© e.v. blackburn, 2012 les acides aminés et les protéines

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  • E.V. Blackburn, 2012 Les acides amins et les protines
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  • E.V. Blackburn, 2012 Lhydrolyse de la plupart des protines produit environ 20 acides amins diffrents. un acide -amin La structure des acides amins Ces composs sont des acides ayant une fonction amine lie latome du carbone :-
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  • E.V. Blackburn, 2012 Classification des acides amins acide - un group amino et deux groupes carboxyles basique - deux groupes basiques et un group carboxyle neutre- un groupe amino et un groupe carboxyle
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  • E.V. Blackburn, 2012 Les acides amins neutres Nom Symbole Structure Alanine Ala ou A CH 3 CH(NH 2 )CO 2 H Asparagine Asn ou N H 2 NCOCH 2 CH(NH 2 )CO 2 H Cystine Cys ou C HSCH 2 CH(NH 2 )CO 2 H Glutamine Gln ou Q H 2 NCOCH 2 CH 2 CH(NH 2 )CO 2 H Glycine Gly ou G CH 2 (NH 2 )CO 2 H Isoleucine Ile ou I CH 3 CH 2 CH(CH 3 )CH(NH 2 )CO 2 H Leucine Leu ou L (CH 3 ) 2 CHCH 2 CH(NH 2 )CO 2 H Mthionine Mt ou M CH 3 SCH 2 CH 2 CH(NH 2 )CO 2 H Phnylalanine Ph ou F C 6 H 5 CH 2 CH(NH 2 )CO 2 H Proline Pro ou P
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  • E.V. Blackburn, 2012 Thronine Thr ou T HOCH(CH 3 )CH(NH 2 )CO 2 H Tryptophane Try ou W Les acides amins neutres Nom Symbole Structure Srine Sr ou S HOCH 2 CH(NH 2 )CO 2 H Tyrosine Tyr ou AY Valine Val ou V (CH 3 ) 2 CHCH(NH 2 )CO 2 H
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  • E.V. Blackburn, 2012 Acide aspartique Asp ou D HO 2 CCH 2 CH(NH 2 )CO 2 H Les acides amins acides Nom Symbole Structure Acide glutamique Glu ou E HO 2 CCH 2 CH 2 CH(NH 2 )CO 2 H
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  • E.V. Blackburn, 2012 Arginine Arg ou R HN=C-NH(CH 2 ) 3 CH(NH 2 )CO 2 H NH 2 Les acides amins basiques Nom Symbole Structure Histidine His ou H Lysine Lys ou K H 2 N(CH 2 ) 4 CH(NH 2 )CO 2 H
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  • E.V. Blackburn, 2012 Les acides amins essentiels Isoleucine, Leucine, Mthionine, Phnylalanine, Thronine, Tryptophan, Valine, Arginine, Histidine, et Lysine. Nous ne pouvons synthtiser que 10 de ces acides amins. Notre nourriture doit fournir les autres acides amins, les acides amins essentiels:
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  • E.V. Blackburn, 2012 La strochimie des acides amins La plupart des acides amins naturels ont la mme configuration au niveau de latome de carbone : aldhyde L-(-)- glycrique L-(-)-srine acides amins naturels
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  • E.V. Blackburn, 2012 Ionisation des acides amins
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  • E.V. Blackburn, 2012 Proprits physiques ils sont trs solubles dans leau ils sont insolubles dans les solvants organiques non-polaires (p.e. lther) ils fondent des tempratures relativement leves avec dcomposition
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  • E.V. Blackburn, 2012 Les points isolectriques Le pH auquel un acide amin se trouve au plus haut degr de la forme lectriquement neutre sappelle point isolectrique. A ce pH, lacide amin existe presque exclusivement sous la forme dipolaire. Le point isolectrique pour les acides amins neutres va de pH 4,8 6,3. Pour les acides amins basiques les points isolectriques stendent de 7,8 10,8 tandis que pour les acides amins acides, ils vont de 2,7 3,2.
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  • E.V. Blackburn, 2012 A un pH suprieur au point isolectrique, les acides amins forment des anions; au dessous de ce pH critique, ils fixent des protons et existent ltat de cations. Un acide amin est le moins soluble son point isolectrique. Les points isolectriques
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  • E.V. Blackburn, 2012 Electrophorse Le papier est connect deux lectrodes. Lorsque le courant lectrique est tabli, les cations se dirigent vers llectrode ngative et les anions se dirigent vers llectrode positive. La vitesse de chaque espce migrante dpend du pH de la solution tampon et du point isolectrique de lacide amin. Un microdpt de lacide amin (ou de polypeptide) est plac au milieu du papier absorbant qui est humect par une solution tampon.
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  • E.V. Blackburn, 2012 Synthse des acides amins - Raction de Hell-Volhard- Zelinsky alanine
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  • E.V. Blackburn, 2012 Synthse des acides amins - la synthse de Strecker aldhyde + NH 3 forme une imine imine + CN - donne lamino-nitrile
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  • E.V. Blackburn, 2012 La liaison peptidique La chane qui comprend les liaisons amide est appele la chane principale, alors que les substituants, R, constituent les chanes latrales. Les acides amins individuels qui composent le peptide sont dsigns sous le nom de restes. Dans certaines protines, deux ou plusieurs chanes polypptidique sont relies par des ponts disulfure.
