orthophonistes3 2011-5-pub med

www.upmc.fr

Université Pierre-

et-Marie-Curie

Formation_Bu_Medecine

(at)scd.upmc.fr

Orthophonistes 3e année

PubMed

• Élaborer une stratégie de recherche

• Les outils de recherche

– Recherche sur Internet

– Catalogues de bibliothèques

– Ebooks et revues en ligne

– Bases de données : EM-Premium, banque de

données de l’UNADREO, base Saphir,

SantéPsy, PsycINFO + Pascal (aperçu),

Science Direct, Web of Science

– PubMed 2

PubMed / MedLine :

présentation

- MEDLINE (Medical Literature Analysis and

Retrieval System Online)

- Base de données bibliographiques

(= références d’articles ≠ texte des articles) en

sciences biologiques et biomédicales

- Base gérée et mise à jour par la bibliothèque

nationale de médecine des États-Unis (NLM)

3

PubMed / MedLine : contenu

- MedLine = le contenu (base de données)

≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine

+ autres bases)

- 20 millions de références d’articles, tirés de

5 000 revues, depuis les années 1950

- Une centaine de titres français

4

Liste des revues

5

Chercher une revue

6

Trouver le titre abrégé

7

PubMed via JUBIL

PubMed est accessible gratuitement sur

Internet mais si on passe par JUBIL pour

s’y connecter :

On garde l’interface classique

+ lien vers texte intégral si nos

bibliothèques sont abonnées

8

PubMed via JUBIL

9

PubMed via JUBIL

Accès distant possible, quand on se connecte

depuis chez soi ou dans son service !10

Interroger PubMed

• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais

• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefshiérarchisés : le MeSH

• MeSH pour Medical Subject Headings

• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = DownSyndrome = Mongolism)

+ permet de chercher sur le sujet seulement des articles : exemple dela revue Cell ou du docteur Cell

+ permet de réaliser des recherches fines, en allant du général auparticulier

11

Qu’est-ce que le MeSH ?

- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,

répartis en 16 grandes catégories

- Mise à jour annuelle

- Traduction française

par l’INSERM

12

Exemple d’un terme dans

l’arborescence du MeSH (on part du

général pour arriver au plus précis)

13

Un même terme peut appartenir à

plusieurs arborescences

Le MeSH est accessible via PubMed

15

Recherche en anglais

Ex. de recherche sur le troubles de la

parole

En anglais : Speech Disorders

16

On cherche le terme dans le MeSH

17

Détail d’un terme MeSH

18

Choix du qualificatif et

construction de la requête

19

Termes majeurs / Explosion

20

AB AD AE AG AA AN AH AI BI BS BL CF CS CI CH CL CO CN CT CY DF DI DU DH DE DT EC ED

Abnormalities Administration and Dosage Adverse Effects Agonists Analogs and Derivatives Analysis Anatomy and Histology Antagonists and Inhibitors Biosynthesis Blood Supply Blood Cerebrospinal Fluid Chemical Synthesis Chemically Induced Chemistry Classification Complications Congenital Contraindications Cytology Deficiency Diagnosis Diagnostic Use Diet Therapy Drug Effects Drug Therapy Economics Education

EM EN EP ES EH ET GE GD HI IM IN IR IS IP LJ MA ME MT MI MO NU OG PS PY PA PK PD PH

Embryology Enzymology Epidemiology Ethics Ethnology Etiology Genetics Growth and Development History Immunology Injuries Innervation Instrumentation Isolation and Purification Legislation and Jurisprudence ManpowerMetabolismMethodsMicrobiologyMortalityNursingOrganization and AdministrationParasitologyPathogenicityPathologyPharmacokineticsPharmacologyPhysiology

PP PO PC PX RE RA RI RT RH SC SE ST SN SD SU TU TH TO TM TR TD US UL UR UT VE VI

PhysiopathologyPoisoningPrevention and ControlPsychologyRadiation EffectsRadiographyRadionuclide ImagingRadiotherapyRehabilitationSecondarySecretionStandardsStatistics and Numerical DataSupply and DistributionSurgeryTherapeutic UseTherapyToxicityTransmissionTransplantationTrendsUltrasonographyUltrastructureUrineUtilizationVeterinaryVirology

Le MeSH comprend 83 qualificatifs

Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé

qu’avec certains qualificatifs

Les qualificatifs du MeSH

21

Combinaison avec un autre terme

22

23

Combinaison avec un autre terme

24

Chercher à partir du français

Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français

• On détermine un mot-clef intéressant en

français

• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le

MeSH français

• Le site du CISMeF propose la traduction

française du vocabulaire MeSH

25

Équivalent du mot-clef dans le MeSH

français : http://pts.chu-rouen.fr

26

Exemple : troubles de la parole

27

Place du terme dans l’arborescence MeSH

28

Étape 2 : choix des qualificatifs

29

30

Étape 3 : on lance la recherche depuis CISMeF

Intérêt du CISMeF : les articles récents

• Ex. de recherche sur les thérapies pour l’écholalie

31

Intérêt du CISMeF : les articles récents

• Ex. de recherche sur les thérapies pour l’écholalie

• Terme Mesh : Echolalia

• Formule de recherche standard :

