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Coproculture
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Indications: diarrhe aigu
Selon loms: diarrhe aigu = mission dau moins 3
selles liquides et/ou molles par jour depuis moins de14 jours
Si volution > 2 semaines: diarrhe persistante
Si volution > 4 semaines: diarrhe chronique
Gnralits
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Toutes les diarrhes aigus ne sont pas infectieuses
Les diarrhes infectieuses ne sont pas toutes bactriennes
Au final Interrogatoire minutieux
Aspect selles
Symptmes associs
Terrain
Gravit
volution clinique
Gnralits
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Gnralits
Flore commensale du tube digestif:Bactries anarobies (99%)Bactries arobies: entrobactries+++
Jeunes enfants nourris au lait maternel:Bactries acidophiles (Bifidobacterium, Lactobacillus,
Enterococcus) qui s'opposent l'implantation des
entrobactries par la cration d'un ph acide
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Rappels sur la flore commensale intestinale
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Gnralits
Cette flore va progressivement se modifier en fonctiondes habitudes alimentaires
Rle de l'environnement: hospitalisation: bactriestypiquement d'origine hospitalire (Pseudomonasaeruginosa,Staphylococcusaureus) dans la flore
intestinale
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Gnralits
Les mcanismes physiopathologiques varient selonles bactries impliques
-Les bactries entro-invasives
-Les bactries entrotoxinognesCelles qui scrtent sur place les toxines au niveau de
l'intestin grle
Celles qui scrtent leurs toxines dans lalimentingre: TIAC
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Germes pathognes invasifs
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Germes pathognes invasifs
Shigella
Pntration dans la muqueuse colique
Multiplication - ulcrations
Clinique: douleurs abdominales et coliques
Tnesme, fivre
Diarrhe sanglante, glaireuse
Bactrie strictement humainePas de portage
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Germes pathognes invasifs
Salmonella
Salmonella responsable de la fivre typhode:
- Multiplication dans les ganglions lymphatiques -
septicmie - localisations secondaires- le seul rservoir est lhomme
- les hmocultures sont souvent positives
- la diarrhe est caractristique du secondseptnaire
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Germes pathognes invasifs
Salmonella
Salmonella responsable des fivres paratyphodes:
- Tableau dentrite fbrile
- Multiplication dans les ganglions msentriques
- Complications septiques et localisationssecondaires possibles surtout chez les patients
affaiblis- Rservoir lanimal
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Germes pathognes invasifs
Salmonella
Salmonella responsables des gastro-entritessimples
- Spontanment rsolutives- Bactrie pntre jusqu la lamina propria et sy
multiplie
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Germes pathognes invasifs
Yersinia enterocolitica
- Tableau de gastro-entrite fbrile avec
douleurs abdominales et
diarrhe sanglante ou non
- Parfois tableau de pseudoappendicite
- Porte dentre alimentaire
- Hte danimaux de boucherie
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Germes pathognes invasifs
Escherichia coli
E. Coli entro-pathognes (E.P.E.C):
nouveau-ns et les jeunes enfants
selles liquides avec mucus, fivre et dshydratation
pathognie: bactries senchssent et dtruisent les
cellules en brosse de la muqueuse intestinale
Srogroupes O dfinis : 20, 26, 44, 55, 86, 111, 114,119, 125, 126, 127, 128, 141, 158
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Germes pathognes invasifs
Escherichia coli
Escherichiacoli ntroinvasif (EIEC):
Pouvoir pathogne identique celui desShigella
Srogroupes O : 28, 32, 112, 115, 124, 136, 143, 144,147, 152, 164
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Germes pathognes invasifs
Staphylococcus aureus
Rare et suit le plus souvent un traitement ayantslectionn le germe
Fivre et diarrhe muco-sanglante
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Germes toxinognes
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Germes toxinognes
Clostridium difficile
Tableau de colites pseudo-membraneuses induitespar les antibiotiques
Diarrhe mucosanglante et formation in situ depseudo-membranes
Commensale de la flore normale de lenfant et plus
rarement de ladulteProlifration induite par la prise par dantibiotiques
(clindamycine, lincomycine, cphalosporines)
