
ResultatGraphique- Valeur- Légende- Id_Experience
Resultat- Resume- Interpretation- Id_Experience- Type
Interface
• Création de l’image du graphique par un fichier PHP « indépendant » (<img src='graphiqueAmandine.php' alt='Graphique'/>)
•Affichage de l’histogramme que si valeurs dans BD, sinon message d’erreur
• Mise en page : ajout de 2 divisions dans le fichier CSS (histogramme et légende)
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Démonstration
• Résultats expérience 35
• Résultats expérience 36
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Merci de votre attention …
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