définitions du terme « organique » organique : adj. qui a rapport aux organes ou aux êtres...
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Définitions du terme « organique »
• Organique : adj. Qui a rapport aux organes ou aux êtres
organisés : la vie organique ; maladie organique. Fonctions
organiques, fonctions de nutrition. Chimie organique, partie de la
chimie qui comprend l’étude des composés du carbone, dont
beaucoup existent dans les tissus vivants.
(Petit Larousse, 1967, 30ème édition)
• Organique : adj. Relatif aux organes, aux tissus vivants, aux êtres
organisés, à la constitution de l’être. Relatif à la chimie du carbone.
(Dictionnaire Larousse, 1980)
Métaux ou cations métalliques chez l’être humain
Métal Symbole Z masse molaire(g.mol-1)
g/75Kg
Sodium Na 11 22,99 70-120
Magnésium Mg 12 24,31 25
Potassium K 19 39,10 160-200
Calcium Ca 20 40,08 1100
Vanadium V 23 50,94 0.015
Chrome Cr 24 52,00 0.002
Manganèse Mn 25 54,94 1
Fer Fe 26 55,85 4-5
Cobalt Co 27 58,93 0.0012
Cuivre Cu 29 63,55 0.080-0.120
Zinc Zn 30 65,37 2-3
Molybdène Mo 42 95,94 0.01
Métaux traces chez l’être humain
Fer(FeSO4.7H2O)
Cuivre(CuSO4.5H2O)
Cobalt(CoCl2.6H2O)
Structure de la Vitamine B12
Structure de certains Métallobiosites
Octaèdre
TétraèdrePyramide à base carrée
FeO
O His
Tyr
Asp
Tyr
CO
L ML
L
L
L
ML
L L
L
Bipyramide à basetriangulaire
carré plan
TransferrineVitamine B12
Anhydrase carbonique II
Hémoglobine-O2 Hémoglobine-H2O
Hémoglobine
Exemples de potentiels redox normaux usuels
--
--
--
--
F2 gaz 2,87 F-
V
E° (Volt)
Pouvoir oxydantcroissant
Pouvoir réducteurcroissant
--
--
--
--
--
--
--
MnO4- 1,51 Mn2+
Na+ -2,71 Na solide
Zn2+ -0,76 Zn solide
Fe2+ -0,44 Fe solide
H3O+ 0,00 H2 gaz
Cu2+ 0,35 Cu solide
Fe3+ 0,77 Fe2+
Ag+ 0,80 Ag solide
O2 gaz 1,23 H2O
Cl2 gaz 1,36 Cl-
--Cu+ 0,52 Cu solide
--Cu2+ 0,17 Cu+
Fonctions métaboliques essentielles du Cuivre
Galactose oxydase de l’Aspergillus nidulans
Structure du métallobiosite de la Galactose oxydase
Galactose
C
OHH
CH2OH
HHO
OHH
OHH
O H
2
1
6
5
4
3
C
OHH
CH2OH
HHO
HHO
OHH
O H
2
1
6
5
4
3
D-Glucose D-Galactose
C
OHH
C
HHO
HHO
OHH
O H
2
1
6
5
4
3
OH
Oxydation
forme oxydéeen position 6 du
D-Galactose
VV
épimères(différenciés par
un carbone assymétrique)
O
HO
H
H
HO
H
OHOHH
H
OH
O
HO
H
H
HO
H
HOHH
OH
OH
O
HO
H
H
HO
H
OHOHH
H
O
O
HO
H
H
HO
H
HOHH
OH
O
Oxydation
-D-Galactose -D-Galactose
Formes linéaires Formes cycliques
Mécanisme d’action de la Galactose oxydase
Tyr495
O
Cu(+II)OTyr272
Cys228 SH
Tyr495
O
Cu(+II)OTyr272
S
Cys228
OH
H HR
Tyr495
OH
Cu(+II)OTyr272
S
Cys228 O
H HR
-
Tyr495
OH
Cu(+II)OHTyr272
S
Cys228 O
H
-
R
Tyr495
OH
Cu(+I)OHTyr272
S
Cys228 O
H R
Tyr495
OH
Cu(+II)OHTyr272