Recherche faite sur indications prcises
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Germes toxinognes
Vibrio
Vibrio cholerae
Scrtion dune entrotoxine thermolabile
Toxine cholrique
Diarrhe aqueuse massive afcale, avec des grainsriziformes et odeur de poisson
Maladie strictement humaine
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Germes toxinognes
Vibrio
Vibrio non O1 ou NAG
Proche du cholra par scrtion de toxines voisines
de la toxine cholriqueEntrites sporadiques
Pas de contamination secondaire
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Germes toxinognes
Vibrio
Vibrio parahaemolyticus
diarrhes aqueuses + vomissements
Consommation de poissons, fruits de mer crus
Germe marin
Pas de transmission inter humaine
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Germes toxinognes
Escherichia coli
Escherichia coli entrotoxinognes (ETEC)
Toxine thermolabile LT proche de celle du cholra
Et / ou une toxine thermostable
Toxine: cholra-like
Diarrhe modre ou peu svre
Contamination alimentaire: diarrhe des voyageurs
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Agents dintoxications alimentaires
Staphylococcus aureus
Souches productrices dentrotoxines
Toxine partiellement thermostable dans les aliments
(ptisseries, mayonnaise, plats cuisins contenantde la crme)
toxine produite dans les aliments lors de la
croissance du germeSymptmes: nauses, vomissements et diarrhe
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Agents dintoxications alimentaires
Autres
Clostidium perfringens type A
Diarrhe avec douleurs intestinales intenses
Courte dure et bon pronostic
Bacillus cereus:
Vomissements intenses + diarrhe sans fivreToxine thermostable ou toxine thermolabile prsente
dans laliment
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Autres agents de gastroentrites
Dautres bactries peuvent porter un facteur de
virulence pour lintestin ou scrter une
entrotoxine
Ex: Plesiomonas, Pseudomonas,AeromonasRecherche non systmatiqueMais culture pure ou trs prdominante: interprtation
en fonction des symptmes et du terrain
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Cas particuliers
Germes retrouvs chez le nouveau-n
Streptococcusagalactiae et Listriamonocytogenes,
Escherichia coli
Germes chez le nourrisson hospitalis
Staphylococcusaureus,Bacilles gram ngatif en culture pure
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Chez les immunodprims hospitaliss
On recherche la prsence :
- dune bactrie gram ngatif largementdominante,
- de germes potentiellement pathognes
(Pseudomonas,Staphylococcusaureus, levures)
Cas particuliers
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Recherche de BMR
Chez malades hospitaliss dans services risque
(ranimation, ou onco-hmatologie) Entrobactries productrices de BLSE
Entrocoques rsistant la vancomycine
Cas particuliers
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Objectifs
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- Mettre en vidence des germes qui ont un rlepathogne chez un malade au sein dune flore
complexe. Germes pathognes par eux-mmes (nombrelimit despces rputes pathognes)
. Germes commensaux qui peuvent par leurimportance relative crer un dsquilibrefonctionnel
- Mettre en vidence des germes qui sont prsentschez un porteur sain
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Types de coproculture
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Coproculture classique ou coproculturesystmatique
Recherche deSalmonella ,Shigella,Yersinia
Campylobacter
Coproculture oriente
En vue dune recherche dtermine :
Vibrio cholerae
Listeria monocytogenes
Mycobacterium tuberculosis
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Dmarche au laboratoire
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Prlvement
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Selles fraichement mises:
Rcipient propre pas obligatoirement strile, type pot vis
Munis dune cuillre ou dune spatule: prlvementensemencement plus pratiques
Choisir chantillon muco-purulent ou sanglant siprsence
couvillonage rectal
Recueil sur papier filtre
Biopsies de muqueuse rectale sous rectoscopie
Prlvement
Recueil
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Prlvement
Transport
Achemin sans dlai au laboratoire
Sinon milieux de transport:
Cary blair+++Glycrine tamponne
Milieu de Stuart
Papier filtre sch
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Prlvement
Conservation
12h +4c
Dessiccation
Prolifration des bactries commensalescarts de ph