• "echolalia/therapy"[MH]

• CISMeF : "echolalia/therapy"[MH] OR ((("mixed dysarthrias"[TIAB] OR "mixed

dysarthria"[TIAB] OR "stutter"[TIAB] OR "stammering"[TIAB] OR "echo reaction"[TIAB] OR

"logorrhoea"[TIAB] OR "slurring"[TIAB] OR "aprosodia"[TIAB] OR "dysarthrias"[TIAB] OR

"developmental stuttering"[TIAB] OR "verbal fluency disorders"[TIAB] OR "flaccid

dysarthria"[TIAB] OR "slurred speech"[TIAB] OR "speech disorder"[TIAB] OR "stuttering"[TIAB]

OR "dyslalias"[TIAB] OR "childhood stuttering"[TIAB] OR "aprosodias"[TIAB] OR "scanning

dysarthria"[TIAB] OR "dyslalia"[TIAB] OR "dysglossia"[TIAB] OR "cluttering"[TIAB] OR

"aprosodic speech"[TIAB] OR "dysarthria"[TIAB] OR "speech disorders"[TIAB] OR "acquired

stuttering"[TIAB] OR "echolalia"[TIAB] OR "rhinolalia"[TIAB] OR "spastic dysarthria"[TIAB] OR

"adult stuttering"[TIAB] OR "rhinolalias"[TIAB] OR "volubility"[TIAB]) AND ("therapy"[TIAB] OR

"disease management"[TIAB] OR "therapeutic"[TIAB] OR "treatments"[TIAB] OR

"treatment"[TIAB] OR "therapeutic procedure"[TIAB] OR "th"[TIAB] OR "therapeutics"[TIAB]))

NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[sb]))

32

Sans CISMeF

33

Avec CISMeF

34

Recherches très spécifiques avec

des termes absents du MeSH

• Utiliser [TIAB] = recherche du terme dans

les titres et résumés des articles

• Ex. : dose intégrale en radiothérapie :

« integral dose »

– "integral dose" [TIAB] : 312 résultats

– "integral dose" [TIAB] AND radiosurgery [MH]

: 23 résultats35

Les limites…

36

Limiter le nombre de résultats (par langue, type de

document, population…)

37

Pourquoi utiliser le MeSH ?

• Recherche dans PubMed

– Avec « moelle épinière » : 56 articles seulement

– Avec « moelle spinale » : 2 articles seulement

– Avec « spinal cord » (directement) :

plus de 142 000 articles

– Avec « spinal cord [MeSH] » : 72 000 articles

– Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » :

2 600 articles

38

Combiner les termes recherchés

• Opérateurs booléens (en majuscules)

AND / OR / NOT

• (AND) par défaut (en majuscule !)

• Troncature (transpl*) + guillemets

(« kidney allograft »)

39

Consulter les articles trouvés

• Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL)

• En ligne, sur les postes des bibliothèques

• Et maintenant de chez vous, via l’accès

distant

40

Exemple d’article accessible

41

42

Chercher un auteur

• Rentrer son nom et l’initiale de son prénom

• PubMed comprend qu’on cherche une personne

43

Alertes et historiques

• Fil RSS sur une recherche

• Historique automatique, conservé 8 heures,

accessible via la recherche avancée

Utilisation optimale documentation médicale44

« Single Citation Matcher »

• Recherche par auteur / revue / date

• Pour retrouver une référence d’article précise

45

Création de compte gratuit : My NCBI

Intérêts :

– Sauvegarder ses résultats

– Sauvegarder ses recherches habituelles

– Créer des alertes (RSS ou courriel)

– Appliquer des filtres automatiques sur les

résultats

46

Création de compte gratuit : My NCBI

47

Création de compte gratuit : My NCBI

48

Création de filtres pour les recherches

49

Création de filtres pour les recherches

50

On cherche le filtre JUBIL

Utilisation optimale documentation médicale51

Les résultats sont triés

52

Les résultats sont triés

• JUBIL : articles parus dans des revues accessibles en ligne via JUBIL (5 500 revues)

• ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP (300 revues)

• ifrbinslib : articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm

53

Liens vers les PDFNe fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’université

ou de l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL)

54

Avant de partir…

Un petit questionnaire d’évaluation de la

formation, qui se remplit en 2 minutes :

www.tinyurl.com/formmedupmc

Merci d’avance

FINMerci de votre attention