L’exemple du « run Auto SEQ-15 18 » correspond au séquençage d’un génome bactérien (environ 4Mb) sur une puce 316 (100Mb) et va servir de base à une présentation détaillé des différents composants d’un « Report ».

- Library Summary:

Nombre de millions de bases filtrées et trimmées et reportées dans les fichiers SFF et FASTQ

Nombre de millions de bases filtrées et trimmées au sain de reads ayant une accuracy supérieure ou égale à 98% (Q17)

Nombre de millions de bases filtrées et trimmées au sain de reads ayant une accuracy supérieure ou égale à 99% (Q20)

Nombre de reads filtrées et trimmées indépendant de la longueur et reportées dans les fichiers SFF et FASTQ

Longueur moyenne des reads de la librairie filtrée et trimmée et reporté dans les fichiers SFF et FASTQ

Longueur maximum des reads de la librairie filtrée et trimmée

Indépendant de l’alignement

Le graphe représente la mesure consensus du signal correspondant à la libération d’un H+ après incorporation d’un nucléotide, pour les trois premières bases de la clé intégrée au moment de la préparation de la librairie.

Histogramme des longueurs de reads trimmées et présentes dans le fichier SFF

AQ17 correspond à une précision d’au moins 98%, basée sur l’alignement par rapport au génome de référenceAQ20 correspond à une précision d’au moins 99%, basée sur l’alignement par rapport au génome de référence(Pour info: AQ30 correspond à une précision d’au moins 99,9%, basée sur l’alignement par rapport au génome de référence) …

Profondeur moyenne de couverture du génome de référence

Pourcentage de couverture du génome de référence à partir du séquençage de la librairie

Dépendant de l’alignement

A noter: Cet exemple met en évidence une capacité de séquençage supérieure aux spécificités attendues de la puce (Puce 316/ 100Mb)

- Test Fragment Report :

Les tests fragments sont des spikes-in aux régions homopolymériques variables (2, 3 ou 4 mer). Ils ajoutés à la librairie et en sont dissociés par leur clé

50AQ17 signifie le nombre de séquences ayant une taille de 50pb minimum avec un taux d’erreur de 1/50. Ce contrôle qualité est basé sur l’alignement.

TF_A > 30% et TF_D > 60%

50AQ17

50AQ17

- Ion Sphere TM Particle Identification Summary:

Les « Ion Sphere Particle », ou ISP, sont couplées aux aux fragments d’ADN au cours de l’emPCR. Dans l’idéal, une ISP sera associée à un seul fragment d’ADN au sein d’un microréacteur d’emPCR.

La « heat map » représente la densité de chargement des puits de la chip par les ISP

Nombre total de puits sur la puce 6,337,656

Nombre total de puits sur la puce 6,337,656

Puits avec ISP 2,927,533

Puits avec ISP 2,927,533

Puits videsPuits vides

Puits avec ISP vivant ( ISP + « clé » )

2,654,830

Puits avec ISP vivant ( ISP + « clé » )

2,654,830Signal trop faibleSignal trop faible

Librairie avec ISP2,644756

Librairie avec ISP2,644756

Test fragment10,074

Test fragment10,074

(Différentiation de la clé )

clé: ( TCAG ) ( clé: ATCG )

Nombre de séquences ayant franchi l’ensemble des filtres et reportées dans les fichiers SFF et FASTQ

% enrichissement =

( Puits avec ISP )

( Puits avec ISP ) - Test fragment avec

ISPTest fragment avec

ISP

Librairie avec ISP

Librairie avec ISP

Séquences dont la taille est inférieure à 8 bases (clé de 4 bases inclue)

Séquences pour lesquelles le séquençage de la clé ne « match » pas parfaitement

Séquences considérées comme ayant plus d’un fragment par ISP

Séquences ayant une homologie très faible par rapport au génome de référence

- Report Information:

- Files Links:

Formats de sortie du séquençage: fichiers SFF et FASTQ