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Prlvement
Bulletin danalyse
Doit accompagner tout prlvement
Indications cliniques:
gefivre
sjour en zone dendmie
cas dans lentouragetraitement pris
Recherche particulire doit tre prcis
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Examen macroscopique
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Selles liquides
fcales jus de melon afcales eau de riz gairo-sanglantes ou sanglantesmuqueuses
pseudomembranes
Selles pteuses
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Examen microscopique ltat frais
Technique
- Dposer sur une lame une petite goutte de mucusfcal ou de selle liquide ajouter un gal volume de
bleu de mthylne ou de lugolMlanger avec une baguette de bois
recouvrir dune lamelle, laisser la coloration se faire
pendant 2 3 minutes examiner lobjectif 40
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Examen microscopique ltat frais
Rsultats
Permet de dceler la prsence
leucocytes: signe dinfection bactrienne invasivehmaties dans les selles
ventuellement de parasites
dune mobilit vocatrice
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Examen dun talement color au gram
Permet dobserver lquilibre de la flore :
Flore normale : 1/3 gram +, 2/3 gram
Flore anormale: prdominance de Gram +prdominance de Gram -
flore monomorphe
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Mise en culture Milieux disolementGlose slective: SS, TCBS, CIN, CCDA, Karmali.
Milieux denrichissementBouillonsSlnite, Rappaport, EPHARepiquage sur milieux slectifs
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Identification
Identification biochimique
Galeries en tubes
Galeries miniaturises
Identification antigniqueSrogroupe
Srotype
Biotypes Antibiogramme
Tests de sensibilit aux antibiotiques
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Identification
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Coproculture classiqueRecherche de Salmonelles et de Shigelles
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Recherche de Salmonelles et de Shigelles
Examen macroscopique Examen microscopiqueprsence de leucocytes +/- hmaties
dsquilibre de la flore en faveur des Gram-
CultureMilieux slectifs lactoss: SS, HK, DCL
Bouillon denrichissement: bouillon slnitemilieu de Rappaport
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Culture
Milieux denrichissement Rappaport
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Recherche de Salmonelles et de Shigelles
Glose Hektoen
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R h h d S l ll t d
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Recherche de Salmonelles et deShigelles
Glose Mac Conkey
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R h h d S l ll t d
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Recherche de Salmonelles et deShigelles
Glose Drigalski
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R h h d S l ll t d
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Recherche de Salmonelles et deShigelles
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Recherche de
Escherichia coli
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Recherche de Escherichia coli
Identification
Galerie en tubes: KH, MM, UI, CS
Agglutination: ECEP, ECEH O157H7
Recherche de toxine: ECEH, ECEI partir de la souche isole
des selles
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Recherche de
Yersiniaenterocolitica
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Recherche de Yersiniaenterocolitica
Glose CIN
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Recherche de Yersiniaenterocolitica
Identificationmobiles 25 C, immobiles 37 C
Caractres biochimiques: Urase positive
lactose ngatif saccharose positifVP, ONPG, ODC gnralement positifs 28 C et
ngatifs 37 C
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Recherche de
Vibrio cholerae
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Recherche de Vibrio cholerae
Examen macroscopique Examen microscopique
absence de leucocytes
bacilles mobiles polaires vol de moucheron Culture
Milieux slectifs: TCBS, GNA
Bouillon denrichissement: EPHA
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Recherche de Vibrio cholerae
LectureColonies suspectesTCBS: colonies lisses, transparentes, jaunes
(saccharose+)
GNA: colonies lisses, translucides
Tests dorientation
etat frais sur une colonie: mobilit polaireoxydase sur GNA: positiveagglutination avec srum anti 01
Identification
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h h d C l b