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  • E.V. Blackburn, 2012 Nomenclature En partant de lextrmit amine, les noms des restes individuels sont relis lun lautre, chacun tant considr comme le substituant de lacide amin qui suit, et le tout se termine par le nom de lacide amin final: phnylalanylleucylthronine Ph-Leu-Thr
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  • E.V. Blackburn, 2012 Aspartame un dulcorant artificiel hypocalorique (Nutrasweet) ester mthylique de laspartylphnylalanine Asp-Ph-OCH 3 dans la notation abrge, lextrmit ester est signale par -OCH 3
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  • E.V. Blackburn, 2012 Angiotensin II Langiotensin II, une hormone qui contrle la tension artrielle, est form partir de 8 acides amins. Quel est le nombre de combinaisons possible? 40 320! Sa structure est: Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe.
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  • E.V. Blackburn, 2012 Lanalyse squentielle des acides amins La premire tape: rompre les ponts disulfure et purifier Nombre de polypeptides sont constitus de deux ou plus de deux chanes qui sont relies par des ponts disulfure. Il faut rompre ces liaisons et sparer les sous-units qui en rsultent On oxyde ces ponts: chane A chane B
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  • E.V. Blackburn, 2012 La purification Les diverses techniques pour sparer les polypeptides se base sur sa taille, sa solubilit dans un solvant particulier, sa charge ou son aptitude se lier un suppot. dialyse - filtration au travers dune membrane semi- permable chromatographie sur rsine changeuses dions lectrophorse chromatographie
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  • E.V. Blackburn, 2012 On provoque une dgradation complte du polypptide par hydrolyse des fonctions amide (HCl 6M, 110 o, 24hr) de manire obtenir un mlange des acides amins libres: La seconde tape: quels sont les acides amins qui y sont prsents?
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  • E.V. Blackburn, 2012 Analyseur dacides amins Le mlange est spar grce un appareil automatique. Cet instrument comprend une colonne changeuse dions constitue dun support charg ngativement (ions carboxylates ou sulfonate). On fait passer les acides amins, en solution lgrement acide, au travers de la colonne. Selon leur structure, ceux-ci sont plus ou moins protonns et seront retenus plus ou moins fortement sur la colonne; cest ainsi quils se sparent. On augmentent ensuite progressivement le pH de lluant; ceci provoque la dprotonation dfinitive et, ds lors, llution des acides amins, en commenant par le plus acide et en terminant par le plus basique.
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  • E.V. Blackburn, 2012 Analyseur dacides amins A la sortie de la colonne se trouve un analyseur, un rservoir contenant un indicateur, la ninhydrine. Les acides amins lus se signalent par une couleur violet- poupre dont lintensit est proportionnelle la quantit dacide prsent.
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  • E.V. Blackburn, 2012 Lacide amin N-terminal est le seul acide qui porte un substituant amino libre. Cette caractristique est exploite en vue dtiqueter ledit acide amin terminal par des ractions chimiques spcifiques. La troisime tape: lanalyse squentielle des acides amins partir de lextrmit amino
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  • E.V. Blackburn, 2012 La dgradation de Sanger
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  • E.V. Blackburn, 2012 La dgradation dEdman Lisothiocyanate de phnyle, C 6 H 5 N=C=S, est un ractifs qui permette denlever slectivement lacide amin N- terminal, de manire laisser intact le restant de la chane afin que celle-ci puisse nouveau tre traite par ledit ractif.
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  • E.V. Blackburn, 2012 La dgradation dEdman
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  • E.V. Blackburn, 2012 Lhydrolyse slective La trypsine est une enzyme digestive que lon retrouve en milieu intestinal. Elle scinde les polypeptides uniquement au niveau de lextrmit carboxylique de larginine et de la lysine. La chymotrypsine scinde au niveau de lextrmit carboxylique de la phnylalanine, de la tyrosine et de la tryptophan.
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  • E.V. Blackburn, 2012 Laminoacide C-terminal La carboxypeptidase est utilise pour la coupure spcifique de polypeptides lacide C-terminal.
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  • E.V. Blackburn, 2012 Le traitement dun peptide avec le 2,4-dinitrofluorobenzene suivi dune hydrolyse donne la N-dinitrophnylvaline. Lamino-acide terminal C est la leucine. Le peptide contient une molcule de chacun des amino- acides: Leu, Sr, Ph, Pro, Tyr, Lys, Gly, et Val. Lhydrolyse partielle libre quatre petits peptides: peptide A:- Leu, Sr, Phpeptide B:- Sr, Pro, Tyr, Lys peptide C:- Tyr, Lys, Glypeptide D:- Lys, Val, Gly Un problme
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  • E.V. Blackburn, 2012 Lhydrolyse complte dun peptide suivie dune analyse des acides amins indique un rapport de 2 Arg, 2 Ile, 1 Glu, 2 Gly, 1 Leu, 1 Lys, 1 Phe, 1 Pro, 1 Ser, 1 Trp La dgradation dEdman donne le phnylthiohydantone drivant de la leucine. La trypsine scinde les peptides uniquement au niveau de lextrmit ca

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