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Laurent Andréoletti (PU-PH)
Laboratoire de Virologie Médicale et Moléculaire, EA/IFR53
CHU et Faculté de Médecine de Reims
Anciens et Nouveaux
Virus Respiratoires
Virus et Infections Respiratoires
• Infections respiratoires hautes
• Infections respiratoires basses
Rhinite
Laryngite
Pharyngite
Bronchites
Pneumonies
Otite
Enfants <2ans/ 0-5 ansAdultes immunocompétents Adultes immunodéprimésPersonnes âgées > 65ans
Communautaires et /ouNosocomiales
Bronchiolites
Incidence annuelle de la pneumonie communautaire aiguë Enfants > adultes de moins 75 ans ++ Enfants de moins de 5ans: 34 to 40 cases per 1000 (Europe et
USA)
Pays en voie de développement =Europe = USA
Infections Respiratoires Communautaires
Etiologie des pneumopathies communautaires aiguës de l’enfant Virale dans 25 à 60 % des cas
McIntosh K, NEJM, 2002
McIntosh K, NEJM, 2002
Virus et Infections Respiratoires Basses de l’Enfant
Bronchiolite
460 000 cas /an (30 % de la population des moins de 2 ans)
Hospitalisations: augmentation de 9 % par an
Bronchiolites récidivantes= d’hyperréactivité bronchique développement de l’asthme infantile
Exacerbation de l’asthme infantile
100 000 consultations /an aux urgences en France (2006)
McIntosh K, NEJM, 2002
Virus et Infections Respiratoires Basses
de l’Enfant En 2002
BOCAVIRUS Parvoviridae ADNPOLYOMAVIRUS KI & HU Polyomaviridae ADN
Anciens et Nouveaux Virus Respiratoires en 2008
Virus et Pathologies Respiratoires
• Infections respiratoires hautesInfections respiratoires hautes
• Infections respiratoires basses Infections respiratoires basses
RVH, Coronavirus , hMPV para influenza: Rhinite
ParaInfluenza Laryngite
Adenovirus Parainfluenza Pharyngite
Bronchites
Pneumonies
VRS, Adenovirus Otite
BronchiolitesVRS, Influenza ParaInfluenzaCoronavirus NL63,HKU
hMPVBocavirusPolyomavirus KI, HU
Anciens virus nouvellement identifiés
Physiopathologie des Infections virales Respiratoires
VRS: la réponse inflammatoire participe au pouvoir pathogène
Days after infection
Oppenshaw, 2007 ESCV, Lyon
Epidemiologie des infections respiratoires virales
HRVs
RSV
HMPV
EVs
EVs
HMPV
HRVs
RSV
Infections virales au cours du temps chez des enfants souffrant de Bronchiolite
Jacques et al. JCV 2006 Jaarti et al. EID 2004
Possibilités de co-infections respiratoires
Pourquoi documenter les infections virales
respiratoires ??
Permet d’établir un diagnostic étiologique
Meilleure prise en charge des patients
Prévention des infections nosocomiales
Diminution de la prescription inadaptée d’Antibiotiques
Utilisation rationnelle d’antiviraux
Suivi épidémiologique et virologique
Infection virale respiratoire : Le prélèvement nasopharyngé
Prélèvement de référence en pédiatrie chez les 0 à 4 ans(CDC , WHO , 2007)
A
B
Infection virale respiratoire : Le prélèvement nasal
Prélèvement nasopharyngé à stocker à 4°c
Prélèvement de référence pour les virus Influenza chez l’adulte (Invs 2008)
Virocult
Pasteur CNR grippeGROG
Diagnostic virologique
• Recherche des anticorps = Sérologie = Diagnostic indirect
• Recherche du virus ou de ses constituants = Diagnostic direct
Diagnostic virologique directDiagnostic virologique direct
Culture cellulaire classique: MRC-5MA-104 MDCK
Detection des Antigènes viraux par IF ou techniques EIA
Séroneutraisation sur culture par Ac
Detection moléculaire et identification par séquençage moléculaire:PCR Temps réelPCR Temps réel, TA cloning, séquençage des gènes codant pour les protéines de surface ou de capside
G CG G T G A CT C A T C G A C C T G A T C T A C A C T GGG G T A G T G C T G AG
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730
2158 2557
1200
0
MA-104 MA-104
Influenza B
Influenza A
VRS
Para influenza I, II, III
Adénovirus
uv
Microscope
Anticorps monoclonal
Détection des antigènes viraux par Immunofluorescence
Cellule épithéliale respiratoire
Rendu des résultats en 4 heures
Identification
Rendu des résultats en 3 à 6 jours
Cellules permissives En culture
Anticorps monoclonaux
Cellule épithéliale respiratoire infectée
virus libres
Détection des virus respiratoires par culture cellulaire
Diagnostic virologique moléculaireDiagnostic virologique moléculaire
Detection moléculaire et identification par séquençage moléculaire:
PCR Temps réelPCR Temps réel TA cloning, séquençage
Développement des test de RT-PCR Temps réel multiplex (9 à 12 virus respiratoires)
Augmentation significative des taux de détection des virus respiratoires
+ 40 à +65 % de positivité
Barrettes de 8 puces à ADN
Exemple d’interprétation d’une puce à ADN Genomica. Positif RSV A et Bocavirus
Carré servant à aligner la Grille
de lecture
Carré servant à aligner la Grille
de lecture
Carré servant à aligner la Grille
de lecture
Témoin de révélation
Témoin de révélation
CI
CI
CI
RSV ARSV A
RSV A
BOC 1BOC 1
BOC 1
BOC 2 BOC 2
BOC 2
Diagnostic virologique classique des souches virales
Virus Influenza B
Virus Influenza A
< 3 jours après le début des signes cliniquesEcouvillons- Nez-pharynx-Aspiration Rhinopharyngée
Examen immédiatImmunofluorescence (IF), EIA
Détection des antigènes NP A&B30Min. à 2 heures
RT-PCR2 jours
Culture virale, Labo L2MDCK+Trypsine
2 à 4 jours
IF
IF
Test rapide EIA
CONCLUSIONS
Virus respiratoires : Rôle dans la bronchioliteExacerbation de l’asthme infantileInfections graves chez les greffés de poumonsInfections communautaires en réanimationInfections nosocomiales
Virus nouvellement découverts: BOCAVIRUS, SAFFOLD, hMPVrôle agent étiologique ou de cofacteur à démonter !!
Virus respiratoires : diagnostic classique; culture cellulaire, EIA, IF
Virus respiratoires : Diagnostic MoléculaireRT-PCR multiplex,
Avenir puces ADN: combinaison: bactéries+virus
Virus émergents : Recombinaison virus animal et humain: coronavirus, influenzaRisque pandémique!!
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