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Recherche de Campylobacter
Prlvement: pas dcouvillonnage
Examen macroscopique
Examen microscopique
prsence de leucocytes+/- hmaties
bacilles mobiles polaires, spirals
R h h d C l b t
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Recherche de Campylobacter
Milieux de cultureMilieu CCDA: charcoal, cfoprazone, desoxycholate
agar
Milieu de Skirrow
Milieu de Butzler
Milieu de Karmali
Milieu de Preston
Glose au sangGlose Columbia au sang de mouton
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Recherche de
Clostridiumdifficile
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Milieu de Wilkins Chalgren
Recherche de Clostridium difficile
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Autre techniqueSlectionner de spores de C. Difficile par chauffage
dun chantillon de selles pendant 10 mn 80c,
Traitement de cet chantillon par une solution dethioglycolate de sodium
Suspension ensuite tale sur milieux TGY
Incubation en anarobiose pendant 24 48 h
Recherche de Clostridiumdifficile
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Autres recherches
Autres recherches
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Autres recherches
Recherche de staphylocoque
Culture facile sur milieu de chapman
Pas dantibiogramme sur les staphylocoques isols
des selles
Intoxication et non dinfection
Antibiothrapies abusives qui modifient la flore
normale
Autres recherches
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Autres recherches
Recherche de Listria monocytogenesSe fait surtout sur le mconium
Ensemencement sur glose au sang
Milieu slectif:(acide nalidixique 40 g/ml,colimycine 4 g/ml, ou trypaflavine 45 g/ml)
Milieu denrichissement plac + 4c
Autres recherches
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Autres recherches
Recherche de Listria monocytogenesSur GS: colonies bte hmolytiques
Sur GO: fines colonies translucides
Examen direct:petits bacilles immobiles 37C
mobiles 33C
Gram positif
Autres recherches
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Autres recherches
Recherche de Listria monocytogenes
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Recherche de BMR
Recherche de BMR
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102/109
Recherche de BMR
Entrobactries rsistantes aux C3G Milieu chromogne: glose BLSE
Milieux MH, BCP ou REB) supplmente en
ceftazidime Glose glucos REB
Colonies rouges (glucose +) entrobactrie ouAcinetobacter(diffrencier sur le gram)
Colonies blanches oxydase + Pseudomonas spp
Colonies blanches oxydase -Acinetobacter
Recherche de BMR
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Recherche de BMR
Entrobactries rsistantes aux C3GIdentification biochimique
Distinction EBCASE/BLSE: test de synergie ac.Clavulanique/C3G ( bouchon de champagne )
CMI (e-tests)
Recherche de BMR
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Entrocoques rsistants la vancomycine
Milieux spciaux supplment en vancomycine
Bouillons: enterococcosel, esculine
Gloses: glose bile/esculine
BHI agar
Vancomycine screen agar
Recherche de BMR
Recherche de BMR
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Recherche de BMR
Entrocoques rsistants la vancomycineMthode en disque: disque de vancomycine 30g
S si D 17 mm. Pour D < 17 mm, mesurer la CMI
Etest cmi vancomycine, ticoplanine
S : CMI 4 mg/L I: 4< CMI 16 R: CMI > 16
PCR : dtermination des phnotypes de rsistancevana, vanb, vanc
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Cas des TIAC
Germes les plus frquemment isols
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Germes les plus frquemment isols
Salmonella
Staphylococcus aureus
Clostridium perfringens
Recherche de bactries et/ou toxines
possibles dans selles, aliments, vomissements
Salmonella dtectes dans coproculture
standard
Autres germes: toxiniques
Conclusion
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Conclusion
Lantibiogramme des bactries isoles des matires
fcales doit tre systmatique, mais ne doit pas
inciter une antibiothrapieCela permet de dpister lapparition de rsistances
nouvelles
Conclusion
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Conclusion
La prsence des bactries pathognes dans les sellesnimplique pas de maladie
Une recherche ngative nimplique pas labsence de
maladieNe pas rpondre pas de bactries entropathognes mais doit donner la liste des bactries effectivementrecherches, par exemple : recherche deSalmonella,
Shigella, Yersinia, Campylobacter ngative
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