S
Cys228 O
H R
O2
H2O2
Radicalcétyle
O2-
Tyrosinase de la moisissure de patate douce
Structure du Métallobiosite de la Tyrosinase
Mécanisme d’action de la Tyrosinase
OH
OH
O
O
O2
Cu CuN
N
N
N
OH
Cu CuON
N O
N
N
Cu CuON
N O
N
N
O O
Cu CuN
N OH
N
N
O O
Cu CuN
N OH
N
N
Cu CuON
N O
N
N
O H
Cu CuN
N OH
N
N
O O
OH
OH
2 H+
O
O+ H2OH+
H+
H2O +
H+
3 H+
Oxydation(diphénolase)
OH
OH
2 H+
+ H2O
Oxygénation(mono
phénolase)
1 22
Laccase du Trametes versicolor
Structure du métallobiosite des Laccases
Mécanisme d’action des Laccases
Cu2+ Cu2+
Cu2+
Cu2+OH
OH
T2 T3 T1
Cu2+ Cu2+
Cu2+
Cu+OH
OH
Cu+ Cu2+
Cu2+
Cu2+OH
Cu2+ Cu2+
Cu+
Cu2+
OH
S S+ H+ H2O
Cu+ Cu2+
Cu2+
Cu+OH
Cu2+ Cu2+
Cu+
Cu+
OH
S
S+
Cu2+ Cu+
Cu+
Cu2+
Cu+ Cu2+
Cu+
Cu2+
H+
H2OCu2+ Cu+
Cu+
Cu+
Cu+ Cu2+
Cu+
Cu+ SS+
Cu+ Cu+
Cu+
Cu2+
Cu+ Cu+
Cu+
Cu+
H+
H2O
O2 + H2O + 2 H+
H2O
S
S+
Quercétinase de l’Aspergillus japonicus
Structure du Métallobiosite des Quercétinases
Mécanisme d’action des Quercétinases
O
OH
OOH
HO
OH
OH
O
O
OOH
HO
OH
OH
-
O
O
OOH
HO
OH
OH
Cu(+I)
2,3-QD
(Glu73)
O O
O
O
OOH
HO
OH
OH
Cu(+I)
OO
O
O
OOH
HO
OH
OH
Cu(+I)
OO
O
O
OOH
HO
OH
OH
Cu(+I)
OO
O
OOH
HO
O
OH
-
2,3-QD
2,3-QD
(Cu(+I))
OH
+ CO
depside
(Cu(+II))
O
34
Propriétés pro-oxydantes de la Quercétine
O
OH
OOH
HO
O
O
O
OH
OOH
HO
OH
OH
O
OH
OOH
O
OH
OH
O
OH
OOH
HO
OH
O
GSH
GS
GSSG
GS
O2-
H2O2
O2-
H2O2
radical phénoxyo-semiquinone
o-quinone
espèces pro-oxydantes
GS
GSH
Vitamine B12 et analogues
Cobalamineou
Cyanocobalamine
Co
CH3
Co
O
HOOH
NN
NN
NH2
Méthylcobalamine
5-Déoxyadénosylcobalamineou
co-enzyme de la Vitamine B12
Réaction de transfert d’un groupement méthyle
HN
N NH
N
O
H2N
R
CH3
HN
N NH
HN
O
H2N
R
Co(+I)
Co(+III)
N
N
Co(+II)
N
N
CH3
Méthionine
Homocystéine
H2N COOH
SCH3
H2N COOH
SH
e-
CH3-H4 folate
H4 folate
Anhydrase carbonique humaine II ou CA II
Métallobiosite de l’Anhydrase carbonique humaine II
H2O
Mécanisme de l’hydratation de CO2 par CA II
Enz Zn OH + CO2-
Enz Zn OH-
His64
Enz Zn HCO3-
Enz Zn OH2 + HCO3-
Enz Zn OH-
Enz Zn OH2
His64
H2O
His64- His64
Tampon- Tampon-H+ His64
Mécanisme de l’hydratation de CO2 par CA II
HO
N
O
HO
Zn2+
Thr199
H
HO
N
O
HO
Zn2+
HO
CO
HO
N
O
HO
Zn2+
H
O
C
O
-
HO
N
O
HO
Zn2+
H
H
C
O
O
H2O
+ Tampon
- Tampon-H+
HCO3- +
BrO3 HBrO2 + HOBr
Br2
Br
BrO2
Br
Br
Br COOH
COOH
COOH
COOH
Ce (III) Ce (IV) +
Br
ferroïne
HBrO2
Br
bromure
bromate acide bromeux acide hypobromeux
radicauxbromeux
Mécanisme simplifié de la réaction de Belousov-Zhabotinsky
Demi-équation rédox de l’acide ascorbique
O
HO OH
OHO
HO
O
O O
OHO
HOOxydation
Réduction
AcideAscorbique
AcideDéhydroascorbique
+ 2 H+ + 2 e-
Mécanisme de perméation de la BHE
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