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CAS CLINIQUE n°3
Dr C. Charasse / Dr J. Van-Gils – CHU Bordeaux
17/10/2017
N. 10 mois
• Dyspnée depuis la naissance
• Encombrement et sibilants chroniques bilatéraux
N. 10 mois
• Dyspnée depuis la naissance
• Encombrement et sibilants chroniques bilatéraux
• Examens complémentaires :– GB 19,3 G/l dont 3 G/l PNN,13,5 G/L Ly
– Hb 12,1g/dl, PLT 616 G/l
– Test sueur 14 mmol/l
• Situs Inversus
• Situs Inversus
• Hypothèses
diagnostiques ?– Syndrome de
Kartagener
• Situs Inversus
• Hypothèses
diagnostiques ?– Syndrome de
Kartagener
Dyskinésie ciliaire
primitive
– Modalités
diagnostiques ?
Suspicion dyskinésie ciliaire primitive
• Démarche diagnostique repose sur un faisceau
d’argument
• Lesquels ?
Suspicion dyskinésie ciliaire primitive
• Démarche diagnostique repose sur un faisceau
d’argument
• Lesquels ?
• Score de PiCaDar
Score de PiCaDar
Score de PiCaDar
Explorations réalisées
• Fibroscopie :– sécrétions verdâtres rhinopharynx, trachée et bronches
– > 25 leuco/champ, 10^5 Haemophilus Influenzae
– Biopsies :
• Microscopie optique : pas de battement ciliaire
Explorations réalisées
• Fibroscopie :– sécrétions verdâtres rhinopharynx, trachée et bronches
– > 25 leuco/champ, 10^5 Haemophilus Influenzae
– Biopsies :
• Microscopie optique : pas de battement ciliaire
Confirmation diagnostic DCP
En réalité…diagnostic difficile
• Actuellement pas de gold standard
En réalité…diagnostic difficile
• Actuellement pas de gold standard
• Pathologie rare (1/10 000)
• Sous diagnostiquée
En réalité…diagnostic difficile
• Actuellement pas de gold standard
• Multiplicité des phénotypes car hétérogénéité
génétique avec conséquences variables :– Anomalies morphologiques
– Anomalies fonctionnelles des cils
• 36 mutations connues, identifiant seulement 60 %
patients
En réalité…diagnostic difficile
• Actuellement pas de gold standard
• Multiplicité des phénotypes car hétérogénéité génétique avec conséquences variables :– Anomalies morphologiques
– Anomalies fonctionnelles des cils
• 36 mutations connues, identifiant seulement 60 % patients
• Faisceau d’arguments cliniques guidant la réalisation d’examens complémentaires
Critères cliniques
Critères cliniques
• Infections VA récurrentes < 1an
Critères cliniques
• Infections VA récurrentes < 1an
• Associées à l’un des signes suivants
Critères cliniques
• Infections VA récurrentes < 1an
• Associées à l’un des signes suivants• Situs inversus/hétérotaxie
• DRNN inexpliquée
• Rhinite per annuelle < 1an, OSM avec otorrhée
• Encombrement < 1an, DDB
• DCP familiale, stérilité
Modalités diagnostiques
Modalités diagnostiques
• Mesure NO nasal– Effondré => en faveur DCP mais 6 % faux négatifs
Modalités diagnostiques
• Mesure NO nasal– Effondré => en faveur DCP mais 6 % faux négatifs
• Etude FBC en MO (N : 8-11 hz)– Si FBC = 0 => DCP confirmée
– Faux négatifs, prélèvements
Modalités diagnostiques
• Mesure NO nasal– Effondré => en faveur DCP mais 6 % faux négatifs
• Etude FBC en MO (N : 8-11 hz)– Si FBC = 0 => DCP confirmée
– Faux négatifs, prélèvements
• Etude VHMF– Prélèvements et expertise
Modalités diagnostiques
• Mesure NO nasal– Effondré => en faveur DCP mais 6 % faux négatifs
• Etude FBC en MO (N : 8-11 hz)– Si FBC = 0 => DCP confirmée
– Faux négatifs, prélèvements
• Etude VHMF– Prélèvements et expertise
• Analyse structurale en ME– Prélèvements, expertise
– 20-30% FN
Modalités diagnostiques
… et la génétique ?
Avant le haut débit…
Séquençage par technique de Sanger
TAGCTAGCTCTC*TAGCTAGCTCTCG*TAGCTAGCTCTCGA*TAGCTAGCTCTCGAT*TAGCTAGCTCTCGATC*TAGCTAGCTCTCGATCG*
TAGCTAGCTCTCGATCGCT*TAGCTAGCTCTCGATCGC*
TAGCTAGCTCTCGATCGCTG*
+
Caractéristiques des technologies de NGS
Sanger : 96 ADNs différents analysés en une fois
(fragments de 700 bp)
� Exemple : DMD, 79 exons codants
• NGS : millions d’ADN différents analysés en une fois
NGS : millions d’ADN différents analysés en une fois
(séquençage à haut débit, Next Generation Sequencing NextGen
Sequencing, NGS, Massively Parallel Sequencing )
Saut technologique
Historique
2003: Séquençage du
génome humain
(~3 milliards de $, 13 ans)
2007: Séquençage d’un
individu
(JC Venter)
Méthode Sanger
(Levy et al. Plos Bio
2007)
2008: Séquençage
d’un individu
(J.D Watson)
Méthode haut débit
(454 Roche)
(Wheeler et al. Nature
2008)
(1 million de $, 2 mois)
NGS: panel de gènes VS Exome
Librairie par capture Séquençage haut débit
Pipeline bioinformatique
.fastq Alignement .bamVariant calling
.vcf
.fastq Alignement .bamVariant calling
.vcf
245 millions de lignes
Pipeline bioinformatique
.fastq Alignement .bamVariant calling
.vcf
Pipeline bioinformatique
.fastq Alignement .bamVariant calling
.vcf
Pipeline bioinformatique
Annotation et filtrage des variants
.vcf Annotation Filtrage Résultats
≈20000-50000
variants0-2 variants
Annotation et filtrage des variants
• Fonction du gène
• Bases de données de variants:
• Patients atteints : HGMD, Clinvar, etc…
• Cohorte de population générale : ExAc
• Prédiction de l’effet du variant sur la protéine :
• Type de variants
• Logiciels de prédiction
DCP et panel NGS
• Laboratoire du CHU de
Lille
• Analyse de 36 gènes
impliqués dans les
bronchectasies
• Importance de la clinique
pour l’interprétation des
résultats
DCP et panel NGS
• Laboratoire du CHU de
Lille
• Analyse de 36 gènes
impliqués dans les
bronchectasies
• Importance de la clinique
pour l’interprétation des
résultats
DCP et panel NGS
• Laboratoire du CHU de
Lille
• Analyse de 36 gènes
impliqués dans les
bronchectasies
• Importance de la clinique
pour l’interprétation des
résultats
BIBLIOGRAPHIE
• PICADAR: a diagnostic predictive tool for primary ciliary dyskinesia, L. Behan, 2016
• ERS guidelines for the diagnosis of primary ciliary dyskinesia, 2017
• Clinical care for primary ciliary dyskinesia : current challenges and future directions,
Rubbo, 2017
• Dyskinésie Ciliaire Primitive: vers un nouvel algorithme diagnostic ?, A. Tamalet
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